3OBKA

Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porphobilinogen synthase) from toxoplasma gondii me49 in complex with the reaction product porphobilinogen
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
GPLDNNNYGEVWLPIQARPRRNRKNRAVRQLVQENLVKPSSLIYPLFVHDEETSVPIPSMPGQSRLSMEDLLKEVGEARSYGIKAFMLFPKVDDELKSVMAEESYNPDGLLPRAIMALKEAFPDVLLLADVALDPYSSMGHDGVVDEQSGKIVNDLTVHQLCKQAITLARAGADMVCPSDMMDGRVSAIRESLDMEGCTDTSILAYSCKYASSFYGPFRDALDSHMVGGTDKKTYQMDPSNSREAEREAEADASEGADMLMVKPGLPYLDVLAKIREKSKLPMVAYHVSGEYAMLKAAAEKGYISEKDTVLEVLKSFRRAGADAVATYYAKEAAKWMVEDMKGTQKFTEPCY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Delta-aminolevulinic acid dehydratase
publication title Crystal Structure of Toxoplasma gondii Porphobilinogen Synthase: INSIGHTS ON OCTAMERIC STRUCTURE AND PORPHOBILINOGEN FORMATION.
pubmed doi rcsb
source organism Toxoplasma gondii me49
total genus 126
structure length 352
sequence length 352
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2010-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3obkA00
3DBPA 5LHFA 4K37A 3C52A 3NQEA 2QJGA 1WA3A 2EAWA 2HS8A 3QSTA 4FIRA 2I9EA 3NM3A 1N8FA 5EYWA 4JYFA 4ORMA 1IXQA 2HS6A 4JD4A 4TR9A 3BK0A 2CLEA 3M47A 1LLWA 3VE9A 5K9DA 1V7YA 4PL1A 1TMHA 4NX0A 5AC6A 2ZZ3A 2VC6A 2NV2A 2A6NA 3P60A 2ZRVA 3DU0A 1K7XA 2QCEA 2C18A 3TROA 1G7UA 2DU2A 3WK0A 4MLRA 5AYXA 2DORA 2YCEA 3UZJA 1K03A 2DZUA 2FB3A 3RNDA 2V82A 1YTEA 5CG7A 1KFKA 1RVGA 1EWEA 3UQNA 3SSJA 3T78A 3KVMA 2QCDB 2B0MA 3PM6A 3G3DA 3W2UA 3QZEA 3ZR4A 1H60A 3A9IA 4ADSA 4NNBA 4UFIA 4U4MA 1VH7A 2CW6A 1D3GA 3NL6A 1LOQA 1L2UA 3W87A 3W1RA 3GLCA 2Z6IA 3B4UA 1JUKA 5EA9A 3PG8A 2C19A 3NM1A 2C0AA 4QIUA 2WQPA 4NVTA 2QCFA 5DCDA 3L65A 4O19A 5EPDA 4IWWA 4GUIA 1TYGA 3OBKA 1ZENA 4Z1BA 2R91A 1ADOA 3GZ3A 1GJPA 3LHUA 3CEUA 2VEMA 1TPB1 2ZRZA 1DHPA 5F4SA 1H62A 1SFLA 2A6LA 1W0MA 3FYPA 3L9CA 3NQMA 1Q6OA 3N14A 3B0UX 1QPQA 3DFOA 2B7PA 2W6RA 4RK8A 3ABOA 3GDKA 1MZHA 4UFJA 1A5AA 1EPXA 1ZJIA 4K8EA 4AWUA 5FESA 3LTYA 1LORA 3ZFHA 4EF8A 2GVJA 3QPYA 5ABTA 4CNNA 3A5FA 2CLHA 3RK8A 1HUVA 3TNOA 4DO4A 5I3FA 3P80A 2WSQA 1RQHA 1O60A 2TMDA 3I65A 2VFHA 1HG3A 3W7HA 1I4NA 3W83A 5I3GA 1ALDA 1UJPA 2VFFA 4HSNA 4QNEA 2GUUA 3CTLA 2ZTKA 4POCA 4MYXA 3C2FA 4KKXA 4OV9A 4Q32A 2CWNA 2Q3OA 4LWWA 1YADA 4XWUA 2BSLA 4WOZA 2J9YA 1J5TA 3T55A 1YDVA 3IGXA 3HGJA 2Y6ZA 5F2MA 1KW1A 4FXSA 1BWKA 3VCRA 5KZMA 5TQLA 3B0PA 4P61A 5K2ZA 1KFEA 2E5BA 3UZ5A 3W22A 1LM1A 4XTDA 1XBZA 1H51A 2CZFA 1X1ZA 5U7SA 3BVJA 1WQ5A 2QJHA 3NNTA 3RLVA 3LCXA 1NFBA 3EXRA 3L67A 3FA5A 3N19B 2VKZG 2BZNA 2A85A 4FNUA 2JBMA 4IX0A 1OYAA 3TXVA 3FKRA 3PWAA 4JX6A 1R2RA 3LCIA 2E6AA 5F1VA 1ZY9A 3NL2A 4IX2A 1W54A 2HSAA 4JY8A 1WYIA 1BEUA 5KITA 1LP6A 3HG5A 2JK2A 3OVRA 1K7EA 5LGZA 1IXNA 4JXCA 4OBTA 4FIQA 3M9YA 2V2CA 3G1YA 2DJLA 3FKKA 5CPOA 4UXDA 1DQXA 4XBKA 4GRSA 4XUGA 2E6DA 3HBLA 2QDHA 4O15A 4A3UA 3W75A 1KFLA 2B7NA 1OK6A 4MY8A 3Q94A 4UNLA 1EP2A 3W74A 2FTPA 5D38A 2C15A 3WJXA 2RFGA 3MHFA 1VYSX 4UTIA 2YW4A 4O57A 4AWSA 4HSOA 2A7RA 2FQIA 5D02A 1OK4A 4S2BA 5DELA 3KRUA 3NOEA 2RHGA 4JTLA 3BV4A 3GKFA 4AHPA 3NQGA 4AAJA 6TIMA 1A5SA 3S1UA 3I6RA 2Q8ZA 1C9DA 3GAYA 3M44A 1DJNA 1JRBA 1SO4A 5KTLA 1ZNNA 3OA3A 3HPZA 4YMZA 3RU6A 4OQVA 4Y8FA 4IGHA 1O94A 4JYEA 4N9EA 2PURA 1X7FA 1TV5A 4Q4KA 3MHGA 3P61A 4WX2A 2VFGA 3JRKA 3W7LA 1SO6A 3EX2A 2NX1A 5I3KA 2KZHA 2ZFAA 1DQWA 3KX6A 3ABRA 1F05A 1TIMA 4NQ1A 3P5ZA 3LLDA 3C2RA 2QAFA 4UFLA 3DFQA 4MJZA 1FWTA 3NQ2A 4K8HA 2RH9A 3O16A 3M7WA 4Z0SA 4O50A 4MKNA 1JVNA 1O4UA 4JTJA 1EP3A 3WJWA 4YLWA 3IVSA 3E96A 4UNKA 4BI7A 4I7VA 3S1VA 3NQ8A 2OT1A 1GVQA 3S5OA 3EWXA 4MUZA 5E0KA 4UR8A 4IOTA 4C1LA 3NQAA 5D2TA 3USBA 1FQ0A 5IBXC 5D04C 5G2HA 2CLFA 4TX9A 1G69A 2WNNA 3LCFA 1AMKA 5K9CA 1TTIA 1VLIA 4LC8A 5G2IA 3KXQA 4M5PA 1D3HA 2EHHA 3A5VA 2ISVA 5A5WA 1FX6A 4JN6A 1QCWA 4N02A 3STCA 1OJXA 5EL1A 4A21A 3W7DA 3KVKA 4Z1CA 5KZDA 3NL5A 5HJLA 2QUUA 1A50A 3OVPA 4MYAA 3EEGA 2FB2A 4X22A 2ZZ7A 4AXKA 1M5WA 4H4IA 1H7WA 2YX0A 1SW7A 4XKYA 3AJXA 1J4EA 4UCGA 3AO0A 5GVJA 1H63A 3UWWA 5LNUA 4LT9A 2AAMA 3W7RA 3BO9A 1YPFA 1Z41A 4WXZA 1JQVA 3MYPA 2DJXA 3UWUA 3OHIA 3TCEA 1I2NA 3RMJA 4LRTA 1XBXA 2E68A 1TPDA 1PV8A 1M7PA 3O8AA 3CIXA 3LCLA 4PCFA 4EF9A 3P8JA 5L9FA 5AYZA 4NZJA 4EVZA 5I3JA 2GVGA 4X2RA 3HGSA 1T96A 4FX6M 3BLFA 3O6YX 1M7OA 2I14A 3WK1A 3KVJA 1AK5A 4HKPA 4JTUA 1FWNA 2JKPA 1U5JA 1W56A 2QKFA 1ML1A 3LHTA 3MWAA 3BG3A 2CU0A 2BTMA 3E9AA 4O52A 3WJSA 3L0KA 1GVRA 1GTEA 2ZZ1A 2DZWA 3M5ZA 5H91A 3VFLA 4JIPA 4HNUA 3MP4A 3LBCA 2C3ZA 3QSRA 3M41A 1MEWA 2QEZA 3B05A 5BRBA 4LVDA 1G4TA 4QITA 1TQXA 4IMGA 5AC7A 3STEA 3S9YA 3I7RA 3MUXA 2Y70A 4ML9A 2X30A 1Q45A 3W88A 5AHEA 4UFMA 4K7YA 3DHFA 3TJXA 3THAA 1W3IA 4E0CA 2ABBA 4NJGA 5D2YA 1MEHA 3P84A 1O95A 4OT7A 2RDWA 3N9RA 3TK7A 3TE9A 4JTFA 2P10A 4XTIA 3ABSA 2Y7GA 3V1PA 1KV5A 3PULA 4IPIA 3EWUA 1S5WA 3FIGA 4HHPA 4WOQA 3TA6A 3DFNA 3DAQA 1YLVA 4O11A 1GG0A 3BW2A 4JTTA 4U28A 1QPOA 4LU0A 4XBSA 5BNKA 3K30A 1NF7A 1ICQA 4NNCA 2P1FA 1SZEA 4NJIA 3G1DA 3ZWSA 2WKJA 3N34A 1R47A 2X2GA 5AOUA 2PRHA 1FDZA 3THQA 3N3MA 1KLYA 4LVBA 3B04A 4E38A 3TQKA 3PC0A 4FF7A 3R8RA 1IIGA 4PA8A 2ZA2A 4TO8A 3TIMA 1PHQA 4Y96A 5EKYA 1BWLA 3M6YA 3G1AA 5C6MA 3W7NA 3DENA 2OCZA 3W7QA 2Z1BA 1L6YA 2E6YA 1H1ZA 3W84A 5EY5A 1HTIA 3R89A 3U2OA 2Q8LA 5IBXA 3HJZA 3MO7A 1XCFA 4GC4A 2C14A 5D2WA 1QFEA 3FOKA 5BMWA 3HO8A 2QAPA 2V81A 4O10A 4HNVA 3TR2A 1KFJA 3A24A 5HUOA 4IPJA 3M5VA 2WO5A 3L0GA 1IXOA 1G4EA 2VEIA 1G7VA 5AFDA 2Y88A 2PE4A 2YFNA 1TQJA 4L4MA 1VQTA 1JCXA 3RFAA 1WXJA 4UMCA 1YYAA 2CLLA 5DXXA 1WAUA 2YZRA 4AB4A 3R5EA 3BGGA 1V5XA 4N9CA 1G4PA 2Z0IA 3C2EA 4GUFA 5HWMA 5KMYA 3F4NA 4KFNA 3IVTA 4UFHA 1N7KA 5I3IA 4UTLA 2E6FA 3JR2A 3HG4A 1CI1A 1OF8A 3M1ZA 1F74A 3PVFA 2ZCGA 5E93A 2AGKA 2YGYA 5HULA 1H5YA 2ZQ0A 1DORA 5HINA 2NXHA 5MHBA 1C8VA 5D32A 2IQTA 4ZQMA 4Z08A 2DZXA 2ZYFA 1QNVA 2D73A 4O0KA 3GDRA 1SU5A 3S42A 3UXDA 2JGQA 3SGZA 3GNNA 3HIJA 3L5LA 4X9SA 1UCWA 1R46A 5CPMA 1TPEA 2H8ZA 5SWUA 3GDTA 2FPTA 3B8DA 4MVAA 1OFRA 2C13A 4IMCA 4WZHA 3HQ1A 4JTGA 5D2VA 1WV2A 3L68A 1L9WA 3W2KA 5HWNA 4GXMA 4FNRA 3QC3A 2QCLA 4OHQA 3N2MA 4UTHA 1MEIA 2QUTA 3HF3A 1TPFA 2PRLA 4MIMA 1QOPA 1FCBA 4HT3A 2V2DA 1KM6A 1FWRA 5BOOA 4ONVA 3B06A 3LTSA 3SY5A 4O54A 3NXFA 2ZZ5A 1K02A 4FNTA 3O05A 2H3BA 2GJLA 2J27A 3W7KA 3LXBA 4NU7A 3NGJA 4W9TA 1ICSA 1PVNA 3C2OA 4LNYA 2OX1A 4AHOA 3CC1A 1VCVA 3NPUA 2ZDRA 3M43A 1UUOA 3I68A 3W76A 2ZRXA 1NAL1 1XL9A 2F84A 3NQ7A 1VLWA 3GX9A 4DF0A 2LLEA 1W5QA 1DBTA 4JY9A 4RZ5A 1TO3A 4RV8A 3STGA 1A5BA 5G4EA 5CZJA 3TMQA 3G1HA 3TUUA 2X1UA 4JEQA 2H3DA 5DBTA 4FNPA 1O5XA 2QUVA 3NO5A 4BR1A 1YXDA 4UTTC 5CZTA 3M5XA 2DZTA 3G1SA 2X1TA 3A23A 3MI3A 4AVFA 2YPIA 3EWBX 4LRSA 3DHDA 1LBLA 2F7FA 1ICPA 4FXRA 1TPWA 3G0UA 4BK9A 4NNAA 1LCOA 5DLCA 4JTKA 4AMAA 2YR1A 3OEXA 3W1UA 3W3OA 2NLIA 3WK3A 3DXIA 4WXYA 2C16A 4WY0A 1ME7A 1OG0A 1VZWA 1GTHA 4BWLC 1R30A 5K4XA 3NPWA 5DN1A 3KRZA 1KFCA 1VR6A 1TB3A 3I7QA 4ZQPA 3CHVA 3EXSA 3TH6A 3MP5A 1FXPA 3GAKA 2H8XA 2V9DA 4O4VA 1L6WA 3LTPA 3WJZA 2QF7A 5HQEA 3QYQA 4EWND 1P0KA 4ICNA 1F76A 1KFBA 4N4PA 1W31A 2OT0A 3ZWTA 1ZALA 2VELA 4LS2A 3SFKA 4CNPA 1DKWA 2NXIA 3MP3A 4IXXA 5AHLA 2WSYA 1CX9A 2ISSA 2OZ0A 1H7PA 3LGEA 5TBOA 1A5CA 2YYTA 3L21A 2UV8G 3QH2A 1DVJA 3S5NA 3EWYA 2OMAA 3IV3A 3LHVA 5IM51 3C0JA 3Q37A 1LDCA 3CU2A 1W1ZA 1YTDA 3FEMA 5D33A 2PC4A 1VYPX 1X8FA 4O0ZA 3R13A 1B9BA 4JICA 5EBUA 4KWVA 5K3VA 4MPQA 5HNRA 4M6PA 4O1BA 1EIXA 2PCQA 3PBUA 5U4NA 4AWTA 1P1XA 1OX4A 3L0NA 4MJMA 3H53A 5D09A 3UWQA 1S5VA 4H3DA 2FJKA 2NXGA 3CT7A 5LKYA 1GOXA 2CLIA 3TX9A 3UY7A 4O14A 3CM4A 2Y61A 1GYLA 2WOQA 4D2JA 4O16A 3LV6A 1JUEA 3TSDA 2V8ZA 5CKSA 2A4AA 3LCGA 3W1AA 2XN2A 3NQVA 5AHNA 5H2ZA 1TPC1 1PL9A 4YXGA 1OF6A 5TIMA 1ZAIA 2G97A 2YSWA 1VHNA 3O06A 4R34A 5F2LA 3E49A 2ZRUA 3UWYA 5KINA 1ME8A 4ADTA 2VENA 1B57A 4I9AA 2TYSA 4DPQA 4ALDA 3LCHA 1LROA 5AB3A 4YCOA 1RV8A 2FLIA 4QAIA 1FCUA 3TSBA 4IMEA 1JULA 2Y7EA 4LVAA 1Q6QA 3Q2DA 4HNTA 3GXNA 1TV7A 4RLIA 1KTCA 2QCHA 2GVLA 1FCVA 4LUJA 5J5DA 4K6AA 2C1HA 3W7IA 1I2RA 2VFDA 4A29A 3QMRA 2TSYA 3IGUA 1R2TA 3QPZA 5DY3A 4RR4A 1N55A 4IQLA 1ME9A 1SW0A 4DO5A 1H7XA 3HPSA 3PG9A 4UTTA 1F2JA 2I1OA 1O5KA 3QMSA 3W7MA 3PUDA 3PUEA 3O15A 4N9DA 4OWGA 2Y89A 1F6PA 1C29A 1BKSA 4AHQA 5FEWA 5K9XA 3T44A 1KM1A 4DQWA 1XDMA 3FFSA 5FEXA 1IGSA 3C56A 4PFMA 3C6CA 1H7RA 1I8JA 4PEKA 4DBDA 3NQDA 1PIIA 1P0NA 2ZRWA 4DELA 1QPRA 3QQ1A 1OYCA 3KVLA 2GQAA 3TV8A 4CQAA 2XFWA 4BWLA 3PAJA 5FEPA 2CLMA 2Z2UA 1A53A 4KFPA 3GIYA 2P0OA 3W1TA 1P5BA 1GVOA 4CQ8A 1WBJA 2PRMA 3TC6A 2J88A 3KFTA 2ISWA 3EX6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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