3OPZA

Crystal structure of trans-sialidase in complex with the fab fragment of a neutralizing monoclonal igg antibody
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords Trans-sialidase
publication title Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 176
structure length 625
sequence length 634
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3opzA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 3opzA01
1W8NA 3GNEA 1Q8OA 4PQ9A 5IUQA 3AZWA 3AYAA 3N7LA 2CL2A 4H53A 3NV3A 1MS1A 2P3KA 4NC5A 1V3BA 3A0NA 4DRVA 1ULDA 2W5NA 3PMEA 3D6EA 4TYSA 1W6OA 3M1HA 4XTPA 4CTEA 1DQ2A 3N35A 3GALA 1LU2A 1LESA 1SFYA 2R49A 4CPLA 1NXD1 3WDUA 3FUQA 4GKXA 2ZHNA 2GMPA 3NV1A 2AREA 1C4RA 1ULCA 1W20A 1DYKA 3OBTA 4Q1RA 1DLLA 1I3HA 2HTQA 4FPFA 2W39A 4BMBA 4YW5A 1W0OA 1WW4A 3UL2A 1UZYA 2ES3A 3PJQA 1TEIA 4MX0A 4YW1A 1CPNA 3A0KA 2DU1A 5JMCA 1QU0A 1JW6A 4AVSA 4Q8LA 2SBAA 1F8EA 3ZXJA 3FUOA 3ENRA 1QNYA 4M01A 4AGRA 4AGGA 3RMXA 4CZSA 4CPOA 3H0OA 1V6MA 1VIWB 4K3YA 2R0FA 1A4GA 1X50A 4KBBA 4FPOB 2Q5TA 2A75A 2NMNA 4R9BA 4LBOA 4FJ6A 3VUOA 3V0AA 3AYEA 1AX1A 4XIOA 2JE7A 3MW4A 4BMEA 2PHXA 3H6JA 2ZKNA 1F9KA 1V3EA 1EUSA 1G9FA 5FRAA 1GNHA 2E7TA 1PZ7A 2C9AA 4DS0A 1V3DA 1LHUA 1XOEA 5JOWA 1AXKA 5HCBA 2PHTA 3AK0A 4XHBA 5GLZA 3D4KA 1AJOA 3RS6A 2HTYA 2NYYA 2TEPA 2XCYA 4YZ2A 3WG1A 2ERFA 4YGCA 3POSA 1UMZA 4XMAA 5HCAA 2AR6A 3O5SA 1INFA 3POWA 1L7FA 2E6VA 1W6OB 3B00A 4YZ5A 4ASMB 1Z4ZA 2SIMA 4M3CE 3NWKA 1WLCA 1FATA 1GNZA 1L7GA 5EWSA 1ENRA 5T52A 5B2CA 5H9RA 3AFKA 1IVDA 3TI8A 1VLNA 3ILFA 4GB1A 2X9MA 2ZMNA 4ATEA 1LGCA 2CYFA 4GDIA 3LSEA 4AVTA 4WA5A 1LHWA 5HUKA 1W6NA 2VVZA 1INXA 1G9AA 2AEQA 2D6PA 2HTVA 2D7FA 5IK8A 1GSLA 1WD4A 2GALA 4C1WA 5GZFA 1N3OA 3N3HA 1F8BA 4YFZA 1GLHA 1GZWA 1KQRA 3WDVA 4X49A 1GZ9A 1U0AA 1IVEA 1EURA 1F8DA 3VKLA 2BATA 3FBYA 4KS3A 4Y20A 3V0AB 2E51A 4B7QA 4XXAA 1F31A 3SH3A 4YG6A 2CY6A 1N1VA 3FLPA 5CNAA 1VAMA 4F83A 2AYHA 2HU4A 4XBLA 3TIAA 3SNMA 3Q9OA 1EUTA 2GNDA 2UU8A 7NN9A 1O4YA 4MYEA 1IVGA 1AF9A 4YFWA 1CJPA 2P2KA 4YGDA 3V0BA 1H30A 3RQ0A 1NNBA 4Q26A 4ISRA 4WA4A 2NP0A 1Z50A 3H73A 1BZWA 3T1MA 5JLVA 3M3CA 3D5OA 2D3SA 1Z4XA 3R05A 2EALA 2EXHA 1Q8PA 4LBMA 1INGA 3ZXEA 2ENRA 2FMDA 3O0WA 5IT6A 3K37A 1WCQA 4XJRA 3IPVA 1LODA 3KQRA 2DWRA 1MS3A 2V5YA 2EXJA 1IVFA 2V73A 2NMOA 3AX4A 4MZEA 4JC1A 1DBNA 2QWFA 4GZTA 1N1TA 3SALA 3VKOA 4M4NA 4WEGA 2JKBA 3DUIA 4XJ9A 1W6NB 3NSSA 4QN4A 4L8QA 1G7YA 3ZSKA 2ZGLA 1O4ZA 2A3YA 1HQLA 3H71A 3B01A 4W65A 2WJSA 4X6KA 1HQWA 4FPGA 1UAIA 2YA5A 1GZWB 2BZDA 3ZSJA 4GZWA 4FZHA 3O9JA 1SBFA 3NN9A 3O12A 1VAVA 3FLRA 4Y20B 3SANA 2ZGMA 1S0BA 2W20A 1MS8A 2PHRA 1C57A 4K1KA 1QDCA 1QDOA 4OZXA 1G8WA 1W6PA 3WV6A 4CPMA 4TZDA 1USRA 3W59A 2DURA 4KS1A 2GDFA 1AX0A 1NCAN 3K39A 4Y1UA 4Q2FA 2HT5A 2JD4A 4Y24A 3O9KA 2NM1A 1YXWA 1W8OA 3V0BB 2RKCA 3KM5A 5JOYA 3HR9A 3ZYRA 5JOZA 1CQ9A 2VW2A 4CPNA 3AZVA 2A6ZA 3WZ1A 2XZKA 2D6OX 1V0EA 2ZHKA 1N1SA 3IMNA 1SBDA 2VH9A 4MWYA 1MACA 2XG3A 2QWGA 4GALA 3ATGA 2QWHA 4PF5A 2ZMLA 1CPMA 1MZ5A 4YW3A 1Q8QA 3IPVB 2GMEA 3H72A 4HZWA 3CNAA 1LOFA 1IS4A 3I8TA 1SLBA 1B09A 4XXPA 3B9CA 2F25A 1NNAA 3AXDA 4K1IA 5GZDA 2VU9A 2D43A 2CWSA 5EXOA 1NMBN 2YY1A 3FFZA 2DUOA 4ZKTB 3CL0A 1EPWA 2A6XA 1FYUA 1HDKA 4BLJA 1KDKA 3AYCA 2VK7A 3APBA 4FQ4A 2DUPA 5DXDA 3T1EA 3AYDA 3UJOA 3TI3A 4YGEA 2QWCA 1W6PB 2WKKA 4UW5A 4JF7A 2A71A 2GMMA 4QN6A 1IKQA 4PBPA 5NN9A 2QWEA 4K1ZA 5DG2A 1LTEA 2EXKA 3ZXLA 2VWDA 3AP6A 2A7AA 1FV3A 3GVLA 2YDTA 4Q8KA 4M4VA 3HMYA 2AUYA 3N7KA 3NV4A 1INYA 4XJUA 4MJUA 1IVCA 3AXEA 2OUJA 4HZZA 4XOGA 4AYUA 4P9XA 3QLQA 4KS4A 2ZHLA 1W0PA 3WCRA 1QNWA 4FPJA 1MS5A 3SH4A 3VKFC 2DTWA 4H52A 2P3IA 4D8SA 1W1XA 2DVGA 4LBLA 4MWUA 2ZGOA 1SBEA 2EAKA 2DVBA 5T50A 3OPZA 4YW4A 2A3WA 4YLZA 5EYYA 1DHKB 2WSUA 3GVKA 2D6NA 4K1HA 3W09A 1ULFA 1CN1A 1MS4A 2DTYA 4XIKA 2GNMA 1KDMA 1V3CA 1SACA 4GJTA 1V6LA 2AENA 3OGGA 3ASIA 2UWCA 3IM0A 1LU1A 3BTAA 4GA9A 1W21A 1WLWA 1JYIA 2ZB6A 4YGBA 1S0IA 4R9DA 1RIRA 3V65A 2A70A 1VCJA 1AX2A 2WT0A 1H9PA 2BERA 1FAYA 3A71A 1WW7A 1V6KA 4GWNA 4LBKA 3BODA 1NSDA 3B7EA 4XHXA 5T5LA 1CESA 3OY8A 4MWQA 1E8UA 1LGBA 1LOEA 5KXBA 3K38A 5IK5A 2R1BA 3M2MA 4B7MA 2JECA 2WNEA 3AJZA 2PHWA 1AZDA 1GYKA 1FNZA 3JU4A 1HLCA 2HTUA 2WSVA 5DUVA 4BM8A 4WV8A 5DZFA 4FPYA 3ZSLA 4UW6A 1G86A 1Q56A 4RL7A 4IQPA 2YMZA 3WDTA 2WQZC 4GDJA 1AXZA 1NNCA 3MEPA 1WW5A 4LBNA 4PCRA 1QOTA 1AVBA 2JDZA 4XJQA 4Q6KA 1YIFA 4UW4A 5GZCA 2YV8A 4XILA 3AP7A 2ZHMA 1SLAA 1IOAA 2VK6A 4XJ8A 5GLTA 1MR5A 4ITCA 1AXYA 5GLVA 3MW3A 4HANA 1ZA4A 2ZGSA 1F8CA 2OW4A 1VCUA 3U4XA 4FPEA 4MWJA 4UF7A 2F27A 4R9AA 4RA0A 1NCCN 4KS2A 2ZGTA 1SLCA 4WEFA 3N36A 4NN9A 4P14A 1G9CA 2F11A 2HU0A 3R4UA 1LOAA 1BQPA 4XZPA 4Q1PA 3ZXFA 2HTRA 4BBWA 3FLTA 2WLQA 1E8TA 4Q27A 4GZQA 2EIGA 3WOGA 3ZPYA 4FPKA 2A6WA 3SITA 3V64A 5DUUA 1E8VA 2CWMA 2ZGPA 3T2TA 2SILA 4YM2A 1SLLA 1RINA 3WUCA 1QOSA 4DFSA 4GEZA 2ZZJA 5GM0A 3OY8B 2ZACA 2BF6A 1SCRA 4Y1XA 2ZA9A 5E8AA 5EYXA 2W5OA 1V6OA 3ZYPA 4K20A 5HX0A 2DVDA 1NSBA 1Z0HA 3AZZA 1QKQA 3DGTA 4JRAA 1A78A 2E7QA 3ILNA 3OJBA 1ENQA 1W6MA 4GZXA 1QOOA 4AGVA 1LENA 1DZQA 3JUUA 1GKBA 4BQ1A 2A6YA 1LULA 5JVVA 4FOYA 4Y1ZA 2C5DA 3HN1A 4QN3A 4WA3A 1LECA 2UURA 2GNBA 1OKQA 1S1AA 1SO7A 2BQPA 2VUAA 2HTWA 4MJVA 2ZB5A 4QN5A 5KXEA 3AJYA 2C4AA 1UX6A 4CPZA 4FP3A 4XDQA 3BEQA 3CKZA 2ZGRA 1DIMA 1WBLA 1A4QA 2DV9A 3BIWE 2QWDA 3R4SA 5GJ6A 1IS5A 1LEDA 2ZAAA 4NCSA 4YG3A 3WUDA 1LOCA 1JOJA 4YZ1A 3UK9A 5HCFA 1ONAA 2QWJA 4K1YA 4XBNA 5DG1A 4D69A 4HL0A 5LK5A 1V0ZA 1EUUA 4DRRA 3O0XA 2CTVA 1SLTA 2E53A 1ZM1A 3WNXA 3WDXA 1QGLA 3VKNA 1NSCA 1FV2A 5B2DA 2YA4A 2P3JA 4M3CA 4MWRA 2JE9A 1LHOA 1V6IA 2EXIA 4XBQA 2D3PA 3ALWA 1IKPA 4LBQA 5H9PA 1S0DA 4QNPA 4WZFA 2W08A 4H55A 3USUA 1Z4VA 2R16A 1AJKA 2ZGUA 1JXNA 2GN3A 3MW2A 2QWAA 1UKGA 5T5OA 3PVOA 4DGRA 1CR7A 1PZ9A 2PELA 1USXA 1XQNA 2XZJA 1KITA 5CB7A 3INBA 3GVJA 1RITA 3SILA 1G9BA 4MWXA 5E89A 1NCDN 5IK4A 1QMJA 1WD3A 1G9DA 5T54A 1I1EA 1CONA 4GZOA 4ZXKA 1JYCA 3MPPG 2F24A 5GZEA 1LHNA 3OYWA 4BLIA 1URXA 2YDPA 3TI6A 3I4IA 4YW2A 2W68A 4I30A 3BOPA 5M1ZA 5L73A 1C1FA 3LCPA 4XMIA 1B9VA 3WG3A 2YA6A 3A4UA 2D6KA 4AWDA 4QN7A 4XYXA 1BJQA 3K3AA 1V6NA 2ARXA 1BKZA 1FNYA 4MC7A 2JJ6A 1YO8A 1DILA 3B69A 4WVVA 3INAA 2P37A 1SLIA 3IN9A 1YRZA 1MWEA 1DQ5A 4UW3A 2GNTA 1LJ7A 2F0ZA 2QWIA 4MWWA 2DVAA 2F29A 2A6VA 1LEMA 1NLSA 1MVQA 3C2UA 3WG4A 4U36A 2EF6A 2VSKA 2F13A 1INVA 1ENSA 5KXCA 1OQ1A 4XTMA 2OVUA 4M00A 4M3CB 3PVEA 1FX5A 4LBQB 5T55A 3ZXKA 4YG0A 3VKMA 1DGLA 4Y1VA 3O0VA 2ZGNA 2DYCA 3USUB 5CAZA 4MWLA 1LHVA 3WHTA 2B8HA 3SH5A 2AGSA 2ZABA 2ZGQA 4U2AA 2HT7A 5JDBA 4XJZA 1F5FA 1B9TA 4YZ4A 5JYYA 4FPLA 1JBCA 2W38A 1N1YA 2RHPA 1Z4WA 3AZYA 3WG2A 1UL9A 3N7JA 1NN2A 1W6QA 4HZVA 4FOWA 1SCSA 2WT2A 5F5QA 1IS3A 2SLIA 4NOTA 3TI4A 2VW1A 1R1ZA 3AZXA 2AH2A 3OYWB 5T5PA 3D11A 3CYEA 4P9WA 4C1XA 5E88A 2QWBA 2VSMA 2D6MA 1WLDA 1S0JA 4AVVA 1WUVA 1DYPA 1MS0A 3A72A 1D0HA 4FPCA 4M4UA 4LBQD 1CVNA 4FPHA 1QF3A 3LSDA 2HYKA 1B9SA 4LBJA 2VY0A 1DQ4A 4DPNA 1H9WA 3OBRA 5DZGA 1MS9A 1HKDA 1KJRA 3TI5A 3WDWA 3TAYA 3T1LA 1NMAN 3B3QE 3M3OA 1XOGA 4MWVA 3ZVXA 1N3PA 3RG0A 4YM0A 2R1DA 1N47A 1NMCA 1LOFC 3SISA 2VK5A 2GN7A 1BJIA 4X4AA 2HT8A 1LOBA 2VW0A 3TB0A 2D44A 1GZCA 4B7RA 4Y26A 1UZZA 5KXDA 3IKWA 5DZEA 5HUGA 1DFQA 3WHUA 4Y22A 1KRIA 3K36A 1ULGA 1WW6A 1UPSA 2ZBJA 3ALXA 2I2SA 2Z42A 3SLIA 1D2SA 5FREA 2F10A 1N3QA 2B7YA 5IK7A 2A5ZA 3ILRA 2PHUA 2D3RA 2NZ9A 3RSJA 3JU9A 4GWMA 3NV2A 2CNAA 5HUMA 2ZMKA 1W6QB 1LCLA 3WLUA 4BPZA 5HUNA 3UJQA 3AP4A 4Y1YA 1GBGA 2UWBA 2F28A 3TIBA 2XB6C 2P34A 4PBOA 4B7JA 1S0GA 2XZIA 1JN2P 4X47A 2W52A 1J1TA 2D6LX 4GKYA 5GLWA 3QCWA 1S0CA 3D12A 2ARBA 4NO4A 2F12A 2PHFA 4FVKA 1L7HA 1APNA 3ZSMA 6NN9A 1S0EA 1JHNA 2YZ4A 1OFSA 5CBLA 2WT1A 4XE9A 4J9TA 1S0FA 3RMYA 2YROA 1Z4YA 4CPYA 4DQAA 3W58A 2CMLA 4ISQA 3WVJA 5F9TA 1GANA 1WCSA 4M3MA 3N7MA 1C1LA 2KM2A 1CIWA 4GXLA 2A3XA 1ULEA 5GZGA 2VXRA 1MZ6A 4Z8BA 1DIWA 4I00A 3CL2A 1GICA 1MVEA 1DQ0A 2OUHA 2LTNA 4FOQA 3RRDA 1DQ6A 4Y22B 2AEPA 4ATFA 1Q8SA 2YXSA 3M3EA 3PVNA 1BXHA 1IS6A 5GLUA 4HZYA 2QWKA 1IVBA 5T5JA 4K21A 1JUIA 2NN8A 5AVAA 2DUQA 4K1JA 2H0BA 5DUXA 1DQ1A 2FHRA 1SNTA 2YA7A 3VV1A 4KS5A 3WDYA 1GV9A 1A8DA 3AP5A 2R0HA 4YM3A 1V2IA 4HIZA 1BYHA 3WCSA 2UWAA 1KJLA 4FQZA 5CA6A 4R9CA 1Q8VA 2YA8A 4B7NA 4GZSA 2DU0A 4BOWA 1A14N 5DUWA 3TICA 4FVVA 2LALA 2F26A 2DVFA 1VALA 5BYNA 4HZXA 4FOVA 1Z78A 3M3QA 4WVWA 2ZGKA 1NCBN 2G4IA 1INHA 1Y7BA 3L2YA 5H9SA 1INWA 3POYA 1PZ8A 4MZAA 4XJAA 2C4LA 5SV8A 1V6JA 4CRQA 1V0FA 4YZ3A 4YM1A 4GZPA 5JOXA 4P9YA 5H9QA 1V00A 1A3KA 1YI7A 1LOGA 1UN1A 1W6MB 1LGNA 1YYNA 5GALA 4JCKA 3AP9A 4XJWA 1WBFA 4M3CF 4SLIA 4FP2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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