The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Modification of 16S ribosomal RNA by the KsgA methyltransferase restructures the 30S subunit to optimize ribosome function.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
32
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPA A; 5A2Q N; 4X65 O; 4JYA O; 1A32 A; 4DV1 O; 1N34 O; 2VQF O; 4NXN O; 4OX9 O; 3O65 A; 4JI3 O; 2UXB O; 4JI8 O; 4LF5 O; 5BR8 O; 4DUY O; 4DV7 O; 5IT9 N; 2E5L O; 4JI2 O; 4DR7 O; 1J5E O; 4X62 O; 4X64 O; 1HNZ O; 2HHH O; 1N33 O; 1FYJ A; 4JI7 O; 3T1H O; 2AGA A; 1F7Y A; 3M8A A; 4DV6 O; 1X59 A; 4B3M O; 1R1B A; 4DV3 O; 4JI4 O; 5LL6 Y; 4B3R O; 2Z0A A; 4JI1 O; 1N36 O; 4NXM O; 1XNQ O; 4DR2 O; 1HNX O; 2N74 A; 1XMO O; 4JI0 O; 1G1X B; 2DJV A; 4LF7 O; 5IWA O; 4DR1 O; 1IBK O; 1AB3 A; 3R66 A; 1FKA O; 3J81 N; 1D2D A; 1XEQ A; 4DUZ O; 1DK1 A; 4X66 O; 2UUB O; 4JV5 O; 4LF4 O; 1N32 O; 2LW7 A; 4LFB O; 2ZKO A; 4KHP O; 4DV0 O; 1KUQ A; 4DR5 O; 4YHH O; 1HR0 O; 1FJG O; 4B3T O; 4LF6 O; 1AIL A; 1YZB A; 2VQE O; 4JI5 O; 4DV2 O; 3JAM N; 4B3S O; 2UXD O; 3OTO O; 3J80 N; 5H5N A; 4GKK O; 4DR4 O; 3T1Y O; 1XMQ O; 2DOS A; 1HNW O; 2F4V O; 5LMN O; 4OPH A; 4YY3 O; 4LF9 O; 5BY1 A; 4AQY O; 1IBM O; 2UUC O; 2UU9 O; 1XNR O; 2JRI A; 4A5U B; 4LFC O; 1R6T A; 1I94 O; 4LF8 O; 4DR6 O; 4DR3 O; 1IBL O; 4K0K O; 3RT3 C; 2ZM6 O; 4DV4 O; 3F5T A; 5FLX N; 5BXZ A; 5LMU O; 4JI6 O; 2FKX A; 4GKJ O; 3SDL A; 4LFA O; 3J7A U; 1NS1 A; 2UUA O; 2UXC O; 4DV5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RYC B; 3S3W A; 4QGP A; 2GTS A; 1THZ A; 1TUB A; 2JVD A; 3H1J H; 2ZDI A; 3ZRX A; 5BMV B; 1NTZ H; 2QE7 G; 1VF7 A; 3EVK A; 1Q6U A; 3JSL A; 5JH7 B; 1W2B U; 2AGA A; 3K57 A; 3QF7 A; 2BOB C; 4WCE V; 2XAS A; 1K34 A; 3ETD A; 2ITC C; 2Q7G A; 5CB4 B; 4JAU A; 2F23 A; 3X2Q C; 3ZMT A; 1R6N A; 3K06 A; 5LXT A; 2LFS A; 1AJP A; 3C3S A; 4O4J B; 2Z5U A; 1HP8 A; 3ASO B; 4X1I B; 4LF7 O; 1Y66 A; 1BHB A; 2BOC C; 4GX0 A; 3FYE B; 1HWY A; 5FNV A; 3CE2 A; 1EN5 A; 2B1G A; 4FLX A; 3QTC A; 1K7D A; 4EEQ A; 4FLT A; 4IYH A; 2P4K A; 3CYO A; 5GTI Z; 1BQ0 A; 3ABK C; 3HKB B; 2DYS C; 1H2K A; 2Q7H A; 3G4S V; 4NKG B; 2WLK A; 1YSC A; 2PF4 E; 3H1L H; 2YIC A; 4I4T A; 1NR1 A; 4FLY A; 3W7T A; 1Y74 A; 2GDS A; 4JAS A; 4HBN A; 3CXC U; 1QU7 A; 3W7W A; 4JYB A; 3W7X A; 4CS2 A; 2UUB B; 4U3F H; 2Z3Y A; 5FLX N; 1H2S B; 2OTJ V; 5J2U A; 3CCE V; 3SYQ A; 4P2Z A; 2CTQ A; 2JEU A; 3E2E A; 4F6E A; 3WG7 C; 2FB5 A; 4LF7 B; 2EIK B; 1W59 A; 1H2L A; 2QWP B; 2OCH A; 1SER A; 4H37 A; 1T5E A; 3AG4 B; 4P9O A; 2OCC B; 4XDK A; 1KD1 W; 4JGS A; 4LNU A; 1R3J C; 4OGQ B; 4ZOL B; 4LFC B; 1ZUQ A; 2XAH A; 5D5P A; 2GV9 A; 3P30 A; 2W0F C; 2AZ2 A; 4DV6 O; 2VWK A; 1KP3 A; 1Y76 B; 4JYC A; 1XMO O; 3TXQ A; 4TV8 B; 1S5L Z; 3IC9 A; 3UO2 A; 4YJ3 A; 1BL8 A; 4DR1 O; 4X20 B; 4LF5 B; 4W4K A; 5LYJ A; 5H6R A; 4UFZ A; 5EC2 C; 2E5L B; 3ZRS A; 1N32 O; 3OTF A; 1IDS A; 1M1K W; 2QWN B; 3PJS K; 4DR5 O; 3CC2 V; 1VQ4 V; 1ENV A; 2LGQ A; 1OCZ C; 5EIB C; 3UQ8 A; 4B3T O; 1QVG U; 3MHH C; 1L0L H; 4DV3 B; 4B3R B; 1OCO B; 3JAM N; 2UXD O; 3VQY A; 5KX5 B; 4PA3 A; 1NT2 B; 3MDS A; 1YEW A; 2C2A A; 1PM9 A; 3L73 H; 5BZB A; 1JVM A; 4W4L A; 4AQY O; 1IBM O; 4WFH A; 3ICX A; 5ITZ B; 4X1K A; 4J7J A; 4FJC C; 3N2K A; 2ZM6 O; 4MVS A; 3RW0 A; 2ZE5 A; 2AZ0 A; 5B66 Z; 4PI0 A; 4KHP B; 1GMG A; 3SYC A; 4KXR A; 2FKX A; 4UVC A; 3MAQ A; 1MOF A; 1CP9 A; 5B1A B; 2EIN C; 1TUB B; 5JVD A; 1YJN V; 3G80 A; 1Q8I A; 3OM3 B; 5IJ0 A; 2RCV A; 3FAV A; 4JI8 O; 1JX9 A; 2KB1 A; 5JCO C; 2A3Q A; 5IY5 B; 3C90 A; 2LFR A; 1HNW B; 5LMN B; 3LDD A; 5B5E Z; 4DXW A; 2QDO A; 4I55 A; 4R7C A; 3RYI B; 5L3C A; 1VQ9 V; 3TXS A; 5LOV A; 2R9A A; 1G8M A; 3E89 A; 4Q20 A; 5LXT B; 2HR3 A; 3MD0 A; 1AR1 B; 2RMK B; 5DM6 V; 1ZX3 A; 2JIZ G; 1EFR G; 4ZBM A; 3HKD A; 3SYP A; 2BSK A; 3R66 A; 5LA6 A; 1XEQ A; 2PY5 A; 4O4I A; 3STZ C; 1N4C A; 3H9V A; 4EFB A; 1N33 B; 1Z5W A; 2WPD G; 4I4T B; 3SJC C; 4JI7 B; 3NXS A; 4WFB V; 3ML0 A; 1YCI A; 5E79 Z; 3D3Q A; 4B3M B; 2AHY A; 2IJJ A; 4PI2 A; 1NR7 A; 3OTO O; 3OD4 A; 4PA9 A; 2WLM A; 2Q69 A; 2H8P C; 4YIP A; 3K0D A; 5KAF Z; 5C8Y A; 1FXV A; 5FL7 G; 4RQE A; 4OPH A; 3L74 H; 2UUC O; 2L35 A; 3CRQ A; 2Q6A A; 2XAF A; 3AK1 A; 4FK5 C; 2KG7 A; 5LP6 C; 2QM8 A; 4XDL A; 3ZRW B; 3T4Z A; 4TQF A; 5IJ9 A; 3K5L A; 3RYH B; 3BCC H; 3EFF K; 2ZIN A; 1WN7 A; 3E8F A; 2Q4P A; 4RO2 A; 3BPZ A; 3JYC A; 5LBQ A; 4I9W A; 1AI5 A; 4DV1 O; 2F1M A; 2DQ3 A; 4LP8 A; 3UT5 B; 4JI3 O; 1ZSP A; 5IYZ B; 2QGN A; 2IJK A; 4PD4 F; 3CWB H; 3L72 H; 2B5U A; 5GON A; 1NTK H; 3CRR A; 4CBC A; 4MVR A; 5KMG B; 1SKV A; 1F7Y A; 5L3E A; 2QM7 A; 4PA4 A; 4JI4 O; 2Z0A A; 2HG5 C; 3WB2 A; 4UCV A; 4FLW A; 1P84 F; 5H9C A; 4YJ3 B; 4G28 B; 2UUA B; 2UXC B; 3O9O A; 3HKC A; 2ZXW C; 1VQK V; 2JJ2 G; 3RYC A; 4NR1 A; 5CN0 A; 1JJO A; 3CX5 F; 1I7F A; 3K5N A; 3VQV A; 1SZT A; 5BMV A; 4AHC A; 1M5I A; 1RPO A; 1SQV H; 1DK1 A; 4U3J B; 1I5X A; 5JH7 A; 1I0H A; 1QR9 A; 2PGG A; 1VQ8 V; 5KHH A; 5CA1 B; 1YIT V; 4IIJ B; 1VQN V; 5L3B A; 1PKX A; 5JCO A; 4B3S O; 1FFT B; 3FFQ A; 4DV1 B; 4JI3 B; 4O4J A; 4CH5 A; 3T1Y O; 2LP7 A; 4X1K B; 4QNH B; 5B1A C; 1GH6 A; 1FXH A; 2EIM C; 3OW2 U; 4MTO A; 3EHB B; 3X2Q B; 1SS3 A; 1QCE A; 2GTA A; 3CC7 V; 3N2G A; 5EBW C; 1WB7 A; 4GZR B; 3RWR D; 4LF4 B; 2W6J G; 5KHG A; 4FVM A; 1GM7 A; 1FXK C; 1BHA A; 3SDL A; 2P5O A; 2F93 B; 2P4V A; 4I9Q A; 3E8G A; 4LBE C; 4PV1 B; 3ABK B; 4H44 B; 2DYS B; 1PPJ H; 3CHX A; 1Y67 A; 4RUF A; 2RDC A; 4GKK B; 1A32 A; 1QQC A; 3OT7 A; 1YTF D; 4OX9 O; 2IJI A; 3OMI B; 4IL6 Z; 4B7K A; 4F4L A; 2ODM A; 1S0V A; 3K79 A; 4JI2 O; 5LOV B; 2E75 B; 3SYA A; 2HP8 A; 2DMX A; 2IH1 C; 4JPR A; 2ATK C; 4B3S B; 2YC0 A; 1US6 A; 4JI1 O; 1I5Y A; 5A9G A; 4LFA B; 1XL4 A; 2ETN A; 3JCU Z; 1K73 W; 2BSK B; 2DJV A; 3ZMZ A; 5LA6 B; 3JD2 A; 4OXS A; 1PD3 A; 5AG2 A; 1TGO A; 1KKD A; 5LP6 A; 4K35 A; 1LR1 A; 1IXB A; 2WLL B; 5B1N A; 1MZF A; 3WG7 B; 2AHZ A; 3L75 H; 1H2G A; 3FX7 A; 3HB3 B; 4ZOL A; 4X66 O; 1L8D A; 1JMK C; 1UPG A; 4LFB O; 2YEV A; 1XQ8 A; 2E76 B; 2M6Y A; 2PUS A; 3PN1 A; 1S72 V; 2Y69 C; 1IZ3 A; 1L0N H; 1Q81 W; 2CDY A; 1VQ7 V; 5KHJ A; 1MSW D; 4DV2 O; 2LGW A; 3SPG A; 1PL4 A; 1S5H C; 1Y76 A; 4CS4 A; 1WA8 B; 1VF6 C; 1SA0 B; 3OE7 G; 4JYY A; 1OCR C; 2MW2 B; 5J2T B; 2MK3 A; 4JI2 B; 1NU1 H; 5EBL C; 4MVZ A; 3CCM V; 4X20 A; 2YSU B; 1OHH G; 2ZD9 A; 4GUN A; 5IJ9 B; 2H94 A; 2LJ2 A; 1Q5O A; 2JEX A; 2Y4T A; 2P6J A; 4LR3 A; 3JAK A; 4DV0 B; 5FPR A; 1Q7Y W; 4JI1 B; 1G6U A; 4K3A A; 4QPJ A; 3QO8 A; 4NYK A; 3T1C A; 2JS3 A; 2QR4 A; 5LHG A; 1H2M A; 1Q82 W; 1YHQ V; 4FFK A; 1Q6H A; 3ZRV A; 4KFM A; 4MVO A; 4OPA A; 5A2Q N; 1O9H A; 1PL0 A; 2EIL C; 4DR4 B; 1OCZ B; 2UXB O; 4U7O A; 2QEX V; 3E22 B; 3BA9 A; 5KUK A; 2ZE8 A; 5IYD O; 1NH2 D; 3CCR V; 1IBL B; 4DV4 B; 1X59 A; 5L3G A; 4DV2 B; 3B40 A; 1MZE A; 4K8Z A; 1QHT A; 4GKJ B; 2ARH A; 4UCS A; 2WSS G; 4QPK A; 3ETQ A; 2ZNI A; 5EBM C; 1BQZ A; 1ROP A; 3SPC A; 1GTO A; 2ZCE A; 5CBH A; 2OT5 A; 2CTP A; 2NNU A; 2VRZ A; 3SR2 C; 2F43 G; 4RQF A; 3A0H Z; 2EIN B; 3CJH A; 4PDR A; 1HDJ A; 4JTA B; 5J9P C; 1IX9 A; 4H0L B; 2UUB O; 2GSM B; 4MTG A; 1ZAU A; 5GW7 A; 3RYI A; 3SJB C; 3ZHT A; 1VP7 A; 4J9Y B; 4JI5 O; 3CEI A; 1Q6I A; 2ZR2 A; 1I08 A; 2ZT9 B; 2UXB B; 1ORQ C; 1BE3 H; 2EZO A; 4PDV A; 2QWR B; 1KC8 W; 3N2G B; 2ZE7 A; 3ABU A; 3LDE A; 3RYF B; 5BY1 A; 1BCC H; 4LFC O; 1QLE C; 1N0J A; 3E8H A; 4R6Z A; 1I94 O; 3OUS A; 1PNK A; 3WB0 A; 2QTO A; 1TVK B; 3BHP A; 2YI8 A; 3ABM C; 4NTX A; 1GRJ A; 3UCS C; 3AG3 C; 3ZCC A; 1M56 C; 4I50 A; 2PYJ A; 4O4L A; 2ZE6 A; 3LDC A; 3WFV A; 3O65 A; 4IGG A; 3JD1 A; 1GM9 A; 4LF5 O; 5F2V O; 2F4V B; 2E5L O; 3KG2 A; 4QIW F; 4WFA V; 1K92 A; 4X62 O; 2HHH O; 3SJQ C; 1HNZ O; 1XL6 A; 4TUY A; 1WLE A; 1YJ9 V; 3APO A; 4WFF A; 4JI5 B; 3ZRW A; 4BR6 A; 5KLV H; 2OYQ A; 1Q3E A; 3DGE A; 4DV3 O; 1JA8 A; 4B3R O; 3RYH A; 1SF9 A; 3CRC A; 3E35 A; 4P30 A; 5JJJ B; 2HVJ C; 5LP6 B; 2X0L A; 3QVN A; 4JTC B; 4LH6 A; 3UT5 A; 4NXN B; 5IYZ A; 2YEV B; 1I94 B; 5LGN A; 1BGY H; 1NH2 B; 1KKC A; 5JJE B; 2FL4 A; 4KHP O; 1Y4M A; 4J11 A; 1K33 A; 5KMG A; 3T1H B; 3LSU A; 2HLD G; 1GM8 A; 2OTL V; 4J41 A; 3JAS B; 3AG1 C; 3ZMV A; 1GN4 A; 1EM1 A; 3RBZ A; 2A0L A; 3JAT A; 3JD0 A; 1W0J G; 1JCH A; 5H6Q A; 5CBG A; 1NI8 A; 3SJA C; 3OMN B; 1RSO B; 1XMQ O; 2PI4 A; 1HNW O; 1F4N A; 5K1X A; 5LMN O; 4YY3 O; 4LH7 A; 4X62 B; 2HHH B; 1HNZ B; 3JAK B; 2ZXW B; 1R6T A; 4I0X B; 4DR3 O; 4U3J A; 1JJ2 U; 2YIB D; 3VQW A; 1Q90 D; 1MSD A; 4ZHQ B; 5CA1 A; 3F7V C; 4X9Q A; 4IIJ A; 4UV8 A; 3J7A U; 1MNG A; 1NS1 A; 4I5S A; 2YXY A; 3ZN0 A; 4YJ2 B; 4ASU G; 2FML A; 1R3K C; 2XAJ A; 3ZHU A; 3JSN A; 1SQX H; 2EZP A; 5EZY A; 4P9P A; 4B7E A; 1EZJ A; 2XND G; 1N33 O; 3TGU H; 2ILM A; 1VIB A; 5B3S C; 4JI7 O; 3CD6 V; 4YIO A; 2EIM B; 4B3M O; 4PEL A; 2GUZ A; 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4DO2 A; 3E22 A; 2WLJ A; 2CGN A; 1KU9 A; 1X4T A; 2EIL B; 4LF4 O; 1MMM A; 3AEI A; 2XT9 A; 3JAT B; 2NR5 A; 3SPH A; 4J7K A; 4FLU A; 4UCR A; 4X65 B; 2QSA A; 1N36 B; 1YI2 V; 3CRA A; 4NXM B; 4GKK O; 2WWW A; 5KA5 A; 3B8N A; 4GCZ A; 1DTO A; 4HNA B; 4FIP C; 4LF9 O; 4DW0 A; 1XNR O; 3W7S A; 1BT8 A; 4MTX A; 4C7U A; 3HKE B; 2WLH A; 3AK3 A; 1M93 A; 1R3L C; 4PDM A; 3ZX6 A; 4J7Z A; 2JGU A; 5IYB O; 1XNQ B; 4DW1 A; 4LFA O; 2B9Z A; 5CBF A; 1XHZ A; 2RN9 A; 4G2K A; 5EZY B; 2EX3 A; 3DSQ A; 3A2F A; 3RYF A; 1BS3 A; 5HFL A; 3OUF A; 2GUZ B; 1EN6 A; 1KMI Z; 3ZED A; 1NBM G; 3CC4 V; 4LF8 B; 4PJ0 Z; 3ZMU A; 3L9D A; 1TVK A; 2PTM A; 3GWO A; 1QLE B; 2ZDI C; 2Q73 A; 2H3O A; 2V1D A; 1DF5 A; 2P7T C; 3OEE G; 4K8X A; 1L1F A; 1AR4 A; 2Y48 A; 4LF9 B; 3ABM B; 4B08 A; 2VQF B; 1XNR B; 1NVP D; 1K5S A; 1LNQ A; 3FB5 C; 1FKA O; 3AG3 B; 3JD3 A; 1M56 B; 1VAR A; 1V54 C; 4DR7 B; 5B1O A; 2OIG A; 3K08 A; 2NLJ C; 2YID A; 1O9G A; 4DV0 O; 1KUQ A; 2LQT A; 4GT1 A; 4NB5 A; 1B3Q A; 4WF9 V; 1AJQ A; 2R72 A; 3R65 A; 1B04 A; 1JPX A; 2YXL A; 1KYO F; 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