3OVNA

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
143
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 143
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ovnA00
3VQQA 5HRPA 4N56A 4CJLA 5J1EA 4UQGA 2GV9A 3CFRA 1A5WA 1I39A 1RDBA 3ZT3A 4BE0A 5K14A 4E1NA 2Z1GA 3HP6A 3F73A 4DF4A 3L2RA 3QERA 4CGHA 3KLEA 5J2QA 4PUOA 1JLQA 4CEAA 1JXBA 1EKEA 3SQ1A 4FZXC 3VA3A 4I2PA 1KRPA 2O4GA 3NDKA 1RTJA 3KK1A 4FM1A 3LP0A 3A2FA 3ZT1A 3AVFA 4CGJA 4KO0A 4B08A 2HB5A 4DFMA 3TAPA 2QKKA 1NJYA 3DI6A 4KTZA 3T1AA 4JLHA 1VRTA 3NF6A 1NK5A 4B8AB 1LWEA 3ZSYA 2OZSA 4J2BA 4FZZA 3MECA 1BIUA 4OKEA 1ZYQA 1BL3A 1KVBA 2VG6A 2EX3A 4O55A 4M45A 3I0SA 1BGXT 4R5PA 4AHTA 1TAQA 5D3GA 1NJWA 1RBVA 4B9VA 3O4QA 4BE1A 3AA4A 4HCBA 1HPZA 1S1WA 2G8FA 3VQBA 3VQ9A 4J2DA 3LP1A 4CIGA 4N41A 4KI6A 1JLGA 4NCGA 3DRRA 3HXMA 3SZ2A 2AJQA 4K8ZA 4CEBA 3QEIA 1Y97A 3HYFA 3KIOA 5KGXA 4CJWA 4DLGA 4DSEA 4KKOA 1LWFA 1VRUA 3V6DA 1S9GA 5KRTA 4KAZA 4FJ9A 1S9EA 1K6YA 4KHWA 3OJSA 2JGUA 4CHQA 3AO5A 1ASUA 1TKDA 4LSLA 4BE2A 4CCHA 1EETA 3AO3A 4HVJA 1LWCA 2BE2A 3SQ2A 4NYFA 3AO4A 1B92A 1JLCA 4CHZA 1X9SA 4CJFA 3DLHA 3CG7A 4AHCA 4OJRA 4FLTA 4CEQA 3F9KA 4RW7A 4GVMA 4CJKA 2GUIA 5FDLA 4FJNA 1RT2A 4Z4FA 2YKMA 3D45A 3DLEA 4DSFA 5J2PA 3RR7A 3AVJA 1U04A 2KTQA 3SPYA 3CFPA 2E6MA 3NHGA 3SPZA 3QNOA 3ZT0A 3EZ5A 2G8WA 3MEEA 2DFHA 4CERA 1IG9A 4GMJB 3I8DA 1SV5A 4FW1A 3V9UA 1NKBA 4OGCA 3DRPA 3ZCMA 3ZSXA 4DG1A 3AVAA 1KLMA 1MU2A 2Q3SA 4E1MA 3V9ZA 1C0MA 3OYKA 3RMAA 1BCOA 3L8BA 3ZSOA 3TI0A 4DQIA 3KD5E 4FJ5A 1XHXA 1X9WA 1RT7A 1A5XA 3JYTA 4E0DA 5JS1A 4NYNA 3OYGA 3OYHA 4M3YA 1TK5A 4DSIA 3KJVA 5CZ1A 1VSJA 5DK5A 3OVNA 3SQ0A 2DFEA 4CIEA 2YNHA 4DTJA 3SYZA 4FK4A 2P1JA 3AA2A 2FBXA 5SZTA 3SQ4A 1HYSA 3K2PA 1SKSA 3RMCA 1BI4B 2FBVA 4KTWA 4KHUA 2IAJA 3QO9A 4GW6A 3HL8A 4CK2A 4CFDA 4DQSA 4CJPA 3VQCA 1QSYA 1QS4A 3ISNC 4E19A 4DFKA 3QESA 4DU3A 2XRIA 3HPGA 5FRNA 4DSJA 4CECA 2OYQA 1L3VA 3BGRA 1C0TA 3SI6A 2X74A 3M8PA 2Z1HA 4AH9A 4W5OA 4KV8A 3V9SA 2PZSA 2KZMA 1SL2A 3NCIA 3OY9A 2I5JA 4M42A 1DTTA 4DTMA 3IRXA 1JXEA 4FJHA 1CXUA 4IG0A 3AVBA 2IS3A 5DMRA 1SKRA 3C6TA 4FJ7A 2ZD1A 4WE1A 3KLGA 4JS5A 4M3WA 1RT4A 4DTSA 1L5UA 4C8NA 4N47A 3KLFA 4LY7A 4CK3A 3TANA 1VSEA 2Y1JA 3RRHA 3OJUA 1VSDA 4F2SA 3O3HA 4FZYA 2HW3A 4F2RA 2XY5A 5HLFA 1D5AA 4DSLA 5JS2A 1RBUA 4FJLA 3DLKA 2G8IA 3P5JA 4HCCA 5T7BA 2Y1IA 1HNVA 1RT3A 3K57A 4DF8A 1RTIA 3PO4A 2XO7A 3U6FA 4KHNA 1XI1A 3LPUA 3MXMA 4CJUA 2QXFA 3SV4A 4CGGA 4KHQA 4OPKA 3AA3A 3NBPA 2O4IA 1WAJA 1WSJA 1TKZA 2RN2A 1JL1A 4C8MA 4CF0A 3DOLA 3KK3A 4H4OA 2E4LA 4Q0BA 3SUPA 3S3MA 3PY8A 3V1OA 1TV6A 1F21A 2PY5A 1TL1A 1TK8A 1VSKA 4H4MA 4DTOA 3AVKA 3KLIA 2PYJA 3C6UA 3OYIA 1FKOA 1U45A 2LSNA 1NK0A 4KHYA 4MQ3A 2B4JA 3ZT4A 5CY4A 3OYEA 3V4IA 4CJEA 5I3UA 4EZ9A 4DSKA 4M3TA 1RT6A 4CHOA 3VQEA 2OPQA 3NGIA 1JLFA 4ZHRA 1NJZA 4DS4A 5KTQA 3AVCA 3T3FA 4KFBA 4OGEA 2DY4A 4HUFA 1NKCA 3V81A 4QCLA 4JRQA 3NH0A 1RDCA 4CJSA 4EP4A 3QLHA 1ZBLA 1L3SA 3OYAA 4DU1A 3L2WA 2OZMA 3BDPA 4HHTA 3HK2A 3QINA 4EZ6A 3ULDA 4ID5A 3EYZA 2A1RA 3RTVA 4CF1A 4CE9A 3AVMA 4QAGA 3IAYA 2GBZA 3AO2A 5SWMA 4I2QA 4EP5A 1RT1A 3NAEA 4JS4A 2FC0A 4JRPA 2KZZA 1WAFA 1C1CA 4O0IA 4Y1CA 4CEEA 2IOCA 2DFFA 3E01A 4CGDA 3NGZA 1ZBUA 3H08A 3M8SA 4B8CA 3K59A 3LDSA 3CQ8A 2X78A 3RWUA 2G8KA 4DQPA 2KQ2A 3L2VA 3LWLA 4C8KA 2RF2A 4F3TA 3TAQA 4OPJA 3PX4A 3SCXA 4BDZA 4H8KA 4RW9A 4L8RB 3V1QA 1QHTA 4FLZA 4FYDA 1S1VA 4E7IA 1WSGA 4FLUA 2G8VA 3D0PA 1U48A 4FM0A 1ASWA 4DTRA 3RR8A 1S6QA 4OKKA 4B9TA 3S3OA 2Z1IA 4HUEA 4E7KA 1IKXA 3QNNA 1R0AA 2D0CA 4IDKA 2G8HA 3TARA 1NK4A 3ZSQA 4B9NA 4E7HA 3IG1A 4B9SA 1JLEA 3LP3A 5HBMA 3K58A 2ETJA 3ZSWA 5J2MA 3S3NA 4CEDA 2BANA 1RILA 4RG8A 4Z4HA 4W5TA 4E3SA 4FLXA 3O3GA 1UA0A 4O0JA 4LH4A 1NKEA 1SKWA 4CK1A 4FK2A 4CJQA 2IC3A 4FJ8A 4BWJA 4DFPA 5C24A 1U4BA 2OPRA 5C42A 3OS1A 4FJGA 3LPTA 4M3ZA 4N5SA 3QIOA 3OYFA 3OYBA 3QEVA 4ZTFA 1L3TA 4FJKA 3FFIA 1CLQA 1YTUA 2YHAA 4M41A 1FK9A 3OYNA 1HJRA 4AILC 1T05A 4DLEA 1RCHA 4I9QA 1FXXA 2HHQA 4F8RA 3VQ7A 4KREA 1DTQA 1QQCA 2DTUA 1J53A 1Q8IA 4K8XA 3TAMA 2YV0X 1XHZA 1LW0A 4I9LA 2F96A 3SV3A 3QEPA 4B9MA 3AVHA 2VG5A 3C94A 3MXJA 5HROA 4FXDA 3KK2A 3LZJA 1C0UA 4BWMA 3HJFA 1ASVA 4CEZA 4OLAA 1YVUA 3C95A 4CHPA 3DLGA 1CXQA 4CGFA 1X1PA 1GOAA 3IS9A 1BCMA 1QSLA 1HYZA 3AVGA 1KCFA 1LAVA 3TWHA 1IKVA 1W0HA 4DQQA 1RDAA 2B6AA 3UIQA 3DMJA 2HHXA 4W5NA 3ZSVA 2VWKA 3U3GA 3K5OA 4E7LA 4IFVA 3OYMA 3WNGA 1YT3A 2FBTA 2X6SA 4OKJA 4CFCA 1VSMA 1NK7A 3PUFA 3JSMA 4ELTA 4AHVA 1KSPA 3K5MA 4E7JA 4RW4A 3M8RA 1CZ9A 1RDDA 1O1WA 3MEDA 3NH1A 3LWMA 1T8EA 4NCAA 3SNNA 1HMVA 5HRRA 4CJTA 3VA0A 1J54A 4LD0A 1IKWA 4ID1A 2P5GA 3L2QA 4J2AA 4AHSA 2BGGA 2HHUA 1S1UA 1SUQA 3QIPA 5KI6A 4Z4CA 3PO5A 1G15A 3MEGA 3G0ZA 1J9AA 5CZ2A 1IKYA 4RW8A 4DQRA 4CJ4A 2YNIA 2WOMA 5CYQA 3HSTB 1BIZA 4W5QA 3B6PA 2OPPA 4Q5VA 3PX0A 1U49A 4ELVA 4FJJA 2KFNA 1TK0A 1TKTA 1TKXA 2XY6A 4BACA 4KHSA 3QEXA 3ZT2A 3TAEA 1QTMA 1W9HA 1C6VA 5C25A 1KVCA 1D8YA 3RRGA 4CFBA 4KB0A 4I7FA 3P1GA 2HHSA 4OVLA 1KFSA 3VQPA 1NOZA 4DTXA 1RT5A 3LAMA 1GOBA 3AA5X 2XY7A 5I42A 3THVA 5HP1A 4IKFA 4DTPA 1SL1A 3VQAA 4YNQA 2G8UA 2HHWA 3HT3A 1BQMA 1KVAA 3DRSA 4J2EA 1D9DA 1ITGA 1YTAA 4CGIA 2KFZA 4CF2A 4Z4IA 4FJXA 2YKNA 4ELUA 4DWIA 3CYMA 4Z0UA 5FROA 3L2UA 3HO1A 1RBRA 2YNGA 1WN7A 3OYDA 1X9MA 1LW2A 1BI4A 2FBYA 2Z1JA 3HVRA 5FRMA 1TAUA 2NUBA 3NFAA 5HRNA 3OS0A 4FJIA 4XIUA 1B9FA 1BQNA 3O4NA 3LALA 1A5VA 3OS2A 3CM5A 1DLOA 1UOCA 1RBTA 1FKPA 4CJRA 3AVIA 3HVTA 1S1TA 4OLBA 3AVNA 4ZTJA 1JL2A 3NF9A 4CFAA 1C1BA 3U3YA 2IDOA 3AV9A 4M3RA 2HVHA 1U47A 3QETA 4DFJA 3PX6A 4Z4EA 3OYLA 2D0BA 4CJ5A 3LAKA 2ATQA 1Z26A 3K5NA 1RTDA 4C8LA 3WNHA 4M3XA 1QE1A 2OA8A 1VSHA 4FK0A 1SL0A 5J2NA 3WNFA 1WSEA 3NF7A 2HVIA 1HQUA 1I3AA 5EU7A 2F8SA 4MFBA 1S1XA 3S9HA 3SJJA 1WNSA 2X6NA 1VSIA 1TGOA 1WSHA 5KGWA 3O3FA 1KLNA 1CZBA 4CESA 4PQUA 4FJMA 1Z25A 4LSNA 3HPHA 4Y1DA 4NCBA 4CHYA 1N5YA 3LZIA 2XY8A 1KTQA 3K5LA 3NF8A 2D0AA 1HYVA 3P83D 3KTQA 4KB1A 3M8QA 3DLBA 4BDYA 1TVRA 1N6QA 3TAGA 2P5OA 4C8OA 3KD1E 3ITHA 2ZQBA 1UAXA 2BDPA 2P51A 1S5JA 1HQEA 4AHRA 5HRSA 3SUQA 3TAFA 1NK9A 3PV8A 1WSIA 3AO1A 4BDPA 2HHVA 3NH2A 3MXIA 1D9FA 2ITGA 4RW6A 2E6LA 3TABA 3VQ5A 3L3VA 4M3UA 3OYCA 2R7YA 1HNIA 4IBNA 2RKIA 1KFDA 2HNDA 3I0RA 1S6PA 2YHBA 3EY1A 3T19A 4DTNA 4N76A 4LH5A 1WLJA 3VQDA 3MAQA 4QOZB 4PA1A 2KW4A 3V1RA 3NE6A 1RTHA 1NOYA 3NGYA 4YFUA 1TL3A 3ASMA 3DM2A 3SUNA 4CEOA 1Q9YA 4ICLA 4FLYA 4DU4A 4CJVA 3HP9A 4O44A 4Z4GA 3LANA 3G10A 4AHUA 4KTQA 2QK9A 4FLWA 4IFYA 2HHTA 3KKSA 1BISA 1EXQA 1VSLA 3HM9A 3VQ8A 1REVA 3AVLA 3VN5A 4FCYA 1BHLA 1LAWA 4FVMA 2JLEA 5KRSA 4CF9A 2HMIA 4G1QA 3HPOA 4O4GA 3KLHA 1GOCA 4CF8A 4B3OA 4PWDA 4KRFA 1WSFA 1EX4A 3DOKA 1VK0A 2HNYA 1EP4A 1RNHA 3OYJA 4E89A 3VQ6A 4FM2A 3QEWA 3RMDA 1XC9A 4DS5A 5CYMA 1VSFA 4FLVA 1B9DA 1NK6A 5E41A 2D5RA 1RBSA 2F8TA 2EHGA 4IG3A 3TR8A 1Q9XA 1NK8A 1IH7A 4DMNA 3ZSZA 2IGIA 3VQ4A 4HTUA 4KPYA 4KI4A 3CFOA 2VWJA 1QSSA 2B5JA 1C1AA 1JKHA 1NJXA 2RPIA 1UA1A 2PYLA 1HRHA 1L3UA 1IO2A 1XWLA 2WONA 3KKRA 4CEFA 1ZBIA 2YNFA 4B9UA 2A1SA 1ZBHA 3RMBA 2W42A 1J5OA 4F3OA 4CHNA 3SUOA 1LV5A 1UWBA 2OPSA 4HUGA 4PY5A 3DLRA 1JLAA 2HNZA 3LP2A 4F4KA 3DYAA 4DTUA 3WNEA 4CJ3A 2VG7A 2XHBA 2QKBA 3B6OA 3CM6A 3L3UA 4TSXA 1T7PA 3V9XA 3ZSRA 1T03A 3ALYA 4CIFA 4B9LA 1ZBFA 4FW2A 4O5BA 2ZE2A 3V9WA 4W5RA 1JLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P90A 4V19S 4N56A 4CJLA 5J1EA 4UQGA 2GV9A 1QQNA 3BUZB 1A5WA 2WTUA 3D6RA 4CI6A 1RDBA 4BR2A 4BE0A 2Z1GA 4JHDA 3KLEA 4JKCA 3FLCO 1YXQA 3SQ1A 3VA3A 1OH5A 4I2PA 2IVNA 4DFMA 3MX5A 4KO0A 2HB5A 3O4WA 3T1AA 3MMVA 1NMNA 1LWEA 3ZSYA 4FWQA 2OZSA 3TU5A 1BIUA 3O9QA 2NRZA 4O55A 1BGXT 4AHTA 5D3GA 4DQ8A 4BE1A 3AA4A 2O8EA 5FPDA 3VQBA 3VQ9A 2WFBA 4CIGA 4IJNA 4KI6A 2AJQA 4K8ZA 4CEBA 3VGMA 4A61A 5KGXA 4CJWA 4KKOA 1VHXA 1S9GA 2JGUA 3D2FA 1M1KO 1ASUA 4B1WB 3CF5L 1WBDA 3AGRA 1LWCA 3SQ2A 4YOUA 4NYFA 4CD3A 1JLCA 5AQVA 4CJFA 2GWJA 4OJRA 4FLTA 4BGAA 4CEQA 2F4VK 4CJKA 1RT2A 5JVGL 3BF1A 2P9KA 5J2PA 3RR7A 3AVJA 3VF4A 4BRKA 2PBDA 3EZ5A 3M1FA 4CERA 1IBMK 4FW1A 3UKUA 1NKBA 4OGCA 4M7YA 3AVAA 4E1MA 1MU2A 3OYKA 3LL3A 1KQSM 4M3YA 1TK5A 1NGAA 1VSJA 5DK5A 3OVNA 3SQ0A 2YNHA 5MLCQ 4FK4A 2P1JA 4KTWA 4KHUA 2NNWA 3QO9A 4GW6A 2P9SB 1KXPA 1QSYA 4E19A 3A5NC 3N4QA 4BRDA 4BR7A 4GKJK 2OYQA 1L3VA 2BTFA 3V9SA 5FLXO 2P9LA 3C7NA 4BRAA 4M42A 4IG0A 3HOTA 2ZD1A 1GLAG 1GLBG 4C8NA 3MDQA 4F2SA 5ELZA 4DB3A 1YJ9N 2QWRA 4BC2A 2XY5A 4MO4A 5JS2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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