3OVPA

Crystal structure of hrpe
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
GCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Ribulose-phosphate 3-epimerase
publication title Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00834 Ribul_P_3_epim Ribulose-phosphate 3 epimerase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ovpA00
1S5VA 2TRSA 2VELA 4TU1A 4AWTA 3HJZA 1XXXA 3TA6A 4S2CA 3BK0A 5CSSA 1KFLA 2NXIA 4FEZA 1JCYA 3O6DA 4AMAA 4AHQA 1IIGA 2NWSA 1B4EA 3GDTA 1HFBA 3HPXA 3JS3A 4I9AA 1JR1A 4N4PA 3M43A 3SZ8A 3LCFA 4XTDA 1V5XA 1TMHA 4LT9A 1MXSA 2CW6A 4M6VA 3ATZA 4ADSA 1A50A 2OT0A 3W7KA 1FXPA 3EWBX 3H54A 1W3TA 3MMTA 3TJXA 1KM3A 2YFNA 4EF8A 3FKRA 2A7RA 4OV4A 4NZJA 3DKJA 4RV8A 3LCIA 2ZRZA 1OF8A 1Q6OA 4TX9A 1TPVA 4E2BA 4WQ6A 1K7FA 5CZSA 3R8RA 4NX0A 4MLJA 3NEVA 3IRDA 4UFLA 3GAYA 2V2HA 1LDCA 3YPIA 1WX0A 4TMBA 3S1UA 3S6DA 1LBFA 1V7YA 1EP2A 4JX5A 1Q6LA 4ZQOA 4LC8A 4ORIA 3W1PA 2G5WA 2NUYA 4BK9A 1Q6QA 3B0UX 3R2GA 2Y61A 3CHVA 4NU7A 5FF2A 4Z0SA 4IX0A 3T78A 2ZZ1A 4O4VA 5CPOA 1VGAA 1W5NA 5FEPA 2HMCA 4DF1A 5I3FA 3CWNA 5AHEA 4MLRA 2YYTA 3KFTA 3PBVA 3QYQA 1YLVA 2O7QA 1XUZA 3FIGA 3NQMA 4WXYA 1PIIA 3RLVA 4XTIA 2C19A 2ZA3A 2BXVA 2HS8A 1I4NA 4DEFA 3FFSA 1KLZA 4LS0A 3GR8A 3VCRA 3USBA 3M5VA 2WKJA 3EWWA 2VEKA 4K7YA 5TBOA 3ZS4A 2GPTA 2WSQA 2YFOA 3O8AA 5D2TA 1AL8A 1FBAA 3W1AA 4JTEA 2Y7FA 3HIJA 1EWDA 3NQ8A 3L65A 1ADOA 3W70A 2E68A 3IV3A 4JS3A 4MY9A 4OGZA 3UXDA 3EWXA 2X30A 3NQ2A 2EGZA 2GJLA 3SSJA 3WJXA 2CWNA 1JUEA 1J4EA 2NX3A 3ZWSA 1UCWA 3NZRA 3IIXA 3VNDA 1VLIA 3HO8A 3WJSA 3HG3A 4M7TA 2Z1BA 3R89A 3SGZA 2GQ8A 2YZRA 4GE8A 4HNTA 5DCDA 2ZZ6A 3QRHA 3C61A 2FIQA 5C2XA 2VEMA 4O50A 2VOMA 1LOQA 1OABA 2ZRVA 1GTEA 3KRUA 5G2WA 4DPPA 3W7EA 3P5YA 3L0GA 4FXSA 3M0ZA 1OFEA 4RKAA 4MY8A 2Y7DA 3NPXA 2E77A 5DCBA 1ICSA 4Z0JA 3QZEA 1H51A 3B04A 3DAQA 1IXOA 4KWVA 4WOQA 2NUXA 2J9XA 3AJXA 3C3NA 4AHOA 3GB6A 3ABOA 3I65A 1TTIA 1M7PA 4A2SA 4LTSA 2QJHA 4RX0A 3UPBA 4N2YA 3G1FA 1IGSA 4NXSA 2NLIA 3SY5A 3NL2A 2WQPA 4DO5A 1OK6A 5KITA 3HB9A 3W2MA 2V30A 1BTMA 3NA8A 4JTSA 4OU1A 3T40A 4E2DA 1OX6A 3HGRA 3TUUA 2X1TA 3UWVA 4XUGA 1I2RA 3W86A 4OT7A 2G97A 4AF0A 1VS1A 3GIYA 4FX8A 4GBUA 1FCQA 1K3UA 3F4WA 4HKPA 3W7LA 4Y6GA 3S0CA 3U6WA 4LC6A 2QCCA 3DFPA 3CIXA 4E38A 5DXYA 1W5OA 3C56A 3LCGA 2ZZ4A 1SW3A 3CWOX 3PC0A 3DZ1A 3B0PA 3UD6A 4O14A 4IXXA 4Z1BA 3G8RA 4FNQA 1C29A 4RK8A 1YPFA 1Z44A 3F1QA 4UTMA 3AO0A 2GUUA 1B4KA 2GOUA 3HPSA 4Q32A 4X9SA 2RDTA 5TQLA 3G1XA 3W74A 2GVGA 2E6DA 4N6EA 4ZL1A 3W7HA 3TW7A 3ZFHA 3W88A 3CTLA 5I3JA 3TDFA 1Z42A 4UMAA 1OYCA 1TV8A 1YDOA 3BG3A 3S1XA 1N8FA 1IXPA 1XC4A 2DU2A 3A24A 1L2UA 4Y90A 3PG8A 3PY2A 4LVBA 4CNNA 4FX6M 4XBKA 2OT1A 2NV1A 3M6YA 2HSAA 5CGQA 4EOUA 1DORA 2H3BA 3TE9A 2P1FA 3NVTA 3PWAA 4IPJA 4HHPA 2HS6A 4EIVA 3E9AA 5CPMA 2YW4A 4FO4A 3W07A 1OG0A 3PR2A 3QM3A 1CW2A 4ML9A 1VJIA 1Q45A 1RZMA 3QQ0A 5K3VA 3P8JA 1TV5A 3MP3A 1TIMA 3DGRA 5DBUA 5C55A 5FF0A 1M6JA 2ZFAA 1W37A 2IQTA 1QWGA 3STGA 4HIBA 3BG5A 1H1ZA 4HSNA 4WZHA 1QPQA 1RVGA 2H8XA 1G4SA 3NQGA 1GG1A 5BNKA 1GVSA 1JULA 3LCHA 1B3OA 1VRDA 3B06A 1TTQA 4S2BA 1O94A 2ZRUA 3M16A 1OFBA 1ALDA 2BZNA 2QCNA 2WOQA 3NQCA 3LX9A 4A2RA 1ZAJA 4TR9A 4YMZA 2QEZA 4FNTA 1EB3A 3HBLA 2WSYA 4NQ1A 4O12A 3I7SA 1LM1A 1GEQA 4BWLA 1MZHA 1WBJA 4X22A 2A4AA 1P0NA 3NQ6A 2X2GA 3BLFA 3N9RA 1CX9A 4UNLA 2PRHA 2NZLA 3DI1A 2BX7A 4JICA 1KA9F 4IXHA 4PFMA 3EX2A 3NNTA 1AW2A 1JCNA 5AYXA 1F6KA 1OVDA 4JTFA 3W75A 1W31A 4ADUA 2Q8LA 1H7XA 1TPH1 1PVNA 3IEBA 3RFAA 1W8SA 1VYRA 1GT8A 1ME7A 3IGUA 2B4GA 1PHQA 3IVSA 1EA0A 4H4IA 1DJNA 3W3OA 4AEOA 3VI2A 3CIWA 3DU0A 3Q94A 5EY5A 3VE9A 3A5VA 1MEWA 3FYOA 4WX2A 4WOZA 5G5IA 3FLUA 2E6YA 2GJNA 1U5JA 1OFOA 1HO1A 2C3ZA 4R53A 3WJWA 3DKLA 4IQLA 1BWKA 2DP3A 3BLEA 3W1UA 3NYZA 3ATYA 2H6RA 3W7DA 4ORMA 3W1NA 4C1LA 2I14A 4UTTC 1HUVA 3IVUA 2A6NA 2H90A 4B5NA 1FX6A 3UWYA 1S5TA 3LBCA 3BPWA 4QITA 4N9CA 3KRSA 1SFJA 1K8XA 4KKXA 4Y9AA 3P5ZA 1FDZA 3M5XA 5F1UA 1WV2A 4PL2A 3W6YA 4XKYA 2Y62A 3QW3A 1ZJIA 1AL7A 4YLWA 3O16A 1EUNA 3E02A 3L68A 3LCXA 2DZXA 3M5YA 2X1RA 2C14A 3C0JA 3NQ7A 4DBDA 2OCZA 1I2QA 5F2IA 5HINA 4AXKA 3FYPA 4Q4KA 2VENA 2EPHA 5F2LA 1TREA 2QKFA 5LGXA 3MYOA 2J27A 3L9CA 1Z48A 5F2MA 2GVJA 1X8FA 2X16A 2E09A 4UTJA 5TIMA 3RK8A 3LRKA 2R91A 2XN2A 1XBVA 3IIVA 1SZFA 1UB3A 4GUHA 3CM4A 2ATSA 3W9ZA 1IXQA 3C6CA 1KM4A 3M5ZA 1IIHA 3C4UA 1W5MA 5AB3A 2HTMA 3LERA 3W7GA 4AVFA 4DO4A 2ABBA 2NXHA 4A29A 1SZGA 5F2GA 1QMLA 5BMWA 1RQHA 4JX6A 2XN1A 4K36A 5G2HA 5DN1A 4XZ9A 2YR1A 4O1AA 3C2FA 3W2KA 2QCMA 1QO2A 1FDYA 1OFPA 3EX1A 3MBDA 1WYIA 1QDSA 3A21A 3GDKA 3SR7A 3BW4A 5EMUA 3KX6A 3OVQA 4PTNA 4R33A 4AAJA 3W7IA 1NAL1 1QCWA 2QDHA 1JQXA 1D9EA 1SZNA 1LLWA 1OK4A 3HF3A 2ABAA 3A22A 3B03A 3G8EA 3QPZA 5AYZA 3ANYA 2WNQA 4FNRA 1XI3A 2FQIA 1XDLA 2GVLA 4UFMA 4CNPA 3F03K 2QAPA 2EAWA 3G1DA 2CLKA 1VYSX 1HL2A 3C2EA 1R2TA 1FWRA 4M19A 1OX5A 1SR9A 1DBTA 1ZHAA 3PUOA 1K02A 2QR6A 1K03A 3LHVA 3P8IA 4LW7A 2CLMA 3MWAA 1GYLA 2ZZ5A 3K30A 3TMLA 3NL6A 2PC4A 3NG3A 4O11A 2ZZ7A 1LTDA 5G1YA 1OFDA 1R47A 1T0OA 1FWTA 5D05A 3KVMA 4GFSA 4DF2A 3DFSA 5LSMA 3O63A 2DZWA 3LV6A 1WXJA 4UXDA 4LVGA 3FEMA 4PODA 3CB8A 2FFCA 1FCVA 4AHPA 1FDJA 1KTBA 3R13A 1L6YA 4N6FA 4ZQMA 5DBTA 4FXRA 3BVJA 2CLOA 2QCDA 3HPZA 4NX5A 4N4QA 5HWJA 1OFAA 1SO6A 2E6FA 2OX1A 4UCGA 1DL3A 1SUXA 4LS2A 3G1SA 5LHEA 3LHWA 4MPQA 1YADA 2VFIA 1QR7A 4HNUA 2VFEA 2ZTJA 4JX4A 1LRTA 3GVGA 3G18A 4LV4A 1QO5A 3JRKA 5CZ0A 3M41A 3GKAA 1J5TA 3GDMA 4UR7A 1XM3A 6ALDA 1ZCOA 3NQAA 1UUMA 3KOFA 2ZRWA 3UNDA 2ZYFA 1HG3A 4ZQPA 2V9DA 8TIMA 2AQWA 2CZDA 3LDVA 3G24A 1IF2A 4UIOA 2CLLA 3LXCA 4IPIA 2W79A 3HGOA 3TQKA 1KFBA 4MZYA 1LOLA 4ZMGA 3UQNA 1FCBA 5I3GA 3TKFA 1I8JA 3W2NA 3G1AA 1DJQA 1JCXA 1GVQA 2A1YA 1F73A 1JQVA 3G1VA 1NFBA 3NPWA 1NSJA 2XN0A 4X3ZA 5KTLA 2RH9A 3STCA 5FEZA 5H91A 5D09A 2TSYA 3I7RA 3UWQA 4CCCA 3KVKA 3EXTA 4UMBA 1SFLA 3M47A 4DBEA 4LV9A 4O1CA 1SSGA 5E93A 1KTCA 3C2VA 3L5LA 1WBHA 4N9BA 3A9IA 3DFTA 1FCUA 2AGKA 4KWWA 5LNWA 4FIRA 3W76A 2YYUA 4YL2A 2ZZ2A 3TC7A 3SI9A 1D3HA 4EWND 4CNOA 1DV7A 2J88A 1H60A 4JEQA 1OFRA 3DH7A 3JR2A 5FESA 3T7VA 3EKZA 5HUOA 5EPDA 1YXDA 3LLFA 2NX1A 3OIXA 2Y70A 3GDRA 1AG1O 1LP6A 2F7FA 5AFDA 4KFOA 3W87A 2WV8A 3O06A 1TJRA 4IMEA 4O15A 1ME8A 1FWWA 4QM1A 1TRDA 2VFGA 1K7XA 4WY0A 1YYAA 1N7KA 3C8FA 1WOAA 1TTJA 3DENA 2J9ZA 1A5CA 3I6RA 2O7SA 2Z0IA 4XWUA 5HR7A 2TMDA 3G1HA 3TQ0A 2B7OA 3BV4A 4GUIA 3UWUA 3NQFA 3MYPA 4OQVA 4MZ1A 4OV9A 3EX3A 3DXIA 2V2CA 3W7QA 1XBXA 5FEWA 3CT7A 5F4WA 1G6CA 1ONRA 1ZAHA 1YPIA 4JY8A 3TROA 3G0SA 3QSTA 1ICQA 5LGZA 2Y89A 1XBYA 4UTWC 4K38A 3PBUA 4Z1DA 4ZQCA 1WQ5A 2JBMA 2DZTA 4NT0A 3LI0A 4RZ5A 2XFWA 3W23A 1DKWA 4LVAA 4N9EA 4UMCA 4EVZA 4NXKA 2ATMA 5GVJA 3E49A 4YCOA 3FKKA 5DCEA 1MO0A 1TO3A 3LHUA 1GVRA 4MFEA 4FX7A 5I3KA 1OFQA 3Q58A 1X6UA 4Y8FA 2LLEA 3I68A 4BI7A 1DHPA 1KTNA 2C1HA 3TC6A 3BW2A 1PV8A 3QMTA 3KHJA 1H1YA 2ZQ0A 2QUTA 4MKNA 3S1VA 5LZLA 3QF0A 3HMJG 1GTHA 3ABQA 3GX9A 2VFHA 3THQA 1DQXA 2JKEA 1JVNA 3B4UA 2E1DA 3MI2A 5G1TA 3EWUA 2YW3A 3IGSA 1Z41A 4U4MA 7TIMA 5DY3A 2Y63A 4M6QA 3FS2A 3NQEA 3DFNA 3UY8A 3CLMA 3H55A 3ZR4A 1EX5A 3D0CA 4JTTA 5DY2A 3RLUA 1OJXA 2X1UA 3RMJA 1JCMP 2A21A 2YSWA 3N3MA 3GR7A 5CZTA 5KZDA 2OMAA 3OG3A 4MZ8A 2C16A 2B7PA 3TXVA 3FJ6A 2E5DA 2DJXA 2ZTKA 3O6CA 1TQXA 4AH7A 1OX4A 4NUWA 4MJMA 3LHTA 1TRIA 3EX6A 4LNYA 1G4PA 4O18A 1NEYA 4JTGA 2FPVA 4PL1A 4WJEA 3EB2A 3TCEA 1KW1A 2Y88A 2VEIA 3OVRA 1SW0A 5KZEA 1TPWA 2QUUA 1O4UA 3P84A 1KM2A 1AW5A 3DFQA 4POCA 3N14A 3S5OA 5LNVA 1LLZA 3LTSA 3CPRA 1OYBA 1ZNNA 5LNRA 1TQJA 5AHLA 3CEUA 5D37A 1X7FA 3LHYA 1GZGA 3FJLA 4OWGA 5D38A 4HNVA 4K39A 1HO4A 4O19A 2QDGA 2J9YA 4WUIA 4GXMA 1G4EA 3UZJA 3B8DA 1ICPA 3O05A 1G7UA 2WNNA 1P0KA 3OEXA 4DQWA 4HPXA 1O5KA 3LTPA 2CU0A 1LBLA 4ZVJA 1TTPA 1W54A 2CZFA 1DQWA 3KXQA 3M44A 3PSWA 4FHAA 2W0UA 2WPBA 3B05A 1UBSA 1TYGA 4I7WA 3GNDA 1JCJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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