3OVR | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	221
structure length	221
Chain Sequence	GCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Ribulose-phosphate 3-epimerase
publication title	Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE pubmed doi rcsb
source organism	Homo sapiens
total genus	80
structure length	221
sequence length	221
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	2010-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3ovrA00

4B5NA 4HIBA 6ALDA 5AHLA 3W87A 2GVLA 2R94A 4LVAA 4WZHA 4KFNA 2UV8G 3QSTA 2NLIA 3M1ZA 4FX6M 4BF9A 5LGXA 4O53A 5D2WA 3DZ1A 4RZ4A 2HMCA 1Z42A 4NQ1A 3NZ1A 3MW7A 4YWIA 2ZFAA 5G5IA 3W1RA 1YPFA 2AQWA 2DZUA 4FNSA 4LVBA 2QCFA 3NQMA 3TQKA 5LNRA 3TC7A 4XBKA 3W7EA 1W5MA 4O0KA 4KWWA 3NPVA 1HG3A 1AW1A 4WUIA 3IEBA 1LROA 2E77A 2CLLA 3G8EA 4IX0A 3W6YA 2QCGA 1MEHA 5FEWA 3A24A 3EWWA 2Y63A 2ZA2A 2R14A 4O0ZA 4MLRA 1F73A 5CZ0A 2E1DA 5E1QA 4I7UA 4MY9A 3DU0A 4JDYA 5I3IA 1EWEA 1W54A 1VYRA 3UWVA 4MPQA 3A22A 3UWYA 2EPHA 4RXFA 1TO3A 3ABOA 1W5QA 5I3JA 3LCXA 4DO5A 3P82A 1A5SA 1KM5A 4NXKA 3SSJA 4GNJA 1FDJA 1SSGA 5K2ZA 3LTYA 1XDMA 2XN2A 1FX6A 2YDAA 1U83A 5GVJA 3NQEA 3M41A 2Y62A 4IJBA 1SO4A 1LOLA 5DN1A 2X16A 4LUJA 4N9EA 4Z0JA 2Z1BA 3DHDA 3LV5A 3G1HA 4N9CA 3NQAA 1TMHA 4DF0A 3ABQA 4M7SA 2ZRVA 3EX3A 1G69A 3KRSA 4DO4A 1LLWA 2PRLA 1XFBA 1OK4A 4UFIA 1O5KA 1OYAA 5EY5A 1GQNA 5KZMA 3NQ6A 1Q6QA 1WAUA 2A7PA 4YCPA 1UJPA 1QR7A 4GRSA 4C1KA 4MYXA 1YYAA 5BNKA 1PIIA 4X2RA 5D2YA 4LNYA 5K4XA 5DLCA 3TSDA 5FEZA 2FTPA 3MJYA 1GTEA 3PB2A 1SZGA 3KOFA 3Q94A 3GDLA 5G4WA 4L4MA 4N9BA 5C6MA 1VLIA 3CC1A 4U28A 4CCEA 2H90A 4JR5A 2VENA 3LOTA 1QMLA 1EIXA 1Y0EA 1TPEA 3QC3A 4O4VA 2OZ0A 3B0PA 3LRMA 4E38A 1L6SA 4RKAA 3A5FA 1SO6A 3P74A 4UIOA 2ZYFA 2FFCA 1TPC1 1OX4B 1FXPA 3HO8A 4JYDA 3TC6A 1L6YA 3EWUA 4DQWA 5HULA 4OU1A 2I9EA 1KFJA 4ZQRA 1JCXA 2GJLA 2A6LA 5FEPA 1Q6LA 3N2MA 1TCDA 1VR6A 1F6KA 2WJZA 3QFEA 4A3UA 3W70A 3W7RA 1TREA 4TMBA 3F1QA 3LRKA 1QOQA 3PUEA 3T7VA 4X22A 3C2RA 3L5MA 3P62A 1XXXA 4MY8A 2XFWA 2ISVA 4IGHA 4NT0A 3DFNA 3NXFA 4GJ1A 3TX9A 4RXGA 5DCDA 3UWZA 3L5AA 3NPWA 2NV2A 3H54A 5BMWA 2X1UA 1FCBA 3PG8A 1SUXA 4RR4A 1W37A 2VEMA 3SIZA 3NL5A 3M5ZA 3WK0A 1TTQA 3HGSA 5F1VA 4AXKA 5C55A 1B9BA 3E12A 4HT3A 3O1NA 1GYLA 4LWWA 2H8ZA 3CU2A 1F6PA 4YCOA 4ADSA 1QPNA 4BI5A 3BGGA 4UTHA 1B4KA 4XQ6A 3S9YA 1GJPA 5F2MA 1J2WA 3PSVA 4R34A 4XTIA 1W8SA 2ZRXA 5KSWA 3CWNA 1LRTA 4DBDA 3W2KA 2YFNA 1R46A 1JR1A 1CW2A 2V9DA 2ZA3A 1SR9A 3B04A 4O17A 1HFBA 5H2ZA 2EF9A 2EHHA 5EKYA 1B3OA 3WK3A 2FB2A 2QCDA 1R30A 1KM6A 1NFBA 3ELFA 3SZ8A 4JXCA 1VYSX 4O18A 3DFTA 4UTUA 2WNQA 3E96A 2QAFA 2ZDRA 1OFOA 1SPQA 2D73A 2XN1A 4QNEA 1QO2A 2V5BA 1RPXA 1H60A 2A21A 2FPYA 3PBVA 1PHWA 3LM7A 5D32A 2JGQA 4UMBA 3AJXA 3N9RA 4R53A 3FYOA 3T55A 3NQCA 3YPIA 3CQ0A 1KFKA 1PHQA 3OBKA 3N3MA 4KFPA 1H7PA 1ZAIA 1OFAA 3W3OA 1SW0A 2Z2UA 1GT8A 3SI9A 3ZR4A 1WV2A 4XWUA 2QKFA 3TQVA 4O1AA 2QCMA 3H55A 4IOTA 3UY7A 3TU9A 3E02A 3BW3A 3MBDA 3EX2A 2ZA1A 4JTUA 4LUIA 1O94A 3BARA 4P61A 1FDYA 1N55A 5U7SA 2A5HA 3MYPA 3NQ2A 3GB6A 2R8WA 3RF9A 4RZ5A 1SU5A 3L68A 1K8XA 1VLWA 4TIMA 3UWQA 3W2NA 2RDUA 5LGZA 4GUHA 5G1YA 3EKLA 4O14A 1W56A 1TPUA 3TQ0A 1JULA 2J27A 3PR2A 2CU0A 3G0SA 4UTKA 4LV4A 4TX9A 1Q6RA 1LBFA 3JR2A 2C16A 3N14A 2WPBA 4NVTA 4K6AA 5HR7A 3NQ8A 2GVJA 1AG1O 5LHEA 5K3VA 1YDVA 3E9AA 1VC4A 3PVFA 5TQLA 1TRIA 1JCMP 4CNOA 1KW1A 3L65A 4EOUA 1PE1A 3BW2A 3IV3A 2ZZ5A 1Q6OA 1KM2A 4NZJA 3CIWA 3O6DA 3O63A 2PC4A 3C56A 1KBIA 1TYGA 3W71A 3W1AA 1QFEA 4NNBA 4MIMA 3EWZA 4Y9AA 1LDCA 3I68A 3M5XA 3ATZA 1XBXA 3L2IA 4M6VA 5HJLA 4XTDA 2QCCA 3QF0A 1K7EA 2JK2A 1H1YA 1FWTA 1Q3NA 3MP3A 3KRZA 3GDKA 1TQXA 3O07A 4Y96A 4AWSA 1L2UA 4OBTA 1BKSA 4JDBA 4Q4KA 5LNWA 4MOZA 4R33A 3RMJA 3TNOA 3STCA 1NSJA 1ME8A 4NJHA 5ABTA 3THAA 4Z0SA 3GKFA 3W74A 2ZZ1A 3SECA 4WD0A 1KFBA 2FQIA 4IMEA 2WSQA 4ORMA 2P10A 3HQ1A 2WO5A 1KBJA 4MZ8A 5E93A 3T4CA 3IIZA 1LBMA 1GWJA 2H6RA 4WOQA 4TMCA 2WQPA 5AN7A 3NPUA 1SZEA 3KVLA 4JS3A 3DI1A 1KFCA 4BI7A 3LI1A 1SW3A 3PB0A 4QISA 4YMZA 2VEKA 2HTMA 5KZDA 3DAQA 3FLUA 2ATSA 3WJXA 3TAKA 1H63A 4IPJA 2QF7A 2PCQA 4O54A 3L0NA 5AC6A 2Y7DA 3C2OA 4JTJA 3NL3A 5CZSA 5DXYA 2ALDA 3G0UA 4UTTC 3NO5A 5AOUA 3EKZA 2X1TA 3R13A 4WXYA 1QO5A 4LV9A 1WXJA 4JIQA 3S1VA 3ANYA 8TIMA 5G2IA 1ZNNA 2CZDA 4QNWA 2CLMA 1HUVA 3NA8A 1TPB1 2OT1A 1ALDA 1W5NA 3R89A 3W7KA 4RX0A 1H1ZA 2GQ8A 4JNMA 5AHIA 4LU0A 1FCQA 3B06A 1WBJA 4JTHA 3F4WA 2E09A 4OGZA 3NM3A 1TPFA 3C2FA 4H6KA 3UPBA 4BWLA 4WXZA 2CLFA 3KX6A 3TH6A 3HPZA 3Q37A 1JVNA 3UYCA 3EWXA 1OFRA 4U4MA 1J5TA 2A7NA 2CLKA 2QCNA 5EPDA 5TBOA 3LDVA 3QQ0A 5HMSA 3SFKA 4Z1BA 4YLWA 2EGZA 1RQBA 4UTIA 5DCBA 1G7UA 1TJRA 1W3NA 4A2SA 5LNUA 2RFGA 3S5ZA 1XBZA 2NWRA 1OG0A 2VFHA 3P7YA 3BO9A 3DFSA 2ZQ0A 1I2QA 3BG9A 5DELA 4NJGA 3FFSA 2E68A 1LYXA 2ZTKA 5K7JA 3GKAA 1TV7A 3B4UA 3MHUA 3CPRA 1FWNA 1AMKA 4MKNA 5D2VA 5DXXA 5F4XA 3STEA 3IGUA 4X3ZA 3SGZA 2X2GA 3TA6A 1KV5A 4AMAA 5AHEA 3VI2A 3S1XA 5I3KA 2CZFA 2DZXA 2QUTA 2NZLA 3U2OA 3BK0A 1W0MA 1KTBA 3BG3A 3W7LA 3IGXA 2Y89A 3M16A 4WY0F 1DQWA 1H7XA 4M6QA 3QMRA 1C29A 1SW7A 4LOCA 2VC6A 5IBXC 2WSYA 3M5YA 1LLZA 1WDWA 3VE7A 4PEKA 3RU6A 1JRBA 1OFDA 2X30A 3G1XA 5G2HA 2VOMA 1ICQA 3G1FA 3G8RA 1O5XA 4FHAA 2I14A 3TJLA 4IXXA 1GG1A 1QPRA 1ZAHA 2C14A 4JTTA 5I3FA 3WJSA 1IGSA 4TU1A 3SJ3A 2C19A 4NJJA 4QSHA 1R2RA 2DZVA 1FWSA 1A50A 2CLOA 1FCUA 5SWUA 5G4EA 2Y6ZA 2A7RA 4HNNA 3UZJA 4GFSA 1FUYA 5KINA 3OA3A 3ABRA 2DJXA 2EAWA 3PF3A 5LHFA 1F05A 4ZVJA 4EWND 2OT0A 1YXYA 3S5OA 1LTDA 2W79A 2AAMA 4RJEA 3NAVA 1FDZA 3MP5A 1YPIA 1BWKA 3TAOA 1V7YA 1W5OA 4WX2A 3RNDA 2AGKA 2V2CA 4HSNA 5HQEA 1L6WA 3NR0A 2V5LA 3L0GA 2PRMA 1LCOA 1DBTA 5KITA 4UR7A 3M44A 5EL1A 5D03A 2E6DA 3GK0A 3M6YA 1JQXA 4RK8A 3BV4A 1I2RA 5FF7A 1EA0A 1H5YA 5IBXA 3W7GA 3Q58A 1I8JA 2V30A 3EX1A 3IGSA 4O52A 4NJKA 5J5DA 2RKXA 1G4TA 3G3DA 1TV8A 3F03K 1DVJA 1XC4A 1QDSA 3M9YA 3LHTA 1GVRA 1JRCA 3IVTA 3UPWA 2Y7GA 3E0IA 2DU2A 4IX2A 1OHLA 1LOQA 3GZ3A 3HJZA 4LS1A 3STGA 1S3HA 1TTPA 2YW3A 3K30A 1H50A 1PL9A 4EF9A 4LC8A 2QAPA 1FY6A 3W1MA 4HNUA 1XL9A 2A85A 3THQA 1JCNA 4YL2A 3C6CA 4K8EA 3GX9A 4PTNA 1K02A 1A5CA 1T8XA 3G1YA 1EX5A 3CHVA 3LB0A 1KV8A 2OX1A 1I4NA 3DKJA 4ADUA 4FNRA 3O8AA 4MZYA 2CLEA 4L4LA 4O13A 3DGRA 3N2XA 1WBHA 2QCLA 3O6CA 5C5YA 1JCJA 2O7QA 3TW6A 5CGQA 3TROA 1K7FA 1K7XA 3W7MA 4JD4A 4K36A 3NG3A 3W2JA 3DXIA 3JS3A 1H7WA 4HN4A 2QUVA 3BLEA 1YDNA 4FEZA 4ORIA 4HSOA 4Z1DA 2E5BA 1DQXA 2BLEA 3UXDA 3TFXA 4UFMA 3MI2A 2VFEA 5C2XA 4AWTA 2YZRA 4GC4A 4UTLA 1IXQA 3MP4A 3QPZA 3VKJA 3HMJG 4PH6A 3KVJA 3VNDA 1U5JA 2Q3OA 1H7OA 3OVPA 3R5EA 3RLVA 2ZZ4A 3E49A 2JKAA 3N19B 3OVQA 3NM1A 1PCKA 2QCEA 3B8DA 2QJGA 5H91A 5F2LA 3SY5A 2EKCA 1KM4A 1EUNA 2FPVA 4PCFA 3QYQA 3TSMA 3PC0A 1VCVA 2QUUA 2QJHA 3UZ5A 5U4NA 3W88A 5LKYA 4QITA 3G1AA 1DJQA 1UCWA 5BW6A 3O16A 1V5XA 4FF7A 1SZNA 4PC8A 2CLIA 5AHNA 5CPOA 2Y7FA 2NUWA 3W1LA 5A5WA 1LP6A 1ZALA 2J88A 3C2VA 4LTSA 1ZY9A 1TPVA 1OFBA 3BLFA 4HPJA 3TMLA 3EWYA 5D2TA 3L67A 2C18A 4GE8A 3Q2DA 1TJPA 5D04C 4AF0A 1RVGA 3TSBA 4DF2A 2J9XA 3O05A 3AO0A 1KM0A 4EF8A 4LW7A 1G4EA 1FWWA 4UTWC 4N02A 3A21A 1VZWA 2RDWA 3P8JA 4K37A 1IXPA 1F7BA 3FYPA 1BTMA 3CWOX 2VXNA 3MI3A 1O60A 3ZS4A 2A2IA 3DH7A 4WJEA 3GVGA 3W2LA 4K7YA 1WQ5A 1XBYA 4AH7A 4NXSA 4O8RA 1UB3A 3D0CA 3LHWA 1KTCA 3S42A 2LLEA 2B7NA 2WNZA 5BOOA 3HOJA 4O19A 1KTNA 1K3UA 2J24A 3MMTA 5K9XA 3TJXA 1MXSA 2NXGA 1QPQA 2Y85A 3DI0A 1FCVA 2JKEA 4O57A 2VEIA 4LS0A 4FIQA 3R2GA 3C3NA 2ABAA 2A6NA 4HNVA 2J9YA 1VHNA 5D37A 1FQ0A 3PS7A 1GVFA 3FKRA 2DORA 4S2BA 1DHPA 2V82A 3UWWA 4NNAA 3W75A 5J5RA 5G2WA 2BWGA 1R2SA 4A2RA 3IIVA 3RLUA 3LCWA 3C2EA 3DFPA 3KFTA 2NXHA 1TPH1 2W0UA 5AC8A 1EP2A 5HNRA 4JYEA 4UC5A 1XUZA 3QSRA 4RZ6A 5F2GA 1VYPX 2DP3A 3O06A 4WY0A 1VGAA 4FIRA 1OJXA 5I3GA 4K39A 4OQVA 4O15A 4UUIA 3TFCA 3C0JA 2FIQA 1KFLA 2ISSA 3GNDA 4UTWA 3P61A 4DEFA 3W7PA 4E0CA 3LBMA 3PSWA 2J6XA 1RR2A 3M7WA 3C52A 5DBUA 3EXRA 1G4SA 4K38A 3BVJA 3M0ZA 4FNPA 1EP3A 4M7TA 3NL6A 5HWJA 1G4PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3OVRA

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