3OW2M

Crystal structure of enhanced macrolide bound to 50s ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ow2M00
1NJIO 3CC7N 1KC8O 5JVGL 1K9MO 3CCRN 5JVHL 3CCMN 4IO9L 1Q81O 1VQ9N 4IOAL 3G71N 2OTLN 1YJ9N 2QEXN 1VQON 2ZJRL 5MLCQ 1K8AO 3CCJN 5HL7L 3DLLL 1W2BM 1Q86O 4WFBL 1VQPN 4UY8O 2QA4N 1YHQN 2ZJPL 3CF5L 4IOCL 1VQKN 3G4SN 3CMEN 1YIJN 1Q7YO 1VQ6N 1JJ2M 3CCLN 3OW2M 1Q82O 1YJWN 3CCUN 1VQ7N 3CCSN 3CCQN 4WFNL 1K73O 5H1SQ 3I56N 4WCEL 1QVFM 3CPWM 1ILYA 1YITN 1VQ4N 5GADP 1VQLN 2OTJN 1S72N 3CC4N 1M90O 5GAGP 5GAHP 5DM7L 1YI2N 1VQNN 5DM6L 1VQMN 1VQ5N 2ZJQL 3G6EN 3CC2N 3CXCM 5GAEP 3CCVN 1KQSM 1QVGM 4WF9L 1M1KO 1VQ8N 3PIPL 3CCEN 4WFAL 3PIOL 4U67L 1OVYA 1YJNN 3CMAN 3I55N 1KD1O 3J7ZO 1N8RO 3CD6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B1ZA 3OYFA 1WBBA 2HHXA 2WONA 4IXCA 5AZJA 2HHQA 5FPEA 3CG7A 3RTVA 3O4NA 3HJFA 4GKKK 4JRQA 2UUCK 1KVAA 2NRWA 3HOTA 3ITHA 3V9UA 5F1XA 5AQHA 4JI8K 1YVUA 3KKRA 1JLCA 4FPAA 3FR0A 2P51A 4BR2A 4CZGA 3NFAA 2V51B 1Q8IA 2KHOA 4FZYA 1VQON 4DR2K 1X9MA 3L4QA 3PSIA 4BQLA 4DFJA 2P5GA 1NOYA 4RW7A 1WLJA 1SKRA 3J8AA 4M7XA 3WXKA 1CLQA 3QICA 2OCEA 4HUFA 3VQEA 4CHYA 4LF7K 3AVJA 1FKPA 4CF0A 1YHQN 5BR8K 1P8ZA 2G8VA 3Q7BA 1RDUA 3SBGA 4DS4A 2F9WA 3DXMA 2YHAA 1BU6O 2VGMA 1OH8A 2NRXA 3HPGA 5AQQA 4CJKA 3U9DA 4PKGA 3ZSVA 4OPJA 2HNDA 4LF6K 4DFKA 3VQPA 1S3XA 3H1VX 1RBRA 2GWKA 3BP8A 3RRHA 1VRUA 1U45A 3VEOA 4OKJA 1QQMA 2D0CA 4MLHA 3DXKB 1H1VA 4FWMA 1IBKK 4K0KK 1N6QA 5HRNA 3RWUA 1VQLN 5BPMA 3KKSA 2I7PA 3R9PA 3MEGA 4KHQA 1DEJA 2QWPA 3VEYA 4A59A 4CF8A 2O8BB 3P4IA 3THXB 1NGAA 2ZQBA 3IFRA 4JKBA 4NB4A 3VTHA 5C2FA 1U47A 1ZC6A 2ZWHA 1HPMA 3LALA 4NCBA 4BRMA 3O3HA 2WFBA 3P39A 4CJWA 2AJQA 4DU3A 2HMPA 4CJ5A 3CERA 1MWMA 2A6AA 5KGWA 4B1VA 2OZMA 3DWLA 1NGGA 1X1PA 1JCGA 1IKVA 3G0ZA 4FO0A 3QDKA 3MMVA 5JVGL 4Z4EA 1SV5A 1K9MO 4N41A 1U6ZA 4JK8A 3CCMN 4CEOA 2GEMA 2HHWA 4K41A 4E7JA 2YJFA 2NNWA 4FJ7A 5I42A 1HX1A 5EOYA 4H5RA 4X65K 1NKBA 1LAVA 4AQYK 4IOAL 4JI6K 3K58A 1JXBA 2ZGZA 3VOVA 3ZETA 4E7IA 4CCHA 4C8OA 2BUPA 3DXMB 1G15A 5AQMA 4YHHK 3V9SA 1HKCA 2Y1IA 2QXLA 3C65A 1NG9A 4CF9A 2OPPA 2ZD1A 1TVRA 4JYAK 4LF9K 1S1VA 3TSPA 3FLCO 1FKOA 2HMIA 2OYQA 1V4SA 3J80O 3U9ZA 3ZX2A 1SKSA 1U04A 3QIPA 3LAMA 3CHWA 4O8UA 3CJCA 1J5EK 1YIJN 1VQ6N 3L4IA 2G8WA 3SCXA 1HYVA 3Q7CA 4CJPA 3LP0A 4CHNA 3HPOA 4KREA 3A0IX 4DTUA 1HRHA 5ELZA 4JK9A 4CGJA 3QEWA 3SQ2A 3EZWA 4KBOA 1KAYA 3RMCA 5AQTA 5M1PA 2HVHA 4UQGA 3O3GA 5KRSA 4I9LA 3R8EA 1GOAA 1B92A 3L2RA 3QNNA 3G10A 4DR4K 3CCVN 1WOQA 1IG9A 5EY4A 4MDAA 3PIPL 4B9SA 2NRTA 4BVOA 3L8BA 4JN4A 1TV6A 3TWHA 3VN5A 4E1MA 1IG8A 4CVNE 1NK7A 3WXIA 4EP4A 3L2UA 2VQFK 5SZTA 2A1RA 3V81A 3RSEB 4BG8A 5KI6A 4CFDA 3NF6A 3QB0A 2ASOA 3ZETB 2VYPA 5BRHA 3O4WA 2VG5A 4ILHA 1BGXT 3AARA 3TU5A 3C95A 5JVHL 1BQNA 4IJNA 4BR7A 2W42A 1Q81O 2E20A 4BACA 3C0BA 2QWLA 5E41A 1SUQA 5AQYA 1YUWA 1RBSA 3L2VA 4B3OA 3D6RA 1XQSC 4CZLA 4DQQA 1YJ9N 4FOEA 4NXMK 3HXMA 2ZJRL 2FF6A 4WQ4A 4DV4K 3NAEA 2D5RA 1KLNA 3AVAA 1B9FA 3O5BA 4HWIA 4FCYA 4LY7A 4YOXA 2YNGA 3E1YA 1SQKA 1WNSA 3ZT0A 2H3GX 3TABA 5CZ2A 4DSEA 4PA1A 1YTAA 3WXLA 2ZM6K 4J8FA 3VQDA 2GELA 1HNWK 3WEEA 4FM1A 2DFHA 4WQ4C 5J2NA 2OA8A 1HR0K 4FXDA 1X9WA 3LP3A 3QESA 2VG7A 3JS6A 2P9LB 4DF8A 5BR9A 3WXMB 5I3UA 2P9NA 3VQ5A 2HHSA 3CCQN 4DSJA 4CBXA 2E88A 2YX6A 3S41A 4XH5A 2P9SB 3ULDA 1ILYA 5GADP 3VA0A 3FZMA 4IJAA 4LH5A 3FFIA 1S72N 4PY5A 3K5NA 3VEZA 3QIOA 3SYZA 4LSLA 4O0JA 3PX0A 2QI2A 3HSCA 4ID1A 3SJJA 4FVUA 4BRKA 4WF9L 3LWLA 1NBWA 4YNQA 1GLBG 4F9OA 2HBLA 3LDOA 2GTDA 4KFBA 3P1GA 4MO5A 5AQFA 2CGJA 3HVRA 2ZGYA 3H1QA 4KH6A 1X9SA 3ZT4A 3TAQA 3T1AA 4JI0K 4JS5A 4DV2K 2HF3A 1LWCA 1WSJA 1KC8O 3HVTA 3QEXA 1WAFA 1OVQA 1NK0A 2QK9A 3HBTA 4GKJK 3KLFA 3RR7A 4I7FA 4HVJA 3TAFA 2QEXN 1QSSA 1B9DA 2HSTA 4M3TA 1DT9A 2HBKA 4DLGA 5AQSA 2LSNA 3VERA 3MWTA 4ELUA 3C6AA 2QW9A 4DQIA 4Q5VA 2P5OA 2Q2RA 3H46O 3EO3A 5FRNA 1WUAA 1N32K 1NGHA 3VQBA 1YAGA 3TAGA 2V7YA 4CJ4A 2GUPA 3GOIA 2P9NB 5C0YA 1A5XA 1JLEA 4RWTA 4KHWA 5KPRA 1XI1A 2OPRA 3ZLJA 1Q7YO 4EZ6A 4M45A 4BR4A 3VQAA 4ZHRA 2W41A 3U3GA 2X6SA 1KRPA 5KRTA 3F5TA 4KTWA 4O0IA 3CQYA 1ZYQA 2P9IB 5LY3A 3CFPA 4OPKA 4B3TK 4CHOA 3SZ2A 3SNNA 4DV7K 4NXNK 1T8EA 5CY4A 3THVA 4CFAA 1BQMA 4CEBA 5JLHA 4JI4K 3BY5A 3O9TA 3FE1A 4IO8A 1DLOA 3W0LA 3CXCM 2FBVA 2XRIA 4BY9C 3BDPA 1LWEA 3LM2A 3CCEN 2G8HA 3ENOA 5C10A 4CHQA 3KK2A 4AHUA 2IDOA 1EX4A 3NBPA 1S9GA 3NH0A 3K57A 3WNGA 4DV0K 3O80A 4GNIA 1N8RO 1WAJA 4EHTA 3VQQA 3AO4A 1NJIO 3ZSQA 4CERA 3I33A 2UXBK 3A8YA 4KPYA 1TK5A 5LL6Z 4CJEA 2FSNA 2QTDA 2WOMA 1MWKA 1VSEA 3ISNC 2BGGA 4F8RA 3AA2A 4YOTA 3OYJA 4CZKA 1RDAA 4IZ9A 1S22A 3F2KA 3NH2A 4E3SA 4Y1DA 1YT3A 5F0XA 2FBYA 3OYKA 3MN9A 4IG3A 2KTQA 3VEVA 1TUUA 4JKDA 4CFBA 4A62A 4AHRA 3WNHA 5JMVA 2DFFA 4H0PA 3FZKA 1NKEA 1VSIA 1TUYA 4CHPA 5BRFA 3CJ7A 3QO9A 4KH5A 1TAQA 3NF8A 3ZSXA 4N76A 5BPLA 4FJMA 4KHPK 3E9LA 3ID8A 2ZF5O 1XMOK 2ZJPL 1HKBA 1ATRA 4CECA 3NVMA 4RG8A 1JLBA 5TKWA 3ALYA 1U48A 4DTRA 2DTUA 1HMVA 1UOCA 5AQWA 4XIUA 1U2VB 1Q82O 3AVFA 1IJJA 1RNHA 2O8DB 3A5LC 4KHNA 4KV8A 2HOEA 4JK7A 1C1BA 4IEEA 4CEZA 4FM2A 1E4GT 1FJGK 4J2BA 2OZSA 2YNIA 3LP1A 3CC4N 3TAEA 4CJRA 3ZEUB 3D7EO 1SAZA 4CIFA 4IDKA 1VQMN 2IOCA 3MCAB 3SI6A 3KLHA 4DV5K 4BQZA 2W6LA 1GLLO 4H0YB 1NJWA 5DK5A 4FJ5A 5A2QO 4ILJA 4DQPA 2J4RA 4M3WA 1XUPO 4JI2K 4F3TA 2F9TA 1OVYA 4FLZA 4QOZB 3ATUA 3VGLA 3J7ZO 3UB5A 5HP1A 4FK2A 4A5BA 2Q36A 5CYMA 1JCFA 4PHTX 2OANA 4BC5A 5AJ3K 1QS4A 3PUFA 4E89A 4OGEA 1HJOA 4A61A 3A5MC 1REVA 4X62K 4JKAA 2QXFA 3J81O 3KWIA 1SL0A 2O8CB 4HUGA 5J2QA 3RMDA 5AQIA 3SPZA 5IWAK 4JHDB 2BDPA 5FDLA 1BO5O 3AA3A 1GOBA 3M6GA 1VSHA 3R3LA 4C1NK 2QWRA 2PFUA 2HVIA 4OGCA 4BRHA 3OYHA 1VSFA 1XWLA 1E4FT 4WQ5A 4BC2A 3BEXA 4DFMA 3DLLL 3IUCA 3LDQA 3KK3A 1W2BM 4O5FA 1CXUA 2O8EB 3SAFA 1L3VA 4DTOA 3TSQA 4WQ5C 2UXCK 3KLIA 1CZ9A 2KKZA 2A1SA 1TYQA 3QBXA 3AVNA 1YJWN 3BF1A 4FW2A 3ZSZA 1VQ7N 3OBYA 3V1QA 3VQCA 3CCSN 3OHRA 1K73O 5H1SQ 4FOIA 5HRPA 1MDUB 3VETA 5GIOA 4YOWA 1T03A 1WN7A 2FF3B 3VF6A 4FWSA 2R7YA 5KQ8A 3OS0A 4B8AB 3KTQA 3R1XA 4I2QA 2WUSA 1HJRA 3D2FA 4MO4A 5C25A 4ELVA 4CZIA 4H8KA 1FW6A 2V52B 1RT1A 4DU1A 3WQUA 1U49A 1YI2N 4DTPA 3K0SA 4BE2A 3C7NA 4DF4A 4ISGA 2ZJQL 4HUEA 4B1XB 3ZCMA 3HZ6A 3OVNA 1J6ZA 1QVGM 1VQ8N 4CK1A 4JKEA 4BRGA 1D4XA 3EE9A 1D9DA 5DMRA 4U67L 2KFNA 3ASMA 3ENBA 1XMQK 1D5AA 1LCUA 2Z1IA 1KD1O 4Y0WA 2WC9A 1C6VA 4CIGA 5BN8A 4W5NA 3QNOA 4OPHA 2FBTA 4JI3K 5AQUA 5JS1A 4RCHA 5J2PA 2QWOA 3MEDA 3PO5A 4DTNA 1L3SA 4OKKA 3NH1A 4XH1A 4MFBA 1MA9B 4FJXA 2JLEA 5AZJB 1RT7A 5HBMA 2D4WA 4GV9A 3CM6A 5FROA 2O4GA 3L3VA 4CZEA 4FJKA 1LWFA 3CQXA 3DAWA 3MN5A 4JKCA 4CZJA 3RMAA 3LP2A 5C42A 1JLQA 4OX9K 1O1WA 1RCHA 1YTUA 3MWPA 1C0TA 1BWFO 2E2QA 3E01A 4HCCA 2A5XA 1TKXA 4CEQA 4IFVA 5GIPA 1JLAA 1LAWA 3V9WA 3KD1E 3A5NC 1DTTA 1NLVA 4H4OA 4ICLA 2HHVA 4H4MA 1ZBSA 3SV4A 1XHXA 4PL8A 3QERA 3H08A 4CK3A 4NYFA 2Q3SA 1WSEA 1KSPA 2QKKA 1R59O 1EP4A 3N4QA 3C7NB 5HOOA 5K14A 3SUNA 4CGDA 4M63C 3T7ZA 2D1KA 1HQUA 4BRQA 3CPWM 1YITN 1EKEA 1VAZA 3BZCA 3ZT2A 4FSVA 4DCHA 3GL1A 1JLGA 3NE6A 3UIQA 5EVZA 5CHIA 1VQ5N 3A5OC 1C0GA 4EP5A 2X74A 1TAUA 5GAEP 3QEPA 5M1QA 1NGFA 1RTJA 4DUYK 3BGRA 1WBDA 3DLRA 4WFAL 3CI5A 3PIOL 1FK9A 4FM0A 1NKCA 4GV3A 3PV8A 4A2BA 4IWVA 4C8LA 2KLAA 4DR7K 5AQLA 4A57A 4DSLA 2E1ZA 3AAQA 3VTIA 1BHLA 5HRRA 4ID5A 4FYDA 1JL2A 4IFYA 3KVGA 4JAXA 4B3SK 5FLXO 4JI5K 4IEIA 4JI1K 4CJTA 1NK9A 1RDCA 4ELTA 4FJGA 3AGRA 4DR6K 1YF5L 3MX2A 2OTLN 1VSJA 3LANA 2NRVA 2CGLA 4CF2A 2W40A 1BL3A 4M42A 4XH4A 3O9RA 4Y1CA 1NGCA 5HROA 1TK8A 1S1TA 5AQKA 1S5JA 3T19A 4Z94A 2OPSA 4AH9A 4YOVA 1SS6A 4UY8O 2QA4N 3NGYA 1R0AA 3BUZB 3PO4A 1KAXA 5AQGA 4IOCL 1RT6A 3ULEA 3K5OA 2HNYA 3DOKA 4JS4A 4CD3A 2IC3A 1GLJO 4RW6A 5CZ1A 1NGDA 4I9QA 4H0XB 2UU9K 3HM9A 3SK3A 3WQTA 4LH4A 2O8FA 3I0RA 4ISEA 4CJVA 3PX4A 1D9FA 3ZT3A 3IAYA 1VQ4N 3VQ4A 4DR3K 3T1YK 1M90O 2P9KA 5M1OA 4E7KA 4H5TA 1J5OA 1QQNA 2YJEA 4J2EA 3TTDA 2E1YA 3H3NO 1MU2A 3V6DA 3M5RA 3MN7A 3O1BA 4BWMA 1IKYA 5CE3A 2P9PA 3O8MA 5AQRA 1QQCA 1QZ5A 4CGFA 2NUBA 4IG0A 4OKEA 4DHYA 3S3NA 3ZX0A 2I5JA 1S1WA 4CIEA 1Q9XA 3AO3A 3VESA 4LFAK 3S3OA 3GG4A 3MEEA 1NK5A 1ZBLA 3QEIA 2KW4A 3LZJA 1IH7A 1A5WA 2YV0X 4H03B 3NHGA 4BDPA 1CXQA 5BN9A 3KK1A 2QWQA 3NDKA 3TANA 3G71N 1NGIA 3GBTA 3SV3A 3EE8A 4Z4FA 1I3AA 2RPIA 3S3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NJI O;  3CC7 N;  1KC8 O;  5JVG L;  1K9M O;  3CCR N;  5JVH L;  3CCM N;  4IO9 L;  1Q81 O;  1VQ9 N;  4IOA L;  3G71 N;  2OTL N;  1YJ9 N;  2QEX N;  1VQO N;  2ZJR L;  5MLC Q;  1K8A O;  3CCJ N;  5HL7 L;  3DLL L;  1W2B M;  1Q86 O;  4WFB L;  1VQP N;  4UY8 O;  2QA4 N;  1YHQ N;  2ZJP L;  3CF5 L;  4IOC L;  1VQK N;  3G4S N;  3CME N;  1YIJ N;  1Q7Y O;  1VQ6 N;  1JJ2 M;  3CCL N;  3OW2 M;  1Q82 O;  1YJW N;  3CCU N;  1VQ7 N;  3CCS N;  3CCQ N;  4WFN L;  1K73 O;  5H1S Q;  3I56 N;  4WCE L;  1QVF M;  3CPW M;  1ILY A;  1YIT N;  1VQ4 N;  5GAD P;  1VQL N;  2OTJ N;  1S72 N;  3CC4 N;  1M90 O;  5GAG P;  5GAH P;  5DM7 L;  1YI2 N;  1VQN N;  5DM6 L;  1VQM N;  1VQ5 N;  2ZJQ L;  3G6E N;  3CC2 N;  3CXC M;  5GAE P;  3CCV N;  1KQS M;  1QVG M;  4WF9 L;  1M1K O;  1VQ8 N;  3PIP L;  3CCE N;  4WFA L;  3PIO L;  4U67 L;  1OVY A;  1YJN N;  3CMA N;  3I55 N;  1KD1 O;  3J7Z O;  1N8R O;  3CD6 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B1Z A;  3OYF A;  1WBB A;  2HHX A;  2WON A;  4IXC A;  5AZJ A;  2HHQ A;  5FPE A;  3CG7 A;  3RTV A;  3O4N A;  3HJF A;  4GKK K;  4JRQ A;  2UUC K;  1KVA A;  2NRW A;  3HOT A;  3ITH A;  3V9U A;  5F1X A;  5AQH A;  4JI8 K;  1YVU A;  3KKR A;  1JLC A;  4FPA A;  3FR0 A;  2P51 A;  4BR2 A;  4CZG A;  3NFA A;  2V51 B;  1Q8I A;  2KHO A;  4FZY A;  1VQO N;  4DR2 K;  1X9M A;  3L4Q A;  3PSI A;  4BQL A;  4DFJ A;  2P5G A;  1NOY A;  4RW7 A;  1WLJ A;  1SKR A;  3J8A A;  4M7X A;  3WXK A;  1CLQ A;  3QIC A;  2OCE A;  4HUF A;  3VQE A;  4CHY A;  4LF7 K;  3AVJ A;  1FKP A;  4CF0 A;  1YHQ N;  5BR8 K;  1P8Z A;  2G8V A;  3Q7B A;  1RDU A;  3SBG A;  4DS4 A;  2F9W A;  3DXM A;  2YHA A;  1BU6 O;  2VGM A;  1OH8 A;  2NRX A;  3HPG A;  5AQQ A;  4CJK A;  3U9D A;  4PKG A;  3ZSV A;  4OPJ A;  2HND A;  4LF6 K;  4DFK A;  3VQP A;  1S3X A;  3H1V X;  1RBR A;  2GWK A;  3BP8 A;  3RRH A;  1VRU A;  1U45 A;  3VEO A;  4OKJ A;  1QQM A;  2D0C A;  4MLH A;  3DXK B;  1H1V A;  4FWM A;  1IBK K;  4K0K K;  1N6Q A;  5HRN A;  3RWU A;  1VQL N;  5BPM A;  3KKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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