3OYXA

Haloferax volcanii malate synthase magnesium/glyoxylate complex
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
428
structure length
348
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDAEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Malate synthase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
total genus 128
structure length 348
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyxA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyxA01
3SRHA 4FXFA 3SRDA 3EOLA 2G50A 1DIKA 3BJFA 3M0KA 3P0XA 3QQWA 1A49A 2HRWA 4B5VA 2R82A 3IS4A 4L7ZA 1T5AA 4IQEA 3I4EA 1Z6KA 1VBGA 5TAOA 2ZE3A 4B2DD 4FXJA 4KCWA 1ZLPA 5JVLA 2V5KA 3G2GA 1PKMA 4L80A 4IMAA 4G1NA 1KC7A 3KTXA 3KHDA 3T0TA 3OQ8A 2WQDA 4TV5A 1U5VA 4B5WA 3HQPA 2OLSA 4ROQA 4WJ8A 1F61A 3FA3A 1OY0A 3OYZA 3PUGA 1IZCA 1E0TA 1U5HA 2DUAA 3EZ4A 4QG6A 3E0VA 4KCUA 1O5QA 1E0UA 1IGWA 2KX9A 1VBHA 4QGCA 3VAVA 1SGJA 4QG8A 4KCTA 1PKYA 2VWTA 2DIKA 2HJPA 4B5UA 3HQNA 3SRFA 3OYXA 2HWGA 3B8IA 3HQOA 4HYVA 4QG9A 1KBLA 4JPGA 3H6OA 1F8IA 4TV6A 3SRKA 3N25A 4B5SA 4MG4A 2XZ9A 1F3WA 4RPPA 4L9YA 4MF4A 1A5UA 1DXEA 3MA8A 1DQUA 3ME3A 1S2UA 2X0SA 3QV8A 1O66A 1A3XA 4KS0A 2V5JA 3FA4A 2VGBA 3LYEA 1JDEA 2VGIA 2QIWA 2HROA 3PP7A 3R4IA 3U2ZA 1PKLA 3T07A 1S2VA 2E28A 4B5TA 4DRSA 3GQYA 2VGFA 1DXFA 2L5HA 1S2WA 1OQFA 4IQDA 3QLLA 3BJTA 1XG4A 3T05A 1AQFA 3EOOA 3QV6A 3E5BA 1M1BA 4HYWA 2VWSA 3LG3A 4B5XA 2VGGA 1F3XA 1UJQA 3QTGA 1F8MA 3EOEA 4YNGA 1ZJHA 2BG5A 1PYMA 3E0WA 3QV7A 3QV9A 4KCVA 1GGOA 3GG8A 1PKNA 2XDFA 1S2TA 1A3WA 1M3UA 4B2DA 4L9ZA 2XZ7A 1O68A 4IP7A 4LSBA 1XG3A 4KRZA 4YJ5A 3M0JA 1MUMA 3QZ6A 3GR4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QMKA 2YXOA 1H50A 5HBFA 1NF7A 4XSMA 4LY8A 1XNQT 3RH3A 4EB6E 1F6PA 3EHZA 2OMAA 1V0NA 4P7RA 1ZLPA 3S9ZA 4UOJA 4LBUA 1JF5A 1XBXA 3AEAA 4O4VA 1GG1A 5J2UE 2PF8A 3RCNA 3RPTA 5IXEA 1CGVA 4IGHA 3VGDA 1PXGA 4QSFA 2VZVA 3QR0A 1SZGA 4K3ZA 2W9MA 4N2YA 2GPTA 2EHOD 4EF9A 2NSXA 4M51A 4EV6A 1A0DA 4NNAA 1FHVA 5AQNB 1S5MA 4IDQA 4HK5A 2O7SA 3VOIA 1XIDA 3AYVA 4TIMA 3ZOAA 5HANA 1UUQA 5AZ1A 1X79A 2WWUA 1ME7A 3K4AA 4UUIA 2CXFA 1IEQA 2ODOA 3FEMA 3WUEA 3ITCA 3LTSA 3CASA 2VZTA 1CGUA 2DWKA 1H7PA 4L56A 1IQ8A 4ZB2A 4H6KA 1K8YA 1O5KA 1TV8A 3C2FA 5IWAT 4ZOCA 2V8ZA 1MNSA 2WSSV 3AEFA 2LSYA 5GONE 3TYEA 3H70A 4D72A 3A47A 3BCJA 2D2OA 1VCVA 4B3RT 2ISDA 1WZAA 5KDMC 5FF0A 3VUPA 3BW4A 1EBGA 3FB2A 1CPUA 3DH7A 4IGNA 2Q8ZA 1EJSC 3AAIA 3RCMA 4UNIA 3KTSA 1E55A 2DZTA 5HXCA 4FXSA 3TFCA 3EDFA 1TG7A 2ZXBA 3BAXA 5G4HC 3BK9A 4A35A 5AHNA 2AKMA 3IIZA 1UH4A 1IE7C 1DWIM 1YE4A 3WENA 3A3WA 1P4CA 3IIOA 4MNMA 2XIIA 3H2AA 3K8KA 3CLMA 5TF0A 3W7QA 4HK7A 4QLKA 3L4ZA 2GQ8A 1TPWA 2VFHA 5LHIB 2NW0A 2P88A 1PAMA 4AD0A 1A50A 3TW7A 3LN3A 4REQA 4AMCA 2DSWA 3R79A 3AYTA 3UGRA 4DF1A 4Q8NA 3GKAA 4WOQA 3SN4A 2D1ZA 3B8TA 3Q4DA 3ZPOA 2E7FA 4UQEA 3TP4A 5DCDA 3GM8A 4YHGA 3VVGA 4MPKA 3SCUA 3LXBA 4A3HA 5LMUT 2WPGA 1LWJA 1PWMA 1XIMA 2Y7GA 3DHDA 4ZZCA 2P76A 3LG3A 4PRTA 2P8BA 1DJQA 3GD6A 3VOJA 5HMFA 2OLTA 4NZ4A 1TMLA 2BGNE 3LY0A 4J9JA 5CEWA 1O60A 1QVBA 4ZR8A 4HA4A 4YWIA 1HKWA 1FDZA 4XD6A 4LVGA 3MYOA 4LSBA 3UXIA 3ZJ7A 3DN5A 4TU1A 3E96A 1POJA 4V15A 1EOMA 2R14A 4NZ3A 1XPYA 5LNWA 1HX8A 3N9SA 4ZHQE 1P48A 3ZR6A 2H3BA 4ERAA 1EOKA 1ZFJA 1AW2A 4JIEA 3VKHA 3G77A 2YW4A 1X1ZA 4U3CA 1FA2A 1GK8A 4BF7A 4KCWA 5AHMA 3H37A 3L2MA 5HATA 2W91A 5D05A 1E1EA 3GFZA 2XINA 4F4RA 2AL1A 5M03A 2LSIA 3BAIA 3TA6A 2AL2B 4IM4A 1PHQA 2CBVA 2XM2A 3VAVA 4BHYA 2J7EA 3KCJA 3KOFA 3EWWA 2CLYC 2C1IA 3VM5A 3AJ7A 3NTYA 3C5QA 5FXWA 1A5LC 4R34A 4RZ5A 4HTBA 2VMFA 5TIMA 4ADUA 3EXSA 3LA4A 3M47A 1QPNA 4KMQA 3B0PA 4HNTA 4I6VA 1UGOA 2AXDS 3AA7B 3TJIA 3EDEA 3GVGA 3GU2A 4QR6A 6ALDA 1FTXA 4CQBA 3DBPA 3IJ9A 1ZJBA 4HPXA 4UTMA 1FWHC 3RDKA 3WJWA 1YKHB 4ICCX 4G5DA 4ILSA 4GFSA 1ISWA 3G8RA 2QPSA 4KX6A 4GIWA 2HNHA 1AMKA 4BY3A 4HFDA 1J2BA 5KXJA 4IDNA 2YLLA 4D8ZA 1M6JA 2H6RA 4GQQA 2QUMA 2X8RA 3R2GA 3QRHA 1XCWA 4Q4PA 4KHPT 1VC4A 1T99A 5K9DA 4XTDA 6REQA 4GY1A 5M3WA 2GQ3A 3CHEA 1RQBA 2FJEA 1W91A 5CG7A 4LFCT 3LPGA 3A3HA 1YDOA 2EPMX 1VBUA 3REQB 5BRQA 4MB5A 3WZ0E 3CV1A 1O5RA 3UWYA 3TU9A 4AQGA 1XRTA 1P6BA 3M44A 3S6TA 4J1OA 1Q8AA 1VFHA 5KETA 3OBAA 2DLRA 1W5OA 3JADA 1XGDA 2FDMA 5D04C 2E9LA 2CLLA 2XSAA 4K2SA 4L1GA 2X9WA 3WFLA 1K3UA 1SGJA 4DELA 3TLQA 2VUYA 3ZN1B 1WBHA 2GVEA 2VJXA 3H4XA 1WYIA 4GZIA 3WNOA 4RJEA 2G97A 4ML4A 1XIEA 4FNSA 1OFQA 4MUZA 4M7SA 3MI3A 3U7BA 2NP9A 2W61A 4MDPA 1V51A 4ZSTA 1X98A 4IICA 1B2YA 3KBSA 4Z2LA 1R30A 2ZA1A 1MMNA 5A6SA 4RNIA 3WH7A 2N9DA 3FOKA 4O8SA 2A1YA 3SQMA 1KFCA 1H1YA 3T07A 5FCZA 2YL5A 2I59A 5TQLA 1FCUA 3VKJA 3VNZA 4ZOEA 4C6CA 3J9X1 4CN6A 3T55A 2Q8LA 3T42A 4LV9A 2E0PA 4P2VA 2LOSA 2HN2A 2DZWA 3W38A 3RIUA 5BXSA 2X0LB 2XISA 3P4RA 3AEEA 4GKJT 1Q5MA 2FZNA 1GVOA 4Q32A 3SADA 1POKA 4NILA 4UTLA 4O57A 3VDBA 2XIBA 5CPNA 8A3HA 2BVDA 2FJBA 3P4QA 5KMGP 2VRQA 4R27A 1J6OA 1SQ7A 2PCQA 4Y96A 3G0XA 5DEZA 2OU4A 3FJLA 3GVWA 1V03A 4MKSA 3OZMA 5FSEC 3H21A 4WY0F 3BARA 3JCFA 4GQ0A 2REQB 4LNYA 4CGTA 1Z6KA 1IBLT 3EXTA 3PK7A 4ML9A 4JTAA 4LF5T 2DWGA 3CX6B 3SCNA 2PWDA 3GE7A 1G4EA 4IDPA 4BEQA 2HDJA 4TNVA 1EJWC 1LBLA 5AQJB 4O2BE 1WKYA 5HXHA 4HU4A 4PUDA 2CLYB 3T78A 4WX2A 2CLFA 2X2GA 2JQXA 3DAQA 2NQJA 4E4FA 4HSOA 5EMKA 1XLJA 2BP1A 1XISA 1NH6A 3W7MA 3GC4A 5A6KA 1JF6A 1AJ2A 2V0TA 1B57A 4Z1AA 2DHRA 2QKFA 3GBDA 2XVGA 5ABHA 3PBYA 4PZVA 1AW5A 1GTEA 4KI0F 2C1GA 4R9OA 3V5FA 3ELFA 3AIBA 3KWSA 1V93A 4JKKA 3W83A 3SGGA 3CM4A 2Y8KA 4U3AA 2H9AA 2Y61A 3GIPA 2OVLA 2ZUTA 3LCGA 3WJSA 1F74A 5L6UA 3VKDA 2FGBA 3NO3A 2VO5A 5J0ZA 4CQAA 1GYMA 3FZHB 3NGJA 5A6TC 3XIMA 4PTNA 4BWLC 5B7YA 4EAYA 4JQAA 5KZMA 4QH5A 3T8LA 1XLBA 3I0OA 1Q7MA 3LV6A 3GTFA 1NOUA 4F0RA 3NQ8A 2A9UA 1H09A 3VU2A 3LK2B 1GTHA 2A85A 3L4UA 3CBWA 2ACZA 5JRCA 4J7RA 2WS3A 3HMJG 2WOQA 1KFKA 1JFXA 5D9PA 1UHVA 1C93A 1W0MA 1DJNA 3CMJA 5F5WA 3KBMA 3RG6A 4X2PA 3OEXA 2GOUA 4LEQA 3W1UA 3IGUA 4E2OA 1KBIA 1YMYA 1RA5A 4CXYA 3S5OA 4HU3A 2XN1A 1NP0A 1GQJA 4O15A 1TJPA 2HWGA 3WDPP 3W7LA 4A6GA 3M4HA 3BSHA 4DBSA 1WUEA 3GNDA 1XHGA 1XGEA 1KRCC 1GZ1A 2Y6ZA 3WMBA 3KZSA 1BYCA 2QGHA 4DJDD 4GOAA 3WJZA 4EK7A 5JXQA 5FF7A 2A7NA 1BXCA 3RMEA 2HPLA 1PEZA 1R2RA 2DNXA 5DQWA 5AKQA 3PNZA 4HCHA 1V08A 4UMAA 2QCGA 4U2ZA 4I8YA 3UA3A 4XBSA 2GVYA 3C56A 1XP3A 3RKGA 1Q4NX 1HKMA 3NEVA 4GINA 4DR1T 1QWGA 4NJHA 3VIHA 4Z2KA 4GJIA 1IYXA 2ZRWA 4Q8TA 4L4OA 2X16A 4ORIA 4UMBA 2QYWA 5IBXC 3BLIA 1HP4A 1HO4A 4LFBT 2XIMA 5D2XA 2PDQA 1JIBA 1RK5A 4TO8A 1LRTA 4KIRA 3IUIA 3FXYA 4P8UA 4D2JA 3LPFA 4F9JA 2HXUA 4GI4A 3AS0A 5JVLA 3GHUA 1G4PA 4GJ1A 3KP1A 2LKHA 3TTOA 2E9XC 2OA5A 4GZ7A 2PGRA 2LT3A 4PTVA 1OYBA 3BK0A 5E09A 3WAJA 5LBQB 2BLEA 4AH7A 5MHBA 1L8NA 3N04A 5FSDC 1C92A 4ZENA 1GVYA 3AXHA 3NNTA 5XINA 3NG3A 4V1Av 4JIRA 4QJ1A 3PBUA 4O4JE 3CQIA 3ABOA 1OCBA 2PTDA 1QI3A 1JGMA 1PIFA 4PB5A 1SVDA 2WDRA 4CEUC 2NWBA 1OX6A 3APGA 3NWRA 2Y48B 3WLLA 3V36A 3M5VA 2OZ3A 1YPXA 4HZ8A 4PEEA 1HG5A 1DXFA 1W9DM 3L23A 3EDKA 4EVZA 3EOOA 3QV6A 1WKFA 1T6MA 3E6EA 4IIGA 1V6UA 3W7KA 3O1HA 4P1NA 7A3HA 2F7FA 3NZPA 3A9BA 3E2QA 4IMGA 2PC8A 4IE6A 1KCXA 3WEOA 4AKHA 4F0MA 3RPUA 3QTPA 4PMRA 2WZIA 2BKPA 2AQOA 2Z24A 3EWZA 4E4PA 3F1QA 1IEWA 2HS8A 4ZGYA 4WHBA 3LCFA 2PDLA 3N2CA 4S3JA 2DT3A 4ZFCA 3QY6A 3N5LA 3VIPA 3MSYA 1XIBA 4OV9A 3N18A 3CH9A 3N9QA 4UTKA 5FEWA 4JTUA 4DWSA 4R3UA 1ISVA 3UYIA 2G0WA 5HEHA 5EGRA 3W26A 4PUJA 3EEGA 3VIJA 4LCSA 4DXVA 1WUFA 4DBWA 2NTXA 2E6DA 3N17A 1NIUA 4NYUA 3F4NA 2CIPA 4V33A 3E22E 3OGSA 3AOFA 2D2JA 1F9CA 3AE6A 3CUGA 3I10A 1W0AA 4C6BA 4DN1A 3WH8A 2FTWA 1K9EA 4NY2A 4O11A 3SY1A 2YEVC 3V18A 1YTDA 3N1AA 3GUGA 3GIQA 5TNVA 1EDTA 2G95A 3T1GA 1AMYA 1JXJA 3OU8A 1RY8A 2BG5A 1RAKA 4KEVA 4F0KA 3AXXA 1BYAA 1G01A 2I57A 3QMRA 4PB4A 2YL9A 4IIDA 1Q63A 5C9WA 5DCEA 5HWXA 3NQBA 4H9VA 3VC6A 2RHGA 2FLIA 1AW1A 2CEQA 1P0DA 4C6OA 4RK8A 1VCSA 4UF0A 1DIKA 2A4AA 3RX2A 1XDMA 1KFJA 4DAFA 4UBPC 1V6TA 4HFCA 4JDYA 1E4IA 2YL6A 3RPMA 4GK0E 5HAOA 2E9XB 8XIMA 3EWUA 3G2GA 3E2VA 3I7RA 3CQCB 1EJRC 4G1KA 3F5LA 1DE5A 1SE7A 1L6FA 2KX9A 5EMJA 2XAGB 2Z00A 3TYBA 1W1PA 1MW3A 1BQGA 2V81A 1HL9A 2QDEA 4UV9B 3AECA 3L2LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4E7S A;  3TEV A;  1IXO A;  3T44 A;  2W0U A;  3OPC A;  1O7A A;  1E71 M;  1BXB A;  2C0S A;  3AE7 A;  2YB1 A;  3E5B A;  5C5Y A;  3R13 A;  4ERG A;  3ZJK A;  4IIH A;  1E43 A;  1V3K A;  3S1U A;  3KVK A;  1TX0 A;  2I0M A;  3FW6 A;  2NVC A;  4QAW A;  3MKD A;  1EB3 A;  4CNU A;  1XLF A;  4L65 A;  1KGX A;  3W37 A;  3D5H A;  3HF3 A;  1TWD A;  2VT0 A;  2PGW A;  3UU4 A;  3MUA A;  3M64 A;  2WNN A;  4UNK A;  5DRC A;  2JK2 A;  1E4L A;  3W9Z A;  4J35 A;  2L8K A;  3SRD A;  2VCC A;  2ZRU A;  3M0K A;  1S3H A;  4UQA A;  5REQ B;  3S6D A;  1UPP A;  3LBX B;  1UR9 A;  1DJY A;  5ABF A;  1QPO A;  3F7J A;  2GSH A;  3I4E A;  5FXZ A;  3DES A;  1OC7 A;  2VQF T;  3DC0 A;  3N73 A;  1BTM A;  1MIV A;  4IGS A;  2V5K A;  4OBT A;  3GHS A;  4LS1 A;  2WMN A;  3C51 A;  3IUH A;  3MV0 1;  1QHP A;  1SSG A;  5JR9 A;  1FWG C;  3MK7 C;  5C9X A;  4L0R A;  4WJX A;  3ZM8 A;  2YK0 A;  2XAS B;  3BLP X;  3T08 A;  2YIN A;  2CCR A;  3B8I A;  5KSW A;  1UR1 A;  2J9Y A;  3UT5 E;  2B31 A;  2W63 A;  1KBJ A;  1NQ6 A;  3DCP A;  4UTW C;  1ISY A;  4KHZ F;  4UVA B;  3T6C A;  5LGT B;  1N34 T;  1R47 A;  3R43 A;  1K7F A;  4AWS A;  5F2I A;  1EYE A;  1T96 A;  4W84 A;  1XIJ A;  3GNX A;  4AF0 B;  4UB9 A;  1KEY A;  4BI6 A;  3D46 A;  4GC3 A;  3UU6 A;  4LAN A;  3VTR A;  3U2Z A;  3PC0 A;  4KGL A;  2AAM A;  3H2N A;  4HPN A;  3N9O A;  1C91 A;  1K6A A;  3DFT A;  4MDO A;  5JDL A;  1QLB A;  3DP7 A;  1GON A;  2BOF X;  3GTI A;  3G1F A;  2W79 A;  2PBG A;  2KWI B;  4MLJ A;  2UXX B;  4AVF A;  3KE0 A;  1GW9 A;  2VWA A;  4IGU A;  3UA4 A;  4JTT A;  1OC6 A;  4AX6 A;  2OWX A;  3H22 A;  4IMF A;  2NQ9 A;  4OOZ A;  4O28 A;  5J8L A;  3WLR A;  2ZTJ A;  4M1B A;  3AWN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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