3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transcription
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
1TKXA 1NK9A 4FJNA 4FW2A 4C8MA 4CGGA 1RBTA 3NBPA 4CHPA 2OPSA 1L3VA 1WSIA 3LWMA 1Q9XA 4N76A 1J53A 5D3GA 3H08A 3M8QA 3SNNA 3ZT1A 3OYDA 2VG5A 5HRPA 4Q0BA 1ASVA 3FFIA 1UA0A 3QEXA 1N5YA 4L8RB 3ZSZA 3L2WA 2RKIA 4CIGA 1NJZA 2PY5A 4FCYA 4KRFA 3NGYA 3QNOA 5T7BA 1L5UA 4J2BA 2QKBA 4W5QA 4CCHA 1HNVA 4EP5A 3NF7A 2OZMA 3QLHA 2RN2A 3P83D 3OYIA 1NK7A 1C0TA 3NAEA 2KZMA 1T8EA 3K2PA 3O3FA 4N41A 1A5VA 2IC3A 4KO0A 4ZHRA 4JS4A 4OKKA 1BCOA 1JL2A 4CFBA 1XHXA 2YHBA 2BANA 4PA1A 2VG7A 4KHUA 2QXFA 3DYAA 4M3ZA 1NJWA 3KD1E 1TAUA 4W5NA 4E7JA 3RMAA 5J2QA 2HHUA 4NCAA 2ATQA 2BDPA 4RW6A 4CIEA 1HPZA 3VQEA 2NUBA 3QIPA 4FZYA 1BIUA 4FJLA 3U3GA 5J2MA 5DK5A 3NCIA 4CF1A 1R0AA 4JLHA 3PO5A 2WOMA 3QIOA 3M8RA 3CFRA 3MEDA 4FM1A 1S1TA 4OKJA 3V9SA 4DS4A 1IKXA 4W5TA 3TAFA 1JLQA 1C1AA 3PO4A 1W0HA 2HMIA 2OA8A 4CHYA 2YKNA 3AVFA 3TR8A 3DLHA 3DLGA 3IS9A 1GOAA 2Z1GA 4CJUA 3KD5E 3V81A 4KB1A 2VWKA 2DFEA 3TAEA 4FLTA 4DF8A 4MQ3A 1FKPA 1FK9A 3JYTA 1CLQA 4CK3A 4RW8A 3OYLA 3MXMA 2G8VA 3BGRA 4KI6A 1A5XA 3MXIA 3D45A 1VSEA 1QSYA 1WAFA 2I5JA 4CJVA 3SUOA 4DQRA 1WSFA 4FK2A 1X9WA 2AJQA 1YVUA 2RPIA 2XY8A 4BDPA 5C24A 1BISA 5E41A 3DLRA 4DFMA 3THVA 3VQ4A 1O1WA 4ID1A 3V9UA 1C1CA 2JLEA 1JL1A 5HROA 2P5OA 3V9WA 3OYKA 4E7IA 1UWBA 2IS3A 3EYZA 4BACA 3SV3A 3RR7A 5KTQA 1KFSA 1UOCA 3CG7A 4NCGA 4HCCA 4F3TA 3CM6A 3ZCMA 2HVHA 2FBVA 4F2RA 4DSFA 1NKBA 1RILA 4N47A 3QEVA 2G8FA 3VQ5A 5HP1A 3SQ0A 1XI1A 3NH2A 1QSLA 4ID5A 3AO2A 1WSJA 3SV4A 4DFPA 4Z4GA 3OYGA 2DTUA 3QESA 4B9MA 3OYNA 4KHSA 1BIZA 1KLMA 3SI6A 4PY5A 2O4GA 1QS4A 3MECA 3KIOA 5I3UA 1N6QA 4DSEA 4DQIA 4DTUA 1SL0A 4CHOA 4BDZA 1HYVA 3TAQA 4CEFA 3OJSA 3K58A 1KSPA 1BI4A 4R5PA 1C1BA 3LALA 2PYLA 4B9LA 4CFAA 4DFJA 4PWDA 4FYDA 4FZXC 3QINA 4B9UA 4Q5VA 4J2AA 3BDPA 1T03A 1RT5A 4IG0A 3EZ5A 3CFPA 3SZ2A 1S9EA 2X6NA 1JKHA 3DMJA 2P5GA 4DMNA 1J54A 4E3SA 5CYQA 2G8IA 3OS2A 1WN7A 1HYZA 4CESA 5CZ2A 1FXXA 1WSGA 4YFUA 1WLJA 2D0CA 3ZSVA 4M3WA 3SUNA 2HNZA 3HPHA 2HVIA 4DTJA 1UA1A 3IG1A 3RRHA 1S9GA 3LP0A 4FJ7A 1XWLA 4CJQA 4RW4A 2YNFA 2YNHA 3TANA 4FJIA 5KRTA 1KVCA 4FJHA 3AVHA 3B6OA 1NK6A 4FJKA 3F73A 3TWHA 3TAGA 1I39A 4B9NA 4DFKA 4OGEA 1ASWA 3RMCA 1IG9A 2OYQA 4EZ9A 1RDDA 1RT1A 3KLIA 3PX0A 4FK4A 1LAVA 1RT6A 3ZT3A 3QETA 4M42A 4DU4A 3TI0A 1U49A 1S1XA 1WSHA 2VG6A 1SKRA 1TAQA 4GVMA 1U48A 1Q8IA 3SQ2A 3OS0A 4Y1CA 4DQSA 2X78A 5HLFA 3V9XA 4CFDA 3L2QA 4ELVA 1SV5A 4IBNA 1TL1A 3LZJA 1RDCA 3TAPA 2PZSA 2X6SA 3ZSWA 4B8CA 2KW4A 4M3RA 5CY4A 4EP4A 1DTQA 4KREA 2OZSA 4CEZA 4XIUA 4I7FA 4Z4FA 3QERA 2Z1IA 4CERA 2XHBA 3RMDA 3QEPA 3WNEA 4DQQA 1JXBA 1WSEA 2VWJA 3OYHA 3V9ZA 3HJFA 3VQBA 3DRSA 3AA4A 4FW1A 1L3SA 3OY9A 3T19A 4O55A 3EY1A 3S3OA 1QTMA 3AO4A 4LSLA 4B3OA 1NJYA 3VQ8A 5HRNA 5J2PA 1JLGA 4PUOA 5KGWA 1J5OA 4WE1A 4OPKA 3UIQA 1CZBA 4C8LA 4KV8A 4KHNA 3OYMA 1ASUA 3M8PA 3WNHA 4O44A 2ETJA 3ZT2A 4DG1A 2E4LA 1EP4A 3ZSRA 5KGXA 3OYEA 4CF2A 3VQQA 3OYFA 4FLYA 1U47A 4ELTA 3AVJA 3OJUA 3ZT0A 4HTUA 2XY5A 3RR8A 1C0MA 1QHTA 5JS2A 3KJVA 2KZZA 3IRXA 2F8TA 2ZE2A 4CHZA 3L2RA 4KHWA 2Z1HA 1C0UA 3P1GA 4DLGA 2A1SA 1S6QA 1J9AA 2JGUA 4AHSA 4N5SA 3KK2A 4E7HA 2Y1JA 4DSLA 4K8ZA 4KHQA 4HHTA 3VN5A 3ZT4A 3WNGA 3DLBA 4FZZA 3VQDA 1YTAA 2KTQA 1YT3A 4OJRA 3DLKA 1RT2A 3V1RA 4CJLA 3C6UA 4DU1A 4F3OA 5C25A 1HMVA 1TL3A 4CJ5A 5SWMA 2A1RA 2HHTA 1JLBA 4LY7A 3NF9A 5CZ1A 1BL3A 1K6YA 3SUPA 1ZBIA 1ZBUA 3B6PA 4H4MA 1S1VA 4CF0A 5HBMA 1A5WA 4CJ4A 1EKEA 3HP9A 3NE6A 5EU7A 1Y97A 3HM9A 2HW3A 1TVRA 1EXQA 1XC9A 2YNIA 3AVIA 4RW9A 5FDLA 1HRHA 2IAJA 3CQ8A 3L8BA 3HVTA 4KKOA 1RT7A 4OPJA 1RDBA 3NF8A 3VQCA 4AHRA 3AA5X 1HQUA 1HYSA 1JLAA 3VQ6A 3OYCA 3QNNA 4DTRA 4CJ3A 3KLGA 2D0AA 1S1UA 1VK0A 1VSFA 2BGGA 4W5RA 1RBRA 1HJRA 3K5NA 3C94A 3HK2A 3M8SA 3HO1A 4O5BA 4FJXA 1LWEA 5FROA 4E19A 4IFYA 1GOCA 1G15A 5HRSA 4AHUA 2ZD1A 3ALYA 4CGHA 4HCBA 4BWMA 4CFCA 3OYAA 1TGOA 1LWFA 1T05A 1LAWA 3O4QA 4LSNA 4AHTA 1RTJA 5K14A 5DMRA 4CEBA 1LWCA 4DLEA 4CEOA 3S3MA 1NK0A 3TAMA 4OLAA 3DM2A 4N56A 3QO9A 4DSIA 4RW7A 1Z26A 4KHYA 4B9SA 1RTHA 1X1PA 4M3UA 1BHLA 2B5JA 3ISNC 1TK5A 3VQPA 3NDKA 5I42A 3AVNA 3CYMA 4FLUA 3AVGA 4DTPA 3QEIA 1D5AA 1B9FA 5HRRA 4CJKA 2FBXA 3OYJA 1ITGA 3DLEA 4GW6A 1U4BA 3VA0A 1VSDA 3V1QA 3IAYA 4DTMA 3O3GA 3AVKA 3HP6A 4K8XA 2HHSA 1KVBA 3LP1A 4BE1A 1Z25A 3AA2A 3LZIA 1RBSA 4JRQA 4Z4CA 4CECA 5J2NA 3MEEA 2IGIA 3VQ7A 4FLWA 3AO1A 3ITHA 3OYBA 3SQ4A 3RWUA 1FKOA 1GOBA 3CM5A 4KFBA 4DTNA 4DSJA 3K5OA 2RF2A 3AA3A 3AO5A 4KI4A 1CZ9A 4CK2A 4NCBA 2DFFA 2P51A 1BGXT 1T7PA 1REVA 1B9DA 2LSNA 1EETA 3DRPA 3S9HA 1U45A 1NKCA 3LANA 3O4NA 4B9VA 4CGIA 3F9KA 4CJRA 1TV6A 4Z4HA 4AH9A 3KLFA 2HHXA 2HHVA 3NFAA 3C95A 4H4OA 2B4JA 4NYNA 3NH1A 3KKRA 4W5OA 4C8KA 1SKWA 3V4IA 4EZ6A 3SPZA 1MU2A 4FXDA 4CEEA 1ZBFA 2YNGA 2KFNA 1VSIA 4FLZA 4M3XA 3T3FA 3K59A 1KLNA 4OGCA 2EX3A 4CF9A 5J1EA 1TK8A 3AVAA 3KTQA 3V1OA 3OS1A 2G8WA 3SJJA 1XHZA 2F8SA 1KTQA 5C42A 3VA3A 1VSHA 2HHWA 1VSJA 3AVCA 3HYFA 1SKSA 3KK1A 3LPTA 4FM2A 2EHGA 2IOCA 1VSLA 3CFOA 4Z4EA 3ZSYA 3HPOA 1CXUA 2B6AA 4FK0A 3I0SA 3DOKA 2G8UA 3LP3A 4JS5A 4HUGA 4F4KA 4FJGA 3ZSQA 4MFBA 4CJPA 1KFDA 4E1NA 4Y1DA 1LV5A 4OVLA 1B92A 1RBVA 4CEDA 4BDYA 3C6TA 4KAZA 4DS5A 1SUQA 1KVAA 2HB5A 1QQCA 3HSTB 2HNYA 4CE9A 1D9DA 3K5LA 1X9MA 2BE2A 1BCMA 4CJTA 1IKVA 2R7YA 4BE2A 3RTVA 2Y1IA 2PYJA 5KI6A 1L3TA 4KPYA 4LH4A 1IKYA 4O0JA 3RMBA 3JSMA 1WNSA 3TABA 4ZTJA 4E7LA 3TARA 4DQPA 3I0RA 3DOLA 4CEAA 2W42A 1RT3A 1S6PA 1S5JA 1UAXA 4CJSA 4UQGA 4DTOA 4DWIA 4DTSA 1NK4A 1RT4A 4CGFA 1JLEA 4DTXA 3P5JA 4LH5A 2OPRA 1DTTA 1ZBLA 2YHAA 1U04A 4B08A 1QE1A 4I2QA 1WAJA 1IKWA 4CJFA 3SCXA 4J2EA 4FVMA 4B9TA 4J2DA 3HXMA 4KB0A 1LW0A 4CF8A 3PUFA 3A2FA 4RG8A 3V6DA 3O3HA 5FRMA 4G1QA 4FJ5A 2YKMA 1D9FA 4CHQA 1IO2A 4FJ9A 2D5RA 3DI6A 1KCFA 3SUQA 2FC0A 4Z4IA 3LPUA 4DU3A 3NGIA 2OPPA 4GMJB 1YTUA 1NK5A 2FBTA 3AO3A 3DRRA 4CHNA 2OPQA 3D0PA 1S1WA 3ZSXA 1SL1A 3LAKA 2F96A 4M41A 1DLOA 1NKEA 3G0ZA 2XY7A 4FJJA 4CEQA 2O4IA 2ITGA 4FJ8A 4AHCA 4HVJA 3S3NA 2D0BA 3I8DA 1RBUA 3U6FA 2GUIA 2XY6A 4QOZB 1IH7A 3PY8A 1TKDA 4M3TA 2KFZA 3ULDA 4HUFA 1JLCA 3NF6A 1RNHA 3T1AA 4F8RA 4M45A 1ZBHA 3OVNA 4E1MA 3AVBA 2P1JA 4BE0A 3LDSA 3K5MA 4H8KA 3E01A 4TSXA 1RTIA 4BWJA 4JRPA 2GBZA 1X9SA 4C8OA 3KK3A 5CYMA 3U3YA 1ZYQA 2X74A 4FLXA 4HUEA 1D8YA 1HNIA 2E6LA 2G8KA 4C8NA 4KTZA 2XO7A 3ASMA 2E6MA 4CJEA 4B8AB 3RRGA 4QAGA 3NHGA 4KTQA 5FRNA 3VQ9A 1VSMA 4E0DA 1BQMA 2XRIA 4FM0A 1RCHA 4FLVA 3HT3A 4IG3A 4CGDA 1LW2A 1NK8A 4ZTFA 2WONA 1JLFA 1EX4A 1NOZA 4NYFA 3PX4A 4I9QA 4QCLA 3MEGA 1RDAA 3L3VA 4LD0A 3MAQA 2HNDA 3LWLA 3NH0A 4OKEA 3QEWA 2HHQA 3NGZA 3SQ1A 2G8HA 4F2SA 1CXQA 1JXEA 1KRPA 3L3UA 3HL8A 2FBYA 2Z1JA 3HVRA 1SL2A 1F21A 4IDKA 4CIFA 3KLEA 3G10A 3SPYA 5KRSA 4AHVA 3WNFA 2YV0X 4CGJA 3ZSOA 4IFVA 4I2PA 4FJMA 4M3YA 3AVLA 2DY4A 3LP2A 1L3UA 1I3AA 4AILC 2QK9A 1BI4B 1TK0A 1VSKA 1HQEA 2Q3SA 1W9HA 3K57A 2IDOA 4O4GA 3SYZA 4PQUA 3AVMA 2DFHA 4IKFA 4O0IA 3KKSA 1TKTA 4ELUA 1VRUA 1QSSA 4E89A 3LAMA 4DSKA 3KLHA 4ICLA 4Z0UA 5SZTA 3HPGA 3L2VA 3MXJA 4CK1A 4CJWA 3L2UA 1NJXA 1NOYA 1RTDA 2QKKA 3PV8A 4YNQA 5JS1A 4DF4A 1TKZA 4OLBA 1BQNA 4KTWA 1C6VA 2GV9A 2KQ2A 2ZQBA 3VQAA 4E7KA 1VRTA 4I9LA 1Q9YA 3AV9A 3PX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK9A 4CGGA 3GG4A 3NBPA 5KPTA 4O5FA 3ID6A 3T1YK 2W41A 3UKRA 5D3GA 3M8QA 3ZT1A 1N33K 3OYDA 1VHXA 2VG5A 4Q0BA 1VQ9N 3FFIA 3GE1A 4WQ5C 3L2WA 2RKIA 2PY5A 1NJZA 4KRFA 4FCYA 1OVQA 1YAGA 1HNVA 3D2EA 3QLHA 3J7YP 3BF1A 2KZMA 3SLCA 1T8EA 1MWKA 4JS4A 4OKKA 1XHXA 2ZM6K 3CQXA 2P9UA 1TAUA 4W5NA 4A57A 4E7JA 1ATSA 4DR4K 1T44A 4FJLA 3U3GA 3TPQA 3H3OB 4CF1A 1NG9A 4JLHA 3PO5A 1X9JA 3MEDA 4FM1A 3V9SA 1IKXA 1EWQA 3TAFA 5LL6Z 3TTDA 4FO0A 2YKNA 3TR8A 3DLHA 3IS9A 4CJUA 3KD5E 3V81A 4DF8A 3JYTA 1DT9A 2V7ZA 4CK3A 3MXMA 5FPNA 2G8VA 3AY9A 1WAFA 1ATNA 2I5JA 4FWSA 4CJVA 4GV9A 5C24A 5E41A 2A3ZA 5BRDA 4DFMA 3BP8A 2FSKA 3H1QA 1JL1A 3EN9A 5HROA 3V9WA 4E7IA 1QVFM 4BACA 3FZFA 1KFSA 3CG7A 4NCGA 2HVHA 2G8FA 3KK7A 3SQ0A 3NH2A 1GLBG 3OYNA 3E9LA 5I3UA 3B8AX 1SL0A 1EO1A 2O8CA 4CEFA 1JJ2M 3TU5A 1KSPA 1BI4A 1BU6O 1C1BA 4R5PA 1KAXA 4PWDA 3CCVN 2E1ZA 2I7NA 4Q5VA 5EXWA 2NNWA 5DM6L 1RT5A 3EZ5A 2P5GA 3DMJA 4E3SA 4BREA 3CPWM 1QQNA 1LOTB 1WLJA 4M3WA 3SUNA 2HNZA 2OANA 2HVIA 4DTJA 1UA1A 3LP0A 5AQGA 2YNFA 2HBJA 1EQYA 5AQRA 3THYA 1NK6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LPU A;  1YTU A;  3CJC A;  3T7Z A;  2FBT A;  2QWL A;  4FJJ A;  4B1Y B;  2XY7 A;  2O4I A;  2ITG A;  4FJ8 A;  3MCA B;  4M3T A;  1JLC A;  1RNH A;  3ZLJ A;  4E1M A;  3AVB A;  4BRA A;  2P1J A;  5TKY A;  4H8K A;  3E01 A;  4JRP A;  3DWL A;  4BQZ A;  4HUE A;  4RWT A;  2G8K A;  4C8N A;  3O5B A;  4QAG A;  3VQ9 A;  5IT9 O;  1M90 O;  2WON A;  4QCL A;  1NOZ A;  4NYF A;  4I9Q A;  1VQ6 N;  3L3V A;  3BUZ B;  2G8H A;  4F2S A;  1JXE A;  4BRD A;  1KRP A;  5AQZ A;  4JYA K;  2CGL A;  2Z1J A;  4IEE A;  4IDK A;  3SBT A;  4BRP A;  4H5W A;  3WNF A;  3VF6 A;  3LM9 A;  4FJM A;  2NRX A;  1L3U A;  1VSK A;  2P9K A;  2E20 A;  2IDO A;  5TKW A;  2BUP A;  4U7B A;  1TYQ A;  1TKT A;  4G9Z A;  3TSQ A;  5KQD A;  1QSS A;  4QS8 A;  3DXK A;  5GAD P;  1M1K O;  5B8H A;  2HF3 A;  1NJX A;  1RTD A;  4B3R K;  2QKK A;  3WXK A;  4A59 A;  5JS1 A;  4JK8 A;  2GV9 A;  4E7K A;  3IFR A;  4I9L A;  4K41 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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