The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVTETIQRFAWR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
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| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
33
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| structure length |
120
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| sequence length |
120
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9T A; 2KKZ A; 3O9R A; 3O9S A; 3EE9 A; 3O9Q A; 3D6R A; 2GX9 A; 4OPH A; 4OPA A; 3RVC A; 3M5R A; 3KWI A; 3P39 A; 3OA9 A; 3KWG A; 3P31 A; 3F5T A; 3EE8 A; 3O9U A; 3P38 A; 3L4Q A; 2RHK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3U9D A; 3T1H K; 3EL2 A; 4Y1D A; 2P51 A; 3HPG A; 3OYE A; 4CEE A; 1RT2 A; 2YHW A; 4CJ3 A; 1UA1 A; 3OJU A; 1ZBF A; 4WYB A; 1L3U A; 4FWS A; 3CXC M; 5KPZ A; 2NRW A; 3CFR A; 4NLB A; 4FK0 A; 3SQ1 A; 4YOW A; 1J5O A; 3C65 A; 4IFV A; 3SQ0 A; 4ILG B; 3V1Q A; 1KXP A; 4F2R A; 1BHL A; 1LAW A; 1KD1 O; 5AQN A; 3PY8 A; 1L5U A; 3DMJ A; 3AY9 A; 3VES A; 3E9O A; 1KFS A; 4KPY A; 3HK2 A; 3THX A; 2YNG A; 3CYM A; 3AA5 X; 2P9S B; 3B6P A; 1EXQ A; 5C2D A; 3G71 N; 4RW9 A; 2JGU A; 2G8I A; 1N34 K; 1BI4 A; 1VQK N; 4BR4 A; 1DT9 A; 2KHO A; 5EOY A; 4DV1 K; 4FCY A; 4JHD A; 3UIQ A; 3AVH A; 1Y97 A; 4IKF A; 5AZJ B; 4LF9 K; 4FXD A; 1WSE A; 4BRC A; 4KFB A; 1FK9 A; 4O0I A; 2HMI A; 3HBT A; 2ASO A; 2P9I B; 1DKG D; 2RKI A; 3WXI A; 3EEQ A; 1JCE A; 5AR0 A; 3OVN A; 4FLU A; 2BH1 A; 1QHT A; 4Y0W A; 1S1T A; 5C10 A; 1WB9 A; 3ZSY A; 1ITG A; 1VQL N; 2A5X A; 2KFN A; 2JLE A; 3IRX A; 4C8N A; 1QTM A; 4E7H A; 3K5M A; 2P9S A; 3CIP A; 3EZW A; 4K42 A; 5JVH L; 3K9K A; 2KZM A; 4OGC A; 4DB3 A; 4C8O A; 1L3T A; 1NMN A; 5AQQ A; 3VEN A; 2X6S A; 1ZBS A; 4ELU A; 4O4G A; 4DG1 A; 5CE3 A; 4JKC A; 2PBD A; 2HB5 A; 1E3M A; 3S3M A; 3UKR A; 5AZJ A; 2OTL N; 2VYP A; 4BRE A; 1NGJ A; 2HVI A; 2P9I A; 3OYI A; 3QLH A; 1KC8 O; 2OPR A; 3KLE A; 3M8P A; 3D7E O; 4H5N A; 4DR2 K; 4JK8 A; 3MEG A; 1Z05 A; 1JLB A; 1VSF A; 4E1N A; 3AVI A; 4BGA A; 4CHY A; 3TAN A; 3B8A X; 3MDQ A; 4AF1 A; 4CJR A; 1JLA A; 4FJI A; 5HRR A; 4HVJ A; 4B3R K; 4W5T A; 1BIZ A; 4CJQ A; 4HUE A; 4DQI A; 4FLZ A; 1T05 A; 3SMS A; 4CK1 A; 3CCM N; 1IBM K; 1ESV A; 1XQS C; 1U04 A; 1RTH A; 4FLY A; 4N41 A; 1RDC A; 2F9W A; 4K41 A; 4KHW A; 5FRN A; 3O3G A; 5JLH A; 1HLU A; 2KKZ A; 4BG9 A; 2FSN A; 4RW6 A; 2FXU A; 2O8E B; 3MN7 A; 2FC0 A; 3QIP A; 3HXM A; 4B1X B; 4OPA A; 4LFA K; 2O8F A; 1LWC A; 2P9N B; 4JKG B; 1KVC A; 4PL8 A; 1JLC A; 2ZE2 A; 4KRE A; 3CC7 N; 3KWG A; 4M3Y A; 3PIP L; 4BRK A; 5GIP A; 4Z4I A; 1DLO A; 3O4W A; 3O9U A; 2I5J A; 3NVK A; 3TI0 A; 3VEV A; 1YVN A; 4DSF A; 1U2V A; 3WNE A; 5HBM A; 4N76 A; 4I6M A; 4CF2 A; 2CH5 A; 3MEE A; 5DK5 A; 3CCU N; 3TAG A; 4FW1 A; 2FSJ A; 1V4T A; 2QWN A; 4FWM A; 4J8F A; 1T6C A; 1K8K A; 3GOI A; 5C42 A; 4GKJ K; 3ZET B; 3ZSR A; 2E20 A; 2Q2R A; 3SUP A; 4CK2 A; 3D6R A; 4XH1 A; 4IFY A; 4HCC A; 2F9T A; 4A57 A; 4KHP K; 3RTV A; 2QWP A; 3K0S A; 2KQ2 A; 1N6Q A; 1BU6 O; 2FBV A; 4H03 B; 4DCH A; 1HNX K; 4JYA K; 3N4P A; 1BQN A; 3M1F A; 2KLA A; 2OTJ N; 4HUF A; 4CZH A; 4DS4 A; 3ZT2 A; 1A5X A; 3A5N C; 1VQ9 N; 3ZCM A; 1RDA A; 2H3G X; 3LL3 A; 4PQU A; 3NHG A; 4LH4 A; 1KQS M; 5BN9 A; 1K73 O; 4M3W A; 2YHA A; 5J2Q A; 2WUS A; 4NXN K; 2FF3 B; 2WBN A; 1J53 A; 3SBG A; 3CER A; 1JCF A; 3ZLJ A; 4IBN A; 1Z26 A; 3ALY A; 4AHR A; 2OCE A; 3LP3 A; 4E1M A; 1I3A A; 4JI5 K; 3HYF A; 4RWT A; 1B9F A; 1UOC A; 1JL2 A; 4OPK A; 4CIG A; 3LDS A; 4BRP A; 4BE0 A; 3MK6 A; 1X9M A; 4FJL A; 4YOU A; 2QWR A; 5CYQ A; 4WFN L; 4PY5 A; 1OH7 A; 4WFB L; 2QXL A; 3TSU A; 3SMP A; 1B92 A; 4MLE A; 2XRI A; 4ELV A; 4CK3 A; 4A2B A; 5JIC A; 3QO9 A; 2GBZ A; 2ATQ A; 1ZBH A; 4IG0 A; 5AFU H; 3VGK A; 1X9W A; 3K5O A; 3NF9 A; 4B9L A; 2O8C A; 2P5G A; 4W5O A; 3HL8 A; 2RPI A; 2WOM A; 3P39 A; 1QSL A; 3F5T A; 1NOY A; 1VRU A; 4LF6 K; 4JI7 K; 3L4Q A; 1NGA A; 4H0V B; 1C1B A; 3IG1 A; 4O8K A; 2PYJ A; 4Z4G A; 4ZTF A; 4IDK A; 4K8Z A; 1ASW A; 4DQS A; 1QVG M; 4KI4 A; 4DV7 K; 1NGE A; 2QI2 A; 4CD1 A; 4HHT A; 3KK7 A; 4O5F A; 3MN5 A; 2UYT A; 5JLF A; 4DTR A; 4PKG A; 4CJW A; 3HRG A; 4EFH A; 3E9P A; 1Q86 O; 2P9L B; 1S9G A; 1M90 O; 2F96 A; 4BC3 A; 3QIC A; 2CGL A; 3ZSX A; 4M3Z A; 3LZJ A; 1L3V A; 3A8Y A; 4LF8 K; 1TKZ A; 2HST A; 4B3O A; 1S5J A; 1KCF A; 3LP1 A; 5BRH A; 1B9D A; 4CJE A; 3V4I A; 2P1J A; 3LAK A; 4IO8 A; 1Y64 A; 4CF9 A; 5J2M A; 5GAD P; 3ZSV A; 4FJM A; 4K8X A; 1X9J A; 3AAR A; 1QS4 A; 1GOC A; 3HTV A; 4E7J A; 2OPP A; 4CFC A; 1RT3 A; 1N33 K; 4KHU A; 1V4S A; 4FZX C; 4MLH A; 4DF4 A; 4R5P A; 2ZF5 O; 4UQG A; 2W41 A; 5KRT A; 3P83 D; 4DR7 K; 3VF4 A; 2P9L A; 1MWM A; 3DXM B; 4V19 S; 1T44 A; 2QKK A; 5EX5 A; 4FVM A; 5E84 A; 4CZM A; 3KD5 E; 1BL3 A; 3UB5 A; 1D9D A; 3PX0 A; 2W6L A; 1ZXO A; 4IEI A; 3FGU A; 3MX5 A; 1NK5 A; 4BR0 A; 1RT4 A; 1JLG A; 3RMC A; 3PIO L; 3M5R A; 3I0R A; 2E2N A; 4X66 K; 4GY2 B; 4H0Y B; 4CZK A; 3CF5 L; 4M7Y A; 2HHW A; 1HKG A; 4JKD A; 3DOL A; 3WXK A; 3VF2 A; 1XMO K; 3HPH A; 1NU0 A; 5CY4 A; 4B1W B; 1RTD A; 2Y1J A; 3SAG A; 3SI6 A; 5FLX O; 3H45 C; 5JS2 A; 4AHT A; 1LW0 A; 4W5N A; 1VQ4 N; 4DU3 A; 3MWT A; 1WOQ A; 2VWK A; 1RT6 A; 2HNY A; 3DXM A; 4OKE A; 3DLB A; 3TTF A; 2DFE A; 3CCJ N; 3DRS A; 1IKX A; 3PO4 A; 1HQU A; 4F8R A; 2VWJ A; 3FZM A; 1ASV A; 3GL1 A; 3OW2 M; 1XUP O; 1VSD A; 3EKS A; 3G25 A; 1SUQ A; 3CJ7 A; 4B1Z A; 4I9Q A; 4XH5 A; 1D5A A; 4PKI A; 3UKU B; 3J80 O; 4GV6 A; 1BDG A; 2D0C A; 2OPQ A; 5BPL A; 3S41 A; 2G8V A; 2O8D B; 3OHR A; 4YDU C; 3NCI A; 1S1V A; 1TUU A; 3K5L A; 4DFP A; 5ELZ A; 2P9P A; 4JI6 K; 4LF5 K; 4FJX A; 4BC4 A; 3CET A; 3L2W A; 3H6E A; 3ENH A; 3ZT0 A; 3DI6 A; 3EO3 A; 1NM1 A; 1FKP A; 1VSK A; 4CHN A; 4K25 A; 1NJI O; 4E0D A; 3TAB A; 3ISN C; 5BRF A; 2AJQ A; 1FW6 A; 2NRV A; 3OS0 A; 4EP4 A; 1NGH A; 4AH9 A; 4M3U A; 3ULD A; 1VQN N; 5AQO A; 2FBT A; 4H0X B; 4JI4 K; 4N5S A; 1YXQ A; 4YOV A; 3DM2 A; 3ENO A; 3WNG A; 3P38 A; 3W0L A; 2IOC A; 4NXM K; 2IIR A; 4LSN A; 3ZSO A; 4FLV A; 3VEY A; 4KO0 A; 4FJH A; 4DFJ A; 1W0H A; 3VQA A; 3VET A; 4CZG A; 4JI3 K; 1KSP A; 3DXK B; 5AQG A; 4JKE A; 1SKW A; 4DV3 K; 4L3Q A; 2IVN A; 4FJK A; 4KH4 A; 1QQC A; 1BQM A; 3RSE A; 2GWK A; 4H0P A; 2QWQ A; 1WSF A; 4FLT A; 3HZ6 A; 4BRH A; 1W7A A; 4JV5 K; 3LDQ A; 3LP2 A; 3EKU A; 4IOX A; 1NLV A; 3VTH A; 3G4S N; 1TV6 A; 4Z4C A; 3CQ8 A; 3EYZ A; 4DR3 K; 3TAQ A; 1IH7 A; 5E41 A; 4H4M A; 2BDP A; 5KI6 A; 3V1O A; 4LH5 A; 2QKB A; 1K8A O; 2YJE A; 1J9A A; 3V9W A; 1XHX A; 2QW9 A; 3QFU A; 1C1C A; 2CGK A; 5AQV A; 2UUA K; 2YX6 A; 2YHB A; 3F9M A; 4AIL C; 1YTA A; 3LAL A; 3DXK A; 1NJY A; 1S9E A; 5BRE A; 2KZZ A; 2GX9 A; 5FRO A; 3Q7B A; 3QFP A; 1WN7 A; 1HMV A; 3MXM A; 1KTQ A; 2A40 A; 5LJW A; 1BI4 B; 4RCH A; 5LMN K; 2DPN A; 1S1U A; 1WSI A; 4JHD B; 4JAX A; 3TAP A; 3OYG A; 3EE8 A; 2E6M A; 3VTI A; 5M1K A; 2Q31 A; 3DRR A; 3GG4 A; 5BN8 A; 4WQ4 A; 3PUF A; 3ENB A; 1VQ8 N; 1Q7Y O; 5AQP A; 4JI1 K; 2E5L K; 4EZ9 A; 3AO3 A; 3CG7 A; 1JLQ A; 2IGI A; 4GVM A; 4W5Q A; 4FW2 A; 4OO1 J; 3A5O C; 1QE1 A; 5MLC Q; 3ZYY X; 1J54 A; 3HP6 A; 1K6Y A; 4F2S A; 4DR6 K; 3P1G A; 1MWK A; 4JS5 A; 4IZ9 A; 1S22 A; 4B9N A; 1BWF O; 2D0B A; 5HRN A; 5M1P A; 3OJS A; 2ZM6 K; 3DLL L; 2ITG A; 4FPB A; 2GEM A; 3D0P A; 3QDK A; 4PKH A; 4B9S A; 4JNE A; 5CZ1 A; 4YY3 K; 3OBW A; 4AHC A; 3UKR B; 5KGX A; 3NVM A; 1S1W A; 4DUY K; 1KVA A; 3QB0 A; 4Z94 A; 3ZX2 A; 3TWH A; 4FVU A; 4CGF A; 5K14 A; 3J7Z O; 3HOT A; 4BRF A; 2IVP A; 1EQY A; 4DS5 A; 3AA4 A; 1HYZ A; 4JS4 A; 5C0Y A; 4C23 A; 3HI0 A; 2V7Y A; 3AO5 A; 1MU2 A; 4FO0 A; 2E88 A; 4BC2 A; 1U48 A; 4CCH A; 2NRZ A; 1IG8 A; 1XMQ K; 2YNF A; 4DTP A; 1EKE A; 1GLC G; 4KHS A; 3F2K A; 2ETJ A; 3QML A; 2HHU A; 4J2A A; 3BGR A; 4RW4 A; 1QQM A; 3KHY A; 4DU4 A; 5I42 A; 3CD6 N; 4DQ8 A; 4C8K A; 4M7X A; 4DTS A; 3KK1 A; 4KHN A; 4EZ6 A; 4CZJ A; 2I7P A; 2HBL A; 4DQP A; 1Q82 O; 3DRP A; 2PFU A; 3VQ9 A; 3KKS A; 2O8F B; 4FJ5 A; 4BVP A; 5HOO A; 1J6Z A; 3E01 A; 3HST B; 3F9K A; 5HLF A; 4JI8 K; 2BAN A; 3QNN A; 1RBU A; 2GTD A; 4JK9 A; 3QES A; 1NGI A; 4C8L A; 3J81 O; 1KRP A; 1C0T A; 1Q18 A; 2I7N A; 2ZGZ A; 4FM0 A; 1NBW A; 4AHV A; 2G8K A; 1TKT A; 5BPM A; 3VQ4 A; 3NGZ A; 1XI1 A; 1U2V B; 3TR8 A; 3O5B A; 3AO1 A; 4I6M B; 3V81 A; 5LJV A; 3HOS A; 1R0A A; 3KZB A; 3THY A; 4CHO A; 4CGI A; 3C6H A; 1M1K O; 2ZGY A; 1CXU A; 3NF8 A; 3LDP A; 4A61 A; 3TTD A; 3E1Y A; 2YNH A; 4O44 A; 1K8K B; 4OKJ A; 4OPH A; 1HUX A; 1CXQ A; 4M3R A; 3NDK A; 3L6Q A; 2AP1 A; 5GIN A; 2RE2 A; 4CZE A; 1SV5 A; 2HNZ A; 3KWI A; 2NRR A; 5EU7 A; 3C94 A; 2HHV A; 1VRT A; 4GNI A; 2HHT A; 2OYQ A; 4AM6 A; 4BRA A; 1TKX A; 4M41 A; 2BGG A; 2A41 A; 4CBX A; 1RDD A; 1FJG K; 3VF6 A; 3L8B A; 1TUY A; 3PO5 A; 4H0T B; 4JKH A; 4CJT A; 1SQK A; 4CGD A; 5A2Q O; 1WSJ A; 1C0M A; 1X3N A; 1VSL A; 2W40 A; 1HX1 A; 4NO7 A; 3LZI A; 3RMB A; 3CM5 A; 3ZX3 A; 4LFC K; 4BC5 A; 2E2O A; 5M1Q A; 4CJP A; 1TK8 A; 4ICL A; 1WSH A; 4HCB A; 4CF8 A; 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2HVH A; 1HNV A; 5AQR A; 3PSF A; 3QEV A; 3OA9 A; 1UA0 A; 2Q0U A; 4CI6 A; 5AQF A; 3BUZ B; 3SLC A; 2ZJP L; 3EE9 A; 5DMR A; 3SCX A; 5C2F A; 4OVL A; 3C7N A; 2Z1H A; 3RMA A; 4B3M K; 1X1P A; 2HHQ A; 4CFB A; 1RT1 A; 1ZBU A; 3JS6 A; 3VN5 A; 4O8U A; 3FE1 A; 4M3X A; 3I8B A; 4OKK A; 4G1Q A; 1X3M A; 1ATN A; 2CH6 A; 4RW8 A; 4DLE A; 3ZSQ A; 3BDP A; 4CEA A; 3SYZ A; 2ITM A; 4Z0U A; 1RBT A; 2D0P A; 4DFK A; 3VQD A; 5LY3 A; 2NRX A; 3AV9 A; 4E19 A; 4DF8 A; 3MN6 A; 1HNW K; 1VQ5 N; 2A42 A; 2IC3 A; 4DTX A; 2E6L A; 4J2E A; 4FOI A; 1IG9 A; 4BRO A; 3H08 A; 5HRP A; 3KK2 A; 2UUC K; 1ZC6 A; 3P5J A; 1YVU A; 4ZHR A; 4KTQ A; 2P9U B; 3HP9 A; 5JVG L; 1BG3 A; 2D0A A; 4MFB A; 4C8M A; 4Z4F A; 2O4G A; 2PYL A; 4H5R A; 4FSV A; 5LL6 Z; 4IJA A; 2YHY A; 3FLC O; 2F4V K; 2NNW A; 4KB1 A; 5E26 A; 2ZJR L; 4XEI A; 3CCE N; 1N32 K; 1SL0 A; 4GKK K; 1IKW A; 4DR1 K; 2Q97 A; 3M6G A; 3V9U A; 4OLB A; 1VSJ A; 4O5B A; 4WQ5 A; 5C24 A; 1S3X A; 4FJJ A; 3OYC A; 1RCH A; 4AHS A; 5CHI A; 1TYQ A; 3SV3 A; 1REV A; 5KQ8 A; 5HRO A; 3VGL A; 4CEC A; 4GV3 A; 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