3P60A

Crystal structure of the mutant t159v of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p60A00
4HSOA 3DKJA 1KBIA 4CNNA 4MKNA 1GG1A 1OK4A 4OU1A 3UWWA 4AH7A 1XL9A 1AL7A 2E09A 2B7OA 3OVPA 2TPSA 3QRHA 4UTWC 4MLJA 5K4ZA 2QCLA 4QNEA 3GKFA 1QO2A 5LNRA 2DZWA 3DHDA 2LLEA 2CU0A 5HQEA 4OGZA 2R14A 4RZ6A 3FA5A 3N14A 4LVAA 3VKJA 4UMBA 4O13A 4DF2A 1W37A 2Z6IA 5AOUA 3HGRA 1ZJIA 1R2RA 2H3DA 3DFTA 5F4SA 4CCEA 3BLIA 4AVFA 3MBDA 3W73A 4ZMGA 4I9AA 4JIPA 2ZA2A 5D2TA 3GK0A 5DY2A 3DAQA 3TFXA 4UXDA 3PSWA 3RLUA 1VCVA 1TQJA 1P4CA 4WXYA 4A3UA 3DH7A 4P2VA 3GR8A 3DBPA 3P82A 4ZQRA 2VFEA 1T8XA 4U28A 4S2BA 1D3HA 1WBHA 3W88A 3G0XA 4N6FA 4MJMA 4O4VA 4FNUA 3LCXA 4KFNA 2ISWA 4Q4KA 4W9TA 4IPIA 4MZYA 1OFOA 1GVOA 2HTMA 1GVSA 3B8DA 1GWJA 4MLRA 3W74A 1HG3A 3R2GA 2A2IA 2H6RA 3W86A 4UMAA 2V5BA 5A5WA 3BGJA 2V5LA 3S5NA 3LHYA 5D05A 3NVTA 6TIMA 1JULA 2RHGA 4CNPA 2WSQA 1FWTA 3G1DA 1EWEA 3TROA 4H3DA 3OIXA 1B4KA 1ICQA 3OBKA 4DELA 5D09A 1JQVA 4J9JA 3BG3A 3W1RA 2VOMA 1UBSA 4LY8A 3S1VA 1KFLA 4Y8FA 3W7IA 3W7KA 1LM1A 4EWND 4HNTA 4KWVA 3WJYA 4JGDA 2E68A 5HWMA 2WOQA 3OHIA 1GZGA 4AF0A 1F7BA 3W1TA 1I2RA 4O11A 1MEIA 2NWRA 1EIXA 3KOFA 4JTFA 4NXKA 2DZPA 1OFBA 3CPRA 2WPBA 3LXBA 4GXMA 1L2UA 1Y0EA 2PE4A 2ZRZA 2GQ9A 4WY0A 1KW1A 4NT0A 5FF3A 3FJ6A 3CQ0A 3LHTA 5FESA 5KINA 3AJXA 5HJLA 1JUBA 4O1BA 1SQ7A 2JBMA 3NL6A 2J9XA 1B3OA 2OJPA 3BW2A 3M1ZA 4A21A 3GDMA 2G5WA 5F2LA 2TSYA 2G96A 2NUYA 1R2TA 3A23A 2QJGA 1LBMA 3Q37A 4JTHA 1JUEA 1S5TA 4UTLA 5L9FA 3ABSA 3B4UA 4EIVA 4QIUA 3E0IA 3CB8A 2J24A 4MYAA 4NNBA 3UZJA 1ZY9A 1VJIA 3CT7A 3M5ZA 3P80A 3PR2A 3W9ZA 4O10A 1F5ZA 1X6UA 2ZRVA 4UFMA 1PS9A 3TUUA 5F2IA 3L66A 1KM3A 2V2HA 3KVLA 5HMSA 4N9BA 3B0VC 3DKLA 5CG7A 1LBLA 2Z2UA 4DO6A 5AHNA 2DZTA 2X16A 2Y7FA 2C15A 3GIYA 5LGZA 3OVQA 1IXPA 3W7HA 2PCQA 4JNMA 1SFJA 1W3TA 2Q8LA 4JD4A 3W1NA 4DBEA 1WAUA 3EXTA 3IIOA 5LHEA 1O94A 3EX6A 1XUUA 4JY9A 4WD0A 2AGKA 5FF4A 4DPQA 3WJXA 2VKZG 3IVSA 3QQ0A 1H7XA 1XBXA 4FXSA 2RDTA 3B04A 5J5DA 3TXVA 1K7FA 4JX4A 3EWXA 1KFEA 3HG2A 1G69A 1DV7A 2B7QA 2BTMA 5DBTA 4FIQA 1GT8A 1QPRA 4O1DA 2FLIA 3E02A 1BTMA 4CQ9A 2J9YA 3N9SA 1FDZA 4NXSA 4CQ8A 5K9CA 1GYNA 2WSYA 3I7QA 4LTSA 4N4QA 3TE9A 2BLEA 4XKYB 1R2SA 2QCEA 2VC6A 4H4IA 1P5BA 2OZ0A 1V7YA 4WUIA 5C54A 1PCKA 3W1AA 2OT1A 3KX6A 1H7OA 4RZ4A 2VEMA 2NLIA 3PBVA 1O95A 4ZQOA 1IF2A 4TMBA 3VE7A 3TAOA 2QUUA 2IQTA 5F2MA 2NWSA 4UTIA 5HULA 1JVNA 2QAFA 3E9AA 5FI8A 3BARA 3S5YA 1SW7A 3JR2A 4Y96A 4P61A 3LHVA 3U2OA 3DFOA 1ICSA 1FDJA 3USBA 4NJKA 2VFIA 3W1QA 2Y70A 4PODA 4A2SA 4RKAA 4JYDA 3CU2A 5D30A 4YL2A 1YADA 1DKWA 1TPWA 4NU7A 1ZFJA 5AYZA 3WK1A 1G4SA 1VRDA 1FWSA 1SO3A 1W56A 3HQ1A 2BZNA 2R91A 3LLDA 3LCWA 5J5RA 4KKXA 1DJQA 2V8ZA 4I7UA 4HNVA 4GBUA 1SFLA 4C1LA 2JGQA 2V9DA 3LCHA 5G2WA 3BPWA 3L5MA 5GVJA 1TYGA 4O1AA 4RJEA 2QCDB 4LT9A 4HSNA 3FKKA 4MZ1A 3FOKA 3C6CA 4PFMA 3F1QA 4FX8A 5EA9A 5KSWA 4JEQA 4JTSA 3KVMA 1UJPA 2Y88A 2R94A 1A53A 3MP3A 3TV8A 3EX1A 3W7RA 1S3HA 1HO4A 4DXVA 1SR9A 4M7SA 1SO5A 5I3KA 1SUXA 1F05A 1T0OA 1T99A 5LNUA 3GR7A 4MIMA 4IX2A 5DBUA 4DBDA 3P81A 5EY5A 5D33A 1YXYA 3BG5A 1N8FA 4K38A 1F76A 1H62A 1TTIA 2QR6A 1L9WA 4PL1A 2A5HA 3P84A 2ISSA 3BG9A 4HHPA 1P1XA 5I3FA 3ZR4A 1J4EA 2X1UA 4IMCA 2B7NA 2C1HA 3QMRA 1KTBA 4A2RA 4E0CA 1KM6A 4O16A 2ZFAA 2HSAA 4IPJA 4RXFA 2R8WA 3TX9A 4E2DA 1W1ZA 3ZWSA 4UFHA 2ZRYA 3ZWTA 2P1FA 1EUAA 3ABRA 4BK9A 3BV4A 3P60A 3UWQA 3L0GA 2ABBA 2DZUA 4C1KA 4R33A 1NF7A 1IXOA 2JKEA 4PA8A 1VH7A 5CZSA 2F84A 2YW4A 4BF9A 5AHIA 3TC7A 1TV7A 4UTJA 2DP3A 2QJHA 2FJKA 3M44A 2JKPA 3THQA 3PVFA 4B5NA 1DHPA 2GQAA 4AWUA 4NX5A 1GYLA 4Z1AA 3ABOA 3DFNA 4ZZ9A 4QISA 2AAMA 2FPTA 3TJLA 1NAL1 2Y85A 2G97A 2QCDA 5D2XA 3K30A 3MJYA 5DCDA 3T4CA 2VFDA 5D02A 3INPA 2QCMA 2QEZA 5LHFA 1ME9A 1PV8A 6ALDA 4K7VA 4A29A 1V5XA 3M43A 1BEUA 2X30A 3QPZA 3LCGA 1TIMA 2XN2A 3GNNA 3P62A 5KZDA 1GVFA 4N02A 3PUDA 2TMDA 4OBTA 5C5YA 4OHQA 1W3NA 4AHPA 4PC8A 1XBZA 1P0KA 4IXXA 1UB3A 3NZ1A 4EF9A 1FXPA 2E5CA 2FB3A 1CX9A 1ZAJA 3TH6A 4CCCA 4LVFA 4FEZA 4FNTA 1Q6QA 2C0AA 1LDCA 2HMCA 1TTPA 3HB9A 2WKJA 4EVZA 2QAPA 3KRZA 5K9DA 1U5JA 4ORIA 4D2JA 2QCFA 3M9YA 4NJHA 1C29A 2GJNA 3PB0A 2J9ZA 4GFSA 3IEBA 4FIRA 3W6YA 1RQBA 4O19A 3PSVA 1F2JA 2Y63A 5IBXA 3BLEA 1R30A 1F6PA 3STEA 4TO8A 3C56A 3LCFA 1OX4B 3LBCA 2YX0A 3B06A 3W22A 2E6DA 5DLCA 1OJXA 3MUXA 3OG3A 5CZ0A 1TPFA 4TIMA 2CLLA 4AB4A 3L2IA 3HO8A 3E49A 1JCNA 3EWYA 4O14A 3B0UX 1D3GA 3NG3A 1NVMA 1I8JA 1I45A 3T55A 3S5OA 5F2GA 5IBXC 4MOZA 2ZZ2A 3KVKA 4RLIA 3RF9A 4HN4A 4Q32A 4XTIA 3A9IA 3M16A 3UY8A 3SY5A 1XDMA 5FEPA 1C8VA 2YYUA 3W1MA 2V2CA 3UPBA 1QCWA 5AB3A 1Q6RA 3F4NA 3CEUA 2OT0A 1G4TA 3IGXA 2TRSA 1JCYA 3PWAA 4JTEA 2C14A 4O57A 4Y90A 1KBJA 2Z6JA 4JICA 1HO1A 3MMTA 4WX2A 1JUKA 2CLHA 1OYAA 1W5OA 5FEZA 1FDYA 4FB7A 3O63A 1FCBA 2V30A 5G4WA 1G67A 3N73A 4OE7A 3W1XA 4JN6A 1NFBA 3ZS4A 4LOCA 1WOBA 1N7KA 1KM2A 1NSJA 3DU0A 1FUYA 1LROA 3W7QA 3STCA 3QF0A 1X1ZA 5CZJA 3WJZA 1ML1A 4JTLA 2E77A 4GC4A 3EXRA 3W23A 3NQ8A 2Y7GA 2XFWA 1ZAHA 4ZQCA 3C0JA 1OF6A 3NM1A 1OX6A 3KRUA 4M5PA 4JTGA 5CZTA 1OX4A 3G3DA 5ABTA 4UTHA 1YYAA 3GDKA 5EKYA 1XCFA 1EUNA 1DOSA 2QDHA 3MI6A 1EP1A 3HG4A 2W79A 4GE8A 5TBOA 3U8GA 3NR0A 5K2ZA 1OX5A 2NUWA 4IGHA 3G1HA 1JCJA 4IMGA 3EEGA 1WYIA 5AN7A 4PEKA 3NAVA 1TJRA 2QCCA 3NPUA 4GUJA 4NZJA 3W85A 2NXIA 5FEXA 3FLUA 3A5FA 1VZWA 3N9RA 3Q94A 1EB3A 1IGSA 1Z41A 3MYOA 3LHUA 2A21A 1H7PA 4LVGA 3O16A 1DJNA 4MFEA 1DQWA 1VR6A 4LC6A 3TQVA 4ML9A 4I7WA 3SGUA 3W72A 3GDTA 2O7QA 1HFBA 2V0TA 3M5YA 3W71A 1EP2A 1K3UA 3FS2A 3B03A 2A7RA 4Y9AA 2VELA 3G18A 1H1YA 1TREA 3C4UA 3MYPA 2CFFA 1M7PA 1YPFA 1TO3A 4Z0JA 8TIMA 1T96A 1O5XA 1YXCA 3WK3A 3G8RA 3TJXA 3W87A 3ABQA 4LS0A 1TSIA 2ZZ6A 4FX7A 2A4AA 3WK0A 4FNSA 3T40A 1ZAIA 1OVDA 4AHQA 3BW3A 5IM51 1GTEA 3PG9A 4BFAA 2B4GA 2Q8ZA 3EWUA 2NZLA 1KM1A 3UPWA 3N2MA 4Q33A 1SZFA 2Y6ZA 3TMQA 4OQVA 3H53A 3F03K 1I2PA 3NM3A 3O15A 3IVTA 1K8XA 3DI0A 1Z42A 2VEKA 3EWWA 3HG5A 5F1VA 5DXXA 4ZL1A 4PTNA 2PC4A 1JCLA 2ZRXA 5CGQA 2ZBTA 3NQ6A 3QEZA 5EMUA 3E96A 2CLMA 4MPQA 1F74A 4WY0F 3CHVA 1AW5A 3NDOA 4JX5A 4NX0A 1H1ZA 4O12A 2H8ZA 1TMHA 3BO9A 3TC6A 3G3MA 1IXQA 3V1PA 4AWTA 4UNKA 4JTIA 4DEFA 4IXHA 1KFJA 1NF0A 3TSMA 3H55A 1RV8A 3FFSA 3QM3A 1OHLA 5G5IA 3IV3A 2EGZA 1ONRA 4CCDA 5HUPA 4LVBA 3BVJA 4NZFA 3QW4B 3HG3A 4Z1CA 1LZOA 4G1KA 4UFLA 4WOQA 2VFFA 4DPPA 1YDOA 1B4EA 4YXGA 1TRDA 4QSHA 3LHZA 3CIXA 4JTJA 1FCQA 5AC8A 4K39A 1CI1A 1B9BA 3M41A 2V82A 1FXQA 3DGRA 4LV9A 3KXQA 3LB0A 5EYWA 5KTLA 4GJ1A 1OFEA 3L21A 1WXJA 5FEWA 3KVJA 5HNRA 1DORA 1VCGA 3HF3A 3P67A 3I6RA 5FF0A 2QKFA 3G1VA 3TU9A 2RDUA 1MO0A 2A6NA 3LHWA 4K7YA 3GXNA 2KZHA 2DJXA 3VFLA 1M5WA 2EKCA 4FNQA 5HINA 3GDRA 5I3GA 3W2KA 1JRCA 4K8EA 5I3JA 3G1XA 3UD6A 4HPXA 1U83A 5D04C 4E38A 3HBLA 2E6YA 4LVDA 3WK2A 1TV8A 1QOQA 3M7WA 5KZEA 4ZQMA 1SU5A 3I65A 3B0PA 1H50A 2BXVA 3EX2A 5FF7A 3NNTA 1KLYA 4RXGA 3GKAA 3IGSA 1VPXA 3NQ2A 3DXIA 1TB3A 2VFGA 4ONVA 1LCOA 2CZFA 3CWNA 2CLFA 3MI3A 1G6CA 1X1OA 3T44A 5AYYA 3LLFA 4O15A 2CZEA 5C55A 2X2GA 1RR2A 3LV6A 2ZZ1A 4JTTA 3EKLA 3NQCA 1QWGA 1TQXA 1LOQA 4RK8A 1IIGA 3TNOA 2EF9A 3I7SA 4LU0A 4BI5A 3L68A 4LV4A 3LCIA 4MY9A 1LRTA 4K6AA 3PBWA 4XTDA 4GUIA 3LDVA 1D9EA 2Y61A 4HNNA 3OVRA 4LRSA 1BKSA 1L6YA 4IOTA 5I3HA 4N9DA 3NEVA 2VEPA 4IWWA 4WJEA 3UWVA 3ELFA 3NQFA 4XBSA 5D38A 1KM0A 1S5VA 1VYSX 4DQWA 3H54A 1PHQA 2E6AA 1XM3A 1J2WA 2VXNA 3W83A 2DZXA 3TK7A 3CIWA 5BW6A 4H6KA 3G0SA 3MWAA 1GEQA 2Y7EA 2CLKA 4AMAA 1KM5A 3A5VA 1IXNA 2ZZ7A 3RU6A 3EWZA 3VI2A 1SO6A 3T7VA 2CLOA 4GUHA 1RVGA 1MXSA 1KTNA 5EPDA 3C3NA 3TXZA 3L0NA 2J88A 1GPWA 1SO4A 3I68A 4NJIA 2CZDA 4XKYA 1PIIA 1B57A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4LAM A;  2PC8 A;  3M0M A;  2Q8L A;  5HDR A;  1Q6D A;  4AIO A;  5XIM A;  3GNP A;  4A8L A;  3W1N A;  4DBE A;  3EXT A;  2BBF A;  3PZI A;  3G1R A;  4DPQ A;  2QPS A;  1H7X A;  1XBX A;  1OBA A;  2A3A A;  2FHF A;  4XZM X;  4KH2 A;  3AHZ A;  4Q8O A;  4JX4 A;  3EWX A;  3HG2 A;  4BF5 A;  4F48 A;  3AIU A;  5DFA A;  2B7Q A;  1A5N C;  1T8Q A;  2BTM A;  4XD5 A;  4FIQ A;  2W62 A;  1XR2 A;  2FLI A;  2YL8 A;  4J3W A;  5K9C A;  1NTH A;  2VRJ A;  3QV9 A;  1TVL A;  4FR1 A;  1P5B A;  3ERP A;  1V7Y A;  5A2A A;  4WUI A;  1AZ1 A;  5JQ9 A;  1PCK A;  3MUY 1;  4PBF A;  4AZ7 A;  4D6E A;  1RPK A;  2ANU A;  2WVV A;  5TNV A;  1EL3 A;  3VE7 A;  1FVP A;  2QUU A;  3URN A;  2IQT A;  1V6Y A;  4UTI A;  1CGX A;  5D9N A;  4GA8 A;  3S5Y A;  4GPN A;  1WZK A;  4UOZ A;  4J35 A;  1JD7 A;  1V77 A;  3LHV A;  3U2O A;  2D2G A;  1FDJ A;  4NJK A;  1SFS A;  3W1Q A;  2I16 A;  3GC4 A;  2Y70 A;  4A2S A;  4E2O A;  4KES A;  1EOK A;  1EJU C;  2DUX A;  4RKA A;  4YL2 A;  2Y2W A;  3WK1 A;  1W56 A;  1FWS A;  1SO3 A;  1PYF A;  1F61 A;  3H12 A;  3EOU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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