3PBGA

6-phospho-beta-galactosidase form-c
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
MTKTLPKDFIFGGATAAYQAEGATHTDGKGPVAWDKYLEDNYWYTAEPASDFYHKYPVDLELAEEYGVNGIRISIAWSRIFPTGYGEVNEKGVEFYHKLFAECHKRHVEPFVTLHHFDTPEALHSNGDFLNRENIEHFIDYAAFCFEEFPEVNYWTTFNEIGPIGDGQYLVGKFPPGIKYDLAKVFQSHHNMMVSHARAVKLYKDKGYKGEIGVVHALPTKYPYDPENPADVRAAELEDIIHNKFILDATYLGHYSDKTMEGVNHILAENGGELDLRDEDFQALDAAKDLNDFLGINYYMSDWMQAFDGETEIIHNGKGEKGSSKYQIKGVGRRVAPDYVPRTDWDWIIYPEGLYDQIMRVKNDYPNYKKIYITENGLGYKDEFVDNTVYDDGRIDYVKQHLEVLSDAIADGANVKGYFIWSLMDVFSWSNGYEKRYGLFYVDFDTQERYPKKSAHWYKKLAETQVIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 6-PHOSPHO-BETA-D-GALACTOSIDASE
publication title Crystal structures and mechanism of 6-phospho-beta-galactosidase from Lactococcus lactis.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
total genus 190
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 1997-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3pbgA00
2PWEA 4C7DA 3FNDA 2ZXQA 2GUYA 3WL0A 1UR2A 3BLKA 1R8LA 3RJYA 1WZAA 3ZR6A 1KXTA 4MJ4A 2WMGA 1H3GA 2BV9A 3ALFA 3F4VA 4MB5A 4OOUA 2WZEA 4FLQA 1SR0A 4GQQA 4WKHA 3RM8A 1UKSA 2VRQA 1ZU8A 3AIRA 1JAEA 3RILA 1E70M 4PUDA 4J7RA 1KXHA 3EDDA 3T09A 3LPPA 4OIFA 4WF7A 3BCFA 2CYGA 4LX4A 1EH9A 1UD4A 1CGWA 1H49A 1U30A 2A3AA 2PWDA 5E70A 2EO7A 1HT6A 1KBKA 4QLLA 2V5DA 1K9FA 2WLZA 1H4PA 4IM4A 1CENA 1GQLA 2G8ZA 1H11A 3BCDA 4MAZA 1PX3A 4JL2A 2ZXBA 3CMJA 2GK1B 3VDCA 2BY3A 4P7RA 1WAWA 4AD5A 3ARWA 4D6FA 1TA3A 4AIUA 3L4TA 5IHSA 1XH0A 3DECA 3NDZA 1NWTA 2W5FA 1ZBKA 3ARZA 4XUYA 4HMEA 2XVPA 4L4PA 1DWIM 3CUJA 4GZJA 2ZUSA 1QI5A 3APGA 5M3WA 3CHCA 2PC8A 3MUAA 3RM9A 4QCEA 1YQ2A 4H7VA 2WSPA 1HJUA 4CVUA 3VILA 2WHLA 3CZ8A 2XIBA 1E9LA 5BRPA 1UH2A 3LPOA 3AMLA 3WQVA 3VDBA 4AD1A 2YL8A 4B15A 1XD1A 3ZT6A 4MDPA 5D9PA 3K4AA 1QBAA 4UOQA 4NRRA 1Q6DA 3ZJ8A 2V3FA 2D2OA 3VM5A 4ACYA 1E4MM 1C93A 4W8LA 4F9JA 2F61A 3AHXA 3AIBA 2ZX7A 3VMOA 4D6HA 2TAAA 1TCMA 1UZ1A 1LLOA 1O7AA 2BVDA 4HOXA 4D6IA 1EQCA 1MW1A 2ZUNA 3PZMA 3W25A 2J75A 3TTQA 1D3CA 1EIBA 3E1F1 4KGLA 3PZIA 3FAXA 5A6BA 3KE0A 5A8PA 1V3LA 1JZ2A 2YA2A 3CLWA 1KFWA 2XYLA 3OGSA 1XCXA 1BPLB 2WYSA 5HNNA 1TZ7A 2Y2WA 1VIWA 1C91A 4M82A 3AXXA 5A94A 5I6SA 1W3LA 3EDEA 1GOKA 3KL5A 1E56A 4F8XA 2WNWA 1NWSA 1K9EA 1E1FA 7TAAA 3VD4A 3DYOA 3EDKA 2MANA 1OSEA 3AS2A 1BGAA 4W93A 3QHOA 1B90A 4JAWA 2CNCA 4CUCA 6TAAA 3II1A 3L4UA 3N11A 1QW8A 5IFPA 2E9LA 4OBSA 3N12A 1N82A 4YHEA 1UD5A 1FP9A 1E6SM 3ZIZA 5FL0A 3IJ9A 5GQBA 3N17A 1RH9A 1HKJA 4YPJA 2W92A 3CBWA 2C7FA 4OOZA 3SCTA 4MNJA 3W28A 2PBOA 1JXKA 2NT1A 2VI0A 3B9DA 4CVWA 2JFEX 1XSJA 1GCYA 1H0GA 1C7TA 2VR4A 2YLAA 1W1TA 5HBFA 1R7AA 3RO8A 1GQJA 5A8OA 4F66A 1JIBA 1ISXA 2QV4A 2XVLA 5I0DA 2DGAA 2W63A 1W2PA 3M6DA 4MB1A 4B16A 1PIGA 1UKPA 1GOQA 4MB3A 3AOFA 3UG5A 4RE2A 4ZE5A 5FKYA 1OGSA 2E3ZA 4H8HA 1UR0A 1UR4A 3K8LA 3CZGA 2XJ7A 4M1RA 4AZ5A 3D3AA 4NRSA 3CZJA 2CHNA 1WZLA 2X0YA 5ABEA 2FH8A 2XM1A 1J0JA 2GJXB 4CCDA 2A3CA 3CHDA 2EPMX 2XSBA 2YA0A 1FA2A 4S3JA 1RP8A 3PZQA 1OCQA 4UQAA 1E6XM 4P8XA 1JYWA 1FHLA 3WH8A 4AC1X 2WWDA 5E9AA 3A3HA 1V3MA 3BAKA 2XVGA 3BAWA 4H04A 1XRVA 1CXHA 1NWRA 4CN1A 3AZRA 2XG9A 5TD4A 1UUQA 1NOUA 3WD0A 1I75A 4AMCA 3VU2A 1C92A 2CPUA 1ODZA 4JFVA 4XZBA 1CGXA 2J7FA 2DT3A 3AIWA 4IISA 2E9BA 1JD9A 1A47A 2J62A 3OA5A 2O9RA 3CUGA 1J18A 4WLCA 3VGHA 3SURA 2X05A 5CJ5A 3WD4A 3L4ZA 3VD3A 2OYKA 3CZKA 4OUEA 3PTMA 2VL4A 3ZSTA 2G41A 1ITXA 1FH8A 5BXTA 1HKIA 4P7QA 4D1IA 4FLOA 1EDGA 2QF8A 1KGUA 1XV8A 2VZTA 3BMWA 1G9HA 3SCWA 1WKYA 3QOMA 3W24A 4CCEA 4A3HA 2X1IA 2A3BA 2JEPA 4ACZB 1R87A 3BGAA 4D6DA 3MANA 5FIPA 1RD6A 3VMNA 4UZUA 3WKZA 4PTWA 1W9PA 3BC9A 3WSUA 4QLJA 5I78A 4WSKA 3WD1A 2DSVA 3L4VA 1LF1A 1KQYA 2X2YA 1C8QA 1JYVA 3BAXA 1H2JA 1K6AA 1WZKA 3W81A 4HOZA 4LYRA 3L4XA 1JL8A 2EPNA 2CBUA 4R5EA 3IJ7A 1UHVA 1XYFA 1JZ8A 4ATLA 3SCRA 1ZBWA 4ZXLA 3ARTA 1QNOA 3RIKA 1VB9A 2WMJA 1W32A 1ZJBA 1ISYA 4U2YA 5A2BA 1EHNA 3TONA 2VX4A 3ARXA 1B31A 3VVGA 3ZMRA 3J7HA 2BHUA 2D24A 3VPLA 1Q6EA 2VZOA 5CPQA 1PPIA 3AHZA 2J47A 2XFYA 1TR1A 2XSAA 2BHYA 2CBVA 2ESCA 2CIPA 2WHKA 3FN9A 3VNZA 1E55A 1UWQA 5D4YA 1VFMA 5I3DA 1OD8A 1QVBA 4YN5A 3WF1A 1VRXA 1LG1A 4B3LA 4WKAA 5FOOA 3SUVA 5DMYA 1PIFA 2D0GA 4GI8A 3AQUA 4URIA 2E40A 3QHNA 4HA1A 4X9YA 3PZGA 4B9YA 2ZWYA 2QPUA 3W27A 3BAIA 2UY5A 4GINA 4HOWA 5C70A 3U7VA 1UKQA 1GNXA 2XFRA 4D72A 5GPRA 5A8MA 4WK9A 1QNRA 1YHTA 3VNYA 4LQ1A 4PBGA 2JF6A 5A6AA 1IT0A 3GXFA 3VIOA 1WO2A 1MXGA 2CETA 1DHKA 4MDOA 3ZOAA 2BFGA 4Z2JA 3EDFA 1UWRA 5CLWA 1KBBA 4BQ4A 3B9AA 4DWSC 2IXVA 2WVTA 3IAQA 3WF4A 4GO9A 3AXHA 1CXEA 5AY7A 3THCA 4CU8A 2VVSA 1WPCA 3WQ8A 2JEQA 2JE8A 4M56A 2ZIDA 4TVUA 2WVVB 2DSKA 4BCEA 4U2ZA 1EDTA 3AS1A 4UFJA 1E6QM 3PZTA 1AQMA 4W5ZA 3NSMA 4PMXA 3BH4A 1JYNA 1J01A 2WB5A 1NWUA 3OB8A 3A4XA 1KWKA 4LPCA 3GTNA 3WNNA 2Z1SA 4GZIA 1SMAA 3ECQA 4M80A 1VEMA 1IZKA 4HA3A 1GORA 2GK1A 2DPEA 1BF2A 2DIEA 4HZ8A 1TVNA 3L4YA 1CXFA 2GSJA 4JFTA 4W87A 1KGXA 4PSPA 5ABHA 1V08A 2J7EA 2D1ZA 4QP0A 3VIHA 4FLRA 3GZAA 2ZUMA 2ZX9A 7CGTA 4PEEA 1B1YA 1NH6A 1VFUA 2AMGA 5E09A 1WE5A 2WCSA 2DH3A 4M8UA 3T0BA 3ZT7A 3GH4A 3MMWA 3MMUA 3GXMA 3AIVA 3WELA 2WC3A 1F4AA 3ARQA 1C7SA 4QFUA 2FHCA 3WF0A 1NARA 2XTKA 1JI1A 3VIMA 3PZ9A 4LYQA 3U7BA 1ISZA 3FY1A 4CD4A 1VAHA 4B9ZA 2O9PA 1CXIA 1WDQA 5DO8A 2JALA 2UY2A 3VIIA 5JBEA 3WMCA 2G3MA 3DHUA 3T2PA 1FH7A 1UOKA 2WKGA 4ZXOA 1W3JA 3FXYA 2WK2A 3GBEA 3M7SA 1UH3A 1ITCA 5JIPA 2PI6A 5A95A 3UESA 4JHZA 2UY4A 4JFWA 4KGJA 1I1WA 1V0NA 2VUYA 1E3ZA 4AZCB 4UQCA 3G6MA 1QPKA 5ABGA 1M04A 2V3GA 4U33A 4C7FA 4HPHA 1MW0A 1C3FA 2EEXA 1VENA 3FAWA 4UQEA 1J0IA 1MQPA 4XZWA 4W85A 5AYIA 1QI3A 4TTGA 2J77A 3L2MA 4JFSA 2YBTA 3VIFA 1D7FA 3POHA 4CU7A 1UQZA 3PN8A 4ZE4A 1NP2A 5A3HA 1E0WA 1KR1A 4AEEA 2XWEA 2CHOA 1QHPA 2A3HA 2QHAA 1C8YA 4DUVA 4GZEA 1CPUA 4DUWA 2FGLA 3WN6A 3W38A 1VJSA 2VCCA 3WMBA 3WUGA 1E6ZA 1WP6A 1JZ4A 4KRTA 2WZHA 4J27A 1BYCA 2FHFA 4D6GA 3A47A 1JZ6A 2NT0A 4CN6A 2VX5A 4V2XA 3ZJ7A 3CHFA 2CEQA 1CBGA 2J7BA 4J28A 3MU7A 4JCMA 5KZ6A 2E9MA 5ABFA 1X1NA 4U31A 1BGGA 2ZX6A 4HMCA 5A69A 2ZE0A 2Z1KA 5M03A 3NJ3A 4XV0A 2WWCA 3ZT5A 2J8GA 3ARSA 4OKDA 3W4RA 1US2A 5KEZA 1UR1A 4P7OA 4QAWA 1PZ2A 3EYPA 4AIOA 3CIVA 5FL1A 1SFSA 1FH9A 2CCRA 3AI0A 1CYGA 1JF6A 3IK2A 2BVYA 1GOWA 4EE9A 5BXSA 1UWIA 2QMKA 1J10A 5HPCA 4KWUA 5IXEA 1H1NA 1NQ6A 4A3YA 4U5KA 4BS0A 3AJ7A 5A2AA 3VGDA 2DSWA 1B3XA 2X09A 1KCLA 2IUZA 4Z2HA 2ZUWA 1XHGA 1B3YA 4TUFA 4TX6A 4E8CA 2WBGA 3WDHA 4EANA 4A4AA 3OZPA 1OIFA 2YL9A 1UD8A 1XYZA 4OJYA 1GOIA 2FH6A 3WBEA 1PX8A 2ZWZA 2J8FA 4QLKA 1UWTA 3K8KA 2BY2A 3NCOA 4UOJA 3O2LA 2YDSA 2DT0A 1BYDA 1UKOA 2ZXAA 2GJXA 1LL7A 2D0FA 4DWSA 1IV8A 5ABFB 4TVDA 1ISWA 5A6SA 4P7LA 4V28A 3TTOA 4E2OA 3SCPA 5FCZA 1PBGA 1PZ3A 1QNSA 3T08A 4NF7A 3MUY1 1W1VA 4GKLA 3ZJ6A 4W7UA 3A6OA 3VIJA 3GNOA 5LA0A 5HPOA 4UQDA 1E72M 2JIEA 1NOWA 1UD3A 5F7UA 2EXOA 5E0CA 2VO5A 5AC4A 4HZ6A 1ZBCA 3O9NA 2CESA 1JDDA 1UR8A 4K68A 4W7VA 3OLDA 2PF0A 3ARPA 1G1YA 3EMCA 1TFVA 2VNCA 3WNMA 1AVAA 2BXYA 2GVYA 3QHMA 3SCVA 3OGVA 3I3EA 2DSZA 4MPKA 2XPKA 2CKSA 2QPSA 1VEPA 5EMYA 4D6CA 2W62A 3HMCA 4GI9A 4JIEA 4JKMA 1B3ZA 1GJWA 1GJUA 1TE1A 4P8WA 1MFVA 2BNJA 3BSHA 1CEOA 1HP5A 3SIMA 2G3IA 1QBBA 3AFBA 3RJXA 1CXLA 1C8XA 4AXNA 2J78A 3M07A 3UCQA 3MUZ1 3AS3A 4YHGA 2OSYA 4AWEA 5BYWA 2J4GA 2VZSA 2WC4A 3CPUA 3TOPA 2IXUA 4PMYA 2YL6A 2GDVA 4DWSB 4ACZA 1U33A 5DT7A 1CDGA 3EDJA 5CSUA 1JZ7A 1ZS2A 2VT0A 1Q6FA 3WUEA 2CBIA 3SCQA 3AIUA 1DWGM 5CGMA 8CGTA 2VR5A 2CKRA 3WEZA 4GIAA 1SMDA 5HDRA 4AZBA 3LPGA 1XSKA 3ZO9A 2WCGA 1DWFM 3MV11 3VGGA 5A2CA 3FW6A 5HOSA 2WMKA 1G5AA 4UFHA 3QGVA 3I3DA 1EOKA 1CLXA 1BYBA 2VJXA 3SCUA 4D71A 4PMQA 4M24A 3VUPA 3AXIA 1LWHA 1E5NA 3VX1A 3T2QA 3AHTA 3TTSA 2VQTA 4DWSD 1BLIA 3K8MA 5BWFA 4KH2A 2AAAA 1E4IA 1B2YA 1FOBA 3K1DA 3OZOA 3S6TA 2XVKA 3MV01 1BQCA 1E1EA 4PN2A 3ZM8A 5JUVA 2WC7A 3PZNA 2YOCA 4W8BA 4QDMA 1BHGA 4TXEA 1R86A 5A8QA 5AYBA 3WNPA 1B3VA 4P8VA 1K9TA 5M17A 4QCFA 2OWWA 1B30A 1JDAA 3F5LA 1JF5A 1X6NA 3AMGA 1M03A 3SUTA 1JAKA 2WM0A 2BY1A 2J7CA 3HN3A 3N1AA 1C90A 5BRQA 4MNKA 2WVUA 5E6YA 1DEDA 3WEOA 5D9NA 3AIEA 3WNLA 3UETA 1Q6CA 3OLGA 4FF5A 4UOZA 1FFRA 1HIZA 2JIWA 1G0CA 4ZFMA 3S2CA 3WD2A 3AMKA 8A3HA 2WVSA 2D3LA 4PTVA 1W9VA 3W82A 2O9TA 3GYCA 1O6IA 2WMFA 5I23A 3KEHA 2XUCA 1OWQA 3AHVA 1L0PA 3WF2A 3RPMA 2EPOA 4J3XA 2PBGA 4OBRA 2A3EA 1TVPA 2AOSA 2XIIA 5A6JA 1KCKA 4ZEPA 3BSGA 3VM7A 2XGIA 3DHPA 1QW9A 4XB3A 3ALGA 1E4LA 1ESWA 1HX0A 1HN1A 4AD0A 4UTFA 4J3SA 4H41A 1LJYA 1UA7A 2YA1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PWE A;  4C7D A;  3FND A;  2ZXQ A;  2GUY A;  3WL0 A;  1UR2 A;  3BLK A;  1R8L A;  3RJY A;  1WZA A;  3ZR6 A;  1KXT A;  4MJ4 A;  2WMG A;  1H3G A;  2BV9 A;  3ALF A;  3F4V A;  4MB5 A;  4OOU A;  2WZE A;  4FLQ A;  1SR0 A;  4GQQ A;  4WKH A;  3RM8 A;  1UKS A;  2VRQ A;  1ZU8 A;  3AIR A;  1JAE A;  3RIL A;  1E70 M;  4PUD A;  4J7R A;  1KXH A;  3EDD A;  3T09 A;  3LPP A;  4OIF A;  4WF7 A;  3BCF A;  2CYG A;  4LX4 A;  1EH9 A;  1UD4 A;  1CGW A;  1H49 A;  1U30 A;  2A3A A;  2PWD A;  5E70 A;  2EO7 A;  1HT6 A;  1KBK A;  4QLL A;  2V5D A;  1K9F A;  2WLZ A;  1H4P A;  4IM4 A;  1CEN A;  1GQL A;  2G8Z A;  1H11 A;  3BCD A;  4MAZ A;  1PX3 A;  4JL2 A;  2ZXB A;  3CMJ A;  2GK1 B;  3VDC A;  2BY3 A;  4P7R A;  1WAW A;  4AD5 A;  3ARW A;  4D6F A;  1TA3 A;  4AIU A;  3L4T A;  5IHS A;  1XH0 A;  3DEC A;  3NDZ A;  1NWT A;  2W5F A;  1ZBK A;  3ARZ A;  4XUY A;  4HME A;  2XVP A;  4L4P A;  1DWI M;  3CUJ A;  4GZJ A;  2ZUS A;  1QI5 A;  3APG A;  5M3W A;  3CHC A;  2PC8 A;  3MUA A;  3RM9 A;  4QCE A;  1YQ2 A;  4H7V A;  2WSP A;  1HJU A;  4CVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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