3PBU | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	88
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbuA00

1CI1A 1FWRA 1LYXA 4BWLA 4JDBA 3CIXA 1SZEA 3F1QA 3G0XA 5G1YA 3OIXA 4AWTA 3GDRA 2Q8ZA 2E5BA 2WV8A 3W1RA 3T44A 5D2VA 3NPUA 3R2GA 1OX4B 5D30A 3GXNA 5A8GA 4ZZ9A 3G1FA 1LOSA 1TQXA 3W7CA 1TTIA 2RKXA 2V81A 1YLVA 4O14A 3GZ3A 3MP5A 5G4EA 2Z6JA 2E09A 3SGZA 3GR7A 1YXCA 5ABTA 1OFEA 3P74A 1J2WA 3W1NA 1I8JA 1EP3A 2XN1A 3NQ7A 4AMAA 4I7UA 1QO2A 5AYYA 2E6YA 2QUUA 5I3FA 1O94A 4WXZA 3G3MA 3QMRA 3MW7A 4AHOA 4CQAA 2QCLA 3L9CA 3TKFA 3M0ZA 3QJAA 3DI1A 3G1VA 3HG2A 1JCYA 4AWUA 2FFCA 3SZ8A 1TTQA 4O54A 4QJ1A 1GYLA 1HO1A 3NEVA 5CZTA 4UTTA 1ME9A 3T78A 3IVUA 1QOPA 1MEWA 1W5MA 3KFTA 1ALDA 4O17A 5J5DA 2J9YA 1YTKA 4OV9A 3KVMA 1X6UA 2XN0A 4GUFA 1BWKA 1T96A 5CKSA 4DF1A 1SZNA 1WA3A 5AHFA 1RD5A 4M19A 2X16A 2Y7DA 4FNUA 4C1KA 3NQMA 4DBEA 2WKJA 3HO8A 4UTHA 4JS3A 3H53A 3PB0A 3Q2DA 1WBHA 1AW5A 1JUBA 1TPUA 2B4GA 3A9IA 1KFKA 3HMJG 3BLIA 4CNPA 3RFAA 4NXSA 1VLIA 4Z1BA 3W1TA 1GVRA 4KWWA 2YGYA 1LRTA 2ZZ2A 3C2VA 1HTIA 1KM0A 3PG8A 4Z1AA 3DGRA 3UD6A 3OEXA 4K8HA 5HMSA 1SO5A 1TJRA 3HPSA 3UWVA 3IGUA 3HBLA 3QH2A 1LRQA 2FDSA 1B4KA 1K8ZA 5LZLA 2R91A 1OFRA 1VC4A 3PR2A 5AHIA 5EMUA 4S1FA 1IIHA 2ZZ7A 4UNKA 2QDGA 3EWBX 3HIJA 5FEZA 3NL2A 4KFOA 2WSRA 1F74A 2BSLA 3H54A 3M5YA 1Q3NA 3UWUA 3VNDA 1FWSA 3G1DA 4QSHA 1BKSA 1GPWA 2TPSA 4O16A 3HG3A 1TSIA 3BPWA 1R30A 1W37A 4IMCA 1KBJA 4YWIA 5I3HA 3TA6A 4PEKA 2Z6IA 5F1UA 1TV5A 3RF9A 2ZZ3A 1K3UA 4CCCA 1EB3A 2JGQA 3LXCA 4MZ1A 4JEQA 3G24A 3QMSA 4QITA 5K9XA 1O95A 3PY2A 3GDMA 3KRUA 3STCA 4XKYA 5HR7A 1F73A 2NWRA 5E93A 3BV4A 4UTWA 2F7FA 4B5NA 1LM1A 3OBKA 1B57A 3N2MA 4TX9A 3NZ1A 3GR8A 4GBUA 5HJLA 3W2MA 5AB3A 1U83A 3TR2A 2ZFAA 1A5SA 4LV9A 5AC7A 4JTTA 1S5WA 1TPFA 1LROA 1TV7A 2Z1BA 2OT1A 1WX0A 1AW1A 1Y0EA 3KAOA 3W75A 8TIMA 3OVPA 4OT7A 2EAWA 2QAPA 5AC6A 4IUOA 3CPRA 3CEPA 3NXFA 1B3OA 1P5BA 1SQ7A 2P10A 2BXVA 1MEIA 5TBOA 1W1ZA 3G0UA 5KZDA 2ISVA 4EVZA 4XTIA 3QRHA 1W5OA 4AF0B 4R53A 2ZTKA 4AB4A 3O63A 1W5PA 3FYPA 4Q33A 3M7WA 1YTEA 4FXSA 4ZQMA 3LV5A 5AHNA 3PBYA 3RNDA 2YXGA 1ADOA 1ME8A 3TQ0A 5IBXA 3UZ5A 4IGHA 1OFQA 4O1CA 1I2NA 3BG9A 3GDLA 1Q6OA 1LLWA 4KFPA 3TV8A 1UB3A 2A85A 1LORA 3BGGA 3M5VA 3WFAA 4Z08A 1FCVA 1EP2A 2JGYA 1LDCA 4JY8A 3P81A 1W8SA 3DHFA 5D2TA 4JD4A 4WX2A 1ME7A 1IXQA 3MHUA 1SW0A 2FTPA 3NM1A 3TU9A 5BOOA 1YADA 4UUIA 1NFBA 3MWAA 3CB8A 4UTKA 4L4MA 1G69A 1JCLA 4LVDA 1A50A 2RDUA 2AQWA 2CLFA 5CZ0A 3B0VC 2OZ0A 1DVJA 4XWUA 3U2OA 1KFCA 3FLUA 1AW2A 2Y63A 2QJHA 2YR1A 1GG1A 4O8RA 4Z0JA 3N9SA 3VI2A 4TIMA 1YTDA 2DP3A 3OHIA 3P7YA 4M7SA 4QNEA 5MHBA 2C0AA 2Y7FA 1H7XA 3ZWTA 2WNQA 2E5CA 1GJPA 1XBVA 3G8RA 5KTLA 3DFPA 5K9DA 4CQ8A 4JTSA 1LCOA 5KZMA 4E2DA 4JN6A 5AFDA 5KINA 4JTJA 1F5ZA 2VEPA 3ABRA 4DELA 2E6AA 2F84A 3W7PA 1VS1A 1JUKA 4DF2A 5I3JA 1OK6A 3TXZA 4CCEA 3NOEA 4EWND 1TV8A 3RLUA 2OCZA 4UFIA 3TQVA 2NX1A 3TW7A 3R13A 2V8ZA 2ZZ4A 1KM1A 4TMBA 4WY0A 1YDNA 2ATSA 3W1PA 3B06A 1TQJA 1UUMA 1XM3A 3L5AA 3B8DA 1OHLA 3W1UA 3I7RA 2FQIA 1YXYA 3W2KA 1K7FA 4JYDA 3G1SA 3LRKA 3O05A 4ICNA 1OYAA 4CLMA 5K9CA 1DHPA 3B05A 3NG3A 2YYTA 4NNCA 5HUOA 4PL1A 3W73A 1J5TA 3DKJA 3MUXA 4QISA 3GXTA 3GNDA 1MEHA 5FESA 4MJMA 4S2BA 2C1HA 5K7JA 3PAJA 5FEPA 3A5FA 1DOSA 3L5LA 3TIMA 3W7IA 1BWLA 3GK0A 1RQHA 1IGSA 3WK0A 2QCMA 1B4EA 4AH7A 4MKNA 4NXKA 4MPQA 1FDJA 4UC5A 2EF9A 1JR1A 4AEOA 1SW7A 2Y7EA 3L0GA 3T7VA 1P0NA 3AJXA 5EYWA 3C56A 2YYUA 1JCXA 3LCGA 1OX4A 4H3DA 4ZQPA 1QPNA 1TPWA 3KVKA 3NQCA 3TX9A 4ONVA 3DBPA 3KRZA 3W23A 3W6YA 1JCJA 2CLOA 3UWWA 3O1NA 3DFNA 1XBZA 1GT8A 1RR2A 2PE4A 1VRDA 1I2RA 1SSGA 3L21A 1KFLA 1W3TA 3FKKA 1TPB1 4IOTA 4YXGA 1GG0A 4IMEA 1I45A 3HG5A 3CC1A 4HSNA 3WK1A 3LDVA 3M16A 5CGQA 3NM3A 4UFMA 1O5XA 3W7HA 3LLFA 4JICA 1OYBA 2B7OA 1XI3A 3UXDA 4R34A 1CX9A 4HPXA 3W7GA 2A7RA 2LLEA 3UY7A 3W2LA 3W7QA 2YFOA 3M43A 3NZRA 4RXFA 3EX2A 5EL1A 4NX5A 3GAKA 3KVJA 3V75A 1M5WA 4AHPA 1B9BA 1X1OA 3W72A 4O1BA 3UQNA 4IPJA 2CZ5A 2JKPA 3EXTA 5D2XA 4WY0F 1JUEA 2QKFA 2ZQ0A 4JX6A 2ZA1A 4LOCA 5HWMA 2ISSA 1F2JA 2VFHA 1O60A 1GVSA 2BLEA 2EHHA 5F1VA 2J24A 2QUVA 2QCEA 4FXRA 3GYEA 1LBFA 4IX2A 4BWLC 1DQXA 1XUZA 5FF0A 1KTCA 4A29A 4Z0SA 3C4UA 3DI0A 1KV8A 1TPH1 2YX0A 3T40A 2G95A 1R2RA 1JQXA 4Y6GA 3C52A 4JR5A 3LTPA 3CEUA 1EA0A 1G4EA 3NPVA 2CW6A 2DZPA 3DFTA 4O50A 3MJYA 1PIIA 3S42A 1XBYA 4N9EA 2P0OA 2A4AA 3TXVA 1H60A 1DL3A 3IIXA 2YSWA 4K7YA 2C18A 3GNNA 1MO0A 1H61A 4LC6A 3WK3A 1FCQA 1K8XA 1LBMA 1OF8A 4KKXA 2Y89A 3B0PA 4JIPA 4M6VA 1NAL1 4OE7A 5HNRA 1UCWA 3DENA 3NDOA 1HO4A 4A2RA 4DO4A 4MY9A 1PS9A 1LZOA 4NZFA 3PB2A 2TMDA 2I9EA 1QOQA 1FXPA 3VFLA 2CZFA 4TO8A 2KZHA 5DBUA 4N6EA 1HG3A 1ZFJA 4IWWA 3PSVA 1TJPA 3UY8A 3H55A 2NV2A 1F6KA 3S6DA 1QO5A 3BVJA 1I4NA 2G96A 4UFHA 1TB3A 3NQ8A 2ABBA 1H51A 4JTUA 5FEWA 2DZXA 1MZHA 2FPTA 1ZAIA 1H63A 3S5OA 1HL2A 4MFDA 5C5YA 4FX6M 3TK7A 2VFFA 3R89A 3NL5A 4K38A 4BI6A 3WJYA 3YPIA 4MFEA 4JGDA 2OMAA 4HN4A 2G5WA 4LUIA 2FPVA 3LCWA 3L66A 4UMAA 2WNZA 2NWSA 1SO3A 3RK8A 3EX1A 3P84A 4XTDA 5BNKA 5DN1A 3EXSA 1ICSA 3NQDA 5AHEA 3S5YA 1KFJA 1WYIA 1ZENA 1FQ0A 2V2CA 2QF7A 5FF7A 1W3IA 2ZRWA 1L6SA 4RZ6A 2O7QA 1JQVA 3L67A 3NNTA 3RMJA 4AF0A 4LNYA 4A22A 2Q3OA 3TW6A 3LHTA 3NAVA 3W2UA 3P5YA 3QZEA 3S1WA 1EWEA 3R5EA 1PHQA 1R2SA 3HG4A 4IXHA 5GVJA 3KRSA 4JIQA 1K02A 1EX5A 2GJLA 2V2DA 5U4NA 3TE9A 1EP1A 4NT0A 2A7NA 3HPZA 5F2LA 2DZSA 4DO6A 3N14A 4M5PA 1OF6A 3NPWA 2Y61A 3LI0A 2H6RA 4Y90A 2QUTA 3FKRA 2TRSA 4K36A 1MXSA 2A5HA 1ML1A 2VFDA 4UTLA 3C6CA 5G4WA 3TCEA 3F4NA 5C55A 4FIRA 2ZRVA 3QEZA 5EKYA 5F2MA 3N34A 4HIBA 2A6NA 2J27A 3FJLA 3T55A 5DBTA 4A3UA 3CHVA 3P8IA 4UTWC 4HNNA 4G1KA 1XL9A 3W70A 1AMKA 3DKLA 2C3ZA 1W5NA 2A1YA 4N9DA 4FO4A 5AOUA 3LCHA 3W74A 1L6WA 3MP3A 4DQWA 2QCNA 5DELA 3O15A 3QSTA 1I2QA 2ZZ6A 4OGZA 1GTEA 3L0NA 2E68A 4WOZA 1FCBA 4N9BA 1OJXA 2JBMA 4POCA 4X22A 1WQ5A 3S5NA 1D9EA 2EGZA 1NSJA 2Z0IA 3MHGA 3ABQA 3JS3A 3EWXA 3LXAA 5TQLA 4GE8A 2R8WA 1OFOA 3PWAA 3DFSA 4EOUA 1M7OA 5HWNA 4HPJA 4QNWA 1ICPA 1XDLA 1TPVA 4MYXA 3WK2A 4O1AA 1TCDA 4EIVA 3GIYA 5IBXC 3DXIA 4FX7A 2HTMA 3D0CA 5I3KA 2X30A 3W1AA 3PS7A 4LWWA 1JRCA 3E0IA 3C2RA 4RR4A 4IPIA 1OG0A 2GVJA 2C6QA 4AVFA 2Q3RA 1RV8A 4NJJA 1GVFA 2YPIA 3VE9A 3FA5A 3ANYA 3QPZA 2RDWA 1YXDA 1K7XA 2TSYA 5CSSA 3SECA 4ZL1A 1A53A 1OYCA 3BLEA 4I9AA 5DXXA 2GVLA 1H7WA 3B4UA 2RDTA 4IX0A 1DJNA 1FBAA 2TYSA 3TSMA 3GKAA 4HNUA 1R46A 2Y6ZA 1IIGA 1D3HA 5DCDA 3LGEA 3Q58A 5KITA 1QFEA 4K8EA 3GKFA 2G97A 3W1XA 3LM7A 2Y7GA 1VCGA 1YPIA 2NXHA 4N4PA 2QDHA 5EPDA 1JRBA 1Q6QA 3S9YA 2J9ZA 2VKZG 1G4TA 1MSSA 5DCBA 1SFJA 1F05A 1SR9A 4NJKA 1N55A 3EWUA 4YMZA 2V5LA 1TTJA 5LGXA 3VE7A 4GUGA 5CPOA 1H5YA 5K3VA 1KLZA 2Z2UA 3EX3A 4O1DA 4ZQNA 1ZCOA 1CW2A 3LTSA 4DPPA 2NZLA 4BI7A 4JTFA 3A22A 3OVQA 4NNAA 2ZTJA 1FWTA 4WJEA 5SWUA 3TNOA 3B0UX 1F6PA 2BTMA 5CSRA 5H91A 3BGJA 5IM51 4FIQA 5HUPA 4JY9A 1IXOA 2YZRA 4JX4A 4DEFA 3IVSA 3P62A 3LB0A 1H50A 2E6DA 3QYQA 2ZYFA 1JJKA 4LY8A 4XQ6A 1Z48A 3LHWA 4UCGA 3N3MA 3TROA 2B7PA 2QEZA 5C6MA 2V5BA 4UTJA 3LXBA 1KM6A 4HNTA 5BW6A 4LTSA 2Y70A 3NR0A 4Y96A 2X1RA 3TC6A 2Y62A 5AC8A 3LRMA 5LGZA 2A7PA 1WOAA 3STEA 1VGAA 4IQLA 3FOKA 4NZJA 5AYZA 3PBVA 2YW4A 1UUOA 3STFA 4MY8A 2ZZ5A 5K4ZA 2QAFA 3QM3A 2ZCGA 3IRDA 2VENA 4MY1A 3MBDA 4GUIA 4PCFA 1L6YA 4WD0A 3W7LA 4TR9A 3BW4A 3W76A 2ALDA 3GXPA 3UZJA 3Q94A 3ZS4A 1QAPA 3R12A 4UFKA 3W9ZA 1NF7A 2PURA 4JYFA 4XBSA 5CZJA 4WUIA 4IXXA 3PM6A 3MI3A 4N9CA 1AL8A 1YDOA 2A2IA 1FUYA 2ZRYA 1G4SA 3LOTA 1GVOA 5D05A 4S2CA 1H1YA 2QCDB 4ZQOA 4FX8A 5HULA 3LCXA 3ABSA 4OV4A 1QCWA 1VYRA 3GVGA 3FJ6A 5FF3A 1PL9A 4N6FA 4ADSA 4DBDA 3IIVA 3TFXA 3GX9A 3TSBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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