3PBW | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLNTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbwA00

4NX0A 3B4UA 4MJZA 3NDOA 5KSWA 1DV7A 1HO1A 5LNRA 4FF7A 4UTJA 3I68A 3UPWA 1SSGA 3L2IA 1OABA 3I7QA 1Y0EA 4GJ1A 4RZ6A 5EPDA 1W5PA 4IGHA 3N9SA 1X1OA 4O28A 5DXYA 4TMCA 5I3KA 3FOKA 1RVGA 1PHQA 3GNNA 3LCFA 4QSHA 3PBWA 3SW6A 3T78A 2ZRXA 5DBUA 1PVNA 3M41A 1X1ZA 1A5BA 3GR7A 3PG8A 2W0UA 1ZAIA 4UXDA 1Z44A 4QQ3A 4Z1CA 3LERA 4WXZA 3G0XA 2RDUA 3KX6A 3O1NA 5T26A 5DCBA 1FWRA 1W54A 3LHZA 2XN1A 4LS2A 3SGZA 4CNNA 4EF9A 5I3JA 5HWJA 2E6AA 3IV3A 4ZQOA 4UMCA 1GG1A 2E5BA 2WJZA 5CPNA 2QUTA 2WSRA 4Y8FA 2GJLA 2OZ0A 2QCLA 4UTTA 5LNSA 2I14A 1G6CA 3M43A 4RKAA 3W2JA 3WK3A 1VLWA 2YPIA 2GQ8A 3QJAA 2QCHA 2WO5A 3HPSA 3HGOA 1TTJA 3G1SA 2HMCA 3RMJA 3SIZA 3CM4A 2EGZA 2KZHA 4MPQA 3NEVA 2Z6JA 1L9WA 3FKRA 3GKFA 4UFJA 3NG3A 1MEHA 4Y9AA 1YDVA 2ZZ1A 1KM4A 3W7IA 3E12A 4ADSA 1LORA 3MI6A 4UR7A 3EWUA 1LCOA 3P80A 2YSWA 4I7WA 1WAUA 3HPXA 2ZRZA 1F2JA 4N9BA 2C6QA 5G2IA 4HNNA 3E96A 1X7FA 3ATZA 3C6CA 3S5YA 3QPYA 3PS7A 2ZZ4A 1BEUA 1JUKA 4H6KA 4GUGA 3UY7A 3NPWA 3H53A 2GQ9A 1HG3A 3O05A 4TX9A 1KM0A 5AYZA 2E68A 2VFFA 4NJKA 1A50A 3GX9A 4A2RA 2PE4A 3C2EA 4IXHA 5H91A 4QM1A 3THQA 2EAWA 4ML9A 3I7SA 4K6AA 1ZFJA 1XDLA 5KMYA 5IM51 4K36A 1R2TA 3DI1A 1H60A 3W1PA 3THAA 4BI6A 3HIJA 5LKYA 4LWWA 1G4TA 3CB8A 5BRBA 3GZ3A 5AB3A 3LRKA 2CLFA 5BMWA 3NOEA 4JNMA 5F2IA 3I7RA 2VOMA 1NFBA 4KKXA 3SY5A 3SI9A 1LRNA 1VCFA 1F7BA 5D03A 2ATMA 1OF8A 4MKNA 1E51A 1TJRA 5D37A 2J27A 3LLDA 4FNTA 5DY3A 1W31A 4LV4A 1QOPA 4N6EA 3NZ1A 3TXVA 3VFLA 1OX5A 3T40A 1UCWA 4OE7A 4AB4A 3JS3A 3NNTA 4JYDA 2RDTA 1OFBA 3KVLA 2Q8ZA 4GRSA 1RQBA 3EXRA 1P0KA 2GJNA 1VC4A 1VYRA 1QMLA 1VR6A 2DZTA 3JRKA 1F6PA 1AL8A 2ZA3A 3T55A 5L6UA 4FEZA 3G22A 1KFKA 1GJPA 2VELA 4WX2A 1YLVA 4JTUA 4R34A 2AQWA 1H50A 3KVJA 3LV5A 4M7TA 1ML1A 2DZXA 3FJ6A 2OT1A 1OFAA 5J5RA 1OYCA 1H1ZA 1IIHA 1MSSA 3GVGA 2NX1A 3LTSA 4MY1A 3LCIA 2NWRA 3FIGA 3EX4A 4O1CA 3MYOA 3W22A 3W7QA 5KZDA 3L5MA 4BF9A 5C5YA 5HUOA 1I2PA 3CEUA 1R46A 1W3NA 2PRLA 2VEMA 4DQWA 5C2XA 1ICQA 3KOFA 4CNOA 3LHVA 4CCCA 1GT8A 3CQ0A 2YW3A 1SSDA 3NM1A 3NL5A 3BG9A 3CTLA 2BLEA 3LCGA 2NLIA 1UASA 1XM3A 3EWYA 3DGRA 3KRZA 2V2HA 5D2XA 3MP5A 4O18A 5HMSA 5DCDA 3QM3A 1OX4A 1W56A 1GQNA 3PSWA 3NZRA 2AAMA 3M5VA 1JCNA 4DF0A 3PUDA 3QH2A 4POCA 3NQ6A 1VQTA 4KFNA 3W7OA 3FYPA 4WJEA 3TKFA 4N6FA 3DFNA 4JTIA 5AYXA 3W7CA 4UIOA 3W23A 4EOUA 3AJXA 3G1DA 1ONRA 1YXDA 2PC4A 3O63A 4RZ5A 4S2BA 1S5WA 3KFTA 3TQVA 4CLMA 1H61A 4NNBA 3CEPA 4OHQA 4UFIA 1GVFA 4TR9A 4BI5A 3DU0A 4UCGA 4UFLA 3Q94A 4NZJA 2J9YA 3NM3A 1SU5A 3NA8A 1FDYA 3A24A 1LLWA 2X1TA 1TTIA 3BPWA 4EIVA 1PL9A 3G1XA 1VGAA 1S5VA 3EXSA 1SQ7A 2CZDA 1AW2A 4MZ8A 1THFD 3TQ0A 1SPQA 1XC4A 4UTMA 3IIZA 1WXJA 4OT7A 3S5ZA 4FXRA 1LTDA 3P62A 5K9CA 4MFDA 4HKPA 4Q33A 1K8ZA 3OIXA 5CZTA 1H7PA 3QMTA 1G7UA 3TH6A 3BGJA 4K8EA 3BLIA 3GDRA 4JDBA 4GBUA 4UTUA 1O5KA 4Q4KA 2VFIA 1J5TA 2DJXA 3W7JA 4K8HA 4X9SA 4GXMA 1MXSA 2Z2UA 2Y7GA 2G95A 3GDKA 1IGSA 4UMBA 3NPUA 2UV8G 2QCMA 3NQEA 2GOUA 4M5PA 1TPB1 3BARA 2CLEA 3N19B 5AHLA 3UWZA 2FTPA 3EWWA 3NGJA 4Z08A 2ZFAA 4FX7A 3IIOA 3WJWA 4L4MA 3IEBA 3W2KA 3W9ZA 4UTWA 4CNPA 1NF0A 4FHAA 4O16A 2I9EA 3W3OA 5EL1A 4X2RA 2H8XA 1OHLA 3Q58A 1KTNA 3L0GA 4NQ1A 2P10A 1UBSA 3P5ZA 5LNVA 4JX4A 3U6WA 5K2ZA 3C2OA 1ZAJA 2YCEA 5CKSA 5AOUA 1ZJIA 4K38A 5D2WA 3UWVA 1K8XA 4UTTC 2QDGA 4PODA 4TIMA 3W2UA 4ZL1A 1PS9A 4JTHA 2ZZ6A 3G8EA 1WBHA 4O13A 4O57A 1VH7A 2C3ZA 3VCRA 4JYFA 3EKZA 2NWSA 4RV8A 2QJHA 3KRSA 3LRLA 3NYZA 2G97A 4ZQCA 1TYGA 5FEXA 3C61A 3GXTA 4B5NA 1M7PA 3SR7A 4RK8A 1ICSA 5F4XA 2DJLA 4FNQA 4PFMA 1AW5A 4X22A 3OHIA 4H3DA 1RZMA 3G1VA 1DBTA 3LB0A 4LVAA 5G4EA 4HSOA 2V9DA 3FYOA 1TRIA 3C2RA 2LLEA 2TYSA 3R5EA 3M9YA 1JQVA 2OX1A 1VRDA 4FX8A 3W74A 4EWND 5U7SA 1I45A 3W83A 3EWXA 5K4ZA 4AAJA 3MBDA 4MYAA 2JBMA 1TPVA 4LC8A 1NEYA 7TIMA 2EKCA 3P7YA 2R8WA 1YADA 4TU1A 1G69A 5D05A 3IIVA 2Q3OA 4BR1A 2VKZG 2QAFA 4E38A 3MBFA 2VEPA 4PA8A 3MUXA 1LLZA 3W1QA 2NXGA 3F4NA 3SZ8A 1VYSX 1A5CA 4O11A 3I6RA 4E2BA 1GVSA 4JGDA 2JKEA 2QCDB 1Q6QA 4FIRA 4LV9A 4DELA 3NPXA 3QPZA 3SECA 3UZ5A 1H7NA 2VEKA 3NXFA 5D2VA 3DXIA 2FQIA 3QSRA 4DPPA 2QJGA 2IQTA 1TO3A 3O16A 4AH7A 5FESA 2OT0A 4O10A 4YL2A 4UNLA 3UXAA 1L6WA 3O6CA 1VCVA 3UY8A 3GAYA 3B0PA 4YWIA 3HJZA 2X2GA 1OK6A 1P0NA 4CCEA 2CZEA 2JGQA 4R7JA 3HPZA 4RLIA 3GNDA 1H63A 4AWSA 4LW7A 3QZEA 4R53A 1QO2A 4JIQA 1FUYA 3FJLA 2DU2A 2ALDA 3W1XA 5HJLA 4MUZA 1WDWA 1YTDA 2J88A 3PSVA 2FPYA 1NSJA 2C16A 1DKWA 2ATSA 2VFGA 4MY9A 3PAJA 4NVTA 1TRDA 5F4WA 2NUWA 1GOXA 3KAOA 3EWBX 2JK2A 2Y88A 2E1DA 4WXYA 3W7MA 3L21A 5K3VA 3EXTA 1RQEA 1H51A 3ABSA 1SW0A 3DFPA 2A6LA 3W84A 3LM7A 3MI3A 5LNWA 3N9RA 3TJLA 2C15A 3CC1A 3LHYA 4A21A 1RD5A 4P2VA 3WJZA 3MWAA 2WKJA 1AL7A 4IMCA 5MHBA 4DBDA 4AVFA 2F84A 1SZGA 4BWLA 1OVDA 3M0ZA 1FY6A 1QDSA 2OMAA 4O0ZA 1CX9A 4NJJA 2CLHA 4YXGA 1XDMA 1VPXA 2QUVA 1DVJA 2V2CA 3WK1A 5K7JA 3HF3A 1UB3A 5D2TA 3LI0A 1VS1A 3F03K 1TPFA 3O15A 2ZRVA 4KFOA 1W1ZA 1GZGA 1OJXA 5FF2A 3L67A 4UTHA 2NXIA 2RKXA 1NVMA 1FBAA 3N2XA 1DJNA 2DZPA 2QR6A 3S5NA 2CLKA 3MMTA 3MI2A 2E77A 1GYNA 3ZR4A 5HUPA 3PUEA 4JX5A 2J24A 4XQ6A 5J5DA 3W6YA 3UPBA 2B0MA 3TNOA 1IXNA 3A21A 3FFSA 1P5BA 1K7EA 1MEIA 2I1OA 3W1TA 3M6YA 1KW1A 1O60A 5D09A 4CQAA 3FA5A 3S8HA 5G2HA 3L5LA 2V8ZA 3G0SA 4LU0A 3S9YA 5EYWA 3NVTA 3QEZA 5FEPA 5KITA 1LRTA 3UYCA 3TDFA 2ZRWA 3PC0A 3NQ7A 4JD4A 2QCGA 4RJEA 2ZDRA 5BW6A 2RDWA 4YLWA 4O50A 3B05A 3W7EA 1GVQA 3RFAA 1J2WA 3S42A 4MZYA 3AO0A 5HNRA 2A1YA 2QEZA 4JTTA 3GDMA 3QSTA 4QISA 4IQLA 1JJKA 3TUUA 4OWGA 3LI1A 2EHHA 3TAOA 2B7OA 1LM1A 3B0UX 4N9CA 2A4AA 1H7XA 3CWNA 2HSAA 3G1FA 1NAL1 3P67A 3UXDA 2OJPA 3PB2A 4XZ9A 4DEFA 1ZY9A 3HGRA 2Z6IA 3G1HA 2C19A 2GVGA 3MW7A 4QJ1A 4O52A 4RR4A 1TPEA 1S3HA 5DBTA 4NJIA 4WY0A 2C14A 4ZQPA 1EA0A 2Y6ZA 4LUJA 3TSMA 3STEA 3GB6A 1ZHAA 2DZVA 2RHGA 4WOZA 1QPQA 1UJPA 1W0MA 1YPIA 1OFQA 1ME8A 1TMHA 5IBXA 3HG3A 4ICNA 1EP3A 5LSMA 3C2VA 1ZNNA 3FS2A 2D73A 4IOTA 4N02A 4N2YA 1OFOA 5CSSA 1WBJA 4AHQA 2ZBTA 4XKYB 1YPFA 2FB2A 4QNEA 4JY9A 3NAVA 2X1RA 2V0TA 1KFEA 3NQMA 4XWUA 3BVJA 3MHGA 1KM5A 2FPTA 3A5FA 4NNAA 1H7OA 1FCVA 1LBFA 2ZRYA 3EKLA 3E0IA 1IXQA 3W86A 1X8FA 1N7KA 1LP6A 2VFDA 3KHJA 3TA6A 1FCQA 2ABAA 3BV4A 3P74A 5HR7A 4YMZA 3LCWA 4ZZ9A 5I3FA 2VENA 3INPA 1BTMA 2W79A 1G4EA 5LHFA 3IVTA 1IXOA 1WYIA 4JTKA 5DN1A 4JR5A 1VHNA 3E02A 2NUXA 4O4WA 4DO5A 4MFEA 4AWUA 5EMUA 2YX0A 3L0KA 2ZCGA 4FO4A 1TPH1 4HT3A 4HSNA 2JKPA 3STFA 3P81A 1RV8A 2Q3RA 4GE8A 4IMEA 4HIBA 3H55A 4UTIA 4Y96A 5AC8A 4PCFA 4JTEA 2E5CA 2YFNA 4AF0A 4RXFA 1DHPA 3L9CA 1VYPX 3W1NA 3ANYA 2E09A 5LZLA 4GWEA 5FF7A 4JS3A 3P5YA 3HMJG 1C9DA 2VC6A 3SJ3A 3P8JA 1QFEA 1SFJA 4FNRA 4LVGA 5DY2A 2TSYA 1HUVA 5D32A 2Y85A 1EUNA 2YYUA 3UD6A 3G18A 2J9XA 3QMRA 3OA3A 4NZFA 3VE9A 1I4NA 1XFBA 3NR0A 1SO5A 4CCDA 1RR2A 5FF4A 1TPC1 4IX0A 2NZLA 5TIMA 1FCUA 1QPNA 1YTKA 3Q2DA 3R13A 3T44A 3LXBA 1TIMA 1SZFA 2GQAA 3ZWTA 4LNYA 1K7FA 1H7WA 5KINA 2WNZA 1LROA 2A7PA 4O53A 1PHWA 4FNPA 2ZTKA 4O54A 4RCXA 4OQVA 3EX3A 3BO9A 1GYLA 2V81A 3W7KA 5AC6A 3C52A 4GUFA 2OCZA 2WSYA 1F73A 5KZMA 4E0CA 4C1LA 3UQNA 3NQDA 2G5WA 1ZALA 3FLUA 5C6MA 3WFAA 2BZNA 3LXAA 4UMAA 3TQKA 3V75A 4NJHA 3HGJA 1QPRA 4Y6GA 2V82A 1XCFA 4FXSA 1VCGA 3QW4B 1RQHA 1JCXA 3DHFA 4L4LA 3CT7A 3C8FA 4ZMGA 3T4CA 1AW1A 2XN2A 1GTHA 1JR1A 1I2RA 2EPHA 5CGQA 1A5AA 2C18A 3TROA 2V30A 1WX0A 5FEWA 3L68A 1Q3NA 3Q37A 1TJPA 1IIGA 3RLUA 2CU0A 4LRTA 3R8RA 2QDHA 3KVKA 1G4PA 1ME9A 1HTIA 4NUWA 1JCYA 1EB3A 5GVJA 4AWTA 2AGKA 1KBIA 3NQCA 3QW3A 3DKJA 4NT0A 4O1BA 2R14A 4BWLC 4XUGA 3NO5A 3TC6A 2DP3A 2P1FA 3RF9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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