3PIPL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 13
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pipL01
1YJWN 1VQPN 3CCJN 5GADP 1VQLN 2OTLN 3G4SN 1VQ7N 5DM7L 1YIJN 1M90O 4WFNL 3CC7N 3CMEN 3CC4N 3PIOL 3CCVN 1VQ5N 1Q86O 5H1SQ 1YI2N 1VQMN 5GAHP 2ZJQL 3CCEN 1VQKN 1QVFM 2OTJN 1JJ2M 3J7ZO 4WF9L 3DLLL 1N8RO 3CF5L 3CCSN 1OVYA 2ZJPL 5JVHL 4IOCL 2ZJRL 3CPWM 1K73O 5JVGL 1VQ4N 5HL7L 1KD1O 1YJNN 5DM6L 3CCLN 3I55N 4WFBL 2QEXN 1ILYA 1VQ8N 1VQ9N 1YHQN 4WCEL 4WFAL 3CCQN 1YITN 1W2BM 1KC8O 5MLCQ 3CCMN 3CCUN 3G6EN 3CCRN 3CMAN 1VQ6N 1Q81O 5GAGP 1QVGM 5GAEP 2QA4N 3G71N 4UY8O 4U67L 4IO9L 1NJIO 1M1KO 3CC2N 1KQSM 3CD6N 1YJ9N 1Q82O 1S72N 1VQNN 3I56N 1Q7YO 3OW2M 3PIPL 1K9MO 3CXCM 1K8AO 1VQON 4IOAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHCA 1NK5A 4DTNA 3DYAA 4CE9A 1TVRA 1I3AA 1SAZA 4F2RA 3LDNA 1WN7A 2A40A 5DMRA 3U9DA 4IXCA 1BU6O 3EE9A 4FJHA 1U47A 4NYFA 1SV5A 5I3UA 1JLAA 5AZIB 3U6FA 3SQ1A 1BIUA 2Q97A 1QZ5A 1HLUA 5ADXA 1GLDG 1FXXA 2E2QA 4CEAA 1NK9A 1OH6A 4B3MK 4IWVA 4DFMA 3CCSN 3I8BA 1U2VA 2ZJRL 1TV6A 1UAXA 2P1JA 2B6AA 1HPMA 4WQ4A 3OYAA 1J53A 3WNFA 1TKTA 1OVQA 4JI5K 3HYFA 3LP2A 4KBOA 5M1NA 2RF2A 3CCLN 5T7BA 5AQLA 2P51A 1T7PA 4NYNA 4BGAA 4BE1A 3LP3A 3MN5A 3LPUA 2P9SA 3E01A 3QDKA 1GLBG 1JXEA 4IO8A 4FZYA 1BWFO 4FOIA 4IFVA 3OYCA 3KJVA 1C1AA 1TUYA 2HHUA 2A41A 1XMOK 4C1NI 4PL7A 2H3GX 3AVNA 4CZMA 3FZFA 2HW3A 4A61A 5JS1A 3FFKB 3EO3A 4MLEA 2G8UA 3DXKB 1B9DA 1C0UA 4H03B 3HM8A 1VQNN 4LSLA 3FZKA 1T05A 3SJHA 1RT3A 4Z94A 1ZBUA 3OS2A 2HVHA 4DTSA 4ELTA 4BROA 3MAQA 1BISA 3VA3A 3B8AX 3NE6A 4FVUA 1K9MO 3CXCM 4C8MA 4M45A 4GMJB 3RSEB 4BR4A 1NGDA 3ZSWA 4BY9C 3IKMA 2P9KB 3MCAB 1HJOA 1LW2A 1TYQA 5KQ8A 1IJJA 4UQGA 1RBSA 3V1QA 1GOAA 3QEVA 3BZCA 2EHGA 4N47A 1RT6A 2YI1A 3CM5A 4BG9A 3B6PA 1KVAA 1S1WA 4KHWA 4QS8A 1IBLK 4B9MA 3ZEUB 3K59A 2GV9A 4JS4A 1TL3A 3KD1E 4YOXA 4FJIA 2NRXA 4OJRA 3BF1A 3NBPA 3K5LA 2YHXA 3QFUA 4FZZA 1WSFA 1N5YA 2XHBA 3L2QA 4N76A 5GIPA 1NKEA 3TAEA 3LZIA 4YORA 3BGRA 4JNEA 3VEXA 2FSNA 3ZETA 4BC4A 5KGXA 1C0MA 4TSXA 4JKBA 5AQRA 4CCHA 4GKKK 1UA1A 4FWLA 1NJZA 2GWKA 2GUIA 4WFAL 5FRNA 1BQMA 2HHXA 3CCUN 2Q0UA 2ZF5O 1CLQA 3ZT2A 3CCRN 3OY9A 1Z26A 4O8UA 5IWAK 3TSQA 1YTUA 4DQ8A 3QBXA 3HO1A 3M5RA 4CJ7A 1A5VA 4KRFA 3ATVA 3KZBA 2YNIA 4MLHA 4BRPA 1ATSA 2YCHA 2IGIA 4G1QA 5LJWA 4KHNA 4IO9L 3U4LA 2O8EA 3ZSVA 3M8PA 2VWJA 1KQSM 1BI4A 4FJ8A 5AQSA 3M8SA 1JL1A 3KLEA 2V7ZA 4JKAA 4ID1A 3PX4A 2P9PA 4HTUA 1HQEA 4YDUA 4IG0A 3ZSXA 1VRUA 4OKJA 5HOOA 4M3WA 2E1ZA 2W41A 3UKUB 3V4IA 1M90O 1S1TA 2RHKA 3NCIA 2OPSA 3ZSRA 5CYQA 1RBVA 1L5UA 1QQCA 4BRLA 3NHGA 1YI2N 1RT7A 3ID8A 1EWQA 1ZBFA 1N32K 3J81O 4I9QA 4DR2K 3DWLA 1NGJA 2WBNA 4Z4CA 4H4OA 4CF2A 1SL0A 3QLHA 3VQCA 5AQWA 3O3FA 4H0YB 3CG7A 3HSTB 3ZX0A 3FFIA 3EL2A 3VESA 3VEVA 2A1RA 4FK0A 4JKHA 1XMQK 1VSLA 1VSHA 3VGLA 1I39A 3NF9A 4DTXA 4FJ9A 1HKGA 2FXUA 4MQ3A 3NGYA 4DFJA 3RMAA 2E6MA 4GNIA 1W7AA 5JLHA 4CW7B 4YHHK 3AVBA 3T19A 5JICA 4C8KA 2ITMA 4FWQA 4LFAK 4CHNA 3E1YA 1FK9A 4DR6K 5GAGP 1VSIA 4B9SA 5BR8K 1MU2A 2W6LA 5M1QA 3G71N 3D0PA 4I2QA 4AM7A 4FLXA 4R5PA 4XH4A 1D5AA 2HVIA 3L2WA 4E0DA 3P31A 4LH5A 3L8BA 3J7YP 4ZTJA 3VTIA 4CFAA 2NLXA 3KLGA 1KVCA 1GLAG 3EZ5A 4OX9K 4CJ4A 4CHOA 4CGJA 1IO2A 1YTAA 3LWLA 3V9SA 3LWMA 2HHWA 4RW9A 3VQ5A 4PHTX 4BWJA 1WBDA 3O08A 4K42A 1GLEG 2HNZA 1RBTA 2O8BB 2IOCA 4CJWA 4C8OA 2P9UB 1GLCG 2ZD1A 2A42A 3OYIA 1RTDA 4CZEA 3U8XA 2HHHK 5AQYA 3VA0A 4MO4A 4FJXA 4CD3A 4GW6A 1T8EA 4DV1K 3HTVA 4FWKA 3DLLL 4RWTA 4AHTA 1QSSA 4DSKA 2ZJPL 2QWOA 2NRVA 3VTHA 2EX3A 2GWJA 1VQ4N 1MWMA 3SV3A 4DQRA 4F3OA 1RGIA 3O6WA 4BRKA 2Q36A 4JHDB 1GLLO 3I55N 3QFPA 2QEXN 4JI0K 4F9OA 1RCHA 2VWKA 4B3TK 4GKJK 5LY3A 3QNOA 3C95A 4WCEL 3RMCA 3MWPA 4XIUA 3GE1A 1NGIA 2X6NA 1S1UA 4ILJA 2BGGA 4JI6K 2QXLA 4K43A 4G9ZA 3OYJA 4KPYA 4FL9A 3THVA 4A59A 1EP4A 4JK7A 4LFCK 2OANA 5AFUH 4BRAA 1NJIO 3M6GA 3SYZA 1X9WA 4IBNA 4EP5A 3PO4A 1HMVA 4JI4K 2YX6A 4B1XB 1YJ9N 4NLCA 1S3XA 3L3VA 2QXFA 3ZSYA 4B8AB 5HLFA 1HJRA 3WXMB 4DSEA 3VEWA 3OW2M 5C2FA 3MXJA 1CZAN 3MDQA 2A5XA 1OH8A 2IVPA 4KH4A 1TK8A 1IBKK 1NK6A 5FROA 2W40A 4IFYA 4O0JA 4XH1A 1B92A 4JK8A 2CGLA 3O9UA 4DV5K 4FWMA 4N56A 3U9ZA 3CJ7A 2ASPA 3F9KA 3OYKA 3OYLA 3JYTA 2KZZA 4NLBA 1XWLA 1RFQA 2Y1IA 3V9ZA 4WQ5A 3T1AA 1DT9A 2GX9A 4FVMA 4E7JA 4QCLA 2UYTA 1X1PA 2E1YA 4LSNA 1XQSC 3CCEN 2ZGZA 4GVEA 1N34K 3K2PA 1HR0K 3F9MA 1YUWA 4Y1DA 4DF4A 2P9IA 3R3LA 4OPAA 5FDLA 3CF5L 1K73O 2HNYA 2X6SA 3WT0A 4OGCA 2AA4A 3B6OA 1J54A 3D7EO 3SUPA 1WSIA 4AILC 4J2EA 1T44A 3L0QA 4HUFA 1DKGD 3VQAA 4FLZA 3LDLA 3DRRA 4PA1A 2F8TA 3V9WA 4NCBA 5KQDA 1Z25A 2HMPA 3KK7A 3ZSZA 3DRSA 3CCQN 4NB4A 4CJFA 1NU0A 5ELZA 3RMDA 5CZ2A 4B9QA 1X9MA 3HJFA 2RPIA 3SUQA 2ZQBA 3CETA 4KH5A 3NVKA 1XNQK 5J2MA 1LWCA 4DQQA 3VEYA 4KHQA 5M1OA 1TUUA 1EO1A 2X74A 4DF8A 4DTPA 3GBTA 2YJEA 3G0ZA 1IKWA 4HUGA 1SKWA 3K9JA 1WUAA 5BREA 2GBZA 4Y0WA 1Z6RA 4A2AA 4PWDA 5LMUK 3VN5A 1BUPA 4FM1A 2HBLA 2VGMA 2DFFA 2Q0RA 3ULDA 1D9FA 1WSJA 1U04A 4B3RK 2O8CA 4FWRA 5DM7L 1Q18A 4A57A 4DSIA 4WFNL 3CC7N 5JMVA 4KTQA 3TSPA 1NOYA 1RDAA 4RW4A 1RNHA 4JI1K 5HRNA 3R8EA 1LW0A 3F73A 1NGHA 3P39A 4PUOA 1HRHA 4B1ZA 1JLGA 1LOTB 3LL3A 4CEFA 4JS5A 2J4RA 4BRQA 1BIZA 5K14A 3K9KA 4HCBA 3VQ7A 2RKIA 3D45A 4I6MA 4WF9L 2O8DA 1SKRA 2GUPA 3C6UA 4CGHA 2E2PA 3L3UA 3THWB 4H0TB 4HWIA 2VG7A 4EAHD 2JLEA 4W5QA 1ZBIA 1VRTA 3OVNA 1J5OA 1QQOA 4U7BA 2E5LK 4E1NA 4H5VA 3DXMB 1GOBA 3BZKA 2BANA 1QQNA 1S9EA 2BE2A 1TAUA 4CGFA 4DR7K 3UKRA 2HB5A 4ISEA 1N33K 4GV3A 1R0AA 3ASMA 3THXB 2HSTA 4JKEA 3TR8A 3WNHA 4GV6A 1FW6A 4F3TA 3VPZA 1NBWA 4ISGA 5EX5A 4OPKA 3DLHA 1RTHA 4JRQA 4IG3A 3O1WA 3SUNA 3SK3A 5AFUA 2WTUA 2V51B 3D2EB 4AF1A 4DR4K 1J6ZA 3VGKA 2NRZA 4F4KA 2R7YA 3KKSA 2F4VK 1S9GA 3PLAA 3V9UA 1VSEA 3O4NA 4BRFA 2UUBK 4OPJA 4OKKA 3DLEA 2BH1A 3BUZB 4BC2A 1VHXA 3UIQA 2QWMA 1T3VA 3G4SN 4HTLA 5C42A 3VGMA 4FLTA 4A62A 2I7PA 2XO7A 3NH0A 3IFRA 5GIOA 4W5NA 3QIOA 4CJVA 1X3MA 1LWEA 2D0PA 3OBYA 1JLFA 1KTQA 4IJAA 3EZWA 2G8KA 4ILHA 3OBWA 4OO1J 4M3XA 4FJNA 4H5NA 2FSJA 2V7YA 3DRPA 1L3VA 4DV2K 4DTMA 2F9WA 3A5NC 3ULEA 4IEEA 4ID5A 3DI6A 3SQ0A 2HF3A 5BN8A 2LSNA 1DEJA 1CXQA 1Y64A 4FM0A 4K8XA 1LAWA 4K41A 4B1VA 4FW1A 1BCMA 5BR9A 5AQIA 4X62K 1YJNN 1G99A 3OYGA 3TANA 3Q7BA 2RN2A 2G8HA 3H1QA 3AA3A 1TKXA 4WFBL 3SAGA 1LCUA 4CEBA 3OYDA 1HNIA 4A5BA 1TK0A 1X9JA 1RDCA 5BRDA 5CYMA 2YHBA 3ID6A 1NKCA 2ITGA 2KQ2A 4FLYA 3AAQA 4BG8A 4KO0A 3VQ9A 1BQNA 1VQ6N 1E4GT 4CBWA 3GOIA 4DS5A 4AHVA 3L4IA 2NRHA 4FM2A 3DMJA 4H4MA 4FK4A 3CC2N 4JRPA 2P9LB 3WNEA 3QIPA 3CFOA 4IZ9A 5AQOA 4I9LA 3AO4A 5AQQA 1VSKA 1JCFA 1VSFA 1Q9XA 4R79A 1V4TA 1WAFA 3EEQA 1KXPA 3VEOA 2YHYA 5BPMA 4CJQA 4FYDA 4FO0A 1OH7A 4C8NA 1TKDA 1FKOA 4BGBA 1VQLN 5C15A 3WXKA 3CQYA 4PQUA 3EE8A 3KVGA 4X65K 1WSEA 1CZBA 3D2FA 3C7NA 3O80A 3J8AA 4KI4A 1S1XA 1KAZA 2WUSA 3LM2A 3CI5A 3RWUA 2Q3SA 1YAGA 3MMVA 1VAZA 1VQMN 3SQ4A 1OKJA 5AQMA 2P9NA 1JKHA 3THYA 3PX0A 4FK2A 4WQ4C 1KCFA 5AJ3K 2G8VA 3UB5A 3CJ9A 4JKGA 3ENOA 1UA0A 1TK5A 2P5OA 5EXWA 1X3NA 4FW2A 3TSUA 5SZTA 5DK5A 3H46O 2QW9A 4JAXA 2O8FB 3HOTA 3BDPA 1NK7A 1YVUA 2QWRA 1NM1A 4Q0BA 3LM9A 3QBWA 3FZHA 3SJJA 3RRGA 1HYSA 2YKMA 1K8KB 3ISNC 1U45A 2UUAK 4DR1K 1YITN 1RT2A 3I33A 3QNNA 1KC8O 1VSMA 3G6EN 2UU9K 4DLEA 5AQUA 2KFZA 3CMAN 3VF6A 3GL1A 2RE2A 3M1FA 4DCHA 3HVTA 2E4LA 3HOSA 1S6QA 1G15A 2IIRA 3BY5A 3O4QA 2FLOA 3L6QA 3J80O 2UXDK 4KHUA 1IKYA 3NGZA 2VG6A 1NGGA 3AARA 5AZIA 2F8SA 3LAKA 4CHYA 2GEMA 4CEQA 4L3QA 5AQKA 4FJMA 1S1VA 4AH9A 3BEXA 4FCYA 1NKBA 3TTFA 2Z1IA 3HK2A 4EP4A 4E3SA 2UUCK 2E2OA 2FF3B 4BRNA 1QE1A 3KLFA 1NMNA 3TABA 2D0CA 3V1RA 2YV0X 3OYBA 5KRSA 2AJQA 1EETA 3V6DA 4CBXA 1QSLA 3TI0A 4M63C 1MDUB 2OTLN 4E1JA 3NH1A 4CZIA 4X64K 4O55A 4FLWA 3T7ZA 3VQBA 4HUEA 1C0GA 3TTDA 4LF5K 3MEDA 3TAQA 4N41A 4BRGA 5LMNK 4CEOA 3AVCA 4JD2B 4JKDA 3F5TA 4CZKA 3SAFA 1IV0A 2ZJQL 3OHRA 4B9TA 5HRPA 3QESA 2OA8A 1A5XA 3CFRA 4JN4A 1HYZA 4CJRA 3S9HA 1BG3A 1WB9A 4NCAA 3DM2A 4CESA 1C0TA 2XY5A 1OVYA 3CPWM 1KAYA 4CFCA 4EHTA 1MA9B 3MXMA 1L3TA 3WQTA 3DXKA 3CYMA 2DTUA 4O8KA 4KAZA 1NGBA 3WQUA 4M3TA 2WONA 3S3NA 5C10A 3TPQA 4BVOA 4C1NK 1DLOA 4BR9A 2IAJA 4CHPA 4Z4EA 3SMPA 3O9TA 4F8RA 3CJ1A 3RSEA 1KSPA 1W2BM 3O5BA 4W5TA 1MWKA 3AV9A 3ZSOA 3G10A 4DU4A 1C0FA 4GV9A 2P9KA 1HNXK 4DKWA 1VSDA 2QWPA 5HRRA 3ZYYX 1CXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1YJW N;  1VQP N;  3CCJ N;  5GAD P;  1VQL N;  2OTL N;  3G4S N;  1VQ7 N;  5DM7 L;  1YIJ N;  1M90 O;  4WFN L;  3CC7 N;  3CME N;  3CC4 N;  3PIO L;  3CCV N;  1VQ5 N;  1Q86 O;  5H1S Q;  1YI2 N;  1VQM N;  5GAH P;  2ZJQ L;  3CCE N;  1VQK N;  1QVF M;  2OTJ N;  1JJ2 M;  3J7Z O;  4WF9 L;  3DLL L;  1N8R O;  3CF5 L;  3CCS N;  1OVY A;  2ZJP L;  5JVH L;  4IOC L;  2ZJR L;  3CPW M;  1K73 O;  5JVG L;  1VQ4 N;  5HL7 L;  1KD1 O;  1YJN N;  5DM6 L;  3CCL N;  3I55 N;  4WFB L;  2QEX N;  1ILY A;  1VQ8 N;  1VQ9 N;  1YHQ N;  4WCE L;  4WFA L;  3CCQ N;  1YIT N;  1W2B M;  1KC8 O;  5MLC Q;  3CCM N;  3CCU N;  3G6E N;  3CCR N;  3CMA N;  1VQ6 N;  1Q81 O;  5GAG P;  1QVG M;  5GAE P;  2QA4 N;  3G71 N;  4UY8 O;  4U67 L;  4IO9 L;  1NJI O;  1M1K O;  3CC2 N;  1KQS M;  3CD6 N;  1YJ9 N;  1Q82 O;  1S72 N;  1VQN N;  3I56 N;  1Q7Y O;  3OW2 M;  3PIP L;  1K9M O;  3CXC M;  1K8A O;  1VQO N;  4IOA L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AHC A;  1NK5 A;  4DTN A;  3DYA A;  4CE9 A;  1TVR A;  1I3A A;  1SAZ A;  4F2R A;  3LDN A;  1WN7 A;  2A40 A;  5DMR A;  3U9D A;  4IXC A;  1BU6 O;  3EE9 A;  4FJH A;  1U47 A;  4NYF A;  1SV5 A;  5I3U A;  1JLA A;  5AZI B;  3U6F A;  3SQ1 A;  1BIU A;  2Q97 A;  1QZ5 A;  1HLU A;  5ADX A;  1GLD G;  1FXX A;  2E2Q A;  4CEA A;  1NK9 A;  1OH6 A;  4B3M K;  4IWV A;  4DFM A;  3CCS N;  3I8B A;  1U2V A;  2ZJR L;  1TV6 A;  1UAX A;  2P1J A;  2B6A A;  1HPM A;  4WQ4 A;  3OYA A;  1J53 A;  3WNF A;  1TKT A;  1OVQ A;  4JI5 K;  3HYF A;  3LP2 A;  4KBO A;  5M1N A;  2RF2 A;  3CCL N;  5T7B A;  5AQL A;  2P51 A;  1T7P A;  4NYN A;  4BGA A;  4BE1 A;  3LP3 A;  3MN5 A;  3LPU A;  2P9S A;  3E01 A;  3QDK A;  1GLB G;  1JXE A;  4IO8 A;  4FZY A;  1BWF O;  4FOI A;  4IFV A;  3OYC A;  3KJV A;  1C1A A;  1TUY A;  2HHU A;  2A41 A;  1XMO K;  4C1N I;  4PL7 A;  2H3G X;  3AVN A;  4CZM A;  3FZF A;  2HW3 A;  4A61 A;  5JS1 A;  3FFK B;  3EO3 A;  4MLE A;  2G8U A;  3DXK B;  1B9D A;  1C0U A;  4H03 B;  3HM8 A;  1VQN N;  4LSL A;  3FZK A;  1T05 A;  3SJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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