3PLAA

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box c/d rnp from sulfolobus solfataricus
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords Pre mRNA splicing protein
publication title Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 134
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3plaA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3plaA01
3NVMA 3T7ZA 5GINA 5GIPA 5GIOA 2OZBB 3NVIA 3NVKA 3ID6A 3SIUB 4BY9C 2NNWA 3GQXA 1NT2B 3NMUA 3GQUA 3SIVB 3PLAA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L8UA 2EX3A 4WFAL 4O4GA 2V51B 1JLGA 3TI0A 4AILC 3IS9A 3VA0A 3CG7A 1E78A 2YNFA 2E2QA 2QKKA 3ULDA 2GWJA 2LXTA 2NRVA 3OS2A 3BUZB 1A5XA 4BQZA 3KLHA 4HVJA 3D45A 3I33A 1WAJA 4CHPA 3OYEA 2P5OA 4A61A 1UOCA 4LSNA 3RSEA 4ICLA 1BISA 1SKRA 2HVIA 2D0AA 3J7ZO 3ALYA 1D9DA 3HTVA 4NCBA 4IFEA 3O4NA 3U8XA 1FJGK 4K43A 4G1QA 4L9KA 2I30A 5IJEA 1ESVA 4H5NA 1V4SA 1H5WA 4OTTA 1N36K 3PO4A 4G9ZA 5E41A 3UKRB 3VPZA 3DLBA 2EFCA 2I2ZA 1EWRA 3HT3A 4GG2A 3D2EB 1DT9A 4FCYA 3A5NC 1JL1A 1Q86O 2D4WA 3FGUA 4BGBA 4BKEA 1V4TA 3V6DA 2BXDA 4GV9A 2XO7A 1RFQA 5FDLA 4DCHA 1ATRA 2B6AA 3V9ZA 4E7JA 4KBOA 4FW2A 4O8KA 4BG8A 4F5TA 4BR2A 3WHRA 1HKGA 2P9LA 2YX6A 4B3OA 4CBXA 4DFMA 3L2RA 3OTOK 1OH6A 3QICA 2VQEK 1JCEA 3TSUA 3V9UA 4CD1A 3H3AA 3MN7A 3OYAA 2QWNA 4CCHA 4WCEL 1HR0K 3L4QA 4CFCA 1DGKN 1KXPD 3BPJA 4K41A 4CIEA 3SAHA 3SAFA 1YTAA 3HI0A 1LWEA 4JV5K 1C1AA 3NE6A 4ID1A 3SQ0A 1XMQK 5J2PA 3FNMA 2E6MA 1QS4A 2OPRA 5TKWA 2JWLA 4CHNA 4PUOA 1M90O 4AQYK 4IDHA 5EX5A 1VSKA 2FSJA 2P9KA 4BC5A 4FJHA 5HP1A 1JLQA 1REVA 3K0SA 3LP1A 4A2BA 4F5SA 5KQ8A 3FWCC 1U04A 5C2DA 2HHHK 1ZBUA 3F9KA 4B9MA 5IJ5A 2O8EA 3B9LA 3CERA 4QAGA 1RDBA 1HK1A 3ATUA 4Z0UA 2HHVA 2KKZA 4JKHA 2Z8JA 3D6RA 5GAEP 1WAFA 3V1RA 1NJXA 3C6UA 5SWMA 1E4FT 4YY3K 4DF4A 4DUZK 3WXLA 4CFAA 3HP6A 3KKSA 2EHGA 4NYFA 4Y0WA 2KWFA 1JXEA 4DS4A 3THWB 1J5EK 3LWLA 4LF6K 3ZETA 3NH2A 1J9AA 4CFBA 4DV0K 4R79A 3V1OA 4DR2K 3IDHA 3SMSA 5F0XA 1S1WA 2GWKA 3ZEUA 4DG1A 1M1KO 1HJOA 4K2CA 1L3SA 4CEQA 1ZYQA 4M3UA 3RMAA 4KTQA 3CCMN 3LPUA 3MCPA 3L2UA 1GNIA 3O8MA 4JI7K 4HTLA 1TYQB 1L3UA 1P8ZA 3C7NB 3ZSYA 4B3TK 1GOAA 3U9ZA 2FSKA 4LA0A 2Q36A 1QHTA 1VSDA 3LZJA 1RGIA 1QQNA 2Y1IA 3AA5X 1IH7A 3QMLA 4KO0A 3M5RA 5DMRA 2OTJN 2CH5A 1NMDA 2BXHA 3OS1A 1ZXOA 3O9TA 2P9SA 3OYHA 3QEPA 4M42A 3SPYA 4IJNA 2ZJPL 1UAXA 4N47A 3NVMA 4M70B 2W42A 4HCCA 2OTLN 4L3QA 1E7BA 1TF0A 2P9IB 4PKGA 2QWOA 3NF8A 5AQQA 1B9FA 4OVLA 4PA1A 5BPNA 1E7GA 1T6DA 5KPZA 3CJBA 4DU1A 2UU9K 4HHTA 3AO2A 2BTFA 4OO1J 4FJXA 1SB0A 4CJLA 3ID6A 1TVRA 3D2FB 4C8MA 2QA4N 3O9QA 2VGNA 3LM9A 4RW4A 4OGEA 1XQSC 4N41A 1Z26A 3R6MA 4M3YA 3O9RA 4KHNA 3VGLA 3FR0A 1NOZA 1NNEA 4A2AA 5MLCQ 3DJCA 2HF3A 4JI3K 1QZ6A 1WLJA 4ELUA 2Q0UA 1OH8A 3HM9A 2BX8A 4GDXA 4EHUA 4CD3A 3O3FA 5DK5A 2VWBA 1SKSA 3IMXA 5EOYA 4CZJA 4DWIA 3TAQA 1HUXA 3EEQA 4GKJK 5M1OA 1DTQA 1VK0A 1ASWA 4GV3A 2HOEA 4FZXC 3E01A 1D9FA 1XHXA 4JS5A 3E9LA 3HOSA 1TXUA 3MX2A 2E4LA 3BF1A 1JNBA 4FZZA 3QEVA 1NWKA 5J2QA 1DLOA 2BXQA 1X3NA 3LWMA 3BF3A 4FVUA 1IO2A 3C6HA 3WXJA 3K5LA 1HRHA 2Q97A 1NGHA 4E7HA 3A2FA 2FF3B 3CFPA 5GINA 1QQCA 3MMVA 1KD1O 3PV8A 3FFKB 5FRNA 1HQUA 3F9MA 1HA2A 2XY7A 3WNFA 4BE0A 5D7GA 1NLVA 3T19A 4YORA 4H0TB 4H0XB 2DBXA 5GIOA 2OANA 4FWKA 3QESA 3K5NA 4LFBK 2QHBA 4FLVA 2G8FA 3CPWM 5DM6L 2HW3A 4BY9C 3ENBA 4CJUA 1L3TA 3MEEA 4QOZB 3CCEN 2V52B 3N4PA 1SQKA 1S1VA 3RVCA 4BQLA 1RDCA 2QTDA 5M1NA 2OZMA 4BVOA 2QWQA 3PY8A 3CCVN 4ILGB 1Z05A 3PSFA 1HYVA 1NOYA 5EU7A 3P1GA 1QQMA 4F5UA 1U2VA 4BE1A 2G8VA 3OJUA 1E4GT 1X9MA 1Y97A 4FJMA 3THXA 3J7AP 4I9LA 1QVGM 4A57A 1YJWN 2IAJA 2ZGZA 5AQHA 3HJFA 5JVHL 1HNXK 3LDSA 1NK9A 4KB0A 1J78A 4LH4A 4YOUA 4B08A 1ASVA 2A42A 2ITGA 2KFNA 3K2PA 5AQJA 3LPTA 3NF7A 4KHUA 2Z1HA 4FPBA 4FLZA 5FPDA 5F1XA 2GUIA 2O8FB 4FJ5A 2IIRA 4WFNL 3M1FA 3ULEB 1KTQA 5JS1A 1BA0A 3AVBA 4G01A 3AVGA 3KWGA 4I2QA 1C0UA 3KKRA 2IVNA 4ELVA 4L8RB 3FWBC 1KXPA 2WTUA 1HK4A 2ZQBA 3KLFA 4HWIA 3AAQA 4DV2K 2IGIA 4MLHA 3G4SN 1S22A 3MN9A 3FZHA 2FXUA 2O4GA 3A5MC 3U3GA 2JUHA 4I2PA 3GG4A 4CJKA 4IZ9A 4WQ5A 3LDOA 4M3ZA 4DTSA 3V09A 3CD6N 3VEOA 1X9SA 3FZLA 3VF6A 1BM0A 5AQOA 4BR5A 4H8KA 2ATQA 3BP8A 5HLFA 3QNOA 1S72N 3H1VX 3DLLL 2VDBA 1YT3A 5HBMA 4EAHD 1NK6A 3M99C 3WXIA 4CGHA 3VQ6A 2V36A 3ZSRA 4DB3A 2I7NA 3NCIA 2O8DA 4WQ5C 1DKGD 4FLYA 3GBTA 4BRQA 4FWSA 5AQPA 3DLRA 3ZT2A 1GLCG 3SQ4A 1TV6A 2VG7A 4BDYA 1N33K 5KGXA 4IFVA 3LDNA 3L3VA 2OZBB 4BROA 2O8BB 5A2QO 4KAZA 5BPKA 4DSIA 2IC3A 2DYOA 4CEAA 1Q82O 3BGRA 2BXPA 2NRZA 5FUOA 5M1QA 5B5TA 1MUSA 2P51A 4CK2A 4H4OA 3SMPA 2W40A 1NKEA 3MXJA 4XEIA 4RW8A 4M45A 1QVFM 2FBXA 1K8AO 3K5MA 1BL3A 5AQFA 3H37A 1W2BM 4DLEA 3DOKA 4CZGA 4NCGA 3L4IA 4IBNA 3IRXA 4E1MA 1NG9A 1DTTA 1SS6A 2Q3SA 1TKXA 2QM1A 1RDAA 2QMCA 4CK1A 3KK1A 4CESA 4CFDA 1S6QA 2QXLA 3QLHA 3R9PA 1R0AA 3UIVA 2BXEA 5J2MA 3B6PA 2YHXA 1ZC6A 3LP2A 3EL2A 3EN9A 4JLHA 1Q9XA 3WEEA 4F3OA 3HZ6A 1LWFA 5EY4A 1T05A 1N8RO 3HK2A 2W6KA 4I6MA 5HRSA 4FJJA 1MDUB 4DSKA 4WQ4A 3GQUA 1B9DA 4DTJA 1IG9A 3W3DA 3LU8A 1G15A 1XI1A 3M8QA 2RF2A 2FSNA 5AR0A 1GLLO 4CZMA 4X64K 4FJLA 2FBVA 3QFUA 5BRHA 5M1FA 3MXMA 3I0SA 2X6SA 2XSIA 1RT5A 3J8AA 5SZTA 3RRGA 4HCBA 1KFSA 5I42A 4FL9A 3MN5A 1E7EA 2RHKA 2BXLA 2PYLA 3ITHA 1IKVA 2V7YA 3TAMA 1YXQA 2ZJQL 3VEXA 4WQ4C 4BR0A 5AQRA 5HL7L 4R5PA 3SV3A 1NGEA 3RR7A 4N76A 3A0IX 1WBBA 2KHOA 1VQ4N 3U6FA 3DXKB 3M6GA 3OYIA 4PY5A 3AO4A 2HNDA 1OKJA 3LP3A 1BQNA 1VQMN 3CMEN 3AO1A 4IO9L 4PO0A 3ASMA 4CZHA 4CJEA 1FW6A 2HHXA 3H3OB 1HKCA 3HPHA 5C24A 3VQIA 4ZUXV 5HRNA 1JLCA 1Q8IA 4IOXA 4E0DA 2WBNA 4Y1CA 2BXFA 3S3NA 4CERA 4C31B 3ZLJA 1GOBA 3UB5A 2BXKA 3BZCA 3F2KA 3CETA 4Z4GA 2BH1A 3A73A 4JKGB 2A5XA 1YI2N 4B8CA 3QDKA 3CJ7A 4EFHA 2P5GA 1UWBA 3AA4A 3GL1A 2NQOA 1K8KB 3ZT4A 4C23A 1WSFA 1WSJA 4EHTA 2KZZA 2KQ2A 4DV3K 5IT9O 1IKWA 3QERA 2OPPA 4H5RA 2O8CB 4RCHA 3VQ9A 3C6TA 3VTHA 3TSQA 5E26A 2RPIA 1BCMA 1C6VA 3WQTA 3HSCA 4XH5A 5BPLA 1NGCA 3ID8A 1XWLA 4BRIA 2OZSA 1VAZA 1T44A 3L8BA 2A40A 3LM2A 5FLXO 4Q0BA 4XH4A 1MIYA 3B8AX 3NGIA 2Q0RA 4M3TA 4OKJA 2DY4A 4HUFA 3CCJN 3CIPA 1J6ZA 3K57A 1SL1A 2A1RA 3MWTA 2XVQA 3VGKA 2ZGYA 3J7YP 1KW2A 4DF8A 1E7HA 1K9MO 4FK2A 5IFOA 3RTVA 2QM6A 4PWDA 3JAMO 1MIVA 3AAPA 1KFDA 4CJWA 1JJ2M 2KFZA 1TGOA 3C65A 4DTNA 1RDDA 3IKMA 5IIXA 1GLAG 1KAXA 1VHXA 3TTCA 4YNQA 4O55A 4DTMA 1S1XA 1NKBA 2HNYA 3NAEA 3HL8A 4DR7K 2ZF5O 4H0PA 2A41A 3AVHA 4HUEA 3A5LC 1NKCA 2E2PA 3C6AA 3B6OA 2P9UB 5AQLA 5CZ2A 3TABA 1HKBA 4LSLA 2W41A 4B1VA 4H03B 1CZ9A 4Q5VA 3QNNA 3CJ9A 3LAKA 5AQYA 3S3OA 2I5JA 3S3MA 1OH5A 4HTUA 1VSHA 3WQUA 2BDPA 2NUBA 3HYFA 4RW9A 4OX9K 4KH5A 3P5JA 3ENHA 4JS4A 3AVAA 4CZEA 2XHBA 3LU6A 1J54A 3CF5L 4DQQA 2DTUA 4NB4A 2E2NA 4CJQA 3G71N 2E88A 4KV8A 4MO5A 5BRFA 3CHWA 4FW1A 4CBUA 4M41A 5DM7L 3CQXA 1LCUA 4J2AA 1N5UA 3NHGA 4F2SA 4FK0A 4OLBA 3JXUA 1E3MA 3W1SA 3H46O 2NZTA 4FJCB 3I56N 2ZM6K 1TKTA 4N0UD 3TANA 2P9NA 4OPKA 1LOTA 2LQHA 2XY5A 3KJLA 3MECA 1RT2A 1LNSA 3UKUA 1HNZK 2ZD1A 3KIOA 1RT3A 1BCOA 2FBYA 1NGAA 3HSTB 4H5TA 1FXXA 3RSEB 3K5OA 4M7XA 1BU6O 5ADXA 1BA1A 2JWKA 4FOEA 3HVTA 2XRIA 5BR9A 1IKYA 4W4UB 3OYBA 3CJAA 2HF4A 3MWPA 1ZBLA 1SL2A 4ZC6A 2Z8IA 1TKDA 5KRSA 4BRKA 2O4IA 4ZBQA 4LF4K 4JKFA 4E7LA 4I9QA 3WXKA 4H0OA 2EFDA 4FVMA 4CW7B 2QKBA 4OLAA 4J2EA 4C1NI 5JVGL 3WHQA 5JS2A 3DXMA 3KK2A 3AO5A 3MHSB 5M1KA 4ILJA 3VGMA 2D0BA 4FWRA 3DLHA 1BDGA 3NH0A 1H9ZA 2WUSA 5ELZA 4LF9K 4CI6A 4DR5K 2LXSA 4Z4CA 2PFUA 3T1HK 1SUQA 3TR8A 1VQON 2QW9A 1HPMA 5AZJA 1NGBA 4Z69A 4U67L 4NXNK 2P9LB 1RDWX 2DBWA 1U45A 2G8KA 3I55N 2HMPA 2E0XA 2EFEA 1UORA 1KAYA 1A5WA 3AY9A 3L2WA 3M8PA 4PL8A 1GLDG 3OHRA 3OYCA 1UA1A 2X78A 4AHTA 5AQNA 4DR6K 3Q7CA 3IAYA 3KLIA 4PQUA 1O9XA 4GVEA 3THYA 3CXCM 3SIVB 3SPZA 4FIPB 3OYJA 4EMXA 1ZBFA 4LD0A 4FM1A 4V19S 1ITGA 4JI0K 3L0QA 5KPTA 1UA0A 2UXBK 2YCHA 2OA8A 3H08A 3MAQA 4ILHA 4YDUA 4ZTJA 2DFHA 1Q7YO 2HBLA 3ZT0A 3MDQA 4CZFA 3HPGA 4MDBA 3AVCA 4KTWA 3SCXA 4KHYA 1B92A 3T1AA 5BREA 3LDLA 5AQUA 3G9KD 5HROA 4YOYA 2BE2A 5AQSA 1CZBA 1NJZA 1RBUA 1VQLN 3M8RA 4DTXA 3OY9A 2P9KB 4C8LA 2YJFA 1J7EA 3O1BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NVM A;  3T7Z A;  5GIN A;  5GIP A;  5GIO A;  2OZB B;  3NVI A;  3NVK A;  3ID6 A;  3SIU B;  4BY9 C;  2NNW A;  3GQX A;  1NT2 B;  3NMU A;  3GQU A;  3SIV B;  3PLA A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4L8U A;  2EX3 A;  4WFA L;  4O4G A;  2V51 B;  1JLG A;  3TI0 A;  4AIL C;  3IS9 A;  3VA0 A;  3CG7 A;  1E78 A;  2YNF A;  2E2Q A;  2QKK A;  3ULD A;  2GWJ A;  2LXT A;  2NRV A;  3OS2 A;  3BUZ B;  1A5X A;  4BQZ A;  3KLH A;  4HVJ A;  3D45 A;  3I33 A;  1WAJ A;  4CHP A;  3OYE A;  2P5O A;  4A61 A;  1UOC A;  4LSN A;  3RSE A;  4ICL A;  1BIS A;  1SKR A;  2HVI A;  2D0A A;  3J7Z O;  3ALY A;  1D9D A;  3HTV A;  4NCB A;  4IFE A;  3O4N A;  3U8X A;  1FJG K;  4K43 A;  4G1Q A;  4L9K A;  2I30 A;  5IJE A;  1ESV A;  4H5N A;  1V4S A;  1H5W A;  4OTT A;  1N36 K;  3PO4 A;  4G9Z A;  5E41 A;  3UKR B;  3VPZ A;  3DLB A;  2EFC A;  2I2Z A;  1EWR A;  3HT3 A;  4GG2 A;  3D2E B;  1DT9 A;  4FCY A;  3A5N C;  1JL1 A;  1Q86 O;  2D4W A;  3FGU A;  4BGB A;  4BKE A;  1V4T A;  3V6D A;  2BXD A;  4GV9 A;  2XO7 A;  1RFQ A;  5FDL A;  4DCH A;  1ATR A;  2B6A A;  3V9Z A;  4E7J A;  4KBO A;  4FW2 A;  4O8K A;  4BG8 A;  4F5T A;  4BR2 A;  3WHR A;  1HKG A;  2P9L A;  2YX6 A;  4B3O A;  4CBX A;  4DFM A;  3L2R A;  3OTO K;  1OH6 A;  3QIC A;  2VQE K;  1JCE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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