3PTK | Genus

Total Genus 193

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	193
sequence length	478
structure length	478
Chain Sequence	PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-glucosidase Os4BGlu12
publication title	The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity pubmed doi rcsb
source organism	Oryza sativa
total genus	193
structure length	478
sequence length	478
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2010-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ptkA00

3U5YA 4AXNA 2DPEA 4KWUA 5A6KA 1BSIA 3CPUA 1UWRA 3AYSA 4BQ4A 3WH7A 2ZWZA 2UY3A 2BV9A 1WNOA 1QW9A 2WBKA 3SIMA 1E1FA 4GZIA 1ISVA 2J47A 3CLWA 1UQZA 1PZ3A 3WFLA 1WDQA 3ZJ8A 1ISXA 4FK9A 4V28A 3WUFA 4WSKA 4AWEA 4LPCA 5CZKA 2FH8A 2BVTA 1VBRA 1UWIA 2VX7A 1UG6A 3ARQA 1GQJA 4ML4A 1BVZA 4IPLA 4U3CA 4ZXOA 3VD3A 4PTMA 1BG9A 4JCLA 4IISA 1ZJBA 2WLYA 1CGUA 1W9XA 2QV4A 2QMKA 4LQ1A 4P7RA 1EXPA 1D3CA 4W85A 1E5NA 4HPGA 1EHNA 1WDSA 2DT1A 3AXXA 4ATWA 4AZCB 4D6JA 3KL3A 3GBEA 1QVBA 1BTCA 2PWDA 2DSWA 5HNNA 2J77A 3FAWA 5JBEA 3M46A 2WC3A 1XCWA 1W1PA 2W63A 1NP0A 1XCXA 3MUY1 3APGA 1HKIA 3W37A 1AVAA 1FH9A 3WH5A 1RP9A 4BA0A 3A3HA 2WBGA 2Y8VA 3AIVA 4CD8A 3TTSA 3GH5A 2VQTA 4UCFA 1U33A 3BAIA 5D9OA 2Z1SA 1PX3A 1XYZA 1ZL1A 2JIWA 3K8KA 3AMDA 5ABGA 4F79A 1H5VA 2VNCA 2CERA 3GYCA 2EJ1A 3BCFA 1VRXA 2J4GA 2PB1A 5A3HA 1GJWA 2J7HA 2WHKA 5ABHA 4WIWA 4AZBA 3CH9A 4GINA 4PTVA 2W92A 3PZIA 1XSIA 2AAAA 2J7EA 2VX5A 3BAWA 2WMGA 4OJYA 3AOFA 3WIJA 4J3VA 3CHCA 1E73M 1MVYA 3CUIA 4ATLA 4D6HA 3N9KA 5D4YA 3AS0A 2BFGA 3N04A 3WQWA 4JKLA 1UKSA 4JFSA 4M8UA 3BAJA 1BG4A 1V02E 3VDHA 4GPNA 2Y2WA 2DEPA 2WW5A 4PCTA 2C8NA 1UH4A 1E70M 2VVNA 1W9BM 4PCSA 4PMUA 4AYSA 3GH4A 1P6WA 1R87A 5A8PA 3TTQA 2PI6A 4GO9A 2ZUUA 4F66A 1L8NA 3TP4A 1CXIA 1W9VA 3L4XA 3WNKA 1XH2A 1IV8A 1UR2A 5AC5A 1J01A 2X0YA 3ARUA 2A3CA 2V3GA 4D6IA 4BZYA 1W3HA 1VEMA 4C7DA 4X0VA 4AZGA 4FLSA 1XYFA 1VFUA 3POHA 1QI4A 3RJXA 3VIFA 4WKFA 2GDVA 2VURA 2ZICA 1DP0A 3ARSA 1W1VA 3MSDA 2CBUA 2RGMA 1EO5A 3WSUA 4JL1A 2VL4A 2XFFA 4HA4A 1B3ZA 2WZIA 3AQUA 4MB3A 1KBBA 1E56A 5EFFA 2CKRA 4UFJA 1E55A 2VZSA 3BCDA 5DF0A 3W26A 2O9OA 2XFRA 1QBAA 4AEEA 4AZ7A 3K1DA 1TUXA 2D0GA 4WLCA 3WD0A 4GQRA 3VGEA 4E4PA 3NDZA 3W0KA 2WM0A 3N12A 5A94A 2WANA 2TAAA 1E6RA 6TAAA 2WCAA 4GKLA 3L4WA 3CMJA 3OGRA 4U3AA 2FDMA 2W61A 1ISYA 3WQ4A 2CPUA 3OZPA 3VO0A 4JFWA 2CESA 1QI5A 2XYLA 1QBBA 1JAKA 1HJUA 2DT2A 2E9MA 3PZGA 3ZJ7A 2PBOA 1EO7A 3CUFA 2PWHA 4W5ZA 5EBAA 3K8MA 4CN1A 2EXOA 2BHZA 1PX4A 4Z2IA 3MMDA 2WVSA 3VILA 1JI1A 1TA3B 2ZUTA 1I75A 2VX6A 3RCNA 2ZUSA 3ZM8A 4CD4A 1CTNA 3AIQA 2GK1A 4U2YA 4AD1A 4AIOA 4Z2KA 3ZR6A 1HKMA 2G3IA 5M17A 2XGBA 1WDRA 4KRUA 3VIIA 4H04A 1VJSA 3CUGA 5LA1A 2XWDA 1TZ7A 3S2CA 2XVLA 2YL5A 3AHTA 2NW0A 1JZ3A 1E6QM 4MTVA 3MSGA 4M24A 2EPMX 3VGBA 1QNQA 5A8MA 3WUBA 5TD4A 2XPKA 4RE3A 1W3LA 2UY5A 1EA9C 1QOXA 1GOKA 3II1A 2BHUA 1BHGA 1JDDA 4FMVA 1D7FA 2E4TA 4W84A 1GOWA 1UZ4A 2D3LA 2OSXA 2J7DA 3SCNA 2W91A 1MW1A 3CZEA 3DHPA 3EMCA 4C7FA 5GQBA 2X0HA 4PSPA 1UD8A 4HTYA 4LYRA 3CHEA 5AY7A 3AIBA 2DH3A 2DIJA 2V38A 4FLOA 3SCUA 1CECA 1QI0A 4MPKA 5M5DA 1V3MA 3PZMA 1WP6A 3FHAA 1ITXA 3IJ9A 2BHYA 2X1IA 4ACYA 5E6ZA 1C93A 4CUCA 2VT0A 2VZTA 4GZJA 5GNXA 1X6LA 3AS3A 3D3AA 3CHFA 2GK1B 3UETA 3WL1A 4QLJA 2E8YA 2CCRA 1C8XA 4U33A 1DEDA 4GXPA 3IAPA 4GIAA 5C71A 4W87A 5CXPA 3ZR5A 4EAMA 1QHZA 3IANA 3AIUA 1KBKA 3LPOA 4KMQA 4P7LA 1E4NA 4JFVA 4E2OA 3SUTA 1W9UA 1JI2A 2J62A 3QHNA 3WDPP 4PMNA 1C3FA 4B3KA 1HVXA 3WQ8A 1E6ZA 3F5KA 4B3LA 4B9ZA 2WVVA 3AHZA 4DM1A 4UTFA 1HXJA 5A6AA 1UQYA 1NARA 2XVPA 4WF7A 2VRJA 1F4HA 2DT3A 1CXLA 1HNYA 5AC4A 2J75A 4CVUA 3SEPA 3AXHA 2BY0A 1UWUA 1C90A 3GNPA 2W5FA 2DSZA 5CPTA 4YHEA 4N42A 1RH9A 3GNRA 1Q6GA 2WHJA 4DUXA 4AD3A 1WZLA 2JF6A 1IZKA 1PBGA 3KEHA 1E9LA 1W1TA 1K9EA 1G9HA 1UH3A 4EKJA 5CGMA 3CTTA 3OGVA 4M82A 1LL7A 2A3EA 3WNMA 1K6AA 1UUQA 3NDYA 5FCZA 3RM8A 3QGVA 1R7AA 3T0BA 1UD4A 3MUAA 1V03A 2WHMA 2XGIA 1CWYA 2QLYA 1V6YA 1C91A 3FW6A 1B0IA 1MW3A 4WKHA 3EBVA 4OOUA 3PZ9A 3AS2A 3GDBA 1A3HA 5I2UA 2JALA 3ARTA 5AYIA 5CSUA 1XD0A 2V5DA 5A6JA 5ABFA 2EPNA 2QF8A 4ZFMA 3T0AA 1U30A 1OGBA 1V0NA 1VIWA 2WHLA 2EEXA 1CXEA 1QHPA 8CGTA 3JUGA 3VTRA 3EDJA 4W7VA 4CN6A 1JZ2A 1C7SA 1Q4NX 3RM9A 3WDHA 1EIBA 1UD3A 5LA0A 1RP8A 3N11A 5D8ZA 3BMWA 4D72A 1UWTA 1JYWA 1DWAM 3FN9A 1L0PA 2CBJA 4U5IA 2C0HA 2PWGA 4GQQA 1OINA 4OIFA 5A69A 4OZOA 3K8LA 3SCPA 1QHOA 2V5CA 5M3WA 2YA1A 2WVTA 1JXJA 5A6BD 3F4VA 1BAGA 2VUYA 1J0HA 2YOCA 4IPNB 1TE1A 4LYPA 3KE0A 3MV11 4MB4A 1BYDA 3NSXA 1FH7A 2OWXA 4J3WA 4UQAA 1KR0A 2VZVA 3WDIA 2J8GA 3CIVA 3UR8A 2YDRA 1DWGM 4ACZB 1JDAA 1X1NA 4J3XA 1Q6EA 1W9PA 1UHVA 1YQ2A 4GI8A 4B16A 3WF0A 1JZ8A 5ABFB 4A3YA 4TOQA 1HJXA 1E0WA 1V6VA 1KFWA 2GUYA 2VI0A 1US3A 1UR4A 3QHMA 1BF2A 1E40A 1OT2A 2PC8A 1TMQA 1V3HA 3AZTA 1H0GA 3L2LA 1ISZA 3CZ8A 3OZOA 4AZ5A 5F7UA 1CLVA 5FD0A 2BVDA 2AMGA 1MQPA 3BC9A 2XIIA 1TCMA 3AXIA 3WFZA 1W91A 1CGWA 1XSJA 3PZNA 3NYDA 3U57A 4MAZA 4UFHA 3W6MA 2XM2A 4JCMA 3POCA 2JFEX 3SCTA 2DH2A 3NIYA 4P7NA 2VZOA 1AQMA 2RGLA 2CITA 1QNOA 3VIJA 4XUYA 1KQZA 4ZEPA 3WY1A 1E6PA 2VX4A 4TX8A 4UQDA 5LA2A 1VAHA 5C8BB 3D5HA 4F8XA 2NT1A 4J7RA 2QPUA 2ZUVA 2ZUNA 3WNLA 4JFTA 1ODZA 3W6LA 4C7GA 3AZSA 4WSJA 4XV0A 5GPRA 2MANA 4QFUA 1HL9A 3WL0A 1LF1A 4H41A 3AFBA 3GNOA 5D8WA 2OSYA 4J3UA 2FHFA 4D6DA 3CMGA 4URIA 1ESWA 1LL4A 1JGIA 1E4LA 1XD1A 1OWQA 1UD5A 4KRTA 2JF7A 5GNZA 4TXEA 3SCVA 5IFTA 3W25A 3OG2A 2VTFA 2O9RA 1B3XA 3DC0A 4MNKA 2J8FA 4AZHA 2ZIDA 2E40A 1M04A 3AMCA 1NWTA 1AMYA 2GJXA 2ZXBA 4JHOA 2YBTA 2OSWA 1OIMA 3VD4A 4RE4A 1CPUA 4J3SA 3WD3A 1X6NA 4UFLA 3WUGA 3WKZA 1R86A 3N15A 1KGUA 5A2BA 1GHRA 4D6CA 4TTUA 1OB0A 1I1WA 1U2YA 3OLGA 3VGGA 3DYOA 4ZXLA 4UFMA 2BXZA 3WH6A 4CU6A 2GJRA 5DEZA 3WDJA 2XG9A 2YBUA 3RMEA 3ZO9A 4QDMA 1QNPA 1MFUA 1XGZA 1FH8A 3CO4A 1TVNA 1OCQA 4XB3A 1VFOA 3B9DA 4XZBA 2YLAA 2G8ZA 3B8SA 1TG7A 2BXYA 1WB0A 4M56A 3VX0A 1FP9A 1VJZA 1HKJA 1M01A 1J0JA 4Z2LA 3W53A 1QNSA 1QI3A 3VU2A 3BXWA 2E9BA 4GZEA 1JYVA 4M1RA 4HP5A 2ZX5A 1DHKA 1JIBA 3CZGA 1J0ZA 2X09A 2PBGA 4FLQA 2D1ZA 4MNMA 1BGAA 4DWSC 1O6IA 1UR9A 2W67A 1JNEA 5E9AA 2XFYA 3QR3A 3GZAA 1E3XA 3HMCA 4JFUA 5D9NA 3WUEA 3M6DA 1OSEA 3VUPA 1ODUA 3GXMA 2ZE0A 1BLIA 3A47A 2J79A 3BAKA 4H7VA 4XX6A 3VM7A 3AIWA 3WQ6A 3AZRA 1UWQA 2J7GA 3K46A 2Y24A 1V6WA 1UR8A 5CGTA 5M03A 4TTGA 2DSKA 4FLRA 1W2PA 2DIEA 1OIFA 6A3HA 4HA1A 4M29A 4CVWA 1E3ZA 1B3VA 3LPGA 4YPJA 4S3JA 3HJEA 5I6SA 1E71M 1MQRA 1UD2A 2FHBA 4HU8A 2Y5EA 5BCAA 1DTUA 1TVPA 2BNJA 3OIHA 4HMEA 1JYNA 3L4TA 1V3IA 4E8DA 1UOKA 3VINA 1EOMA 3DHUA 4W8LA 3OLEA 1HVQA 3GTNA 4A3HA 1JZ7A 1VB9A 3QHOA 3ARYA 3AS1A 1ECEA 1MQQA 3CZLA 1RPKA 1JZ5A 1CXHA 2WXDM 1B3WA 3WEOA 2QMJA 5IHRA 3WF2A 1LWJA 1OGSA 3F5JA 3WMCA 3SURA 3GBDA 3AISA 1ITCA 1W32A 2D3NA 1JD9A 3OB8A 2WMJA 1H49A 3KWXA 3VM5A 2G3NA 2PF0A 4AD2A 1J18A 1FFRA 3GM8A 1WZAA 3EDDA 4EE9A 3B9AA 5E0FA 3PTQA 3BSGA 1I1XA 1VFMA 1JF6A 1Q6FA 3OLIA 1VENA 3CUJA 3BLPX 4HOWA 4JIEA 4Q7NA 4CU7A 1LG2A 4DUWA 4UQEA 2Y8KA 1MW2A 4RE2A 1KB3A 1WDPA 1J0IA 3TOPA 4AC1X 3U7VA 2CYGA 5BYWA 2WB5A 1JZ6A 4Y7EA 7CGTA 1WAWA 1JDCA 3EMQA 1W9DM 2W62A 1KWGA 1E5JA 1HF6A 1QW8A 3I3EA 3NCOA 1D2KA 1R7OA 2EPLX 4W86A 2FGZA 3WMBA 7A3HA 2DDXA 5IHSA 3TONA 5I3DA 5JUVA 1WE5A 4PUEA 4ZENA 1Q6DA 5BXPA 3VD7A 2G3JA 1E15A 4PMQA 1PJ9A 1G94A 3SCQA 2E0PA 3LMYA 8A3HA 2WPGA 1UKOA 2YL9A 3ZQ9A 5A2CA 2X8RA 4GI6A 1HJSA 4UOQA 1GORA 3BAXA 1QNRA 4DWSD 2ZXDA 4P8UA 2XSAA 1V0LA 4HA3A 5CLTA 1VBUA 3WH8A 3CGTA 3WELA 2GVYA 5CSYA 1TFVA 3NJ3A 2VC9A 2HISA 3CBWA 3AICA 4MB5A 1UZ1A 5FIPA 2VMFA 2WSKA 2WKLA 2OYMA 5HBFA 4W8AA 4X9YA 2ESCA 1JF5A 1J9YA 5CLWA 1E6XM 1SFSA 1ZBKA 2X05A 1NOFA 1BFNA 1UKQA 1E4IA 3ECQA 3W27A 1GOOA 2ZWYA 1B3YA 4HOZA 2Y4SA 2FGLA 2VOTA 3W29A 1LWHA 3PHAA 3WBEA 1GCYA 3VIKA 5IFPA 1UA3A 2WAGA 2WMIA 1CEOA 1V3KA 2VRQA 4UNIA 3WNNA 2G41A 1CZ1A 3RDKA 2X2YA 1WCGA 1EQCA 3GXFA 3AHYA 4HU0A 3KZSA 4LGXA 4Z2HA 5C70A 4NSBA 4Z2GA 3O2LA 1WPCA 1OM0A 1HT6A 3OLDA 1US2A 1UD6A 5ECUA 4HMDA 4HZ8A 1XHGA 3T2PA 1W2VA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XII A;  3AMD A;  3KRB A;  5D02 A;  4NZF A;  3BZG A;  1QCW A;  1OJX A;  5A3H A;  3UA3 A;  2IQT A;  5ABH A;  4WIW A;  4YMZ A;  3EWX A;  2W92 A;  1ITQ A;  3L0G A;  2QPX A;  3AWO A;  3RRX A;  4Q4Q A;  2JQX A;  2WMG A;  4OJY A;  1Z42 A;  2GQ3 A;  3CHC A;  4ORM A;  4QJ1 A;  1MVY A;  1I2N A;  3CUI A;  2V6A A;  3GTX A;  3N9K A;  2BFG A;  3LYE A;  5BW6 A;  1KM0 A;  4PB5 A;  4JKL A;  1EB3 A;  4LTS A;  1TMH A;  2CZ5 A;  3BUR A;  3H7R A;  2FQI A;  3BAJ A;  2AQW A;  4GPN A;  2DEP A;  2Y5J A;  1WDD A;  4PCT A;  4Q7B A;  4MGG A;  2WJE A;  4DVO A;  1JEZ A;  2BOG X;  3VNL A;  1R30 A;  3PJX A;  4PMU A;  1ZFJ A;  4IME A;  5KIN A;  1FUY A;  4Y9A A;  1OY0 A;  1AL7 A;  3W88 A;  5A8P A;  4IQD A;  4GAC A;  2PI6 A;  2ZUU A;  4F66 A;  1L8N A;  3QKZ A;  1X96 A;  1IR1 A;  3TLL A;  5AC5 A;  2A3C A;  4GAB A;  3KDO A;  3UU0 A;  2V3G A;  1VCF A;  1UW9 A;  3TYU A;  3KBS A;  3W72 A;  3P6L A;  5LHE A;  4JQ2 A;  2FMN A;  3QPY A;  4JEJ A;  1R3S A;  3I65 A;  3NOE A;  4WKF A;  2VUR A;  4C6K A;  1VYP X;  1EO5 A;  1BRL B;  1HO1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PTKA

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