3PTMA

The crystal structure of rice (oryza sativa l.) os4bglu12 with 2-fluoroglucopyranoside
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase Os4BGlu12
publication title The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa
total genus 192
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ptmA00
1CGUA 4WSJA 3AZTA 5JUVA 1Y7VA 3K8MA 3AS1A 1JZ2A 2XVLA 3WQ4A 2A3HA 4X0NA 1CGVA 1UWUA 3SUUA 1V3JA 1N82A 1G5AA 3ECQA 2HISA 5M5DA 1E15A 1JNEA 3ZJ7A 3UETA 2UY5A 2J7BA 1CNVA 2B31A 3RM4A 3CMJA 1L0PA 5C8BB 1BG4A 4M8UA 1VBUA 3AICA 2OYLA 1GHRA 1V0NA 3ARVA 3QOKA 5FKYA 2WANA 4Q7NA 4HU0A 5ABHA 1QNOA 4BQ2A 1JZ5A 4IISA 2J47A 3NSMA 1C7SA 1HJWA 3BC9A 3GDBA 2DH2A 2F61A 4N42A 3VIFA 2BHUA 1CWYA 4B16A 1S46A 2G41A 4MNMA 2YLLA 4NI3A 1JZ8A 3WIJA 1H41A 2G3MA 3WUGA 3RPMA 4HA3A 4F79A 1LL7A 2BVTA 1R8LA 2WAGA 4AIUA 2D24A 1WDRA 1WCGA 4U31A 3TOPA 4OZOA 1ECEA 1J0KA 1B31A 5C71A 3HMCA 3T08A 2PI6A 2ZXDA 1UR8A 5IFPA 1JF6A 5CQ1A 3GNRA 5IHSA 1DWFM 4EKJA 1RPKA 3NDYA 3N9KA 5D9OA 2YA1A 5DO8A 1JZ4A 1W1YA 3RMEA 1US2A 2Q8XA 4H2CA 3J7HA 3RM8A 3WD0A 4AD2A 1HKJA 3O2LA 1E6XM 4CCEA 2CBVA 4CD8A 2QPUA 3WELA 4HZ6A 1M04A 3VGFA 3QR3A 1Q6GA 1BVNP 4HMCA 2EPKX 1BAGA 1TVNA 4WLCA 1J01A 1FHLA 3TONA 2WMJA 5A1AA 1KCLA 1ZL1A 1QNSA 2JIEA 2O9PA 1IZJA 1B3YA 1UR2A 2BNJA 3BSGA 4PYSA 4TX6A 1CECA 4C7DA 1JD9A 4H8UA 4J27A 2BV9A 1XRVA 2VZSA 3TP4A 4WIWA 5BRQA 5M17A 1W91A 5FOOA 2V3FA 1D2KA 2J7EA 5ABGA 1GZJA 2VL4A 4MJ4A 4MJ2A 3KE0A 1JYXA 3OGRA 4BQ3A 2VMFA 1GVYA 1ZBKA 5C70A 4NSBA 3BAKA 1GW1A 3AHVA 1TCMA 3NDZA 3WDRA 4PMOA 4MNKA 3AIVA 4RE4A 4GZIA 1V6XA 1ITCA 2DPEA 4LQ1A 5I6SA 2XTKA 2DDXA 1FP9A 2BFGA 2A3BA 3RM9A 1CIUA 3U5UA 3AS3A 4JIEA 5EFDA 4PMRA 1JAEA 1UWSA 4U3AA 3VILA 4AD5A 4AZ6A 4PTVA 1WE5A 3CZGA 3BLKA 2VZUA 3A3HA 1E4LA 1XSIA 4HA4A 2DSVA 3QHMA 1PIFA 4UQAA 5A3HA 1E6ZA 1KGUA 3VTRA 3N18A 1G01A 2VVNA 1GQKA 2V3EA 2ESCA 4JFUA 2JEPA 4AZCB 4TXEA 1GOOA 5LYRA 4QLLA 1JAKA 3IJ7A 4WF7A 1OGGA 3RJXA 4PCSA 2X09A 2CCRA 2V3DA 2J74A 1QPKA 4MNLA 5JIWA 1W9XA 2WYSA 2YL5A 3N12A 4M1RA 4AWEA 3WDPP 3DYPA 1GORA 1UH2A 2CHNA 4H7VA 2XM1A 3AYRA 2D2OA 3CZEA 2WC4A 3L4TA 3WEMA 4P8WA 3NSXA 3PTMA 3VMNA 5I3DA 4HZ7A 3IANA 1HJUA 3WY1A 2CEQA 2PWHA 3VIIA 5A8NA 3T09A 1F4AA 1HVXA 5CXPA 3EMCA 2EXOA 1K9EA 1EQPA 1E73M 4W8BA 1IV8A 4P7QA 5BXPA 2E0PA 3A4WA 1V3LA 3DHPA 4CD6A 1MW0A 1GJWA 2W91A 1BGAA 3JUGA 1HP5A 3WQ5A 4AZ5A 1AVAA 1ITXA 4M82A 1OM0A 1E70M 4GI9A 1ESWA 1OGSA 1KQZA 4BCEA 5D8ZA 2QMKA 5D9PA 1GJUA 5JBDA 1UHVA 5A6AA 4RL3A 2VT0A 4GO8A 4P8UA 1JDCA 1E5JA 2CBJA 3ARUA 3VVGA 1RP9A 4QLJA 1TR1A 3WUFA 2DH3A 3CHEA 4AIEA 1E1EA 2E40A 1V6YA 2WCAA 1EOKA 3WDJA 3IJ9A 4HOXA 2ZWZA 2VZOA 1EGZA 3AMLA 4PMDA 4IUGA 5I5RA 1FH7A 3VD4A 1E3ZA 3WL1A 1ISWA 3HJEA 4A3HA 1EQCA 2J7GA 6CGTA 1RP8A 4CCDA 2XGBA 2WZEA 1UKOA 3ZR5A 2FGZA 1XH2A 5M03A 4JHOA 2XIBA 1LLOA 2G3IA 4XB3A 1ZBWA 3S2CA 1E0XA 3LMYA 2IXVA 4U2YA 3PZTA 2ZXQA 3DC0A 2V5CA 3CTTA 1GOQA 3WD3A 4DUXA 2ZUVA 1MWOA 2WMFA 1EOMA 4AISA 2WVVB 4U5IA 1ZBVA 5D4YA 2GK1B 1W2VA 3GH4A 2XSAA 3KZSA 2WCGA 3PZIA 4PMZA 3QGVA 2ZUMA 4H04A 2FHBA 1W9VA 2EBNA 3ZT5A 1AQ0A 3VX1A 3U5YA 3WMSA 1VFMA 5FL1A 4LYQA 4WKAA 4WSKA 5A6SA 4TX8A 4LYRA 1XC6A 4IPNB 3TTYA 1KWGA 3W82A 1HJVA 1KBBA 2OYKA 1B30A 3GTNA 5JBFA 4GI8A 4KGJA 2UY2A 2G8ZA 1I1XA 3WFLA 4AC1X 3WN6A 5GNYA 1YQ2A 3SCVA 4CVWA 4P8XA 3MUAA 1U2YA 3CLWA 4OJYA 1W1PA 1V6WA 3IAQA 1W1VA 2VCBA 4U33A 2VI0A 1ODZA 4JKLA 3W28A 2Y4SA 3MANA 3VPLA 4W86A 2CKRA 3UCQA 1UD2A 2O92A 3N13A 3ALGA 3PBGA 4GO9A 1H4PA 1TVPA 4BF7A 1W9DM 1FOBA 4JL2A 3FN9A 2VJXA 3HN3A 2BY1A 4UCFA 5BXRA 4F9DA 4JZ5A 3AIRA 2GJPA 5AC5A 3NSNA 2RGLA 4OKDA 4Z2HA 4H8HA 2ZXBA 4PTXA 3RCNA 1CXIA 4PUDA 4QP0A 2ZIDA 4UFMA 1W32A 4PUEA 3CUGA 5DF0A 1H49A 5A6KA 5AY7A 1JYNA 3VO0A 1GOIA 3EDJA 1X6LA 3AIBA 3K4AA 3DHUA 5GNZA 1JIBA 2YOCA 3VIPA 2BXYA 2ZWYA 4ATLA 4TTGA 1HL9A 2O9TA 1V3IA 4RE3A 1IZKA 3ARZA 2PF0A 1BFNA 3VM7A 4U3CA 4XZWA 4TVUA 4LGXA 4HOWA 2VNCA 2VZTA 3WQ6A 3E1F1 1VFOA 3O9NA 4AW7A 3UESA 1EDGA 4AXNA 3VU2A 3OZPA 1ZJAA 4DUVA 1J18A 2V5DA 1MW1A 1OIMA 1W3LA 5ECUA 1W3JA 1XH0A 2CKSA 1K9DA 2XWEA 1QI2A 1OB0A 3VM5A 2GJRA 1UH3A 3WQ8A 1XD0A 2FH8A 3WF0A 5HXMA 3AOFA 3AMDA 1OD8A 3PZUA 3W24A 4UQCA 2WC3A 1J0JA 3ZQ9A 4D6IA 3OBAA 1E56A 4AEEA 1VF8A 3T0DA 2XSBA 4AD3A 1BSIA 1UR1A 1RH9A 4UQ9A 3POHA 4E2OA 3VDHA 3L4YA 3MU7A 1ISXA 4JKKA 2CHOA 1QNPA 4W5ZA 3BLPX 3FXYA 1E6RA 3ZOAA 3ZO9A 2C0HA 4MAVA 4LX4A 4MB4A 4RE2A 1KGWA 4H41A 3D5HA 2WHLA 3BSHA 2WK2A 4Z2LA 3DECA 3TA9A 2YL9A 4CN6A 4AIOA 4W8LA 1V02E 2EO7A 1E3XA 1BLIA 4M24A 3FHAA 5I2UA 1UG6A 1NQ6A 5FIPA 3PTQA 1JFHA 1UH4A 4JFSA 4AD4A 3VGDA 3VINA 2Z1SA 1KBKA 4YN5A 3AXXA 4PN2A 3OG2A 4HOZA 4P7OA 2W92A 2FGLA 4JHZA 5BCAA 4OUEA 1H1NA 1BQCA 2HVMA 1ZJBA 2W66A 4N0RA 1KXVA 1NWUA 5M3WA 3W37A 1WO2A 4J3SA 2CXGA 1XH1A 4MDPA 4MTVA 1CZ1A 4HMDA 4E8DA 2W4XA 1W9PA 3AROA 5A8PA 1QBBA 3VD5A 3AXIA 1UD4A 3WBAA 4D6DA 3WH8A 4S3JA 4OIFA 5CSYA 4D6GA 1HJQA 4ZXLA 4OBSA 4R5EA 1NP0A 4CU8A 2FH6A 3NJ3A 3WBEA 3OLDA 4HPGA 1E6NA 3W29A 2YL6A 1M53A 2DIJA 1PX8A 3CZLA 4A3YA 1VRXA 3VD7A 1UUQA 2YIHA 4W7VA 1NWRA 1HKIA 4UQDA 1JI1A 2PWDA 3W81A 2QHAA 5A6BD 1UQYA 3ZJKA 1ODUA 4ZE4A 3LPOA 1V03A 3W38A 2VRKA 3OGVA 5BXTA 1CBGA 2ZXAA 4XZBA 1E9LA 2ZUSA 4D1JA 2JFEX 1J10A 4HU8A 1CYGA 1G0CA 1VBRA 2VX7A 3GXFA 3CHFA 1BHGA 5CSUA 5CGTA 4UQBA 3WFZA 4U5KA 3W4RA 3WH6A 2FDMA 5BYWA 5A6BA 1G1YA 1E40A 5A8QA 4M56A 3AHXA 4UOZA 1KXTA 3W6MA 3ZT7A 3ZMRA 2DGAA 2DT0A 3ZJ8A 3SCSA 1B3VA 1GOKA 4W5UA 4MB3A 1MQQA 4AY1A 1H09A 3CZKA 4QDMA 1J11A 2W62A 2WMGA 1RD6A 4W8AA 2JF6A 2E9BA 1XCXA 4PEEA 4W87A 4LYPA 3PZNA 3WNNA 3PZGA 2YLAA 5LA0A 3OB8A 4MADA 2VOTA 3KL0A 1QW8A 1R86A 3VKKA 1L8NA 1PX4A 2WB5A 1QVBA 1JXJA 2DSZA 2WLZA 1QBAA 1G94A 3GZAA 1M7XA 3CGTA 1WZMA 2XWDA 4J7RA 1MFVA 1TA3B 2WVTA 4MNJA 2D22A 1AQHA 2E4TA 3W26A 4AEFA 1OGBA 3AIWA 1GOMA 3PN8A 1GHSA 1JF5A 3VDBA 3AHTA 3UG3A 4M81A 1Q6EA 1K9FA 1BGGA 2ZUWA 1HP4A 3ARSA 2D20A 1GQJA 4J28A 4UTFA 5HNNA 1D3CA 1JG9A 2Y2WA 3ARTA 2DIEA 3CIVA 2WMIA 3MSDA 3PZOA 5DT5A 4D72A 3VIOA 2X2YA 4F9JA 2GSJA 4E4PA 1CXLA 2JF7A 3WDIA 2XVGA 3RJYA 2WHKA 1V6UA 3GNPA 3MUZ1 4W7WA 1BPLB 3ZIZA 5KZ6A 4WJXA 2IXUA 1CGYA 3B9EA 4W93A 4GIAA 1EO7A 1UWIA 5IXEA 3SURA 1Q6FA 1DWIM 3SUWA 5IHRA 4HTYA 1A47A 3CBWA 3GXIA 3VD3A 1OD0A 2J78A 3PZVA 1C93A 3IJ8A 3L2LA 4LXFA 1KR1A 1DWHM 3ALFA 4ATWA 3CUFA 3F5JA 4ACZA 2Y8VA 2X0YA 2EQDA 1UKTA 5TD4A 1R85A 3UR8A 2ZUTA 2ZUUA 2O9RA 3GH7A 2DSWA 3FNDA 2XFYA 1MQPA 3GXMA 5DT7A 3MMWA 1QI0A 4K68A 7TAAA 1J0IA 4AZCA 1E5NA 3L4VA 3VIHA 1QNRA 5A2BA 4MAZA 2J62A 2YDRA 3WNLA 4F8XA 3PZ9A 3AQUA 4QAWA 3EMQA 2XGIA 4BQ4A 5D9NA 4Z2JA 1VJSA 1GNXA 2WCSA 3K46A 1CLXA 3L4XA 2DT1A 3SCNA 1J0HA 1JZ3A 3W25A 4V28A 1BYDA 3BAIA 2Z1KA 1QNQA 3AIUA 1UOKA 3OGSA 1D7FA 4J3TA 4U2ZA 1ZBCA 2W67A 5ABFA 4A4AA 1R7OA 3BAXA 3SCUA 4JL1A 4PMNA 1VB9A 4QCFA 1MQRA 1E6SM 5A2CA 4X9YA 1GVIA 1PBGA 1WDQA 1WP6A 1C8QA 1V3KA 1UWTA 2VR4A 3SCPA 1M03A 2EPNA 1ZS2A 4TUFA 1V08A 2OWWA 2J25A 3UEQA 1KGXA 2BY0A 1JNDA 5AYBA 4P7RA 1CEOA 2C8NA 2XIIA 4UFIA 5E6YA 4WK9A 3BAYA 2BVDA 4GZEA 5E9AA 2ZOXA 1KFWA 2GJXA 2OSWA 1QHOA 5EFFA 1SYTA 4CN1A 2NT1A 4NRSA 4P7NA 1EDQA 2YJQA 4MB1A 3WEZA 4PTMA 4ZFMA 1OT1A 3M7SA 4AD1A 3AHZA 4IM4A 3WSUA 1ZU8A 3POCA 1XHGA 1UKSA 4PMVA 1CDGA 3T0AA 3UG4A 1J12A 2WBKA 2DQXA 1E71M 2D23A 3EMZA 4C7FA 1QOXA 3NUKA 1FH8A 3F5LA 2NW0A 1F4HA 1LQ0A 2E9MA 8A3HA 4CU6A 3BAWA 2DT3A 2ZX9A 2VCAA 1US3A 4D71A 3BCDA 2UY4A 3MMUA 3WUBA 2QV4A 2W61A 3L2MA 1E0WA 3PZMA 1V0MA 3WD4A 3HU7A 3FAWA 1HN1A 1UQZA 4UFLA 3RDKA 2C7FA 3FW6A 3O6AA 1UR4A 2WLYA 3AMGA 3AZSA 2GK1A 3FAXA 2CYGA 1H11A 3I3DA 1WKYA 1PIGA 3MS8A 2WZIA 4XV0A 3ARXA 1WZAA 3AIQA 3W53A 2QLYA 4J3VA 4B3LA 1NWSA 1BYCA 5EBAA 1UA3A 4GQRA 2YDQA 1UD5A 4UFHA 1SR0A 2DEPA 4JFVA 1HJXA 4IPLA 3NCOA 3BCFA 2XG9A 4DWSC 1E72M 5D8WA 3WF1A 1X1NA 1V6VA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CGU A;  4WSJ A;  3AZT A;  5JUV A;  1Y7V A;  3K8M A;  3AS1 A;  1JZ2 A;  2XVL A;  3WQ4 A;  2A3H A;  4X0N A;  1CGV A;  1UWU A;  3SUU A;  1V3J A;  1N82 A;  1G5A A;  3ECQ A;  2HIS A;  5M5D A;  1E15 A;  1JNE A;  3ZJ7 A;  3UET A;  2UY5 A;  2J7B A;  1CNV A;  2B31 A;  3RM4 A;  3CMJ A;  1L0P A;  5C8B B;  1BG4 A;  4M8U A;  1VBU A;  3AIC A;  2OYL A;  1GHR A;  1V0N A;  3ARV A;  3QOK A;  5FKY A;  2WAN A;  4Q7N A;  4HU0 A;  5ABH A;  1QNO A;  4BQ2 A;  1JZ5 A;  4IIS A;  2J47 A;  3NSM A;  1C7S A;  1HJW A;  3BC9 A;  3GDB A;  2DH2 A;  2F61 A;  4N42 A;  3VIF A;  2BHU A;  1CWY A;  4B16 A;  1S46 A;  2G41 A;  4MNM A;  2YLL A;  4NI3 A;  1JZ8 A;  3WIJ A;  1H41 A;  2G3M A;  3WUG A;  3RPM A;  4HA3 A;  4F79 A;  1LL7 A;  2BVT A;  1R8L A;  2WAG A;  4AIU A;  2D24 A;  1WDR A;  1WCG A;  4U31 A;  3TOP A;  4OZO A;  1ECE A;  1J0K A;  1B31 A;  5C71 A;  3HMC A;  3T08 A;  2PI6 A;  2ZXD A;  1UR8 A;  5IFP A;  1JF6 A;  5CQ1 A;  3GNR A;  5IHS A;  1DWF M;  4EKJ A;  1RPK A;  3NDY A;  3N9K A;  5D9O A;  2YA1 A;  5DO8 A;  1JZ4 A;  1W1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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