3PUGA

Haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
431
structure length
349
Chain Sequence
TERRHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Malate Synthase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
total genus 135
structure length 349
sequence length 431
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3pugA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3pugA01
4KCWA 1O66A 4RPPA 3IS4A 3MA8A 1PKLA 1U5VA 2VWTA 1O5QA 1F3XA 4KCUA 3EZ4A 4B5WA 1F8IA 3QV8A 3M0JA 5TAOA 3T05A 3QTGA 1MUMA 2V5JA 3E5BA 1DQUA 4QG9A 3PP7A 3GQYA 2HJPA 1A49A 1DIKA 3G2GA 4DRSA 2VGGA 3GR4A 1S2VA 4B5UA 1A3XA 3QZ6A 4YNGA 1DXFA 3QV9A 4B2DD 1E0TA 4HYWA 4QG6A 2VGBA 3QLLA 4HYVA 3T07A 3I4EA 2L5HA 3SRHA 4MG4A 4KCTA 2XZ9A 4FXJA 2R82A 4G1NA 3GG8A 1ZJHA 4B2DA 3VAVA 1KC7A 3N25A 4LSBA 2VWSA 1XG4A 1F61A 2KX9A 3FA3A 4B5SA 1U5HA 3KHDA 4KCVA 2X0SA 4L80A 2WQDA 1XG3A 3EOLA 1E0UA 3EOEA 3SRFA 2VGFA 1Z6KA 2OLSA 4TV6A 3E0VA 4QG8A 1IGWA 2G50A 2E28A 1UJQA 2DIKA 4ROQA 4KS0A 1O68A 1VBGA 2BG5A 1PKNA 3SRKA 2HROA 1S2TA 1VBHA 4B5VA 1M3UA 1PYMA 1JDEA 3SRDA 4JPGA 2ZE3A 4L7ZA 2XZ7A 5JVLA 2XDFA 3LG3A 1T5AA 3U2ZA 3OYZA 3KTXA 2VGIA 3E0WA 3R4IA 4WJ8A 4B5TA 3T0TA 3P0XA 1S2WA 4QGCA 3FA4A 3QV7A 4IP7A 4L9YA 4KRZA 2HRWA 1AQFA 3B8IA 3H6OA 2QIWA 1F3WA 4B5XA 1M1BA 3HQPA 1DXEA 2HWGA 1SGJA 1A5UA 2V5KA 4IQDA 1KBLA 3PUGA 3QQWA 4FXFA 4IQEA 1OY0A 1GGOA 1PKYA 2DUAA 3M0KA 3HQNA 3OYXA 1A3WA 1OQFA 3HQOA 1F8MA 1PKMA 3ME3A 3BJFA 1S2UA 4L9ZA 4TV5A 4IMAA 3LYEA 3QV6A 4YJ5A 1IZCA 3EOOA 3OQ8A 1ZLPA 4MF4A 3BJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LMJA 1BPLB 1F76A 4YCOA 5AHIA 2D0FA 3CS2A 2EAWA 3CAVA 3TSMA 5LCYA 4O2AE 1C91A 1DL3A 4K8EA 4U31A 3BV4A 4M1PA 2E9XD 2NQHA 4KP3C 4DR7T 4Y96A 2I5GA 3WK2A 2CZ5A 3ITOA 3VD3A 3BLDA 2BG9B 2HN1A 5AVNA 4IT4A 4AD2A 4M51A 1E1CA 3T78A 3FLUA 3STEA 3LPGA 2BP1A 5A2AA 4F48A 1YLVA 2XWDA 1X96A 1T8XA 3NQ7A 4AEOA 1JQVA 4A8NA 5L4EA 1LL4A 1QI5A 2CIPA 3W2LA 1GOQA 2VOTA 1V3HA 4D6JA 3KP1A 4NRSA 1PUDA 1VRBA 1O1ZA 1OB0A 4JTUA 2YSWA 4XZCA 4RNIA 1DJYA 4OECA 4UQAA 3EB4A 4GACA 4NIRA 5A6AA 1XV8A 1TPWA 4BFAA 3UJ2A 1EF2A 3ATYA 3M41A 2F9RA 3DG3A 2TAAA 3WDIA 4O8RA 2GWGA 3DZ1A 5AQMB 3N6QA 2WKLA 2V69A 5HPOA 2F84A 3KFTA 3UVAA 1XFCA 1NWTA 3EWXA 3QQ1A 1HNXT 2DUAA 3SFWA 1AODA 3FVMA 1TV8A 1W2PA 1SZFA 2CBUA 7ENLA 3IEEA 1XH1A 4ZI3D 2DUXA 1CB7B 2F6XA 4F40A 4QNWA 1VYRA 4XVEA 3U4FA 1VAHA 3BANA 2ZUMA 4PB5A 3UXKA 4EWND 3CX8B 2QXWA 1CT5A 2WC7A 4DJDA 3LGGA 2IXUA 3M0ZA 2ISFA 1EJUC 1DORA 1OZQA 4L4OA 3ARWA 1QUUA 3N9QA 3HG4A 3S83A 3ETVA 4HQVA 4KQNA 2Z26A 4IIEA 5HQMA 4IIGA 5HUOA 5L3CB 4JN6A 1WCRA 4HK6A 3ITXA 3BJSA 4FXSA 3VKKA 1S1RA 1EJWC 1W9VA 1TX2A 4IIFA 1U5HA 4PRRA 1H4PA 3FNDA 4U28A 2PFHA 1JCTA 4D6HA 2A85A 3BTNA 3HA4A 2W3ZA 9XIMA 3SCWA 1F07A 3IARA 3E0VA 1LL7A 3ZLGA 4XKYB 4I6VA 3TMLA 2XFYA 4BKNA 3T9PA 1B3XA 2YCLB 2BG5A 3VD9A 1AJ2A 2XM2A 1PX3A 4YHEA 1UUMA 4L6DA 1EJVC 2XZ7A 2BKNA 3C52A 4E4PA 5C2CA 2A72A 3TX9A 3ZT5A 2GSJA 3R4IA 1KRCC 3B04A 2PGWA 1ALDA 4GX9A 4X61A 2ZX8A 5D38A 4H6RA 2R14A 1LL6A 1I9CB 1M62A 1ONWA 3CVRA 3H7VA 4QQ3A 2QPUA 4DJFC 4FNPA 3BE7A 1PB0A 3ZWTA 1JRCA 1Z0PA 1EO7A 4DBWA 4UBPC 1FDZA 3UR5A 4NL1A 3UNTA 5G4WA 4EX4A 3GTHA 1QPQA 2Y4SA 4WSHA 3NPXA 3RX3A 3NL2A 1KTBA 2OOFA 3EXSA 3SS1A 1SMAA 1C92A 2WK2A 4KCWA 3TTSA 3O1IA 1WZMA 4Q4MA 3FIGA 1YXYA 2PRMA 2FMNA 3E3HA 3ITGA 1KFKA 1VHNA 3VDCA 1RH9A 4AY7A 4UR8A 1X1NA 1Q6EA 4RE4A 3K2GA 2C0SA 2MOZA 3HQ1A 4M24A 2Y70A 4UELA 1E0TA 2VGBA 2WXDM 3N4EA 4QISA 2NW8A 2FJUB 3H53A 4JFSA 1UH2A 4EOUA 5CQ1A 3AMLA 3W1AA 3DG7A 1XIHA 3B57A 5JMUA 2PDPA 2JE8A 5BR8T 1ZBVA 2OCZA 2E6AA 3BG5A 1FY6A 4L64A 2O9RA 3EOSA 1SW3A 2PRHA 4XUGA 4YLWA 1EGZA 1G69A 2XINA 1KCXA 5A2BA 2Q02A 1H7PA 4PZVA 4PTVA 4HHLA 3E9AA 4AXKA 4CD7A 1UOKA 4GNJA 4HHPA 1REQB 1XYFA 1VYPX 3R10A 2V6AA 4L1WA 3CJPA 1FP8A 1ZUAX 3F1QA 2PMQA 5FKYA 3IGUA 1KFYA 3O07A 4LBUA 2H3DA 4EPKA 3RC8A 3SCNA 4JOMA 3PAOA 3KEHA 3PBYA 1IZNB 3LHYA 3HV8A 2J7HA 3I7SA 3RRXA 5B80A 2CBVA 4MFEA 5DRIA 3P61A 1GOXA 4GVFA 2PDNA 5J5RA 4FXFA 2ISSA 2V7IA 3A4XA 4GYJA 3A23A 1RA5A 3OIHA 2EPMX 2VZVA 4BWLC 5HJLA 1WNOA 4UVCB 4CNUA 3RCMA 2XSXA 3UZWA 4ZI2D 2PDUA 2PDIA 4AW7A 4CXXA 2CMRA 4GBUA 3PNZA 2X41A 4WXZA 5I3KA 4HTBA 1S35A 2JGYA 5T26A 2Q71A 1OYCA 3LDQB 3AIWA 3WQGA 3M4HA 2C1IA 1QUMA 4LQ1A 1LBMA 1B1YA 1IXPA 4C91A 3ABVA 4JEUB 2XASB 5AZ1A 4N02A 1V77A 1HP4A 4AF0B 1AH4A 1HL2A 2VGFA 5ABTA 2PCEA 6XIMA 3BQKA 3PV0F 1W9BM 3BH4A 3PSVA 3W6LA 4A8LA 3EYPA 2BOEX 4H7VA 3WLKX 2ONEA 3S9IA 4JI3T 1I0DA 3VKAA 5CLWA 1B0IA 3UU8A 4V1Av 2QULA 4IDZA 3H2NA 3ZYKA 5AC6A 3AE7A 1MEIA 1QNSA 1RALA 3LK3B 1DBTA 2QPSA 2CLHA 2QGYA 4JIRA 5C6MA 4PB3A 2YLLA 3ZSSA 1LRTA 2EJ1A 3AHZA 3DU0A 3DKJA 2GOKA 3CZ8A 4ZOLE 1VLWA 3PUWF 4PMUA 4U2ZA 1AG1O 2JQ9A 4LEFA 4DAFA 1W9DM 1ZTVA 3P4QA 2H9AB 4GO9A 3MHGA 4XK2A 4CI2B 4IL2A 4RE3A 4HMDA 1HL8A 4QDWA 2PA6A 3GNNA 4B92A 3GIPA 1EYWA 2R8WA 3VABA 3VNKA 1FWEC 4OK0A 3N18A 1U30A 3AMCA 4ZL1A 1R8IA 3DIPA 3SUVA 5KSWA 1W1A1 3RG6A 3RH3A 2HPJA 1UKQA 3PBWA 4PUUA 4EXAA 2C8NA 1WKDA 2WWDA 5FAGA 4ZOBA 2VGGA 1U4QA 3W1TA 2OYMA 5EFDA 1A4MA 2IPWA 1AJ0A 4PULA 4R27A 1WB0A 3GXPA 1MWOA 2XG9A 4YTRA 3MYOA 1AUSL 4U2YA 1IZJA 2ZOXA 3CO8A 2NQ5A 1IQ8A 2PI6A 1HJWA 3MUCA 4WXYA 3UVIA 2Z29A 2HPIA 3TWBA 2EG6A 3NOEA 1VENA 5HBFA 5J0ZA 2LSYA 1QT1A 2GUUA 4GYSA 5F4WA 4ZQMA 4HWDA 5D30A 4YJ2E 1CW2A 4FNQA 4MWAD 4YYCA 3FXDB 3ZMZB 3V7PA 3C0SA 3R6NA 1XRVA 4WOZA 3U6WA 2GWNA 3O7UA 1HFBA 3O1HA 4GCXA 5LJMA 2VCBA 1VCSA 2AQVA 4H19A 3UESA 4LALA 5JRCA 1E6XM 1OCQA 3WK0A 1MFVA 1RLCL 3BARA 4F2UA 2A3BA 4HU3A 4P7RA 2DWGA 3N9LA 3GUWA 5FF7A 1R7AA 2B0MA 3BQ6A 1V0MA 1EJSC 4NPPA 5K3VA 4E8GA 4GY1A 1XSIA 3SUWA 3T6CA 1F3XA 4B91A 3LJCA 2B7NA 3GDMA 3HZ3A 4X9SA 1ONXA 2G41A 4MLJA 5JREA 3C8NA 4GI6A 2ZWYA 2ZYFA 3RI5A 2VENA 1T8BA 4O28A 4QTGA 3HG2A 3QV9A 3L9CA 4B2DD 3WNMA 5IHSA 2C5JA 1TVPA 4MZYA 4DNDA 2JQXA 4G8TA 4PCSA 1J1JA 6CGTA 2YZ5A 2B7OA 1IF2A 4M7TA 4GWEA 1W5NA 4LYRA 4C6DA 4MGGA 3CPRA 1J8VA 5FXZA 3OZPA 5EGRA 1HTJF 4QBXA 4RZ6A 4IMFA 3N6HA 3N2TA 4AB4A 1ZP4A 2B7PA 1EL3A 5L3FB 4FNUA 3WSUA 4AVNA 3JVAA 2GSEA 4PCFA 1AQHA 4D6CA 4DJDC 4BJNA 8XIMA 3BSMA 1VPYA 1QK2A 1G1YA 5FJJA 4B5VA 2BLEA 3JZUA 2KNDA 1SZEA 2VASA 4ZB0A 3UZXA 3TV8A 1SUXA 1OEDE 3VMNA 1FWIC 3CYVA 5HNUA 3FGCB 2DH3A 2AMGA 2XIMA 1H62A 5CC5A 1FDJA 1FX6A 1KNWA 2JKPA 2FVLA 1PYFA 4MJ2A 4HHMA 1FHLA 4Q7NA 3WQEA 1WRDA 4YHHT 3UNDA 4L5GA 3IVUA 4JFUA 4HOXA 3HF3A 5HCMA 4A3UA 5CPSA 1UWRA 3H2FA 1HO4A 2J7EA 3N3TA 3GXDA 4CN1A 3W71A 5DLCA 1MNSA 1J2WA 1DWAM 2XVNA 5D2XA 3SIZA 3U7VA 2A3HA 3HKBE 2TRSA 3PUZF 4FR6A 4JFVA 2OZ8A 4X5TA 2YPIA 2BVLA 2ZXBA 4P7NA 3JR2A 4ZI7E 3PTQA 1LROA 1TQXA 4U3AA 4B90A 1GVEA 1E7PA 3N15A 4U4MA 3E2QA 3ETUA 1QI4A 2ZZ3A 3T08A 2Q9QB 1LUCB 4AQYT 3DFHA 4I43B 2V7MA 1N82A 3WMSA 1GVIA 4CU6A 2QA7A 2KINB 3KOXA 2WMHA 2VL4A 3H54A 4N9DA 1SFTA 4TXEA 5C55A 4GFIA 3ARSA 3ZM8A 3QPEA 3H3AA 2FMOA 3V3WA 4BK9A 1ZJAA 5H8UA 2DPEA 1C3FA 3AMDA 4IJCA 4UWMA 3PJAA 4MY9A 1VR6A 5A5WA 5AHNA 3TE9A 4Z91A 1LG2A 4O11A 4JI5T 2ISWA 3UA4A 3AROA 4FB7A 2H3RA 2CLPA 2EHOC 4I5RA 4HNVA 2C15A 3VHLA 2V2CA 1LZOA 1DXEA 4FNSA 4HKAA 4IDPA 4NASA 5CXPA 5FVLA 1DHPA 3VIOA 1A5OC 3EXTA 2J7CA 2ABBA 4B3ZA 4W5ZA 2PDGA 1SW0A 3RX6A 1JL8A 2PWHA 2KLQA 2SFPA 3ONCA 4HMCA 3CU2A 5LA0A 2OA5A 2WB5A 1GOKA 4GK5E 1BKHA 5I24A 4E2OA 3FBZA 3QFEA 1L0PA 1E4IA 1KBIA 4C5YA 1JZ5A 4TV9E 2A6NA 2IMLA 1ME7A 3AOFA 1XINA 4YTPA 5F3JA 2N1GA 4UEMA 1QI2A 4DWSC 3L8RA 5GNYA 4JTIA 4ZO7A 2E6FA 3CBWA 3ONBA 4FA3A 3BOXA 3T42A 1PXGA 1TTIA 2FZNA 3K8LA 3PULA 3LPOA 2QVHA 3E5PA 1O5KA 1VEMA 1DJNA 2WPGA 2PSNA 3W7LA 3G8RA 1RCOB 3OTOT 1KGXA 3C2RA 3S47A 5JDMA 5CSYA 1X9BA 4O4VA 1M01A 3M0LA 4KCVA 4AXPA 4E2DA 3MTWA 1GQKA 3O06A 2NTYA 1K8CA 2HZGA 2OELA 3TROA 2X2GA 4S23A 4C6LA 1NFPA 2YLAA 4JDBA 2X9WA 3EX2A 2FJBA 3HI2A 4XBJA 5KITA 3H3MA 1PKNA 4N6EA 4O4WA 1V3LA 1XSKA 5C5YA 4DV5T 4PJLA 2W66A 4CQ9A 5BW6A 2OGJA 4K7VA 1ISWA 5H8PA 4JLEA 1XLGA 4O54A 1UURA 2WSPA 1OC7A 5IHYA 3VRBA 3HBLA 2FJKA 4C1LA 3C8FA 2AQOA 3WQ8A 1W54A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WWC A;  1CXE A;  1F3W A;  4L6H A;  3W1U A;  1E6S M;  5HYA A;  1GOO A;  1TIW A;  2ZUV A;  2QCE A;  3LHV A;  2A0N A;  1IEQ A;  2LSK A;  4X66 T;  3UU6 A;  2X30 A;  4HWH A;  3CGT A;  4GUF A;  1QXL A;  1R7O A;  3CK6 A;  2DIE A;  3ERP A;  3JRK A;  1BYA A;  3LZ5 A;  1BR1 A;  3S1G A;  1I2R A;  2MUC A;  4HN8 A;  5D8W A;  1F5Z A;  1FOB A;  5CJN A;  1H0G A;  4JCM A;  1W1Y A;  2QUM A;  2ODU A;  4E6M A;  1RQH A;  1J5E T;  4LGX A;  1H49 A;  5L9F A;  4KEU A;  1S3H A;  1E9Y B;  4E2V A;  2JF7 A;  1CBG A;  1YKE B;  4UCG A;  3F2B A;  4H9S E;  4U74 A;  2PRL A;  4DQW A;  4TMC A;  3RME A;  3OW1 A;  2WDV A;  4W85 A;  2ZFA A;  4E7S A;  2XZ9 A;  1KKR A;  2BKO A;  4NNA A;  1EZ2 A;  5T8G A;  2X9X A;  2CXL A;  1KB3 A;  3B0V C;  3KCL A;  1GW9 A;  2UUB T;  2FLI A;  3WKZ A;  2EPN A;  2N9D A;  4DV2 T;  3AXH A;  1XYZ A;  3MMD A;  5DFA A;  3WZ0 E;  4AD1 A;  4P0A A;  3B9O A;  2QCG A;  5AQS B;  2ZE0 A;  1W0B A;  5FF3 A;  4Q22 A;  4V28 A;  2IPF A;  1X1O A;  1E55 A;  4A22 A;  3LCG A;  5FXW A;  2QCC A;  2WKJ A;  1EUA A;  3GO2 A;  4W9T A;  3GVR A;  4AZ6 A;  3T1Y T;  5LIY X;  1OAB A;  1TVL A;  3OZY A;  3NPU A;  4C6O A;  4N9C A;  2BVM A;  3MO4 A;  1ZEN A;  4NVT A;  3GNP A;  4QR6 A;  5EK4 A;  5IRP A;  3H22 A;  3N34 A;  4BZY A;  3SUT A;  1HX0 A;  2BXV A;  2H89 A;  3LTP A;  1XFB A;  4RK8 A;  3AWN A;  3N13 A;  3EUH A;  2WMG A;  1BRL A;  3ABQ A;  2F61 A;  5A1A A;  2YA0 A;  4IFR A;  3I7Q A;  3AO0 A;  1TMH A;  2WHK A;  2WNN A;  4KX6 A;  1EEX A;  3M0Y A;  3C3U A;  1HKK A;  1V7A A;  2QV4 A;  3GUG A;  1O5Q A;  3N2C A;  4XQ6 A;  3PZM A;  1WX0 A;  2E5L T;  4UB9 A;  2WZE A;  4TU1 A;  3L0G A;  3ZJ8 A;  5D8Z A;  4GOA A;  2X40 A;  1QR7 A;  1Y64 B;  3LRL A;  2WLZ A;  3FXY A;  1KBJ A;  5LXT E;  4POC A;  5SWU A;  2X1T A;  4UNI A;  1CI1 A;  5FY0 A;  3P2V A;  1CLV A;  1W9U A;  2VC5 A;  3KBV A;  4YFS A;  4HGA A;  3S42 A;  3IJ8 A;  4ZQP A;  2VB6 A;  1K7E A;  5JUV A;  3R8G A;  1UC4 A;  2XIQ A;  2ZUS A;  1VIZ A;  1JGI A;  5FIP A;  2D0H A;  2XII A;  4UTI A;  5JIP A;  5FAJ A;  3TR2 A;  1IXN A;  4IG2 A;  3K1S A;  4A3H A;  1AL7 A;  3EX6 A;  4ROQ A;  3VII A;  3PZU A;  1HG2 A;  1NWM X;  5C2T A;  1UR4 A;  3UU5 A;  4CCC A;  5G4E A;  4JKM A;  2QEZ A;  1RBO B;  4KWS A;  2CPU A;  4IPI A;  1B3W A;  4JFW A;  2FIQ A;  3L66 A;  4W8A A;  1GOM A;  2CZF A;  2R6O A;  3B8T A;  3V5S A;  3L5L A;  2G4F A;  4UTF A;  5MKG A;  2ZX7 A;  1FXQ A;  3QR3 A;  4UTT C;  1FH7 A;  2NXG A;  1EP3 A;  1DTN A;  1E4L A;  1LDC A;  2O0T A;  1D8C A;  4ADU A;  3C64 A;  2C6Q A;  2P0I A;  1PWL A;  2CES A;  2QV5 A;  2LRK A;  3MPG A;  4JTC A;  2IQ0 A;  4MDO A;  4FZI A;  2WVV B;  4GIY A;  4OBR A;  3B9E A;  3IV3 A;  4HME A;  1B3Y A;  4H1Z A;  4BAY B;  1Z69 A;  1UR9 A;  1S39 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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