3QCXA

Phosphoinositide-dependent kinase-1 (pdk1) kinase domain with 6-{2-amino-6-[(3r)-3-methyl-4-morpholinyl]-4-pyrimidinyl}-1h-indazol-3-amine
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
286
structure length
276
Chain Sequence
QPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Structure-Based Design of Potent and Selective 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 81
structure length 276
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3qcxA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3qcxA01
3KRJA 2R3LA 5DYJA 5GNKA 4O27B 4L01A 3QQGA 5D12A 2HYYA 3LQ5A 3PXRA 4UWBA 3GQLA 5EI6A 5HE2A 1PXKA 4FV5A 3MTLA 1YXSA 3SOCA 3TZ8A 4I6QA 4E8AA 5FDPA 3F3TA 4IX3A 4DFZE 3DXQA 4L67A 4X3FC 2G2HA 4CRLA 3F69A 4CNHA 4EWQA 1FBNA 2XKEA 4XP2A 5EDPA 3RPSA 3PRFA 1G3NA 1W83A 4QMYA 2OIBA 5AUVA 3P79A 4DFXE 4G3FA 3UOJA 3BE2A 4XHKB 1OZ1A 2GNLA 4KWPA 4QP4A 4YZCA 4ASXA 3BE9A 4I0RA 2QKRA 2WGJA 5EYCA 4C35A 1J1BA 3UNJA 1OIRA 2BFYA 3DLSA 4CKIA 1Q97A 1UU7A 3A7IA 4BB4A 4RC2A 5HNIX 5DT3A 5JZJA 4JBOA 4F64A 2C6MA 4JG7A 3Q3BA 4ZTLA 5L6WL 4D58A 3I1AA 4IB5A 4F9BA 4NZWB 5KMIA 1OBDA 4XX9A 4QMOA 4HYUA 4IM3A 2Z60A 3NAYA 4O7VA 2PTKA 4DG2E 5LXMA 3Q6WA 3PPJA 4ONAA 5AUWA 1F3MC 4XV1A 4PP7A 3G90X 4RIYA 4EJNA 5LJJA 3V6RA 4G9CA 1RW8A 2J5FA 4PDSA 4ZTNA 2QKWB 5IU2A 4OBOA 4GUEA 1WBPA 2GS2A 4TY1A 2BROA 3QQLA 1YOJA 1YHVA 1ZOHA 2W05A 3DA6A 3DQXA 2ITYA 3E88A 3K3JA 3UPXA 1W82A 3D83A 3HDNA 3QKKA 3VBYA 3ZEPA 4D4YA 3FZTA 5I3OA 3PXKA 4RJ7A 2V55A 3DOGA 3OW3A 3R71A 3TIZA 2C5YA 4GKHA 4G1WA 4FGRA 3PLSA 2XZSA 1H1QA 4MWHA 4BICA 4BTMA 2ZM4A 4DCAA 2WQOA 4AT3A 4N4SA 4O86A 2B7AA 3FI3A 1M7NA 2QVSE 2WFYA 2PVHA 5CNOA 5F9EA 1J3HA 3G0FA 2F49A 3LMHA 2XNGA 4FVQA 5E8ZA 4MBJA 5DR6A 1OPLA 4MD7E 3D2IA 3ANQA 4PDYA 3O23A 5L2TA 1W84A 1YVJA 5B0XA 3A8WA 4ZS4A 4I93A 3FZSA 2E9OA 3NIZA 3FUPA 3R0TA 3T3UA 2YLEA 4EK8A 3O0GA 3RAIA 3NSZA 4AGWA 4I5HA 3EJ1A 1QPEA 3JY0A 4UYAA 4QP3A 1DS5A 3FY0A 4GVJA 3MVLA 3HV7A 1VYZA 1PMUA 4FI1A 4XLIA 1J7UA 3OCSA 1MRUA 1KSWA 4CZYB 4D1SA 5CT7A 4QP6A 1J91A 3AT2A 1V0BA 4A4XA 5EI8A 5K4JA 3I81A 5T6KA 3QD4A 4EOPA 3HUCA 1BYGA 4TWPA 2BFXA 2HW7A 3HMNA 3KMUA 3LXNA 2DUVA 4GJ3A 3FY2A 2W99B 1PXLA 2JDVA 4DEIA 1BMKA 3V5TA 2O3PA 2YIWA 4U40A 2HY0A 4GH2A 3P0MA 5J1VA 4S34A 3F9NA 3PYYA 4TYGA 5IQBA 2PPQA 4DFUA 5IQCA 2VTIA 3NLBA 3QUDA 1H1RA 4JVGA 4TNDA 5EQYA 3GUBA 4DTKA 3P1AA 2W17A 3IW4A 4YJUA 3ULZA 3MFRA 4NU1A 1H0VA 3M42A 3TKHA 4BZDA 5DE2A 5BUEA 2XK8A 5M4IA 5AV4A 1PY5A 2IZRA 4UY9A 2B0QA 3D7ZA 3EN7A 3JS2A 2WQEA 3FEGA 4FG9A 1WCCA 5TF9A 5IQIA 1MP8A 3QZFA 2P33A 5M08A 2OF2A 3EQRA 4H39A 1K3AA 4GYGA 4BDJA 3UTOA 1PF8A 4AE9A 3PJ2A 5AAEA 3VRYA 3OWPA 1H07A 4DH3A 3NW6A 3DXPA 1T46A 3JXWA 2QLQA 4ARKA 3WIKA 3UOKA 4EBVA 2W1FA 3KCKA 4AWIA 4BZNA 2HENA 2HAKA 4EOOA 4DGGA 4Y85A 4DT9A 3NIEA 2Y4IB 1GAGA 3F82A 3MJ2A 3O8UA 4K8AA 3ZEWA 4BCNA 1OGUA 3NUAA 4BCOA 3QQUA 5C01A 4G5PA 4GG7A 5GJFA 3KRWA 4FNZA 5KMMA 3OY3A 3PRIA 4UZDA 4FT0A 4QQ5A 3BHHA 3P7CA 2UW9A 2GU8A 3MH1A 3LCKA 4MKCA 1JQHA 2C1AA 4O0WA 3UJGA 4AX8A 4D28A 2W1CA 5HCZA 4AZSA 3TCPA 2C3LA 3V5QA 2RIOA 4D2PA 3B8RA 1E1VA 3A8XA 3LFBA 4M15A 3ZTXA 4FTKA 2ITXA 2IVUA 3WZEA 4BDAA 1UNHA 4QMMA 3TJDA 4C4GA 5IMEA 5KE0A 3SVVA 4BWKA 1OKYA 3AC2A 3PP1A 4CXAA 2JDTA 4HGSA 2WMTA 5FD2A 5I9YA 4RZWA 4G3EA 3CQWA 5LOHA 3EIDA 4WOVA 2CGWA 3C1XA 2GSFA 4FYNA 5H2UA 2PHKA 2YM6A 3H9OA 1H08A 4G6LA 4KRDA 4U79A 1YXTA 4ENXA 5CENA 3G0EA 4J71A 3AQVA 3DNEA 4FC0A 4HGTA 4P5QA 4AUAA 4U45A 3IS5A 3KGAA 4FNYA 4RJ6A 2WTJA 3OY1A 4FTNA 4IW0A 2YERA 4ZSLA 2WD1A 4UMTA 3WF9A 5KKRC 3O96A 3ACKA 4O2ZA 3K2LA 4RIYB 3DK7A 5EQEA 3AOXA 5FG8A 4OTGA 5HCXA 4RSSA 1XBBA 3D9VA 4S30A 2JDSA 2OJIA 2XYUA 3BV2A 4DFBA 2C5XA 3G2FA 2QO2A 3R7IA 3EQGA 3VUKA 4Z16A 3NNWA 3UMWA 5HICA 5ANGA 2PVNA 5FRIA 2ERZE 4M69A 4K2RA 1UU8A 3TZ9A 1WBSA 2E9VA 4WIHA 2QD9A 4G17A 4L3LA 1YDTE 1H27A 4MXXA 4RWIA 5DEYA 1GZ8A 2WMAA 5DHJA 4FKVA 4B6LA 4UX9A 3C9WA 2GQRA 3RJCA 5M09A 4F99A 4DYMA 3QF9A 2IO6A 2JITA 1GIHA 2OF4A 3FLYA 3PTGA 1CKPA 3L9NA 3OP5A 5C03A 5HORA 3WF8A 5D7AA 2HZ4A 5EI2A 3C4FA 4IJ9A 2XK4A 4NEUA 5F20A 5A4EA 1Q8UA 2FO0A 1APME 4E3CA 1WVXA 3ALOA 1ZLTA 4ZY6A 2XRWA 4MXZA 4BL1A 1KOAA 3EKKA 4X7QA 5BVFA 2UW3A 4KUJA 2E2BA 3VHKA 4AACA 5E8UA 1R3CA 4ZY5A 3UOHA 4QP2A 2PU8A 2KULA 3QYZA 4EC9A 5AP5A 3TG1A 2UZNA 1VEBA 4YHFA 3PLAE 3JVSA 3MIAA 3OTVA 3SG9A 2UW4A 3R28A 3V3VA 4JNWA 4IACA 2J9MA 3V8SA 5CVGA 1CMKE 2RSVA 1ZYLA 4X3JA 1SVHA 2F2UA 2H9VA 2XMYA 5CSXA 1V0OA 4HZSA 3Q6UA 4QTAA 3LOKA 3C4WA 2VTHA 2X6DA 4F4PA 5FBNC 4V05A 5AV0A 3U4WA 4CCUA 4Y95A 2ZYBA 4MQ1A 5AUZA 4A07A 3U6JA 4JX7A 3GFWA 2GNIA 2YM5A 2I7QA 3CTJA 1NXKA 4XBUA 4U7ZA 3R30A 5DG5A 4FV3A 5IQEA 4C36A 4DEDA 5D41A 2BPMA 2PE1A 2OWBA 5I5ZA 3UBDA 3EL8A 4RQVA 2CPKE 3DGKA 3TNIA 1ZAOA 5HX8A 3CPCA 3IDCA 5AUUA 5JK3A 1SVGA 3UQGA 3FHRA 3Q2JA 4O7RA 4NK9A 3NVMB 4QP9A 3OXZA 2WMXA 2OU7A 5DI1A 1BL7A 3FMKA 4H58A 1O6YA 1A9UA 1XJDA 1YOLA 3C4CA 3GCUA 4JBVA 4NM5A 4AE6A 2ITPA 3PVGA 2BRMA 3R8MA 3QCSA 2PVRA 4IWDA 1GOLA 4M84A 4JDJA 4CTCA 3FI8A 3R8VA 3TKIA 4YU2A 5KZIA 4R5SA 4NW6A 4C4FA 3CD3A 3GBZA 3R7UA 4I0SA 1ZOEA 2OJJA 2W0JA 4EEVA 4LOOA 5M56A 4L68A 4DLIA 4ZS0A 3RNIA 4DFYA 2QURA 4ZMFA 1XQZA 5ETAA 3NUSA 5J79A 3V01A 5A6OA 1JSTA 3POZA 1WVWA 2VN9A 2XIZA 5FWKK 3SLSA 3OCBA 4FIHA 4S2ZA 3ZLSA 5C4LA 3FLZA 4PMPA 1BKXA 3MS9A 3QWKA 5AP7A 3S95A 2FSTX 2BCJA 3SXSA 4FV4A 2XCKA 2VX3A 3U9CA 4LGHA 1ZY4A 4AOIA 3FAAA 4W9XA 5LMKA 2OICA 4WRSA 2QOCA 2CGVA 2W1HA 1OI9A 3U51A 5FUTA 4D2WA 1YRPA 3S3IA 2GFCA 3PSDA 4FX3A 5L6OA 5HNGA 4OLIA 3FYJX 4JL9A 1PXPA 3MJ1A 3NW5A 4K18A 4RVKA 2G9XA 3G9NA 1ZXEA 2ITVA 4UXQA 5KMLA 4EQUA 3QQKA 2FA2A 3L8XA 2VTSA 5HEZA 2OJFE 3FQHA 4FUXA 4YLJA 3FMMA 4M69B 2DYLA 3R00A 3WZUA 4AT5A 3NX8A 3T3VA 5JH6A 4MQ2A 3D5WA 3GT8A 3L9PA 3R73A 1IAHA 3E93A 3I7CA 1ZMVA 1QMZA 2WTVA 3R7VA 5CQUA 5ITAA 5ANIA 1QPCA 4C4IA 4WUNA 4CLIA 4EOJA 2CKEA 5HG7A 5CI6A 3H10A 5GJDA 3ORXA 3ZC6A 2YJRA 4JOAA 3EWHA 3OEFX 4L6QA 3FL5A 5CEQA 4Q5HA 2R3QA 4QMLA 3SHEA 4XP3A 3ROCA 4AAAA 4F9WA 3DAEA 2GNHA 4L3JA 5DGZA 4EORA 3BRBA 3CKWA 5GINE 3QHRA 3QRJA 1OIUA 2OK1A 2C6DA 2HXQA 2WOTA 3Q5ZA 4FTUA 4BDHA 1WMKA 3DBEA 1SNXA 3UIXA 3HV4A 2C5NA 1BI8A 3GP0A 2I0HA 2FSMX 3QTIA 4PNIA 2R7IA 3H9FA 5JFWA 4KRCA 5HO7A 5K5XA 3QD3A 4USFA 4KABA 4L45A 3M1SA 1PXJA 4J8MA 5E8WA 5HQ0A 2J4ZA 4PL5A 2R3RA 4NCTA 5AEPA 5AM7A 3SRVB 3UO4A 2J51A 3EL7A 4YZ9A 4YJNA 3VUDA 2XKCA 2YLFA 2RFNA 2RKUA 3QAME 4MXCA 4JBPA 3TN8A 5H3QA 4HCVA 4EONA 4FA2A 4IB3A 2VRXA 3IW7A 3I6UA 2ZDTA 5HG8A 3ZLXA 4FKJA 4BCPA 4EH2A 2F7ZE 5L3AA 5KNJA 3COHA 5EW9A 4FL1A 2J90A 1JLUE 3LCTA 2FGIA 3AMBA 3Q96A 3VBVA 1XBAA 3RNYA 3U4UA 3DK6A 3F5GA 4FIEA 4F09A 5CASA 4NH1A 5ICPA 4EOQA 4GJ2A 3QC9A 2DQ7X 3A62A 1H1SA 2GDOA 1IR3A 3FBVA 3QHWA 4FODA 2C47A 3SD0A 3WZKA 2OFUA 4AG8A 3R02A 4W4XA 3NW7A 4H36A 4O7TA 3BHYA 2B4SB 2NP8A 2YA9A 2BILB 2VTOA 4M66A 2Y9QA 4YTIA 1IA9A 5IA0A 2AC5A 3EN4A 4O0XA 4EOLA 3CY3A 4ANLA 4L46A 2HELA 2YDJA 3HRFA 5E8TA 2PZPA 1VJYA 3KCFA 4O21A 1B38A 2WPAA 4D1XA 4JAJA 4YZNA 3QBNA 5HBHA 1W98A 2VTNA 4AW1A 3DBFA 3ZDUA 4F1MA 3DTCA 1H24A 3W16A 2I6LA 4KD1A 1OIQA 4I0TA 2VNWA 3EH9A 3FDNA 2P2HA 3R01A 4LL5A 2XK3A 4S33A 4CFMA 2JAVA 3SGCA 4NIFA 2W4KA 3VVHA 5JFVA 1OKWA 2C6EA 2CLQA 3LFDA 5CVFA 5LVNA 5L6PA 4XYFA 2WTKC 4ID7A 2GHLA 5AP4A 2Y6MA 3FQSA 4X2FA 4XS2A 3Q4UA 2UZTA 2A2AA 2XIYA 4R78A 4BCQA 2J0KA 4I3ZA 5BVOA 3FZPA 3HUBA 3NUXA 3MN3A 4G6OA 4FUYA 3I6WA 1MRYA 2X9EA 3DB8A 1LP4A 4TWOA 1PMEA 4ZZNA 4RIOA 5CAQA 4EHEA 4M3QA 3C4EA 4ORKA 5BVWA 4I6BA 5CANA 2OH4A 4L43A 4R3CA 3R9OA 4FT3A 1J7IA 4P4CA 5EOBA 4DT8A 1V1KA 4RIWA 4F7JA 4FG7A 2LGCA 3OEZA 1R78A 2VTQA 4PF4A 4B99A 5IQFA 3V04A 2PYWA 4O7WA 2XS0A 2HXLA 4D1ZA 4KIPA 2JDRA 3UO6A 4EOKA 1PXOA 1UV5A 2R7BA 2X4ZA 3KU2A 2GNGA 3CPBA 3TJCA 1ZRZA 3HRCA 2XF0A 3QZHA 4G31A 4U5JA 3ULIA 3WF5A 2CKOA 4BI1A 2R64A 5DPVA 2UZLA 3FXZA 2ONLA 4EK4A 3K5VA 1H4LA 4BDGA 5AIKA 2PE2A 4GUBA 1REKA 3D4QA 3IKAA 3NZ0A 4IMYA 4O1OA 1R0PA 1PW2A 2ESMA 2JD5A 4YNEA 2CNQA 3KA0A 5DH3A 4BY9E 5AIRA 1CM8A 3LVPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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