3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Ribulokinase
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
1XUPO 4PL8A 2BUPA 3HZ6A 4BGAA 3AAQA 3CIPA 3FZMA 3EKUA 2ITMA 1HKBA 1QQOA 3MK6A 4BR9A 1DEJA 2P9LA 4FL9A 1HLUA 3QDKA 2PAVA 4IZ9A 2VYPA 1HJOA 3KHYA 4H0VB 5AQJA 3VEYA 3C7NA 5AQGA 5KPRA 1C0FA 4BG9A 1MDUB 4CZKA 3UKRA 3O8MA 3EKSA 3WQUA 4K25A 3D2FA 4FOEA 2Q1NA 3LM9A 4GY2B 4BQLA 2F9WA 3A5LC 2HOEA 1NGEA 4HTLA 3VEWA 3WEEB 4AM6A 1NGDA 1U2VA 3O08A 2P9UA 3IFRA 3M6GA 3MCPA 3EZWA 3DWLA 2CGJA 4GNIA 1Z05A 2CGKA 1YAGA 4H5WA 2A6AA 5AQNA 4EHUA 1BO5O 5FPEA 4LC9B 3JS6A 4A62A 3EN9A 3H6EA 4BG8A 4CZEA 1K8KA 4CD1A 2QWNA 5JICA 4BRCA 1HPMA 2ZWHA 4DCHA 3ZETA 5BPNA 1HUXA 3QB0A 1TYQB 2DPNA 3LDOA 1GLJO 1QHAA 4CBXA 4NO7A 5F1XA 4B1WB 4ISEA 3ZX3A 4CBUA 2P9NA 5ADXH 3L4IA 3VF2A 2FSKA 4JD2B 3ENOA 2H3GX 4XH1A 3DXMA 5BN9A 4BR7A 4WYBA 4I6MA 1ZBSA 3D2EB 1BUPA 1TUYA 2P9IB 2E1YA 4IO8A 2CH6A 3CHWA 2QWQA 5EX5A 1T44A 3CQXA 1TUUA 3SMPA 5AQWA 2QWPA 4BRNA 4M7YA 3FE1A 2W41A 2IVNA 3BF1A 2ZGZA 1GLLO 2Q36A 4EFHA 2FXUA 2FF3B 4FWPA 1NGCA 1QZ6A 4FWRA 4B1YB 4B1VA 4E1JA 1YUWA 4H0PA 3R6MA 4JHDA 5AQRA 3IMXA 1RDWX 4BVPA 5AQSA 1Q18A 3LDQA 2F9TA 5AQFA 4H0TB 1NWKA 4WQ5C 4H03B 1GLFO 4BR0A 1YXQA 4FWMA 4IWVA 3S41A 2P9SA 1QQNA 1OKJA 5I9EB 3EL2A 5BPLA 3G25A 4EHTA 4M7XA 2P9KB 1BWFO 3VETA 1X3NA 4CZJA 2QWLA 1Z6RA 2YI1A 3U4LA 3O4WA 2A42A 4CZIA 2QWMA 4CD3A 4DB3A 2A3ZA 2IVOA 1GLBG 1NM1A 4A61A 3HI0A 5EVZA 3ZX0A 3C7NB 4XEIA 4FWNA 5AQTA 2OANA 5AQKA 2ASOA 2E88A 4FPBA 3WXJA 3W3DA 4FSVA 3SJHA 4AM7A 3U8XA 1DKGD 2EWSA 3FZHA 5BRFA 3H45C 3GDQA 1ZC6A 2P9UB 1T6DA 4MLEA 5AFUA 2AA4A 1NLVA 1NGGA 2YCHA 4DHYA 3CJ9A 3TU5A 3ATUA 4BRGA 3VGKA 1KAYA 5KQDA 5AQUA 5EOYA 2VWBA 3UKUA 4H0YB 4IJNA 5LY3A 1C0GA 1R59O 2E2NA 4FWLA 4H0XB 4ISFA 4BROA 5B8HA 3O6WA 3O80A 1NGAA 5AQMA 1LCUA 1RGIA 1JCEA 4ISGA 3KZBA 3GE1A 4H0OA 4FWSA 4CZMA 2FSJA 2P9PA 1GLCG 4Y0WA 4PKIA 1X9JA 2UYTA 4WQ5A 3DXKA 5EY4A 3ULEA 5AZIB 4RCHA 3QFUA 4BRQA 1BOTO 2CGLA 2GTDA 3GBTA 2E20A 4BR5A 2YJEA 5AQVA 4PKGA 3HBTA 3JXUA 1SAZA 4HWIA 5F2RA 4O8KA 4H5NA 3H1QA 4BRFA 1HKCA 4MO5A 3VEOA 3LDLA 1V4SA 4IXCA 2I7NA 3SMSA 3H3NO 3HTVA 2YHXA 1WUAA 1EQYA 1IG8A 5E26A 4BREA 3SLCA 5JLHA 3L6QA 2P9SB 1MWMA 3D7EO 5JMVA 3VGMA 4JNEA 3RSEB 2ZF5O 2D4WA 1KAZA 3FZFA 4YDUC 1LOTB 3ZEUB 2V7YA 4L3QA 2YJFA 3FZKA 3VGLA 3BUZB 3LL3A 1NMDA 4QS8A 4EAHD 3AARA 3CQYA 4H5RA 3MMVA 4BR2A 5AQOA 4BC4A 3AAPA 3H46O 1U6ZA 4BGBA 3A5NC 1BG3A 4BRAA 2E2QA 1GLEG 5LJWA 4FWOA 2ZGYA 1TYQA 4IJAA 4CI6A 3MN6A 3CI5A 2VCPA 3O5BA 1SZ2A 5TKYA 3BP8A 4BRDA 2E2OA 4BC3A 4CZGA 4BVOA 5JLFA 1KXPA 4BRHA 2HMPA 2J4RA 4FPAA 4B1UB 1ZXOA 3MN9A 4CZHA 2P9LB 5AQLA 3ZX2A 2KHOA 2I7PA 3AY9A 5AQHA 5CE3A 1QQMA 4O5FA 4C23A 2V51B 2A5XA 4QS9A 1ESVA 2NZTA 4K41A 4XH5A 4FO0A 2P9IA 3SK3A 3VPZA 4BQZA 5BPMA 3UKRB 3D2FB 1SQKA 3BF3A 2NLXA 3L0QA 4PKHA 5AR0A 3VERA 3MDQA 4FOIA 5AQQA 3WXIA 3WXLA 4WQ4A 1ATNA 5E84A 4B1XB 1U2VB 1HX1A 3KVGA 5AZJA 3ID8A 4KBOA 3WT0A 5BREA 2CH5A 1DGKN 5ADXA 3ENHA 2IIRA 3I8BA 3QBWA 1Y64A 4Z94A 2V7ZA 3UE5A 4YDUA 3VENA 1K8KB 1H1VA 4K42A 3LDPA 3P4IA 2HF4A 5BR9A 3ZETB 2D0OA 3CETA 2ASMA 2Q97A 4FWQA 1XQSC 3C0BA 1NGIA 1E4FT 2YHYA 3GG4A 1KAXA 3GL1A 3J8AA 1JCFA 2P9NB 2FLOA 2QWRA 2AP1A 5FPDA 5EXWA 3QBXA 4NB4A 3VF4A 2NRHA 3DXMB 3VEVA 1YVNA 2QWOA 4I6MB 3WXKA 2D0PA 1G99A 4BR4A 1JCGA 2E2PA 3HM8A 1BU6O 1ATRA 3QMLA 2FSNA 5F0XA 5AQIA 3IDHA 3FR0A 2ASPA 4J8FA 1BA1A 2WUSA 4DQ8A 3A8YA 1NGJA 3A0IX 4A2BA 4JHDB 5BRHA 4CBWA 2Q31A 3MN7A 4WQ4C 2PBDA 3VESA 4CJ7A 2E1ZA 4JAXA 3VF6A 3H1VX 4F9OA 1HKGA 2GUPA 3LDNA 3GOIA 1GLAG 2Q0RA 3O1BA 4BRIA 5AFUH 5AQXA 3CJAA 1CZAN 2QW9A 5AQPA 3WEEA 3B8AX 3WQTA 3IUCA 1MWKA 1WOQA 1GLDG 1J6ZA 1T6CA 1QZ5A 1D4XA 5AZIA 2A41A 3CJ1A 4BRPA 3ATVA 4H5VA 4FWKA 5BRDA 4CZFA 1X3MA 2Q0UA 3FZLA 3QFPA 4K43A 5BN8A 3R9PA 4H5TA 3H3OB 3UB5A 1XC3A 2V52B 5AZJB 4M63C 1P8ZA 4BC5A 2GWKA 5KPTA 3U9DA 1NGHA 4BRLA 3EO3A 5AQZA 4A2AA 4RWTA 1V4TA 1NBWA 4MLHA 5FPNA 3UKUB 4JD2A 4EIAA 4BRKA 3CJCA 5LJVA 4JN4A 3D2EA 2IVPA 4XH4A 1MA9B 3FGUA 5KPZA 2E8AA 1BA0A 1ATSA 2QM1A 4PL7A 3WUHA 4RTFD 3RSEA 2Q2RA 2P9PB 4BRMA 1S22A 3A5MC 5ELZA 3ZEUA 1NGFA 4MO4A 3VEXA 3DXKB 4BC2A 1IJJA 3ULEB 3I33A 3R8EA 2GEMA 3LM2A 2A40A 3W0LA 3HSCA 3F9MA 4B1ZA 2GWJA 2YHWA 3FFKB 1RFQA 3QICA 4QS7A 5AQYA 2GELA 2QXLA 3OHRA 4CZLA 3DAWA 5FPMA 3FLCO 1BDGA 2D1KA 3U9ZA 5KQ8A 3M1FA 3MN5A 3CJBA 3A5OC 3VEZA 1S3XA 3CERA 2FF6A 1NGBA 2HF3A 3TPQA 3M3ZA 2W40A 3BEXA 1E4GT 3VOVA 2BTFA 3CJ7A 4B9QA 3O1WA 2P9KA 3DJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJIA 1NJXA 4BGAA 4B8CA 3EKUA 1HKBA 4DKWA 4IZ9A 1HJOA 3P38A 4H0VB 5AQJA 1RILA 2RHKA 3UKRA 3O8MA 3EKSA 4DR6K 4K25A 2HBKA 4B9TA 3AO1A 2NRWA 2Q1NA 4BQLA 2P5GA 4HTLA 3VEWA 3WEEB 3M6GA 4JKHA 5GAHP 2UU9K 3EY1A 3K5MA 1YAGA 4IEEA 5CYQA 5KI6A 1BO5O 4CJUA 2I5JA 4BWMA 1L3VA 3MWTA 2VG6A 3JS6A 5C15A 4ELVA 3HRGA 3DLKA 4CD1A 2QK9A 2O8EB 3ZETA 3CCLN 3CC4N 1TYQB 3LDOA 3SUNA 4NCBA 4Z4GA 1QHAA 2PYLA 4JKBA 4NO7A 1S6PA 5F1XA 3VMFB 1RT1A 4IFEA 5CHIA 4E7JA 5FRNA 4JD2B 2W6LA 4XH1A 5BN9A 3QO9A 3LZJA 4MDBA 1BUPA 1TUYA 2P9IB 4BDYA 4R79A 2CH6A 2QWQA 4NXNK 2HHVA 1KVCA 2BGGA 1ILYA 2F4VK 2QWPA 4BRNA 4YNQA 4N56A 1VQPN 4BY9C 2HW3A 4CK3A 1BQMA 2FF3B 3R6MA 4JHDA 5AQRA 2YNFA 3CQ8A 3K5NA 4BVPA 3DYAA 1FJGK 4FW2A 2F9TA 4WQ5C 1EWRA 4E19A 3HK2A 1OH6A 4BR0A 4IWVA 2P9SA 1QQNA 4CEEA 1K6YA 1RTIA 4DQIA 3KLFA 4BDZA 1X3NA 3QNOA 1Z6RA 5DK5A 3U4LA 3O4WA 4CHZA 4E7IA 3ENBA 2QWMA 2IVOA 1C1BA 2VG5A 3D45A 2YV0X 3C7NB 3THYA 2Z1JA 4BE0A 4E3SA 4CGIA 1I39A 5GIPA 1RTJA 2E6MA 2DY4A 3U8XA 4O0IA 4GMJB 1DKGD 4B9VA 3FZHA 3F2KA 3OJUA 3A2FA 2O8BB 1NGGA 1NNEA 2WFBA 3RWUA 4I2PA 4IFVA 4NYNA 4CEBA 1OVQA 3CCJN 3QERA 1T8EA 3KLIA 3ZSVA 5LY3A 1C0GA 4FWLA 4JI2K 4JS5A 2OZMA 3SZ2A 4M42A 3O80A 3J80O 3IG1A 2W6KA 2PYJA 1SUQA 1TV6A 1LCUA 4FWSA 5LMNK 1FXXA 2Y1IA 4LD0A 4PWDA 3ZT2A 3DXKA 4N5SA 4DV0K 3IKMA 1Q81O 3K58A 4M3TA 2E20A 1KC8O 4FLVA 4C8OA 4JI4K 5AQVA 4YOTA 1T05A 4E0DA 5SWMA 4YORA 1A5XA 2NRZA 1W2BM 1KVAA 4MO5A 1XHXA 3LDLA 1W9HA 3OS1A 1LW2A 4AHSA 1M1KO 4IXCA 1Q9YA 3D0PA 1JL2A 2JGUA 3HTVA 4FVMA 3AVFA 2YHXA 3T1YK 1VRTA 3SLCA 2VQFK 3L6QA 5C12A 1MWMA 3D7EO 1TAQA 3F73A 1LWFA 1LOTB 3TWHA 2QKBA 2V7YA 3NAEA 3AVGA 3OBWA 3VGLA 3LL3A 4QS8A 5CZ1A 4IDHA 4FLYA 4EAHD 4LH5A 3MMVA 4KPYA 4C1NI 3SUQA 1X9SA 3SYZA 2ZQBA 3VQ8A 4A57A 4BRAA 1BG3A 1N5YA 3OYHA 2ZD1A 3T1HK 2P5OA 3BDPA 2O8EA 2ZGYA 4WFNL 1TYQA 3VA3A 4GW6A 4Y1CA 5TKYA 1KFDA 1RDBA 3OY9A 3V4IA 3HPGA 4BC3A 4CZGA 4LF6K 3NHGA 3Q7CA 2G8KA 1KXPA 3RR8A 4B3RK 3VQ5A 4CJVA 3V9WA 4F8RA 1QQMA 1S1XA 2QKKA 2IS3A 3L4QA 4FO0A 2P9IA 3SK3A 4BQZA 1WSEA 3I56N 3D2FB 1SQKA 5AR0A 4AHRA 3PIOL 3LP3A 1ATNA 5E84A 4J2AA 4LH4A 3VQ9A 4DF8A 3L2UA 4KBOA 3SCXA 4LF8K 5BREA 2CH5A 4GV6A 4Q0BA 4CK2A 3QBWA 4N41A 3VENA 1C1AA 2GUIA 4K8ZA 3AGRA 2ASMA 2HNZA 1S1TA 1VQ4N 3S3NA 2Q97A 1LAWA 3TSUA 5KTQA 3NH1A 3CC2N 2YHYA 3RR7A 3L8BA 1KAXA 1UOCA 3GL1A 2AP1A 5FPDA 3VQEA 1IKXA 3DI6A 3C94A 2OCEA 1BIZA 3AVAA 3DXMB 2QWOA 4I6MB 4QOZB 1LV5A 4JK8A 3V1QA 3E9OA 4EP4A 3PV8A 4O0JA 3PO4A 2HHTA 2X74A 4DV3K 3SQ1A 4CEAA 2ASPA 4J8FA 1X9WA 1HYZA 4CF9A 1BA1A 4DR7K 3A8YA 5J2PA 1NGJA 2O8BA 4OPJA 3A0IX 3QNNA 3KWGA 3OYAA 2Q31A 4DV4K 3MN7A 3V9ZA 2XY6A 3VESA 4DFJA 4JAXA 3M8SA 4KAZA 3MCAB 4F9OA 2GBZA 3LDNA 4DSKA 1NKEA 3RTVA 3GOIA 2Q0RA 3P83D 5CY4A 4B3SK 4DS4A 5AFUH 5AQXA 3PO5A 3V9UA 4KHYA 3QEPA 2X78A 3KLGA 4KB0A 1KFSA 1NKBA 3IUCA 1YTAA 4LF4K 3L3UA 4KI4A 2AJQA 1J6ZA 3HL8A 2A41A 4A59A 4BRPA 1X1PA 4CF1A 5BRDA 5I42A 1KLNA 1O1WA 3OVNA 4CZFA 5J2NA 2E5LK 3M8QA 3QFPA 3AVHA 4FJ5A 1J53A 3L2RA 1S72N 3UB5A 4A5BA 3N4QA 1P8ZA 3IAYA 3KD1E 3AVBA 4CHNA 1P90A 2RF2A 3U9DA 2HB5A 1NGHA 4BRLA 3EO3A 1RT6A 1V4TA 1A5VA 4C1NK 3UKUB 4FJ8A 4DR4K 3ULDA 3OW2M 2VGNA 4GVMA 4JN4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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