3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
4BDYA 1HQEA 2WONA 1CXUA 2QKKA 1RILA 3SJJA 2X78A 4O55A 3OYFA 1YTAA 3ALYA 1GOBA 3L2QA 1RT2A 4E7KA 2P5GA 3VQ7A 4NCBA 4DSJA 4ZHRA 3ISNC 1WSGA 1SUQA 3AVIA 4CF0A 3TR8A 3VQ9A 4CGGA 4CJRA 4OKKA 2KFNA 3ZCMA 3SQ1A 4I7FA 1LWCA 4F8RA 4LY7A 3LP3A 4DLGA 4AILC 3LPTA 3WNFA 3PO5A 1EP4A 4DQPA 1VSJA 3AVCA 5HLFA 3HYFA 1ZBLA 4BWMA 4CGJA 4JS4A 3P5JA 2G8FA 3VQDA 3IAYA 3SI6A 4DS4A 3TAGA 3EYZA 3NDKA 1S6QA 3RRGA 2RKIA 3MEDA 1JKHA 2W42A 4FW2A 2F8TA 3HSTB 4IG3A 2YKNA 1QS4A 2PZSA 3ZSXA 4LH5A 4E0DA 1RDCA 3OJUA 1JLGA 3KLFA 3HXMA 3OS1A 4M3UA 3AVGA 3T1AA 4DFKA 3KKSA 1FK9A 3M8QA 3JSMA 3ITHA 2BE2A 4AHSA 1B92A 3HPOA 4FLTA 4DU1A 1SL0A 3DLRA 1TL3A 3SUOA 1WSFA 4FLYA 4E7HA 4DTSA 3T3FA 2G8WA 1Y97A 3LANA 3ZSQA 3NE6A 3MEGA 4DS5A 4QCLA 5JS2A 1X9SA 1T03A 2IDOA 3O3GA 4CGIA 3WNGA 4KREA 2B6AA 1IKWA 1NK6A 1JLQA 1ZYQA 4O44A 1WNSA 1L5UA 3SNNA 2Z1HA 5J2NA 3OYIA 4CIEA 4FJXA 1HMVA 3CFRA 1JL2A 1BGXT 2KFZA 4KI6A 4HUFA 1U4BA 2PY5A 1QTMA 3BDPA 1B9DA 1UOCA 3OVNA 4H4MA 1ITGA 2YNFA 3ZT2A 4CGHA 4FZYA 3OYKA 4DWIA 1KSPA 4M3ZA 1LAWA 4CF8A 1JXBA 4RW4A 1JLEA 1RTIA 3P83D 2GUIA 3A2FA 4AHUA 2XO7A 1C0MA 3NGIA 1DTTA 1I39A 4O4GA 3M8RA 2VWKA 2HNDA 3VQQA 1U04A 3V6DA 1MU2A 4M3RA 1WLJA 4CERA 3K5LA 1J5OA 1NK7A 2ATQA 5HRPA 4FJ5A 1QSSA 1VSMA 3TWHA 1QSYA 4FJKA 3EZ5A 4CFAA 3AVAA 2E6LA 3HP6A 1NJXA 4CJ5A 1W0HA 3TAFA 1CXQA 3OYBA 1Z26A 4BDZA 3C6UA 3I8DA 3LDSA 3SZ2A 4BACA 3K2PA 5CY4A 4OPJA 3T19A 3OYAA 4CJKA 2XRIA 4O5BA 4BE0A 3AVJA 1S9EA 3VQCA 4CK3A 3V9UA 4J2BA 4W5OA 3F73A 2HB5A 4ELTA 4DSIA 1WN7A 2X6SA 1NKBA 3V1RA 1UA1A 3QINA 4B3OA 3L2WA 1TKXA 5DMRA 5I3UA 1LAVA 3DLKA 3OYMA 4CEFA 1S1VA 3QLHA 1NKEA 4FLUA 3HVRA 4FCYA 4OKJA 2YNIA 4KHQA 4HTUA 3KD5E 3D0PA 1IG9A 2ZE2A 4FJHA 5KGXA 3AVHA 4L8RB 1S1TA 4OPKA 4ZTJA 3KLHA 4FJGA 2DY4A 1REVA 1NK9A 2OPPA 1SKRA 4FJMA 3MXIA 1G15A 5KI6A 3KD1E 4CESA 4FLWA 2RPIA 4O0IA 4CJ4A 2ZD1A 4CCHA 3NH1A 3ZT3A 4ID1A 4Q5VA 3RTVA 2BGGA 2Z1JA 3LZJA 4PA1A 3ASMA 1N6QA 4DTXA 3AA2A 3KKRA 4PWDA 3WNHA 4CF9A 3JYTA 3VN5A 3PX6A 1RTDA 2O4IA 4CEEA 1RCHA 4DFPA 3NF8A 3PV8A 3PY8A 4M42A 3AA4A 1W9HA 2A1RA 1IO2A 3AO5A 1JLAA 5KRTA 1U47A 3EY1A 1SKWA 2HHUA 2EHGA 1RTHA 3CQ8A 4E7IA 3V1OA 4PY5A 4ELUA 5C25A 2JLEA 5CZ1A 4IKFA 4AHRA 4CJ3A 4IDKA 5CYQA 2GBZA 4LD0A 1C1CA 3RWUA 1RBTA 5CYMA 3HO1A 1FKPA 3LAKA 2ZQBA 4AHTA 2XHBA 2DFEA 4GW6A 4B9UA 1TAQA 4FZZA 2YKMA 5C24A 1WAJA 3KIOA 3MXJA 3G0ZA 3VQPA 5I42A 2G8UA 1BIZA 4AHVA 4CJTA 4KTWA 4KB1A 1QSLA 4C8OA 1Z25A 2EX3A 3K58A 1S5JA 1BHLA 2LSNA 4KHNA 3PUFA 1TKTA 4KKOA 4F3TA 3M8SA 4HUGA 4DQIA 4Z4FA 2HVIA 1HQUA 3SQ0A 3DYAA 4Z0UA 3V1QA 4CHOA 2BDPA 3L2UA 2DFHA 1WAFA 2YHAA 1ASUA 3HPHA 5EU7A 4KHSA 1UAXA 1C0TA 1U45A 4Y1DA 1BL3A 4FK0A 4K8XA 3S3OA 1ASVA 3QEXA 4KTQA 3OYDA 3HPGA 3NF7A 3TAQA 3DLEA 4CJSA 4DFJA 1RT5A 1HNVA 3QO9A 3KK2A 4NYNA 4FM2A 1L3UA 1VK0A 4M3WA 1BIUA 4Z4GA 4CJWA 3OY9A 2X74A 3QIOA 4E1NA 3V4IA 2AJQA 3L2RA 1C0UA 1D5AA 4N5SA 1F21A 3CM6A 3C94A 4KRFA 3KLGA 1VSFA 5J1EA 3TAPA 1HYZA 1LW0A 4DTOA 2OA8A 4CEZA 2KW4A 4DQRA 4Z4CA 1Q9XA 3E01A 4CHNA 4C8LA 4KB0A 4WE1A 4B08A 4CF2A 1JL1A 3NFAA 4JRQA 1HYSA 4KHUA 3TANA 4FJLA 1KVBA 2B4JA 3DRSA 4HUEA 3ZSOA 3O3FA 1CLQA 3RR8A 1GOCA 3U6FA 2OPSA 3L2VA 4FM0A 3SPZA 4FW1A 3V81A 4M45A 1CZ9A 1SL2A 4J2AA 3TAEA 3V9WA 3AVBA 4RG8A 2HNYA 4LSLA 1KVCA 4B8CA 3ZSVA 4CJLA 1ZBUA 1S1XA 4CK2A 3CFPA 3OYCA 4KPYA 4M3TA 4IFVA 1VSDA 1TV6A 3IS9A 1RBVA 4KI4A 1GOAA 4OGCA 5HRRA 4FLZA 1RBUA 4R5PA 4DU3A 1DTQA 2ITGA 1RDDA 2BANA 3KLIA 4H8KA 4NCGA 4F2SA 4CE9A 4UQGA 1HRHA 1BISA 4I2PA 4C8MA 4GMJB 1D8YA 4K8ZA 3VA3A 4M3YA 4J2EA 1CZBA 1JXEA 4Z4HA 1XHXA 3OS2A 2DFFA 2KQ2A 3NH2A 3QEWA 3SUQA 4CHPA 5HROA 4F2RA 2XY5A 3CM5A 4FJNA 4FK4A 1KTQA 2HHSA 4GVMA 1C1BA 4KV8A 4W5QA 1EX4A 4QAGA 3H08A 1RT6A 4BE1A 1RBRA 4DF4A 1TK8A 2D0AA 1L3SA 3WNEA 2G8VA 1RBSA 1KLMA 3QEVA 4FJJA 2HW3A 4W5NA 1JLCA 3NF9A 1S6PA 2P5OA 2VG6A 1NJWA 2YNGA 4F3OA 3LWMA 1IKVA 3RMAA 3KJVA 3LP0A 3O4NA 4DTPA 1BQMA 3QESA 3CFOA 1WSHA 1RDBA 3LP2A 4B9TA 1ZBIA 3K5MA 4ZTFA 1BCOA 1ZBHA 2YNHA 1XC9A 2X6NA 2IC3A 1JLFA 4FK2A 1EXQA 3QIPA 3U3GA 4E7LA 3THVA 3RMCA 3SQ2A 2QKBA 4YFUA 2FC0A 5FRMA 4J2DA 4E7JA 4MQ3A 3VQ8A 1XHZA 3SPYA 3B6OA 4CF1A 4DTRA 5J2QA 4CFCA 3S3MA 1Q9YA 1RT7A 3L3VA 3LPUA 5J2MA 3NBPA 1JLBA 1YVUA 1X9MA 4CHQA 3AV9A 1TKDA 2R7YA 5T7BA 4N76A 4G1QA 1RDAA 2IGIA 4DTJA 1C6VA 4E19A 3DI6A 1KRPA 3D45A 1UWBA 4CGDA 4CEBA 4C8NA 1EKEA 4NCAA 3AO1A 3M8PA 1XWLA 3NGZA 4TSXA 4DSLA 4DSEA 3VQ6A 2OPRA 1RT4A 4OGEA 2Q3SA 3KK3A 4DF8A 1KFSA 4KAZA 2D0CA 3CYMA 1B9FA 3QNOA 4KHWA 2F8SA 2VG7A 3AVNA 4W5RA 3V9ZA 1NK8A 1HJRA 2DTUA 3C6TA 3SUNA 2XY8A 4CJUA 4DQQA 2A1SA 2QXFA 4BWJA 3OYLA 4KTZA 3P1GA 1VSEA 4ELVA 3NCIA 4CEOA 1S9GA 3ZT0A 1T8EA 4CEQA 2VWJA 2P1JA 3MEEA 5KGWA 4FJ7A 3HK2A 1TVRA 2I5JA 3NF6A 3BGRA 3LALA 1NJYA 4HHTA 2E6MA 3LWLA 1FXXA 3ZT1A 1RNHA 3K5OA 3C95A 4CJFA 1IKXA 3I0SA 1KFDA 3ZSYA 5E41A 3K57A 3VQ5A 1I3AA 4CJEA 3LZIA 2JGUA 4DTUA 1C1AA 4OKEA 3SUPA 3UIQA 4N41A 3HJFA 1D9FA 3OYNA 4CHZA 1SL1A 4C8KA 1BCMA 3AVKA 4DG1A 4H4OA 3TABA 2OYQA 3O4QA 4CGFA 4RW8A 4FJ8A 5FRNA 4F4KA 1NKCA 3OYHA 4HCBA 1S1WA 3TARA 2RF2A 1U48A 4AHCA 2FBTA 1T05A 3DM2A 4QOZB 5FROA 2HNZA 2FBYA 3AO4A 3G10A 4KFBA 2OPQA 3VA0A 3MXMA 1U49A 4M3XA 2ETJA 1Q8IA 1LWFA 2YHBA 4HCCA 4OLAA 4EZ9A 5JS1A 4B8AB 4IG0A 3L8BA 3HM9A 1R0AA 2RN2A 4B9NA 4I9LA 4FYDA 1VRTA 1ZBFA 2KTQA 2HHVA 1A5XA 1J53A 3L3UA 4FLVA 3V9SA 2Y1JA 3PX0A 5HP1A 3HL8A 3KK1A 4DFMA 4EP4A 3F9KA 3DRRA 4EP5A 3NH0A 1RT3A 1FKOA 1A5VA 4IFYA 3MAQA 1VSHA 4PUOA 2FBVA 3NAEA 1S1UA 1J9AA 1BQNA 2P51A 2KZMA 5KRSA 2D5RA 2PYLA 4AH9A 3QEPA 1D9DA 3QETA 4FVMA 4RW9A 3KLEA 4JLHA 1NK5A 2IS3A 3HT3A 3SCXA 5K14A 1O1WA 2QK9A 4Y1CA 4FLXA 4DMNA 4BDPA 4DU4A 2XY6A 1N5YA 4XIUA 4N56A 4FZXC 2IOCA 2VG5A 5HBMA 3QNNA 3AA3A 4I9QA 2Z1IA 3VQ4A 4ICLA 1QHTA 3NGYA 1QQCA 2IAJA 1T7PA 3K5NA 1YTUA 1RTJA 1BI4B 2O4GA 5FDLA 1NJZA 5D3GA 1TL1A 2Z1GA 3LAMA 4FXDA 4LSNA 3VQBA 2Y1IA 3OYGA 1L3VA 3SYZA 2HHQA 1XI1A 1L3TA 2HMIA 3SQ4A 4PQUA 1UA0A 3ZSZA 3RMBA 3PO4A 1BI4A 4CEDA 4DSFA 3AA5X 3LP1A 1KLNA 3DLHA 1IKYA 4O0JA 3SV4A 4IBNA 2HHXA 1RT1A 4M41A 3B6PA 3DMJA 3AVFA 3IRXA 4LH4A 3OJSA 4CHYA 2YV0X 1TKZA 4OVLA 5SZTA 3SV3A 3DLGA 3PX4A 1IH7A 4FJIA 4Q0BA 2HHTA 3CG7A 1X9WA 3K59A 1VRUA 1K6YA 2WOMA 1VSLA 3RMDA 1NK4A 1KCFA 4FM1A 2PYJA 4B9VA 3U3YA 4KHYA 3MECA 1QE1A 4CIGA 3AVLA 3S9HA 1TK5A 4CFBA 4OJRA 2G8HA 2NUBA 3AVMA 2HVHA 2B5JA 2OZSA 3RR7A 4Z4EA 4B9SA 3TAMA 4RW7A 4CJQA 1NK0A 2G8KA 3RRHA 1YT3A 4CECA 5CZ2A 4MFBA 1ASWA 1LW2A 3S3NA 4FJ9A 4KO0A 1DLOA 4B9MA 4CFDA 4JS5A 1LWEA 4HVJA 5SWMA 1TGOA 4DLEA 4CJVA 3ZSWA 4DTMA 1TAUA 5J2PA 3DOKA 1VSKA 1WSEA 5HRSA 1LV5A 4BE2A 5DK5A 1NOYA 1TK0A 1A5WA 3IG1A 3DOLA 1NOZA 1WSJA 3VQAA 3ZSRA 4DSKA 3DRPA 4CK1A 2E4LA 3VQEA 4CJPA 4E3SA 5C42A 3AO3A 4RW6A 4DQSA 3FFIA 1HPZA 2F96A 3OYJA 3HP9A 3HVTA 1VSIA 4N47A 4JRPA 3QEIA 4CEAA 1EETA 3DLBA 3I0RA 4I2QA 4E89A 3O3HA 3ULDA 3KTQA 3TI0A 4EZ6A 1WSIA 1X1PA 1HYVA 2XY7A 4W5TA 4E1MA 1KVAA 4OLBA 4ID5A 2HHWA 3QERA 2G8IA 2D0BA 2OZMA 1HNIA 5HRNA 3V9XA 1SKSA 4YNQA 3NHGA 2GV9A 4Z4IA 3OYEA 2FBXA 3OS0A 4CIFA 4NYFA 3ZT4A 2KZZA 4DTNA 4B9LA 1SV5A 5KTQA 1J54A 3AO2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BDYA 2X78A 4M7XA 4O55A 2E5LK 1BA0A 1YTAA 3ALYA 1RT2A 4LC9B 4IEIA 1QHAA 4E7KA 2P5GA 5AQYA 3WT0A 3AVIA 4CJRA 2P9UA 1HNXK 3SQ1A 1YHQN 4LY7A 4YORA 5CHIA 5BPLA 2CGJA 1X3MA 3H45C 4BWMA 3P5JA 3VQDA 3IAYA 1XQSC 3MN6A 2QWPA 4Z94A 1S6QA 2RKIA 5KQ8A 1KAZA 4E0DA 3MK6A 3RSEA 3OS1A 3T1AA 3GOIA 5AQIA 3KKSA 3JSMA 3D2EA 1NGIA 1WSFA 1D4XA 4DS5A 3MEGA 1MWMA 5JS2A 3VF6A 1T03A 2IDOA 1C0FA 5F1XA 4CGIA 5F2RA 2QWOA 1R59O 1JLQA 1ZYQA 4O44A 1BWFO 4YY3K 1NGCA 1L5UA 4J8FA 4PL7A 1OKJA 4IOAL 1T44A 3CPWM 1JL2A 1BGXT 4KI6A 4HUFA 3LL3A 5C10A 1T6DA 1B9DA 3OVNA 5AQWA 2YNFA 3OYKA 4CF8A 1JXBA 1J6ZA 4JK8A 2UUAK 4GV9A 4YOXA 3VENA 5BN9A 3M8RA 2VWKA 3M6GA 5FPDA 1U04A 2QI2A 2V51B 2WUSA 1WLJA 2V7ZA 3CMAN 2YI1A 4FJKA 1Q82O 3AVAA 2ASMA 4BRNA 2YJFA 2NRTA 3VEVA 4BDZA 1VAZA 3I8DA 3LDSA 3K2PA 2HF4A 4RCHA 5CY4A 4BRFA 3OYAA 3BF3A 4O5BA 4BE0A 4CK3A 3V9UA 4W5OA 1WN7A 3L2WA 1TKXA 5I3UA 3DLKA 3OYMA 1S1VA 1NKEA 3D0PA 1IG9A 2ZE2A 4FJHA 5KGXA 3AVHA 4A5AA 4ISEA 4OPKA 2E20A 3OBYA 4FJGA 2P9SB 1REVA 4CD3A 1VQKN 1G15A 3MCPA 1HJOA 2FXUA 5BPMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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