3QK6A

Crystal structure of escherichia coli phnd
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
308
structure length
304
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSSVSKAVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli uti89
total genus 103
structure length 304
sequence length 308
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3qk6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A02
3FIRA 1MRPA 4X48A 1ZIUA 5L9MA 4NEDA 4Z7EA 3PUZE 2E1SA 4YKKA 4GXAA 4MFIA 2B3BA 3PUXE 4KHZE 1SD3A 2QMXA 4G77A 3AXFA 5DT6A 3IJXB 3TYHA 4NWCA 1QUKA 4BDQA 4L0RA 4ND9A 4F3GA 3PD8A 1M5CA 3TTNA 4U2RA 1LLSA 1MY0A 1UQWA 4JB7A 3VLVA 3K6VA 1LSTA 1Y3NA 3H3GA 4GL8A 3G3KA 1Y4TA 3O97A 3O6HA 3GLBA 1Y3QA 4ZZAA 1B7HA 1N04A 1JEVA 4YKIA 3TELA 2DWIA 4GF8A 1EZPA 3BKIB 1A99A 2Y7WA 3B7DA 5CRYA 4TQUQ 2QSXA 3FASA 3FVOA 1A8EA 4H0WA 1SVXB 2Y7KA 1FQCA 5CC2A 4I8CA 2DXYA 3A3CA 3C31A 2F7BA 3FVGA 4POWA 3T93B 3G3FA 1IXIA 5HM4B 3IOWA 2UXAA 3GXAA 4PETA 2IEEA 3IAZA 4IO5A 1IEJA 2QRYA 3UGWA 3USDA 1P1QA 2V3TA 4I62A 3LR1A 3EHTA 3PPNA 1MH4A 1B3LA 3E13X 2ONRA 1JVYA 2Z8FA 2O6AA 3PU5A 1A55A 2V93A 3ODBA 3SEXA 1USYH 4JXIA 2XXVA 3V8XB 4JSOA 3W9VA 1LAFE 3V5AA 3N6UA 2OWSA 3PPOA 1UIVA 4GFRA 5ELVA 2ALUA 3CIJA 3ONMA 4MF3A 3FATA 3MVWA 4G68A 5FTHA 2Q2AA 2O7IA 4F39A 3MAMA 1T0KA 3W15C 4R6KA 2Y7PA 5AA1A 1IIWA 2X7PA 3ZKKA 1H45A 4TOZA 2G29A 5EHMA 2DVCA 3ECRA 5I58A 4NF5B 4C1UA 3PMVA 2H98A 2VD3A 1PB7A 2WKYA 3EF7A 2DXRA 3T9HB 2I58A 4GRKA 4OENA 3H6VA 4OZ9A 2UYFA 3EHSA 1FTMA 2F5XA 4R2BA 5CMKA 3QXMA 3C36A 3HHGA 4P0IA 2VP1A 3KGCA 2FYIA 4EXKA 1BLFA 2Z23A 2OK2A 4U4XA 1DSNA 3KSXA 4NTLA 1POTA 3HO7A 2NOOA 1FTOA 1ZU0A 3PUYE 4E0XA 1B2HA 4KPTA 5TPAA 3HHFA 1R9LA 4DIGA 2F8DA 2Q89A 3KG2A 3M3LA 2BJJX 2PT1A 3TKDA 3GZGA 4IY5A 4OEVA 2QJEA 1ANFA 3U72A 1B52A 3G3IA 4R75A 3RTWB 1NH8A 3MQ9A 2H4IA 5I2KA 1O64A 1B5IA 4NWDA 3OMBA 3JZJA 1XHYA 2XX7A 1A8FA 3S9MC 1D3KA 2X9YA 1VFEA 2G93A 3QSLA 1VE4A 3IB2A 4IO2A 3N5LA 1USYE 3CSGA 2AL4A 1NMUA 4GLIA 2ANJA 1GV8A 5A5XA 3RUMA 2DVZA 1Y9UA 5IAIA 1MXYA 1D4NA 1DMBA 2C5IT 1IQ7A 1GR2A 3KJTA 1M5BA 4I1DA 2HFBA 2QS2A 3DLNA 1B1XA 4WEPA 1QULA 3B6TA 2F78A 2PVUA 4RPNA 1SW4A 3BFUA 1MY3A 4G4PA 5L9SA 3N6TA 5I56B 3Q25A 1Y1MA 1L5TA 2RC7A 1B6HA 1QVSA 4U21A 2XX9A 1QSDA 2XXXA 3THIA 2R6GE 2F34A 3S9NC 5J1DA 1B1HA 2XTLA 1YAEA 1AL3A 4XTCQ 3O2AA 1JETA 1IITA 3KJ7A 3M3FA 3LSXA 3TTMA 1FQBA 2NXOA 1MQIA 3U94A 3KZGA 1SW5A 4R73A 1MY1A 2VOZA 1PDAA 3KFMA 2O1LA 4ESXA 4N13A 5B7DA 1B5JA 1VR5A 4HTGA 1B4HA 3V89B 1EU8A 4BDRA 3K2DA 2K48A 3QUJA 1QUJA 5BWJA 3CFXA 4NF6B 5H8FB 2F36A 3TUSA 3RPWA 2V3UA 2QS4A 4RPOA 2XHDA 3U93A 2OJTA 1US5A 4IGRA 3PMXA 4O3BA 2PT2A 1N7XA 1LB9A 1RYOA 1I6QA 2F7CA 4ZEDA 1Z0PA 3IOUA 1FTJA 3BFTA 1ZBMA 1H7CA 3L6HA 4F2QA 4XKQA 4MBPA 3LSLA 3PPPA 4FECA 4DZ1A 3IB0A 4MLVA 1ZJLA 2Z22A 4G8HA 3K6UA 2C5JA 2DE3A 3VVDA 1SYHA 3PUWE 2KWHA 4TLMB 2GHBA 2QS1A 3IK6B 4MH5A 1ZMGA 3OSQA 1NNKA 1WDNA 1MQDA 3TDJA 4IO7A 1HSJA 1JW5A 3IX1A 3FZVA 3EQ1A 2PMSA 4Q30B 1WVJA 2RC9A 3K1MA 3MPKA 3HPIA 3K1PA 3K0VA 2QPQA 1Z7NE 2HAUA 5M2VA 4NF8A 1MQJA 2B65A 2M8CA 4Q0CA 1IUDA 3MPLA 4ZEFA 2O1MA 2IC6A 1I6BA 2UVGA 3T9XB 5IKBA 1URDA 2D5WA 3T9VA 4EF2A 5ICQA 3HSTA 2RCBA 4DCXA 1R1NA 1POY1 2GRVA 4ESWA 3MVZA 4FIMA 3MZBA 2F6GA 4DE8A 3TEPA 1JW4A 4RJZA 4Q5TA 1SDXA 3TQLA 4JWXA 2XXRA 2DWJA 3FJ7A 3W9WA 2XXPA 1SI0A 2XXTA 3FXUA 3R6UA 4GIZA 1B7ZA 4NF4A 1KWHA 3L6GA 3A09A 5AA2B 1NH7A 3TQWA 3QK6A 1SQYA 1US4A 4HCWA 2UVJA 1II5A 4DDDA 3QUFA 4QSDA 1MPBA 2H25A 4PFTA 1UTHB 4M1VA 3UA8A 3VVEA 3KBRA 4R9GA 3PV0E 1MM7A 4H8JA 4WKMA 4DXUA 1YCJA 3CVRA 3I5OA 3RTFB 5CI5A 3TTKA 1Y1ZA 1IJ6A 2ABHA 3S9LC 2Y7IA 4TLLB 3SESA 3PD9A 3LC8A 2H9BA 4LZ8A 1B4ZA 1MDQA 4N07A 1TT1A 4OFOA 5K2YA 5I56A 3OEKA 1WODA 2HQ0A 1NKXA 3WAEA 2O51A 1FQFA 4F18A 1UTBB 1LFIA 5JEIA 3IO4A 1LBBA 1ZLQA 3O66A 3Q27A 4FATA 4DCYA 2PYYA 1HSLA 1NFTA 4H6DA 5KCJB 2E0SA 1IZ1A 1VFDA 3MXZA 3MVXA 4JWYA 4EF1A 2ESNA 4ZZEA 2ZNTA 5AA4A 4PFYA 4QFKA 1OVTA 1D9YA 2GHAA 2O84X 5KDTB 4YMBA 4G8MA 4EQ7A 2GH9A 4EQBA 2A5TB 2QL3A 4GVOA 3SERA 4LZ5A 4Q8RA 4PQJA 3TCGA 1OVBA 4U23A 5AE4A 3VFJA 3MZ9A 5EHSA 1GTKA 4MLQA 3VDFA 3SKPA 2ZMBA 2KWIB 4ZS9A 3U8QA 1JW1A 3UP9A 2QMWA 1B46A 4NF6A 1O7TA 5H8FA 4EDPA 1MXWA 2XX8A 3K02A 4KCCA 2GFEA 4H8IA 1NNFA 2F6PA 4H65A 2PX1A 4JBZA 3PMWA 3IJOB 2CMOA 3VLUA 1JVXA 2DSFA 1HSEA 4GQOA 2R71A 4K3FA 2I4CA 4ELOA 3TODA 1N0TA 3F11A 1PB9A 5F7VA 1SW2A 1H3DA 1XT8A 3D4CA 1MH3A 5H8QB 1MQGA 2MBGA 2RINA 1BIYA 4QFOA 2HXWA 3TZAA 3H6UA 3RNNA 4ISUA 4OESA 2AL5A 3VXBA 5I59B 2CA5A 2F35A 3OO6A 4GWOA 2P0SA 3Q28A 4XXUA 3A3UA 1DTZA 1OLAA 1N84A 3UIFA 3TFLA 1D9VA 4IO3A 4ZE8A 1MPCA 1CB6A 4AB5A 4F29A 4ELQA 4U4SA 3KEIA 1SBPA 2V3QA 4OHNA 5H8NB 5HBCA 3TKLB 1VSOA 4XKRA 3TMGA 4AQ4A 4EXLA 3CVGA 4DXCA 4YU0A 1Q1KA 1DTGA 5AA3A 3DP8A 4ELRA 4LATA 3SEVA 3JYRA 2KLFA 3P7IA 3T66A 3FVNA 1DPPA 1XVXA 2I3WA 3EN3A 5L8DA 3MC2A 1N3WA 3IR1A 2X9WA 1YPNA 4YZZA 2OLBA 1F9BA 3FVKA 4R74A 3N94A 2B3FA 1LGBC 1H76A 3OEMA 3N26A 3FXQA 5CMBA 4OQOA 3T9UA 3GBAA 3S4UA 3DP4A 3O6GA 2H99A 1A40A 2ZYMA 4RA1A 4F1VA 2I4BA 1IXGA 2REJA 3U1OA 3G3GA 4U1OA 5DVFA 1H43A 1O63A 4KFQA 2XXIA 3R26A 4FJPA 1ELJA 3ILUB 5L9OA 4QFLA 2IA4A 3O9PA 3ILTB 2W7YA 2P1SA 1BTJA 2DS9A 3CSBA 1URGA 1NNPA 5K2XA 3TCHA 1IXCA 3K00A 1LB8A 3T22A 1BP5A 1PBQA 4F3BA 5B70A 2PBWA 2Z8DA 4R6HA 4F1YA 3O28A 4PE5B 1B32A 1NNTA 3KOSA 1URSA 2ZYKA 2DWAA 4G68B 1UTBA 4QFNA 2RC8A 2VGQA 5JK4A 5FHNA 3D4GA 4JDFA 4U22A 4BDMA 4FEDA 1OMPA 5KCJA 2THIA 3OO9A 1MXXA 3KN3A 3OELA 1J1NA 2REGA 2YLNA 3VXCA 3CG3A 3KOTA 3SEUA 3JV9A 5I58B 4OTEA 5LOMA 1AIVA 2XXHA 4OMBA 3VVFA 1IJ5A 3E4RA 1P1OA 2XXQA 2A5TA 3KN7A 4XKPA 1QKAA 3OD7A 3FJMA 3K6WA 2O69A 2UYEA 5FTIA 3FXEB 4F1UA 1LRZA 1FQEA 4YKJA 2V25A 2O7UA 3H7MA 3QYTA 3UORA 5CMMA 1MXZA 2O68A 1UIUA 5CMCA 3MZ1A 4RK2A 4YICA 4C0RA 4PFUA 3T96B 3FV1A 3FJGA 3G3JA 3H6TA 2XD3A 4NF5A 4CQIA 3RN8A 5TPAB 1RKMA 4H5GA 2ZXTA 1GVCA 5H8HB 3I3VA 3G7WA 3O29A 1OQGA 3TTRA 1B3GA 4EQ9A 3E3KA 3UN6A 4QSEA 3RGYA 1SI1A 1XVYA 3QAXA 3IL1B 5H8SA 3RT8A 4P0GA 4N6PA 2OWTA 2D21A 4XKNA 4LA9A 5CM6A 2F7AA 3FXDB 1Y20A 5I59A 1AMFA 3SEYA 3CFZA 5DVJA 1P1UA 4R2FA 4KR5A 1MXUA 5CBSA 4F2OA 4X1DA 2ZYOA 4Z0IA 3HV1A 1MG1A 2ZNSA 2HZLA 4WEDA 3S2VA 5I57B 2QS3A 2ZNUA 2I3VA 5H8NA 4EUOA 3HCQA 1QUIA 4ZEKA 4GXSB 1ZKBA 3H6WA 5CBRA 1FQAA 1JEUA 3C9HA 3FUZA 4FI5A 4G8NA 1QW0A 2VHAA 3RY3A 1OLCA 1B5HA 5DEXB 2DE2A 1PBPA 1FTLA 4RXLA 3FD3A 1LCFA 4LUBA 5EYFA 1MDP1 3UK4A 1FW0A 1M5FA 3ZS6A 1B0HA 1A7LA 1B0LA 3U92A 2XXYA 1XS5A 4YKPA 2H5YA 5TP9B 4DNDA 3SEWA 4ECFA 4KQPA 4JSDA 1LAGE 2HAVA 1EZ9A 1QJMA 2HEUA 4LQ5A 3S9EA 3MBPA 1RYXA 1TFAA 4RY1A 3K4UA 3MP6A 2ONSA 3H03A 5I2NB 4LP2B 1PEBA 3LSFB 3OO8A 3CFLA 3OXNA 4YAHX 4ELPA 5F1QA 2D3IA 3K1NA 4I9DA 1BKAA 2YPNA 3M8UA 1S9TA 5ISUA 1P1WA 4JWOA 4F3SA 3IB1A 5FHOA 1S50A 1LAXA 1CE2A 1XC1A 1EZOA 2ONKE 1B51A 3H06B 1B7UA 4M4GA 5TU0A 4F3PA 2AYSA 3MWBA 4B6XA 1M5DA 3G3HA 4FE8A 3CKDA 1LVFA 1Z7ME 3WAFA 1TFDA 2G0UA 3OSRA 4OVJA 3VLWA 1H44A 1B3EA 5I84A 4F22A 2A5SA 2DWHA 3PPRA 3EHUA 3O6IA 4BDOA 3MP8A 1B40A 1IXHA 2X7QA 4IO6A 3RLFE 1MY4A 4GD5A 4GL0A 2OBGA 2Y84A 2P2AA 4QF9A 4KCDA 3C33A 3CRBA 1JQFA 1MPDA 4NF8B 3HN0A 2UVHA 4RNSA 2UVIA 3KSJA 5JTYB 2AIXA 3VE1B 2XXUA 3LUYA 1EH3A 3H4ZA 4IY6A 1DPEA 4NMYA 4R6YA 2I0CA 5DYHA 3RQTA 2Z8EA 4OYVA 2R9JA 3IORA 4U1ZA 1LFHA 1MY2A 4BDLA 4KYDA 4HCYA 3C4MA 4O3AA 4WXJA 5H8HA 4FORA 4BDNA 1YTVA 2I48A 3MW0A 3MUQA 4XIGQ 3IOVA 4QHQA 3PUVE 1R9QA 3CR9A 1AH5A 1MXVA 3V83A 5FHMA 4NF4B 3OOAA 4POXA 2X9XA 4OEUA 2NVUB 3C32A 3C34A 4C1TA 1S7YA 4FAJA 4LVQA 1OQHA 1LAHE 1B3FA 3MVYA 3IOTA 4PFWA 1DOTA 4FEBA 4QFPA 3E9XA 2FNCA 2HCAA 4IO4A 5HPQA 2FA7A 3QIMA 5ITPA 1B3HA 4YB5A 1MQHA 3Q26A 3TTLA 4P11A 3EPEA 1M5EA 2DE4A 2DYXA 3C35A 3VV5A 4ZEIA 3B6WA 4OFJA 5AA2A 5I57A 2RCAA 3ZKLA 3FV2A 2C5KT 2VD2A 1OIBA 4OETA 3GBBA 4X9TA 4L17A 1I69A 4ZDMA 4QRZA 2I49A 3M3KA 1UTHA 2Q9TA 3TAJA 4DXBA 3PPQA 4EYYR 2I6EA 4YMAA 4DLDA 1JNFA 3K01A 4X1BA 1FQDA 5DEXA 1MS7A 3SETA 4ONYA 3CG1A 1B58A 4QSCA 2IC9A 2V84A 1Y3PA 4OFLA 3MJNA 5AA2D 4NE4A 3MP1A 3CI8A 1P1NA 2NWJA 1XOCA 5AA4B 4G68C 3OENA 3BBRA 2OCUA 2YJPA 1SW1A 3LBSA 3DELB 4IGTA 2X26A 1B9JA 4GOTA 5TP9A 2Y7RA 2Q8JA 4THIA 3OO7A 3DM0A 4R9FA 1Q35A 2DP8A 4KD5A 4RYAA 4E0WA 2HZKA 3TPAA 5I2NA 2DQVA 3SDFA 4G2ZA 1N76A 1MM6A 1ZTYA 1GGGA 1A54A 4PP0A 4OWDA 1LCTA 4OXVA 3Q29A 3I6VA 4O3CA 4YB7A 2OZZA 5KDTA 3PGFA 1P99A 4H5FA 2RKMA 3FXRA 5DTBA 3ZSFA 2Q2CA 2NUVA 4ZE9A 4ZECA 1Y4CA 1B05A 2F97A 4RK9A 1NL5A 1N3XA 3TCFA 4LQ2A 3DP6A 1N7WA 1QKBA 4KYEA 3B6QA 4F19A 1FTKA 1TWYA 4LZ7A 2ZYNA 5KZTA 2RF1A 4HS7A 4KYSA 3KN8A 4H67A 1FCKA 3IO6A 4J2CA 4BLAA 2LAOA 1LFGA 4UA8A 1ZKEA 2Q88A 3L3PA 3K6XA 2CZLA 5DVIA 2XXWA 4LONB 3RT6B 3FGSA 4ZEBA 5I2KB 1ATGA 5H8QA 2DOJA 4H1XA 4F31B 3LSWA 1PC3A 2I0BA 5ITOA 4R72A 5JTYA 2XD2A 4HW8A 3R7XA 1SYIA 4UACA 1AOVA 5BUUA 1I6AA 1R6ZA 1LBCA 4OERA 4YB6A 5ICTA 4IB2A 1TXFA 1PB8A 4KI0E 4AB6A 5A5XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CI1B 3FIRA 2W66A 5FL0A 1MRPA 3VHLA 4X48A 1ZIUA 5L9MA 4NEDA 4Z7EA 1KF6A 2VL0A 3PUZE 3MJXA 5LBMA 2E1SA 4BAYB 2M67A 4O94A 4CZZB 2XXKA 4GXAA 4YKKA 4MFIA 2B3BA 4N78D 4DBQA 2CLYC 4XAXB 5BR8T 2Q9QB 3AAEB 2F3BA 3PUXE 5LHIB 4AKLA 2LJLA 5CFBA 1DK4A 3JAEA 4KHZE 3CK6A 1SD3A 2CPTA 3CX8B 2QMXA 4OYJA 1FSAA 4G77A 4AS5A 3HA4A 3ZC0A 3AXFA 5DT6A 2CZKA 3IJXB 3TYHA 3KVAA 4FJOA 4HE0A 4NWCA 2Y48B 1QUKA 4BDQA 2QA7A 5HXRA 4GK0E 4L0RA 4I3YA 4ND9A 1DBZA 3PD8A 4F3GA 2V5CA 4MEVA 1M5CA 5FMNA 3P4QA 3TTNA 4U2RA 1LLSA 4HFHA 4P3LA 4C91A 1MY0A 2BBHA 4TV9E 3SFEA 4PE3A 3PUGA 1UQWA 4JB7A 2QFLA 3ZN0B 2OLTA 3VLVA 3K6VA 1LSTA 1Y3NA 3H3GA 3KC1A 3PTRB 4GL8A 1ZOYA 3EDUA 5EQ9A 3G3KA 1Y4TA 2XSAA 4NAPA 4PJNA 3O97A 5ADXL 3O6HA 1XMOT 1Y3QA 5LMNT 3GLBA 4ZZAA 3EI0A 1B7HA 1N04A 3U78A 1JEVA 4HGAA 5AQFB 4YKIA 4UF0B 2DWIA 4GF8A 3TELA 1EZPA 2BBJA 3BQKA 3BKIB 3LK42 1A99A 3MZKB 4U31A 2UUCT 2Y7WA 3B7DA 5CRYA 2XWOA 4TQUQ 1SE7A 3SFDA 1U5PA 3RRCA 2NW8A 4JI0T 2QSXA 2WDQA 4PK6A 5JDNA 4XBFB 3FASA 2CHOA 3FVOA 4XEQA 1A8EA 3EVYA 4H0WA 3NWIA 1SVXB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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