3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone/protein transport
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
2E1ZA 3QFUA 2NZTA 4A61A 4BROA 1RGIA 2ZGZA 3VEYA 2IVNA 4CZMA 3TU5A 3VF6A 5AQPA 3WEEA 4M7YA 3SMPA 2NLXA 2ASMA 1ATNA 4IO8A 3CIPA 3CI5A 3ZX3A 1QQOA 5JMVA 3EL2A 2P9UA 1NBWA 4MO5A 3ATVA 1ESVA 3AY9A 1HUXA 2I7PA 1H1VA 3R6MA 4YDUA 3O5BA 4MO4A 3VGLA 1YXQA 3H6EA 3ZX2A 5AQNA 4JD2B 4BRFA 3SMSA 1ATRA 4L3QA 3ULEA 1X3NA 3C7NA 4AM6A 1J6ZA 2UYTA 4BRMA 4BQLA 3H1VX 5AQJA 3WXKA 3CJBA 2QXLA 2IIRA 4DQ8A 2W40A 2BTFA 3QBWA 3D2EB 4ISEA 4CI6A 3U9DA 3MN5A 4H0OA 4BG9A 1YVNA 3ATUA 1NGCA 3O6WA 2P9KB 3UE5A 2P9LB 3FR0A 3O1BA 1SAZA 3FLCO 5LJWA 3O08A 1K8KA 1IJJA 3HM8A 3BEXA 3I8BA 1NGJA 4BRLA 2A42A 2CH5A 4BR9A 5LY3A 3VEVA 4H5NA 1NGDA 4B9QA 4B1VA 2QW9A 4C23A 4O5FA 4CD3A 3DWLA 1TYQA 4IJNA 1KAYA 1GLFO 3MDQA 2KHOA 3CQYA 4A62A 2ZWHA 1DEJA 1ATSA 2QM1A 2QWQA 5KPTA 4FWMA 5FPNA 3IDHA 5E84A 5EY4A 3LM2A 5E26A 5F2RA 2V52B 2YI1A 3O4WA 3L6QA 1NMDA 5AQQA 1ZXOA 2W41A 4K41A 4F9OA 3D7EO 3GOIA 5CE3A 4FWKA 1E4GT 2YJEA 4H5RA 4QS9A 2ASPA 4NO7A 4DCHA 3FZFA 5AQYA 1HJOA 2ZF5O 1KXPA 2CGKA 4FOIA 3A5OC 3QFPA 2F9WA 3L4IA 4M63C 3VGMA 2PBDA 1U2VA 4BR2A 3BF3A 2E88A 1E4FT 2QWNA 2YHXA 5KQDA 3GDQA 3UKUB 2P9SB 3CHWA 3FZMA 4JHDB 3UKRB 3HBTA 1S3XA 5I9EB 4BRGA 3LDNA 5AQUA 1BOTO 2A40A 4BC4A 3O80A 4H5TA 4BRNA 4Z94A 3ZX0A 3F9MA 1HPMA 1XQSC 5AQMA 5EVZA 3WQUA 4A2BA 1Z05A 5AZJA 3VF2A 4O8KA 4B1YB 1MWKA 4BGBA 3AARA 5AFUH 5BRDA 4GY2B 4BRDA 2H3GX 5ADXH 5AQOA 4CZFA 5AQKA 1TUYA 4BG8A 4CJ7A 5F0XA 3EKSA 1LOTB 1OKJA 2P9NB 2E8AA 4H0VB 4WQ4A 3LDLA 2VWBA 3SLCA 2J4RA 3CETA 1GLEG 4CD1A 3HSCA 4M7XA 1GLDG 1NLVA 2Q36A 4PKGA 2Q0RA 1DGKN 3FZKA 3DJCA 4NB4A 3JS6A 3ZETB 4EIAA 5AQGA 4FOEA 3VOVA 5AQLA 2A3ZA 1T6CA 3M6GA 1IG8A 3MMVA 3VPZA 4CZEA 2YHYA 3MN9A 4BR7A 2FSKA 3A0IX 3ID8A 4JAXA 3D2FB 1CZAN 5AQZA 3DXMB 3ENOA 4I6MB 5AZIA 4FWSA 3I33A 5KPZA 5BPMA 2P9IA 2HF3A 3EN9A 3RSEA 4IWVA 3TPQA 5AZJB 1KAZA 1SZ2A 3J8AA 2Q97A 4ISFA 4K25A 4MLHA 5AQIA 4RWTA 1V4TA 4K42A 3VESA 2CGLA 4H5VA 2IVOA 5FPMA 3AAPA 3IUCA 3O1WA 3FZHA 1JCFA 3VERA 3SJHA 3VGKA 2E2PA 3WQTA 5BREA 1QQMA 3QB0A 4H0XB 3O8MA 3CJ7A 2GUPA 4XH5A 3M1FA 2ZGYA 2ASOA 2E1YA 2FLOA 3BUZB 3M3ZA 3WEEB 2Q31A 1GLBG 2VCPA 1RFQA 2F9TA 2P9UB 1ZC6A 2A6AA 3VEOA 2E2OA 5JICA 1EQYA 3GG4A 2Q0UA 5FPEA 3A5MC 2GEMA 5ELZA 3A8YA 2GELA 4A2AA 4BC3A 1HKGA 4BVOA 3HZ6A 3ULEB 3JXUA 2E2NA 4BRHA 1Z6RA 3C7NB 4BQZA 3KZBA 4K43A 4CBXA 3CJ9A 3MN7A 2A41A 1DKGD 2P9PA 4EHUA 1P8ZA 3ZEUA 4CZLA 2YJFA 4JNEA 3S41A 3EO3A 4H0YB 4JN4A 5LJVA 3R8EA 3CJAA 1GLJO 1QQNA 4LC9B 1ZBSA 4FWLA 2QWMA 1K8KB 3FE1A 4RCHA 5EXWA 3H1QA 3EKUA 4PL7A 4H0PA 4PL8A 4BR0A 5JLHA 4J8FA 3QICA 1BU6O 3WT0A 1QZ6A 5TKYA 5AQHA 3U4LA 1TYQB 4FL9A 1MA9B 2D1KA 2D4WA 4FPAA 3QBXA 5BRFA 3AAQA 4JD2A 3H45C 4WQ5C 3B8AX 1NGBA 3EZWA 2A5XA 4H0TB 2Q1NA 3LL3A 4XH1A 4XH4A 1C0GA 1XUPO 1BA0A 1BG3A 4FO0A 1C0FA 2FF3B 5BN9A 3SK3A 4CZHA 3FGUA 1X3MA 1JCGA 4Y0WA 4CZIA 1NGFA 3A5LC 3VENA 4BREA 2P9PB 4BR4A 3D2EA 4CZJA 4E1JA 1BWFO 2FSJA 3QMLA 1YAGA 5AQTA 1R59O 4IZ9A 2P9KA 2P9LA 3CQXA 4IXCA 4ISGA 2GTDA 5AQWA 4QS7A 2IVPA 1V4SA 4EAHD 3MN6A 5AFUA 4DB3A 4DHYA 1KAXA 5BN8A 1U2VB 4FWOA 5ADXA 5EOYA 2YHWA 4CBWA 3WUHA 2FF6A 2HOEA 4WQ5A 3U8XA 2GWKA 2QWRA 4BVPA 1D4XA 2DPNA 4WYBA 1GLLO 3H46O 1HLUA 2ITMA 1HX1A 5KPRA 2V7ZA 3WXLA 4EFHA 3WXJA 5AQSA 4FWRA 4B1WB 3VEZA 2CGJA 2Q2RA 2AA4A 5B8HA 3GL1A 1BO5O 2V51B 5BPLA 5BRHA 4HWIA 3MCPA 1X9JA 4MLEA 1S22A 5AQVA 5EX5A 3HTVA 4XEIA 3QDKA 4AM7A 2D0OA 5BPNA 3WXIA 1U6ZA 4FWPA 3LDOA 4FWQA 4EHTA 3H3OB 1XC3A 2V7YA 4CZKA 1NGEA 3IFRA 2AP1A 2E20A 2QWPA 2P9SA 3UKUA 1HKBA 1GLCG 3IMXA 4JHDA 3UKRA 3BF1A 3HI0A 1T44A 3VF4A 1NGAA 3MK6A 3VEXA 1NGGA 1WOQA 1QHAA 4IJAA 4BR5A 1SQKA 1LCUA 3R9PA 2E2QA 5AZIB 1HKCA 3DAWA 4H5WA 1RDWX 3DXKA 2FXUA 5F1XA 3C0BA 4FWNA 3W0LA 2P9IB 2PAVA 2GWJA 4B1UB 5AQRA 4FPBA 3RSEB 4CBUA 2CH6A 2I7NA 4B1XB 4BRPA 4BC5A 2FSNA 3LM9A 4BRKA 4GNIA 3P4IA 3GE1A 1WUAA 4PKHA 4BRCA 3CERA 5AQFA 1BA1A 1NWKA 2BUPA 1JCEA 2EWSA 2P9NA 1Y64A 1MDUB 1NGHA 4FSVA 4KBOA 3L0QA 3H3NO 1MWMA 1NGIA 1QZ5A 2QWOA 4BRAA 4CZGA 5KQ8A 2OANA 3VETA 2YCHA 4QS8A 2NRHA 1BDGA 3ZETA 4H03B 5FPDA 1Q18A 3KVGA 2WUSA 5BR9A 3G25A 3LDPA 4WQ4C 3W3DA 3KHYA 1GLAG 3U9ZA 1YUWA 4BRIA 5AQXA 3CJCA 4HTLA 3D2FA 4RTFD 4YDUC 3DXMA 1BUPA 4I6MA 3GBTA 2VYPA 3A5NC 3CJ1A 3BP8A 4BGAA 1G99A 3ENHA 3FZLA 3ZEUB 1TUUA 5JLFA 3DXKB 3UB5A 4PKIA 2HMPA 4B1ZA 3VEWA 1T6DA 1NM1A 2QWLA 5AR0A 3LDQA 3FFKB 2D0PA 4BC2A 3OHRA 2HF4A 4BRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FXDA 4B3TK 4M3UA 2M8BB 4QAGA 4CZMA 3TU5A 1Y97A 3CD6N 4FM1A 4DUYK 2ASMA 4DMNA 1SNBA 4IO8A 3MXJA 1QQOA 3ZX3A 3HK2A 4MO5A 5J2QA 4KAZA 4CJPA 4DV5K 4KH5A 1HUXA 4DR5K 1H1VA 3VGLA 3OYEA 3TANA 4JI5K 2O8CA 4DTJA 5CYMA 5DK5A 3SMSA 2HW3A 2Z1GA 4AM6A 3HPOA 1X9WA 3SNNA 4FYDA 4BQLA 1UWBA 3WXKA 2RE2A 4CJLA 3CJBA 4PQUA 3BY5A 3AVKA 3ENBA 3ULDA 2LR3A 3U6FA 4F3OA 1C1BA 2IIRA 3KHWA 4YOVA 3D2EB 3LAKA 2K35A 3WXMB 1AHOA 4JKBA 3O9UA 1BRZA 2P9LB 1RT4A 1SAZA 2YNHA 2BDPA 3M8RA 1K8KA 4O0IA 2QKKA 1HMVA 1RBUA 1U49A 3I8BA 4PA1A 1NGJA 4FLTA 1NGDA 3C65A 3LP3A 4B9QA 3ISNC 4C23A 1ZBHA 1OH7A 4IJNA 1KAYA 4CJ4A 2KHOA 3T7ZA 1Z25A 4A62A 5LMNK 4YHHK 3KKRA 1N36K 4J2AA 3E7UX 5KI6A 2EHGA 5C15A 1U48A 2HNYA 2YKMA 2YI1A 3O4WA 1QE1A 1O1WA 1NMDA 3NF7A 1NG9A 2W41A 3CC7N 2VGNA 1LWFA 4K41A 5T7BA 3K59A 3GOIA 5CE3A 5FLXO 1P90A 3SYZA 5KTQA 2YJEA 4I7FA 4H5RA 3HJFA 4DCHA 3K0SA 5AQYA 1HJOA 3AGRA 4DTMA 3THWA 1CN2A 4JI3K 4CJEA 1PX9A 3SCXA 4GV9A 4AHRA 1FW6A 3N4QA 2PBDA 1U2VA 3TI0A 2OTLN 3B6OA 4DF8A 1E4FT 1S1UA 2YHXA 1KD1O 2D0AA 1VSHA 3CHWA 1L4VA 1S3XA 3LDNA 1SN4A 3QINA 5AQUA 1BOTO 2A40A 4H4MA 2IDOA 3TSQA 5TKWA 1QSSA 3F9MA 1T7EA 2PZSA 3AA5X 5AQMA 5J2MA 2KBJA 1ZBIA 3SAFA 4B1YB 1UA0A 3AARA 1KRPA 4GY2B 4E1MA 3FFIA 4N56A 1I6GA 1ASWA 2JLEA 4QCLA 5AQKA 3V9UA 4KHQA 1VSIA 3L3VA 1JKHA 1TL3A 3PIOL 3F5TA 4DG1A 2ZE2A 3LDLA 3CMEN 3AO2A 3R1XA 2Z1HA 1FXXA 2VWBA 2N69A 1Q9XA 1OVQA 3CG7A 5DM7L 2E0HA 3HM9A 2Q36A 4PKGA 4OX9K 2Q0RA 3FZKA 1RTJA 3NF8A 4WE1A 4FOEA 1T6CA 3NAEA 1DJTA 1IG8A 3MMVA 5A2QO 2D5RA 4NCAA 3AO4A 2YX6A 2FSKA 3NMUA 2G8VA 3EE8A 3ID8A 4JAXA 3D2FB 4K0KK 3J81O 1VSKA 1CZAN 5AQZA 2W00A 3ENOA 3CCMN 4IG3A 1NK8A 3U3GA 4FWSA 3CPWM 1MU2A 4F4KA 2OPSA 3S3MA 4G9ZA 3AVBA 4YOUA 1SZ2A 3P5JA 2Q97A 3N4PA 4FJNA 4RWTA 1NJYA 2DFEA 3O1WA 4H5VA 4C8OA 3IUCA 1U4BA 1JCFA 3WQTA 2YILA 2O8DB 1HYSA 4H0XB 3MWPA 3O8MA 2GUPA 1TK0A 1YVUA 3M1FA 1HJRA 1JLBA 2FLOA 3M3ZA 2Z1JA 3QNNA 3SZ2A 1TKDA 4B3MK 1P0AA 3UIQA 2E6LA 2RKIA 4B9NA 4FK4A 2N66A 4K8ZA 3LZJA 4RW8A 3HP9A 2GELA 1JLCA 4A2AA 1HKGA 4BVOA 4W5RA 2NRZA 3JXUA 3BZCA 4HUEA 1VQ9N 1Z6RA 4CF8A 3R3LA 4K43A 4CBXA 2DFHA 4BE7B 2A41A 4CK2A 1TKZA 4BE1A 3QO9A 3ZSOA 3OYKA 3AVAA 1C6VA 3LZIA 5KK4A 4CGFA 4KTWA 4JN4A 5KGXA 1NK9A 4FJLA 1QQNA 4LC9B 1ZBSA 2E3GA 3DRRA 4BE0A 4RCHA 2OA8A 2E4LA 3M8PA 2A1SA 1WLJA 4Z4CA 2UUAK 3QICA 3HPGA 3M5RA 4CHZA 1SL1A 3U4LA 4KHYA 2X6SA 3CF5L 4CERA 4JKGA 3G0ZA 3VTIA 1YJWN 2O4GA 1P00A 1JLQA 3QBXA 3AAQA 3B8AX 1EWRA 2Q1NA 1VK0A 4XH4A 4XH1A 1C0GA 4OVLA 3PV8A 1BG3A 1ITGA 1BL3A 1RT3A 1DTTA 3SQ0A 1C0FA 3OBYA 4FZYA 4PHTX 1W9HA 3HXMA 3PSFA 4QOZB 1JCGA 2VG5A 3MCAB 4CZIA 1ZYQA 3VENA 4UQGA 4BR4A 4CZJA 4E1JA 5HBMA 2LJMA 3L2RA 2OYQA 2RHKA 4R5PA 4DV2K 3CQXA 1N34K 4ZHRA 1LQQA 4CCHA 4DB3A 4G1QA 1GPSA 4ID5A 5ADXA 2YHWA 4CBWA 3WUHA 2HOEA 3OYHA 2GWKA 4M42A 2QWRA 4DR1K 1QVGM 2JGUA 4BVPA 1N4NA 2DPNA 2JDQD 4WYBA 2VY6A 3H46O 3PY8A 3OJUA 2Z1IA 3K5NA 4EFHA 1KSPA 1NJIO 3HP6A 5AQSA 1RCHA 5KRSA 4BEBA 1HNIA 3VEZA 2Q2RA 3SV4A 1FH3A 2AA4A 3R2VA 3LWLA 3WNEA 2V51B 1T0ZA 4CHNA 1WAJA 4OPJA 3G6EN 2OTJN 3P1GA 1ZVGA 3E1YA 3BGRA 4CFCA 1S22A 5AQVA 1TI5A 1VSMA 3KP1A 3QDKA 2QI2A 5BPNA 4JKDA 1U6ZA 3SQ4A 4E72A 2I5JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FXD A;  4B3T K;  4M3U A;  2M8B B;  4QAG A;  4CZM A;  3TU5 A;  1Y97 A;  3CD6 N;  4FM1 A;  4DUY K;  2ASM A;  4DMN A;  1SNB A;  4IO8 A;  3MXJ A;  1QQO A;  3ZX3 A;  3HK2 A;  4MO5 A;  5J2Q A;  4KAZ A;  4CJP A;  4DV5 K;  4KH5 A;  1HUX A;  4DR5 K;  1H1V A;  3VGL A;  3OYE A;  3TAN A;  4JI5 K;  2O8C A;  4DTJ A;  5CYM A;  5DK5 A;  3SMS A;  2HW3 A;  2Z1G A;  4AM6 A;  3HPO A;  1X9W A;  3SNN A;  4FYD A;  4BQL A;  1UWB A;  3WXK A;  2RE2 A;  4CJL A;  3CJB A;  4PQU A;  3BY5 A;  3AVK A;  3ENB A;  3ULD A;  2LR3 A;  3U6F A;  4F3O A;  1C1B A;  2IIR A;  3KHW A;  4YOV A;  3D2E B;  3LAK A;  2K35 A;  3WXM B;  1AHO A;  4JKB A;  3O9U A;  1BRZ A;  2P9L B;  1RT4 A;  1SAZ A;  2YNH A;  2BDP A;  3M8R A;  1K8K A;  4O0I A;  2QKK A;  1HMV A;  1RBU A;  1U49 A;  3I8B A;  4PA1 A;  1NGJ A;  4FLT A;  1NGD A;  3C65 A;  3LP3 A;  4B9Q A;  3ISN C;  4C23 A;  1ZBH A;  1OH7 A;  4IJN A;  1KAY A;  4CJ4 A;  2KHO A;  3T7Z A;  1Z25 A;  4A62 A;  5LMN K;  4YHH K;  3KKR A;  1N36 K;  4J2A A;  3E7U X;  5KI6 A;  2EHG A;  5C15 A;  1U48 A;  2HNY A; 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