3QOUA

Crystal structure of e. coli ybbn
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
282
structure length
274
Chain Sequence
VENIVNINESNLQQVLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPILESLAAQYNGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDVLPREEELAQQAMQLMQESNYTDALPLLDAWQLSNQNGEIGLLLAETLIALNRSEDAEAVLTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLQAADTPEIQQLQQQVAENPEDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFGHLRDLTAADGQTRTFQEILAALGTGDALASYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding
molecule keywords protein ybbN
publication title Escherichia coli Thioredoxin-like Protein YbbN Contains an Atypical Tetratricopeptide Repeat Motif and Is a Negative Regulator of GroEL.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 83
structure length 274
sequence length 282
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qouA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qouA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qouA01
4PGTA 16GSA 2CQ9A 1BYEA 1E6BA 3F8UA 1TKDB 1JLVA 4ECIA 1GTIA 4OFMA 1DUGA 3PINA 2KCVA 2K18A 1B8XA 1J9BA 5D0OD 2N5BA 4YVOA 1R26A 2JADA 2R5GA 2C80A 2LEGA 3GZ2A 2EIRA 5DBKA 5IMZA 4HDEA 2BMXA 4IP1A 3ISOA 6GSVA 1SK1A 1GSYA 4HOSA 3A5WA 2HRFA 3GKKA 10GSA 3ZMLA 3OXLA 3GH6A 3C1SA 1EWXA 3UJ1A 1T8EB 4XIFA 4K7IA 2GVPA 3MNGA 4AIFA 4I2TA 5D9XA 4CGWA 3TCOA 4NHWA 2DIYA 3KGKA 5FZQA 3QFBC 4GSTA 4GA1A 2XCBA 1OC8A 3P7XA 3G9BA 1RQMA 1X5DA 4I2WA 4K0GA 3KXOA 2LSTA 4YH2A 4CGVA 3LCAA 2FA8A 2B1LA 2HNLA 3Q19A 3VWWA 5ECHB 4KUNA 3HA9A 1OC9A 1PGTA 1TU7A 1PN9A 2YPMA 4IBPA 3ERFA 3BD2A 4V1Ap 3EYTA 3TOTA 5ECKB 3F6FA 4ZB8A 2YJHA 4PX1A 1R5PA 1XIYA 2LJRA 3E4BA 5BNWA 5EY6A 3ZIJA 4I9EA 1XW6A 4GZ6A 4FYCA 5JWOB 4MPGA 3QD9A 1T1VA 3HD5A 1A0FA 1FOVA 4F82A 4GA0A 3GNJA 1K0DA 5IMDA 4N0ZA 3LORA 4LL4B 1WWJA 3C73A 3U5RE 3ZZXA 2MYGA 1GUHA 1XPVA 4LA1A 2YHCA 1JLWA 4WNGA 3MEKA 2VAFA 3DMLA 2JZRA 2VLTA 5AGYA 2CZ2A 12GSA 1YDKA 5B6MA 2LNIA 1OC3A 5G5EA 5KN0A 3ME8A 4WEYA 4TR4A 3BJ5A 4N2SA 3UOMA 2YZUA 3ZVJD 5EKQD 2UY1B 1VGLA 3UARA 1Z6MA 2HSYA 1YA0A 1X9SB 1Y6EA 2VQ2A 3ZN3A 2PGTA 3FRCA 3IK7A 3FHKA 3D0ZA 2AJQB 4I17A 3AS5A 4HOTA 5J4UA 4ZL9A 1T7PB 5HR3A 3PE3A 3I6AA 3HVXA 2N5FA 6GSTA 3K9IA 4KDUA 1Z7RA 4KH7A 1UN2A 3DRNA 1I5GA 4PURA 2PERA 3DEXA 5DQSA 3TRPA 2QGVA 4NPBA 3UMAA 2H30A 3DGQA 4ECJA 3GZ1A 1YEPA 5ECSA 5C1DA 3ERGA 5HQPA 5IMFA 1DE2A 2I1UA 2H01A 3TOUA 5CRGA 4F0BA 3FP3A 1R7HA 3KTBA 1BQ7A 4WR4A 3CMIA 2E2EA 2FHEA 5KJLA 1C72A 3ZPJA 1B4PA 3G7JA 4X43A 2NVLA 4ID0A 2YV9A 1GNWA 2PWJA 4O92A 3LXTA 2HZFA 4RI7A 2PVQA 2XCCA 1SL2B 5D0QD 1K3OA 3KH7A 5ECNB 2GSQA 2PL2A 3Q6OA 1AXDA 3WGEA 1ERUA 4HZ2A 1TJCA 3GA4A 4MDCA 3VTXA 3RBTA 2PPTA 1JHBA 5FHIA 5AYWD 1MDJA 1JZWA 3GKNA 5AN1A 4K1FA 3VLNA 1EGRA 4U07A 1H4OA 5D73A 1E96B 2R37A 4G23A 4KSOA 4CHSA 4PQHA 6GSSA 5KN2A 2L6JA 3VWUA 2IFQB 3UVHA 3LGCA 4HORA 2YP6A 2C0DA 1XVQA 4BVYA 1YKCA 3I69A 3SZ7A 4HU9A 2XEVA 13GSA 4HOJA 3KZQA 3ME7A 1A8YA 1EV4A 4U04A 2VL2A 1N8JA 2PVOC 3ZRDA 3Q49B 4HZ4A 2QSIA 2R2JA 3FZ5A 4EDYA 1SK2A 2VCQA 3H4KA 4POLA 1ZYEA 4TN8A 3TRQA 3EE2A 1GH2A 2VUPA 4JA7A 4K8MA 5KJKA 1CQHA 4JL0A 4HEA2 2IL3A 3PDNA 1B4QA 2OE0A 1GSFA 1OAZA 5DALB 1AQVA 2CV4A 1XOAA 4F3VA 3FFLA 3O6TA 3L9UA 8GSSA 1K0BA 1ZCPA 1ZU2A 5D96A 3MAKA 2JU5A 4L0UA 3W8JA 1IYGA 4QQ7A 4POKA 2G2QA 5KJMA 1FHEA 3ZLPA 2D2ZA 2YWOA 3ZHEB 4O7HA 1PSQA 3IBHA 2PQRA 2GT5A 1SYRA 3LY8A 3ERWA 4N2QA 3TKPA 3L4NA 1GUKA 2BTOT 2NTOA 3GL5A 2FBNA 4OFNA 1WM5A 3P90A 1IYHA 3W6GA 3VPTA 2DJ2A 3QAWA 3APSA 2ON7A 3TG5A 4EC0A 3UVTA 3UQ3A 1YZXA 3HZ4A 2LRTA 2PUKC 3IHQA 3WT2A 2L5LA 4G25A 5ECLB 7GSSA 2FCHA 1NA3A 2WDUA 4J8FA 5HI7A 3IA1A 1AIUA 4AY6A 4MZBA 2K6VA 4PXOA 1M0UA 1TK8B 3BBYA 2WZ9A 5ECOB 3UBLA 3A2VA 4MZWA 2DJ0A 2TRCP 3C1RA 1URMA 3TGOA 4IN0A 3LPZA 1NSWA 2C4JA 3L9SA 19GSA 2Y4UA 4N0VA 2O85A 2X64A 1SL0B 1ELRA 4HU7A 5IMVA 5D93A 5HFKA 3ZL5A 1M2AA 3GL3A 4V2MA 1OVNA 5F06A 4GA2A 3OXFA 5ID2B 5DAKB 3RO3A 3LJRA 2H6YA 1BX9A 1XWAA 2FNOA 4EF0A 3CEQA 5FT3A 4IELA 3RPPA 4BT9A 3QDNA 3QCPA 3FWVA 2V5FA 1OKDA 3TDGA 2JZTA 4XI9A 2XGOA 4LEUA 3RPNA 2KOKA 1K0CA 5L71A 1GSDA 4MLYA 1TDIA 1NM3A 3TKSA 1T4ZA 1N2AA 5CRDA 4MJEA 2C2LA 1XW9A 3ZFLA 3Q47B 3APOA 5G1KA 2MBSA 2R6KA 5D9WA 1RK4A 2HYZA 3ASHA 1SYXA 3A3TA 2IFQA 5JJTA 4K7NA 4LL1B 3TUEA 3VWXA 3C8EA 4N5CA 4X0XA 4APOA 5D9VA 5ARGA 5HR1A 2Q7FA 3NZNA 3HDCA 1KEBA 5BT1A 1BAYA 3M0FA 1GUMA 1VRSD 3EWLA 2P31A 3CTGA 1A8LA 4N11A 5A4UA 2RUFA 2C0FA 1OE7A 2PN8A 1A2MA 3CV0A 2VSNA 9GSSA 1ZGNA 3RHBA 2L59A 5DBQA 4EVMA 2DBAA 1T4YA 3DD3A 4E8EA 1TU8A 3P2AA 4IS0A 1MEKA 4G2EA 1V58A 1EEJA 4XS4B 5DALA 1M7TA 4FO5A 4Y6CA 2H0HA 2H6ZA 3J7Yk 6GSXA 2CX4A 2PZIA 2VM1A 3O3TA 3HJMA 4L5OA 3GSSA 3WXXA 1TP9A 3RKVA 1SKSB 2DMLA 4KAEA 1SU9A 2H75A 1VF4A 3EMPA 1Q4JA 3CK8A 1SENA 4J8DA 2V1MA 1JZRA 1MD4A 3RU0A 3LY7A 1Z5YE 5JCGA 4IW9A 20GSA 1DBYA 1H75A 2IF4A 4EQFA 4B94A 5D8IA 2GS3A 4ILFA 2HR2A 3LYAA 5IPGA 3N5OA 5F0GA 1DE1A 4FIWA 4WBJA 5CRWA 3VTYA 3KMNA 3QWWA 3TJKA 1TRSA 1ZZYA 1GLQA 2H1GA 3VI5A 5CNWA 1BJXA 1A0RP 4QL7A 2E2GA 1W4VA 2C3NA 4OFTA 2YV7A 2AYTA 1ZYQB 2HSHA 4IVFA 1ERVA 3H93A 5EVOA 4I97A 3LXZA 3DVWA 4EKZA 4IP6A 4FH8A 1B48A 4I2UA 3KMOA 1GRXA 4JZQA 5ARFA 2FWHA 2NDOA 4EXJA 3GW4A 1MTCA 4GYOA 1O6JA 4YNDA 4G26A 2VCWA 1FG4A 3Q15A 2LKUA 2VLUA 3FZAA 2AUVA 2GZPA 5AIVA 5CAXA 4TVEA 4U0UA 2H74A 4ML6A 5ID2A 2WGRA 5DAKA 4K2DA 4GZ3A 2VD0A 1X5CA 4TXOB 5CHEE 3MA5A 4N3AA 4MPFA 3KEBA 2YWIA 5IM9A 5F07A 2NC9A 5DCGA 2X8GA 3RDWA 3EVIA 3QWPA 2B5XA 1CQGA 3HHVA 3D4TA 2VSYA 2GLRA 4MH2A 2WFCA 5J9CA 2FEZA 4JR6A 4WNDA 2IMDA 2R3XA 3WYWA 3N71A 4Z7XA 1SJZA 2XBQA 2DIZA 4GLTA 1SKRB 2ZCTA 1USBA 4XI0A 3GTUB 3L9VA 1PD21 3URZA 2DC5A 2VLVA 2YWMA 1O85A 4DSQA 1O81A 3H1NA 3WT1A 3CYNA 4DSSB 3WD6A 3G7YA 2DMMA 5JWQB 2J23A 4OMVA 2VM2A 5ECPB 5JJ6A 3KJYA 3M3MA 3NIVA 4OD7A 2IPAA 1NA0A 2P58C 3L78A 2H70A 2CA8A 5J9BA 3M9KA 5GSTA 3W8SA 2J9QA 5J3RA 5EPFA 5G04J 1TI1A 1M99A 3HCZA 5F8BA 1JFUA 2REMA 3Q18A 2VD1A 1J0FA 5E4WA 4KB3A 2H72A 2H1DA 2KUCA 3FYGA 2L4CA 5KEJA 3LSZA 1TK5B 3KH9A 3CKCA 1TOFA 2MZCA 4J57E 4AJ6A 1PC2A 4K7OA 2VCVA 4BWRA 1HNBA 2KATA 2TIRA 4XS4A 3RO2A 3NF1A 2HLSA 5JCUA 2FO7A 5JWRB 4POBA 3L0HA 3PGTA 2XC2A 1THOA 3HJOA 4WBRD 1GLPA 2CAIA 4IGJA 1O73A 2ALBA 4JR4A 3QAGA 2VGYA 1RW1A 2R4VA 5KN1A 3LKUA 3FK8A 4KA0A 4ME2A 2WPVA 5KJNA 4MZCA 3TJGA 2MHKA 3LEFA 2AVPA 2V6KA 3F6DA 2XGMA 5G2ZA 1QUWA 1PX7A 1KLXA 4MF5A 4KGIA 1AUCA 5LNKe 4I2ZA 1QFNA 4EO3A 5IO2A 2FGXA 1PQNA 3BCKA 1GWCA 2GT6A 2K8SA 1PL2A 2TRXA 1ERTA 2V32A 2FF4A 2CVKA 3GMFA 3LYPA 1Y8MA 2P5RA 4MJCA 2XPIA 1O7UA 4GQCA 3IR4A 3TKRA 1WJKA 1A24A 2H8LA 4TXVA 5A4WA 1KBNA 4HI7A 4GSSA 5D9TA 2M46A 2B5EA 4KSMA 2C1YA 4MMMA 2H1AA 2ONDA 1G6WA 1GTBA 1ZOFA 3LG6A 5EX0A 2JL4A 3H8QA 1B9XC 2ZNMA 3UPVA 2L57A 3ZHEA 5CRHA 1HYUA 2HXKA 2FWGA 2DSAA 3O48A 3DKSA 3M8NA 1O8WA 3SF4A 4TRXA 3IOSA 3KTLA 4Q5QA 4TXOA 2IMFA 4CDRA 1GTUA 2VIMA 3KM6A 1G7OA 3GH9A 3D22A 4GZ5A 1EZKA 4KCEA 4XS6A 5KN3A 5ELAA 4BTBA 3MSZA 5AIXA 1WIKA 3E0UA 1TI3A 4MH3A 2C0MA 4EUYA 4HJ2A 1IYIA 4NMUA 2F8AA 3ZTLA 3G7IA 1FCHA 5CYYA 5G04C 1EP8A 5FT9A 2F9SA 3LQ7A 3SBCA 2IWTA 2J9HA 4J8EA 1X9MB 4WF4A 3GTUA 3JYSA 3GV1A 2OOEA 5F05A 2RLIA 1MD3A 1ZMAA 4ECCA 3GN3A 2DJ3A 2HO1A 3U3WA 4DSSA 2OE3A 2M80A 1V98A 1J08A 1TK0B 1NW2A 11GSA 3E3EA 1PMTA 3PR8A 3HJPA 1XXUA 2XHFA 4NHZA 2OACA 3CRUA 4WF5A 4WETA 3IEGA 3QKYA 2NBSA 4ZBDA 2L6CA 4GRFA 4ZB9A 3TKQA 5FWGA 5HFIA 5LD0A 2LQQA 5HFGA 2OADA 5E59A 5GAND 4RG6A 5LCWJ 2IMIA 2H0IA 1PRXA 3WGDA 4PUFC 1SJ6A 4CDOA 1ERWA 4RG9A 5ELGA 3RJVA 2VOCA 4AGSA 5GZZB 6GSWA 1KT1A 2MBTA 4WNEA 1TRWA 1QK8A 4K9ZA 4NQ0A 4BA7A 5GSSA 2GGTA 4KCAA 2N5AA 4JA9A 2FUG2 2DJKA 2M72A 3CK7A 3TJBA 2KCKA 4XS1A 4BPYA 6GSUA 2FA4A 2LV3A 3FY7A 2RM6A 3AS4A 2HYXA 1YF1A 3PH9A 4ML1A 5INYA 1EP7A 2GDRA 4TOPA 3TRXA 2OBIA 3QAVA 3F63A 3VFIA 1SKWB 4NV5A 1R5AA 2KC7A 1MDIA 1T00A 4WKWA 4TR3A 1PA3A 3UBKA 4WXTA 3FZ4A 3TKSE 2CT6A 1XOBA 3M9JA 2Z9SA 5A5KA 1LJRA 1GL8A 5EX3A 1A17A 1G7EA 4MJAA 2I81A 3IPZA 2PMTA 5ABRA 1FVJA 5DDLA 2LUSA 4O6FA 1B9YC 2V2GA 2OA7A 4ZBAA 2GTUA 2KCLA 2DJ1A 3N9JA 2YZHA 3IV4A 2H66A 1S3AA 2H6XA 2MMZA 2ES7A 3ED3A 2LQOA 4N3BA 2E7PA 4RQXA 5JCWA 3F3QA 1XZOA 1OYJA 1Y25A 1M9BA 3EMXA 2F8FA 4YQMA 4IN3B 2LSVA 4A1SA 5B8BA 5B6NA 3LYKA 4PUAA 2A2SA 3ZREA 2XPDA 4F03A 2QFCA 1F9MA 3C71A 5COHA 3KAEA 2WB9A 2L4QA 4RQRA 4JEDA 2K9FA 4YQUA 1YEXA 3TAXA 3GX0A 1F6MC 3IC4A 3MV2B 5IO0A 1NHYA 4GCIA 2WULA 1XBSA 4O32A 2HRNA 4GXZA 4EDZA 2FWEA 4BWQA 3TKSC 1JZDA 1EOGA 2AAWA 3AS8A 2V6OA 4GSNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4PGT A;  4FHJ A;  16GS A;  2CQ9 A;  1BYE A;  1E6B A;  4TV3 A;  3F8U A;  1TKD B;  1JLV A;  4ECI A;  1GTI A;  4OFM A;  1DUG A;  3PIN A;  2KCV A;  3EHM A;  2K18 A;  1B8X A;  3VLF A;  5D0O D;  1J9B A;  2N5B A;  4YVO A;  1R26 A;  2JAD A;  2R5G A;  2C80 A;  4KZ0 A;  2HRK A;  2LEG A;  3FTV A;  3GZ2 A;  3MKQ A;  4AXH A;  2EIR A;  5DBK A;  4Q94 A;  5IMZ A;  4HDE A;  2BMX A;  4HFG A;  4IP1 A;  1ELK A;  3ISO A;  6GSV A;  1SK1 A;  1GSY A;  4HOS A;  3A5W A;  2HRF A;  3GKK A;  4UWL A;  10GS A;  3ZML A;  4BX9 A;  3OXL A;  3GH6 A;  3C1S A;  1EWX A;  3UJ1 A;  4NUR A;  1T8E B;  4XIF A;  2WXL A;  4K7I A;  2GVP A;  3MNG A;  4AIF A;  1H6K A;  4I2T A;  5D9X A;  4CGW A;  4BVY B;  3TCO A;  2CG3 A;  2DIY A;  4NHW A;  3KGK A;  3MJW A;  5FZQ A;  3QFB C;  4GST A;  4GA1 A;  2WQ7 A;  4DLQ A;  2XCB A;  3QAQ A;  5J90 A;  1OC8 A;  3P7X A;  3G9B A;  1RQM A;  1X5D A;  4I2W A;  4K0G A;  3KXO A;  2LST A;  4YH2 A;  3FMW A;  4FU3 A;  4CGV A;  3LCA A;  4UWK A;  2FA8 A;  2B1L A;  2HNL A;  3Q19 A;  3VWW A;  1HG5 A;  5ECH B;  3PZD A; 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