3QYQ | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	280
structure length	273
Chain Sequence	NLYFQGIYKQFTSRTLLNFFEVAALTDGETNESVAAVCKIAAKDPAIVGVSVRPAFVRFIRQELVKSAPEVAGIKVCAAVNFPEGTGTPDTVSLEAVGALKDGADEIECLIDWRRMNENVADGESRIRLLVSEVKKVVGPKTLKVVLSGGELQGGDIISRAAVAALEGGADFLQTSSGLGATHATMFTVHLISIALREYMVRENERIRVEGVRCIGIKIEVGDVHMAETADFLMQMIFENGPRSIVRDKFRVGGGFNLLKELRDCYESWDSVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Deoxyribose-phosphate aldolase, putative
publication title	Structural and functional divergence of the aldolase fold in Toxoplasma gondii. pubmed doi rcsb
source organism	Toxoplasma gondii
total genus	105
structure length	273
sequence length	280
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date	2011-03-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3qyqA00

3NQMA 5EBUA 1B4EA 5D37A 3IGSA 2ZZ2A 5AC7A 3DFQA 1J2WA 3GYEA 1AW5A 2ZRYA 4FX8A 3EEGA 3PVFA 1L9WA 3HOJA 1H1ZA 4DO6A 2ZRUA 3CEPA 3CB8A 4I7UA 4LVAA 4YXGA 4TMCA 1UCWA 2YZRA 3TAOA 3OIXA 3K30A 2VFGA 1QAPA 5TQLA 3AO0A 4ADUA 2RDTA 3EX3A 4CQ8A 2ISSA 1MO0A 3W1MA 1JCJA 2ZA1A 1TCDA 2IQTA 4CCEA 1UASA 2Y88A 4FHAA 4FNSA 1H7PA 4NU7A 4JX6A 2J9YA 4WXZA 4S2BA 2NXGA 3GX9A 2Z6IA 3BO9A 1AL8A 4IPJA 5T26A 4ZQOA 1X6UA 2I1OA 2ABBA 1KV5A 2NX1A 4JTTA 4JYFA 3GDTA 3M43A 3GNDA 5H2ZA 3LCGA 2CFFA 1SSDA 1YLVA 5G5IA 5D2XA 2DP3A 3RLUA 1EEPA 5F1VA 5I3JA 3EXRA 3MW7A 1KM0A 4WQ6A 3ZFHA 3SECA 3CEUA 4FIQA 4EIVA 1YYAA 1D3GA 2DZPA 2TSYA 2Y7EA 4JS3A 4M5PA 3TR2A 4R33A 3RNDA 4UNLA 2DZTA 4ZVJA 3GXTA 1BKSA 3NQ2A 3W83A 3I65A 4AHPA 3LB0A 4JIQA 4AHOA 4NJGA 2Z6JA 3W7MA 2QJHA 4O0KA 1DQXA 3NEVA 3NPUA 1TRIA 3OVRA 5EPDA 1GVQA 1QWGA 1HTIA 3PY2A 1PV8A 3UWVA 1FXPA 3U8GA 3CU2A 2EF9A 4Y90A 3Q58A 4LC6A 2FB2A 4LUJA 3LCHA 1RD5A 3W6YA 3DXIA 3BPWA 5D2YA 4ADSA 1BEUA 3G1AA 3S42A 2KZHA 2DZVA 1R46A 1ZY9A 3VI2A 2B7QA 1EP2A 3TFCA 2EKCA 1GG0A 4KFNA 3S8HA 4JY9A 1XXXA 5AYYA 2QEZA 3GDMA 1KLZA 1AW2A 4DXVA 3NQDA 1C9DA 2Y85A 1G7VA 5DY2A 1DVJA 4MPQA 4K39A 1PCKA 3EWYA 2VXNA 3JR2A 5D09A 3N9SA 5I3HA 5D2TA 3HMJG 4GUJA 5F4XA 3HPXA 2LLEA 5LKYA 5CSSA 1KM4A 3IEBA 1G4PA 6ALDA 3TUUA 2BXVA 1TMHA 4MZ1A 4XUGA 2QDGA 3DZ1A 1TJPA 4TR9A 1Q3NA 5KSWA 4I7VA 1ONRA 3DFOA 2VEMA 2C16A 3QEZA 2V82A 5IM51 2BTMA 3HG5A 3NVTA 4RK8A 1F6PA 2O7QA 2YGYA 1K8XA 2GUUA 3DFTA 3G8RA 4JICA 1YXDA 3BW3A 1PL9A 4GC4A 3EWWA 2A6LA 4NJIA 1I2NA 1OYCA 2VOMA 2Z0IA 5D32A 3DAQA 4RX0A 4R34A 4W9TA 5KINA 2WV8A 5E1QA 1XCFA 4JTUA 5AHNA 1QDSA 4NVTA 3NQFA 2H6RA 3M47A 5HWJA 1LBLA 4FB7A 2ALDA 3MP5A 3HB9A 4M6VA 3L0GA 4JTHA 3WK1A 1TYGA 2NUWA 3A24A 5AN7A 3S5NA 2DJXA 5LGZA 2WNQA 2E1DA 3WJXA 1QNVA 3NYZA 1TPFA 3IIZA 1B4KA 4DF0A 1ME9A 3W2UA 4JX4A 1W0MA 1GVRA 3I6RA 1GYNA 1Q45A 3LCXA 5MHBA 5FF4A 2YDAA 1LRTA 1ZAIA 3IGXA 4UTWA 3FJ6A 3STCA 3QMRA 1YADA 4PCFA 3OEXA 4MYAA 3TDFA 3KVJA 2EGZA 1K7XA 3ATZA 1AL7A 4PL1A 3L9CA 4OV4A 2GVJA 4Y8FA 4MLJA 5HR7A 4NJHA 2CZ5A 1YPFA 3TXVA 4QNEA 5BW6A 3UYCA 1OK4A 5KZMA 4AWTA 3PC0A 3P61A 4OHQA 2OZ0A 3IVTA 3TAKA 2ZA2A 1RZMA 3UNDA 3LI1A 1IGSA 3MWAA 1DJQA 4UFLA 1MXSA 3P67A 4WOZA 1FUYA 3G3MA 1M7OA 3NQCA 5EY5A 1EWEA 3QPZA 4UTLA 3TE9A 3ZR4A 1VYPX 1UUOA 2FFCA 5AB3A 1SFJA 4RZ4A 5AOUA 3EX4A 2X1SA 2BZNA 1SZNA 1XFBA 1ZJIA 5DN1A 4K37A 3SR7A 2C0AA 3C61A 3ATYA 2FQIA 5KZEA 2I9EA 1AMKA 3M0ZA 1NEYA 1FDZA 3A23A 4JNMA 4MY9A 1ICQA 2B7NA 4O15A 5CPLA 1TSIA 1YTDA 3N34A 4Z1CA 3W7EA 3QYQA 1LYXA 5BNKA 4O12A 5C6MA 1WAUA 1QPOA 1ML1A 4K36A 3UZ5A 4O57A 3FOKA 1OG0A 1I2PA 4IMCA 3IGUA 3E02A 1SUXA 3M5VA 3NQEA 4UTJA 2V81A 3P81A 3QH2A 2GQAA 3JS3A 1FWWA 1Z48A 3A5VA 4M19A 2WKJA 3W1XA 3HGJA 2Z1BA 1P0KA 3SIZA 2NUYA 3W87A 1F2JA 4CQ9A 3W75A 2DZWA 4OBTA 5KTLA 1QOPA 1QR7A 4H4IA 5HR6A 3QJAA 3O15A 2ZRWA 4IXXA 4ML9A 4JX5A 4O4WA 3S1UA 3PBWA 1XDMA 3RK8A 2ZCGA 3W7HA 3HG3A 3IV3A 2HSAA 3DHDA 3MUXA 5D33A 1OABA 3KVLA 4NNCA 4P2VA 4Z1BA 2CU0A 4RLIA 1GYLA 1XBXA 4O50A 3S9YA 1TREA 1WBHA 4QSHA 1C29A 2YPIA 5I3IA 4JY8A 3PB2A 5EYWA 2A6NA 3B03A 3NM3A 1CI1A 2HS6A 1V7YA 3SGUA 4XWUA 3N19B 1O95A 3TQ0A 4S2CA 1H61A 3W85A 3H55A 4MFDA 1W5MA 1FX6A 4O11A 3QQ1A 1CX9A 5K3VA 4AWSA 4I9AA 3W88A 3WJZA 3CHVA 2ZZ3A 3G22A 4ZL1A 1OHLA 1W54A 1WQ5A 4O52A 5KITA 1J4EA 3NQVA 2E77A 1DL3A 2DU2A 1WX0A 1R2TA 1TRDA 4YMZA 1VR6A 3O63A 2R8WA 1H62A 3BK0A 1HO4A 4WUIA 3TROA 3LI0A 5BOOA 1EIXA 5D02A 1G4TA 2QCGA 4E2BA 3R12A 1B3OA 4YCPA 1MSSA 5LNUA 5EL1A 1VQTA 3V1PA 1C8VA 3P80A 1GQNA 3LXBA 1H63A 4JYEA 4DEFA 2FJKA 1SPQA 2CLIA 1KFEA 4X9SA 5DXYA 4AAJA 5FEWA 4D2JA 1I2RA 1VH7A 2QCCA 2OT0A 4UTTC 4JD4A 4UFIA 2BWGA 3A5FA 1GG1A 1VYRA 3GR7A 4XZ9A 4NNBA 4QIUA 2AQWA 4O13A 3BGJA 1H51A 1K7FA 4K7VA 4DBDA 5DY3A 3NQ7A 3M1ZA 5K9DA 3PSVA 1FDJA 2BLEA 3TFXA 3B04A 4H6KA 1B9BA 1K8YA 3HJZA 1V5XA 3CTLA 4UMCA 4NUWA 4FIRA 1QPQA 3L2IA 1X1ZA 3WK0A 2ISWA 3GDLA 1K3UA 3W2NA 2PC4A 3EX1A 4WX2A 1JR1A 3L67A 3GAYA 4Q4KA 5HNRA 1W8SA 3P5YA 4LS2A 2B4GA 4LUIA 1IF2A 3DU0A 1S5TA 5I3FA 2QJIA 4Y6GA 1QPNA 3L65A 1K02A 3TC6A 3G1YA 3L66A 1W3NA 3KRSA 1W1ZA 2PRMA 3ABQA 1VZWA 2QF7A 1WDWA 2XN2A 5AYXA 4YWIA 3LTSA 1SZFA 4JTFA 5CKSA 2CLEA 2E6YA 4DPQA 4LS0A 1OFEA 3B0VC 2WNNA 3W7OA 4IMEA 3W73A 2C13A 3TSDA 4A2RA 1ADOA 1D9EA 3HPZA 1ZFJA 3LCWA 3W7DA 1UUMA 4CQAA 3HBLA 4XTDA 2X30A 2WO5A 1VLIA 1WA3A 3HIJA 1GVOA 2A85A 3TC7A 1O5XA 2ATMA 2VFFA 5AHFA 3W7NA 2C18A 1WXJA 1T96A 3TMLA 4UNKA 1T0OA 3C4UA 1M7PA 3UQNA 3PULA 1JRBA 4AHQA 4ICNA 3ABRA 3RMJA 1JCYA 1JJKA 2NWRA 1RQBA 3R2GA 3LLFA 4XKYB 1KBIA 3LV5A 2ZQ0A 1YTEA 5KZDA 3LERA 1UB3A 1DHPA 2CLOA 1OJXA 1P4CA 1Z41A 4MZ8A 3W2JA 4UFHA 4GUGA 1AW1A 1TTIA 1LBMA 1BWKA 5K2ZA 3PSWA 4RXFA 1OFAA 2FB3A 2W79A 4PA8A 1GTEA 1H7RA 1SW0A 3QF0A 3DBPA 2WSQA 1OFBA 1F76A 2ZZ5A 2V5BA 3NQ6A 1GPWA 1H50A 4IMDA 3GKAA 4R7JA 3BLFA 3EWBX 4FNTA 1PHQA 3V75A 5FEPA 3GIYA 2Y61A 4IJBA 3P74A 3KXQA 4RCXA 4K8EA 4IPIA 3LRLA 1JCXA 5GVJA 1E51A 3SY5A 3NPWA 4U4MA 3R8RA 3C8FA 2RKXA 2J6XA 4NJJA 3WFAA 2J24A 3KRZA 4JTJA 1FCBA 3PWAA 1TPEA 3G1SA 1N8FA 3P7YA 3G1VA 4LRSA 2WPBA 5F4SA 5DXXA 4ORIA 4FEZA 3W2MA 4DBEA 4X3ZA 2XN1A 1HFBA 5A8GA 3TSMA 1F5ZA 2X1TA 4RZ5A 1S3HA 2YW4A 4QISA 1JULA 4JIPA 1OX6A 2QUTA 1PIIA 1WBJA 5K9XA 3W1NA 2X1RA 4DF1A 4HNTA 3R89A 2J9XA 3O07A 4LRTA 4TX9A 2UV8G 2QUUA 2QCMA 1N55A 2ZRXA 3VKJA 4JGDA 2QJGA 1W3IA 1VS1A 4KFOA 1A5AA 4Q33A 4ORMA 3THAA 5F1UA 1NVMA 2YSWA 3ELFA 1ME8A 4LY8A 4N9EA 2YXGA 1KLYA 3LRKA 3F03K 4Z08A 1D3HA 2WNZA 4M6PA 4N4QA 1F6KA 5EKYA 4LOCA 1JCMP 1L6SA 4WXYA 1H7XA 4S1FA 3LX9A 4NXSA 1I8JA 4FXRA 1XL9A 2Y70A 5IBXA 3L68A 4RKAA 1LROA 1XBYA 3SW6A 3B4UA 4ONVA 3MP3A 4GXMA 2C1HA 2WJZA 3BGGA 3S0CA 4R53A 1TJRA 2Q8LA 2CLHA 3THQA 3I7QA 4UCGA 1LP6A 3CLMA 4QQ3A 1GEQA 3STGA 2C6QA 3KAOA 4XKYA 4N02A 1A53A 1HUVA 2ZTJA 4C1LA 4L4MA 4NX5A 3OA3A 5TBOA 3M16A 3T78A 4AMAA 4Z0SA 3NOEA 2E68A 4DELA 1KM6A 1SW3A 1KFKA 1R2RA 4FXSA 4O16A 5BRBA 1LBFA 1WYIA 3ANYA 4HNUA 1OFDA 1U83A 2ZZ1A 3WJSA 1THFD 3Q94A 4UFMA 2TPSA 3LCLA 3O6CA 4FX6M 2YFNA 1W5PA 2V9DA 3NPXA 3W7GA 4NT0A 1RQEA 3NNTA 4UFKA 2CWNA 5FESA 1WOBA 3GKFA 4EF9A 5K7JA 3GB6A 3UZJA 2I14A 4KWWA 4OGZA 3RF9A 4DF2A 4TO8A 5FF2A 4MIMA 2QAFA 2FDSA 1M5WA 3UY7A 4YL2A 3NDOA 5CGQA 3S5YA 3MHGA 4A21A 2VFDA 3LGEA 3LV6A 1KTBA 3LHZA 2BX7A 4QM1A 2Y89A 3CC1A 4GNJA 3VFLA 1KFBA 4MZYA 3T55A 1VPXA 4LNYA 3C2VA 1K8ZA 3E12A 1LCOA 3LHTA 1G6CA 1EX5A 1JVNA 1KFCA 2RH9A 3GR8A 4RJEA 4MKNA 2VFHA 4JTSA 3C0JA 1I2QA 2Z2UA 1TTQA 4Y96A 3G3DA 3U2OA 1OYBA 1Q6OA 4N6FA 3S1VA 1PS9A 3C2EA 4LW7A 4GE8A 1HG3A 2VKZG 4J9JA 4IMGA 5DBTA 4WY0B 1LM1A 1QO5A 3PR2A 3MI2A 3MO7A 3W2LA 4BK9A 3CQ0A 2J88A 3I68A 5KMYA 3QQ0A 1PE1A 1X8FA 1YDVA 1G4SA 1EPXA 3EXTA 2P0OA 3NAVA 4O1AA 3DKJA 4WY0F 4UR8A 1W5NA 1ZAJA 3W7LA 4B5NA 4FF7A 1XKYA 4EWND 1TPVA 1WOAA 2QCEA 3H54A 4FNQA 3SI9A 5D38A 4IUOA 2VEPA 2QDHA 4E2DA 4N9DA 2E5BA 2VFIA 4G1KA 5F2GA 1ALDA 1TV8A 2P1FA 4N6EA 2GVLA 4C1KA 3MHUA 2R94A 1TV5A 1FBAA 2ZBTA 4MOZA 5FEZA 2CLLA 3ABOA 1OFRA 2QCHA 3W1LA 4WOQA 3EWXA 3GK0A 3W1UA 2OT1A 1H1YA 5AC6A 3QMSA 3W7RA 2ZRZA 2CW6A 1X1OA 4ZMGA 4O28A 3M7WA 4RR4A 3WJWA 3LXCA 4WD0A 3FLUA 4FO4A 5J5RA 3ZS4A 4KWVA 2NLIA 1QCWA 4HT3A 4DPPA 3E0IA 5AHIA 4Z1DA 3W74A 4JN6A 1RQHA 4AF0B 2QAPA 4O10A 5LSMA 2QR6A 2C14A 1W31A 3IIPA 3SJ3A 4CLMA 4ZQMA 4Y9AA 1FWRA 3B06A 3HGOA 5E93A 2CLKA 3DHFA 1SR9A 2A7PA 3USBA 3P8JA 1XDLA 5DCEA 3GZ3A 2OJPA 3C2FA 4E0CA 1B57A 1LRNA 5C55A 3IIXA 4LTSA 1KFLA 2FPVA 4MLRA 5HINA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3QYQA

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