3R9PA

Crystal structure of acka from mycobacterium paratuberculosis atcc baa-968 / k-10
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
RRVLVINSGSSSLKFQLVDPEFGVAASTGIVERIGEESSPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALQGIEVARRLLPDIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSIVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLAGGKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords AckA
publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
total genus 135
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA02
3H6EA 1NGDA 3VEYA 1HX1A 3CHWA 5BN8A 3M3ZA 5AQWA 5FPNA 3ZX2A 4CD1A 2CGJA 1QZ6A 3GBTA 3CQYA 2E2NA 3O5BA 4BRPA 1NGFA 2P9PA 1BOTO 3ENHA 4BRMA 3H1VX 1K8KB 1QHAA 2YI1A 1TYQB 1YAGA 3CQXA 1MWMA 3L0QA 5AQMA 3O6WA 5AQHA 3ULEA 4CZGA 2GTDA 4CZKA 5F0XA 3SK3A 4CBWA 2P9NB 3H3NO 2FSNA 3MCPA 3CJBA 2CGKA 1U6ZA 2I7PA 4B1VA 4K25A 2W40A 3VGMA 5AFUA 1JCGA 5AQLA 1KAYA 3L6QA 1NWKA 4EHUA 3MN6A 5F2RA 4JNEA 1QQOA 5FPDA 2VYPA 2A41A 1GLBG 3OHRA 3CJAA 3SMSA 4B1WB 2E20A 3LM9A 3GL1A 4IJNA 4XH5A 1RFQA 3IDHA 1V4SA 4FWQA 4MO5A 4WQ5A 1E4FT 3G25A 4WQ5C 4IZ9A 3ATVA 5AQFA 4FOEA 2Q31A 5AFUH 1GLAG 1ZBSA 4HTLA 2V7ZA 3C0BA 4FO0A 4IJAA 3MN9A 3U4LA 2V52B 2IVNA 5AQKA 3FR0A 4PL8A 4BROA 5BPNA 5EX5A 2ASPA 2P9KB 1LCUA 2V7YA 4BRLA 1H1VA 3D2EB 4ISFA 4BC2A 3CI5A 3AY9A 5AQIA 1EQYA 4H0YB 2YCHA 5AR0A 3WXIA 5ELZA 2P9LB 3FFKB 5EOYA 1HPMA 4AM7A 1NM1A 4BVOA 2F9TA 2Q1NA 4PKIA 5AQGA 4DQ8A 1T44A 2Q0UA 4FPBA 1U2VA 3AAPA 3VOVA 4QS7A 4DCHA 1V4TA 3WXLA 4H03B 4JAXA 3EKUA 1NGBA 1NGIA 2BTFA 4JHDA 4BR9A 3D2FA 4CBXA 1HKCA 3DXMB 4BG9A 3U9ZA 3F9MA 2V51B 3H45C 5AQJA 4BRNA 3A0IX 3VETA 4BRFA 5AQNA 5AQXA 4FSVA 1SAZA 2HF4A 4PL7A 3UB5A 4BGAA 4JD2A 1GLFO 3FZKA 3SMPA 4ISGA 4FWKA 1BDGA 4BRIA 4XH1A 4BREA 1HKBA 2GWKA 4K43A 3O08A 3VEOA 2GWJA 3WQTA 5KPTA 5EY4A 4F9OA 3VF4A 2E8AA 3GG4A 3O1WA 4IXCA 4I6MA 3J8AA 3R9PA 2P9PB 4FWSA 1ESVA 2J4RA 3S41A 4NB4A 4O8KA 5BRFA 4BGBA 5AZIB 4FWOA 4GY2B 3ZEUA 3A5LC 2QW9A 5AZJA 4CZMA 3ULEB 3JS6A 1XC3A 1RDWX 4H0TB 3O80A 3A5NC 3DAWA 4MLHA 4WYBA 3VEWA 4M63C 1OKJA 4IWVA 3LDNA 3VEVA 1S3XA 2QWLA 3DXKA 3ZETA 4BC3A 2IVPA 4BRQA 1MDUB 1ZXOA 1NGHA 2EWSA 1RGIA 4FOIA 3A8YA 1ZC6A 5FPMA 1WUAA 4H0VB 5CE3A 3C7NB 2CGLA 4CZEA 3JXUA 3U8XA 5JMVA 5BREA 1DKGD 5AQOA 5TKYA 4Z94A 2QWOA 1QQNA 1WOQA 3O8MA 4K42A 2H3GX 1MWKA 1KAZA 3DJCA 1R59O 4ISEA 4CI6A 4QS9A 1KXPA 5ADXA 4B1ZA 5I9EB 2D1KA 1NMDA 4BRAA 3A5OC 2P9IB 5KQ8A 3KZBA 3LDOA 1TYQA 3IUCA 2HOEA 3BEXA 4BRHA 3LDQA 3QBWA 2FLOA 3VENA 3CIPA 2A40A 2E2QA 2E1YA 3I8BA 4J8FA 5FPEA 2YHXA 5LJWA 3HZ6A 3SLCA 2BUPA 3D7EO 1BA0A 2P9NA 2D0OA 5AQUA 5LJVA 3CERA 2A42A 2W41A 3H3OB 3HM8A 3O4WA 3QB0A 3HBTA 4FWNA 3VEXA 4CZJA 1XQSC 1IJJA 2DPNA 3MN5A 1GLEG 5BRHA 3WXKA 3FZFA 3MMVA 4FWMA 3LL3A 2PAVA 3ZX0A 1QQMA 4M7XA 1BO5O 1G99A 2YHWA 1ATSA 4JHDB 4B9QA 5AQRA 2UYTA 1NGEA 3VESA 3H1QA 3H46O 3WUHA 4CZIA 5B8HA 2QM1A 1BG3A 1Q18A 2NZTA 3EL2A 3LM2A 4PKHA 5LY3A 1TUYA 2P9SA 1KAXA 4E1JA 3MN7A 5EVZA 2ASOA 5E26A 4BC5A 3CJ1A 3KVGA 2GELA 3EO3A 5E84A 1J6ZA 4L3QA 2P9UB 2A5XA 4Y0WA 2E88A 2Q0RA 4QS8A 4BR7A 4BRGA 5F1XA 2A6AA 2CH5A 3D2EA 4I6MB 1YUWA 3LDLA 2YJEA 3AARA 2AP1A 3ZEUB 3W3DA 4B1UB 1LOTB 4H5VA 1QZ5A 2E2OA 1NGGA 3BF1A 2D4WA 2P9LA 3ATUA 1CZAN 3UKUA 3IFRA 3DXKB 2Q36A 3MK6A 3IMXA 3WEEA 4CZLA 3BF3A 2KHOA 1X3MA 4M7YA 2NRHA 3RSEA 2D0PA 1HUXA 2AA4A 3U9DA 1HJOA 1BUPA 1YXQA 3BP8A 3VERA 3QICA 1YVNA 1X3NA 4BQLA 3WQUA 3O1BA 1P8ZA 3VGKA 4AM6A 2ASMA 4A2BA 4H0XB 1DGKN 3UKRA 1IG8A 4GNIA 2IVOA 4C23A 4A62A 4H0PA 3EKSA 1SZ2A 1NGJA 1JCFA 3VF6A 2ZGZA 4EFHA 4BR4A 4RWTA 3TPQA 4CBUA 3CETA 1BA1A 3ID8A 4BC4A 3VEZA 3GDQA 1NGAA 2GUPA 3HI0A 4MO4A 5AZIA 3LDPA 3CJ7A 3WXJA 5BRDA 5KPRA 4A2AA 5BPLA 1Y64A 1E4GT 3QBXA 3VPZA 3QFPA 3QFUA 4PKGA 4EIAA 4LC9B 5AQVA 3R8EA 2E2PA 1HLUA 4CJ7A 2CH6A 1NGCA 1MA9B 1NBWA 4CD3A 2IIRA 1K8KA 4H5RA 2FSJA 3L4IA 1JCEA 2FF6A 3QMLA 5AQYA 3WT0A 3CJCA 3FZLA 1GLJO 4DB3A 4BRKA 1GLDG 3M1FA 3C7NA 5AQSA 4WQ4A 3SJHA 2GEMA 4WQ4C 2Q2RA 2HF3A 3KHYA 2QWQA 5KQDA 2ZGYA 3BUZB 4BR5A 2E1ZA 2F9WA 3FE1A 1X9JA 3FLCO 4H5WA 4YDUA 5ADXH 2QWMA 3A5MC 4KBOA 4YDUC 3MDQA 2A3ZA 4O5FA 4XEIA 3CJ9A 1U2VB 4H5NA 1Z6RA 2Q97A 1TUUA 4RCHA 4CZHA 2P9SB 4H5TA 5JLHA 4MLEA 3ENOA 5AQPA 3D2FB 3VF2A 1BWFO 2P9IA 2QWPA 1GLLO 3EZWA 3M6GA 4BG8A 5AQQA 1T6CA 4K41A 1XUPO 5EXWA 4BQZA 4JD2B 1SQKA 3EN9A 5BPMA 1BU6O 1HKGA 4DHYA 2YHYA 4BR0A 1S22A 3VGLA 4B1YB 3I33A 4H0OA 3DWLA 3W0LA 3TU5A 2FSKA 5JLFA 2QWNA 3GE1A 4BRDA 1DEJA 1T6DA 5AQZA 2ITMA 2FXUA 2WUSA 2P9KA 4FPAA 3UKUB 2PBDA 3AAQA 1C0FA 1Z05A 3GOIA 4FWLA 4NO7A 2NLXA 2VCPA 4CZFA 3WEEB 2I7NA 1ATNA 2OANA 3FGUA 1GLCG 4JN4A 2QWRA 5AZJB 1ATRA 3FZMA 3HTVA 4IO8A 3RSEB 3B8AX 3UE5A 4FL9A 4FWPA 2HMPA 1C0GA 5BR9A 4B1XB 3ZETB 4RTFD 4BR2A 4FWRA 5KPZA 3HSCA 3QDKA 4EHTA 5AQTA 1D4XA 4XH4A 2ZWHA 3ZX3A 3UKRB 2ZF5O 5BN9A 3DXMA 2VWBA 2QXLA 3P4IA 2P9UA 2FF3B 4BVPA 4BRCA 4A61A 3FZHA 4EAHD 5JICA 2YJFA 3R6MA 4HWIA 1NLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HX1A 1KD1O 2YX6A 4KV8A 3NH1A 2DFFA 5AQWA 1U49A 2ETJA 2CGJA 1K6YA 4CJ4A 2W6KA 3SBGA 4FVMA 3E9LA 3AVMA 1TKXA 2P9PA 4LH5A 2HB5A 1Y97A 2BE2A 1BI4B 1QHAA 3H1VX 1MWMA 3AVAA 2QKKA 2BANA 4CZKA 1XMOK 1QSLA 3SK3A 3PUFA 4B8AB 3LP0A 2Z1GA 4CBWA 3LWLA 1W0HA 1Q9YA 1NJWA 4OO1J 3VGMA 1G15A 5J2MA 3F2KA 4KH6A 3QLHA 1KAYA 3L6QA 3RMDA 4JI2K 4KPYA 2O4IA 1NWKA 4EHUA 4F8RA 3NGYA 3KLEA 4IBNA 5F2RA 3MEEA 4JNEA 3NGIA 4CEBA 2A41A 1J5EK 3F73A 3PX0A 4F4KA 4E89A 4EZ9A 3IDHA 4FWQA 4WQ5A 3G25A 1VSEA 3LWMA 2IGIA 1RTDA 3ATVA 4FOEA 5AFUH 1O1WA 3V1QA 4LF4K 4A57A 2W6LA 3U4LA 3SUNA 2X6SA 3AO4A 4BROA 5BPNA 5LMNK 2XHBA 2Z1IA 3D2EB 4LF6K 3E1YA 4IOAL 4H0YB 2F96A 4JI5K 4DR1K 3TABA 5AR0A 1S1VA 3L2QA 5HRPA 4AM7A 4BVOA 5J2NA 1WSIA 4JI3K 2F9TA 2Q3SA 2Q1NA 4CW7B 3WNGA 3N4PA 2KLAA 1M1KO 1KVAA 4I9LA 2G8UA 4IEEA 4JAXA 4OJRA 3CFPA 4DR7K 3HO1A 1NGIA 2BTFA 2HHQA 4LFBK 3AGKA 3D2FA 1RBUA 1XMQK 5HROA 1E3MA 2WC9A 3DI6A 3U9ZA 3PIOL 2V51B 1IKXA 3AVCA 3U6FA 3VETA 4BRFA 5AQNA 1LW2A 4FWKA 3C94A 4CK3A 4QAGA 4FK2A 3NCIA 4BRIA 4IO9L 3UIQA 1WSGA 4CJPA 1BGXT 1NOYA 3MECA 1KVCA 3K5OA 4GKJK 3WQTA 1U48A 1C1AA 1Q9XA 1Z26A 5KPTA 1KFDA 2E8AA 3V9SA 3O1WA 4CVNE 1ESVA 4OKKA 2FBYA 3ZSOA 3DLBA 4GY2B 4E19A 1XC3A 3O80A 2YKMA 3NHGA 1OKJA 3LDNA 3VEVA 3G0ZA 4DR5K 4DF8A 1VSFA 3ZETA 3ZT0A 3OW2M 2OCEA 3M8PA 1REVA 4FLXA 1RTJA 5FPMA 1WUAA 4LD0A 3T3FA 4O0JA 5GAHP 2O8CA 3CFRA 3CFOA 2HHWA 1C0MA 5JMVA 3AO5A 1SL0A 5TKYA 2ZJPL 1JKHA 1WOQA 4DV0K 4FJLA 3WNHA 3TANA 3K5LA 5C12A 1UOCA 1C1CA 4DS4A 3KLIA 1KXPA 3OJSA 3VN5A 4YOUA 1ZBIA 3A5OC 2P9IB 5KQ8A 3KZBA 1BI4A 3LDOA 2HOEA 4CHPA 4I7FA 1BQMA 2FLOA 4KO0A 3VENA 3I8BA 5LJWA 3HZ6A 4GMJB 2WOMA 5FROA 4DQRA 2D0OA 4Z4IA 3L3UA 3F9KA 1U45A 3C6AA 3H3OB 3MXJA 3HBTA 1M90O 3L2VA 3OYGA 2DPNA 4N47A 3MN5A 1GLEG 4DG1A 3WXKA 3OY9A 4CFDA 2E4LA 2BH1A 3HP6A 3ZX0A 1QQMA 3R3LA 1K8AO 1UA1A 5GAGP 4JHDB 2IDOA 4Z4GA 4B3OA 5AQRA 2UYTA 4BACA 1NGEA 3H1QA 4KTWA 4CZIA 3LP3A 1MU2A 2IS3A 4A5BA 3IG1A 4AQYK 1TUYA 3K9JA 3LAKA 2PY5A 1UA0A 2G8IA 1VQLN 3P39A 4E7LA 4BC5A 1EO1A 3KVGA 4H8KA 3AVNA 3EO3A 4ZHRA 4JI7K 2A5XA 1WSFA 2E88A 2Q0RA 2ZD1A 1D5AA 5F1XA 1S6QA 4DUYK 3D2EA 4C1NK 1GOCA 3LDLA 4FJNA 1EWQA 2D5RA 3OYAA 3RMBA 4BE1A 2KZMA 1J5OA 1FJGK 4C8KA 1NGGA 4FK0A 1RNHA 1KC8O 4GV6A 3UKUA 3IFRA 1TKDA 2Y1IA 4G1QA 3CCLN 3IMXA 3WEEA 3LP1A 2A1SA 4YORA 1VAZA 1TK5A 3T1AA 1WN7A 1X3MA 4BWMA 2D0PA 3RSEA 3OS2A 1HJOA 4AILC 2O8BB 3MEDA 1B9DA 3AV9A 1NMNA 3O1BA 4AM6A 3HT3A 4JLHA 1NK4A 1ZBLA 4GNIA 1OH6A 3AVLA 1SKWA 2DTUA 5IT9O 1ASUA 2X74A 4C8NA 4FJJA 4CJLA 1SZ2A 4EFHA 3JSMA 3NMUA 3SQ0A 3NH2A 3GDQA 1ASVA 4B9MA 2OYQA 5JVHL 3JAMO 1NJXA 4WF9L 2GUPA 4A59A 3LDPA 4B9SA 5CYQA 3CJ7A 5KPRA 5BRDA 1OH7A 1L3UA 5BPLA 5IWAK 3OYKA 1XNQK 1S9GA 4DQSA 4EIAA 1KLMA 4CHNA 1NBWA 4Y1DA 2B5JA 3N4QA 1K73O 2FSJA 3VQ9A 4CFBA 2Y1JA 4Z4EA 5AQYA 1Z25A 4BY9C 4BRKA 3M1FA 3CG7A 4AHTA 4WQ4C 4IDKA 1WBDA 3AVBA 2B6AA 1VQMN 4BR5A 3T7ZA 3FLCO 4YDUA 3EE9A 1YTAA 3MDQA 3HOSA 4XEIA 2KW4A 1I39A 4DFMA 1Z6RA 1VQ7N 1HQEA 2VG7A 4RCHA 4YOTA 5BR8K 3PX4A 4DLEA 1SL2A 4WCEL 3SPYA 3IAYA 2P9IA 4KTQA 1BCOA 3M6GA 4BG8A 3SZ2A 4KB1A 4DTNA 1TK0A 4DV4K 1I3AA 3L4QA 1XUPO 5EXWA 3TTFA 4JD2B 1SQKA 3L2WA 4QOZB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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