The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
GQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Chaperone
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| molecule keywords |
Protein hfq
|
| publication title |
Cooperation of Escherichia coli Hfq hexamers in DsrA binding.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
15
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YLB A; 4M78 F; 2VXE A; 1BIB A; 1Y96 A; 4HT9 A; 4JUV A; 4M78 B; 5LJ3 g; 5CAI A; 4M78 E; 1TH7 A; 5GAN 4; 1I8F A; 4M7A A; 4M77 C; 1M8V A; 4M77 G; 4PJO D; 1I4K 1; 4NL2 A; 1X01 A; 4M7D D; 4M75 D; 2FB7 A; 4XU2 A; 5LJ5 f; 3RKW A; 2DKG A; 2YLC A; 2EJF A; 5GAM d; 5GAM e; 3FB9 A; 4M78 C; 1JBM A; 4M78 G; 4XTU A; 3VU3 C; 4C92 A; 1JRI A; 2VC8 A; 1U1S A; 4JLI A; 4XTX A; 3L2Z A; 4F7U A; 4A53 A; 1WQW A; 3JCM V; 1N9R A; 4WF2 A; 4J6X A; 5GAM g; 4M7A D; 3FIF A; 3SB2 A; 2DJZ A; 4QVC A; 3EFS A; 4J5Y A; 3V7R A; 5I21 A; 1D3B B; 3JCM X; 3JCM P; 4PJO B; 4XU0 A; 3SWN A; 4C8Q F; 3RER A; 1LJO A; 4C92 D; 4M7D B; 2DTO A; 4OP0 A; 3AHU A; 3V7S A; 5LJ5 h; 4C8Q E; 1WQ7 A; 3QUI A; 3JB9 H; 3L1A A; 5GAO n; 1I5L A; 4M7D A; 1KQ2 A; 5GAN 5; 5GMK m; 3V8J A; 4NOY A; 3PGG A; 3QHS A; 1U1T A; 3QSU A; 5DY9 A; 3JCM f; 2E65 A; 4C8Q C; 2DVE A; 2DXU A; 3FJP A; 4C8Q G; 5GAN 6; 4JRK A; 1M5Q 1; 4XU3 A; 5LJ3 f; 4M77 A; 4HA8 A; 5GMK l; 1LOJ A; 4HT8 A; 3JB9 J; 2K57 A; 1BIA A; 4F7U B; 3JCM b; 5GAN 2; 1H64 1; 3HFN A; 3JCM Q; 4EMK B; 2E1H A; 4M78 A; 2DTH A; 4NL3 A; 2DEQ A; 4PNO A; 4PJO F; 5LJ5 j; 1KQ1 A; 2EJG A; 2HNI A; 1WPY A; 4M75 F; 5GMK j; 4M7D F; 1MGQ A; 3EFR A; 4M75 B; 4M77 D; 5GAN h; 4PJO E; 3V8L A; 3RKX A; 5GMK i; 2ZGW A; 3JCM h; 4M75 E; 2E41 A; 4X9C A; 4XTV A; 5GMK h; 5LJ3 j; 3GIB A; 4M7D E; 3INZ A; 4EMK C; 1Y96 B; 2I2L A; 2RB6 A; 4RCC A; 4J6Y A; 2DTI A; 4XU1 A; 3JB9 D; 4M78 D; 5LJ3 h; 2YHT A; 1N9S A; 3HFO A; 4M7A F; 5GAN f; 4XTY A; 4PJO C; 3JB9 I; 2RA2 A; 4PJO G; 4M7A B; 3JCM J; 2Y90 A; 4M7D C; 2CGH A; 4M75 C; 4M7D G; 4M75 G; 4V2S A; 4N0A C; 4JRI A; 4XTW A; 4Y91 A; 4EMH A; 5LJ5 d; 2DZC A; 3BW1 A; 5LJ5 e; 5GAO m; 4M7A E; 5GMK e; 1B34 A; 2VXF A; 4C92 F; 4J6W A; 2QTX A; 3BDU A; 4MMK A; 5LJ3 d; 4C92 B; 1YCY A; 3RKY A; 4F7U F; 5GAO r; 3V7C A; 4C8Q A; 4C92 E; 5GAO q; 3BFM A; 5LJ5 g; 4QVD A; 4M7A G; 4M7A C; 2RD1 A; 4F7U E; 3JB9 F; 3M4G A; 4A54 A; 5GAM h; 5GAN j; 5GAO l; 4XTZ A; 1I81 A; 3BY7 A; 2E64 A; 3RUX A; 4PJO A; 4C92 C; 3JCM W; 2EAY A; 4C92 G; 3RES A; 3SWN B; 4F7U G; 5GAM f; 1HXD A; 4C8Q D; 5GAN 7; 2RM4 A; 3HSB A; 3JB9 G; 5GAN 3; 5GAO p; 3JCM c; 2JN0 A; 5GAN d; 2DXT A; 5GAN e; 3SWN C; 3JCM d; 4X9D A; 4EMK A; 3JCM e; 2EJ9 A; 2E10 A; 3RIR A; 1LNX A; 1D3B A; 4DQ2 A; 4M77 F; 1WNL A; 2DZ9 A; 2EWN A; 1B34 B; 4XQ3 A; 4M77 B; 5LJ3 e; 4RCB A; 2FYK A; 4M75 A; 4EMG A; 5GAM j; 5GAN g; 5GAN 8; 4MML A; 4N0A A; 4M77 E; 3JCM g; 1HK9 A; 3V8K A; 3QO3 A; 4C8Q B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YT6 A; 1Q86 U; 1OV3 A; 4R0K A; 5KYN A; 2NUT A; 2AZV A; 4AFU C; 1PKT A; 2P0K A; 4NL2 A; 2FB7 A; 2HEQ A; 1Y57 A; 1NLO C; 1W1F A; 2DPP B; 1KK7 A; 3TQ7 P; 4OMN A; 4BDZ A; 1MV0 B; 2DD5 A; 3A8H B; 4WF2 A; 3LWI A; 4JJC A; 3CCJ A; 1KQS A; 2DIG A; 1M4Z A; 3EFS A; 3LGF A; 2XDD A; 1RAI B; 1YHQ T; 4IUP A; 3VV0 A; 3O8V A; 3SWN A; 3X24 B; 1UUE A; 4E7Z A; 4IUU A; 1T0H A; 3A8M B; 2KVQ G; 4LD6 A; 4ELZ C; 2PU9 B; 1ZBJ A; 2K3X A; 3V8J A; 3CCE Q; 3CCV Q; 3VS5 A; 3TU4 K; 2OTL T; 1UJ0 A; 1YIJ A; 1Q82 U; 3OYY A; 4ESR A; 2QGG A; 2PNI A; 1OQK A; 1VQL Q; 4M77 D; 4BY6 B; 2C0T A; 3SD4 A; 4J6Y A; 2O4X B; 2O9V A; 2RH2 A; 3C95 A; 1WIE A; 3VRZ A; 1VQP A; 3C4S A; 4DBF A; 4M7A E; 1ARK A; 1QVG P; 5GAO q; 2RD1 A; 1WJS A; 2D8H A; 3M4G A; 5GAM h; 1I81 A; 2EGE A; 2K6D A; 3JCM W; 2GTO A; 2L5Q A; 4KT0 E; 4HVU A; 1W4S A; 1AZE A; 4A4K A; 2FRY A; 2M0O A; 2QK0 A; 1KFZ A; 4PFZ A; 1VQO Q; 2DFU A; 3ZFJ A; 2QQS A; 1E6H A; 1ZQ1 A; 3M54 A; 4YTL A; 2F69 A; 1KC8 R; 2E10 A; 3QBY A; 4BI8 B; 3HRT A; 4DQ2 A; 1HSQ A; 2PUK B; 4PJO A; 5GAN 8; 3HPW A; 1QWE A; 1PSE A; 3NTH A; 1UGS B; 4DEX A; 2YLB A; 2XDB A; 4RTV A; 3L2R A; 3HL8 A; 3CMA A; 1K9A A; 4M77 C; 4M77 G; 5FWC A; 4L59 A; 1X01 A; 2VV5 A; 5KE2 A; 5GAM e; 4OMO A; 4D8K A; 2X3X D; 3QJY A; 4BE1 A; 5FU6 B; 1AOJ A; 4ZGE B; 2DER A; 4GLM A; 2ZCF B; 4QKU A; 3H0I A; 3G4S Q; 1ZSZ C; 2YRV A; 1PRL C; 3TRE A; 5A0G A; 2VB6 A; 1VQ8 Q; 3QUI A; 2F5K A; 4NOY A; 1W2B P; 1M30 A; 2COW A; 4OGE A; 1WX6 A; 1PCX A; 4UC4 A; 3HTR A; 1GBQ A; 1FYN A; 1VQ4 A; 3QZ9 B; 3KFV A; 1VQ5 A; 2K3Y A; 2V8K A; 2MAM A; 3I56 T; 4HCB A; 5GMK l; 1TOV A; 5CQX A; 3LH0 A; 3BE3 A; 2Y4Y A; 2DTH A; 4C0D B; 2CP2 A; 4M7D F; 2W0Z A; 3CME A; 2RI2 A; 5L23 A; 2I2L A; 4RCC A; 2NUP B; 1QCO A; 4M78 D; 3M58 A; 4RMO A; 1KIK A; 5AYF A; 3M0P A; 4GBQ A; 2L3S A; 1MV3 A; 1K8A U; 4C8Q A; 2H3J A; 3E9G A; 3UF4 A; 2Y4X A; 1OPL A; 2JMC A; 4O5V A; 2QQB A; 3FEO A; 5GAN 3; 1GRI A; 2JN0 A; 2JXB A; 3EGU A; 3CCQ A; 2R57 A; 2GCX A; 2AK5 A; 4QQD A; 4OVA A; 2PZ1 A; 2ED1 A; 1B34 B; 4M77 B; 5GAM j; 2MI6 A; 1K73 C; 2R58 A; 2C06 A; 1MMA A; 3NHN A; 5CAI A; 1M1K U; 3OYE A; 1I4K 1; 4LD9 K; 1NJI C; 3CBP A; 4BUG A; 4M78 C; 4M78 G; 3QXE B; 1ZSZ B; 3CCL T; 2LX7 A; 1TXQ A; 2COZ A; 2RHY A; 3SB2 A; 2CUD A; 3G7Z A; 1K76 A; 3RBB B; 3MJX A; 2EVR A; 2W10 A; 2DTO A; 5FRO A; 3CCR A; 1YJN A; 2ZAE A; 3V7S A; 3CC2 A; 4C5H A; 3THK A; 3NTI A; 1ACM B; 3SDZ A; 3MHX A; 4J9B A; 2XHC A; 1WI7 A; 3ASK A; 3PVQ A; 1FMK A; 4ELY C; 2RHI A; 3OMG A; 2EQJ A; 2HQX A; 3OYL A; 1M2V B; 1H64 1; 1R0B G; 3X26 B; 3A5Z B; 2KXC A; 4PJO F; 2D0Q B; 2EJG A; 5DLO A; 2M02 A; 4MDX A; 3RKX A; 1Z9Z A; 4BE0 A; 3I35 A; 3DKM A; 3PE0 A; 1X6O A; 2P4T A; 1ZA1 B; 2GF7 A; 1XNI A; 2HQH A; 5EG2 A; 1VQM Q; 4JRI A; 3L2U A; 1GCQ C; 3H41 A; 4PLL A; 1KD1 C; 4C0F A; 3FLG A; 5L8R E; 2QEX T; 3M0S A; 2X4J A; 3UPU A; 1N8R R; 2DAQ A; 2QYZ A; 1TU0 B; 2CZ1 B; 2LTO A; 2E64 A; 5IXF A; 1VQ7 A; 1YN8 A; 3EH2 A; 5CK9 A; 4N4G A; 3NMZ C; 4BAC A; 5FWB A; 3S3O A; 2L3Q A; 2O01 E; 2FL7 A; 2JS0 A; 1YP5 A; 4B9W A; 1NEB A; 3J7A F; 4N0A A; 3RDV A; 4M78 B; 1ZBX A; 3G71 T; 1RAF B; 3JV3 A; 2B8A A; 5AT1 B; 1RAG B; 4MZP A; 4Y28 E; 2EIF A; 3RKW A; 2DKG A; 3CC4 A; 4C92 A; 1JRI A; 1QLY A; 3VS2 A; 2HBP A; 2KXD A; 2EKH A; 2H3E B; 3UA6 A; 2KAF A; 1IZ6 A; 3LYI A; 1IRX A; 4C8Q F; 4ZGD B; 2X9H A; 3VRY A; 2G3R A; 3ULR B; 3LGL A; 3EG9 B; 3KUF A; 1B7T A; 3QWX X; 4BD3 A; 1YIT A; 5CKH A; 1WLP B; 3X20 B; 2DF6 A; 3G6E T; 4CRI A; 2DL3 A; 2WSC E; 1LPL A; 1K9M R; 1C6V X; 1KJW A; 1VQN A; 1B3Q A; 5FRM A; 4PFO A; 1UGV A; 4M7D E; 3U23 A; 4X9C A; 5GMK h; 3OQ5 A; 3GIB A; 2RB6 A; 5KE3 A; 3JB9 D; 4ORZ A; 3JCM J; 3QII A; 2J6F A; 4PJL A; 4OMF B; 5KCH A; 2VXF A; 3BDU A; 5LJ3 d; 2YUO A; 1RL2 A; 3V7C A; 4OML A; 2F1L A; 3MEW A; 2A3L A; 1WXB A; 5DLQ E; 1Y7X A; 2KI7 A; 2EAY A; 3O5Z A; 1ZUY A; 4VUB A; 2K3B A; 1YI2 Q; 4F04 B; 5HCK A; 1K4U S; 2DK3 A; 2DIQ A; 5ECA A; 5D6W A; 1LNX A; 2ZPH B; 1OX8 A; 2DZ9 A; 2ECZ A; 1HK9 A; 4E7I A; 4KH1 B; 1G83 A; 3M0Q A; 1TH7 A; 1JU5 C; 1D0Y A; 3OYN A; 3FC3 A; 2OTL A; 3HKS A; 1PRM C; 1VQ6 Q; 1G3T A; 1DJ7 B; 1OX9 A; 1N5Z A; 4XTU A; 2RJC A; 4KUD K; 3EFO B; 4LDY A; 3GLX A; 1BK2 A; 1YJW A; 1VQ5 Q; 3ME9 A; 1RAB B; 2LQK A; 3OYB A; 1ZHI A; 2RHX A; 2GQV A; 4EDU A; 1Q81 R; 2EPD A; 4ZN3 A; 4JZ3 A; 2RPN A; 1GFC A; 3QSU A; 5FU7 C; 2Z0W A; 3FJP A; 2FPF A; 5GAN 6; 2EQU A; 1M9S A; 2JTE A; 2LP5 A; 2KYB A; 4E7S A; 1YWO A; 3I5R A; 3CC7 A; 4HT8 A; 1VOM A; 1W6X A; 1D1B A; 1XJW B; 4NL3 A; 4AFS C; 2HNI A; 1Q7Y U; 4IIO A; 4HXJ A; 4PJO E; 3V8L A; 2BKD N; 1F1B B; 3WVE B; 2OI3 A; 5GAN f; 5CKB A; 3CCV T; 4ANJ A; 2FPD A; 4C5I A; 3SFM A; 1KG1 A; 2A28 A; 3P8H A; 1VYT A; 4C92 F; 4J6W A; 2B86 A; 1QKW A; 4AG2 C; 2RQU A; 2ZPE B; 3PT9 A; 1FX7 A; 2XU8 A; 4E7K A; 3VKI A; 3E9F A; 1WHH A; 4J9I A; 1N8R C; 1NG2 A; 2KGT A; 4F16 A; 2IVW A; 2EKO A; 4L6V 5; 4QVZ A; 2CP7 A; 2A7Y A; 2V26 A; 2A36 A; 4C0Z A; 2QXF A; 3Q1J A; 4EMK A; 2CRE A; 2JMA A; 2FEI A; 3JB9 I; 2LCS A; 2SRC A; 2OJ2 A; 2RQW A; 1U06 A; 4R55 A; 3I9Q A; 1LCK A; 3M5A A; 4JPB W; 1TG0 A; 4M75 D; 2MYS A; 1YNZ A; 3CCR Q; 1R77 A; 1Q86 R; 1VQO T; 5CKE A; 2O2O A; 1JBM A; 2QDL A; 4IUV A; 1BKB A; 1WQW A; 1N9R A; 1E6G A; 2HCK A; 3EGD A; 5KYU A; 1FMV A; 4QVC A; 5I21 A; 3V7R A; 3DLM A; 5GJW B; 2HKQ B; 2ZPB B; 3CCS Q; 5FU7 B; 4M7D B; 3EGX A; 1M3A A; 4C8Q E; 2HD0 A; 4FT4 A; 4JZ4 A; 5D6Y A; 4FCY A; 2NUT B; 1IRE B; 2VUB A; 1G3S A; 1G5V A; 2DET A; 4DBH A; 4JRK A; 1C0M A; 1U3O A; 4HA8 A; 4OGC A; 1OOT A; 1X6B A; 2ABL A; 1OU9 A; 2E3H A; 2K57 A; 2K5L A; 3G4S T; 1NE8 A; 2CP3 A; 2P84 A; 3QG1 A; 8ATC B; 2KRO A; 8AT1 B; 1KHI A; 5FU6 C; 1VQ8 T; 2X4W A; 1Q82 R; 1Y96 B; 3OY9 A; 1WYX A; 3VYH B; 3A8G B; 4AFQ C; 2ENM A; 4M75 C; 2BE9 B; 4M75 G; 3FDR A; 4B9X A; 1K0S A; 1EIF A; 2NLU A; 2QDY B; 1YCY A; 1KQS S; 2VGM A; 3BFM A; 3N5B B; 4A54 A; 4JDS A; 2PTK A; 2XI9 A; 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1AWJ A; 2E5Q A; 5M9O A; 1SKU B; 2X4X A; 2EWN A; 3LH5 A; 4IUQ A; 2KSS A; 4RCB A; 2ZZD A; 2HL5 C; 4C8Q B; 1AZG B; 1NBE B; 3RMS A; 4EPC A; 3G6E A; 1UGQ B; 4JS5 A; 3PFS A; 1KQS P; 1M90 C; 4OB0 B; 1YJW Q; 4PL6 A; 2SEM A; 3JSC A; 2YLC A; 1ABQ A; 3QDF A; 1M1K R; 3OYG A; 2ESW A; 4FYX B; 3ZBD A; 5KYY A; 1Q86 C; 2OAU A; 1YJ9 A; 1PC0 A; 2JJ9 A; 2JTF A; 3VS0 A; 3FIF A; 2PUO B; 2DXB A; 4LUE A; 5KYW A; 2C0O A; 3CC7 Q; 3ZL7 C; 4RUG A; 2RJE A; 1VQK A; 3UT1 A; 2L0A A; 3MKD A; 3PGG A; 2E4H A; 2J06 A; 5IAY A; 2OTJ Q; 2DJQ A; 2V8J A; 3MEU A; 2CDT A; 1UG1 A; 4XU3 A; 4M77 A; 2IPO B; 5KCO A; 2CSQ A; 4OMP A; 2DVJ A; 1KQ1 A; 2WAC A; 2DX1 A; 4FW2 A; 5LJ3 j; 1ZSZ A; 1N9S A; 2KYM A; 2O31 A; 4M7A B; 4NS5 A; 1AWW A; 4Y91 A; 3G1J A; 3OYI A; 1SPK A; 2EYY A; 3H9N A; 4F7U F; 2VAS A; 2COY A; 1VQP T; 5KYX A; 2YXY A; 3VJP A; 5GAO l; 3RMQ A; 1CSK A; 4RTX A; 2EYW A; 5I2S A; 1M8M A; 1UDL A; 2P0Q A; 5GAM f; 1T3L A; 3OA6 A; 3HSB A; 1OYX A; 1QP3 A; 2F2X A; 2M16 A; 5IN1 A; 1WHM A; 2FPE A; 4E2F B; 1PG5 B; 1PSF A; 4DA4 A; 1S72 Q; 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