3RMAA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
903
structure length
894
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 894
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmaA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmaA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmaA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmaA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmaA03
1IKWA 1KVCA 1CZ9A 3C94A 2B4JA 1VSMA 4CEQA 1RBRA 3AV9A 2KFNA 4DFJA 1NJZA 4AHVA 4Q0BA 4FM2A 2KFZA 4BACA 2ETJA 4CJTA 4CK3A 4HUFA 3SZ2A 3AVAA 4O55A 1U48A 1I3AA 1U04A 1VSHA 3DLEA 4O44A 3KK3A 2E6MA 4E7LA 4AHSA 4OPKA 1XC9A 1YTUA 3VQ8A 3NH1A 1BGXT 1TKXA 4DSIA 4J2BA 3KD5E 3HVTA 4CJKA 3TAPA 2A1RA 4NCGA 4KHYA 4I2QA 1K6YA 2WONA 3NFAA 3O3FA 2P5OA 3HVRA 3SV4A 1NKBA 3IAYA 2ZE2A 4H4MA 4CGIA 2G8VA 1D9FA 2OA8A 4KTQA 1BQMA 3RMCA 1F21A 4I2PA 4AHRA 4BE0A 4B3OA 4M45A 3DMJA 1KSPA 3L2UA 2ZQBA 3MEEA 2NUBA 3QERA 4KHUA 1C1BA 1TKZA 2YNGA 2G8HA 1GOAA 1KCFA 5CY4A 4B9LA 3SQ0A 4AHUA 1XWLA 1A5VA 3CQ8A 4KTZA 1ZBLA 3AVBA 4F2SA 4N76A 1JLFA 5C24A 2HHQA 4JS4A 4CJFA 3HP6A 3VA0A 3QO9A 4CK1A 3KLFA 1DLOA 2Y1IA 3I0RA 3FFIA 1NK0A 3AA4A 3K2PA 4KI6A 3ALYA 3VQCA 1U4BA 5C25A 3HSTB 1QS4A 5J2NA 1RT7A 1EETA 4ELVA 3SPYA 1RBVA 1BL3A 1RTHA 1BCOA 2OPSA 3MXMA 4B9TA 1RT2A 4CJEA 2IDOA 4HUGA 3DLHA 1D5AA 1LWEA 3KLIA 3KK2A 1KVAA 5J2PA 1L3UA 1SV5A 1SL1A 3AO4A 1NK6A 1S9GA 5CZ1A 2XY8A 4FW1A 3KLEA 1TK8A 3DLBA 3SUNA 4RW6A 1C1CA 1WSIA 4Z4CA 1HYVA 2KQ2A 1TL1A 4FJIA 1WNSA 3PUFA 4AHCA 1FK9A 2GBZA 2FBTA 4OPJA 4DFKA 2QK9A 2HHSA 3T3FA 3NGYA 4F8RA 5D3GA 2AJQA 3P83D 3JSMA 4Z4EA 3G0ZA 1RBTA 2X78A 1LWFA 4KB0A 3NE6A 5CZ2A 4J2DA 1EKEA 3IG1A 1LV5A 1IH7A 3QEVA 2OPRA 4LH4A 5CYQA 3D0PA 1KRPA 4BWMA 2QXFA 4KAZA 3NAEA 1XHXA 3S3MA 4J2AA 4E1MA 3OYKA 1SL0A 4FK4A 4LY7A 1G15A 5E41A 4PY5A 4LD0A 3P1GA 3ZSZA 2IGIA 4RW8A 1RNHA 3O4NA 3SYZA 1VSJA 4E1NA 3F73A 4FCYA 4CFDA 3G10A 3P5JA 1NJYA 3ZT2A 4CE9A 1TL3A 3AA3A 1IKYA 3DLRA 1WAFA 4RW9A 3V9WA 4E7IA 4FJKA 2D0CA 1RT1A 1HPZA 2Y1JA 3M8QA 1J53A 4FJXA 2P51A 3HO1A 4N47A 4KO0A 3HM9A 4B9SA 1UA0A 4KRFA 1RTIA 4DLGA 4DTUA 4J2EA 1JLQA 3OYAA 3OYMA 2Z1GA 4JRQA 4DQPA 1QSSA 5SZTA 3OYDA 3RR8A 3K58A 1T8EA 3CM6A 4KTWA 1RT4A 4Z0UA 4H8KA 3KIOA 1NOZA 3NGIA 3RRGA 3HK2A 2KW4A 3V81A 3V1QA 3QEWA 1S1WA 3ZSYA 4FLUA 2IC3A 3S3OA 4KHWA 2WOMA 2D0BA 1S6QA 4LH5A 3NDKA 2I5JA 3VQ4A 3HYFA 4CF1A 5HP1A 1IKXA 3ZSOA 3U3GA 3K57A 4IFVA 4B9NA 2OYQA 1LAWA 1BIUA 4PQUA 3EZ5A 3ZT4A 1JXEA 2P5GA 3SI6A 4FJMA 4GVMA 4E3SA 4CJLA 2XO7A 1TKTA 2IAJA 1KLNA 3TAGA 3SPZA 1LW2A 5K14A 3AVGA 3HPHA 2HW3A 1JL2A 3SCXA 3BGRA 1L3VA 2E6LA 1CXQA 1LAVA 4IKFA 4CEEA 1Q9XA 1KTQA 3M8SA 1Z25A 2DFHA 3TAQA 3PO4A 4KHNA 3NH2A 3B6OA 3LWMA 1HMVA 5HROA 1SUQA 1JL1A 3DLGA 4BDZA 2PZSA 4B8CA 4Z4HA 3ULDA 3V9XA 4HCBA 3HP9A 4CEDA 1WSHA 3AVMA 1QSYA 3WNHA 3PO5A 2HHVA 3K5OA 1RT6A 5KRTA 3L8BA 4CJ4A 4ZTJA 5C42A 1W0HA 2FBYA 4DFPA 4O5BA 4IDKA 4CIFA 2YNIA 2B5JA 1YTAA 3KLHA 5KTQA 1RBUA 1XI1A 3V9UA 3MECA 1TK5A 5J2QA 4OGEA 3KKSA 4IBNA 4CF9A 1ZYQA 3VQ5A 1NKEA 1N6QA 1J9AA 3IRXA 4GMJB 4F2RA 4PUOA 3HXMA 1JXBA 4N5SA 3AVCA 4FLZA 3SUPA 1RDBA 3KK1A 1JLCA 1B9FA 4DMNA 4DQRA 3QEXA 3SNNA 4O4GA 4OJRA 4RW4A 4I9LA 4CJQA 3EYZA 3U3YA 1JLEA 3VQ9A 5HRRA 2FBVA 3LANA 1WAJA 4FVMA 1EX4A 1NK5A 1SKRA 1S5JA 3ITHA 1D9DA 2F8SA 4C8KA 5HLFA 4DTPA 5HRNA 3AO1A 4KV8A 1D8YA 2G8KA 3LPUA 3ZSWA 3NGZA 4DTRA 4Y1DA 1J5OA 4CGDA 3SUQA 5KGXA 2X74A 2DFFA 3ISNC 4DFMA 4F3TA 3QESA 2F96A 3OY9A 2HHXA 2DY4A 4AILC 4L8RB 1WSJA 3QNOA 1U47A 1X9WA 1KVBA 2BE2A 5KI6A 1HYSA 3PX0A 1IO2A 4BDPA 3KD1E 3L3UA 2O4IA 2OPPA 1HYZA 5DMRA 2G8UA 1GOBA 4DSFA 4CHYA 1X9MA 4DQQA 4KKOA 4M3UA 3AVHA 3DRSA 4C8MA 4K8XA 2RPIA 4DF4A 4CHNA 1NK7A 4RG8A 3LAMA 4NYNA 4O0IA 4DF8A 4DWIA 1BIZA 3VQQA 3QIOA 4E89A 1KLMA 4OVLA 4FJ8A 1HNIA 1SL2A 3OJSA 4GW6A 4FLVA 3PY8A 2JLEA 2KZMA 4ELUA 3V6DA 3MEDA 4CJRA 1RILA 1YT3A 1L5UA 1HJRA 4UQGA 4CGGA 3TWHA 4DTNA 2IS3A 3HJFA 1BI4A 1EP4A 3PV8A 2YHBA 3I8DA 4E0DA 1RTJA 3AVKA 5I3UA 1S1VA 4ELTA 3LWLA 2HHUA 4KHQA 3DRPA 3TARA 4EZ6A 4OLBA 2LSNA 3DOKA 4AHTA 4B9MA 4M3TA 4ZTFA 4DTJA 3IS9A 1MU2A 5DK5A 5I42A 4OKKA 3CM5A 2GV9A 4FJ5A 4HHTA 4DSEA 3M8RA 4R5PA 3EY1A 4FJLA 1JLAA 4I7FA 3RMAA 1RDCA 3AO3A 3OYNA 3K59A 4NCAA 1Q8IA 1Q9YA 2HNYA 3S9HA 3MAQA 1U45A 4BE2A 3SJJA 3NCIA 3RRHA 1L3SA 1QTMA 3OYLA 1ITGA 1FXXA 2D5RA 3LPTA 3VQEA 3NH0A 3OYIA 3TAMA 4CIGA 3SV3A 1UAXA 1VSIA 5SWMA 1VSEA 4BWJA 4B9VA 3LP2A 5KGWA 3NF7A 3E01A 1ASWA 4FK2A 1I39A 4M3YA 4CJ5A 1T03A 1KFSA 3SQ2A 4CESA 1TVRA 1B9DA 4OKJA 1RTDA 4BE1A 3M8PA 1FKPA 2VWKA 3LP3A 3H08A 1X9SA 3C95A 3PX4A 4Q5VA 1RDDA 1DTTA 2F8TA 4CEBA 2ATQA 3I0SA 3QETA 3OVNA 3OS1A 4CIEA 4B9UA 2XHBA 4Z4IA 4Z4FA 3LP0A 3DRRA 4QAGA 3LZIA 4FJGA 2IOCA 2PYJA 3AA2A 1CZBA 3AVIA 3L2QA 4DS4A 2X6SA 1UA1A 1NJXA 4CF2A 3AVJA 2G8FA 3TANA 3L2WA 2DTUA 4XIUA 3CFPA 3TABA 1C0UA 2XRIA 4CJPA 1O1WA 3CFOA 1HNVA 2VG5A 3LP1A 4HCCA 4FZXC 3CFRA 1JKHA 4NCBA 4C8OA 3VQBA 2RKIA 4CK2A 4W5TA 3LAKA 3L2RA 4LSNA 3LDSA 3SQ1A 5FRNA 3RR7A 1WSEA 2OPQA 4CHPA 4W5OA 3K5NA 3VQDA 1NOYA 1Z26A 3VQ6A 3CG7A 3T1AA 5HRSA 4OKEA 4CGFA 4DTSA 1VK0A 3VQPA 5JS1A 4NYFA 4DS5A 2PY5A 3WNEA 4EP4A 4FXDA 4CJVA 1ZBIA 3AA5X 4DQSA 2FBXA 3WNFA 4F3OA 4FZZA 2VG7A 4M3WA 2EX3A 4HUEA 1VSLA 1WSFA 4H4OA 3QEIA 2YNFA 1TAQA 1T7PA 3UIQA 1WLJA 2G8IA 4FJJA 3L2VA 2JGUA 3AO5A 4KREA 2Z1JA 4IFYA 1B92A 3C6UA 1RCHA 4CCHA 4CHZA 4QOZB 1NK4A 1NKCA 4DTOA 2ITGA 4CEAA 1BHLA 1CXUA 1XHZA 1QSLA 3QLHA 4DSLA 4OLAA 4M3RA 2ZD1A 4HVJA 4DG1A 1QHTA 3ZT0A 4FYDA 4C8NA 2BGGA 4JLHA 4FLXA 4ID5A 1WSGA 4OGCA 3JYTA 3S3NA 1WN7A 1HRHA 4CEFA 2YHAA 3O3GA 4E7HA 4CEOA 3U6FA 3V9SA 4CFAA 4CF8A 1HQEA 5J1EA 2XY7A 1R0AA 2HHTA 3LZJA 1QQCA 2BANA 3ZSRA 5HRPA 2XY6A 4PA1A 1S1TA 1VRUA 4CJSA 3AVNA 3K5MA 3K5LA 2VG6A 1QE1A 3NHGA 3ZSQA 2W42A 1L3TA 4N56A 4EZ9A 4CGJA 4DLEA 4O0JA 2OZSA 3OJUA 5JS2A 3NBPA 4KHSA 1RT5A 1EXQA 2D0AA 2KTQA 4W5QA 3OS0A 3KTQA 3V1OA 3OYHA 4KI4A 3V9ZA 1CLQA 4G1QA 3AO2A 1NK8A 1DTQA 1TGOA 4KB1A 3OYGA 1S1XA 1BISA 4FM0A 1VRTA 4IG0A 3MXIA 4C8LA 1C6VA 2YV0X 4W5RA 3VQ7A 4DU1A 1ASUA 2QKBA 2GUIA 1C0MA 2FC0A 4DSJA 4ID1A 1VSFA 1NK9A 3LALA 4CHQA 4DTMA 2PYLA 3QEPA 1RDAA 2X6NA 3OYEA 4LSLA 3RMBA 1IG9A 4M42A 2A1SA 2YKMA 1BQNA 2DFEA 3HPGA 2RF2A 3NF6A 4B8AB 3OYJA 4CJ3A 1JLBA 4CEZA 3VA3A 4Y1CA 1C0TA 4JRPA 4K8ZA 2B6AA 3F9KA 3OS2A 4B08A 2KZZA 1UWBA 4E7KA 2G8WA 3MEGA 2HNDA 3DOLA 4FM1A 4ZHRA 3O3HA 1GOCA 3PX6A 3TI0A 3THVA 2HVHA 4HTUA 3DI6A 1S9EA 4CERA 1TK0A 4PWDA 3WNGA 4CHOA 1X1PA 2RN2A 4MFBA 3OYFA 3RTVA 3BDPA 4CF0A 4FLTA 1J54A 3DYAA 1ZBHA 1LWCA 3RWUA 3NF8A 5KRSA 2EHGA 3AVFA 1SKSA 1RBSA 4FLYA 2P1JA 4BDYA 1FKOA 2E4LA 3V1RA 1BI4B 3VN5A 4E7JA 1TV6A 1Y97A 2YNHA 1YVUA 3VQAA 3KJVA 4EP5A 1TAUA 3HL8A 2Z1HA 4YFUA 3ASMA 4FJHA 3QINA 3CYMA 3ZSVA 4CGHA 1U49A 2HVIA 4TSXA 1ZBFA 3B6PA 3KKRA 4KPYA 3D45A 1VSKA 4DU4A 4KFBA 1N5YA 3ZCMA 4FJNA 4FJ9A 1KFDA 4RW7A 4DU3A 1TKDA 2VWJA 5T7BA 4I9QA 2HHWA 2XY5A 3NF9A 4FJ7A 4M3ZA 1JLGA 3ZSXA 1NJWA 3OYCA 2Q3SA 2HB5A 3A2FA 5FDLA 4F4KA 3T19A 3OYBA 3QIPA 4IG3A 3L3VA 4AH9A 1S1UA 1RT3A 4YNQA 5EU7A 3O4QA 2QKKA 3MXJA 3KLGA 3DLKA 5HBMA 3SUOA 1BCMA 2R7YA 4JS5A 3V4IA 3DM2A 1T05A 4CJWA 4E19A 5FROA 3ZT3A 2HMIA 4WE1A 3SQ4A 4M3XA 4FK0A 1A5XA 1W9HA 4ICLA 3ZT1A 4CECA 3HT3A 4FZYA 4CJUA 2HNZA 5CYMA 4CFBA 2BDPA 4QCLA 1ZBUA 4N41A 4MQ3A 4FLWA 4Z4GA 4W5NA 3QNNA 3AVLA 4M41A 1IKVA 1C1AA 1HQUA 4DTXA 1S6PA 4FW2A 3HPOA 4DSKA 5FRMA 4CFCA 1LW0A 4DQIA 3TAFA 5J2MA 3C6TA 1REVA 2O4GA 3RMDA 1A5WA 1VSDA 2YKNA 2Z1IA 3TAEA 1UOCA 1ASVA 1SKWA 3TR8A 2OZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4LH5A 3NDKA 1VAZA 3VENA 3U3GA 3LDQA 1BIUA 4PQUA 2UUCK 1JXEA 4CJLA 3SI6A 4FJMA 1JCEA 3CMEN 1TKTA 2IAJA 1RFQA 2P9LA 2O8DA 5K14A 1VQ9N 4A57A 1KQSM 2EWSA 1CXQA 3M8SA 3PO4A 4FWMA 3NH2A 3B6OA 4EAHD 1SUQA 1IV0A 4Z4HA 3ULDA 5LMNK 3DJCA 3AVMA 1N8RO 4DR5K 2HHVA 4DR2K 4ISEA 1N34K 3SLCA 3W3DA 4HTLA 4O5BA 2B5JA 4FSVA 3KLHA 5CHIA 3L4IA 5KTQA 3OBYA 5J2QA 3VQ5A 3IRXA 3A8YA 4N5SA 4FLZA 2VIXA 3SUPA 3KK1A 1JLCA 1B9FA 4IZ9A 4ADOA 4OJRA 3EEQA 3U3YA 4FVMA 2FBVA 1WAJA 1MTYG 1EX4A 2RE2A 3LANA 1SKRA 1S5JA 4JD2B 1SZ2A 4C1NI 5HLFA 5HRNA 4KV8A 4BRHA 4Y1DA 5KGXA 4FWRA 3ISNC 2OVPB 3CCRN 1ESVA 3FGUA 1FZ4E 2F9TA 2DY4A 4AILC 4JNEA 3QNOA 5GIOA 1KVBA 2Q36A 1XVBE 4GV6A 4CZHA 1GOBA 4DQQA 4M3UA 3AVHA 3DRSA 3LAMA 4NYNA 2HD0A 2P9SB 4GKJK 3VQQA 1YJ9N 1M90O 4LF5K 4FWPA 5M1QA 1KLMA 4BQLA 3RSEA 1SL2A 4GW6A 5GAGP 2JLEA 2YX6A 3V6DA 4CJRA 1BO5O 3EKUA 4UQGA 2W6KA 3WXMB 1BI4A 3L6QA 3J2PA 3QDKA 5KQ8A 1XNQK 4NXNK 4QNDA 4CVNE 1S1VA 4ELTA 4OLBA 2LSNA 4H5WA 4M3TA 4ZTFA 1MU2A 4NXMK 2CH5A 3TSUA 5JLHA 4JEPA 4OKKA 3DXKB 4DSEA 3M8RA 1RDCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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