3RMJA

Crystal structure of truncated alpha-isopropylmalate synthase from neisseria meningitidis
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
321
structure length
307
Chain Sequence
TNRVIIFDTTLRDGEQSPGAAMTKEEKIRVARQLEKLGVDIIEAGFAAASPGDFEAVNAIAKTITKSTVCSLSRAIERDIRQAGEAVAPAPKKRIHTFIATSPIHMEYKLKMKPKQVIEAAVKAVKIAREYTDDVEFSCEDALRSEIDFLAEICGAVIEAGATTINIPDTVGYSIPYKTEEFFRELIAKTPNGGKVVWSAHCHNDLGLAVANSLAALKGGARQVECTVNGLGERAGNASVEEIVMALKVRHDLFGLETGIDTTQIVPSSKLVSTITGYPVQPNKAIVGANAFSETYEIMSAESVGWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-isopropylmalate synthase
publication title Removal of the C-terminal regulatory domain of alpha-isopropylmalate synthase disrupts functional substrate binding
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis
total genus 128
structure length 307
sequence length 321
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.3.13: 2-isopropylmalate synthase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3rmjA00
3LV5A 3BVJA 2TSYA 3Q94A 5DBUA 4UTMA 2WPBA 3NL5A 2JKPA 2VEKA 3QW3A 5FEZA 4YCOA 2TPSA 3NQ2A 3N73A 3SGUA 4ZVJA 3TK7A 5BRBA 3EKZA 3TXZA 3DZ1A 1QR7A 1D9EA 2E68A 3R8RA 1VGAA 4GE8A 1K8ZA 3K30A 4JTSA 2RDWA 1YDVA 1TV5A 5D2VA 3ZWSA 3PG9A 5D2WA 4AF0A 3LLDA 4MY9A 2ATSA 4X9SA 3F03K 4BWLA 4CNOA 4Z0JA 3GDKA 5HWMA 1GQNA 4WX2A 2A0NA 4K7VA 2Q3RA 4NJIA 2QCHA 3KX6A 2GVJA 3RMJA 4LRSA 2QF7A 3N3MA 1E51A 3DFNA 2DZPA 3C2VA 4GBUA 2E6YA 3HBLA 1PS9A 1MO0A 5D38A 3OEXA 3I68A 1MEWA 2E5CA 4KKXA 1FXPA 4O54A 5CSRA 1OFDA 1GG0A 2YZRA 1HO1A 3QMTA 5HINA 3NDOA 3S6DA 1UASA 3A23A 4WXYA 1F6KA 4B5NA 3G0XA 1OFAA 1KFCA 3W2UA 1ZAHA 2O7SA 5AOUA 1HL2A 2A21A 3NZRA 2C19A 3B06A 1PHQA 1QNVA 1FX6A 1N8FA 4LUIA 3F4NA 5CSSA 4X3ZA 3O6CA 4DEFA 1VH7A 2BZNA 3P74A 1GJPA 3IVUA 3MYOA 3QZEA 4G1KA 2V30A 4NUWA 4OV4A 4UNLA 5EY5A 3T78A 4AHOA 3WK0A 3WJYA 3LCXA 4NVTA 1FXQA 4UR7A 1OABA 2CZFA 4JIQA 1W0MA 5F4WA 3QSRA 3C2RA 3HPSA 1KV8A 4HNTA 3SI9A 1TRIA 3T7VA 4HN4A 1BEUA 3UY8A 5F2GA 1JUBA 2J9XA 3G8EA 2X1SA 4UUIA 5AHFA 2OX1A 2ZCGA 1CX9A 3QQ1A 1JJKA 5ABTA 3LCIA 1FUYA 4QSHA 3SR7A 5BOOA 1XBXA 3HPZA 1S5TA 3DFSA 4LS2A 4GJ1A 2A85A 4U4MA 3G1DA 5AC7A 1QPQA 4D2JA 1VYSX 3P82A 3R13A 2ABAA 3MO7A 2DZTA 1I4NA 1TTIA 2XN1A 4UTTA 1FCBA 1FCUA 3W1XA 2GUUA 3MBFA 4UCGA 4O57A 4MZ8A 2WQPA 1JRBA 4RKAA 2QUTA 3PSWA 2J9YA 2DJLA 4O14A 1EB3A 3TV8A 3GKAA 2VFFA 5AHLA 1ALDA 5AC6A 4PTNA 1GG1A 5CZSA 3F1QA 4O11A 2FB2A 2C18A 4N6EA 1I2QA 4I7VA 4JXCA 5AHNA 2CLIA 3OVPA 3IGSA 1QMLA 3MI2A 3M5ZA 2Y6ZA 3MHUA 3NL3A 2FIQA 1OVDA 2RHGA 2ATMA 1OX5A 1KTCA 3IV3A 4RXGA 3UXAA 4AB4A 4HSNA 3BW2A 3TR2A 4YCPA 2C3ZA 3TFXA 2ZRYA 4DO6A 1S5WA 1O95A 3LHTA 3DFOA 1Q6RA 2C16A 2ZRUA 2ZFAA 3T44A 3N9RA 3A5VA 1LLWA 3CM4A 1VCGA 2X1UA 3E0IA 3O05A 3C2FA 4UTUA 4MFEA 3WJSA 5LGXA 1VHCA 2GOUA 5D33A 1TV8A 2AGKA 1ZFJA 2EGZA 5G1YA 2QCDA 3O6YX 4XBSA 3E02A 4NU7A 1BWLA 1ZJIA 1DJNA 2E1DA 1M7OA 2C13A 1X1ZA 3CQ0A 4DO5A 4AEOA 3LCLA 3MP3A 5I3IA 5F1VA 2F84A 2QR6A 3KAOA 3W2LA 1WAUA 4HIBA 4Z08A 1SO6A 1FWNA 2O7QA 3TMLA 5KZEA 3KVMA 3TE9A 3QPYA 4LVAA 5KSWA 2DZSA 1GZGA 1EUNA 3W1PA 3STCA 3CT7A 1DKWA 1GWJA 1W31A 3KRZA 8TIMA 5AYXA 4O1CA 5FI8A 5KMYA 2CLLA 3IIOA 1PVNA 1XCFA 3DKJA 4C1KA 1GVQA 4IMDA 4O19A 2I1OA 3M9YA 4FIRA 2H8XA 3LRKA 3TMQA 4AXKA 1TB3A 3KHJA 1S5VA 3ABOA 1VZWA 5SWUA 1OK4A 4CCCA 4AH7A 1B57A 2FPVA 2TMDA 1R30A 1PIIA 2CZDA 3VFLA 3QFEA 3W7RA 1KM6A 3W7HA 3W22A 2YW3A 4Q32A 3RLUA 3TXVA 1TQJA 3W7QA 4XKYA 2V8ZA 3HGRA 1SZGA 3DFQA 4RXFA 3UPWA 5EPDA 4GWEA 2VFEA 2VENA 1G67A 3TKFA 4K8HA 4O4WA 3W2JA 1IXQA 3MHGA 1H63A 4Z1DA 3NAVA 1GTEA 5K2ZA 4YL2A 4QNWA 3CTLA 2HS6A 3BV4A 4JX5A 3GDRA 3LXAA 5DXYA 1RQEA 3KRUA 2BSLA 1LM1A 3C6CA 3HGSA 3IVSA 4E2DA 4Q4KA 2C14A 1XC4A 3N14A 2DJXA 3I6RA 3NQGA 3VNDA 1F73A 3IIPA 1JCYA 1NSJA 2R94A 1W8SA 1SZNA 3NQFA 1MEHA 1YLVA 3FFSA 2R8WA 5DCBA 1LP6A 4A29A 3L5MA 3G1XA 3SZ8A 4UTWA 2GQ8A 3EB2A 4N2YA 1VYPX 5KZMA 3IRDA 1X7FA 3NPVA 5KITA 3WJWA 5CGQA 5D30A 2Z2UA 3CLMA 4OWGA 3G3MA 1A5BA 4ORIA 2ZBTA 4M19A 1PCWA 1LOQA 4TIMA 3O16A 3GXNA 1LBLA 3NQDA 5HJLA 5FEWA 4YWIA 1FWTA 3CWOX 4BR1A 5KINA 5DBTA 2HMCA 3A24A 4AHQA 2QCMA 1ICPA 6ALDA 1R2TA 2VFIA 3M5VA 3UNDA 2X1RA 3QSTA 3M6YA 2CLFA 4MIMA 1A53A 2QCDB 4Y8FA 2FLIA 1XUUA 5C2XA 2WNNA 4Y9AA 4ZQPA 1WYIA 3AO0A 2OJPA 2DZXA 1O5KA 3WJXA 2ZTKA 3ZS4A 1QO5A 3LCHA 3FIGA 4JTKA 1M5WA 1G4TA 4MYXA 5CG7A 1T0OA 3P8IA 4JGDA 1WX0A 3OBKA 4LW7A 2B7OA 4MUZA 4ML9A 1NF7A 3O15A 3W1MA 4RJEA 4LT9A 5LNSA 4MPQA 3PG8A 4Z1AA 3EX3A 3PB0A 1TTJA 2TRSA 2VELA 5K4XA 1H5YA 1FBAA 1N55A 3W9ZA 2PRLA 1KFLA 1SW0A 4P61A 5G5IA 2QAPA 3L67A 1GTHA 2E77A 4EOUA 1FWWA 3E9AA 4UFHA 4UTTC 4NT0A 4XZ9A 4A2RA 1SW7A 1J5TA 3N19B 3NQVA 4MY8A 3KVKA 5I3KA 3R2GA 1VCVA 3QW4B 3SECA 4CQ9A 3EX6A 5AHEA 2ISWA 1LDCA 4IPJA 4M5PA 2H6RA 2EF9A 1SFLA 1QOPA 4WZHA 5G4EA 4XKYB 5AN7A 3DHFA 3M1ZA 3NL6A 1OFEA 3GNDA 4A2SA 5TBOA 1OF8A 3W7DA 3W1RA 1MXSA 1OF6A 4CCEA 3DENA 4JTJA 5I3GA 3GIYA 1H61A 3PBWA 3EWBX 3OIXA 3NQMA 4DF1A 4FX8A 2ZZ6A 4XBKA 1H51A 3NEVA 4TMCA 3P81A 3C61A 4GUHA 3W75A 1R2SA 5E0KA 4U28A 4K7YA 2Q3OA 1TTQA 3C2OA 2RKXA 3S5YA 4JY8A 4DQWA 1A5CA 3L0KA 4IMGA 4JTGA 3NGJA 2QAFA 1LORA 1PL9A 4O16A 1YYAA 2BWGA 3G22A 5D05A 5AYYA 3HG4A 2PURA 5LHEA 3UD6A 4O13A 4FX7A 3G8RA 2EPHA 1QPOA 3Q58A 3A5FA 3INPA 3TA6A 3PC0A 1ZCOA 3DH7A 1IGSA 3KFTA 1XUZA 1DORA 3VKJA 1M7PA 4O1BA 2W6RA 2QCNA 3IGUA 1VS1A 1YXYA 3R5EA 2Z6IA 3P84A 1VYRA 3HG2A 3BARA 2DP3A 3W76A 3FOKA 4O28A 4FNUA 2ZZ7A 2QDGA 1H60A 2WNQA 1B9BA 5EMUA 4I7WA 2V2DA 3NQCA 3W1NA 2E6AA 1JULA 2NX9A 3C0JA 5D04C 2BLEA 3GYEA 4TMBA 4PC8A 4AWTA 2H90A 1NEYA 4Y96A 2FPYA 1NFBA 3IIXA 4ZQMA 3SW6A 5LNVA 4O18A 4JTEA 5J5RA 4MJMA 4RX0A 3TCEA 4R33A 5F1UA 4BK9A 1MZHA 5FF7A 1KW1A 1QCWA 3C3NA 4NJJA 4LC6A 2RFGA 2NWSA 5DY2A 1AG1O 1IXPA 4JD4A 4TU1A 3S1VA 1S3HA 1ZALA 4OGZA 3FEMA 2F7FA 2GJLA 3S5OA 3KXQA 1T8XA 1ONRA 3OG3A 5K9CA 4WXZA 3WFAA 3UWZA 3MJYA 5D09A 1EWEA 3GLCA 5HMSA 1ML1A 3EXTA 3LM7A 1K7EA 2Y89A 3PWAA 4MKNA 2OT1A 5DCEA 1TPDA 1AW1A 4IGHA 5HULA 4OQVA 5TIMA 3DFTA 3B0UX 1TJRA 2WO5A 4KFPA 3R12A 1KFEA 4AVFA 1MEIA 1TPH1 5I3FA 3NM3A 1HO4A 1A5AA 3ANYA 5BW6A 3N34A 4M6VA 1MSSA 4YLWA 2WOQA 1G4SA 4MLRA 4ADUA 1Y0EA 7TIMA 4GUJA 2KZHA 3NOEA 4PL1A 1NAL1 2OZ0A 1FCQA 3EX1A 2PC4A 4JICA 3VCRA 2ALDA 2RH9A 2ZA2A 3NXFA 4LS0A 1QAPA 1AL8A 3IVTA 2ZA3A 4IX0A 3CC1A 4UTWC 2A4AA 1G4PA 1LYXA 5FF4A 3USBA 3W84A 1LBMA 2VEMA 1KFKA 3W1QA 3S5ZA 3G24A 2V5LA 3JRKA 4QITA 3LRMA 4RCXA 4LVDA 1EWDA 5T26A 4AMAA 3S5NA 4UFKA 2ZZ4A 4KFOA 3OHIA 3CWNA 2Y61A 1YXCA 3N2XA 4O1DA 3W72A 1UUMA 3KOFA 2R91A 3PBUA 3C4UA 1ICSA 4IMCA 1JQVA 1TYGA 2X1TA 3P80A 4QM1A 1IXNA 4RZ4A 4MYAA 2H3DA 3LGEA 3V75A 1OFBA 4NXKA 1SO4A 4ONVA 3W1TA 1GVRA 3W70A 2YSWA 1RPXA 3QMRA 1XM3A 3UWQA 3LHZA 2PCQA 2AQWA 3BW4A 3W86A 4OT7A 1VC4A 4LS1A 2JKEA 2NXHA 2CWNA 4UIOA 3LHVA 1Z44A 1TPVA 2DZUA 2NWRA 5BMXA 1F6PA 2VXNA 1LTDA 2C0AA 4O50A 1FDYA 1W5OA 1TRDA 1NVMA 4PEKA 1KFJA 2P0OA 5AB3A 4OBTA 4UR8A 2FDSA 4GNJA 5LSMA 1SR9A 4GFSA 1SZFA 1W3TA 3ELFA 3VE7A 5K4ZA 4O8RA 3A9IA 3W7NA 3LTSA 4CLMA 1IXOA 2V2HA 3CU2A 3A22A 5U4NA 3UZJA 3CHVA 2QKFA 1YTKA 3HO8A 1T96A 3QC3A 3G0SA 3DI0A 1YTEA 2A7PA 3G1VA 3I7QA 3MW7A 1O5XA 4XWUA 1TCDA 4OU1A 4FIQA 4DELA 1DOSA 4KFNA 1QPNA 3NL2A 1I2OA 3QQ0A 1JQXA 2P1FA 3PULA 3W88A 3G3DA 1FQ0A 4JYFA 4ZZ9A 1L6SA 4CNNA 2GJNA 2UV8G 4QQ3A 4ZQOA 4LV4A 3HGJA 1L6WA 2BTMA 3DKLA 3EWZA 1PV8A 4EIVA 3G1HA 3W71A 3HG3A 1AL7A 3SIZA 1KBJA 2QJIA 5HWJA 3T55A 3W1LA 3W7GA 3STFA 3STEA 1I45A 3BK0A 4K38A 2R14A 3TDFA 1TV7A 2CW6A 1M6JA 4JTIA 1BKSA 5LKYA 3PB2A 5D32A 1K03A 2VFDA 1BWKA 1VLWA 3ABRA 4K39A 3GR8A 1IIGA 1ME8A 3LLFA 4NX0A 1GEQA 3W07A 5LNRA 2CZ5A 2EHHA 5EA9A 2Z6JA 4KWWA 1X1OA 4RLIA 1JCXA 4O15A 5BMWA 4AWUA 2V82A 2C15A 4OV9A 3S0CA 3LCFA 3ZR4A 4UTLA 4P2VA 5H91A 3PSVA 2LLEA 3DU0A 3HMJG 4JTHA 3TJLA 3NQ7A 4JTTA 3UWWA 2QUUA 5LZLA 1KLYA 2HSAA 3NPXA 1O4UA 2VC6A 4NQ1A 4S1FA 4JTFA 4H6KA 2EAWA 5TQLA 2J27A 4WOQA 1FWSA 4JY9A 2A2IA 4K37A 4Z1BA 5K9XA 3W2MA 1TPB1 2XN0A 1I2PA 3DGRA 4IMEA 3THAA 5F2MA 3LDVA 4NJHA 3RU6A 1RD5A 4K8EA 3HF3A 4HHPA 1K7XA 5AHIA 4YMZA 3TUUA 4NZFA 5D2XA 2OT0A 2Y70A 1DL3A 1OYAA 3F4WA 3BLIA 5H2ZA 2YW4A 1UCWA 4MY1A 3SY5A 4IXHA 2H3BA 3PR2A 2WSQA 4DPQA 6TIMA 4BWLC 4ZMGA 3MUXA 3U2OA 4UTIA 2ZRZA 1RZMA 4HSOA 3ZFHA 2V2CA 1OYBA 4IXXA 4XUGA 3U8GA 2IQTA 4WD0A 5CZ0A 1KM5A 3DAQA 3WK1A 3M5XA 1KFBA 3B03A 4JX4A 1QPRA 3W73A 1OFRA 1QDSA 3NVTA 2DZVA 5DY3A 4MLJA 1VHNA 5AHMA 2E6FA 3TAKA 4NZJA 3NYZA 3P62A 1P1XA 3TC6A 1KV5A 3FYPA 3TQKA 2I14A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BVJ A;  3Q94 A;  1DIO A;  2F2K A;  3N15 A;  3ITO A;  2BGQ A;  2JKP A;  2VEK A;  5FEZ A;  2TPS A;  1OCB A;  3FXY A;  3OIH A;  3N73 A;  4AG0 A;  1W6T A;  3TK7 A;  5BRB A;  3EKZ A;  3TXZ A;  1O1H A;  1OBA A;  1UOZ A;  1VJS A;  3E0L A;  3P6L A;  1KFW A;  2MNR A;  3EOE A;  2XJ7 A;  2E68 A;  1HKW A;  1VGA A;  3T1G A;  1K8Z A;  3K30 A;  2RDW A;  4I9T A;  1TV5 A;  3ZWS A;  3PG9 A;  5D2W A;  4IPN B;  3ZLG A;  2ATS A;  2WHM A;  1HJU A;  2PLJ A;  2EXO A;  3WEO A;  1KKR A;  4WX2 A;  2FVL A;  3KX6 A;  3TP4 A;  1KBB A;  3NDZ A;  1E51 A;  1GJW A;  2O4Q A;  2VC7 A;  1MO0 A;  3CB3 A;  3LPG A;  1MEW A;  5LXX A;  3N04 A;  3GVW A;  1DJG A;  3F7J A;  1F3E A;  1TZ7 A;  1OFD A;  1T41 A;  3WQG A;  2QMK A;  3QMT A;  5HIN A;  3S6D A;  4X60 A;  4Q7B A;  1M53 A;  2WK2 A;  4B5N A;  4LUT A;  4PCN A;  3W2U A;  2GVY A;  4E3T A;  3NZR A;  2C19 A;  1DTU A;  3B06 A;  1EHA A;  4AST A;  3UZX A;  4RE2 A;  2CXG A;  3CYJ A;  2YDQ A;  1RP8 A;  2BZN A;  4G1K A;  4NUW A;  4IIE A;  4WKA A;  2R1L A;  3N17 A;  4WJX A;  3KDN A;  2ESC A; 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