3RMY | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	415
structure length	401
Chain Sequence	NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Toxin
molecule keywords	Botulinum neurotoxin type D
publication title	Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons. pubmed doi rcsb
source organism	Clostridium botulinum
total genus	97
structure length	401
sequence length	415
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date	2011-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07951	Toxin_R_bind_C	Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A	PF07953	Toxin_R_bind_N	Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	3rmyA01
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	3rmyA02

2DVDA 1I1BA 4ATFA 4I30A 2C5DA 2ZGMA 4GWMA 5GLUA 1K5UA 3WCRA 2D3RA 4X38A 3ZC9A 4OZXA 4NO4A 1LHUA 5DXDA 3ZSJA 1D0HA 1FATA 4GKXA 3D6EA 4DS0A 4DEPA 3R05A 3ZXJA 3O3QA 3Q9OA 4I4RA 1RY7A 3H6RA 1LOFA 3ILRA 4XXPA 4YW4A 1N3PA 3T1MA 4II0A 5EG6C 2DYCA 1RMLA 2R1DA 2HZ9A 4AN7B 1RIRA 4QO3A 4YM3A 1DLLA 3VKNA 5T5OA 5DSSB 3AJ6A 1QOOA 3WNXA 3ZXGA 2NMOA 4JP0A 4XTMA 2XB6C 1NUNA 1TP0A 5T5JA 2NZ9A 4ISQA 4M3CE 1DYKA 1HQWA 3PG0A 5D62A 4LBLA 5IUQA 1O4ZA 1Z78A 3A23A 3AKGA 3ZXEA 4Y22B 4Y1XA 4FPCA 5AVAA 1LTEA 4IZXA 3WO2A 1JT5A 2UUSA 3LLPA 1W3FA 4PCRA 2D23A 2AFGA 4IYBA 4OWLA 5DUYA 4FPLA 4XJUA 1X50A 3OYWA 4FOWA 1WW5A 5DZUA 1CPMA 4YOLA 2E6VA 1CPNA 1CESA 3A0KA 3Q7WA 1IJTA 4XBLA 4DQAA 1H9PA 1HDKA 1BA7A 2WKKA 3I4IA 3TB0A 2EAKA 3F62B 2R1BA 4I7IA 1IS6A 1QDOA 2VXTI 1ULCA 4HA2A 3QYDA 3SITA 2DVAA 1CR7A 3BAGA 1JYIA 1GANA 2WBCA 3KM5A 1QQKA 2B7YA 2ZGKA 1WBFA 1OKQA 2D24A 1JQZA 3PHZA 3PUBA 1BYHA 2RSTA 1MZ6A 4EFQA 3HN1A 7I1BA 3O5WB 1MACA 3AZZA 3CA3A 2OW4A 1SFYA 1QMJA 2DUOA 5JDBA 4I4XA 4ZFYB 3A07A 4XIOA 2GO2A 5DVHA 2CWSA 5T55A 3OYWB 1AVBA 2AQZA 3DGTA 3FJJA 5KXDA 2DREA 3WV6A 1SLCA 3HR9A 4FPKA 4WVWA 4P0KA 4R9DA 4ATEA 2WRYA 1ABRB 1BFBA 1SLIA 1KNMA 1YTOA 3AKIA 2D43A 2E53A 5SV8A 3SH4A 4GOVA 1W6OA 1VLNA 2VLCA 3FJKA 1UN1A 4D0TA 2ZACA 1LOCA 1DYPA 1FV2A 4FPGA 2W08A 4PQ9A 4I4OA 1IKQA 3B3QE 3RSJA 1ENRA 3PJQA 2ZGLA 3ZYPA 2JDZA 4P9XA 1C1FA 3H6SE 4FQ4A 3OJ2A 1S0LA 1ISVA 3FJDA 3KQRA 3AP9A 3MW2A 4NOTA 1GV9A 3BRDA 5CB7A 2JJ6A 1V00A 1XQNA 3FLPA 3IM7A 4W65A 1YI7A 4YZ4A 4P0JA 1DQ2A 4XFSA 1LEDA 2FFVA 1GBGA 3BAVA 5F8WA 5IT6A 2CTVA 4GAFA 2E4MC 4Q26A 1AX2A 2DURA 3QR5A 5F9TA 1RZOB 1N47A 5F8SA 1NZKA 3ASIA 3M2MA 1TFMB 2EXKA 3ZXKA 2V73A 4ISRA 2GNBA 4R9AA 1FV3A 5E88A 1W6OB 4G9MA 1DQ5A 2ERMA 4ASMB 1BZWA 4M3CA 1QQLA 4JQ0A 1FNZA 3R4SA 4Q8KA 4OEGA 3JU9A 1DHKB 5DUUA 4PC4A 1SR4A 1IS5A 2ES3A 2WSVA 4GOYA 1GLHA 5DG2A 4GKYA 5BXPA 1W0PA 3BX1C 1Z4SA 4PBPA 1AVWB 2P39A 2NYYA 4M01A 1R8OA 3NV3A 1S0CA 3WDVA 1UZYA 1WLCA 3CRGA 2D6LX 5E89A 1M2TB 3V0AB 2D44A 2BEBA 3D7WB 4EKXB 2W68A 2ZMNA 2GNTA 1CQ9A 4DCKC 3H6QA 3O44A 1XZZA 2Q5TA 1QNYA 3LCPA 3WCSA 5L73A 3BA5A 1MC9A 4K1ZA 1Q8VA 4XBQA 2FFUA 1CVSA 3RRDA 2P3KA 4ITCA 1LU1A 3RTJB 2R9KB 3WA1A 4I1BA 3CU1B 2EIGA 4FPEA 1GGPB 2ARBA 3AYAA 1GZWA 31BIA 4M3CB 3N35A 6I1BA 3M1HA 1W6PA 5HCFA 5KXBA 1MZ5A 2ZZJA 5FNXA 3BAUA 3SNVA 2KLLA 4QBVA 1O4YA 1JYCA 1SACA 1BJQA 3USUB 5CAZA 1AVAC 3P53A 2E7QA 3NBNA 1AFCA 2A6WA 3O12A 5F8YA 3V65A 1LHVA 3FLRA 4Q1RA 1LHWA 1G9BA 1KDKA 5T54A 3MEPA 1PZ9A 3LSEA 3RMYA 3FJHA 4I37A 1FAYA 4Y1VA 4XOGA 5HCAA 1LENA 4AWDA 1BXHA 3BADA 3K1XA 3VKOA 3WHTA 3IM5A 1DFQA 5H9PA 1JT7A 3TC2A 1QGLA 2WT0A 2OVUA 1WW7A 2UWBA 2FHRA 5GZCA 3NV2A 1BFFA 1YYNA 4EEEB 4AGVA 4BM8A 1IS4A 4Q27A 1CN1A 4P14A 1MS3A 4Y1UA 1F9KA 4DFSA 2EALA 3I8TA 5F90A 4AYUA 1PC8B 1Z2VA 4IY8A 3V0BA 1QNWA 4I4SA 1LGBA 3UJ4A 1FQ9A 2P2KA 1PUMB 1QDCA 4CTEA 2A3WA 3M3EA 3ZC8A 3ZYRA 1I3HA 4Q9GA 3BRFA 1SZ6B 1EYLA 2ZQOA 1HWOB 1ISXA 1LOAA 1A78A 1SR4C 4Y1YA 4FP3A 3VKLA 3JUUA 1SLAA 3UJ0A 3P6JA 3S8KA 1MS5A 2F2FA 4G6MA 3WDYA 4LO0A 1LOBA 3AP6A 3BTAA 3O4CA 2EF6A 1Q03A 1DJSB 3T2TA 5BXRA 3FJ9A 3B00A 4I1EA 2AXMA 3B01A 1LOGA 2EXHA 1W6QB 3BODA 3QLQA 4JRAA 4AVSA 2D3PA 1V6JA 5EWSA 3IPVA 2LTNA 3POKA 2DRYA 1NLSA 1HIBA 3VT1A 4YG0A 4GXLA 2MIBA 5D61A 5GLWA 3I2AA 5DUWA 3N7JA 3LTQA 1IHKA 2VSAA 1QF3A 3GNEA 2Y9FA 1D2SA 1HWPB 2ZHNA 1SBFA 5IK7A 3CA6A 4I0YA 4LO8B 3WG3A 3FJFA 2DTWA 2IHOA 1FWUA 4YW2A 5T50A 2D7IA 4YZ3A 3JRRA 1ZM1A 3QCWA 4XJWA 3HALA 1C4RA 1N1YA 1UL9A 4FPOB 3AX4A 5JVVA 1BFCA 2GNDA 1W6MA 2HYKA 3AZWA 1FMZA 4KEIA 5JOWA 4FOVA 1APNA 3NWKA 4XHXA 1T4QA 5T52A 4H55A 4Y26A 2D6MA 4BMEA 4Y24A 4P9YA 5D63A 2DRZA 1WLWA 1R1ZA 3IPVB 4IQPA 1FGAA 1LU2A 4K1YA 3HOMA 4AGRA 4XJZA 1MS0A 3UD7A 4FPJA 1P63A 2BEAA 4PBOA 4F34A 3VT2A 1V6VA 1V6NA 2D6PA 3WDXA 4FPYA 3CA1A 3CRIA 3M3CA 4I4PA 1SBEA 2ESUA 4LO3A 1V6MA 3WG4A 4BQ1A 4XMIA 3H6RB 5EYYA 5E24E 1C57A 2UWAA 1SLBA 2OUHA 3OGFA 2A7AA 5JOXA 4X39A 2YV8A 1CONA 3N7MA 5JOZA 2WLQA 2I2SA 5BYNA 2FGFA 1I1EA 2VSEA 1QXMA 1PZ8A 1AJOA 1V6UA 1G8WA 1W6MB 1F5FA 2V5YA 3VT0A 4Q2FA 2KKIA 1U0AA 1WUVA 2GMEA 2A5ZA 3AK0A 4QKRA 3NV1A 1N1VA 1DQGA 1IOAA 3NBEA 2E7TA 2P3IA 4PF5A 4OWJA 3A4UA 1ISWA 5GLZA 1FNYA 2FO1A 1BQPA 2A3YA 3O0WA 4QD2B 2D7FA 5DZGA 3VEQA 5GM0A 3P6IA 3O4BA 3N3HA 1W3GA 1AXKA 2VU9A 3BIWE 2P3JA 3RQ0A 1DQ1A 3AYCA 4A7ZA 2D1ZA 1ONKB 2PELA 4XYXA 2Q3NB 3MPPG 4P0LA 4JKQA 5FZYA 3TAYA 4BLJA 3N0KA 1S0GA 3AH1A 3EF2A 2AH2A 3SNMA 4OUJA 4FGFA 2A6XA 3Q7XA 3IIRA 4USOA 3HMYA 2D22A 1ENSA 1SCRA 4Y20A 4P6AA 3MW3A 3SISA 1OQ1A 4FOYA 5BOWA 3PVOA 1TWMA 2UWCA 4L4HA 3WO3A 2WQZC 4X3AA 4XJ8A 4XDQA 2NN8A 1GICA 1LOFC 2ZAAA 2PHFA 4YZ1A 1VIWB 2KI6B 2EXIA 5HPZA 4XIKA 3WG1A 1SLLA 4OEFA 1J0SA 4BMBA 4YGEA 5IK5A 1LODA 1UKGA 1ZA4A 4EB2B 2H0BA 3UK9A 5IK8A 1XHBA 1TTUA 4LO1A 3VV1A 3M3QA 3HSMA 4AVVA 3FGMA 1Y7BA 2AYHA 4GWNA 2X2TA 5EHAA 2WT1A 1G9AA 1JLXA 2JE9A 4KEJA 4IONA 3WVJA 3AKHA 1SCSA 4QD2C 2VH9A 1W6NA 5DUXA 3NBCA 5FZUA 4FPFA 2NVHA 1DIWA 4UW4A 1DBNA 1DFCA 5CBLA 4RL7A 4Q1PA 1DQOA 2YXSA 2M49A 2ZMLA 4Y20B 4TLPA 3ILNA 4R9CA 3FJBA 4LO2A 1JOJA 1ULEA 1IRAX 3OY8A 3FFZA 4FVVA 1SLTA 2A70A 5GLTA 3SLIA 3AP7A 2JD4A 1N3OA 2K43A 4XFUA 1LECA 2L5XA 2XG3A 4L8QA 3HBWA 2GALA 4YG3A 1ULGA 3AZXA 4YGDA 2DUPA 5KXCA 3JUTA 2ZGQA 4XILA 4DPNA 2DUQA 3V64A 4ZXKA 4Z8BA 1LJ7A 3WG2A 3N7KA 2GMPA 1XYFA 4LBKA 5HCBA 2LIQA 1DGLA 4ENDA 1W6NB 4BPZA 2NMNA 2HWAA 3AKFA 3W59A 1RITA 3C9ZA 3INAA 4I4YA 5DUVA 1KDMA 3WINA 1YIFA 3AJYA 2DS0A 1KRIA 2XOAA 4SLIA 1DQ6A 2A3XA 1BLDA 1HWNB 2NM1A 9ILBA 3RG0A 3S8JA 1LESA 3OY8B 4AVTA 4J2KA 1PWAA 2D20A 4Q9PA 5EXOA 1IOBA 1AXMA 5LK5A 4I4QA 1LOEA 2KH2A 1W3AA 3CRHA 5E8AA 2YMZA 1HCEA 1PUUB 4I4UA 4YGCA 4XJ9A 2ET2A 1UMZA 1V6WA 4HANA 3ZPYA 1JTCA 4Z9WB 2AENA 2GDFA 4YFZA 1BKZA 4OW4A 5GJ6A 3T8SA 3WLUA 4LO1C 1H9WA 5I1BA 5JOYA 4LBJA 1DQ0A 1JT4A 2DVFA 1N1TA 4J2YA 4G6JA 5DG1A 2ZGTA 2ZGUA 1Q56A 1GZ9A 4K21A 1JXNA 4DENA 1ENQA 3ILAA 1E0OA 2ZMKA 1Q8OA 3POYA 1WBLA 2GNMA 1OFSA 2DVBA 4YG6A 4Q91A 1KITA 1GZWB 4XJAA 3AJ5A 4U36A 4FOQA 1AJKA 4XXAA 3WDUA 1HKNA 2JKBA 1W6PB 2SBAA 2D6OX 1GKBA 4CRQA 4WVVA 3IN9A 3D5OA 3PVEA 1Q8QA 2PHUA 3WMUA 4YM2A 4HJJA 4CZSA 4LO2C 3BAOA 4XMAA 2ARXA 1BFGA 2P34A 1JHNA 1YBIA 3UDAA 4DRRA 3A0NA 2DV9A 1TEIA 1QU0A 4KC3A 5BQUA 4YZ5A 1G9FA 1JBCA 3ZVXA 1VAVA 5FREA 3BAQA 3T1LA 4ZLBB 3FUOA 2A6ZA 3A22A 3OPZA 2GN3A 4BLIA 1CVNA 3I2XA 4A7YA 1YF8B 5EC5A 4BOWA 4IY9A 2YUGA 4LBQA 4YFWA 5BXTA 2Y9GA 2ZR1B 3BA4A 1BASA 1UZZA 5T5PA 1FYUA 5F5QA 1MR5A 1XG6A 2A6YA 2NTDA 2R0HA 3B9CA 2QN4A 4UW3A 1AVUA 2PHWA 1JLYA 4P9WA 4YW5A 3AP5A 3NV4A 2KI4A 4Y1ZA 4YW1A 2VW2A 3OJMA 3PVNA 3LSDA 1N1SA 1UAIA 1G86A 3V0BB 4WZFA 2LIEA 1WW6A 1M16A 4Q8LA 3OBRA 4TZDA 4C1XA 3NBDA 3AZVA 3AYDA 3AYEA 3AFKA 3AH2A 2RHPA 4KEKA 4USPA 4KBBA 1YRZA 2AR6A 5BVPI 3I29B 4D8HA 2K8RA 1CE7B 1K5VA 4H9WA 1FWVA 2KM2A 4RA0A 4I96A 1EV2A 2ERFA 4LO7B 3POWA 4G9NA 2ZHLA 4I3NA 3M3OA 5CNAA 3CA4A 21BIA 3SH5A 1JN2P 4JC1A 5H9QA 4LBQB 4JKXB 3ENRA 1G82A 2K4AB 2RQ9A 4OEEA 2LALA 1LHOA 1ONAA 2YY1A 1V6KA 1S0IA 1V6LA 3POSA 3ZXLA 4XBNA 1WD4A 2ZHKA 3FJIA 1ISZA 2DU1A 4G1RA 2JECA 1WD3A 4YGBA 4WBCA 1A3KA 4EFRA 3F1RA 3FJCA 3UJOA 2PHXA 4WV8A 5GZEA 5H9SA 2FMDA 2E4MA 4I4VA 3BB2A 2D6NA 4I6IA 3OJBA 3D4KA 4JPZA 4QKSA 3IM0A 1B09A 2EXJA 2HW9A 1A8DA 2Z48A 2DWRA 3OJVA 1Q04A 3DUIA 3VSZA 4UW5A 1DQ4A 1NXD1 2PHRA 1GNZA 1ULDA 4HL0A 3ZXFA 3MW4A 2D6KA 4GP3A 3O0VA 1L2HA 5BQUC 4LO7C 2Y9XE 1MD6A 5BXSA 4J2XA 1VALA 2F2FC 3WMVA 1TWEA 2Q9XA 2CNAA 1VCLA 4LO0C 2DVGA 3C2UA 5KXEA 4OWKA 3NJ5A 3AXDA 3KMVA 5GZDA 1Q8SA 2R16A 3W58A 1MVEA 1G9CA 3R4UA 3ZSMA 5B2HA 1UPSA 2P23A 2CL2A 3BAHA 3VKMA 1QKQA 1LEMA 1AX1A 5DZFA 4ZA3B 1DZQA 4LBQD 2CWMA 2C9AA 3AH4A 2ZGOA 1SBDA 5FNWA 2TEPA 5DZEA 1MS8A 1S0FA 1MS1A 5G00A 2DTYA 4QC4A 1AVXB 5GLVA 2GZBA 2VUAA 3PMEA 1MS9A 3H0OA 1LGCA 2AGSA 3AP4A 1EPWA 4F83A 1WBCA 2NP0A 3WO4A 3IM6A 3WOGA 2R0FA 1WW4A 4ZKTB 1MS4A 2Z42A 4JCKA 1BLAA 2UURA 2VY0A 3O0XA 3MALA 2A6VA 4XFTA 1GYKA 2W39A 2P37A 1GSLA 2JE7A 3AZYA 4TYSA 3BOPA 8I1BA 4GAIA 1LHNA 4ZFUB 1S0DA 4UW6A 1FX5A 4U2AA 1LCLA 1TIEA 4EFPA 4ZGRB 1JW6A 4FPHA 2D3SA 3WDWA 1V6XA 1CJPA 3V0AA 3O4OA 3ILFA 4I2SA 2ZGPA 2HWMA 4AGGA 1AXYA 4D0ZA 1IKPA 4IZEA 3Q7YA 4LBOA 1H30A 1FMMS 4FQZA 2YROA 4LO3C 4YW3A 1IT0A 2ZA9A 4HR6C 1S1AA 4GP0A 2QYIB 4X37A 4FP2A 3N36A 3U4XA 3O5SA 2BFHA 4CJMA 3V79C 2MC2A 2SLIA 1AXZA 3B9UA 4ZBVB 3ATGA 3CAHA 2E51A 1YO8A 3IAGC 4YLZA 3APBA 1HCDA 1PZ7A 4LBMA 4Z8SB 4YZ2A 3WZ1A 1AZDA 4M3CF 3W9TA 1IILA 4MYEA 3ZXDA 2ZGRA 4XKIA 3FBYA 2RG9B 2ZHMA 2ZGNA 3USUA 2VW1A 4C1WA 4XZPA 2WJSA 1JUIA 3UJQA 3IKWA 2MLLB 41BIA 1G9DA 4L4IA 1ILR1 3O4AA 3UL2A 2UU8A 5BP5A 5GZFA 1HQLA 4D69A 2A75A 2IWTB 1V6OA 3WUDA 2ZGSA 2ZABA 1PZZA 4ZOTA 3N7LA 1HKDA 3OGGA 5H9RA 1YXWA 3CQAA 3RMXA 3VKFC 1URXA 2GMMA 2VXRA 1OQLB 1AX0A 2R49A 1Q1UA 2Y9WC 3FJAA 2OUJA 2BQPA 1QOTA 4R6UB 2A71A 3RTIB 1S0EA 3L2YA 4J2SA 3B69A 1LGNA 2I1BA 2WSUA 1TOOA 2ZBJA 2AAIB 2YZ4A 5EYXA 5GAQA 4YM1A 3OBTA 5GZGA 4DRVA 3AJZA 5CA6A 2WNEA 3BA7A 5JMCA 3BRGC 4LBNA 2FDBM 2PHTA 5IK4A 2AREA 1RINA 2WT2A 5JLVA 4JAWA 3FJEA 4XTPA 1KJRA 3O49A 3CA0A 3UD8A 3ZSLA 2J3PA 4XHBA 5FZZA 1GZCA 1RG8A 2ZQNA 1IRPA 1S0JA 4J23B 1DZCA 2ZKNA 3FUQA 3WHUA 1GNHA 1N4KA 2W52A 1W0OA 4QBCA 1C1LA 1BARA 1KJLA 4M00A 3CNAA 2CY6A 1S0BA 3SH3A 3UD9A 1T9FA 3E8LC 5FRAA 1F31A 4IHZA 4H04A 4K20A 3VWCA 3WDTA 1W6QA 1LULA 2AUYA 3ZSKA 4GA9A 3O4DA 3A21A 1MVQA 1AF9A 2D7RA 4YM0A 1Q8PA 3WUCA 2F8XC 3GALA 1EVTA 2G4IA 4A7KA 3VUOA 3AXEA 2VW0A 1G7YA 1ULFA 3ZX7A 1ISYA 4GALA 1ITBA 1IS3A 3IMNA 2ENRA 1HWMB 1II4A 3RS6A 4R9BA 2Z49A 1WBAA 3CA5A 4AN6A 4ZFWB 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RMYA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

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