3RSEA

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
414
structure length
396
Chain Sequence
AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 121
structure length 396
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseA03
2A6AA 4H0XB 1BA0A 5AR0A 5EVZA 4BVPA 3UE5A 3VOVA 2E1YA 2GEMA 3DAWA 4BR9A 2QXLA 1T6DA 2I7PA 3CJ9A 2ASOA 1RFQA 4H5VA 4CZKA 2PAVA 1MA9B 2EWSA 1QQNA 1X9JA 2CH6A 3VEWA 2D4WA 1K8KA 2W40A 4JNEA 1JCFA 2E1ZA 3ATUA 3EL2A 3M1FA 3D2EB 3IDHA 1V4TA 1HUXA 5EOYA 2D0OA 1Z6RA 2P9KA 1TYQB 3GL1A 4O8KA 3ZETA 1T6CA 3VEOA 3FLCO 4CI6A 2VYPA 4CBUA 4CZLA 3CQYA 4H5NA 2P9NA 3L0QA 4NO7A 1Y64A 2UYTA 2CGJA 3D2FB 5AFUH 2E8AA 3WXKA 4BRHA 4CZJA 4K42A 3QFPA 4PKIA 3ZEUB 2E2NA 4DB3A 3O8MA 4CZIA 3G25A 1HKBA 1KAYA 5AQTA 3MCPA 5AZJB 3BEXA 3VEYA 5AQXA 1NMDA 4FWQA 5BREA 3DXMB 5B8HA 4I6MA 4FPAA 3W3DA 1TUYA 2E2PA 3CETA 3EKUA 3MN6A 1GLEG 1CZAN 3O08A 4BREA 4CD1A 3GOIA 1GLCG 3JXUA 4M63C 4H0VB 4WYBA 4FWLA 5AQRA 3U4LA 3ENHA 1MWMA 1OKJA 2H3GX 3WUHA 3P4IA 2CGLA 5FPDA 3FZMA 4B1VA 3CJ7A 1RGIA 3GE1A 3M6GA 4BRKA 2HOEA 3U8XA 4A62A 3J8AA 4J8FA 5AQPA 5BRHA 3FZLA 5AQHA 4PKHA 5AQLA 4H0YB 2Q0RA 3AAPA 5AQIA 1NWKA 3LM9A 3WQUA 1DEJA 5AQSA 1NGIA 3QFUA 2E88A 3UKRA 2HF3A 2A40A 4BRCA 3CHWA 1ATRA 3DXKB 3A5LC 4MLHA 2P9LA 1WOQA 4EIAA 4GNIA 4PKGA 1RDWX 3A5MC 3A5OC 4BC5A 4ISEA 5BRDA 3LDOA 5ELZA 1QZ6A 3U9ZA 3H46O 1WUAA 5BPMA 2IIRA 3OHRA 5LJVA 3LM2A 1S22A 3VF4A 3CJBA 3O80A 4ISFA 4BG9A 3LL3A 3I33A 3VETA 5AQZA 5AQYA 4AM6A 4H0TB 1NGEA 3WEEA 3FE1A 2E2QA 3HTVA 1XC3A 4IJAA 5AQFA 4DHYA 1HJOA 3QB0A 2A3ZA 3MMVA 2P9SA 4FOIA 3ZX3A 3LDQA 1NBWA 4FL9A 1NGHA 4QS7A 3EN9A 4BR4A 3H1VX 1E4GT 1J6ZA 3C7NB 3SK3A 2YHWA 4WQ5A 2NZTA 3KHYA 4JHDA 2W41A 3FFKB 2AP1A 3U9DA 3O4WA 1NGDA 2GTDA 4L3QA 3BF1A 3WT0A 2FF3B 4GY2B 2CH5A 4FWSA 3VGLA 4K43A 3VERA 4FWKA 2YHXA 3SMPA 2F9TA 1XQSC 1ESVA 2V7YA 4M7XA 3AAQA 4EFHA 4CZHA 3MN5A 4WQ5C 1C0FA 1X3MA 2Q2RA 4MO4A 4CZFA 1X3NA 3ZETB 4B1WB 1DKGD 4K25A 2GWKA 3R6MA 4IZ9A 4BRIA 2FF6A 5KPRA 1IJJA 4JD2A 1BO5O 1EQYA 2P9PA 2P9UB 5AQGA 4BRFA 2QWLA 4DCHA 3MK6A 3VEXA 3QMLA 3H3NO 5KQDA 3C0BA 5AQNA 4BRLA 4CJ7A 5I9EB 1MDUB 2YJEA 5BR9A 1YVNA 3VPZA 3MN7A 4I6MB 3QDKA 5FPNA 4QS8A 5LJWA 2E2OA 3D2EA 2ASMA 2NRHA 4QS9A 4BC4A 4FOEA 4Y0WA 2HF4A 3GDQA 3TU5A 3DJCA 3CI5A 4IJNA 5KQ8A 3HM8A 2NLXA 2QWPA 3L6QA 2YCHA 3KZBA 4A2AA 3WQTA 3F9MA 3H6EA 4BRGA 5KPTA 1GLJO 1NGCA 3LDLA 4B9QA 3D2FA 2DPNA 3H45C 3ZX2A 3FZFA 1NM1A 3ZEUA 4WQ4A 2QWNA 5KPZA 4FWNA 3D7EO 3FZKA 3WXJA 2QWMA 4O5FA 5AZJA 2D0PA 3DXMA 1NGAA 2ASPA 4RTFD 4EHUA 3BP8A 4XH1A 1HKGA 2D1KA 4F9OA 3HSCA 4BQLA 2F9WA 4WQ4C 1Z05A 4BC2A 2A42A 5BN9A 2IVOA 1NLVA 1NGGA 2QM1A 3GBTA 4BRAA 4CZMA 1GLAG 2QWQA 5LY3A 1YXQA 3AY9A 1BDGA 1QQOA 5AZIB 2QWOA 3UKUA 2I7NA 4JN4A 3RSEA 3TPQA 3ULEB 3WEEB 4BRPA 3SJHA 5AQQA 3VESA 4BC3A 1U2VB 1MWKA 4FWMA 1E4FT 4CZGA 2V7ZA 5ADXH 2Q36A 3O6WA 4H03B 4FWRA 3ATVA 2P9IB 3FR0A 4HWIA 1IG8A 3SLCA 3VF6A 2V51B 1GLDG 3DXKA 4JHDB 4PL8A 3IUCA 4BQZA 5AQKA 5AQMA 4BROA 4H5RA 4M7YA 1HX1A 3H3OB 5BPNA 3QBWA 2Q97A 4CBWA 3QBXA 4AM7A 5AQOA 3R9PA 1QZ5A 2V52B 3H1QA 2IVPA 3CIPA 1SZ2A 1K8KB 4EHTA 2FXUA 5F0XA 5FPEA 5AFUA 4ISGA 4BRNA 4A61A 3EKSA 5CE3A 4FWOA 5JMVA 1ZXOA 4H0PA 5BN8A 1D4XA 2OANA 2P9KB 1C0GA 2ZWHA 4BR0A 2WUSA 4JAXA 4BVOA 4JD2B 3CJCA 4BGBA 4RCHA 2P9PB 4B1YB 3C7NA 1BUPA 1QQMA 2QWRA 3LDPA 3QICA 5FPMA 3UB5A 2Q0UA 2ZGZA 2ITMA 2P9NB 4FPBA 2Q31A 3ZX0A 2A5XA 5TKYA 4XH4A 4MLEA 1JCEA 3CJAA 4BRQA 4NB4A 4IXCA 5AQUA 1P8ZA 2FSKA 4MO5A 3IFRA 2IVNA 2KHOA 4IO8A 5AQVA 2PBDA 1SQKA 1NGFA 2QW9A 2YI1A 4CD3A 4BGAA 3O5BA 3S41A 5AQJA 2AA4A 1TYQA 2ZGYA 5EY4A 4BR2A 3ID8A 1GLLO 4A2BA 1Q18A 1V4SA 2ZF5O 1YAGA 2P9UA 1DGKN 4BR7A 4CZEA 3O1BA 4K41A 1HLUA 3DWLA 4FSVA 4H5WA 5AQWA 3FGUA 4XEIA 2VWBA 4B1ZA 1H1VA 4DQ8A 3VENA 1BA1A 4BRMA 4RWTA 5F2RA 1TUUA 3ENOA 3WXLA 4FWPA 3KVGA 3O1WA 2YJFA 1S3XA 1QHAA 1U6ZA 3HBTA 2J4RA 4H5TA 2FLOA 1YUWA 2GELA 3CQXA 5BRFA 2FSNA 3UKRB 5E26A 4H0OA 1KXPA 4YDUA 5ADXA 1NGJA 1ZC6A 2P9LB 5EX5A 3L4IA 5E84A 4EAHD 1HPMA 1BU6O 3SMSA 2CGKA 4FO0A 4Z94A 4BRDA 3FZHA 1G99A 2Q1NA 3GG4A 3M3ZA 3JS6A 3UKUB 3RSEB 1GLBG 5BPLA 1JCGA 3VGKA 3B8AX 4YDUC 4IWVA 2VCPA 3HI0A 5JICA 5JLHA 1LOTB 1LCUA 3CERA 3A8YA 2BUPA 3VEZA 2HMPA 2FSJA 1T44A 3A0IX 2P9SB 4XH5A 1ATSA 3CJ1A 1XUPO 3VEVA 3EZWA 3VF2A 4HTLA 4B1XB 2A41A 3I8BA 2GUPA 3BF3A 4C23A 1ATNA 4KBOA 5F1XA 1BG3A 1ZBSA 3W0LA 4BR5A 4E1JA 3AARA 3VGMA 1KAZA 3LDNA 4LC9B 1KAXA 2YHYA 3BUZB 4PL7A 1HKCA 3WXIA 4CBXA 5AZIA 4B1UB 3ULEA 3MDQA 1NGBA 1R59O 3MN9A 3R8EA 5EXWA 1U2VA 3IMXA 1BOTO 3HZ6A 1BWFO 2GWJA 3EO3A 1GLFO 1SAZA 2E20A 2BTFA 5JLFA 4BG8A 2P9IA 3A5NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZTFA 3SV4A 3KLGA 1BA0A 4BVPA 1X9WA 3VOVA 4BR9A 3PIOL 3BY5A 3AVIA 3MXJA 3OS0A 1RILA 3SNNA 2EWSA 3VEWA 4CK3A 1S1WA 2W40A 2KKZA 4Z4GA 1JCFA 2E1ZA 2F96A 3AA3A 1V4TA 2C1IA 4CIGA 2D0OA 5KI6A 2O8DB 4NCBA 4RW9A 3ZSYA 3NVKA 3GL1A 3OYMA 1CZBA 1T6CA 1W0HA 3ITHA 3VEOA 4DFJA 4CI6A 5C12A 3THYA 4CBUA 3C6UA 2O8EA 2P9NA 3OYJA 1O1WA 2P1JA 3QINA 5MLCQ 3RTVA 2KZZA 2E8AA 4FVMA 4KTWA 4DSJA 1Q82O 4PKIA 3SZ2A 4HVJA 3K9KA 4I7FA 3G25A 4CEAA 1KAYA 5AQTA 2VWKA 2W42A 5AQXA 3B6OA 4FWQA 2WOMA 3NF9A 4I6MA 2HNDA 3W3DA 2E2PA 4FK2A 4KO0A 1RDDA 4CD1A 4DS4A 3V1OA 4BE2A 3RMAA 3JXUA 4M63C 4IG3A 3KJVA 2YV0X 5C0YA 4R79A 4WYBA 1HYSA 2XRIA 1MWMA 5FPDA 3FZMA 1RGIA 1I94K 1VHXA 5FDLA 1JJ2M 2F8TA 4BRKA 4KV8A 3SJJA 3ZT1A 4J8FA 1KQSM 3V9SA 3SUQA 4CHNA 4KH6A 3LPUA 5AQLA 3VQ7A 2F8SA 2Q0RA 3AAPA 1NOYA 4F2RA 2E88A 2W6LA 3PX0A 1N32K 2A40A 4BRCA 2VWJA 1RT5A 3A5LC 4DTOA 3T19A 2P9LA 3KKSA 4FJLA 3L2RA 3A5MC 4DQQA 3L3UA 5BRDA 3MAQA 3LDOA 2XY7A 1I3AA 3H46O 1WUAA 5LJVA 3CJBA 4ISFA 5LMUK 4N47A 1LWCA 3VETA 5AQZA 3H08A 2IGIA 1NGEA 2QXFA 4CEEA 1XC3A 1R0AA 4IJAA 1P90A 1HJOA 3QB0A 4E7KA 3MMVA 2A1SA 3CCSN 2O8FA 1M1KO 1IH7A 1NBWA 4KAZA 1XNRK 1FJGK 3EN9A 2YNFA 3JAMO 5FROA 4JHDA 4HTUA 1NGDA 3TTFA 3D0PA 3BF1A 4XJXA 3OBYA 4GY2B 4DTPA 3VERA 4FWKA 2YHXA 3SMPA 1S1TA 5FLXO 5DM6L 3KLIA 4M7XA 3AAQA 4EFHA 4CZHA 4DR4K 3HVTA 1X3MA 3J81O 5C24A 1NJYA 2HHXA 5E41A 2HW3A 4DR5K 4KPYA 1UOCA 1DKGD 5CYMA 4CJWA 4O0IA 2GWKA 4DQPA 3R6MA 2O4GA 2JWLA 4JD2A 5DMRA 3V6DA 4ID5A 4CJUA 4CFCA 1EQYA 2P9PA 4AHSA 4DCHA 3QMLA 3H3NO 5KQDA 2ZD1A 4LFBK 5I9EB 1MDUB 4Q0BA 1SKWA 1NK7A 1YVNA 1QE1A 1M90O 5HOOA 4JI0K 1HNVA 3TAQA 4I6MB 4BY9C 3QDKA 4JRQA 5LJWA 4Y1CA 3TI0A 4CESA 4TSXA 4LH4A 4YOVA 3PUFA 4FOEA 3NAEA 4GV6A 3CI5A 5KQ8A 3KWIA 2QWPA 3VTIA 1NMNA 4GVMA 4WE1A 3L6QA 4YOWA 1EP4A 4I9QA 3AVFA 4IOCL 4CEZA 3WQTA 4JI1K 4N56A 3H6EA 3ZT4A 1KSPA 3IS9A 1NGCA 3HT3A 4DTXA 2DPNA 1C1AA 4F4KA 3PSIA 3FZFA 4CJQA 3ZEUA 4IDHA 4WQ4A 3O3FA 3AVHA 2QWNA 3I55N 2D0PA 4DG1A 5J2NA 2ASPA 2Y1IA 1REVA 2WTUA 4FW2A 2YNHA 2YX6A 4DV4K 3V81A 4X66K 1Z05A 2R7YA 4B9NA 3K2PA 1KLNA 1NJIO 3CF5L 1TK5A 4BRAA 3CFPA 4QCLA 1QQOA 4ILGB 5AZIB 2NNWA 4OJRA 3HP6A 4JN4A 1X9MA 3ZCMA 3SJHA 3VESA 4OKKA 2ZJQL 1MWKA 2KZMA 1JKHA 2OPSA 1OVYA 3CC7N 3HYFA 3HPOA 4FWRA 1YJNN 1SS6A 2LSNA 4JKGA 3SLCA 2V51B 4MDBA 3VF6A 3T1AA 1GLDG 5KRSA 4JHDB 4PL8A 3NGZA 3CM5A 3VQ8A 3ZT0A 4LSNA 3LWLA 2ETJA 4KFBA 4BQZA 5AQKA 1WSFA 4MDAA 3AVJA 4HCBA 3L2VA 2PZSA 2HHHK 4M3WA 2Q97A 4AM7A 2DY4A 5AQOA 1J5EK 3CIPA 2FXUA 3VQQA 1L3VA 4FJ5A 4JI5K 5GINA 5BN8A 1SL0A 3M5RA 1J54A 1RTIA 5I3UA 2ZWHA 3CCUN 4DV3K 4FJMA 4JAXA 4KB0A 4JD2B 4BGBA 2P9PB 1OH5A 4JKHA 3LDPA 1VSKA 3CQ8A 5FPMA 2ZGZA 3TAMA 3THWA 3NF7A 1WN7A 1HJRA 1KVBA 4W5QA 2A5XA 5TKYA 4N5SA 1JCEA 3HPGA 4FLUA 3CJAA 4DWIA 4NB4A 1C0UA 1WSJA 1OVQA 5HRPA 3ZSZA 4MO5A 3M8QA 3RMBA 2IVNA 1SQKA 3D45A 3VQDA 3OJSA 2QW9A 4CD3A 1ZBLA 4CJKA 2RPIA 1TYQA 4DSKA 1GLLO 4M3RA 3O3GA 3QETA 1QSSA 2FBVA 1C1BA 3LP0A 1HLUA 3DWLA 1KFSA 2UU9K 1CZ9A 1H1VA 1VQON 4C8MA 3VENA 3QLHA 4K8XA 1LW0A 5F2RA 2Z1JA 5M1QA 3PX4A 3WXLA 3ENOA 1IBKK 5J2QA 1S3XA 2IDOA 2WBNA 2B5JA 5E26A 5ADXA 4JS4A 4E7HA 1TKZA 4FLTA 1OH7A 3L4IA 4O4GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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