3RSEB

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 52
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseB02
3ZETA 4MO5A 3VETA 1U2VB 2F9TA 1D4XA 3GDQA 3A0IX 1X3NA 5AQFA 3CJ9A 5FPMA 1WUAA 3VGMA 1QHAA 4A61A 2GWJA 1IG8A 1NGAA 2P9KA 4CZIA 1JCGA 2FXUA 1YUWA 3QMLA 4BG8A 3VESA 2CH5A 3UKRB 5AZJA 5AQYA 3IDHA 3UKUB 2F9WA 3LM9A 4BRIA 2Q97A 2A5XA 3CI5A 4IJAA 4FWNA 1ZBSA 1Y64A 2ITMA 3GG4A 5AZIB 2ASMA 5EVZA 3ZETB 4FWLA 3EKSA 3MN6A 4H0YB 1NGGA 4CZLA 1RGIA 3C7NB 4BVPA 5AR0A 3CJ7A 1E4FT 3QBWA 4BRGA 2VWBA 5AQMA 2FLOA 4B1XB 4RWTA 5BR9A 1EQYA 4BRFA 1NBWA 5E26A 4ISGA 4MLHA 3VEXA 1GLCG 3IFRA 3ZX3A 4IXCA 1K8KA 1HPMA 1R59O 1QQOA 2QWQA 3D2FA 3FE1A 2FF3B 4BRQA 4BRPA 3A5NC 5I9EB 5TKYA 3I8BA 4BRCA 3VENA 2YHXA 3WQTA 4AM7A 2E2NA 3O5BA 5BPNA 3BP8A 1ATSA 3LDOA 3W3DA 3QFUA 4L3QA 4H5RA 1C0FA 4JHDA 4PKIA 4BG9A 4M7YA 4E1JA 3O80A 5AQLA 1C0GA 1YVNA 3CJBA 4B1WB 3SK3A 1LCUA 5EXWA 1XQSC 4FWMA 2Q2RA 4IZ9A 3BUZB 4GY2B 4BR7A 3D2FB 3VGLA 3LDQA 3FZMA 3MK6A 2FSNA 3MN9A 4H5VA 1DKGD 1H1VA 4KBOA 3IUCA 3LDNA 3EO3A 2A3ZA 4BRHA 3H3NO 5AQIA 3O6WA 4QS9A 3CERA 3QDKA 4F9OA 2D0OA 4CZKA 1P8ZA 2QWPA 4JHDB 4EFHA 1HUXA 4J8FA 3DAWA 4A2AA 3UE5A 3O4WA 4BGAA 2ZGYA 1RFQA 4CBWA 3H45C 4WQ4A 2CGKA 4JD2A 3GE1A 4K43A 4WQ5A 4BC4A 2FSJA 3CJAA 2IIRA 2I7NA 4BQLA 1TUYA 4M7XA 4YDUA 2ZF5O 4B9QA 3P4IA 3ENHA 3AAQA 2P9PA 4DQ8A 4BC2A 4CJ7A 2PAVA 2CH6A 2A41A 3I33A 5JLFA 4K42A 5AQNA 3CETA 4BROA 1GLJO 1NLVA 2HMPA 4LC9B 3F9MA 4JAXA 2E1ZA 3H3OB 1GLEG 2ASOA 1MWKA 1SZ2A 4FWRA 4H0VB 3ULEA 2KHOA 3FR0A 1NGCA 5KQDA 3A8YA 2YI1A 3VPZA 5LY3A 2P9SA 3QBXA 2HOEA 4QS7A 3OHRA 4JN4A 4CZMA 3VEOA 4CZEA 1X9JA 3EN9A 1QZ6A 5AQSA 1QQNA 1OKJA 1TYQA 3RSEA 5BN9A 3ZX0A 1WOQA 1HJOA 2P9PB 4ISFA 2Q0RA 2GELA 3MDQA 4XH4A 4EHUA 4FWQA 4M63C 5KQ8A 1QQMA 4A2BA 3HM8A 3TU5A 1SQKA 4BC5A 4FWSA 4BRLA 5AQHA 1BG3A 4RCHA 1MWMA 3BF1A 1BA0A 1NGFA 2W41A 3JS6A 3VERA 5F0XA 3EKUA 4CZHA 3ULEB 4FPBA 3QB0A 2V51B 5BPMA 2P9SB 1GLBG 2P9KB 4K25A 5BREA 1YXQA 4JNEA 4FO0A 1TYQB 2AP1A 2Q31A 5AZJB 3RSEB 3M3ZA 4BRMA 3WUHA 2I7PA 3WXJA 1XC3A 3QFPA 2CGJA 2CGLA 1NGEA 4IWVA 5BRFA 3B8AX 3DJCA 3HZ6A 5AQWA 1ATRA 3H1VX 3SJHA 1ZC6A 3ATVA 1V4SA 3LM2A 1YAGA 1E4GT 4ISEA 5EY4A 2YHWA 4BR4A 5ADXA 3HTVA 4H5WA 3DWLA 2D0PA 5JLHA 3CIPA 2A40A 3L4IA 1ZXOA 4CD3A 2E1YA 5AQJA 1CZAN 5AFUA 1S22A 2VYPA 3VEYA 4XEIA 4GNIA 5JMVA 4QS8A 1K8KB 4FOIA 2QXLA 1X3MA 3VEVA 5LJWA 3MN7A 3U8XA 3FGUA 1J6ZA 3VF4A 2E8AA 3H1QA 5AQKA 1XUPO 3ZX2A 3CJCA 4O5FA 3KVGA 5AQZA 4H0PA 4XH5A 1ATNA 1T6CA 4CBUA 4PL8A 4H0TB 3SLCA 1MDUB 5B8HA 3JXUA 3BEXA 4FWKA 2E20A 4RTFD 3ATUA 2QWLA 2NLXA 4BC3A 3KHYA 2GTDA 2FSKA 4H0OA 4O8KA 4IJNA 4A62A 3D2EA 3R8EA 3J8AA 2YCHA 3IMXA 5ELZA 5F2RA 1QZ5A 2VCPA 4BVOA 1KAYA 3H46O 5EOYA 3VF2A 3CHWA 1DEJA 2J4RA 3GL1A 4K41A 1NGHA 2D1KA 3GBTA 3LDPA 3O8MA 4BQZA 1HLUA 3QICA 1U2VA 3LDLA 1BUPA 2YJFA 4IO8A 1KXPA 2BTFA 3AARA 3DXMA 2EWSA 4BR2A 4PKHA 2OANA 4HWIA 5BRDA 1NWKA 4B1VA 4FPAA 2AA4A 5ADXH 2IVPA 5BRHA 1JCEA 2E2OA 1MA9B 3LL3A 1GLFO 3HSCA 3UKRA 3D2EB 4Y0WA 2QWOA 4JD2B 5AFUH 3ID8A 4WYBA 4EIAA 4BRAA 3VOVA 2Q1NA 2HF4A 3M6GA 1V4TA 1SAZA 3S41A 1BDGA 4HTLA 3CQYA 3FZFA 5CE3A 2D4WA 5FPEA 2YHYA 2E2QA 3WXKA 3AY9A 2IVOA 1NGJA 5AQOA 1S3XA 4BR5A 3BF3A 2YJEA 3VEWA 3C7NA 3DXMB 4NB4A 2DPNA 4NO7A 4I6MA 4FWPA 3WXIA 4H03B 3C0BA 5AQQA 1GLAG 5AQXA 4CZFA 3GOIA 4DB3A 1NGBA 4DHYA 3ENOA 4XH1A 5BN8A 4CBXA 2Q36A 5AQUA 3W0LA 3EL2A 4BRNA 2BUPA 4FWOA 3O1WA 1BO5O 4MLEA 3WT0A 5AQRA 5F1XA 3O08A 2HF3A 1NM1A 1TUUA 3DXKA 5KPTA 2QWNA 2V7YA 2A6AA 1T44A 1JCFA 2A42A 3A5OC 3SMPA 4B1YB 1NGIA 4I6MB 4BR0A 3WQUA 1Z05A 5JICA 1HKBA 3A5MC 2ASPA 4DCHA 4MO4A 3U9ZA 1G99A 3L0QA 3A5LC 4FOEA 1BU6O 3TPQA 2P9IA 1T6DA 3WEEA 3SMSA 2P9NA 1BWFO 1BOTO 2PBDA 2QM1A 2NRHA 2QWRA 4Z94A 2E2PA 2QWMA 3CJ1A 4CZGA 3FZKA 1KAXA 2IVNA 1RDWX 4BR9A 3DXKB 2ZGZA 3MMVA 4B1UB 4FL9A 2FF6A 3HBTA 3CQXA 4EHTA 4CI6A 2P9LA 1Z6RA 5FPNA 4H0XB 3VGKA 3L6QA 1ESVA 3HI0A 1U6ZA 3VF6A 2GUPA 1NGDA 2QW9A 2P9IB 3EZWA 3WEEB 4WQ4C 4EAHD 1LOTB 5FPDA 1BA1A 4H5TA 4PKGA 2P9NB 2WUSA 3AAPA 3ZEUA 4WQ5C 5E84A 2E88A 1HKCA 1DGKN 5KPZA 5AQVA 4H5NA 2P9UA 3UB5A 2V52B 4YDUC 1GLDG 5BPLA 3FZLA 4PL7A 5KPRA 2H3GX 1NMDA 4BGBA 4CZJA 2P9LB 3MCPA 4C23A 3MN5A 3KZBA 4BRKA 3U9DA 2GWKA 4B1ZA 2V7ZA 3R6MA 3WXLA 3R9PA 3D7EO 4BREA 3ZEUB 2UYTA 2Q0UA 4CD1A 4FSVA 1KAZA 3FZHA 1HX1A 4AM6A 1Q18A 3UKUA 3FFKB 5AQTA 3VEZA 2P9UB 1IJJA 4BRDA 1HKGA 2ZWHA 3H6EA 3FLCO 5AQPA 5LJVA 3M1FA 1GLLO 3U4LA 3G25A 2NZTA 3O1BA 5EX5A 5AZIA 5AQGA 2GEMA 2W40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MO5A 3OBWA 4HHTA 2B5JA 3ITHA 4DS5A 1WBDA 2IAJA 4WFNL 1X3NA 1J5OA 3SAFA 5EU7A 3OTOK 1IG8A 4CZIA 2W6LA 3TAGA 2NRWA 4BG8A 3VESA 4E3SA 3UKUB 2F9WA 4B08A 4CEBA 3CI5A 3ZSWA 3G10A 2KZZA 4FWNA 3OYLA 1ZBSA 1Y64A 3RTVA 3NCIA 3GG4A 4KPYA 4HCBA 5C24A 4PWDA 2PYLA 2PY5A 2BDPA 3DLGA 2YHBA 3NGYA 4CZLA 3T1AA 3KLIA 1VRTA 1XHZA 3CMAN 1E4FT 3QBWA 3DLHA 2O8CA 2JWKA 2FLOA 1JLQA 4A5AA 1VQMN 1EQYA 4BRFA 5E26A 4CJRA 4CFAA 1GLCG 3ZX3A 4IXCA 4I7FA 3FE1A 1HPMA 1R59O 1QQOA 4BRPA 3D2FA 4BRQA 5I9EB 3RMCA 1NJIO 5TKYA 4RW9A 5M1OA 3VENA 4B3TK 2E2NA 1M1KO 4G1QA 3O5BA 4FK2A 3HRGA 3OYMA 4TSXA 1LWCA 1S1XA 2OCEA 3S3MA 2OTJN 1C0FA 2WBNA 4PKIA 5HBMA 1NOZA 3SUNA 5EXWA 1XQSC 2Q2RA 4IZ9A 3LZIA 4KH4A 3VQBA 4GMJB 3BUZB 4GY2B 4BR7A 3S5TA 1NG9A 3AGRA 4HCCA 3VGLA 1VSMA 3LDQA 3FZMA 4H5VA 3MECA 3IUCA 4IKFA 2A3ZA 4BRHA 5AQIA 1WB9A 4B9MA 3O6WA 2HNZA 4EFHA 3UE5A 3AO2A 4DMNA 3CYGA 1JKHA 1IBMK 3O3HA 4BDPA 1L3UA 1X9MA 4HUFA 1LW0A 2I7NA 3CCSN 4CJWA 3OYFA 3HK2A 1KFSA 1K6YA 1IKYA 4KTZA 4OPAA 1I39A 2P9PA 4C1NI 3K9JA 4CJ7A 4E19A 5J2NA 4K42A 5AQNA 4BROA 2HMPA 4JKHA 4LC9B 4DU3A 3O9QA 1GLEG 2ASOA 3S9HA 1B92A 3ULEA 1ASUA 3P39A 3VPZA 2NNWA 2NRTA 3OHRA 4JN4A 4CZMA 4DV0K 1VQON 3VEOA 1TL1A 4FJ9A 4CHOA 5CR4A 3RSEA 2XO7A 2E4LA 2G8UA 4FJ7A 3Q7CA 4AQYK 2EX3A 1J5EK 2GELA 4FCYA 1SL1A 4M63C 3HM8A 4X65K 3TU5A 1Q9YA 4M3TA 2HHQA 2OA8A 5AQHA 4DSLA 1BG3A 3PO5A 2KKZA 4FVUA 1M90O 4CZHA 2C1GA 3OA9A 3CC2N 4LF5K 2P9SB 1GLBG 3CCLN 4K25A 3D0PA 4DFPA 3MEGA 4JNEA 1OH6A 4FO0A 2YKNA 4WFBL 2I7PA 3WXJA 4JS4A 3QFPA 2CGLA 4IWVA 4JEPA 3ASMA 3OYJA 3DJCA 4FLTA 1NKCA 3NVKA 3H1VX 3SJHA 3L3UA 1N5YA 1KD1O 3ATVA 5LMUK 4AHCA 1HYVA 1D9DA 4F2RA 4YFUA 5JLHA 1YT3A 3CIPA 2A40A 3K2PA 4EZ9A 4CD3A 4CIGA 1RDDA 4FJGA 2VYPA 3VEYA 3E66A 4GNIA 1W97L 2OPSA 2IOCA 4UQGA 1WLJA 3SI6A 1X3MA 1QQCA 1C1CA 4CEQA 4QCLA 3MN7A 3U8XA 3FGUA 2FBTA 3VF4A 4DFMA 3THWB 3ZX2A 2OTLN 5FRNA 3CJCA 3HO1A 2VQFK 4O5FA 4JV5K 4H0PA 4KV8A 4NYNA 1VSHA 4XH5A 1K8AO 3ZYYX 1RT4A 2HNDA 2FC0A 1IV0A 5HRRA 1VSFA 3ZSZA 1GOBA 1D5AA 2NLXA 3VQ9A 3EZ5A 2GTDA 5HOOA 4IJNA 2YX6A 3D2EA 3J8AA 3C6AA 3IMXA 1QZ5A 2VCPA 3UIQA 4YOYA 1T03A 3CHWA 1TKXA 1DEJA 3OYIA 2J4RA 3GL1A 2HB5A 4K41A 3GBTA 4C1NK 3KIOA 3ZSRA 3WNFA 3L4QA 1U2VA 3N4QA 1KFDA 4C8NA 4FJNA 1BQMA 2RPIA 4BR2A 2OANA 1QE1A 1XNRK 4DV3K 4LF7K 2AA4A 4CGDA 4N47A 2ZE2A 5ADXH 4DR3K 1MA9B 5FDLA 4DR1K 3AVFA 3VOVA 2FBVA 4W5OA 1SAZA 5JVGL 3I0SA 3CQYA 3MX2A 4HTLA 4FM1A 4BE7B 3M8PA 3WXKA 1NGJA 4KB0A 4ID5A 1CXUA 3J7AP 3J7ZO 2YJEA 4UY8O 1N32K 1RTDA 1XMOK 4E72A 4FWPA 1VSJA 4CEFA 4H03B 3SPYA 2UU9K 2HSTA 5AQQA 1GLAG 2D0CA 4DB3A 4DHYA 1HMVA 3L2VA 5BN8A 4CE9A 4CBXA 2Q36A 2BUPA 4I9QA 4FWOA 1BO5O 4ID1A 5FLXO 3ZSYA 3LAMA 1ITGA 4MLEA 3HXMA 2HF3A 4A59A 1JXEA 4JI2K 1NM1A 3QIOA 4KFBA 3SBTA 4DQQA 4FK0A 1QSYA 1VSKA 1IKWA 1JCFA 4JI1K 3SMPA 3OYNA 4CEZA 4OPKA 1A5WA 1RT7A 1D8YA 1HKBA 3ID6A 3L0QA 3A5LC 4B3SK 2ZJPL 1BU6O 2QK9A 2P9IA 2HHXA 3TTDA 2P9NA 3ZSXA 4Y1CA 3THYB 3S3NA 2IDOA 2PBDA 1C1BA 3CCQN 4FJLA 2NRHA 3IKMA 2QWMA 3CJ1A 4CZGA 1KAXA 4CW7B 2ZGZA 1Y97A 1HQEA 3SAGA 4FK4A 3BDPA 4CI6A 4KHYA 4LF4K 2BE2A 4GVMA 5FPNA 4H0XB 3L6QA 3LAKA 1U6ZA 4BWJA 3PIPL 3PO4A 1DTQA 4IFVA 1WBBA 2QW9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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