3S3NA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) s217h mutant intasome in complex with magnesium and dolutegravir (s/gsk1349572)
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSHGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/inhibitor/dna
molecule keywords PFV integrase
publication title Structural and Functional Analyses of the Second-Generation Integrase Strand Transfer Inhibitor Dolutegravir (S/GSK1349572).
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 107
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3s3nA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3s3nA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3s3nA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3s3nA03
3KLGA 1LAVA 4EP4A 3D0PA 1EKEA 4J2AA 3QEVA 2HW3A 5CZ1A 3O4NA 4DG1A 2IAJA 4W5TA 1N27A 2GV9A 2KQ2A 2P5GA 4DSKA 4E19A 3MXIA 4L8RB 1RDAA 3QO9A 4KHNA 1NJXA 1U4BA 3ZT1A 1TL3A 3P5JA 1KCFA 1NOZA 3DLRA 2RJDA 3M8PA 4IUQA 2P1JA 2Z1HA 1QTMA 3KIOA 4N41A 3PFSA 1C0MA 4CEAA 5KRSA 1UA0A 4DTUA 4PL6A 1MHNA 3OMGA 1TK0A 3EAEA 4HHTA 3SQ1A 2G3RA 2QQRA 5JS1A 4GMJB 3PO5A 1VSLA 4CK1A 5J2MA 3WNEA 4IG3A 4O55A 3LALA 2EFIA 4F3TA 4BDPA 2D9TA 4CEEA 5FRNA 2HHWA 1L3TA 4DU1A 1DTTA 1X9MA 3CEYA 1HYZA 1JLFA 3F73A 3NH1A 3QESA 3NF9A 3RMDA 4DS4A 2LRQA 4PLIA 3JYTA 1VSKA 1HQUA 4CEBA 3JSMA 2Y1JA 2A1RA 1B9DA 4J2DA 4E7KA 3OYHA 1TKTA 3SJJA 1WSIA 1U47A 2FBYA 3PUFA 2VG6A 4C8OA 1KHCA 4QVZA 3D45A 3MAQA 4TSXA 4CEZA 4RW8A 3KJVA 3TAEA 1U45A 5KGXA 2R5MA 2YRVA 2CKKA 4RG2A 2G8FA 2IGIA 1NKCA 1N6QA 3UT1A 4KHUA 4GW6A 2YV0X 4F2SA 5KCHA 1H3ZA 3OMCA 2DFFA 3TI0A 3F9KA 4MFBA 3HP6A 3K59A 4CGDA 3V1QA 2FHDA 5CY4A 1RNHA 3WNFA 4CHOA 3SUQA 2DTUA 3BDLA 2QXFA 4CCHA 4FCYA 4RW6A 3CG7A 5J2NA 3OJUA 1G5VA 3V9SA 1RBRA 3QEWA 4O0IA 3VQQA 2PYJA 4CJ3A 4GVMA 4E0DA 4HCZA 3KUFA 3VQ4A 3DLBA 3SCXA 2DAQA 4M3TA 3V1RA 4CEQA 2JTFA 2HHSA 4C5HA 5D6YA 3DRPA 2R7YA 1TKDA 1LW0A 4Z4EA 3U3GA 3S9HA 2I5JA 3M8RA 3DM2A 1NK9A 4FJGA 1D5AA 3L42A 2D0AA 1TAQA 4E1NA 5HROA 1NKEA 4N4IA 3SZ2A 4X34A 4DSIA 1YT3A 3SV3A 3C4SA 2G8WA 1XHXA 3OYBA 4B9VA 3ITHA 4I7FA 1W0HA 4FJXA 2ATQA 3RMCA 3A2FA 5CYQA 4FJJA 1T03A 3IRXA 4OJRA 3ZT4A 1RILA 3LX7A 2KZZA 3QERA 4M41A 4BE0A 4Q0BA 5IAYA 2BKDN 4ID5A 2FBXA 2L3RA 2IC3A 2EHGA 4B9MA 1KVCA 2PZSA 4G1QA 1TK8A 3LPTA 4IFYA 3DI6A 2M1HA 1Z25A 3DLEA 4F3OA 4DTSA 1JLQA 5HBMA 5C0MA 3G0ZA 3ZT2A 1HNIA 3ZSOA 3HM9A 4CHZA 3I0SA 3ZSWA 2OA8A 3S6WA 4FJ8A 1WJRA 4BDYA 3O8VA 4FZZA 4RW9A 3FC3A 4RG8A 2RN2A 4OLBA 2XDPA 1GOBA 4Y1CA 3NF6A 2RHUA 3E9FA 3FEOA 3H6ZA 2JZ2A 3PX0A 4KRFA 4C8NA 4N56A 3NFAA 4FJHA 3PNWC 4CHYA 1EP4A 3LWMA 2L89A 2R57A 1NK8A 3MP6A 4IDKA 3SQ4A 4EZ9A 4QQ6A 2RI5A 2GFAA 4DF8A 3LP0A 3BDPA 3E9GA 5EU7A 3E01A 1HNVA 4FLZA 3ZT3A 3HP9A 3AVCA 4BE2A 3P1GA 3NF8A 4CF9A 4F8RA 2X6SA 3ZSQA 1R0AA 3BGRA 3AA5X 3KD1E 4Z4FA 3TAFA 1XHZA 5J2QA 2GF7A 1BGXT 4CJTA 4K8XA 2NUBA 1UOCA 5K14A 3VN5A 4M3XA 2D0CA 1C1BA 1J54A 4FLXA 3SD4A 3V9XA 3FLGA 2DIQA 1S1WA 3C6TA 3H08A 4E7JA 4FM0A 4ZHRA 4I2PA 4DSJA 5IN1A 5M9OA 1IKWA 4KHYA 4O5BA 4CEOA 1BQNA 2RPIA 4DSEA 4CGGA 2BIVA 4FK0A 3K58A 1IKXA 3VQBA 4KHSA 4CJFA 3NE6A 1L3SA 4B9UA 1QHTA 1L3UA 1A5VA 4FM2A 2X6NA 4KI4A 4FM1A 4FJ7A 4FJIA 4HTUA 4O44A 4CECA 3VQDA 1HYVA 4IUPA 1J5OA 2PQWA 2WACA 2HB5A 3H8ZA 2M0OA 4B8AB 1WNSA 4AHTA 1RT5A 4KFBA 4CESA 1D9DA 3MXJA 3OYNA 2RHYA 4ZTJA 5C25A 1SV5A 3VQAA 4FW2A 2YHBA 2LDMA 5C42A 3MEDA 1NKBA 4FJNA 3KK2A 4CJKA 2YNGA 1CXUA 1CZBA 1RT7A 1NK4A 3MEWA 4PY5A 4B9LA 1LWEA 3LWLA 2R58A 3AVAA 2E6LA 1SL2A 2DY4A 4DWIA 5FDLA 4FK4A 5J39A 2EKOA 4E7LA 4DQPA 1C0TA 3L3UA 3QIIA 2K3YA 1XI1A 3QJ6A 4N4GA 1S1UA 1UWBA 3MO8A 5FROA 2RHXA 3AO2A 4CGJA 3AVKA 3VA3A 3L2RA 1RT6A 3OYLA 3L2WA 2RHZA 1HQEA 3DB3A 4M3RA 2GFUA 4DSLA 3OYIA 3LZJA 1RTHA 4Q5VA 1BQMA 4B9TA 4CK2A 2HHUA 4FYDA 4DTXA 1SKSA 3RWUA 5HRRA 1NJZA 3MP8A 3MEUA 1VSEA 2O4GA 4KTWA 4LH5A 3V9WA 2O4XA 5HP1A 2BUDA 4IFVA 3MEVA 4CF8A 1Z26A 3KTQA 3DYAA 3VQ9A 1BCMA 4N4HA 4BACA 4FJ5A 3AO3A 5JS2A 4W5OA 2VYTA 4HUFA 1LV5A 1A5WA 3T19A 2G8UA 3PO4A 3NTKA 4OKJA 2F8SA 3OB9A 1QE1A 1LAWA 1X1PA 4YFUA 4DU3A 4KAZA 3VQEA 5C6SA 3VQ5A 3V1OA 1KVAA 4BE1A 2QK9A 4BD3A 4E1MA 4Y1DA 4CF2A 3VQ6A 3VQ7A 4BDZA 3DLMA 2JGUA 2Q3SA 4CHNA 4AHSA 3QLHA 4ELUA 1JLEA 4E7IA 4DFMA 1RCHA 3S3NA 3C95A 3ASMA 3KKSA 3NGYA 4DMNA 4NCBA 5HLFA 3NTIA 1YTAA 2RI2A 3NF7A 3META 3MECA 1U48A 4QQGA 1GOAA 1RI0A 3QEPA 1S6QA 1SSFA 3NCIA 3AO5A 1VK0A 3LP3A 3CFRA 3ZSYA 3ZSZA 4FLUA 3TAGA 1TKXA 1RBTA 3AA2A 1O1WA 3NBPA 3LGLA 2DFHA 4YNQA 1OI1A 3OVNA 4CJRA 1EETA 5D3GA 2EQUA 1D9FA 4KO0A 4C5EA 3RMAA 1RT3A 1BIUA 3MP1A 4FJMA 3Q1JA 3KLIA 1K6YA 1S1VA 4IG0A 3B6OA 2LVMA 2DFEA 1ZBLA 4JRQA 1Q9YA 3TANA 4A4FA 4NYNA 4II1A 3FFIA 3KK1A 4OVLA 4LSNA 4HCCA 4CFCA 2YNFA 1L3VA 3VQCA 2BANA 3LAMA 4CJPA 4OGEA 4NS5A 3AO4A 3TWHA 3HL8A 4IKFA 3RRGA 1TKZA 3TAMA 2KFZA 2RKIA 2XO7A 3HPOA 5FRMA 1TGOA 3WNHA 2X35A 3KLHA 3PMIA 3PY8A 4B9NA 4EDUA 2YKNA 4A4EA 1C1CA 3S3MA 4M3UA 3SYZA 1KVBA 4PWDA 1TL1A 3HYFA 4DTMA 2YNIA 3HPHA 2VWJA 4M42A 1C6VA 3P8HA 3EZ5A 4PLLA 3CYMA 3KK3A 3PV8A 4RW4A 1ASUA 3L8BA 2RF2A 4F2RA 4Z02A 4DFPA 3TR8A 3M9QA 1REVA 1BHLA 2EQMA 1S6PA 2OPPA 4DLGA 1I3AA 2F96A 3C94A 1KFDA 2WOMA 4CFDA 4AHCA 3I0RA 3TARA 3RR7A 3MXMA 1ZBFA 1RT4A 1HJRA 4Z0UA 2KZMA 3LANA 3IS9A 1F21A 5SZTA 3CFPA 3V9ZA 2XY6A 2XK0A 1RTIA 1WSJA 4C5IA 1Q8IA 4CJ4A 3OYCA 4CIFA 4DQIA 1NK6A 4IUUA 2HHQA 3SNNA 1B9FA 2FBTA 1RDDA 1OYXA 2W42A 4LD6A 4CGHA 2YNHA 2OPRA 4KHWA 2BGGA 3V9UA 3U6FA 2X74A 4E7HA 1XNIA 3OS1A 2HVHA 1JKHA 1C1AA 1JL2A 1ITGA 2HHTA 1Y97A 1BI4A 4J2BA 2OYQA 1KLNA 3ME9A 3ZT0A 5CZ2A 2OPQA 4QW2A 3MEAA 4F4KA 1VSFA 3OYGA 4FL6A 1WSEA 4Q5WA 2FC0A 2HNZA 5KRTA 4B9SA 3QBYA 3PX4A 5D6WA 5J26A 4CJQA 1ASWA 4CE9A 1QS4A 3RTVA 4LY7A 1NJWA 2PY5A 4FJKA 2ITGA 3LPUA 5CIUA 5KCOA 2HNDA 3LH0A 1KSPA 3HXMA 5HRPA 2R5AA 3O3GA 1L5UA 1RT2A 2G8IA 4I9QA 4OKEA 1IH7A 2ZE2A 5KE3A 1VSIA 4Z4HA 3OS2A 4M3YA 3HVTA 4KTQA 3OY9A 4CJEA 2WONA 4FK2A 1G15A 3QNNA 1KRPA 4W5NA 1TVRA 3ASKA 3QNOA 2XY5A 3SV4A 1S1TA 4CERA 4A4GA 1UA1A 1RBSA 3SUPA 4OPJA 4N76A 4QOZB 4DS5A 1HMVA 1UAXA 2OZMA 4E3SA 3HSTB 2KTQA 3AVHA 2RO0A 1J53A 3PX6A 3AVGA 4DQQA 3PMTA 1VSDA 1XWLA 4AILC 4PQUA 3L2UA 4XIUA 4CIEA 4CJSA 3RR8A 4DLEA 2LCCA 1FXXA 3MEGA 1JXEA 4JS5A 1Q9XA 3NAEA 4IBNA 4I9LA 2P0KA 4Z4IA 3M8QA 4KI6A 2LTOA 4C8LA 1J9AA 4CGIA 4ICLA 2KW4A 1WJSA 4OVAA 1B92A 4NYFA 3IAYA 2X4WA 1MU2A 2HNYA 4M3ZA 1SUQA 3ZEHA 2AJQA 2B4JA 4IUTA 2HMIA 4KHQA 1FKOA 4W5QA 3TABA 4AHUA 2EX3A 2HVIA 5I3UA 2Z1JA 2F8TA 3DOKA 2O4XB 2VG7A 4FZXC 3OA6A 2F5KA 4Z4GA 1HRHA 2E6MA 5I42A 2JLEA 3LAKA 1TK5A 3DLHA 3DRRA 3LYIA 1CXQA 1SKRA 3K5OA 4LH4A 2RI3A 3EYZA 4KKOA 1VRUA 5DMRA 1N5YA 4B3OA 1S5JA 2IS3A 4B9XA 1RDCA 3P8DA 1BL3A 4DFJA 3HO1A 4E89A 3QIPA 1QQCA 5KH6A 3OJSA 3G10A 4OKKA 1FK9A 1A5XA 4ID1A 3LLRA 1WSGA 1WLJA 2RJEA 5KE2A 1RBVA 4C8MA 3CM6A 1SKWA 2D5RA 3LDSA 3SQ0A 4KB1A 1QSYA 4KPYA 4FU6A 3V6DA 3OYDA 4CGFA 1VSJA 2P51A 4DFKA 4HUGA 1DLOA 1BIZA 3S3OA 3K57A 3ALYA 4OGCA 3AVBA 4KREA 2IOCA 4JLHA 4FJ9A 1IKYA 2G8VA 3IG1A 2EQKA 2HQEA 1X9SA 5HRNA 2GUIA 3OYJA 4KTZA 3LGFA 1WJQA 2GBZA 3P83D 3UWNA 4H4MA 1WN7A 3RRHA 2X4YA 4N5SA 3AVJA 3HJFA 2G8KA 3EY1A 5SWMA 3SQ2A 4FXDA 4HVJA 4AHRA 4QQDA 4CJVA 3LP1A 1KTQA 1S9EA 4NCGA 1IO2A 4HCBA 3ULDA 3THVA 5C24A 4DQRA 2O4IA 4CIGA 2X4XA 4RW7A 2ETJA 4GY5A 4FLVA 2B8AA 1QSLA 4IURA 5DK5A 2X78A 4UQGA 3SUOA 1T05A 3RMBA 4CRIA 3ZSRA 1JXBA 4CK3A 4CJ5A 2MWOA 4AHVA 3K5NA 3ZCMA 1EXQA 3DOLA 1NK5A 1D8YA 1JLCA 4ELTA 3KLFA 1TV6A 1RTDA 1HYSA 3SI6A 1YTUA 2BE2A 4K8ZA 3DRSA 1NK0A 1RDBA 1KLMA 3K2PA 3OYFA 4ZTFA 4IUVA 3OYEA 2A1SA 3LZIA 4EP5A 5CYMA 2IG0A 1WSHA 3QETA 4M45A 3NGIA 4H4OA 4FLYA 4CHQA 4CJWA 1JLGA 3SPYA 4CEFA 1VRTA 2RJFA 4CJUA 5D6XA 2D0BA 4DQSA 3NH2A 3ZSVA 2HHXA 1IKVA 2OZSA 3UIQA 5T7BA 4W5RA 1SL1A 3HT3A 4CJLA 2E6NA 2LSNA 2NLUA 4FVMA 2XHBA 3AVNA 2G8HA 4HUEA 4CEDA 4R5PA 5J1EA 3VA0A 1EX4A 3QEXA 4EZ6A 4FW1A 3L2VA 3DMJA 4JRPA 1ZBHA 5KGWA 3WNGA 4DTPA 4DU4A 4LSLA 1NOYA 1VSMA 3CFOA 3K5LA 1RBUA 4CHPA 1YVUA 1LW2A 3V4IA 1ZBUA 1JLBA 4FZYA 2IDOA 3DB4A 3HVRA 4QAGA 3OYAA 4NZGA 2PYLA 1S9GA 5KTQA 4FLWA 4DTNA 1NJYA 3TAPA 1TAUA 1SL0A 2XY7A 3OYMA 3OQ5A 2OPSA 5HRSA 3L2QA 1IG9A 1BI4B 3K5MA 2Y1IA 3SPZA 3HPGA 3AVMA 4LD0A 4KV8A 3VQPA 4B08A 4UC4A 4A4HA 3AVLA 4NCAA 1LWCA 2QKBA 1QSSA 2P5OA 1OZ2A 3VQ8A 3HK2A 4O0JA 4Z4CA 2KFNA 3LP2A 4DTJA 2E5QA 1U49A 1T7PA 4N47A 4DTRA 4DSFA 1WAJA 2Z1IA 4J2EA 4BWMA 1CZ9A 2HQXA 3F70A 4CFBA 4FLTA 4WE1A 2VG5A 4C5GA 3L3VA 3KKRA 2K3XA 1NK7A 5E41A 2RJCA 2Z1GA 1WGSA 1RT1A 3NDKA 3U3YA 1JL1A 3M8SA 3C6UA 2YHAA 3T1AA 3MEEA 1CLQA 3OS0A 1BCOA 3CQ8A 3NH0A 4CF1A 4DTOA 4C8KA 1RTJA 3V81A 3NTHA 2M16A 1ASVA 2EQJA 1LWFA 1JLAA 4FJLA 1C0UA 1GOCA 1VSHA 4QCLA 1U04A 1S1XA 4CF0A 2QQSA 3NHGA 1FKPA 4MQ3A 3ZSXA 3DLGA 4B8CA 2B6AA 2VWKA 1BISA 4O4GA 3AA4A 4OPKA 2ZQBA 3NNQA 3QKJA 1DTQA 3SUNA 4ELVA 3NGZA 3AVFA 3O4QA 4PUOA 3QEIA 1ZBIA 1T8EA 1OZ3A 1KFSA 3O3FA 3DLKA 2BDPA 4L59A 2XRIA 3OYKA 2QKKA 4BWJA 1WAFA 2RHIA 2MWPA 5KI6A 2B5JA 2XY8A 5J2PA 3AVIA 3ISNC 4B9WA 1ZYQA 1I39A 3QINA 3T3FA 1HPZA 3AA3A 3TAQA 4H8KA 1X9WA 2HHVA 4AH9A 3I8DA 4OLAA 4DF4A 3B6PA 2FBVA 3KD5E 3GOXA 1XC9A 2L8DA 3QIOA 4CFAA 1WSFA 4JS4A 2E4LA 3CM5A 2ZD1A 1W9HA 3AO1A 2YKMA 4PA1A 4M3WA 3KLEA 4I2QA 3FDRA 3AV9A 4KB0A 3O3HA 2DIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LITA 5EYRA 3M59A 2E36A 3I35A 3CUOA 3EYYA 5GAEP 1N25A 3THYB 1EKEA 3I58A 1ZELA 4RAFA 3KEYA 2O3FA 2BGCA 1D0XA 1B34A 1VQ8T 5F0FA 4NB4A 2J06A 2EJGA 2P5GA 1P4WA 4H5RA 1TT0A 3G0QA 4PFPA 4Q4ZF 2EFNA 4LMYA 1IRZA 2NOGA 2KI7A 3QO9A 4KHNA 4J7FA 1VHXA 5M3MJ 4FL9A 2V9VA 1ZSZB 2FVUA 1NOZA 3WXMB 2NUPB 1VZ0A 1SVMA 3REOA 1WOQA 4G94A 5FLXK 4JEPA 2P9PA 4WQ4A 5GAMf 2GIZA 3LWIA 4IUQA 2P1JA 2DTHA 1QTMA 4BC4A 3KIOA 4B3RK 4N41A 4Y92A 4MMKA 4ZC3A 5KRSA 2QQAA 2XAGA 1ZR2A 1D5YA 4EAHD 2QTXA 1MHNA 4I98B 2P4TA 1TK0A 4RTFD 1U1TA 4HHTA 2KISA 4O6JA 3VEZA 4ASNA 4IIOA 1FBQA 3F8BA 3K2ZA 4RAYA 4GVEA 5JS1A 4B44A 2H56A 2VOOA 1FPQA 3RIRA 4JJBA 4CCJA 1IDZA 4XU3A 2EFIA 2O01E 2RMOA 1QU3A 2GA1A 5CLSA 2PLYA 3A8MB 2DOFA 3ONQA 3M1EA 3BZ6A 3DP7A 3S17J 5FRNA 4J01A 3KWGA 2DL7A 5AIPA 1HYZA 3V8JA 3HIFA 1JLFA 4PGGA 3EYIA 3QESA 4MZPA 5BPNA 4DS4A 3LSIA 3EUKL 1PRMC 4RTXA 1Z7LA 3CCLT 3KP5A 1STZA 3CCSN 4UB8C 3F72A 1IXDA 2YT6A 2O9SA 1S1NA 1LB2A 3FLCO 1OLTA 2NLXA 4JD2B 3JSMA 1RDUA 1X6GA 2DXCA 2KZGA 3OYHA 2YRCA 4XOPA 1YWPA 3R0JA 4XTZA 4C8QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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