3S5N | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	295
structure length	295
Chain Sequence	VDIAGIYPPVTTPFTATAEVDYGKLEENLHKLGTFPFRGFVVQGSNGEFPFLTSSERLEVVSRVRQAMPKNRLLLAGSGCESTQATVEMTVSMAQVGADAAMVVTPCYYRGRMSSAALIHHYTKVADLSPIPVVLYSVPANTGLDLPVDAVVTLSQHPNIVGMKDSGGDVTRIGLIVHKTRKQDFQVLAGSAGFLMASYALGAVGGVCALANVLGAQVCQLERLCCTGQWEDAQKLQHRLIEPNAAVTRRFGIPGLKKIMDWFGYYGGPCRAPLQELSPAEEEALRMDFTSNGWL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
publication title	Structural and Biochemical Studies of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase: Implications for Hydroxyproline Metabolism in Primary Hyperoxaluria. pubmed doi rcsb
source organism	Homo sapiens
total genus	112
structure length	295
sequence length	295
ec nomenclature	ec 4.1.3.16: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase.
pdb deposition date	2011-05-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s5nA00

2OMAA 4QNWA 3W7LA 1V7YA 3EWUA 1XUUA 2XN0A 2ZCGA 4NJIA 5FI8A 2JKPA 1R30A 2FDSA 4UC5A 3UPWA 4ADSA 3BVJA 3DH7A 3M7WA 3NXFA 3B8DA 4CLMA 4JEQA 4MY1A 1JCLA 2QJHA 1DORA 5EY5A 4DXVA 1SU5A 1XXXA 3IGSA 1C29A 3QC3A 1C8VA 3LCIA 5EPDA 1JRBA 2Y6ZA 3W76A 2YW4A 3IVSA 3QPYA 1S5WA 3DFQA 4X9SA 1Y0EA 4FB7A 3GR7A 4A22A 1W56A 2XN1A 3G1FA 2ZZ2A 3MP5A 4C1LA 5F2GA 3Q2DA 1DQXA 2H8ZA 4HSNA 1VC4A 5K7JA 4XQ6A 3HPZA 4JTEA 2Q8LA 2B4GA 3NNTA 1MSSA 3S9YA 3NPWA 3OA3A 3M9YA 1ZAJA 4U4MA 1QOQA 4UTHA 2A7RA 4M5PA 1L6SA 1G7VA 1W0MA 2BTMA 3BLIA 3DI1A 1KA9F 2G5WA 2V2DA 1VHCA 4AHQA 4MYAA 3U8GA 3DKJA 2EAWA 2E5CA 3HG5A 2QJIA 4N02A 3PBYA 1LP6A 1LLZA 3O07A 5HJLA 5HULA 4AXKA 3UWYA 3LHTA 3MO7A 5DBTA 4LVFA 1KM2A 1Z44A 1AG1O 1XI3A 4KFNA 3ZFHA 4M7TA 3UWQA 2G97A 4WXYA 3O16A 1X6UA 3LOTA 3LRMA 5D2YA 3N73A 1XC4A 1KFCA 1JCNA 2FPYA 1MXSA 1FQ0A 5AYZA 1TPWA 3UYCA 1YTDA 2FB3A 4NJJA 2HTMA 1YYAA 3L9CA 3O8AA 2VEIA 1MEIA 3LHZA 1XKYA 5F1VA 3LXCA 4FEZA 1JULA 2WPBA 1XL9A 2E5DA 2UV8G 3MUXA 3LBMA 5HR7A 3QMTA 4JTSA 1JVNA 3EB2A 3NOEA 3NM3A 4H6KA 4OBTA 4UFIA 3TR2A 3MI6A 3N9SA 1A5CA 1TJRA 4O14A 4XUGA 4HNUA 3PAJA 5E93A 4NX0A 4K7YA 3G8EA 4LU0A 4AWUA 3OEXA 1K8XA 4N6EA 2E6DA 4TR9A 1N7KA 2A0NA 3DFOA 2FJKA 1D3GA 4IWWA 1KFLA 3CPRA 2JGYA 3CEPA 3OVQA 1PHWA 4K7VA 2NWSA 4NJKA 4UTWA 1YLVA 3S5OA 3P5YA 3FLUA 1GTHA 3LCFA 4WY0B 4ONVA 2G96A 1ZNNA 2VEPA 4FX7A 4M6PA 1GYNA 4I7VA 1ICSA 2A7NA 4Q4KA 3NPUA 5AHLA 1W3IA 3DU0A 5LNVA 1I2RA 2NZLA 3EXSA 4PL2A 2YXGA 3C8FA 5F4XA 1L9WA 3V75A 3GX9A 2ISVA 2CLOA 5G2IA 1FDZA 2IQTA 1GVFA 2ZRYA 5AHFA 4D2JA 2EGZA 2TYSA 5K9CA 2X30A 4FNRA 5AYYA 2D73A 5HNRA 2FB2A 2GOUA 5G1TA 3N9RA 3SECA 3A5FA 4LNYA 1Q3NA 1KFBA 4UMAA 3W2JA 3C52A 4GJ1A 5D2TA 3TC6A 1KTCA 1QFEA 4MZ1A 3VNDA 3CC1A 4PFMA 1F74A 2YR1A 2E09A 4GWEA 4JY9A 4ML9A 5FF2A 3W85A 4HNVA 4LS1A 2J9XA 1SO6A 3EX6A 3CTLA 3QRHA 3EWZA 1Q6LA 3U6WA 2YX0A 3TMQA 2WV8A 4WY0A 4YMZA 3KFTA 4EOUA 1RQEA 3P80A 5AHEA 3INPA 3L5LA 3UPBA 3MP3A 4X2RA 2C18A 4PODA 1W54A 1S3HA 4UTLA 3RMJA 2ZQ0A 1M7OA 3DFTA 4FXRA 2W0UA 4M6QA 2CLIA 3AO0A 4UIOA 2Y7GA 1EUAA 4Y96A 3WK2A 6TIMA 1QO5A 4JX5A 4FNTA 4AEOA 5IBXC 1OHLA 3GK0A 5J5RA 3W07A 3DAQA 2Y7FA 1TV8A 3HMJG 3NL6A 3W1UA 1H60A 1KBIA 4Z1DA 1QAPA 2R94A 4C1KA 1O94A 1XFBA 3W7DA 3EEGA 5I3FA 2YGYA 4LTSA 4Z0SA 4DQWA 3WFAA 3HQ1A 1DL3A 2TRSA 3C2OA 3WK0A 3JS3A 2YFNA 1NF0A 2VFFA 4O19A 1TPEA 4BI5A 1H7WA 1VCGA 4IPIA 2YPIA 3NQ7A 5DLCA 2QCFA 1H7OA 3MHFA 5LNUA 3O06A 1NSJA 1SW0A 3NQMA 5G4EA 4NQ1A 1TTJA 1DJQA 2A4AA 4JIQA 4UTWC 3M47A 3NL5A 4GNJA 4Q33A 1I4NA 1KBJA 1SFLA 2Y7DA 3F03K 5LNRA 3GDMA 1DBTA 1OFEA 2J88A 3GZ3A 4LY8A 1X8FA 4WY0F 1W5NA 3GXPA 3GR8A 1KM3A 4OE7A 4NXSA 4ORIA 2A6NA 3W7KA 5AC8A 3VCRA 2V5BA 2QCLA 4BF9A 1LLWA 1AMKA 3NL3A 3DZ1A 3M16A 4R33A 5FF7A 4AWSA 1AW2A 1FXPA 3E96A 4NJGA 1L6WA 1GVRA 2YDAA 1EPXA 3GAKA 3LDVA 3MI2A 3NPVA 4JTTA 4POCA 3B05A 5HWJA 3LHVA 3DHFA 4N6FA 3QZEA 3TX9A 4IXHA 3W86A 5F2MA 3HF3A 4JYFA 2Y62A 3R12A 4IMDA 3VE7A 3HB9A 4TU1A 5EBUA 1ZJIA 3ZR4A 1GVSA 1A5AA 4CCCA 1OX5A 4DF0A 4HT3A 1FWWA 4HSOA 4ORMA 2PC4A 1T8XA 4EF8A 3P8JA 2H90A 5LGXA 5BMXA 1ADOA 3NAVA 1WAUA 3C0JA 1EWDA 3F4NA 4M19A 1IGSA 2PE4A 4O1CA 3LCLA 2GPTA 3P7YA 3M44A 4UTTC 2NX1A 3PSWA 3S42A 1DKWA 4PC8A 4L4LA 3W7PA 4A21A 4ZMGA 2LLEA 1JCJA 4O10A 3S5NA 4BR1A 3DFSA 4JY8A 3W6YA 1K8YA 2KZHA 2ZRWA 3L65A 3R2GA 2CZFA 2Y89A 2G95A 2X16A 4IMEA 4YL2A 1EP2A 1B57A 1LOQA 5D30A 2GVJA 3S1WA 1JUKA 2ZZ5A 2ZZ7A 3W74A 1I2OA 4I7WA 1OFRA 5FESA 3SI9A 3QSRA 4JX4A 3TW6A 3W70A 4WOQA 4BI6A 4Y6GA 1G67A 2Y70A 3FIGA 5BRBA 1BEUA 3FKKA 4Z1CA 5D02A 2B7OA 1K02A 3C56A 4N4PA 1UCWA 1NF7A 3C3NA 3NZ1A 1LOSA 3ABSA 3NR0A 3R89A 1HFBA 4IX0A 5I3HA 5H2ZA 5G5IA 4O1DA 4ADUA 2F7FA 2V2HA 3W7RA 3KVKA 5TIMA 2VXNA 1K7EA 3N19B 1Q6OA 1KFJA 3M0ZA 3C6CA 4ZQNA 1KFEA 3N2XA 1FWTA 5AYXA 2E6FA 4O1AA 1SO3A 4MFDA 3L0NA 3G1HA 2W6RA 4O57A 1W3TA 3YPIA 1WV2A 3PBWA 4O15A 1QMLA 2HS6A 5LNWA 1FCBA 3KXQA 4O54A 1UJPA 1M7PA 4ZL1A 4A2SA 1EX5A 2YZRA 3LHYA 1LM1A 3RNDA 4ALDA 3PWAA 4JXCA 3NQEA 1Z48A 2RHGA 2ZDRA 4GUFA 3NGJA 1BWKA 3KVMA 1SZNA 4JTUA 5F2LA 1VCFA 4AHOA 1SO5A 1WQ5A 3JR2A 4TMBA 3BW4A 2E1DA 5G1YA 5D04C 4N2YA 4RV8A 3F4WA 1TPVA 3HPSA 1KM0A 5HUOA 1A5BA 3G22A 3W1NA 3NZRA 3PY2A 4AF0B 1WOAA 1EA0A 5BNKA 3M6YA 3NG3A 5G2HA 5BOOA 1IXOA 2VEKA 5A5WA 1GT8A 5D38A 5KZDA 3W7IA 5CPOA 4OHQA 2A21A 2VC6A 3EX4A 4PEKA 3UWUA 2HSAA 4DPPA 3O1NA 1PCWA 5D2WA 5DCEA 2ZZ1A 4UTIA 1LROA 1WYIA 3IIZA 1YDNA 3LB0A 4FNSA 2ISSA 3LXAA 3HG4A 3MP4A 5KITA 4N9EA 4QIUA 3HJZA 1TPC1 3UWZA 3KHJA 2ZFAA 1TTIA 3G1VA 2ZZ3A 4IQLA 4OQVA 2PRHA 1LZOA 3MYOA 3W1TA 1THFD 1W37A 1DQWA 4NZJA 3W1MA 2WSQA 1RV8A 4B5NA 1QR7A 1ZALA 3EX3A 3W83A 1F5ZA 2F84A 1EP1A 5GVJA 4AAJA 2VENA 1EP3A 3O05A 3L5MA 4CQ8A 2GVLA 2QEZA 2YYUA 1GWJA 1UUOA 1B3OA 2ZTJA 2C19A 4TO8A 4WJEA 3FOKA 1S5TA 1VYPX 1W5PA 5DCDA 4AF0A 2V5LA 3W7OA 1OG0A 3TXZA 4S2CA 5K3VA 4G1KA 4XTIA 3CM4A 1R2SA 5K4ZA 3W23A 1RR2A 3TSMA 1ME9A 2JKAA 2WNNA 3T4CA 3IIVA 1SUXA 3IV3A 3NQ6A 3EX2A 1AL8A 3TFCA 1G4SA 2RDTA 3R5EA 4FIRA 3QF0A 3GVGA 2C15A 3OHIA 3BPWA 3BK0A 1G7UA 3TA6A 5U4NA 3PB2A 2CLHA 2BLEA 5IBXA 1G6CA 1WBJA 2ZRVA 3SZ8A 1B4EA 5AOUA 2VFGA 4JD4A 1H7PA 4JTGA 4O8RA 1TV7A 1R2TA 4ZQCA 2NX3A 3W2KA 1U83A 3P62A 3H53A 3IVTA 3DFNA 3RU6A 4XBKA 3EKLA 1QPRA 2V82A 3QQ0A 3UZ5A 5LKYA 4U28A 4K39A 4ADTA 1G4PA 1R47A 2ZZ6A 3PUOA 3TUUA 4UFLA 1VYRA 2QF7A 4FNUA 2YFOA 1F6PA 4QQ3A 4CNOA 3FKRA 4PL1A 3NPXA 1ALDA 4LV4A 1J2WA 2AGKA 2X2GA 4Z0JA 2Q3OA 1IF2A 1RZMA 4E2DA 4UNLA 5BW6A 4OV9A 3TC7A 4OV4A 4MIMA 2C6QA 3QYQA 4R34A 3DKLA 3ABRA 3NEVA 1JUBA 4LRSA 3WJZA 3PG9A 1SZGA 1H61A 1WOBA 2PCQA 3LERA 1QWGA 3F1QA 2CWNA 3PSVA 5KTLA 2QCNA 3FYOA 3PBUA 4LC8A 4OGZA 5KINA 3C2RA 3GAYA 1W5MA 2B7NA 5FF3A 5TQLA 2DJXA 3I7QA 5D2XA 2HS8A 1KV8A 2H8XA 4AMAA 1FCVA 3GXTA 3NQCA 1VH7A 3T55A 3W1LA 5CZSA 3E49A 2Q8ZA 4CQ9A 4OWGA 1FDJA 3SFKA 4P61A 4J9JA 3MBDA 1L6YA 3G0SA 3M1ZA 3PUEA 2CZEA 4O18A 3A21A 3C61A 2DZUA 4GE8A 1IIHA 3B03A 3A22A 3CWNA 4M7SA 3KRUA 3W7GA 1VQTA 4AH7A 4RXFA 1H7RA 1O4UA 2RDWA 5AFDA 4IMGA 1YTEA 3P82A 1WA3A 2Y63A 1YXDA 2X1SA 1RQBA 4CNPA 1I45A 1MO0A 4N9BA 4LVBA 2ZRUA 4MYXA 4MVAA 1JQXA 3O63A 1W3NA 3TQVA 2C14A 3ANYA 1TB3A 3U2OA 4NXKA 3LX9A 4AB4A 3JRKA 4K36A 3VKJA 5FF4A 3GKFA 3SR7A 3W9ZA 2ABAA 3L0KA 5CPLA 2R14A 3C4UA 2WSYA 4CNNA 4IXXA 4ZQOA 4UTTA 2QCEA 4LOCA 2H6RA 4O4VA 1QCWA 4YXGA 1YPFA 3UNDA 3CEUA 4WXZA 4RK8A 4M6VA 5DN1A 2BX7A 5D37A 1AW1A 2QCHA 3W7JA 2WNZA 3W1AA 3LXBA 3W7MA 4N9CA 4RLIA 1JR1A 1ME8A 5E1QA 3R13A 3RF9A 4JTFA 1PIIA 3EWWA 3TKFA 4MLRA 1LORA 1SO4A 1FBAA 1QPNA 3W1PA 1YXYA 3Q37A 3TE9A 3MHGA 3P8IA 5FEPA 3W87A 3CU2A 4LVAA 1PCKA 3PUDA 3G8RA 3WJXA 4MUZA 4TIMA 4WX2A 3L67A 3NM1A 4EWND 5KMYA 2OJPA 1AL7A 1DVJA 3ATYA 3FYPA 1VZWA 1LRTA 5G4WA 2VEMA 4MY9A 3M5ZA 4RZ5A 2I1OA 3P61A 2A5HA 3P60A 1RQHA 1OFPA 2A7PA 1UASA 4KWWA 3VFLA 3W71A 4HIBA 1UB3A 3DGRA 2CLKA 4FIQA 3IIOA 1O60A 1OVDA 4HHPA 4UXDA 1LBMA 1P0KA 1A5SA 2TPSA 3PG8A 5LNSA 1OFQA 4YCOA 4DF1A 4HNTA 3UXAA 2QR6A 3B04A 1R2RA 1ZCOA 3NQ8A 2QKFA 1QDSA 5EL1A 3HIJA 4L4MA 1KW1A 5HWMA 3L66A 5CPMA 5DBUA 3PC0A 3P74A 2FPVA 1TTQA 5CZ0A 1VRDA 2W79A 4N4QA 3T7VA 3N34A 1IIGA 5SWUA 1QNVA 5U7SA 4GRSA 1XBVA 1OJXA 1HO4A 4RX0A 2GVGA 2YYTA 4FO4A 4O13A 3Q58A 4DBEA 5J5DA 3KVLA 4DO4A 4MKNA 3WJWA 1UUMA 3GKAA 1XDMA 3TCEA 2WOQA 1HO1A 1WBHA 2CLEA 1GZGA 1FWRA 4HPJA 5CZJA 2QDHA 5EKYA 1K03A 2J24A 1O5KA 3LLDA 2X1UA 3A23A 3MBFA 3V1PA 4Z1BA 1KM5A 3G24A 2CLFA 3LGEA 4JTLA 5F1UA 1SR9A 3LCWA 5F2IA 4IX2A 2ZRZA 1VHNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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