3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

1HUVA 1QO2A 2EHHA 1NVMA 1HO1A 3K30A 1T96A 3DZ1A 2NX3A 3KRSA 1GVSA 4K38A 5LNRA 3P82A 4TMCA 3VKJA 5I3IA 2QCNA 4UTIA 1OFPA 5K9XA 3GDTA 1FDZA 3DH7A 3TQ0A 4PFMA 1O94A 3MYPA 3HG5A 4ZQMA 4AWTA 1G4PA 2GPTA 2RDWA 1XUZA 4GFSA 3EX3A 4IMGA 1IF2A 3R12A 2JGQA 1EP3A 4WX2A 3PS7A 2NUXA 4ADTA 4AHOA 2V30A 5DCBA 3USBA 4IWWA 3W1MA 4O17A 1YTKA 1SSDA 3GXNA 1KA9F 3MP4A 2B7NA 1VZWA 2ATSA 4Y90A 4R33A 3NOEA 3L5LA 1TRDA 3DFSA 2FJKA 3B05A 2ZCGA 4JS3A 1GTHA 3LCXA 3PG8A 3O6CA 2Y7FA 4FXSA 1W3IA 4MYXA 5DY3A 1I2QA 2QUVA 5BOOA 4HNUA 1X1ZA 4MY9A 4IMDA 1EP1A 1UJPA 2XN1A 2UV8G 4LUIA 3QC3A 4AHPA 1H7PA 2WJZA 1S5TA 3W7RA 1TPUA 1TCDA 3TE9A 3I6RA 4NUWA 1LCOA 1JCMP 2VFIA 3G1DA 1QFEA 4IMFA 1OX4A 3STEA 4Z08A 5I3GA 3W1TA 1FBAA 4XQ6A 4D2JA 3DENA 4RLIA 4ZQOA 2FPTA 3QMRA 4O18A 3P60A 4JIQA 3KRUA 1QPRA 4U28A 3CWOX 3MWAA 5DXXA 4JTGA 3QQ1A 1YPFA 1WXJA 2JKEA 2FLIA 1OYBA 1F6PA 3P5ZA 2C16A 5TBOA 4R34A 3G0SA 4JX4A 3T4CA 5I3FA 3MI3A 4AVFA 2YZRA 4FIRA 1AW5A 3FKRA 1L6YA 1G4EA 4LC8A 3C3NA 5LKYA 1NF7A 5TIMA 5AYZA 3NQGA 3T44A 1FDYA 3CB8A 3GYEA 1FCBA 4LVDA 4LS0A 4FNTA 3TSBA 4NU7A 5KZMA 4JIPA 1N8FA 4O50A 4UNLA 4JD4A 2PRHA 3M9YA 4I9AA 5D38A 2WNNA 1JUBA 1C9DA 3NL3A 3PVFA 4FNRA 1X6UA 5KZEA 5CSSA 5G4EA 2E6AA 3GX9A 2ZZ5A 1F73A 4NNAA 1PCWA 1RPXA 2QJIA 4IX0A 3NA8A 3HG4A 2VEIA 3IGUA 2ZRVA 4JXCA 5K7JA 3W2NA 2P1FA 1JCNA 5G1YA 3QYQA 4CNOA 3W72A 3JR2A 2CLIA 4M19A 5F2IA 3UXDA 3N14A 4POCA 1W5MA 2A7RA 5D02A 3LV6A 4Y9AA 3NQMA 2PRLA 4IX2A 1QR7A 3TDFA 3PB2A 2ZQ0A 3I68A 3AJXA 4X3ZA 1L6SA 3HMJG 3UQNA 3SZ8A 4LVBA 2V5BA 3H55A 4MOZA 5AN7A 5F2LA 3S8HA 1K7EA 2GVJA 2QCGA 3I65A 5AC6A 1LDCA 3S5OA 3L2IA 4K36A 3G0XA 2A5HA 2P0OA 4FF7A 1ZAJA 5HNRA 4XBKA 5FEZA 1HTIA 5AYYA 3LRMA 3QF0A 4UFLA 2BXVA 3OVPA 3FKKA 2DZPA 1H7OA 2Q3RA 5HUOA 3W85A 5L9FA 3G0UA 3CC1A 4H3DA 4E38A 3NPWA 1EX5A 4O53A 2B4GA 2NXIA 1Z42A 1PCKA 3UD6A 1SW0A 3BK0A 4I7VA 5LSMA 3BG5A 4MJZA 1T8XA 4DELA 3TQVA 4W9TA 1DBTA 4MZ1A 3DI1A 1H1ZA 4I7UA 2J9YA 3L9CA 1EWEA 5HJLA 3ABRA 3W1LA 2Y7EA 1ML1A 4LWWA 3CEPA 1O95A 2ZA1A 1G7VA 1FY6A 3DKLA 3GAYA 1F7BA 1H61A 5FEXA 3W1NA 1W8SA 3W76A 1W1ZA 5BRBA 4WQ6A 1FCVA 4PEKA 4XZ9A 4BI7A 4UTJA 1WV2A 3WJYA 3LX9A 3R8RA 3EX2A 3OBKA 3C61A 5F4XA 4NZJA 1IXPA 2A0NA 1VYSX 3G1AA 3TSDA 1KM5A 3O1NA 2AQWA 2YYUA 4MIMA 1DORA 4IUOA 3HPXA 3M5VA 3E9AA 1EEPA 4JTHA 1LBFA 2KZHA 4QNWA 3VCRA 1S5WA 5LGXA 3BG3A 3NNTA 1KFEA 3BLIA 3FJLA 3MMTA 3R5EA 3P62A 5D03A 1ZALA 4AAJA 2ZTKA 2RHGA 1TV8A 3W2JA 2CW6A 4CCDA 3NO5A 3LM7A 4JY9A 1PIIA 3STFA 3OVQA 4QQ3A 3NPXA 3SSJA 3UYCA 5EYWA 5AFDA 3W1XA 1MO0A 2HSAA 5FI8A 4K8EA 5CZ0A 1L2UA 3M5XA 4JR5A 4KFPA 4GUGA 3NPUA 2R94A 2YW4A 1GPWA 3M43A 2FFCA 3TW6A 1RZMA 3P8IA 4PTNA 1AMKA 2O7QA 3SIZA 4AWSA 3IV3A 1TTJA 4NJIA 5J5DA 4GUIA 1A53A 2A7NA 4DO4A 3CHVA 2QCDA 3L67A 5G4WA 3S1WA 2XN0A 2WKJA 1EWDA 4WJEA 4ADUA 4RZ4A 5GVJA 5FEWA 1H7NA 4H4IA 3W22A 3FFSA 3OIXA 4YMZA 5EY5A 4MY8A 2Y61A 1XUUA 1OFDA 1JUKA 3GLCA 1B4EA 3HB9A 1LYXA 3MYOA 3W2MA 3NM3A 2G95A 1XKYA 2GVGA 3FLUA 4EWND 1A5BA 1ZENA 3ZWSA 2QCMA 4NX0A 4O4VA 3EWYA 4UMBA 3C2OA 3DU0A 4E0CA 1RD5A 1EUNA 1KTCA 3W7DA 1NEYA 2CLOA 1TTIA 1ZCOA 5CSRA 1VHNA 3KXQA 2Z0IA 4FEZA 2JKPA 5SWUA 1ICPA 3QSRA 1KFCA 5C55A 3HGJA 3ZS4A 3CU2A 1YXDA 3JRKA 1LLWA 1Q6OA 2Y70A 3TXZA 1UASA 4YWIA 4ORMA 4Z1BA 3DHFA 5F2MA 1GYLA 2ZRWA 5MHBA 4Q4KA 1D3HA 2C18A 3LBMA 1M7OA 1PS9A 4MLRA 4FX7A 2I14A 3LI1A 1MZHA 5CPMA 4HPJA 4IPIA 3LCGA 1TV7A 3W1RA 3RU6A 3S1VA 1KTBA 5CPOA 1ZNNA 4TX9A 4DO6A 1EB3A 4LS2A 3PC0A 3SR7A 2C15A 1MEWA 5CZJA 5HR7A 2FDSA 3ATZA 4NZFA 5K3VA 3KRZA 4O0ZA 4MFEA 2VEMA 4ADSA 4O1DA 2FQIA 2W0UA 1R46A 3QW4B 4HN4A 3WJSA 4UC5A 3F4NA 5G2IA 3STCA 3HG2A 3PG9A 2F84A 3S5ZA 1M6JA 3G1VA 1WAUA 1O4UA 3W73A 2FTPA 4LVAA 4JX6A 3GNDA 4Z0JA 2DZTA 3TJLA 1TSIA 3WJXA 1OYCA 3CIXA 3W7CA 3N2MA 3CWNA 1W54A 2ZBTA 2QCFA 3IGSA 3MBDA 5HWNA 1LRTA 1ZAHA 4LV4A 5HINA 4JTFA 1JCLA 4CQ8A 1G7UA 3OG3A 4PL2A 1SPQA 2TRSA 3A22A 1BWKA 1Z44A 3G1YA 1W56A 4MVAA 4LOCA 1LOQA 4PCFA 3HIJA 4BI6A 3LDVA 2Z6IA 1VRDA 4N2YA 2CLLA 4H6KA 1IXQA 1W31A 4LW7A 2C1HA 1Q6QA 1QPOA 4UUIA 5KSWA 3UWQA 3BPWA 4M7SA 1KBIA 1K02A 4KFOA 2WPBA 4MPQA 4QNEA 4LU0A 3IIZA 3EEGA 3S6DA 1TB3A 1GVQA 3LCLA 5LHFA 2CZDA 3W7LA 5CG7A 5K4XA 3CEUA 1SW3A 3LI0A 1VGAA 3LCIA 4GUFA 3MBFA 3L0GA 5IBXC 1JRCA 3QSTA 2BX7A 3TK7A 2VEPA 1PL9A 4WY0A 3TAKA 1FXQA 1QCWA 5HWMA 2CZEA 4JYFA 4MFDA 2BLEA 4RJEA 4UIOA 2JBMA 2V8ZA 3L68A 2GQAA 4A2RA 2YR1A 3B0PA 2C14A 5HQEA 1AL7A 1VYRA 2JK2A 3O63A 1BWLA 2X1TA 4IJBA 3DHDA 1JQXA 4BI5A 1C29A 5IBXA 4FNQA 2EKCA 4FNSA 4AWUA 5AC7A 3BW2A 1ICQA 4LTSA 5AHMA 4KWWA 1VHCA 2RKXA 3EXTA 5U7SA 1R2SA 4UNKA 4QM1A 3NQCA 4RCXA 3CIWA 2E6YA 2YFOA 4UFMA 4ZL1A 1SO5A 1G6CA 2V2CA 4RXGA 4XTDA 2ISVA 3KFTA 4HPXA 3NQDA 1D9EA 2DJXA 3CTLA 2TYSA 3RFAA 4P61A 4DO5A 2WQPA 1OFBA 1RR2A 3HGOA 3W7MA 3LCHA 4LY8A 4BF9A 4RV8A 2QEZA 3RK8A 3HG3A 1H5YA 2EGZA 5AYXA 2DZVA 3I7QA 1H1YA 1W0MA 3NG3A 1LORA 3INPA 1BKSA 2FPVA 1Q45A 4A22A 4A21A 4X9SA 4GUHA 3MUXA 1CW2A 3FEMA 1FCUA 4WD0A 1U5JA 2H8XA 3O8AA 2E5DA 4DBDA 2EAWA 5D2WA 3KHJA 2WNQA 3TNOA 1THFD 4FX8A 3KX6A 4CCEA 2DU2A 2ZZ7A 2YX0A 2YPIA 4R53A 2FB3A 2EF9A 2Y89A 4PC8A 3ABSA 4FNPA 3TR2A 3PWAA 1A50A 3T40A 1X1OA 5C6MA 1LBLA 1QPQA 2E5BA 3TU9A 4M6PA 3U6WA 2ZRXA 4UMAA 3B0VC 4OT7A 4C1LA 1XI3A 4IMCA 2HS6A 3CM4A 3THAA 1SZFA 4AF0A 4YXGA 2ZRYA 1KW1A 5C5YA 1AW1A 2VFGA 3UNDA 5T26A 1YDNA 3QMSA 3NQVA 4AEOA 5LNUA 2A2IA 2DZXA 2R8WA 3HPZA 4IMEA 1LOSA 4UFKA 3W1UA 3NYZA 2GQ9A 2Q8LA 2V5LA 3IVUA 3QM3A 2ABAA 1WOBA 2QJGA 3NZ1A 5E93A 3QW3A 2ZRUA 5K2ZA 1KLZA 1SO6A 2CWNA 3NZRA 1G69A 5DY2A 2O7SA 3PUDA 2V81A 1QOPA 1P4CA 1Q6LA 1FWNA 4OBTA 3WJWA 1WOAA 1WBJA 1QOQA 3KVKA 4JTIA 5CZTA 4DXVA 4UTLA 5DBUA 1ZFJA 2ZZ2A 4L4MA 3GIYA 1VC4A 3TC6A 1Z48A 1F5ZA 3KOFA 3IIOA 3W86A 5BMXA 2YXGA 3S1XA 3Q58A 2X1RA 3PUEA 1GWJA 2RDUA 4ZZ9A 5D37A 2YGYA 1GVOA 5H2ZA 3LHVA 1VS1A 3MO7A 4O28A 3TV8A 1S3HA 4ZMGA 1SO3A 8TIMA 1TPB1 1XFBA 2OMAA 1W37A 1PHQA 4LNYA 3NQAA 4UCGA 1GVFA 1W3NA 2QDGA 1KLYA 4IQLA 3UZJA 4HSNA 3L65A 5EKYA 3EXSA 1JJKA 1KBJA 4RZ6A 3BGGA 1G67A 1IIHA 4MUZA 4O13A 1ZJIA 1WQ5A 3F1QA 3G3DA 3GR7A 3KAOA 4JYDA 3SGUA 4A29A 3W7NA 3TJXA 2HS8A 1XBYA 3O15A 4XUGA 1OHLA 6TIMA 4MZ8A 1GVRA 3N2XA 3OHIA 3W7QA 1VR6A 1TO3A 5K4ZA 3DFTA 4M6VA 1KTNA 3TX9A 2P10A 4UFIA 4Y96A 3ABQA 3B06A 3TC7A 3B04A 2RH9A 4EOUA 1YXYA 2Y6ZA 1ICSA 2E1DA 3G1XA 3O16A 3ANYA 3HF3A 4QIUA 5E0KA 3RNDA 3NQFA 3LXAA 3DKJA 1GQNA 3C52A 4O1CA 1S5VA 1QDSA 4S1FA 4DF2A 2F7FA 2V82A 3ELFA 4JTLA 1RV8A 1XXXA 4RX0A 3EXRA 5AHNA 3FYPA 1JCXA 2HTMA 4K6AA 5FEPA 2NX9A 3MP3A 3U2OA 4N4PA 4BR1A 5I3JA 2DZSA 3AO0A 1EPXA 3N34A 3WK0A 3PM6A 3FOKA 3NXFA 2A7PA 4HNNA 3BW3A 4FO4A 3EB2A 4XKYA 3P80A 4Y6GA 2PC4A 3S9YA 4YCPA 3QZEA 3C6CA 4MY1A 5AHIA 4LS1A 3IIPA 3LERA 1OK6A 3JS3A 3M1ZA 1FX6A 3DBPA 4EVZA 2QUTA 4WZHA 4O11A 3UWWA 2X1UA 1Q3NA 1OJXA 4UMCA 1FDJA 2J27A 5AHLA 4KKXA 4NJJA 3E02A 4JTKA 6ALDA 3TFCA 2GJNA 1RQHA 4S2BA 5KMYA 1NF0A 3R2GA 3ABOA 4O16A 3RLVA 3CQ0A 4EF8A 1DVJA 3BW4A 5BNKA 4JDYA 5U4NA 3L21A 3G8EA 3NL5A 1OABA 2V2HA 3IIVA 3ZWTA 3W7HA 1TV5A 3EWBX 1XBZA 2X30A 2YYTA 2X2GA 1OX4B 2X16A 3W84A 2C19A 4OHQA 4JEQA 1H62A 2ZTJA 5DCEA 1H50A 3QEZA 4RKAA 2NXGA 2NXHA 1VCVA 4BFAA 3GXPA 4MKNA 4DPPA 3S0CA 4JYEA 3HGRA 3UWUA 2G96A 4GXMA 3L0NA 3W7KA 5CZSA 1QPNA 4HHPA 4KFNA 3RMJA 5LNWA 1G4SA 4AB4A 2QAPA 5F1VA 2H3BA 2I1OA 4M6QA 1SZGA 1H63A 1AW2A 3FIGA 1KM2A 4B5NA 2NUYA 4YLWA 2H8ZA 3RF9A 4RR4A 2A1YA 5F4WA 1JCYA 1K8ZA 2ZRZA 3VI2A 1YXCA 3W87A 3W9ZA 5ABTA 1OK4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S9YA

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Chord Diagram

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