3SCPA

Crystal structure of rice bglu1 e386a mutant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITANGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scpA00
4F9DA 4MDPA 2BVDA 3TTQA 1W3KA 1RPKA 2WMHA 3WQWA 3VIIA 1B3VA 2W92A 4U33A 5CPSA 4BQ2A 1JXJA 2XWEA 2WW5A 4HP5A 5BCAA 5EB8A 3VX1A 3AHYA 1QI0A 2W5FA 4TOQA 3CUGA 3A47A 5AY7A 3NSXA 3L4YA 5M03A 1BF2A 1E4LA 3NIYA 4FK9A 3W4RA 1X1NA 4IM4A 3NJ3A 1QW8A 1FH9A 3QR3A 4N0RA 2WC3A 4OBSA 3SEPA 1UD4A 2JFEX 4LYRA 4D6IA 1XH2A 4NSBA 1HN1A 3ZJKA 1UWUA 1E43A 1I75A 1MW2A 3CUFA 3T0BA 3PTQA 4A4AA 3FHAA 1JAKA 1CGTA 4HMDA 4J27A 2XVKA 3CHFA 2XSBA 1ITCA 1E1EA 4KMQA 3GNOA 4ATWA 2ZUTA 3OZOA 3GBDA 3WQVA 4GO9A 5C8BB 1TVNA 4L4PA 1EDTA 3ALGA 5EBAA 1WZAA 2AMGA 5D8ZA 4OKDA 1XH0A 2UWFA 4PTVA 2CITA 2A3HA 5IDIA 1NH6A 1XYZA 2DH2A 5DT7A 2YA0A 4J3VA 1ZBKA 3AS1A 3N1AA 1FOBA 2ZX5A 1OD8A 3WNMA 4TUFA 1V0LA 3AMCA 2JEPA 3MSDA 3QOKA 4UQBA 4WLCA 1PIGA 1K9TA 4OBRA 1GCYA 3UR8A 3F5LA 4UZSA 3TTSA 2NT1A 5IFTA 1HJUA 2A3BA 3RDKA 1OM0A 4GXPA 4N42A 1DWAM 2GUYA 1KR0A 4CN6A 3WUGA 3VOCA 4MJ4A 2V5CA 4KRTA 1WAWA 5BROA 2E40A 2Y5EA 1W3LA 1C7SA 4P8VA 3ZM8A 1JI1A 2XIIA 1OSEA 5CXPA 2DIEA 1E6ZA 3K8KA 5BYWA 1XSIA 2C8NA 4JFWA 1CXEA 4C7GA 1J01A 1KFWA 4AZCB 3U5UA 1GNXA 1TFVA 2V5DA 4HTYA 3WH7A 3I3BA 4PBGA 3I3DA 4AIOA 3VNZA 4HA4A 1B3ZA 3OLDA 3WF2A 3AXIA 1TG7A 5A6AA 4B15A 1E3ZA 1LL4A 1JXKA 1BVNP 3GXIA 1HP4A 2XYLA 1CDGA 3VMPA 1LG2A 4XB3A 3MS8A 1JZ5A 4RE3A 1KXHA 1V3IA 4MB5A 3LPPA 5BXTA 5EMYA 3SCOA 3VKKA 2UY5A 5HNNA 4PRWA 3CGTA 4D6DA 4UTFA 3CIVA 1V08A 4PMRA 2JIWA 3CHDA 1L8NA 1B30A 3RO8A 4OJYA 3KL3A 1DP0A 2X09A 1SR0A 4W7UA 4W8LA 5CG0A 4P7RA 3EDKA 4URIA 1JD9A 1VEMA 1ZBWA 4CN1A 1UHVA 3KWXA 4UFMA 3VUPA 4W88A 3W29A 1J0YA 2CYGA 2C0HA 4LQ1A 3AYRA 6TAAA 3W26A 4AIUA 1E15A 3NYDA 1BGGA 1HT6A 3SCQA 1V3KA 5A6BD 2BHUA 2BNJA 4PN2A 4S3KA 3RMEA 5A6MA 4JFUA 1GOMA 2WCGA 3VIOA 3SURA 4PMQA 3ARVA 1E6QM 3BCDA 2D3NA 7CGTA 3WEOA 2WLZA 5I79A 2WZIA 4KGJA 4WKHA 2W4XA 2JE8A 2ZUSA 3SUVA 1V03A 2ZX7A 4ZE4A 3QGVA 1JZ2A 2XPKA 1QBBA 2VUYA 1C91A 1H0IA 4XV0A 3HU7A 1W9DM 1H11A 3ARYA 4J3XA 3U5YA 1VFFA 1EHAA 5KZ6A 1WDRA 3TTOA 4LX4A 4V2XA 4AYSA 1G01A 1JD7A 4UFKA 1V0NA 2XM1A 1TCMA 3G6LA 1UR9A 5A95A 3J7HA 2XM2A 4KRUA 3OGVA 3K8LA 2GK1A 3LPGA 5A6BA 1RH9A 3IAQA 3A4AA 2ZXAA 3VIFA 4ZFMA 2J4GA 1QI3A 3DYMA 3UG5A 3CZLA 1D7FA 1ECEA 1VFUA 1XSKA 4WIWA 1JZ7A 8A3HA 4JCMA 1V02E 1K9DA 2DT2A 4W5ZA 3AIEA 4D6FA 4AD2A 1NARA 2WM0A 2QMJA 3W82A 2XTKA 1LF1A 1QVBA 2ZUVA 2Y4SA 2YA2A 3CZEA 4PMYA 4KWUA 3VM5A 4RL3A 4W89A 1H2JA 2OLHA 5E0FA 4UCFA 4WKAA 4MAVA 3WIJA 1KXQA 3GXFA 3PZUA 3IANA 3WH5A 5A2BA 1V6UA 2YDSA 4AZGA 3OZPA 4ACZA 5IFPA 5BRQA 1VFOA 4IISA 1QNOA 1E4MM 3GH4A 3L4VA 1DWIM 2J75A 5JUVA 2WMJA 4GI9A 1MQRA 2WCSA 3HMCA 3AIUA 2V3DA 4PTMA 1UKPA 3MV11 2PBGA 5JBEA 1XD0A 1OBAA 2D20A 2EXOA 3T09A 3GTNA 2EEXA 3VDHA 4CCCA 1CXFA 2VNCA 2XG9A 2VCCA 5I24A 1E1FA 1GOWA 1XCXA 1L0PA 2G3JA 2WANA 4W8AA 3IJ8A 4PUDA 1BTCA 2IXVA 4HPHA 2XVGA 3ZMRA 2XWDA 3VD5A 3WL1A 4U3AA 2A3EA 2WAGA 3SUWA 1VIWA 4NF7A 3ECQA 3VD3A 1V3JA 1G94A 1H0GA 2ZIDA 2VX6A 1GJUA 2TAAA 1AQ0A 5LA0A 3K4AA 3PZNA 4PMVA 5JBFA 4J7RA 1GHRA 1YHTA 1Q6FA 5ECUA 1JIBA 1W9UA 4GPNA 1CGXA 2WVUA 3ARPA 1W3HA 1BG4A 3WD4A 2D3LA 4QFUA 4U2ZA 1EQPA 1B1YA 4P7OA 2X0HA 3AIQA 1J0KA 2XUCA 4JFTA 3ARZA 5A6JA 3RCNA 3MMWA 3OLIA 1G1YA 3OBAA 1W1TA 3GNPA 3AIRA 3CTTA 1CXKA 3PTKA 1UWTA 4MAZA 1BG9A 2J62A 1FHDA 3SCTA 3CUIA 4C7FA 4HZ8A 4QLKA 2G3MA 3CZKA 3CMJA 2DSWA 2J7BA 2VO5A 2VQTA 3GXMA 1IT0A 2O9TA 4UFLA 3B9AA 3SCNA 1CPUA 2OWXA 1B3XA 1O6IA 2E3ZA 1UD5A 1B9ZA 2EPNA 2CKRA 1TZ7A 2YLAA 2DEPA 3GBEA 4IUGA 7A3HA 4E4PA 4JHOA 1VENA 4K68A 3W24A 4Z2IA 1UH3A 1E6NA 1HVQA 4TVDA 5I3DA 3AQUA 3VDAA 3RIKA 1UUQA 1OT2A 4P8UA 2G41A 1V3MA 2W91A 3AYSA 5A2AA 2CCRA 1FH7A 1HJSA 4D6GA 4CU7A 1PAMA 3W6LA 3QOMA 3KEHA 5GQBA 5DEZA 4QLJA 3WMSA 4UQAA 5A8NA 2DDXA 3BAWA 3EMCA 1JDAA 4DUWA 4EAMA 4CD6A 4W7WA 3EBVA 4WSKA 3RJYA 4GI8A 4W5UA 2WC4A 3AOFA 3VIHA 1E4NA 3GXDA 3VDBA 3N18A 1R7OA 2E9BA 1W1VA 3AHVA 3VNYA 4WF7A 1ISZA 1CENA 4HZ7A 1ESWA 1WPCA 3W53A 1E0XA 2VJXA 1W9PA 4AEEA 3PTMA 4ACZB 2VZTA 1MYRA 1LQ0A 4P7NA 1M03A 2DSVA 1R85A 5DT5A 4AY1A 2PWFA 2X0YA 3N9KA 3MUIA 4UQCA 1Q6CA 5FL1A 4HMCA 4BA0A 4JZ5A 2J7CA 3VVGA 1J10A 3WENA 2F61A 2X1IA 1NWRA 3SCUA 1J0HA 2WC7A 4GZEA 3SUTA 1UQYA 2DH3A 1E71M 2J7FA 3ARQA 1VF8A 4D6JA 4OUEA 1C8YA 3SUUA 1XSJA 1P6WA 1CGVA 4ACYA 1EOKA 4QCFA 1WZKA 2AOSA 4AZ7A 4E8CA 1HKKA 2J8FA 4TX8A 4GO8A 2RGMA 1VBUA 3WBEA 1E5NA 1D3CA 3GDBA 1G9HA 3UEQA 1PPIA 2WZHA 1E5JA 3WQ6A 4E8DA 4FLQA 5ABEA 1S46A 2Z1KA 2ZUUA 1MVYA 5HOSA 4MJ2A 3ARUA 4CD4A 2CPUA 1RP9A 1E6PA 1CECA 3D3AA 4NRSA 4J28A 4UOZA 2OSXA 4ML4A 3HJEA 3OIHA 4UNIA 2PWDA 4CN4A 2CNCA 5FIPA 1J0IA 1G0CA 2VR5A 2VMFA 2XJ7A 4JKLA 3CZGA 4HPGA 2HVMA 1OIFA 3WELA 4GZIA 5CGTA 1JYNA 3T0AA 3PZOA 1GQIA 1LLOA 2WMKA 3ZO9A 1HL9A 1UKTA 3W6MA 1KR1A 1CXIA 3W81A 3UG3A 2JF6A 1TUXA 4Z2HA 4W7VA 1CGUA 1QI4A 4HA1A 1HJXA 2D0FA 1DTUA 2BV9A 2BVYA 1W1PA 3U57A 1OINA 2J74A 5A8QA 3GYCA 4M29A 4F79A 4WK9A 4GI6A 1EO5A 2WHKA 2CHNA 4Q22A 5A8OA 2PI6A 3CMGA 2VQUA 2MANA 1NP2A 4AD5A 3WF4A 1CWYA 2AAAA 4CUCA 4UQ9A 1JFXA 1H41A 2DSKA 1GVIA 3M07A 3VO0A 2PB1A 5AYIA 2DT3A 4W86A 2J47A 1V6WA 1TA3A 3VGDA 2WBGA 1JZ4A 3VGHA 4UQDA 1EDQA 2UY4A 3EDEA 1BYDA 2A3CA 3CZ8A 1DHKA 1JF5A 4J3TA 2DQXA 2XFYA 3BSGA 2CERA 6CGTA 1JFHA 2EQDA 2OYKA 3FHQA 1UR4A 2VT0A 3TONA 2DSZA 1JZ6A 1KWGA 1WZMA 3EDFA 1RP8A 1HF6A 4PMDA 1WDQA 5I78A 5HXMA 2VCAA 4V28A 2C7FA 5LA1A 5D9PA 2JF7A 3L2MA 3RJXA 2EBNA 4CCEA 3NUKA 4MB4A 5A2CA 2Q8XA 3AZSA 1C92A 3WEMA 1Q4NX 4Z2KA 2XVNA 5M17A 4XZBA 2ZXDA 2DT1A 3FAWA 2EPOA 4FLOA 1PJ9A 3VILA 1R86A 3W28A 3LPFA 1UR8A 3SCRA 4TVCA 1BYAA 3BLKA 1VEPA 3UR7A 1GUVA 5I2UA 5FKYA 1J0ZA 1QNSA 1U30A 3N13A 3AZRA 3PZIA 1NWTA 3EMQA 1BYCA 1QOXA 2WLYA 1XRVA 5CSUA 2WVSA 4FLRA 3WNPA 3ZT6A 1FP9A 2JALA 3POCA 3OG2A 1ZBCA 1UH2A 4PTWA 3ZT7A 4OOUA 1XCWA 2VRJA 4CD7A 2YA1A 2ZOXA 6A3HA 3G6MA 2VL4A 2ZUNA 1E40A 4BZYA 2DSUA 1NQ6A 1UWIA 1UKSA 3WD1A 1J11A 2ZXBA 1DWGM 2OSYA 1H09A 1UYQA 1SMAA 1VJZA 3S6TA 3DYPA 1PZ3A 3VD4A 3BXWA 4X9YA 4TXEA 5TD4A 2J25A 1US2A 1CIUA 1JNDA 2O9RA 1VEOA 1MFVA 4B16A 1WP6A 3PZ9A 3VDCA 3F5KA 5BXSA 4JCLA 1UD6A 4ATLA 1FH8A 1CEOA 1KBKA 3NDYA 3CPUA 4UFJA 1OWQA 1QNPA 1UZ1A 2VC9A 5BRPA 4BQ4A 3AHXA 1J9YA 4H41A 2Y8VA 4MB3A 5F7UA 2XFRA 1QNRA 2F8QA 4JFSA 1Z32X 3BAKA 3AHZA 4A3HA 1V02A 4PMOA 4WSJA 4MNMA 3VIMA 4Z2JA 1JDDA 1W9BM 2FH8A 2J7HA 1AVAA 1E56A 5D8WA 4YHGA 1DEDA 1LL7A 4D1IA 2IUZA 1G5AA 3CBWA 4OZOA 4CD8A 2BHZA 3AJ7A 1GW1A 1W32A 5A3HA 1MW0A 4W93A 1HIZA 1NOWA 2BHYA 1OD0A 1PX3A 4H8UA 3N11A 4M1RA 3WY1A 2Y24A 1KCLA 3TA9A 2E8YA 1HP5A 1KGUA 3PZVA 4AW7A 4CU8A 4HU8A 1ODZA 1EQCA 1ZJAA 4J3WA 2V3FA 3WN6A 4RE2A 4A3YA 4W84A 2A3AA 4M56A 1I1XA 4CVWA 1TA3B 5GPRA 3AI0A 3WDHA 4MADA 2GJXA 3VGGA 3VD9A 2XGBA 4B3LA 2YL6A 3GZAA 1QW9A 1GPFA 4ZE5A 1N82A 4UZUA 2V38A 1VJSA 3AICA 2OWCA 3WMCA 5CZKA 3WEZA 4H8VA 1V6XA 4JKKA 4JL1A 1AMYA 1CLVA 3O2LA 2PWEA 2QHAA 1BAGA 2WHMA 2WMFA 3L4ZA 1BPLB 1V0MA 2YL5A 2D23A 2GJRA 1M53A 4MTVA 4MB1A 4LPCA 3VINA 4B9ZA 2WK2A 1E0WA 2W63A 2VRQA 1KQYA 1QHPA 5C71A 2QPUA 3LMYA 1FFQA 3MU7A 2QPSA 5M5DA 1JYVA 3JUGA 1UWRA 1CLXA 2DGAA 1IZJA 1UZ4A 1UQZA 2E9LA 2D1ZA 3SCPA 4AD1A 4JHZA 3OLEA 3D5HA 2VTFA 1X6LA 1PBGA 1F4AA 2YJQA 4KGLA 4HMEA 4JL2A 5CSYA 4M24A 3K1DA 3ARRA 4PSPA 1HKIA 1DWFM 1GQJA 2BS9A 5CPTA 1ODUA 1LWHA 4HZ6A 3WBAA 1NOFA 1GONA 1QI2A 3OGSA 1NWUA 2D22A 1KXTA 2FDMA 2WHJA 3SIMA 1QPKA 4J3SA 3AS0A 3L4TA 4PCTA 3RM9A 5CGMA 1MW1A 1XH1A 1BVZA 4U31A 4FLSA 1HKMA 1XGZA 4GQRA 4MDOA 3ZJ6A 4GKLA 1UR0A 5ABFA 4PMXA 2VZOA 4M81A 1UKQA 3ZQ9A 4AC1X 3PN8A 3BAYA 4D6HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F9D A;  4MDP A;  2BVD A;  3TTQ A;  1W3K A;  1RPK A;  2WMH A;  3WQW A;  3VII A;  1B3V A;  2W92 A;  4U33 A;  5CPS A;  4BQ2 A;  1JXJ A;  2XWE A;  2WW5 A;  4HP5 A;  5BCA A;  5EB8 A;  3VX1 A;  3AHY A;  1QI0 A;  2W5F A;  4TOQ A;  3CUG A;  3A47 A;  5AY7 A;  3NSX A;  3L4Y A;  5M03 A;  1BF2 A;  1E4L A;  3NIY A;  4FK9 A;  3W4R A;  1X1N A;  4IM4 A;  3NJ3 A;  1QW8 A;  1FH9 A;  3QR3 A;  4N0R A;  2WC3 A;  4OBS A;  3SEP A;  1UD4 A;  2JFE X;  4LYR A;  4D6I A;  1XH2 A;  4NSB A;  1HN1 A;  3ZJK A;  1UWU A;  1E43 A;  1I75 A;  1MW2 A;  3CUF A;  3T0B A;  3PTQ A;  4A4A A;  3FHA A;  1JAK A;  1CGT A;  4HMD A;  4J27 A;  2XVK A;  3CHF A;  2XSB A;  1ITC A;  1E1E A;  4KMQ A;  3GNO A;  4ATW A;  2ZUT A;  3OZO A;  3GBD A;  3WQV A;  4GO9 A;  5C8B B;  1TVN A;  4L4P A;  1EDT A;  3ALG A;  5EBA A;  1WZA A;  2AMG A;  5D8Z A;  4OKD A;  1XH0 A;  2UWF A;  4PTV A;  2CIT A;  2A3H A;  5IDI A;  1NH6 A;  1XYZ A;  2DH2 A;  5DT7 A;  2YA0 A;  4J3V A;  1ZBK A;  3AS1 A;  3N1A A;  1FOB A;  2ZX5 A;  1OD8 A;  3WNM A;  4TUF A;  1V0L A;  3AMC A;  2JEP A;  3MSD A;  3QOK A;  4UQB A;  4WLC A;  1PIG A;  1K9T A;  4OBR A;  1GCY A;  3UR8 A;  3F5L A;  4UZS A;  3TTS A;  2NT1 A;  5IFT A;  1HJU A;  2A3B A;  3RDK A;  1OM0 A;  4GXP A;  4N42 A;  1DWA M;  2GUY A;  1KR0 A;  4CN6 A;  3WUG A;  3VOC A;  4MJ4 A;  2V5C A;  4KRT A;  1WAW A;  5BRO A;  2E40 A;  2Y5E A;  1W3L A;  1C7S A;  4P8V A;  3ZM8 A;  1JI1 A;  2XII A;  1OSE A;  5CXP A;  2DIE A;  1E6Z A;  3K8K A;  5BYW A;  1XSI A;  2C8N A;  4JFW A;  1CXE A;  4C7G A;  1J01 A;  1KFW A;  4AZC B;  3U5U A;  1GNX A;  1TFV A;  2V5D A;  4HTY A;  3WH7 A;  3I3B A;  4PBG A;  3I3D A;  4AIO A;  3VNZ A;  4HA4 A;  1B3Z A;  3OLD A;  3WF2 A;  3AXI A;  1TG7 A;  5A6A A;  4B15 A;  1E3Z A;  1LL4 A;  1JXK A;  1BVN P;  3GXI A;  1HP4 A;  2XYL A;  1CDG A;  3VMP A;  1LG2 A;  4XB3 A;  3MS8 A;  1JZ5 A;  4RE3 A;  1KXH A;  1V3I A;  4MB5 A;  3LPP A;  5BXT A;  5EMY A;  3SCO A;  3VKK A;  2UY5 A;  5HNN A;  4PRW A;  3CGT A;  4D6D A;  4UTF A;  3CIV A;  1V08 A;  4PMR A;  2JIW A;  3CHD A;  1L8N A;  1B30 A;  3RO8 A;  4OJY A;  3KL3 A;  1DP0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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