3SCXA

Rb69 dna polymerase triple mutant(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of ca2+
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 316
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3scxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3scxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3scxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3scxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3scxA03
1SV5A 3L2QA 1SL0A 4O0IA 2RN2A 1D9FA 3RMDA 3SQ4A 1F21A 2HNDA 2Z1IA 3DMJA 1KCFA 4DLEA 1Z26A 5CYMA 4ID5A 2P5GA 4KPYA 4DG1A 4I9QA 3B6PA 4GVMA 3K5MA 1ZYQA 2HVIA 3HPOA 2FBXA 3V9XA 4O44A 3OYKA 4CF8A 3TANA 5EU7A 4ELVA 3DLBA 3DLKA 3SQ2A 4RW8A 4CJRA 3M8SA 1VSDA 5KGXA 3SCXA 4E3SA 4FLUA 1UAXA 4CEFA 3QEVA 1RBVA 4E89A 3CG7A 3CFPA 2PZSA 4CJSA 3NGZA 3NCIA 3K59A 2XY5A 4I7FA 4M3TA 1ASWA 3PO5A 4CF9A 3PX6A 3AVIA 4DTNA 4B08A 1BHLA 3SPZA 1VSEA 3AVKA 4AHRA 3VQPA 4B8CA 3AO3A 1KSPA 2VG7A 4NYNA 1KLMA 1JLGA 1W0HA 4E7KA 3DM2A 2NUBA 4ZHRA 4FJ9A 1IG9A 5HLFA 3KLFA 1J5OA 1RT5A 2DFFA 1NK7A 1KVCA 1FXXA 4DQSA 1HPZA 2Y1JA 4O0JA 3ZT3A 3OYDA 4FM2A 3D0PA 3V9ZA 3VA3A 1S9EA 4KHWA 1KTQA 4QAGA 2G8KA 4B9UA 1DTTA 4CJLA 2HHXA 3QIPA 2HHWA 4CF1A 1RBUA 3AA5X 5CYQA 4RW6A 1WAJA 1HYVA 3V9UA 3K57A 2YNGA 1X9SA 1QHTA 2GV9A 3T1AA 5JS1A 3HPGA 3LPTA 3HYFA 3OYIA 1IO2A 1LWEA 3ZSYA 5FDLA 4CECA 3SUQA 1FK9A 4Z4HA 2QKBA 3IAYA 4CJTA 4KI4A 4FZZA 4W5QA 2FBYA 3DI6A 3QETA 4OGEA 4NYFA 4KHQA 3ZSOA 3HK2A 4NCBA 2OYQA 4CJFA 4CJKA 5J1EA 1C0MA 3O3FA 1TK0A 1HQEA 3CM6A 3SYZA 3CYMA 4N47A 4Z0UA 3SQ1A 2X78A 3TAQA 3K5NA 4IDKA 1SL1A 1WSFA 4CEAA 4I2PA 4Z4IA 3VQBA 1TKZA 3OYLA 1LWFA 3AVAA 2DY4A 4BWJA 3ZSVA 1N6QA 3P1GA 4H4OA 4KHUA 1WSJA 3OVNA 5T7BA 2HHTA 2AJQA 2DFEA 2YNIA 1D5AA 4K8XA 1L3UA 3KD5E 1TL3A 3MXIA 4FJGA 3QEIA 4DSJA 1EKEA 3KK3A 3DLRA 1ASUA 3BDPA 4J2EA 4IFYA 3TAMA 2KQ2A 4DFKA 1BL3A 1IKVA 3LP0A 5FROA 1S1VA 2EHGA 2G8WA 3OYNA 1S1XA 1QSLA 4E1MA 4KB0A 4CE9A 1FKOA 4FK4A 1U04A 5J2PA 1HNIA 3ZSZA 3T3FA 1JLQA 3AVMA 4BACA 3LANA 4HUEA 1WNSA 4AHCA 1ITGA 1JLEA 3L2UA 4BDYA 4E7HA 3VQCA 2IC3A 4KV8A 4O5BA 1BI4A 5HRSA 2BANA 3KTQA 3LWMA 2OPRA 1VSHA 3ZSWA 3NH1A 3RMCA 2KZZA 4FCYA 1U4BA 1NK9A 4CJ5A 3VQEA 4W5RA 1DTQA 4RW9A 4M45A 3NAEA 5J2NA 4KB1A 1XC9A 4M3ZA 2OPQA 4FK0A 2FC0A 2A1RA 4OKJA 1KFDA 4AHSA 1C1CA 4EZ6A 3RTVA 1A5XA 1IKYA 4E19A 4PUOA 4Q0BA 2X74A 4OGCA 3U3YA 1YVUA 1T03A 5J2QA 4DTRA 2OZSA 1L5UA 4CHPA 1JL2A 1KLNA 1C0TA 3U6FA 3V1OA 2YNHA 3VQ8A 4BE0A 3MEGA 2XY6A 2Z1HA 4FYDA 1RDDA 3V1QA 4AHTA 4DTSA 1QS4A 4FJJA 3LPUA 3HJFA 1WSGA 4JS4A 3TAPA 2IOCA 5K14A 1HJRA 4HUGA 4CGGA 2XO7A 3SZ2A 4N41A 4Z4CA 2BDPA 1LW0A 3AVLA 4XIUA 3IS9A 1CZBA 3OJSA 3TR8A 2EX3A 3VQ6A 3SUOA 1B9FA 1O1WA 3JSMA 1Q8IA 2QXFA 3NH0A 4M3YA 4KAZA 4G1QA 3DRSA 3M8PA 4DQRA 3C95A 4LSLA 4EP5A 2XY7A 1RDCA 4C8OA 2LSNA 3DYAA 4FJ7A 3E01A 2VWKA 3RWUA 1KFSA 1LWCA 4B9LA 4LH5A 2YV0X 3V6DA 2F96A 2PY5A 3WNGA 2I5JA 1I39A 1NK6A 4DQQA 3LP2A 1S9GA 4HCCA 2OPSA 1VSFA 4BE2A 4IG3A 3HVTA 4BWMA 3PY8A 4F2SA 4LD0A 1ASVA 3OS2A 4CIFA 3P83D 5DK5A 3TAFA 2RF2A 4FLWA 3NFAA 3I0SA 5CY4A 4OPJA 3V9SA 1QSSA 4DTPA 4FJIA 2XRIA 4Y1DA 3KK1A 1RBRA 4CF2A 4JLHA 1JLAA 4NCGA 4FXDA 4N5SA 4KI6A 4C8NA 4CFBA 1LV5A 3ULDA 4DMNA 1JLCA 3MEDA 4CEQA 2GBZA 4KHSA 4J2BA 3AO2A 1SKRA 2YKMA 1S6PA 3KLHA 4ZTFA 3KKSA 3HL8A 1VSLA 3OYAA 1Q9XA 4DSFA 4FJ8A 3M8QA 3LP1A 4YFUA 3L2WA 1QQCA 4FLTA 3DRRA 3LALA 1GOBA 3NGIA 4BE1A 1CXQA 3H08A 1NKCA 4CGJA 3L2VA 4DS5A 4CESA 1L3SA 1TL1A 1LW2A 3O3GA 3HVRA 3QLHA 3OYEA 3F73A 2B6AA 1N5YA 3L3UA 4DWIA 2ZQBA 3MXMA 4GW6A 4E0DA 2E6LA 4FM0A 4OKEA 3OYJA 2Y1IA 1QE1A 4B8AB 4CJWA 1REVA 1RTJA 3AO4A 4FLZA 1LAWA 3VA0A 1RTDA 4I9LA 3KD1E 3I8DA 1BGXT 5E41A 5D3GA 1VRUA 4PWDA 4CIGA 5HROA 5CZ2A 3PV8A 4DU1A 5HP1A 1RTIA 3SJJA 1KRPA 3M8RA 1SKSA 4B9SA 1NJYA 3AVGA 3S3MA 4ID1A 1WLJA 4FW1A 3QEWA 4W5TA 3HM9A 3ISNC 3K2PA 1WN7A 4FK2A 4KFBA 3K5LA 3TAGA 4JRQA 3V1RA 4DTOA 3AVNA 1UOCA 3IG1A 4EP4A 3CFOA 2BGGA 1T05A 1B9DA 2YHAA 3O4NA 5HBMA 5SZTA 4DF8A 3QEXA 1VRTA 3AVCA 3PUFA 4DTMA 3KLGA 3EZ5A 1BISA 3NF9A 1CXUA 3L2RA 2WONA 1TKDA 5HRPA 4OJRA 4LH4A 3SV4A 4CERA 4RW4A 4AHUA 4E7IA 3VQ5A 3TAEA 1EETA 2X6NA 3BGRA 5HRNA 4HCBA 2ZE2A 2D0AA 4FLYA 4Q5VA 4DFMA 2OA8A 3PO4A 3MAQA 5KTQA 3LP3A 4O55A 1RDAA 4CHQA 4BDPA 1ZBIA 3FFIA 1HRHA 4FJXA 3C6UA 4CHYA 3V4IA 1SKWA 3OS0A 4C8LA 1GOAA 4DU4A 4FM1A 4DTJA 1HYSA 1EX4A 1JXBA 1RT4A 3DRPA 3SI6A 2HHSA 3SPYA 2A1SA 4EZ9A 4Z4EA 1Q9YA 3AVBA 1TAUA 4M3RA 1YT3A 4KTWA 3S3NA 2OZMA 1JKHA 3VN5A 1GOCA 3KK2A 3EY1A 4DSLA 2DFHA 1XWLA 1NK8A 4CGIA 3SNNA 3HT3A 3T19A 4CF0A 2ATQA 2KTQA 4CJPA 3G10A 4M3UA 1RBTA 2HHVA 1S6QA 4CFCA 4KKOA 4C8KA 5C24A 1EXQA 2B4JA 2R7YA 1S1UA 1TAQA 1EP4A 4CJ4A 3OYBA 3MXJA 1I3AA 3QIOA 3AVHA 4IKFA 4L8RB 1RILA 4M3WA 2YNFA 4R5PA 5C42A 1HYZA 1IH7A 1Y97A 3QEPA 2P51A 4RW7A 4CEEA 5KGWA 4CJUA 3KLIA 1J9AA 1C6VA 1A5VA 5KRSA 4F4KA 4N76A 4PY5A 1UWBA 1D9DA 1BCMA 1RCHA 1S1WA 3ZT2A 3ZT0A 3VQ9A 3D45A 4Y1CA 1XI1A 4Z4GA 2HVHA 3KIOA 2KZMA 3OJUA 1NK4A 2G8VA 4H8KA 3ZSXA 4DSEA 3AVJA 3LZJA 3ZT1A 1T8EA 1B92A 4CGHA 3O4QA 2PYJA 3V81A 4B9VA 3HP6A 4DSKA 4CJ3A 2ITGA 2PYLA 3CM5A 1S1TA 2P5OA 2O4IA 1S5JA 4DU3A 4CHOA 3HXMA 1CZ9A 1TVRA 3RR7A 3RMAA 4JRPA 4HUFA 3SQ0A 1NK5A 5CZ1A 1D8YA 1MU2A 4CJVA 3O3HA 1IKWA 3RRGA 2IS3A 3P5JA 3LDSA 3MECA 4OKKA 2RPIA 1X9WA 5FRNA 1VK0A 3AA2A 3QNNA 1JL1A 3RR8A 3LZIA 1CLQA 3AA4A 4DSIA 3HO1A 1ZBLA 1HQUA 2G8FA 1RNHA 3A2FA 1QSYA 3K58A 1C1AA 2ETJA 4PQUA 1RDBA 2Z1JA 4F3OA 1RBSA 3S9HA 3QESA 4DS4A 5I3UA 3IRXA 3TABA 3OYGA 1WAFA 2HHQA 1ZBFA 3NGYA 1L3TA 3CQ8A 4CGFA 3F9KA 1YTUA 1BI4B 4M41A 3C6TA 1IKXA 4JS5A 3HSTB 2KFNA 2BE2A 1T7PA 4ELTA 1JLFA 4B3OA 2E4LA 4B9MA 3CFRA 4CEOA 3QNOA 4CHZA 4KREA 1NK0A 2WOMA 4DQPA 5HRRA 3OYCA 1U47A 1TKTA 3NF8A 4CEBA 1BCOA 4CJEA 4CEZA 5JS2A 4CK3A 3V9WA 1R0AA 3NBPA 4DFPA 1X9MA 4CCHA 4GMJB 4OVLA 3WNHA 5C25A 1BIZA 2JGUA 3NDKA 1RT6A 1U49A 3NF7A 4KTQA 1TKXA 4MQ3A 4E7JA 3RRHA 3ASMA 3TARA 4KTZA 1U45A 3QO9A 3VQ7A 2YKNA 1J54A 1HNVA 2JLEA 1BQMA 4DF4A 3PX0A 2G8HA 1K6YA 2XY8A 4I2QA 4OLBA 3VQAA 4PA1A 5SWMA 3THVA 1NJWA 1NJXA 2QK9A 4QOZB 2HNZA 1RTHA 2KW4A 4BDZA 4FJNA 4FZXC 3DLHA 2D0CA 3ZSRA 3RMBA 2VWJA 1C1BA 1WSEA 2X6SA 3NF6A 1VSJA 4CFAA 2HW3A 5KI6A 3HP9A 1ZBHA 4F3TA 3EYZA 4DTUA 2IAJA 4FJLA 2Q3SA 1TK8A 4B9TA 3ITHA 5KRTA 1DLOA 4UQGA 3OS1A 4AILC 2YHBA 4CHNA 5I42A 3S3OA 4H4MA 1KVAA 3KLEA 1TK5A 5FRMA 3QERA 4HVJA 3UIQA 2G8IA 4RG8A 4FJMA 3DLGA 3L3VA 4FW2A 4C8MA 3B6OA 3SV3A 3LWLA 4FZYA 2O4GA 2GUIA 3QINA 2KFZA 4W5NA 3HPHA 4FLVA 3VQQA 4DFJA 2FBVA 2HNYA 2Z1GA 4NCAA 5J2MA 4DTXA 2B5JA 2XHBA 3ZCMA 1XHXA 3DOLA 4OPKA 3WNFA 4J2DA 1NOYA 1RT3A 3WNEA 2W42A 4DLGA 2FBTA 4CJQA 1NKEA 1UA1A 1G15A 3VQ4A 3AO1A 3MEEA 4KRFA 2QKKA 1XHZA 1J53A 4IFVA 1W9HA 4M3XA 2IDOA 2P1JA 3OY9A 3K5OA 4N56A 3AVFA 4KHYA 2VG5A 4MFBA 3U3GA 3KJVA 3AO5A 1NOZA 1A5WA 1VSMA 4OLAA 1RT2A 3ZT4A 3SUPA 2OPPA 1NKBA 3PX4A 1NJZA 2ZD1A 1HMVA 4FJHA 4FJKA 2RKIA 4K8ZA 3AA3A 4AHVA 3NH2A 4FVMA 1YTAA 1L3VA 4AH9A 1WSIA 4FJ5A 1X1PA 4ICLA 4CGDA 1ZBUA 4O4GA 3TWHA 4DQIA 1FKPA 2D0BA 4CFDA 1U48A 4TSXA 4F8RA 3SUNA 4KO0A 4LY7A 1C0UA 1UA0A 1RT1A 1BIUA 2G8UA 5DMRA 3OYHA 4CK2A 4WE1A 3ZSQA 1WSHA 3DLEA 2HMIA 2VG6A 3ALYA 3AV9A 4CK1A 3KKRA 2IGIA 4ELUA 4IG0A 4CIEA 1QTMA 4QCLA 2HB5A 1VSKA 4E1NA 4HHTA 1SUQA 3DOKA 4E7LA 2HHUA 1RT7A 2DTUA 4IBNA 4Z4FA 3OYMA 4W5OA 1VSIA 1JLBA 4HTUA 1Z25A 3I0RA 1SL2A 4B9NA 3OYFA 4CEDA 4F2RA 1TV6A 2F8SA 4KHNA 4FLXA 1TGOA 2D5RA 4YNQA 4J2AA 1KVBA 3NHGA 3C94A 3JYTA 3VQDA 2E6MA 3TI0A 4ZTJA 3L8BA 1JXEA 3G0ZA 3LAKA 4M42A 2F8TA 1BQNA 1LAVA 3LAMA 4LSNA 3NE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CBXA 1T6CA 4CD1A 4EZ6A 1A5XA 3IFRA 3JXUA 4Q0BA 1GLFO 5J2QA 3GOIA 1L5UA 4JI7K 3V1OA 2RKHA 4BE0A 3PLAA 4FOEA 1RDDA 1SS6A 3V1QA 3TU5A 4AHTA 1QS4A 3Q7CA 3RSEA 3ATUA 2XO7A 4LF5K 3AVLA 3VEOA 4XIUA 1KAZA 3CF5L 3IS9A 2HBMA 1NGCA 1M90O 3FGUA 1Q8IA 2QXFA 2W41A 3DRSA 4LSLA 1VQPN 4PL8A 3DYAA 1J6ZA 3RVCA 2VWKA 3RWUA 1KFSA 3QB0A 1DEJA 2W40A 2I5JA 4YY3K 3PY8A 3HSCA 3HVTA 4BWMA 1ASVA 5AQHA 3OS2A 1DKGD 4CIFA 5H37A 3T69A 1QQMA 4YOTA 3KK7A 4OPJA 3T1HK 4FJIA 1RBRA 4CF2A 3Q7BA 4KH6A 3B8AX 1LV5A 3ULDA 4ILGB 3FLCO 1HKCA 4NB4A 4RCHA 4J2BA 2P9UB 4ZTFA 4MLHA 1Q9XA 4DSFA 2O8FA 3LP1A 2P9IB 1GOBA 4LF7K 4NXMK 4DS5A 5AZIB 3QLHA 3L0QA 2E2OA 1P22A 4E0DA 4FWNA 2FXUA 1RTJA 3VA0A 1RTDA 1GLDG 2P9PB 4PWDA 3CQYA 1K8KB 5AZJB 5HP1A 1FZ6E 1SKSA 4BR2A 1HLUA 3AVGA 4JKGA 3QEWA 1OH8A 1KD1O 3K5LA 3V1RA 3L6QA 4B3TK 2KHOA 4DTOA 3AVNA 5FLXO 1NGEA 4DV5K 4DF8A 1OH7A 3AVCA 3EZ5A 1BISA 3LDNA 2V7ZA 3L2RA 1ATNA 3R8EA 4OJRA 4RW4A 1YJNN 4GNIA 2PAVA 5HRNA 3NVMA 3BEXA 2D0AA 4Q5VA 4DFMA 2OA8A 2GUPA 4IT5A 3PO4A 3MAQA 4HTLA 5KTQA 3LP3A 4CHQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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