3SGUA

Crystal structure of methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-ump
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
213
structure length
212
Chain Sequence
NRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-UMP
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 212
sequence length 213
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sguA00
3QFEA 5T26A 1J5TA 1LLZA 5I3KA 1GG0A 1JUBA 1SW7A 5D2WA 3NPUA 5HUPA 1KLZA 4UXDA 1SZEA 1D9EA 1KM2A 1KV5A 2V9DA 3WJXA 1OFRA 3EX6A 3LDVA 4PEKA 1KM4A 1JRBA 1R47A 1R30A 3OIXA 4IMFA 4ZQMA 4OBTA 2CU0A 3I6RA 3DKJA 2H3DA 1S3HA 4KFPA 1TPFA 1YADA 3QPZA 2GJLA 1FXQA 4AXKA 3NQGA 4XTDA 1YTEA 5AYXA 1J2WA 3SZ8A 3MP3A 4ZL1A 3P8IA 2A21A 4FIRA 2YSWA 1O5KA 1CX9A 4WXZA 3USBA 2RDWA 5KZEA 3E49A 1ICQA 3P8JA 1OFBA 4UTKA 3G0SA 5LZLA 5EY5A 3UWUA 2Y6ZA 4ADUA 3MWAA 3QRHA 3DU0A 5K2ZA 4JTUA 3S1XA 2NV1A 2E5BA 3Q37A 3FYOA 3L2IA 4UTUA 3EKZA 2AQWA 1P0NA 3S1UA 1EX5A 2Z0IA 4LVDA 3STGA 5E1QA 2A7RA 4MJZA 4EVZA 1TTPA 2E77A 5FF2A 1OYBA 3TH6A 4OGZA 4LY8A 4BI7A 1TQXA 4IXXA 3NQFA 4JIQA 3STFA 4NX0A 1W1ZA 1HO1A 3PUDA 4JTSA 3S5ZA 4IWWA 3TUUA 3W1AA 5LHFA 3O63A 4O1AA 4Y6GA 2X1SA 4RJEA 3LV6A 4O52A 3GNDA 3BVJA 1LORA 1ZY9A 1QWGA 3PSVA 1U5JA 3QZEA 2CFFA 5F1UA 1QPRA 3LI0A 3W7QA 1DKWA 2YR1A 5HR7A 1JVNA 3LI1A 4WXYA 4UTMA 3E9AA 3DZ1A 3TQ0A 2BLEA 1G4EA 2V5LA 4N6FA 1MXSA 3SI9A 3UWZA 1IIGA 2WOQA 2OT0A 3M6YA 5HWNA 1GWJA 3W6YA 4S2BA 4NJGA 4LS2A 4HNVA 2NX1A 5KZDA 1C9DA 1LBLA 3L9CA 2O7QA 4POCA 5HNRA 4Z1AA 3KX6A 1XL9A 2X16A 3PS7A 2QR6A 1TPUA 1WXJA 2C19A 2PCQA 1VZWA 2VXNA 3W7KA 3QQ1A 3B8DA 1XCFA 1HFBA 4KKXA 1NFBA 4BK9A 1QNVA 4R7JA 4QISA 3GAKA 3CT7A 3MO7A 3PUOA 5D30A 3UY7A 4CNOA 5I3JA 3ZR4A 3E12A 1BWLA 3LHVA 3OEXA 1A5SA 3A22A 2DJXA 1BKSA 2G96A 3V75A 4CCDA 2ZQ0A 1T0OA 2QCGA 3P67A 2ZA2A 4UR7A 4QAIA 1R46A 4JIPA 3EXTA 1U83A 4LS0A 3U2OA 3ZFHA 4JTGA 3W1QA 4O19A 3PF3A 4JNMA 3W84A 2ALDA 3GDLA 3KVMA 8TIMA 2QUUA 3G3MA 3SJ3A 1X8FA 2ZCGA 3W2UA 3LX9A 3IRDA 3DBPA 4A22A 4RKAA 4ZQCA 2FB2A 4K7YA 4Q32A 4Z1DA 5HMSA 3E02A 1OFEA 1S5WA 3LCLA 1YTKA 1EWEA 3NQAA 5FEZA 5D2YA 2TYSA 5BW6A 2NXHA 3QYQA 2DP3A 3NAVA 2ZBTA 1MSSA 3C2FA 3NQ8A 3GYEA 3S6DA 1VH7A 2NWSA 4O8RA 1LYXA 3CHVA 4MYXA 3MHFA 2V82A 7TIMA 5F2LA 1TTIA 2YX0A 2C6QA 3TCEA 4OV4A 4DF2A 3CC1A 3L67A 4HHPA 4EF9A 1EPXA 1MEHA 3NQMA 3TU9A 1A5AA 2TPSA 4DPPA 3BW3A 1F7BA 4W9TA 1LROA 1A5CA 5H91A 4NNCA 4A3UA 4HN4A 3OG3A 5HWJA 3W1RA 4K8EA 4RXGA 5KSWA 5EMUA 1ZJIA 4IPIA 5HJLA 2CZEA 4IUOA 4Z08A 2JKAA 2V2CA 2P0OA 3L0GA 2QEZA 4IXHA 1FWTA 3T7VA 3W7DA 4NJKA 1TPVA 3N9SA 1XBVA 2H8ZA 3QW3A 4MY8A 5AC7A 2EF9A 2YFOA 4QNWA 4AWUA 2Z6IA 2Y63A 3EX2A 3EX3A 1KTCA 5G1YA 2X2GA 5U4NA 2FPYA 1FQ0A 1QR7A 1FDZA 1DHPA 2ZZ6A 1OABA 2J9ZA 4UIOA 4TO8A 1W5OA 2TSYA 2ZRUA 3FLUA 3HGJA 3CWNA 1FCQA 1KLYA 4IMEA 3A24A 1KW1A 3GDMA 1JCMP 3GDRA 3PB0A 3T55A 3VCRA 2E6YA 3S0CA 3IGSA 3WK1A 4PCFA 3MHGA 3W70A 1TPH1 1OX5A 1OFPA 4UR8A 2A2IA 3NQCA 2W0UA 3CLMA 3UY8A 4IGHA 1MEIA 5F1VA 1M7OA 1TV8A 3L0KA 2QCCA 5LNWA 3HGOA 3WJYA 1AW5A 3IVTA 3V1PA 3HIJA 1T8XA 2BTMA 2ZFAA 2FFCA 3W22A 3LCFA 4UUIA 3IIOA 3GDKA 1Y0EA 4NXKA 4J9JA 1K8ZA 2VFFA 3G1HA 1XM3A 2DZSA 3L21A 2A85A 3SGUA 3SIZA 4Y9AA 3W74A 3HQ1A 3PWAA 1TREA 5F2IA 3NEVA 5LGZA 3QEZA 1HO4A 1N8FA 4MY9A 5CPLA 4DEFA 1B57A 1K8XA 4NU7A 3R13A 4I9AA 3DFOA 3GB6A 4XQ6A 1VCVA 1IXPA 3UXAA 3NPXA 4WX2A 2A6LA 1SUXA 2WV8A 3H55A 4DO6A 2A6NA 3EX1A 1HL2A 3IVUA 4FNTA 1B4EA 2WNQA 2EAWA 3ABQA 3MI3A 1O94A 1W5MA 1H5YA 3B04A 1OF8A 3O6YX 2V8ZA 2VKZG 1T96A 1TJRA 3TJLA 4B5NA 1OYCA 4K6AA 3LHTA 1SZFA 2X1RA 1WAUA 5CPNA 3LCHA 2GVJA 5BMWA 1FX6A 4OQVA 1H7RA 5CZTA 4RV8A 1KM6A 4IMGA 1W54A 2JGYA 1KFBA 2GVGA 4GUJA 4IMDA 1W5PA 2KZHA 4CQ9A 1G6CA 5DN1A 2YXGA 3NZ1A 1H1YA 1FUYA 3CEPA 3S5OA 5D38A 3P60A 3SSJA 4OT7A 1GOXA 2V2DA 3VKJA 3QPYA 1LP6A 3NZRA 4IX0A 2EHHA 3P7YA 2CLKA 3MW7A 1EP3A 4WUIA 1FY6A 3TQVA 4FEZA 2JKEA 3TW6A 5DCDA 1YPIA 4LOCA 5AB3A 1FWNA 2YPIA 3LCGA 4PH6A 4YCPA 1N7KA 1XI3A 3B0UX 4LUJA 4UTIA 3L5LA 1LM1A 3LTSA 3O8AA 1EP2A 4UNLA 3GAYA 1OVDA 1ADOA 1EB3A 1P4CA 1W3IA 4RK8A 3N2MA 3W2JA 2RDUA 2ZRYA 4LVBA 4P61A 3O07A 3MJYA 1A50A 3TV8A 5F4WA 1O4UA 2V2HA 3HG5A 1UJPA 4X2RA 1ZAHA 3FKKA 3I7QA 4GWEA 1AW2A 4UMBA 4XBKA 4DQWA 2ZZ3A 3FEMA 3P74A 4JTLA 3DFTA 1GEQA 5FESA 4IPJA 4BFAA 3B05A 1W3NA 3C52A 1DORA 2R91A 4ZQPA 4JEQA 3DHFA 1WYIA 1FCBA 5G4WA 3W76A 4TIMA 4UMAA 4XZ9A 4DPQA 4GXMA 1XBYA 4KFNA 4UTJA 5LKYA 2OZ0A 3GKAA 5C2XA 1PV8A 5DCEA 4JX6A 1H51A 3GIYA 2WO5A 2FTPA 3EEGA 4DXVA 1TV5A 2JBMA 4MLRA 4AMAA 5ABTA 3NL2A 4YCOA 4UFLA 1TJPA 3PULA 1IIHA 1VPXA 2CLFA 2Y7FA 3DAQA 3KFTA 3T44A 1PL9A 3STCA 4DELA 3B4UA 3EXSA 4DF1A 3GVGA 4NJHA 5AHLA 1MEWA 2CZ5A 3QH2A 3VE9A 3NQVA 4AHOA 2ZA1A 2Z6JA 3ELFA 3GDTA 3NM3A 1M5WA 3P61A 4IMCA 2Y7EA 2ZRZA 1KA9F 1CW2A 3LCIA 3RK8A 4JN6A 4D2JA 3UPBA 3IIPA 2CZDA 4O54A 3UWVA 3P80A 4TR9A 3EB2A 4CQ8A 4Z1BA 2C13A 1ZFJA 5HQEA 1RV8A 4X3ZA 1OX4B 2GUUA 2GVLA 3DI0A 3RMJA 4LS1A 1T99A 2QJHA 4RR4A 3N14A 3W2NA 1KTBA 1F5ZA 2OCZA 2D73A 5CSRA 4QJ1A 3UXDA 1P0KA 1FDJA 4HPJA 3HJZA 3NPWA 1OX4A 4X9SA 2HS6A 3KVLA 5L9FA 3KRZA 4XTIA 6TIMA 2YFNA 4LUIA 3QF0A 4O1BA 4IOTA 4FNRA 4FX8A 3BARA 3ZS4A 2QUVA 1VYPX 4JY8A 2H3BA 1H7NA 2LLEA 1DL3A 5K4ZA 1GPWA 4EF8A 2BZNA 5I3GA 2QF7A 4NZJA 1YPFA 2XN0A 3L0NA 2Z1BA 4LW7A 1EEPA 3BLIA 4TMBA 3LTYA 5D37A 4NJJA 2CLIA 1TTQA 1LRNA 3IV3A 5CZSA 5D2XA 5BRBA 3RF9A 3PG9A 1RQBA 2DZWA 1H7OA 4GUFA 3LCWA 1ME7A 2VFGA 4UC5A 3QSTA 4FXRA 2OMAA 5G2HA 1OG0A 4JX4A 3PAJA 3LHWA 3EXRA 2GQAA 1Z48A 4LU0A 4MUZA 3CQ0A 2EGZA 1QO5A 2DZXA 3L65A 1R2TA 1YDOA 3CU2A 1G4TA 5A5WA 1FBAA 2BSLA 1DBTA 2X1UA 4LVFA 4KWWA 4UTHA 2CW6A 4MVAA 5FF4A 3DKLA 1KM1A 1PHQA 3U8GA 1TB3A 1HTIA 4NXSA 3TNOA 2IQTA 3IIVA 1SSDA 4NZFA 1EA0A 1SW0A 2WSQA 5FEXA 1F6PA 3TK7A 3INPA 3GR7A 5BNKA 3M0ZA 3WJWA 3C2RA 1O60A 2YGYA 3WJSA 2C15A 2PE4A 2B0MA 3G1SA 3W7CA 1E51A 2ZRVA 4O53A 4OWGA 3MMTA 2QCLA 3OVQA 3N9RA 4HIBA 1XUZA 1M6JA 3LXBA 1H63A 3LXAA 5CKSA 4JYDA 4QIUA 5AHFA 3W7JA 1Q6OA 2ISWA 3UQNA 3OA3A 1QOQA 5G5IA 1LOSA 1QMLA 3T40A 3C6CA 4YXGA 2I9EA 4QITA 3LOTA 5LNSA 2ZTKA 1FCUA 1Q6RA 1OYAA 2Y62A 1LDCA 1YYAA 5FI8A 4JTFA 3NM1A 5DCBA 1VHCA 3MP5A 2Q8LA 3STEA 4H6KA 2ZDRA 3PG8A 3VE7A 1H62A 3O1NA 5EKYA 3GXPA 3F1QA 3NQ6A 1FDYA 3B0VC 3TXVA 4WY0B 2F7FA 1DJQA 4OHQA 3ANYA 1AK5A 5G4EA 1AG1O 3LTPA 4RX0A 4AF0B 3A5VA 2RDTA 4GJ1A 2A4AA 3LRMA 5EPDA 3H54A 3P62A 3O05A 4CCCA 2ISVA 5MHBA 1Q3NA 2E5CA 2J6XA 3MBFA 1ONRA 4H3DA 4JTHA 4UFJA 1G69A 3RFAA 5D09A 1SO6A 4LC6A 1LCOA 1I2PA 4AF0A 1PE1A 4XKYB 1W56A 3S42A 1CI1A 1ME8A 1JR1A 1A53A 4YMZA 3CPRA 3MP4A 3HG4A 5K9DA 1SO3A 2VEKA 2CZFA 1OF6A 1LRTA 1MO0A 4HKPA 4QNEA 3WK0A 3UD6A 5LSMA 4LC8A 1WA3A 2ZZ2A 1GZGA 3HOJA 3SECA 4MLJA 1UCWA 3LLFA 3W7GA 3P5YA 4XKYA 1F2JA 3P5ZA 3TMQA 1TO3A 4K37A 3W88A 1SO4A 2VFEA 2CLHA 5LNVA 1HUVA 4M5PA 1ZENA 3EWXA 3BK0A 3BO9A 1VGAA 2EKCA 2VEIA 2E5DA 5D03A 3TFCA 4AWSA 3HB9A 3Q58A 4R34A 4UFKA 4N9CA 3R12A 4MOZA 5CGQA 2NZLA 4JDBA 1TSIA 4XWUA 3SFKA 4O17A 4MFDA 1I45A 4TX9A 2R14A 3K30A 3M5VA 3RNDA 3W7HA 3BLFA 4I7WA 3DGRA 5I3IA 2GQ8A 3TC7A 2XN2A 3TE9A 2QAFA 2B4GA 4IQLA 1AL8A 2ISSA 1A5BA 5FF7A 4ICNA 1I2RA 1LZOA 3QQ0A 2DU2A 1AW1A 4QQ3A 3FIGA 1AL7A 4O12A 3THQA 1IXOA 2JKPA 2WQPA 4O28A 4WOZA 5HINA 1WQ5A 5TQLA 5CSSA 4NNAA 5CPMA 2YCEA 3M5YA 4M7SA 3WJZA 1RQHA 4EOUA 4UTWC 4YLWA 1GQNA 2CLOA 1G4PA 1KFKA 2VFDA 1K7XA 1ICSA 3THAA 3TMLA 1V5XA 3ATYA 4EWND 1W31A 2WNNA 3NDOA 2VFHA 4A29A 1GYLA 2E6FA 2R94A 2XFWA 3MI2A 3MI6A 1JCYA 4LRSA 3TQKA 5AYZA 1SW3A 3NPVA 1H7XA 2BX7A 4PA8A 1LOQA 5AC8A 3EWZA 1PS9A 2H90A 4LV9A 5A8GA 1Z44A 3I65A 1FCVA 2ZTJA 4U4MA 1W37A 3HPZA 1I2NA 4XBSA 3W1UA 1EIXA 2QDHA 5DXXA 5D05A 1KM5A 2J9YA 1KM3A 3SR7A 1F73A 3TA6A 2ZZ4A 3RU6A 3TX9A 2V81A 4JD4A 3G3DA 4TU1A 1K3UA 3PBUA 4BF9A 1SR9A 3L66A 3FJ6A 3B03A 4IJBA 4JYFA 4A2RA 5F4SA 5C5YA 3PSWA 2FDSA 4JICA 3LRKA 4M6PA 4I7VA 3ATZA 3B0PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4AZ6 A;  1GHR A;  3T4C A;  2QJG A;  2WKG A;  2WM1 A;  3IVS A;  3LBC A;  4PBG A;  2ZZ5 A;  3O15 A;  4GQB A;  2W66 A;  3C3U A;  3PBY A;  1AJ0 A;  3V5C A;  1H1Z A;  3MUI A;  2GJN A;  3NZP A;  2DY3 A;  4K7V A;  3QV6 A;  2IPW A;  3GHT A;  1JCN A;  3P81 A;  4WK9 A;  1YDN A;  1ZJA A;  5CJN A;  4AD1 A;  2PLC A;  5CGM A;  2CHN A;  3FAW A;  4I90 A;  4R85 A;  3NDY A;  2I56 A;  1D2K A;  3F4N A;  4F66 A;  1UBS A;  2TAA A;  2VGI A;  3SCU A;  3VAV A;  4Q7N A;  4GKL A;  4OU1 A;  2CLL A;  4GYF A;  3EOO A;  3TIM A;  3TEV A;  2J7B A;  4WKF A;  4AWT A;  2ZZ1 A;  3LY0 A;  4H8N A;  4GIE A;  4ATD A;  1WZL A;  5HNT A;  4IQJ A;  4W86 A;  3FFS A;  3CZJ A;  2CBJ A;  3MO4 A;  1VIZ A;  1WE5 A;  2HDJ A;  3OLD A;  4RZ5 A;  1XLB A;  1F3T A;  3C86 A;  3U6W A;  4M81 A;  3VGE A;  1EBH A;  4RL3 A;  2BVW A;  2NUX A;  3RIT A;  3PWG A;  3PJT A;  1THF D;  4S3F A;  3C3N A;  5BU9 A;  1JQX A;  2ISF A;  4MAZ A;  2GL5 A;  2Y85 A;  4WKA A;  3S9Y A;  4PMU A;  3UWW A;  3VKD A;  3FYP A;  2R1N A;  1XXX A;  4DJE A;  4LEQ A;  2CHR A;  2G5W A; 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