3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
4Q5VA 4XIUA 3SUPA 1X9SA 5J2QA 1EKEA 1SKRA 4ELUA 1RBRA 1VSMA 1WSGA 4CEFA 1RT2A 2Y1JA 1JLBA 3V1QA 4BDZA 3TAMA 1JLCA 3QESA 1KRPA 5CYQA 3MECA 4B9UA 1RT3A 3TAQA 4DQPA 2X78A 1NKEA 4Z4CA 4N76A 2EHGA 1SL0A 3EY1A 5HRSA 5KRSA 4C8LA 3MAQA 3RRHA 5HRRA 4CHZA 1LWEA 2YNIA 2EX3A 3B6PA 3DM2A 4CK3A 5KRTA 4NCBA 2HVIA 2ITGA 4CJ5A 1NJYA 2OPRA 4M3TA 3SUQA 1VK0A 3QLHA 4FCYA 4NCAA 4HCCA 5FRMA 3LZJA 1S1TA 1X9WA 3NGYA 3MEEA 3OS2A 4C8OA 3NCIA 3TAPA 3QIPA 2OYQA 1EX4A 5FDLA 5HROA 1D9DA 5HRPA 1BCMA 1XHZA 4CHQA 4OKJA 4ELTA 3CFOA 3TANA 2OPSA 4CFBA 2YKMA 3PX6A 4LD0A 3ZSOA 4F2SA 2W42A 4C8MA 2G8UA 1S1VA 1R0AA 1BIZA 3JSMA 1L3SA 4CHNA 2OA8A 4BDYA 4O0IA 4KREA 4AHUA 3NGZA 1KLMA 4DTUA 3CQ8A 3U3GA 1BL3A 4CE9A 4CGGA 4KV8A 3VQ8A 3C95A 2BANA 4CGFA 4DS5A 4CEOA 1JL2A 5HP1A 3MXIA 4CF9A 3DMJA 3OVNA 4CESA 4RG8A 1YTUA 3I0RA 1C0TA 1NJXA 3VA3A 3OYJA 4FZYA 3HPGA 1ASUA 1YVUA 3TR8A 3D0PA 1RBTA 1DTTA 4DQQA 2BDPA 1CZBA 3ZT0A 4W5NA 4E7HA 4FLYA 1NK8A 3TARA 1QE1A 4CEDA 1SKWA 1HNVA 4O4GA 3AA5X 4DU4A 3LP2A 1LWCA 4DQRA 4DF8A 1KVCA 4AILC 3HK2A 1HRHA 4F4KA 1ASWA 3AA3A 1EP4A 3VN5A 3QEWA 1W9HA 4B8AB 4CHPA 5C42A 1TKDA 4CGIA 2XY5A 4Z4FA 4CJFA 4M3YA 3LP1A 4CECA 2DY4A 2G8FA 4FLXA 3SQ1A 1BQNA 2B4JA 1NJWA 1U49A 3DRSA 4J2EA 2F8TA 4PY5A 3WNFA 3SI6A 1UWBA 4N47A 3ALYA 4E19A 2RPIA 2HHTA 1JLQA 1NOYA 1BCOA 3KLFA 2DTUA 2BE2A 2QXFA 3VQ7A 4JS5A 1JLAA 4DLEA 3AA4A 1CXQA 1U45A 1WSEA 3HP9A 2VG6A 3L3VA 1KVAA 3ZSVA 1QTMA 4KFBA 1ZBIA 3OYGA 3B6OA 1TAQA 2YHAA 1S1UA 3PO5A 1WSHA 1ZBLA 1Q9XA 3UIQA 4FK2A 4E1NA 3AO2A 4DSIA 3NH1A 2HHVA 1RTHA 4CJLA 4AHRA 2G8VA 2FBVA 3ITHA 4FLTA 1REVA 3HYFA 4OLBA 1J54A 2HB5A 2NUBA 5T7BA 5KTQA 2O4GA 2XO7A 3HPOA 1BQMA 4CIEA 1UA1A 2D0BA 1TKTA 4J2DA 3VA0A 2LSNA 3NE6A 4UQGA 4FJGA 2XY6A 3KLEA 3OYFA 4DFKA 3SCXA 3RMAA 4CEEA 5D3GA 3L2QA 3SPYA 1KCFA 3AVBA 4WE1A 4DG1A 1LW2A 4FK4A 3RMCA 4YNQA 3DLHA 4DU1A 1UAXA 4LH4A 4R5PA 3LWMA 2P51A 3CFRA 4RW7A 1VSFA 4BE2A 4B9VA 3L8BA 3QEIA 5HRNA 4K8XA 2WONA 4N41A 2Y1IA 3DRPA 4KPYA 1RT7A 3ISNC 1SL2A 4KRFA 2P1JA 3HL8A 5CY4A 3TI0A 1HYVA 3P5JA 4GVMA 3K5OA 3QEPA 3LPUA 1HYZA 4AHVA 3PX0A 4LSLA 1LWFA 4PUOA 4E7LA 5KI6A 3IAYA 2HHWA 3MEDA 3FFIA 1A5VA 3MEGA 5J2MA 4FZXC 1X1PA 1NKBA 4M3UA 3K57A 2VWKA 3O3FA 4CEQA 2G8KA 4F2RA 3QO9A 4IG0A 4KI4A 4HUGA 1TK8A 2P5OA 4FJKA 1B92A 1JXEA 1VSJA 3ZSRA 3IS9A 4ZTFA 1ASVA 3AO1A 3AV9A 3NH2A 3KLHA 1NK6A 3PO4A 1Q8IA 4M42A 3T19A 1G15A 2OZMA 2JLEA 2DFEA 2HHSA 1DLOA 4KHWA 3AVLA 4CJUA 1Z25A 4W5QA 4F8RA 2KZMA 3QIOA 2HNDA 1T7PA 4DSJA 2XY8A 4G1QA 3WNHA 3ZT1A 3AVIA 3P83D 3HO1A 3HT3A 1WAJA 2IGIA 3KKSA 4DF4A 2D5RA 2DFHA 3AO3A 5CZ2A 3C6TA 2OZSA 3NF9A 1LAVA 4NYFA 4GW6A 4B9SA 3HM9A 3RWUA 3LALA 1WSFA 1QQCA 1RT5A 4IDKA 3V1RA 3V9ZA 1D9FA 1TAUA 3AA2A 1A5XA 3LZIA 3NF7A 3AO4A 2HMIA 3KD1E 4FZZA 3KTQA 4I7FA 3MXMA 2B6AA 4DMNA 2X6NA 1LV5A 2PY5A 2OPPA 1JL1A 1S1WA 2Z1JA 1N6QA 3KD5E 1J5OA 4CJ3A 1X9MA 4DFMA 3SV4A 3AVFA 1JKHA 4O5BA 1WNSA 3QNNA 3VQEA 1NJZA 4KTZA 1QS4A 1FKPA 1T03A 1L3TA 1WLJA 3PX4A 4QAGA 4KHSA 4KKOA 4W5TA 2IDOA 4W5RA 2D0CA 3RMDA 4BE1A 4FJJA 1RT6A 3LPTA 5CYMA 4CJSA 2ZD1A 5K14A 2PYJA 4IG3A 4JLHA 1K6YA 1VSKA 3QINA 1B9DA 1IO2A 1I3AA 1RILA 1C1CA 3O4QA 4PQUA 2FBXA 3QETA 4LSNA 2Z1HA 3ZCMA 4FYDA 3HVTA 4HCBA 3CM5A 4MFBA 1C0MA 2KZZA 1LW0A 1U47A 1TV6A 1XHXA 1IH7A 3DLGA 4CJRA 3KLGA 3A2FA 3NGIA 3DOLA 1RNHA 4FK0A 4CEBA 4TSXA 1RTIA 3OYCA 4AH9A 3K5MA 3S3OA 4FJLA 4Z0UA 3PY8A 3SYZA 2BGGA 3M8PA 1RBVA 2HNZA 4DTOA 1BGXT 3RMBA 4J2BA 3OYAA 1U4BA 4Z4GA 5E41A 4M3RA 2IAJA 3L2RA 5C24A 1KFDA 1U48A 2KTQA 1I39A 4KHYA 1HJRA 4M3XA 4AHTA 3L3UA 1TVRA 4CFCA 1NK5A 2X6SA 1NK0A 3DYAA 3OYMA 4JRQA 4B3OA 3L2WA 1JLEA 4Y1DA 3VQ4A 3OS1A 5J2PA 2HHXA 1NKCA 1WAFA 3OYHA 2FBYA 4E1MA 3SPZA 2X74A 3T1AA 5CZ1A 3L2VA 4FJMA 1S6QA 1XI1A 3BDPA 2ETJA 3AO5A 2YNFA 3LP0A 1FXXA 2VG5A 4EZ6A 4CJEA 4CGDA 3C94A 4CGHA 3EYZA 2O4IA 4FJIA 3MXJA 3PUFA 4CHYA 3M8QA 4E89A 4JS4A 4B9MA 4CIFA 4FJNA 2YHBA 1N5YA 3OYEA 3I8DA 3S9HA 4CF0A 3NBPA 1SV5A 3V9SA 3LAMA 3SV3A 2DFFA 3TAFA 2G8IA 2XRIA 3HP6A 3SJJA 4CF8A 4ID1A 1S9GA 1RBSA 1GOCA 1L3VA 3AVMA 3ULDA 2F8SA 2Z1IA 1S1XA 4BACA 1ZBHA 4FJ9A 3KLIA 4N56A 4ZTJA 4BDPA 1Q9YA 3CYMA 4YFUA 4F3TA 1IG9A 1RDBA 5I42A 4Z4EA 4DTNA 3QERA 4I2QA 1VSEA 2E4LA 1IKVA 1HQUA 4CJWA 4CF2A 3TAGA 2RN2A 3VQBA 4DQSA 1CZ9A 1EXQA 4DTXA 4KHUA 2IC3A 3LANA 1NK4A 3HJFA 4H4MA 4LY7A 4OPJA 1TKXA 4DTJA 3NF8A 1NOZA 1XC9A 1RTDA 3LWLA 1U04A 2Q3SA 4L8RB 3RR7A 1L3UA 3DLKA 2PYLA 3NDKA 1JXBA 3EZ5A 3SZ2A 1DTQA 3QEXA 3SUNA 2GV9A 4CK2A 3V9WA 1C0UA 4E7IA 2XY7A 2G8HA 4C8NA 3M8RA 5FRNA 4CFAA 4FLVA 4O0JA 1QSSA 4EP4A 3G10A 3SQ0A 4K8ZA 1J53A 1IKYA 5C25A 1BI4A 3C6UA 4E0DA 1C1BA 2KFZA 4DSKA 4KTWA 4QCLA 1RDCA 4NYNA 3VQCA 2JGUA 1D8YA 3ZSQA 1VSLA 3HPHA 3S3MA 1ZBUA 2HW3A 4FLUA 4DFPA 4EP5A 1TK0A 3D45A 4ID5A 4BWMA 1HYSA 2YNHA 4O55A 3OYLA 1KFSA 4FJ7A 3OYDA 1J9AA 1FK9A 1EETA 1C6VA 4KB0A 4Z4HA 3CFPA 3QEVA 3H08A 3ZT2A 1C1AA 1XWLA 4FW1A 4JRPA 3F73A 4OJRA 1ITGA 3V9UA 4CCHA 3ASMA 4FW2A 4EZ9A 5DMRA 4HHTA 2AJQA 3K2PA 4DTSA 4IFYA 2YNGA 4M41A 4DS4A 1T05A 4BWJA 1RDDA 4E7KA 2A1RA 1QHTA 1FKOA 3L2UA 4DQIA 3G0ZA 3OJUA 3IRXA 2QKKA 1KLNA 4B9LA 4DTMA 3ZT3A 1VSHA 4DU3A 4FLZA 1RCHA 4DTPA 2A1SA 4CGJA 4HTUA 4FM2A 3DLEA 3HXMA 4I9QA 1GOAA 3ZSZA 2G8WA 2FBTA 1HNIA 2QK9A 2YKNA 4CJQA 3S3NA 1NK9A 4M45A 1BI4B 4DFJA 3U3YA 3TAEA 3LP3A 3O3GA 3P1GA 4B9TA 3TWHA 4PWDA 4CHOA 1TGOA 1CXUA 2E6MA 4GMJB 3NFAA 3DLRA 4Y1CA 3VQAA 4FJ5A 2GUIA 4OKKA 3VQ5A 3ZT4A 1Z26A 4FJXA 4HUEA 3T3FA 1S6PA 5J2NA 3SQ4A 1QSLA 4FXDA 1HPZA 4KHQA 4OGCA 1QSYA 4H4OA 1UOCA 3TABA 1VRTA 2P5GA 4FM0A 3K59A 3QNOA 4DTRA 3NAEA 4FM1A 2F96A 3KK3A 3OJSA 3KKRA 1RDAA 5KGWA 3RTVA 2ATQA 3V1OA 4HVJA 3V9XA 4CJKA 1TK5A 3HSTB 5DK5A 1MU2A 1TL1A 1IKWA 2RKIA 3E01A 3M8SA 2RF2A 2Z1GA 3RR8A 4DWIA 3WNEA 3DLBA 4Z4IA 3SQ2A 3AVNA 5HBMA 5FROA 4CJ4A 3KJVA 1KSPA 4RW9A 4N5SA 2D0AA 3AVHA 4H8KA 3BGRA 1VRUA 4RW8A 4B08A 5KGXA 3VQQA 4IBNA 3PV8A 2HVHA 2KQ2A 3I0SA 4CK1A 4OLAA 1O1WA 2FC0A 3AVGA 4KAZA 3DI6A 4IFVA 4OPKA 1SKSA 4KTQA 2KFNA 1JLGA 1F21A 3OYIA 1TKZA 1LAWA 1Y97A 3VQ9A 1NK7A 4FVMA 3VQ6A 1WSJA 3HVRA 4E7JA 4B9NA 3V6DA 1HQEA 4CIGA 1UA0A 4Q0BA 2HNYA 4OKEA 5JS2A 4KO0A 4CFDA 4DSFA 4CJPA 1CLQA 2ZQBA 4RW4A 3RRGA 4DSLA 1RTJA 4ICLA 2E6LA 5HLFA 3NHGA 1TL3A 1VSIA 2ZE2A 3SNNA 2VG7A 2IS3A 1BHLA 3F9KA 5I3UA 3LDSA 1S5JA 4W5OA 3OS0A 3AVKA 1W0HA 3ZSYA 3V4IA 3NH0A 3AVJA 3ZSWA 1RBUA 4B8CA 4PA1A 1KTQA 4NCGA 1SUQA 4MQ3A 4LH5A 3O3HA 4ZHRA 2YV0X 3JYTA 4F3OA 2XHBA 4AHSA 4E3SA 3V81A 1S9EA 4CJVA 4OVLA 1L5UA 2B5JA 4CEZA 4FLWA 4CJTA 4CF1A 4KB1A 1D5AA 3ZSXA 3K5NA 2OPQA 3CM6A 1B9FA 4M3ZA 2HHUA 3WNGA 1KVBA 4FJHA 4J2AA 2WOMA 4O44A 3SUOA 4OGEA 2R7YA 4DSEA 1YT3A 1GOBA 3DOKA 4BE0A 4C8KA 3THVA 4CEAA 1RT4A 1VSDA 1JLFA 3LAKA 1BIUA 3K5LA 1ZYQA 1A5WA 5EU7A 2KW4A 4KI6A 4AHCA 4RW6A 4I2PA 4HUFA 2GBZA 2VWJA 4M3WA 3VQPA 3OYKA 3K58A 1SL1A 3OYNA 3DRRA 5SZTA 1ZBFA 3AVCA 3KK1A 2I5JA 1WN7A 2HHQA 1YTAA 5SWMA 3VQDA 1RT1A 1WSIA 3CG7A 3KIOA 4FJ8A 4I9LA 2IOCA 2PZSA 3U6FA 3O4NA 5JS1A 4CERA 3KK2A 3AVAA 3OY9A 4IKFA 4DLGA 1IKXA 1T8EA 1BISA 1HMVA 5J1EA 4KHNA 3NF6A 4ELVA 3OYBA 2QKBA 4QOZB 3IG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Q5V A;  4XIU A;  1XNQ K;  4FO0 A;  3SUP A;  1X9S A;  1SKR A;  5JVH L;  1WSG A;  4CEF A;  4OO1 J;  1JLB A;  3V1Q A;  1J5E K;  1DGK N;  2OAN A;  3TAQ A;  2X78 A;  3IMX A;  1SL0 A;  4Y0W A;  3RRH A;  3THW B;  1IBM K;  2EX3 A;  4AM7 A;  5KRT A;  2ITG A;  3TTD A;  1JW2 A;  2OPR A;  4M3T A;  3H6E A;  1NJY A;  4HCC A;  5FRM A;  3LZJ A;  1S1T A;  4K41 A;  4C8O A;  2Q0U A;  5GIO A;  5HRO A;  1BCM A;  3RVC A;  4LD0 A;  2NRV A;  2W42 A;  2G8U A;  1S1V A;  4DR2 K;  1BIZ A;  3JSM A;  3CCV N;  4BDY A;  4O0I A;  1CZA N;  4EHU A;  3U3G A;  4CGF A;  1QHA A;  2E20 A;  1HKG A;  2V52 B;  3VGK A;  4CES A;  1YTU A;  2P9K B;  1NMN A;  4FSV A;  4YOX A;  5BRF A;  3TR8 A;  3GOI A;  1DTT A;  4LF8 K;  1CZB A;  4E7H A;  2JHA A;  2FSN A;  1QE1 A;  3MN5 A;  4CED A;  5AQI A;  4PKH A;  3AA5 X;  4K25 A;  2I7P A;  4AKH A;  4DF8 A;  4DQR A;  1FYZ E;  3U9Z A;  3FGU A;  1XVD E;  1HNZ K;  4F4K A;  3VN5 A;  3J2P A;  4NLC A;  1TKD A;  3HGK E;  5C12 A;  1DKG D;  2DY4 A;  4PY5 A;  3DRS A;  4A2B A;  3TPQ A;  3WNF A;  4EAH D;  4N47 A; 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