3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
4ID5A 4FCYA 3FFIA 1HJRA 5E41A 4W5TA 2E6MA 3ZSZA 4LH4A 4DTXA 2GUIA 4CFAA 5CYQA 2OPPA 2PZSA 1U47A 1WSIA 1JL2A 4M42A 4OKKA 4KI6A 2A1SA 3ZCMA 3F9KA 1NKCA 3ULDA 2JGUA 3ALYA 4OGEA 2O4IA 5HP1A 3G10A 4DG1A 3KLEA 1IKVA 4B9SA 1TL3A 1T05A 3L2WA 3OJSA 1MU2A 4OPJA 2G8HA 3PV8A 3QO9A 3NH0A 4FVMA 3HYFA 1ZBHA 4FJXA 1NOZA 1YVUA 4FW1A 5CZ2A 3ZT1A 3VQEA 3I0SA 4DQPA 2B4JA 4B08A 3V1RA 1G15A 4FLXA 2OPQA 3CYMA 1DLOA 3C6TA 1RBTA 1RTHA 4EP4A 2HNYA 1NKBA 4KHQA 3MECA 3S3OA 2OPSA 4CCHA 4DSIA 4M41A 1U45A 1JLAA 3LPTA 2FBVA 1SKWA 3C95A 1KFDA 1FK9A 4KB1A 2EHGA 1S6QA 3NH1A 1KRPA 4OLBA 1T8EA 1CZBA 1JXEA 3RR8A 5HROA 1W9HA 1RT7A 3IS9A 3SUQA 1KVAA 3KIOA 3F73A 3S3MA 4FM0A 3CFPA 4DWIA 4W5QA 4KB0A 1ZBLA 3SUPA 3TAGA 3VQPA 3CG7A 2XO7A 3HT3A 4N5SA 1S5JA 3VQ6A 2D5RA 2VWKA 3O4QA 1BI4B 3O3HA 3V4IA 3LP3A 1XHZA 4IDKA 4CEQA 1BQMA 1TAQA 4CFDA 4CGJA 1GOCA 3SCXA 4CFCA 3SPYA 4KFBA 1NOYA 3QEPA 4FJ7A 2E6LA 3VQCA 3LALA 4HTUA 4KRFA 1HRHA 3HPOA 3KJVA 4FLTA 3LAMA 2OZSA 3OYCA 3HK2A 1N6QA 3NF8A 1JXBA 4CHQA 4K8ZA 2HNZA 3NBPA 5HLFA 4CJ3A 2I5JA 4DQRA 2G8UA 4QCLA 5J2MA 2OYQA 3V9UA 3NGYA 4CGHA 3OYKA 4Z4HA 1RT5A 3CM5A 4O0IA 3L8BA 3EY1A 4CEOA 5C24A 1QQCA 1EP4A 5SZTA 3MXJA 3AVGA 1J9AA 3ITHA 4DQIA 1NK9A 4RW6A 4CJVA 4M3UA 5CY4A 4IKFA 1NK6A 3I0RA 4C8KA 1Y97A 1F21A 4H4MA 2FBYA 1FXXA 3DLHA 4CK1A 5HRSA 2YKNA 5HBMA 1BISA 4BE1A 4DSLA 4N47A 4AHSA 4E7KA 1VSIA 4Z4FA 3ASMA 4C8OA 2OPRA 3HSTB 3OYJA 4EZ6A 3AVBA 1UA0A 3HJFA 1TAUA 4O5BA 3HXMA 4CEAA 3ZT2A 4BE0A 4B9NA 1WLJA 1TKDA 1UOCA 1X9MA 2KZMA 3NHGA 3CQ8A 3QEIA 1S1XA 4IBNA 1C1AA 1HPZA 4KV8A 1HQUA 3CFOA 3OYFA 2G8IA 1XI1A 1A5WA 4FJJA 3C6UA 3T19A 4N76A 1RDCA 2X6NA 3HP9A 1QSSA 4B9MA 5J2NA 4HCCA 5FRNA 4DTNA 4FK4A 4RW7A 2IDOA 5KTQA 4DSJA 1QTMA 3ZSOA 4Q5VA 2OZMA 1RBRA 4L8RB 3G0ZA 1S6PA 4DTOA 1WAJA 2HHQA 1VSKA 1RT2A 1D5AA 4F2SA 1I39A 3WNHA 1TK0A 1HYSA 4F3TA 4Z0UA 1TKXA 3T1AA 1WSHA 4OKEA 4J2AA 3KLGA 3NDKA 1B9FA 2KZZA 2O4GA 4ZTFA 2FBXA 4DQSA 1NK8A 4J2BA 2HHXA 3SUNA 4CESA 3K2PA 5JS1A 2EX3A 3LANA 4DS5A 1EX4A 4IFYA 3VQ5A 1IH7A 2GV9A 3TANA 1HMVA 4BWMA 1NK5A 1X1PA 3TAQA 3U3GA 4DSFA 1JLFA 1TV6A 1VRTA 4CERA 3OYDA 1JLEA 3RMBA 4FK0A 4EP5A 1J53A 4FJ5A 1VK0A 3I8DA 4OJRA 4UQGA 2IC3A 3AVKA 3LWMA 1CXUA 3SI6A 4FLVA 4FM1A 1D8YA 5J1EA 5HRPA 3AVFA 3AVAA 3MXMA 2ATQA 1KLMA 3TAEA 2ZD1A 4CK3A 1A5XA 3PO5A 1RT6A 3SUOA 2BE2A 4Z4EA 3HL8A 4KPYA 4ELVA 2XY6A 3B6OA 4B8AB 5J2QA 4PY5A 4CF9A 4ZTJA 4B9VA 2XRIA 5K14A 1RT3A 3DLKA 4ZHRA 1IO2A 1K6YA 4HUEA 3HO1A 4KKOA 4BACA 4CGDA 2QKBA 4M3WA 1C1CA 1WSFA 1XHXA 3SJJA 1LW0A 4RW4A 4CGGA 2W42A 1BHLA 4QAGA 4FJNA 1CXQA 1KFSA 2D0AA 2XY7A 2Y1JA 4CJQA 3NF9A 1REVA 3CM6A 4KTWA 3RMDA 3NCIA 3LPUA 4I2PA 3U6FA 2BANA 1B92A 2F8TA 3NF7A 4YNQA 1TKZA 4OLAA 4O55A 3RRGA 2P1JA 4KI4A 2YNHA 1ZBIA 2YKMA 3NH2A 3MEDA 1QSYA 4FZYA 4FLZA 1Q8IA 2X78A 3OYHA 1UA1A 1L5UA 2AJQA 1NJXA 1RTIA 1W0HA 1QS4A 3HVTA 4LSNA 2E4LA 2XY5A 4DTSA 1LAVA 3NE6A 4KAZA 4ICLA 3S9HA 3OS2A 2F96A 1RDDA 1VSDA 4CJPA 2Z1JA 3WNFA 2HVHA 3HVRA 4JRPA 4HHTA 4F2RA 3EZ5A 4JLHA 3K5LA 1WSEA 4F8RA 4NCBA 4KHYA 1C1BA 4KHNA 4CIEA 4PQUA 3VN5A 4E1NA 1WAFA 3D45A 1BGXT 2ZQBA 4BWJA 4GW6A 3M8QA 3PO4A 2RKIA 3L2RA 1ZBUA 3AA3A 4F4KA 3VQAA 4DLGA 1IKXA 4AILC 1BIUA 5C42A 1KCFA 3SQ2A 4WE1A 4FJGA 3S3NA 1D9DA 4DTRA 4H8KA 3KK1A 5J2PA 3QEWA 4O44A 3UIQA 3PUFA 1L3VA 1JL1A 4DTMA 1Z26A 4EZ9A 4BDZA 1NK0A 3KLHA 3H08A 4DFMA 2D0BA 3AV9A 1RNHA 3SQ4A 4KHUA 1GOBA 3AA4A 2F8SA 3OYIA 2ZE2A 4PWDA 3DI6A 3V9WA 1ITGA 5KGXA 4NCAA 2G8WA 5JS2A 4FLYA 3MEEA 4BDPA 5C25A 4AHRA 1S1TA 3VQ9A 2G8VA 1WN7A 1QE1A 1J5OA 1FKOA 4FLUA 2A1RA 3LAKA 1TVRA 1XWLA 1LAWA 3PX4A 4FJ8A 4F3OA 1VSJA 3OYGA 1NJWA 4CEDA 1U48A 2D0CA 2YHAA 3RR7A 1Z25A 3M8SA 3QNOA 4B3OA 3VA3A 3BDPA 4CGIA 1EKEA 1BI4A 4CJRA 3VA0A 3OYLA 2HHWA 1WNSA 4BDYA 3SV4A 4CFBA 1KVCA 5KRTA 2KFNA 3JYTA 1LWCA 4CHYA 5D3GA 1VSLA 4E7JA 1T03A 3AO3A 3KLFA 1LV5A 3NFAA 5FRMA 4FYDA 1S9GA 1CLQA 1I3AA 4HVJA 1UWBA 3AVNA 1L3TA 3CFRA 3AO4A 4Z4IA 3MXIA 1RCHA 3K5MA 3SQ1A 2YHBA 3O3GA 4R5PA 4BE2A 3SZ2A 3TARA 3AA2A 1NJZA 1S1UA 4W5NA 4LY7A 4DU4A 1R0AA 5FROA 2QKKA 1IKWA 3K5NA 2KQ2A 4Z4GA 4KTQA 2DTUA 4HCBA 2G8FA 1VSFA 4GMJB 3M8RA 2JLEA 4ELUA 5KGWA 1VSMA 1JLGA 5EU7A 1SKSA 3RMAA 5KI6A 3QNNA 2ITGA 3VQ8A 1RT1A 2FBTA 3DOLA 4AHCA 2DFHA 4DQQA 1SL1A 4CJLA 2Z1HA 1L3SA 2HHSA 3KD1E 1ASWA 4RW9A 2IGIA 3OYBA 4NYNA 4KHWA 4CF1A 5T7BA 1HYZA 3VQQA 4W5OA 4HUGA 1VSHA 3OS0A 1X9SA 4E7LA 2PYJA 3L3UA 3V6DA 4FZZA 2HHTA 2P5OA 1GOAA 4CJ5A 1U04A 4DFJA 1J54A 2HNDA 3IG1A 3IRXA 4NCGA 3KKSA 2HW3A 4FW2A 2B6AA 4OKJA 4M3XA 3OYMA 4N41A 1DTTA 1S9EA 3L2QA 1NK4A 3LP1A 4FLWA 2P5GA 3DLEA 4FJLA 4E89A 4I2QA 3DOKA 3OJUA 1TK5A 1Q9YA 3O4NA 4CJUA 3OYAA 4DF8A 4CJTA 4B9UA 3TABA 2X6SA 3VQ4A 3OVNA 1HQEA 4LD0A 2DFFA 3D0PA 4E1MA 4CJSA 4AHTA 3AA5X 5KRSA 4DU1A 1QSLA 4PA1A 5CZ1A 1UAXA 3AVHA 1TK8A 2Z1GA 2XHBA 4I9LA 2RPIA 3AO5A 3V9XA 4E7HA 4J2DA 4JS5A 4CGFA 3DRPA 5CYMA 1KTQA 4IFVA 4E19A 2BDPA 4ID1A 5I3UA 4FJMA 4CHNA 1C6VA 4CF8A 3AVJA 4RW8A 4B9LA 2BGGA 4CF0A 3SYZA 1TKTA 2P51A 3AO1A 4CJEA 3ZSQA 4KHSA 3ZSYA 1RTDA 4I7FA 4AHUA 3DYAA 1X9WA 3DLBA 3P1GA 1YTUA 3MAQA 2KW4A 3DM2A 4DMNA 1RILA 3THVA 4OGCA 1BCMA 1IG9A 3LZJA 1QHTA 1SKRA 2IS3A 1RDBA 2G8KA 2QK9A 4DFPA 3K59A 1S1WA 3L2VA 4YFUA 2QXFA 3K5OA 3LP2A 4PUOA 3TR8A 3HM9A 2HVIA 1L3UA 1YT3A 4DSKA 1O1WA 2OA8A 5FDLA 4M45A 4DFKA 4JRQA 3AVLA 2IOCA 2Y1IA 4O0JA 2KTQA 3QEXA 2FC0A 3ZSWA 4CK2A 1JKHA 3QINA 3QETA 3SQ0A 3OYNA 4DTJA 1RBVA 1TL1A 2YNGA 3ZSXA 4CJKA 4DLEA 2B5JA 3V9SA 3SNNA 1EXQA 4I9QA 4CECA 3TI0A 3DRRA 4AHVA 1NKEA 1JLQA 1ZYQA 4E3SA 3NAEA 3AO2A 2PY5A 1BCOA 1CZ9A 4FJIA 3V81A 4FJKA 3A2FA 2WOMA 4CHOA 3TAMA 1DTQA 3ZSVA 4CEEA 4CJFA 4CHPA 3RMCA 3RRHA 2XY8A 3TAPA 2HB5A 5HRRA 4CF2A 1D9FA 1ASUA 1WSJA 3QIPA 3NGIA 5SWMA 4DSEA 3RTVA 4ELTA 2VG6A 3OY9A 3ZSRA 3QIOA 2GBZA 4AH9A 3TAFA 1KLNA 4HUFA 1BL3A 1JLBA 3ZT3A 4XIUA 4CE9A 3PX6A 3E01A 3AVIA 3P83D 3PY8A 2LSNA 1VSEA 3OYEA 1RBUA 1T7PA 4FZXC 3C94A 3KD5E 3IAYA 3HPGA 1HNVA 2YNIA 4G1QA 3ZT0A 3LDSA 1HNIA 4LH5A 3NGZA 4QOZB 4O4GA 4J2EA 3DLRA 5I42A 4CJWA 4B8CA 1VRUA 3VQ7A 3LP0A 2DFEA 1FKPA 4RG8A 4KTZA 2PYLA 4C8LA 3WNEA 4NYFA 3DLGA 2DY4A 1LWFA 2HHUA 4CEFA 3T3FA 2VG7A 3QESA 1C0UA 2Q3SA 4FM2A 3B6PA 2HMIA 4FK2A 1JLCA 3KKRA 4Z4CA 2ETJA 3LWLA 3V1QA 4DS4A 1U49A 2YV0X 1U4BA 4H4OA 3QLHA 4CJ4A 3LZIA 2IAJA 3KK3A 1XC9A 4IG0A 3ZT4A 1ZBFA 1BIZA 1IKYA 3VQDA 3U3YA 1A5VA 1S1VA 4FXDA 4DTUA 4K8XA 3SPZA 4DF4A 4CIFA 1SUQA 4FJ9A 3L3VA 3HPHA 1BQNA 3M8PA 2NUBA 1LW2A 2WONA 3K58A 2RN2A 3RWUA 3ISNC 4C8NA 4M3RA 4W5RA 1SL2A 4E7IA 5DK5A 4Q0BA 2KFZA 3WNGA 3V9ZA 3DMJA 2Z1IA 2RF2A 4CEBA 4JS4A 2R7YA 3QEVA 1KVBA 1WSGA 2X74A 4CHZA 2VWJA 3VQBA 1YTAA 4E0DA 1KSPA 4CEZA 1EETA 1C0TA 4C8MA 3HP6A 1RDAA 3K57A 4B9TA 1Q9XA 3JSMA 4OPKA 4MFBA 1RT4A 1C0MA 3P5JA 1N5YA 4Y1DA 3EYZA 4DTPA 3QERA 3BGRA 5HRNA 3KK2A 2HHVA 3OS1A 1HYVA 1TGOA 3KLIA 1RTJA 3AVCA 4M3YA 3NF6A 1B9DA 3SV3A 3DRSA 3AVMA 4LSLA 5DMRA 1NK7A 4IG3A 4CIGA 4TSXA 4OVLA 3PX0A 4GVMA 2YNFA 4M3ZA 3KTQA 4DU3A 3L2UA 1RBSA 3O3FA 3TWHA 1SL0A 4FJHA 3V1OA 1ASVA 4Y1CA 1SV5A 4M3TA 4N56A 3MEGA 1LWEA 4KO0A 4MQ3A 4KREA 2VG5A 1NJYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5FPDA 2F4VK 3VTIA 3LANA 4K43A 2WTUA 3ZETA 5AQPA 3TANA 4BY9C 3KLHA 2ZJQL 3I8DA 2D1KA 1JCGA 3M3ZA 1QQMA 2IC3A 1CXUA 3SI6A 1NLVA 5HRPA 3AVAA 3MXMA 1X3MA 2ATQA 1KD1O 3TAEA 1RT6A 2P9KA 3B6OA 5J2QA 4ZTJA 4B9VA 1RT3A 4ZHRA 1K6YA 4BR4A 4M3WA 2P9PB 1BHLA 5M1QA 3C6NB 3VF6A 2YJEA 3FFKB 1KFSA 3ENOA 4KH6A 2Y1JA 4CJQA 4LF4K 4ILGB 2NRXA 4I2PA 3U6FA 2BANA 2QWLA 4GKJK 3J80O 1FZ6E 4O55A 3CMAN 1ZBIA 2YKMA 2QM1A 3MEDA 5AJ3K 4FZYA 1N1CA 3OYHA 1L5UA 1VAZA 1W0HA 1QS4A 2E4LA 4DTSA 3G4SN 4U7BA 3THYA 2GEMA 3MX5A 4CJPA 2Z1JA 3TU5A 3HVRA 4H5VA 5M1PA 4HHTA 3VPZA 4XH4A 3LDQA 3VN5A 2B7MA 5LMNK 1WAFA 1BA1A 3D45A 1BGXT 1KAYA 4F4KA 3L2RA 3AA3A 3L2OB 5AQMA 3MN5A 4BC5A 1BIUA 2E1ZA 3NVKA 4JI3K 1N33K 4FJGA 1BDGA 1D9DA 3A5LC 4DTRA 4H8KA 5J2PA 4O44A 3WXMB 3UIQA 3PUFA 4PKHA 3ZYYX 3C6OB 4DTMA 2NRTA 4BDZA 1ILYA 2P9NB 2D0BA 3AV9A 3OYIA 3LD8A 3C7NA 3D2FA 3J27A 4IEIA 2G8WA 4B1ZA 5KPRA 4ISFA 1WN7A 1MWMA 5AQHA 1J5OA 1FKOA 4CD3A 2A1RA 4NXNK 1WOQA 2E1YA 3HTVA 3FZFA 1NJWA 3RR7A 3M8SA 3H6EA 4CGIA 3ULEB 1EKEA 1OVYA 1QVGM 4KBOA 5F0XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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