3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
3KLHA 2A1SA 2F8SA 3LP2A 4DSFA 3NGIA 1RT1A 4DTJA 1VRUA 3TABA 4RW8A 5E41A 3SQ1A 3MECA 3DOKA 3THVA 4FJHA 4Y1DA 2Y1JA 1LWFA 1YT3A 4GW6A 5C24A 1VRTA 4W5QA 1TAUA 3KLEA 1W9HA 3OYHA 4KFBA 1RT7A 4AHSA 1DTQA 5HRRA 3NAEA 2WONA 3LZIA 3LWLA 4Z4HA 4FJ7A 1X1PA 4QCLA 3OY9A 1L3VA 1SKRA 1JLAA 4FJ5A 1VSIA 3D0PA 1YTUA 1RT6A 3RRHA 2YNIA 4IFVA 4CK3A 4DQIA 4HCBA 3B6OA 4AILC 3OYAA 1TKXA 4KB1A 3SI6A 1RDBA 3V81A 3AVJA 3KD5E 4DSJA 4Z4FA 4KB0A 3HPGA 1LWCA 4E1MA 4B9SA 4K8XA 1HYZA 4DU4A 2P5OA 3QIPA 4QOZB 2AJQA 1KLMA 5CYQA 1RBSA 2GUIA 4FM0A 1HJRA 3M8PA 1RNHA 3L2UA 4HTUA 4FM2A 1KRPA 5C42A 2ATQA 4Z4CA 1ZYQA 3DLHA 1RCHA 3AVKA 4IG0A 4M3YA 3KIOA 3AA3A 4FJXA 3KLGA 3HM9A 3P1GA 1L3UA 2F8TA 3ZSWA 1VK0A 4CEQA 4CESA 4DTOA 4HUFA 5HLFA 4CEZA 4BDPA 3T1AA 2X74A 4XIUA 2YNFA 2P5GA 1D5AA 2Q3SA 4DTXA 3AA2A 1QS4A 3P5JA 3OYNA 2HNYA 3NH2A 3EZ5A 3SQ2A 5HRNA 5JS2A 5CZ2A 4BE2A 3V9WA 3L2VA 2XY5A 2PYJA 2HHSA 4O0JA 1BIZA 1SUQA 3NE6A 2HNZA 4ZTJA 5FRMA 3DLGA 4ID5A 1ITGA 1JL1A 5EU7A 4N5SA 4DLEA 3SYZA 3S3OA 1D9FA 2G8FA 3NF7A 4HHTA 4CJPA 3AVCA 3SZ2A 1F21A 3C94A 3NF9A 2QKKA 1VSLA 3IAYA 3KK1A 4CEBA 3PY8A 2D5RA 3QLHA 1JXBA 4TSXA 1CXUA 3IS9A 3CFOA 3SUPA 2G8HA 4CF9A 3QNOA 1S1WA 2BANA 4GMJB 3ZT1A 1XC9A 2EX3A 1VSDA 4LSLA 3AA4A 4CFAA 2D0CA 1SV5A 4OKJA 5CZ1A 3OS2A 3TAMA 4CGHA 1J53A 4N56A 1TKDA 3ZSXA 1WN7A 2YKMA 4J2EA 1ZBHA 3TANA 3HVRA 4H8KA 1L3SA 4CJQA 4DSLA 3OYGA 3HO1A 4FK2A 1J54A 4DFPA 3RTVA 3OVNA 1REVA 1BQMA 4MFBA 1A5XA 2G8UA 4DSEA 1LW0A 3SCXA 4FJLA 2B5JA 4JRPA 2O4GA 2IGIA 3TWHA 3ZSVA 3U3YA 2A1RA 1T8EA 4DTNA 1IKVA 2G8KA 3QESA 1RTHA 4Q0BA 1RTJA 4CGDA 2FBVA 3ZSZA 2KTQA 1RTIA 3O3FA 1HQEA 3DRSA 3L8BA 4PQUA 3K59A 3OYKA 4CHQA 1BL3A 4FJ9A 1RILA 3KKRA 3VQ6A 1LAVA 3QEPA 3SPZA 5HP1A 3K5LA 4FLWA 3SJJA 3QERA 4FLYA 5C25A 3OYIA 3OJUA 4E7KA 4Z0UA 1WAJA 1U4BA 4KKOA 3VN5A 2DFFA 4CHPA 4M3XA 2NUBA 4CECA 1TL1A 2DTUA 2HB5A 1G15A 5SWMA 4W5OA 2O4IA 1NKBA 3E01A 3ASMA 3V9UA 3NBPA 3V1OA 1KFSA 2IS3A 4DTPA 1I3AA 3RWUA 4KPYA 4DTSA 1HQUA 3V6DA 4FJMA 4DTUA 4CK1A 4CGGA 5HRSA 3HJFA 3C6TA 3NFAA 3KK2A 4PUOA 4KREA 4DQSA 3SQ0A 1WSGA 3G10A 3AVLA 2P1JA 5FDLA 4CJ3A 4CJUA 3AVBA 4FYDA 4EP4A 4BE0A 3OYBA 4KTWA 1JKHA 4LH4A 1UA0A 5J2PA 1KTQA 3I0RA 4B8CA 1RDAA 1Y97A 4RW9A 4KI4A 4JS4A 2YHBA 4J2BA 1CZBA 1KVAA 3SUNA 4O0IA 3LPTA 1HYVA 3OYEA 1QQCA 3MXJA 3ISNC 1BCOA 3M8SA 3QINA 4DF8A 3WNGA 4AHTA 1WSHA 4O55A 3O3HA 2IOCA 4FZXC 2HHVA 5JS1A 1WAFA 1CXQA 4H4MA 1JLEA 4DQRA 1FXXA 1ZBIA 2HMIA 4BDYA 1GOCA 2HW3A 3QO9A 2VG6A 3DM2A 4FZZA 2ETJA 4KHYA 2ZQBA 4FK4A 1TL3A 3OS0A 3EY1A 1A5WA 3HP6A 3BDPA 1JL2A 1TKTA 4B9MA 4J2DA 4CFBA 2ZD1A 3AVFA 1TKZA 3LWMA 2HVHA 3MEEA 5HBMA 1U45A 4NYFA 4CFDA 3KTQA 1Z25A 3VQ5A 3CM6A 1NK8A 3PO4A 4OLAA 3AVNA 3C95A 1JLFA 3IG1A 1QSSA 4C8LA 3QETA 2VG5A 2EHGA 2HNDA 1EETA 2KW4A 1NK6A 4Y1CA 1SKSA 3TR8A 4CFCA 3HPHA 5CY4A 4M3WA 1L3TA 1T7PA 4ELVA 1WNSA 4AHVA 3L2WA 3ZCMA 4RW4A 4DSIA 3NGZA 4Z4EA 3AV9A 2DFHA 4IBNA 3M8RA 1T03A 5FROA 3QEXA 1A5VA 4OVLA 3AO2A 4IDKA 4W5NA 3LAMA 3IRXA 2VWKA 3ULDA 4IKFA 3F73A 3VQQA 1C1BA 3DYAA 4L8RB 5I42A 4CHYA 4F3TA 1X9MA 4I7FA 1SL2A 4DQQA 3RRGA 4CIEA 3V4IA 1IG9A 2YNHA 3MEGA 4FW1A 4I9QA 3ZSOA 2FBYA 3K5OA 3ZSQA 5I3UA 1SKWA 4YNQA 1ASUA 1DLOA 4E19A 1LWEA 3TAEA 4RW7A 3JYTA 1RTDA 2XHBA 2F96A 5J2MA 3ALYA 4N76A 4K8ZA 1KFDA 4LSNA 4B9VA 3OYJA 3CM5A 3RMBA 1S6QA 3SQ4A 1YVUA 3AVGA 4CEOA 3SPYA 4DG1A 3MAQA 3V9SA 4M3TA 1X9WA 4FW2A 4N41A 1FKOA 3OS1A 1EXQA 4E7JA 4FJGA 4OGEA 4FVMA 2XY7A 4KHSA 3VQ8A 3ZSRA 4BACA 4B9LA 1RDDA 4AH9A 4E7LA 1NK7A 3K5MA 1LAWA 3DMJA 3QEIA 3RR8A 4HVJA 3BGRA 1C0MA 1NJXA 1DTTA 1BI4A 1RT3A 4NYNA 3OYMA 5KGXA 3VQ4A 1XWLA 3WNHA 4CE9A 4R5PA 2G8IA 4DTRA 3HK2A 2B4JA 4C8OA 3SV3A 4FJIA 3VQAA 1XHZA 3HT3A 4CEAA 1WSEA 2I5JA 4CEFA 3L2QA 1NK9A 1S1TA 1Q9YA 1U48A 4CJKA 1WLJA 2W42A 4H4OA 2Z1HA 2FBTA 2YV0X 4KHUA 4ID1A 4CEEA 2RPIA 2E4LA 3ZT3A 4M3UA 4DMNA 3QEWA 1RT5A 3NH1A 1NK0A 1S9EA 4GVMA 4W5TA 3CYMA 2KZZA 4M3ZA 4FLTA 3RMAA 3U6FA 4DS5A 1JXEA 4FJ8A 3DI6A 3D45A 3HSTB 4KO0A 2XY6A 4CJRA 1ASWA 1BIUA 1RBVA 1WSFA 1S1UA 2FBXA 2OPRA 3NDKA 3ZT0A 3MEDA 3A2FA 4CGJA 4CF2A 1B92A 4MQ3A 1TAQA 4CGIA 2ITGA 1J9AA 3NGYA 2XRIA 1LV5A 4EP5A 3DRPA 4JS5A 4DLGA 2JLEA 4PWDA 5J2NA 2X78A 3NF6A 1U47A 3QEVA 1ASVA 1NK4A 4ELTA 5KGWA 2RF2A 1ZBLA 4DFJA 3EYZA 1HNIA 1Z26A 3TARA 2E6MA 2JGUA 1NKCA 2OPSA 4OKEA 3O4QA 2VWJA 4UQGA 1VSKA 3RR7A 3NCIA 1IKWA 4B08A 4HCCA 1GOBA 3G0ZA 1BISA 3AO1A 4OJRA 5DK5A 3JSMA 1TK8A 1B9FA 3T3FA 2XO7A 3TAPA 2GBZA 2HHQA 4CGFA 3LDSA 4CF0A 5KRSA 2G8WA 2HVIA 3LANA 2DFEA 3QNNA 4NCBA 4CJTA 4C8NA 1C1CA 3UIQA 2YKNA 4C8MA 3HL8A 1UWBA 4G1QA 2Z1IA 3VQDA 3K58A 1KVBA 4F2SA 1NOYA 1VSJA 1RDCA 1IKYA 1TV6A 4O5BA 3AA5X 2Z1GA 3VQCA 1BQNA 3LP0A 3KK3A 3VA3A 2YHAA 3KLIA 1N6QA 4B9UA 4OPKA 2QK9A 4CJWA 4E7HA 4ICLA 4KHWA 4DU3A 3T19A 4KRFA 1UA1A 3WNFA 1EKEA 1FKPA 4O44A 4ZTFA 3KD1E 1ZBFA 5T7BA 1QE1A 3C6UA 3NH0A 2KFNA 2IAJA 2X6NA 1RBRA 1S9GA 3ZSYA 4CJ4A 2RN2A 4CJVA 3K57A 3PUFA 1Q9XA 3S9HA 3S3MA 5SZTA 3OYLA 3F9KA 4Z4GA 4DFMA 4F2RA 4KHQA 2KFZA 1W0HA 2IC3A 1KVCA 4RG8A 3OJSA 2R7YA 2Y1IA 4NCGA 4FLUA 4B9TA 1TK0A 3SV4A 4M3RA 4BDZA 3PX4A 1RT2A 1FK9A 4DTMA 3LALA 1HPZA 3TAFA 3VQPA 4AHUA 1I39A 4FCYA 1SL0A 1EP4A 4F4KA 4Z4IA 2OPQA 2B6AA 3DLBA 4E89A 2PYLA 4M41A 3FFIA 3KLFA 4FJKA 3LZJA 1VSMA 3NHGA 1KSPA 4I2QA 3NF8A 4JRQA 3LP1A 1S5JA 4CIFA 4FJNA 4CHOA 3HXMA 1U49A 4IG3A 2OZMA 4CJLA 4CHZA 5J1EA 4DU1A 4KV8A 2E6LA 1O1WA 3LP3A 4LD0A 3PV8A 2P51A 2PZSA 4B3OA 4DS4A 3DLEA 3V1QA 3OYDA 2HHWA 1ZBUA 3QIOA 4J2AA 1QHTA 3PO5A 3V1RA 1C0UA 3ZT2A 4CEDA 1BCMA 1WSJA 2ZE2A 1C0TA 3CFRA 1NKEA 3L3UA 1JLBA 3HPOA 3V9ZA 4QAGA 4KAZA 2VG7A 1NJZA 4CIGA 4OKKA 4B8AB 4CHNA 2HHXA 3I0SA 1TVRA 4CF1A 1S6PA 3VQEA 4DF4A 1QSYA 2RKIA 3P83D 5FRNA 1S1VA 4I2PA 4E7IA 4KHNA 4RW6A 3SUOA 4HUGA 2HHTA 1D8YA 4FZYA 1SL1A 1HMVA 3VQBA 4CK2A 1VSFA 1HNVA 3TAQA 2KQ2A 4CERA 1NK5A 1N5YA 1L5UA 1JLCA 3RMCA 1K6YA 3AVIA 2QXFA 4BWMA 3MXMA 2HHUA 3SNNA 3MXIA 1C1AA 4PY5A 3L3VA 4FK0A 3I8DA 4CF8A 4FXDA 4LY7A 4O4GA 5KI6A 3TI0A 3M8QA 4IFYA 3U3GA 1WSIA 2GV9A 4KTZA 4FM1A 1RT4A 3HYFA 4FJJA 4AHCA 1VSEA 4BWJA 3CG7A 3WNEA 2PY5A 1HYSA 3DRRA 2OZSA 3K2PA 3ZT4A 4EZ9A 1CLQA 1BHLA 4FLVA 4E3SA 4M42A 4DFKA 3HP9A 3L2RA 3AO4A 3VQ9A 5K14A 4CJSA 1QSLA 2DY4A 3OYCA 5D3GA 3H08A 3DLRA 3DLKA 4CJFA 3B6PA 4W5RA 2Z1JA 4OPJA 1IH7A 1S1XA 1B9DA 3O4NA 4WE1A 3AVMA 1KCFA 1UOCA 4BE1A 3VQ7A 3PX6A 4CCHA 3CQ8A 1NOZA 1NJYA 1EX4A 4KTQA 1D9DA 1X9SA 4E0DA 1IO2A 1UAXA 1CZ9A 5DMRA 4FLXA 1VSHA 1U04A 4LH5A 1RBTA 4FLZA 4KI6A 3LAKA 1JLGA 4N47A 4E1NA 1BI4B 2LSNA 4Q5VA 1QTMA 2D0AA 2X6SA 2BDPA 4DWIA 3ITHA 3CFPA 1NJWA 1XHXA 2YNGA 2XY8A 1GOAA 3OYFA 1T05A 4DQPA 1TGOA 4F3OA 2G8VA 4OGCA 1MU2A 4B9NA 1TK5A 3O3GA 3HVTA 4M45A 3LPUA 1C6VA 2BGGA 2BE2A 2QKBA 1YTAA 4YFUA 3SUQA 4AHRA 5KRTA 2KZMA 2WOMA 3AVAA 4ZHRA 5KTQA 5J2QA 1IKXA 1RBUA 3V9XA 2D0BA 3S3NA 3DOLA 1HRHA 4JLHA 1R0AA 2OYQA 4F8RA 4DSKA 4CJEA 1LW2A 3VA0A 3AO5A 3TAGA 2IDOA 4PA1A 4NCAA 2OA8A 1JLQA 1KLNA 4OLBA 2FC0A 3RMDA 5HROA 4C8KA 4EZ6A 4CJ5A 3AVHA 4I9LA 1J5OA 2OPPA 4HUEA 3PX0A 3K5NA 4ELUA 1Q8IA 5HRPA 3KKSA 5CYMA 3KJVA 1XI1A 3AO3A 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3THYA 3PLAA 3SQ0A 2YJFA 1WSGA 1DGKN 5FDLA 4CJUA 4CJ3A 5LMNK 3J7AP 4BE0A 1XVDE 3HOSA 1Y97A 3ZX0A 2VGMA 3LPTA 1HYVA 2H3GX 1RDWX 5HOOA 3ISNC 3TL8B 3C6NB 4DR2K 2YHYA 3QINA 4JI1K 3WNGA 4DF8A 1XNRK 4QNCA 3WXLA 1CXQA 4H4MA 3J27A 3ID8A 4IZ9A 1GOCA 1VHXA 3QO9A 2FSKA 4KHYA 1TL3A 3SAFA 3OS0A 1E4FT 4B9MA 1FZ6E 2ZD1A 5AQJA 5AQLA 3P39A 3LWMA 1XU5E 3N1BA 4EYWA 3CM6A 1NK8A 4OLAA 3CC2N 4A5AA 3J80O 4JKEA 4H5WA 4JI5K 2KW4A 4IXCA 4K25A 4Y1CA 5C2FA 4M3WA 1FZ8E 3WSOA 3ZCMA 4ISEA 4XH4A 4Z4EA 4IBNA 1T03A 2A41A 3QEXA 4WF9L 3K9JA 3O5BA 5LJWA 1C1BA 1NJIO 1SL2A 4I7FA 3RRGA 3V4IA 3ZSOA 5I3UA 3K5OA 1SKWA 3CF5L 1YITN 2Q0RA 2XHBA 2NRWA 3BZKA 4JI2K 4N76A 1KFDA 5AQQA 2A3ZA 3AVGA 1YVUA 2IVOA 5AQZA 3N1EA 1X9WA 4N41A 2BUPA 3OS1A 3MX5A 2Q0UA 3VQ8A 4ADNA 4AH9A 1M1KO 1BI4A 3H45C 4NYNA 1XWLA 3WNHA 1VQLN 1SZ2A 4DR4K 2ASPA 3VQAA 3ZETA 2I5JA 3L2QA 3UKRA 1U48A 5BR8K 2Z1HA 2FBTA 4KHUA 4CEEA 3QBXA 2E4LA 3QEWA 2VQFK 4W5TA 1N36K 4DS5A 3VEYA 3BZCA 3HSTB 3D45A 4B1VA 4CJRA 4H5VA 1IBMK 5KQDA 3AGKA 1BIUA 1RBVA 1P8ZA 1WB9A 3A2FA 4CGJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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