3SPZA

Dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da (ca2+)
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spzA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spzA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spzA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spzA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spzA03
2KW4A 1Y97A 4DQIA 4KRFA 4YNQA 1C1AA 4M3TA 4H8KA 1EETA 1XI1A 3NE6A 3OYNA 4L8RB 1GOBA 5CZ1A 4BE0A 4F3OA 4B3OA 3V4IA 3DLKA 4E1NA 4RW9A 3AA4A 4EZ6A 3NHGA 4DU1A 2D0CA 4M45A 4CJTA 1HRHA 4GMJB 4I2PA 1JL2A 3AVLA 3HSTB 4KFBA 3KLEA 1T05A 3QERA 3ASMA 1BI4A 3CFOA 3S3OA 3DYAA 3WNFA 4W5TA 2NUBA 4KREA 2Q3SA 3SNNA 3KKSA 2RPIA 1XHZA 4K8ZA 4OLBA 4FM1A 4CEQA 4XIUA 3PUFA 2ZD1A 4BE2A 1NK0A 2HNYA 4KI6A 1RTJA 1TVRA 3MXIA 1VSKA 2Y1IA 3OJSA 3OYLA 4GVMA 3LP2A 4C8OA 3DLEA 1SKRA 1NKBA 3RMAA 2XY8A 4BDPA 3ALYA 4W5NA 2XO7A 1KLNA 1NJYA 1HYSA 4FJMA 3LAKA 4M3RA 1S9EA 4GW6A 1UA1A 2HW3A 4CJEA 3SPZA 3VQDA 5DMRA 1QSYA 1B92A 1LW2A 1TKZA 1KFSA 2IS3A 3TI0A 2IGIA 4RW4A 1FKPA 5KI6A 3U3GA 3JSMA 3S3NA 4KKOA 4DQQA 4DS5A 4FZXC 2HHXA 3KD1E 4BE1A 4DTOA 1CZ9A 3HYFA 1UA0A 5D3GA 5JS2A 4N56A 3QINA 3PY8A 5FRNA 4M41A 4DG1A 4IDKA 4OPJA 1D9FA 3NGZA 3SJJA 2ZQBA 1X9WA 1JLFA 3SZ2A 2VG7A 4FJGA 4PUOA 3VQ5A 3M8RA 1JKHA 3OYEA 1C0TA 4CK2A 4CJUA 3C94A 3TAGA 3RRHA 2AJQA 2GBZA 3BGRA 3V9ZA 3SUOA 2IAJA 3ZSVA 4N5SA 4B9SA 2G8HA 4JRQA 1DTTA 4LSLA 1VSIA 3ZT3A 1J5OA 4FJ5A 4DQPA 4BDZA 3DOLA 3K5NA 5SWMA 2KFNA 1C1BA 1CXUA 2QKKA 1T7PA 3ZT0A 4DFMA 3SUPA 5FRMA 4E7IA 3O4NA 3K2PA 3AVJA 3KKRA 2Y1JA 1KLMA 3LZJA 4RW6A 3S3MA 4KHUA 2P51A 3DLBA 4HUGA 4CECA 3L2VA 4JS5A 4WE1A 3OYIA 4C8LA 3NF8A 2B6AA 3QIOA 4CJPA 4CJLA 3NH0A 4E7KA 4DQSA 3NCIA 4FJHA 1QS4A 2G8FA 4OGEA 3VQ8A 3PV8A 1YTAA 3P1GA 3SQ1A 3V1RA 3NAEA 4NCGA 2E6MA 3AVFA 4O0JA 4E7LA 1RTIA 1ZBHA 2LSNA 3MECA 1RDCA 3LWMA 4J2EA 3L3UA 5CYMA 1HYZA 5I42A 4DTSA 1DTQA 2VG5A 4B9NA 4H4MA 3RR8A 4HCBA 1WSJA 4B9MA 5C25A 3O4QA 2DTUA 3KIOA 2B5JA 1EKEA 2RKIA 3LP1A 3OYFA 2IOCA 3NGYA 3ZSXA 2OYQA 3SPYA 1BQMA 2E4LA 3AVKA 4LSNA 4CJ5A 4CHOA 3WNEA 3LP0A 4OPKA 1UOCA 3AVHA 4CIGA 3K5OA 3L2UA 4JS4A 1ASVA 2XY5A 3PX0A 3AA2A 1QTMA 1SL2A 3LALA 3OYGA 3ZSOA 3UIQA 1IO2A 4E7HA 1NK9A 1U47A 3TR8A 3LZIA 2EHGA 4CF0A 4CEAA 2XRIA 1QQCA 3QEXA 3NF6A 4BWMA 2P5OA 2Z1GA 3C95A 1T03A 4KHYA 2GV9A 4CE9A 1LWFA 4CFBA 3VQ9A 1LV5A 2OA8A 4B9LA 1B9DA 2W42A 3H08A 3RMBA 3G0ZA 3LP3A 2P1JA 4ZHRA 1SUQA 4BWJA 3T19A 3NDKA 3CQ8A 3MXMA 4FLVA 1WN7A 4KPYA 1BL3A 2QXFA 3OS2A 1SL1A 1FKOA 1TV6A 3C6UA 5FDLA 3I8DA 4F2SA 4Z4CA 2HNZA 3QETA 3TABA 2FBYA 2RN2A 3P83D 2D0BA 2XHBA 2O4IA 1S1UA 4DF8A 2DFFA 4CK3A 4CJQA 1NK8A 1QSLA 3V1QA 4FJJA 3V1OA 4AHRA 4CEBA 1KVCA 1NK4A 2G8UA 5T7BA 3THVA 4QOZB 3ISNC 1HPZA 4ELVA 4LD0A 1NOYA 1WSIA 4HCCA 3K5MA 3AVMA 3WNHA 1S5JA 4G1QA 3M8SA 4M3UA 4Q0BA 3MEGA 4M3XA 1IG9A 2EX3A 3C6TA 3FFIA 4H4OA 2OZSA 3K59A 4N76A 4NCAA 5FROA 3DI6A 4CCHA 4DSKA 4OKJA 3VN5A 1WSGA 1I39A 1S1WA 4OJRA 1CZBA 1FK9A 3B6PA 4FLUA 3KLIA 4ICLA 3ZCMA 3OYBA 3SV3A 1A5VA 3EZ5A 1G15A 1JLQA 3PO4A 4B08A 4DQRA 1TGOA 4KHQA 1RT4A 2ATQA 4FJ7A 4CEFA 1Q9XA 4CEOA 4DLGA 2HHVA 1RBUA 1QE1A 3IAYA 4IFVA 4CIEA 5EU7A 3T3FA 1HMVA 3D45A 3V81A 1NK6A 4CGHA 3MEEA 4RW8A 3K5LA 1WLJA 4B9VA 2HVIA 4LY7A 4QAGA 4E89A 4Z4IA 2FC0A 4O0IA 2HVHA 4FW2A 3ZSWA 4CJKA 3AVNA 4DFPA 4MFBA 2DY4A 4O44A 4IG0A 5KGXA 1TKXA 2I5JA 4CGGA 4HUEA 2G8KA 1RILA 2PY5A 1RBTA 4FZYA 3MXJA 1T8EA 1BCOA 4FZZA 1ITGA 4W5RA 1SL0A 4O55A 3HP6A 5CY4A 3HK2A 5J2QA 3AVAA 3KLHA 3DLRA 1D8YA 1S6QA 3KK2A 1C0UA 2KTQA 1KFDA 3A2FA 2YNIA 2Z1IA 3LDSA 3VQCA 3HPGA 4CK1A 2KZZA 3RWUA 1WAJA 3HM9A 4Y1CA 3LPTA 3CFPA 1QSSA 3HO1A 3NGIA 3EYZA 2Z1HA 1VK0A 4JRPA 4IG3A 1D5AA 3PX6A 3OS0A 4F8RA 3AO2A 3EY1A 4KO0A 1JL1A 2XY7A 3PX4A 3D0PA 3CFRA 3OYHA 1NKEA 4M3YA 5K14A 3AVGA 4CERA 1BHLA 2OPPA 3SV4A 4Z4GA 1VSDA 4AHUA 4CGFA 3ZT1A 4AHSA 3KK3A 4PWDA 1LAVA 2JLEA 3HPHA 5HP1A 1GOCA 4FK4A 1L3VA 4FVMA 4LH5A 2RF2A 3DM2A 4DSJA 1NOZA 2VG6A 4FM2A 4Z4HA 5C42A 1RT1A 3KK1A 3CYMA 1RBVA 2KQ2A 1BIUA 4DMNA 4R5PA 4I9LA 4FLTA 1F21A 1WSFA 4FW1A 4E7JA 3LANA 3CM5A 1KCFA 3NF9A 1L3UA 2XY6A 2A1RA 1LW0A 4PA1A 2WOMA 3OYAA 2ETJA 4DFJA 1JLEA 4E3SA 3DRSA 1BISA 5KRTA 3TAMA 1QHTA 4ELTA 1HQEA 4KV8A 2FBXA 3QLHA 1ZBFA 1YTUA 1VSFA 1LAWA 1TK5A 1B9FA 4B9UA 4KB1A 2YKNA 1A5XA 1HNVA 4DU4A 4AHVA 2YKMA 1Q8IA 1XHXA 2YV0X 4CGDA 3TAQA 1HJRA 3RTVA 2HHTA 3L2RA 2A1SA 4CFAA 3VQPA 1IH7A 2P5GA 4PY5A 1RT2A 1GOAA 3AVBA 3V6DA 2D0AA 1WSEA 1JLBA 3RMCA 1VSMA 2X6SA 3OYDA 1U45A 4HUFA 2HHUA 3CM6A 2YNHA 3AA3A 3AV9A 3SUQA 4C8NA 5HRPA 4HTUA 4RG8A 4KHWA 1MU2A 2DFEA 3VA3A 1U4BA 1D9DA 2GUIA 3T1AA 1L3TA 4O4GA 2PYJA 4CHPA 4DU3A 1SV5A 2OZMA 4B9TA 4KHSA 4CJSA 4FJNA 4DS4A 4FJKA 2IC3A 3DLHA 1N6QA 1TK0A 4FJLA 1S6PA 3DRPA 2PYLA 1CLQA 3QESA 4FLXA 3CG7A 2D5RA 4IBNA 3ULDA 4DWIA 4KAZA 1RTHA 3AO4A 3QEIA 1KVAA 3VQ6A 2F8SA 4DSLA 2R7YA 3L2QA 4AILC 3WNGA 5C24A 4HVJA 3SQ4A 4CIFA 1HQUA 4CJ4A 3NH1A 2KFZA 5E41A 2PZSA 3V9WA 4CJWA 1VSJA 4N47A 3O3FA 5CYQA 1BCMA 3HPOA 3K57A 3VA0A 1VRUA 3TAPA 4O5BA 4DTXA 3AA5X 2IDOA 5J2MA 4KTQA 1UWBA 4CF2A 2G8VA 1JXEA 1HYVA 1YVUA 3MAQA 2VWKA 1EX4A 5CZ2A 4DTRA 1BGXT 3QEPA 1RNHA 1TKTA 3RMDA 3QIPA 4DF4A 2F96A 1ZYQA 3SUNA 3ITHA 4CJ3A 4B8AB 1KVBA 3NBPA 4Z0UA 4CEZA 4IFYA 3P5JA 4BDYA 4M42A 3TAEA 2QK9A 4CJRA 4DTJA 2WONA 1U49A 1J54A 3OYMA 3KTQA 4KHNA 2X74A 3IS9A 2JGUA 4CESA 4OVLA 1SKSA 3O3HA 1BI4B 1Z25A 3DRRA 1IKXA 3G10A 4FXDA 4CJFA 4ZTFA 5I3UA 3OYCA 3NH2A 2FBVA 4DSFA 1RT5A 4NYFA 3HJFA 1A5WA 4I9QA 1RT7A 1Z26A 4FK2A 1ZBLA 4OLAA 1CXQA 3LWLA 3OJUA 4TSXA 3KLGA 1JLAA 3AVIA 1C6VA 1FXXA 5J2PA 4FK0A 4CHNA 5KTQA 3VQ4A 4CFCA 5HLFA 4Z4EA 2F8TA 4FYDA 1LWCA 4PQUA 3OS1A 1L5UA 3IG1A 3SCXA 4FLYA 2VWJA 4ZTJA 2FBTA 1RT3A 1X1PA 5HRNA 1RDBA 3TWHA 3ZT2A 5HROA 1L3SA 3QEWA 2X78A 3HXMA 3OVNA 3HT3A 3SQ2A 1BIZA 2OPSA 4LH4A 4CF8A 1I3AA 3F73A 4CEDA 4C8MA 1NK5A 2ZE2A 4J2AA 1O1WA 3VQBA 5DK5A 1SKWA 4C8KA 4NCBA 3V9XA 4Q5VA 3OYJA 2X6NA 1U04A 4F2RA 3L8BA 3TAFA 1EXQA 4Y1DA 1X9SA 1JLCA 3VQEA 3KD5E 2BE2A 4CF1A 4UQGA 1RBSA 1IKWA 1S1VA 1LWEA 3ZSQA 1WAFA 3OY9A 3VQ7A 4AH9A 1KTQA 3OYKA 2OPRA 1R0AA 1WSHA 4E1MA 1ASWA 1IKYA 1ZBUA 4CF9A 2YHBA 3ZSZA 2HHWA 4W5OA 4FJIA 1BQNA 3I0RA 1W9HA 4FLZA 4KTZA 1NJZA 1RDDA 3AO5A 1XC9A 3HP9A 5KGWA 5SZTA 1N5YA 3S9HA 3VQQA 2Z1JA 5JS1A 3AVCA 1VSHA 3LPUA 4FJXA 1TAQA 1S1XA 4OKEA 4W5QA 1NJWA 2HHSA 3M8PA 2YHAA 3M8QA 5HBMA 4DTUA 2DFHA 4F4KA 2BGGA 1C1CA 5HRSA 3SI6A 3QNNA 3L2WA 4CHZA 4M3ZA 3NFAA 2QKBA 3O3GA 3KJVA 3I0SA 1RDAA 2KZMA 1KRPA 4EP4A 1JLGA 4OGCA 1J53A 1C0MA 1NJXA 1KSPA 4DTMA 4EP5A 3HVRA 3AO1A 4JLHA 3ZSYA 5J2NA 2G8WA 3V9SA 4B8CA 4CFDA 1TL1A 3B6OA 3VQAA 4CEEA 4YFUA 3U3YA 5J1EA 4EZ9A 4KB0A 1EP4A 2HB5A 1S9GA 4AHCA 4AHTA 4IKFA 3U6FA 3JYTA 3AO3A 3E01A 4I2QA 3ZT4A 3MEDA 1DLOA 1K6YA 4E0DA 4RW7A 4CGJA 1NKCA 4N41A 2ITGA 1XWLA 3LAMA 2B4JA 4I7FA 1TK8A 4F3TA 3DLGA 4Z4FA 5HRRA 4KI4A 4CHYA 1YT3A 3KLFA 3QNOA 3F9KA 3TARA 2BDPA 4FJ8A 4ID1A 1WNSA 4FCYA 4NYNA 1RT6A 4ELUA 3HVTA 2HHQA 1RCHA 2HNDA 4CJVA 2E6LA 4ID5A 3BDPA 1UAXA 2BANA 4M3WA 4DLEA 3SYZA 1NK7A 3IRXA 3RR7A 2OPQA 4FM0A 4KTWA 1X9MA 2HMIA 1IKVA 1ASUA 1HNIA 4MQ3A 4K8XA 1RTDA 3PO5A 4DSIA 1ZBIA 4CHQA 4QCLA 1Q9YA 3TANA 3DMJA 3V9UA 3QEVA 1REVA 4DSEA 4J2DA 4J2BA 3L3VA 1TKDA 3SQ0A 4FLWA 2YNFA 1W0HA 4DFKA 3NF7A 4DTNA 2G8IA 1RBRA 3HL8A 1TAUA 2YNGA 1S1TA 1VSEA 1J9AA 1JXBA 3ZSRA 2O4GA 4HHTA 1VSLA 4CGIA 1U48A 3QO9A 5KRSA 4OKKA 4BACA 3DOKA 3RRGA 4FJ9A 3K58A 4E19A 4DTPA 1VRTA 1TL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3MN6A 3EKUA 3CJAA 4CZGA 1MDUB 1WBDA 3J27A 3LM2A 1VQON 1HPZA 2FXUA 4B3TK 2HSTA 4AI6A 5AQFA 4PHTX 2EX3A 5LMNK 2IVOA 4B1UB 1NEXB 3DI6A 4DSKA 4OJRA 1S1WA 4X64K 3KLIA 1FK9A 5AQSA 2Q36A 2NRWA 4EPHA 1QHAA 2W41A 1G15A 3CC7N 4FJ7A 1Q9XA 3HRGA 3TTDA 3IAYA 3T3FA 1HMVA 4WFNL 3V81A 3VEOA 2I7PA 3RSEB 3BVOA 1HNZK 2HVIA 4E89A 4Z4IA 4O0IA 4MFBA 5C2FA 1Y64A 4O44A 5ADXH 4PKIA 2I5JA 1OKJA 4MLEA 4CGGA 1RILA 1RBTA 5CE3A 1T8EA 1BCOA 4O55A 3HP6A 5CY4A 1W7AA 5J2QA 1QZ6A 1C0UA 4B1WB 1MHYG 4EYWA 3LDSA 5LY3A 1X3NA 3R6MA 1QSSA 3F2KA 1VK0A 2HD0A 2XY7A 3PX4A 1E4FT 1EO1A 1SAZA 3A5MC 4G9ZA 4AHUA 3MKSB 1LAVA 5HP1A 3HPHA 1GOCA 4FK4A 4YY3K 1L3VA 4JNEA 3DM2A 1NOZA 1G99A 5C42A 3U4LA 3HBTA 1BIUA 4WQ5A 4DMNA 4R5PA 1YHQN 3LANA 3O9QA 2XY6A 2A1RA 4FOIA 3CQYA 4DFJA 1SZ2A 4E3SA 3DRSA 3TAMA 1VQ7N 4NB4A 4NLCA 1HQEA 4B9UA 2W40A 4AHVA 3HOSA 2MW2A 3I55N 4CGDA 3TAQA 3JAMO 2A1SA 3L2RA 4CFAA 4ISEA 4PY5A 4A2AA 2D0AA 1O13A 4KHPK 3RMCA 1EQYA 2X6SA 2YJFA 4HUFA 5IZ7A 3J80O 3LDQA 2YNHA 3K9JA 3SUQA 5HRPA 2DFEA 1WUAA 1YAGA 4XH5A 2PYJA 4CHPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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