3SUOA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suoA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suoA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suoA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suoA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suoA03
3VQ5A 3V9SA 1D9FA 3AA2A 3JSMA 4FLTA 3AO5A 4H4OA 3QNOA 3QEIA 1ASWA 1REVA 3D45A 1LWEA 1HQEA 3LDSA 3CQ8A 1L3VA 3TAGA 2DY4A 1L5UA 4B9TA 5CZ1A 1EKEA 3OYHA 4F3OA 3AVKA 4FJ9A 2A1RA 4CJFA 4KREA 4AHVA 2QKKA 2RPIA 1LV5A 2B5JA 4FJGA 2YV0X 3HT3A 3HPGA 3P5JA 4FJKA 5CZ2A 3VQPA 3O3GA 1JLFA 2G8WA 4M3XA 1U47A 3RMCA 4B9UA 4BDPA 3DOKA 3OJUA 2G8IA 3QEXA 1FK9A 3SQ4A 3RMAA 1RNHA 3ZT4A 4CJ3A 4DS5A 4KHWA 3ZT1A 1JXEA 4DFJA 1TKXA 1NOYA 4I7FA 1SKSA 1SL2A 1VRTA 3AV9A 3SUQA 4ZTJA 1T8EA 1HYVA 3DLKA 3KIOA 1VSMA 1J9AA 4KFBA 1RDAA 1NKBA 1D9DA 1A5VA 1EXQA 4RW7A 3VQDA 5KGXA 1C0UA 1JL1A 3WNFA 4O44A 1RT7A 4GVMA 3U6FA 2XY7A 3TI0A 4E0DA 2D0CA 2FBYA 5FRNA 3MECA 3QEVA 1L3SA 4CF0A 2ATQA 4FK0A 2JLEA 4CJLA 4OJRA 4BDYA 3KLHA 1KLNA 2F8SA 4FJLA 4CJKA 1IKXA 4CFBA 2P5OA 4CF8A 3NHGA 3O3HA 3OY9A 3ZSRA 2G8VA 4B9LA 2HVHA 4I2PA 3DLEA 2KZZA 1A5WA 3CM6A 4Y1CA 4IBNA 1KCFA 3NH1A 4GMJB 4GW6A 3M8QA 3E01A 3SUPA 1N6QA 4O0IA 1QSLA 4M45A 4CF9A 2EHGA 2BANA 1VSIA 4CCHA 4FM2A 3WNGA 4IDKA 1C6VA 3B6PA 1WSEA 2YNGA 3BGRA 3QO9A 1ASVA 3ZSXA 5J1EA 3AVAA 3KK3A 3QNNA 3DLBA 1C1BA 2F96A 4NYFA 2HMIA 3LP2A 1ITGA 4PA1A 3C6UA 1WAFA 5JS1A 5KRSA 4IFYA 4RG8A 3LPUA 3B6OA 3TABA 3SPZA 3EYZA 1S1VA 1O1WA 4PUOA 3DLGA 1TK0A 4FK4A 3HK2A 1B9FA 2YKNA 4KTZA 1X9WA 3DLRA 1TAQA 3A2FA 1CZBA 1HRHA 4ZTFA 1X9MA 4KB1A 2HHXA 4W5RA 4B08A 4DTOA 2HHUA 2PZSA 2VG6A 4ID5A 4W5OA 3NGIA 4OGEA 4AHUA 4E1MA 4CF2A 3NH0A 5HROA 2KFZA 1JLBA 1MU2A 3TAPA 1WSGA 4E7LA 2O4IA 4LY7A 2D0AA 4CGDA 3LWLA 1JLQA 1VSJA 1IG9A 4Z0UA 1XI1A 4NCAA 3HP6A 1FKOA 4DLGA 4DSLA 4KAZA 2XY6A 2JGUA 4CGFA 1IKYA 1RBVA 4CEOA 4JS4A 2QXFA 3NBPA 4FLUA 1HYSA 1JLCA 1TVRA 1J53A 3V1QA 4AH9A 3VQAA 5HP1A 4HTUA 4FK2A 2X78A 4CGHA 3VQ9A 1UA0A 5CYQA 4QOZB 3G10A 4PQUA 3IRXA 1VSEA 3F73A 4EZ6A 1RT5A 4N76A 4HCBA 1BQMA 1R0AA 3RR8A 4DSKA 3LAKA 4M41A 1UAXA 3HVRA 3V9XA 4K8XA 3L3UA 1BIUA 3PY8A 1NOZA 1RTJA 2GUIA 1X1PA 3HXMA 5KTQA 1X9SA 2OPSA 2X6NA 3SYZA 1UOCA 4NYNA 3KLFA 3C6TA 1XHZA 2IS3A 3C94A 4B9NA 3S3OA 4J2BA 1NKCA 1RTDA 4ID1A 3SCXA 4DF4A 1NK8A 2G8KA 3MXJA 2XRIA 5JS2A 4CFCA 4IKFA 4O4GA 4CERA 2DFEA 1JL2A 3K58A 1SV5A 4DTSA 1JXBA 2ZD1A 1ZBUA 3M8PA 4CGGA 4YNQA 3ULDA 4C8KA 4M3UA 2A1SA 3DYAA 4O5BA 2KTQA 2P5GA 2VWKA 3NH2A 1W9HA 3V9WA 1ZYQA 3RMDA 3QEPA 3L3VA 3HO1A 3ZSYA 1IKVA 4B9SA 4DSEA 4RW9A 1NJYA 4F4KA 4Y1DA 4WE1A 1XHXA 2YHAA 4E7HA 2EX3A 2YKMA 2Q3SA 3ITHA 1RT4A 2HHQA 1C1CA 1U45A 3L2VA 3THVA 1JLGA 1WLJA 4ELTA 4KI4A 4Z4CA 1T7PA 1S1TA 4FJ8A 3OYJA 3KD1E 1NK5A 4K8ZA 4CJRA 4F8RA 4FLZA 4KHNA 1TGOA 4CHOA 2Z1JA 1WAJA 1CLQA 3DRSA 2P51A 2W42A 3QESA 2WONA 3RTVA 3K5NA 1Q8IA 1BCMA 1KSPA 4FVMA 4CJQA 4I9QA 4M3ZA 1YT3A 4EP4A 4DWIA 1FXXA 3L2UA 4Z4HA 1NK7A 4KB0A 3ZSWA 4C8NA 1WSHA 3HM9A 1BL3A 3JYTA 4CJVA 4FYDA 3AVLA 3HL8A 4E7IA 1VRUA 4EP5A 4DTMA 5HBMA 3VN5A 1RDBA 3PX0A 2YHBA 4DSIA 4M3RA 1B9DA 3SQ0A 3O4NA 4CK3A 3OYGA 4DQSA 3LWMA 4HUGA 4KO0A 4LSNA 4W5QA 3OYFA 1S9GA 3K5MA 2PY5A 1TAUA 3MXMA 4H4MA 4DU3A 4DTNA 1CZ9A 3NCIA 1JKHA 2WOMA 4BDZA 1YTUA 3S9HA 3AVGA 3ZT3A 1Q9XA 1F21A 2YNHA 4CJ4A 1LW0A 4DMNA 3AVJA 3L2WA 1KVAA 3OYLA 3SV3A 5J2MA 4Z4FA 4DTXA 1YTAA 2FC0A 2RN2A 2OPPA 3WNHA 1NK4A 1NJXA 2DFFA 1QQCA 3AVHA 4FJ5A 4M42A 3AVCA 2RF2A 3AVNA 3TR8A 1QSYA 4DTUA 1S6QA 4MFBA 3S3MA 4CIEA 2YNFA 4DQIA 4FZXC 2XHBA 4L8RB 4NCBA 3I0RA 3HSTB 2E6LA 4W5NA 1IO2A 4DSJA 1KTQA 1RBRA 1W0HA 4CJPA 4OKKA 2HHWA 3NFAA 4FJNA 1KLMA 1EP4A 5SZTA 3PO5A 3DMJA 3V9UA 1DTQA 1NK9A 4CEQA 3M8RA 4YFUA 3KD5E 3CG7A 2XO7A 4FLWA 4DS4A 1UA1A 4CEAA 4FW1A 1JLEA 4LH5A 1LAWA 5J2QA 2Y1JA 2PYJA 1SL0A 1B92A 2BDPA 4DU1A 5C24A 2HHSA 3QINA 3ZSOA 4KRFA 4IG3A 1U49A 4FJHA 1RBUA 2HHVA 4DTRA 4QAGA 3L2RA 4KTQA 1RTHA 3KLEA 4Z4EA 5KI6A 1TK5A 4KTWA 2F8TA 3MEGA 3LAMA 5HRPA 1BCOA 4Q5VA 1I39A 3C95A 3V4IA 1U4BA 3LZIA 3KKRA 1QS4A 3NGYA 4CFAA 4C8LA 1GOAA 4KKOA 4R5PA 1QE1A 4CIFA 1D8YA 4DFKA 4B9VA 1DLOA 1U48A 3OYIA 3LZJA 1VSDA 3BDPA 3OYEA 1Y97A 3SUOA 1RT1A 4FZYA 4CJSA 2OYQA 4KHUA 2BGGA 5CY4A 4JLHA 4CHYA 4NCGA 4N5SA 2PYLA 2DFHA 4B9MA 4KPYA 4ICLA 2Y1IA 3AVFA 4FW2A 4FLYA 2BE2A 5C25A 3EZ5A 1SL1A 4KHYA 3F9KA 3KTQA 3I8DA 2KZMA 4CECA 4CGJA 2O4GA 1A5XA 4CHNA 5HRSA 2IOCA 3OS0A 1BQNA 4W5TA 3MAQA 4DLEA 4DU4A 1ZBIA 4HVJA 4G1QA 3LP0A 3SZ2A 3KKSA 2D5RA 3K59A 4ELVA 1RCHA 1U04A 1T03A 4N56A 1TKTA 3TAQA 2ETJA 3V9ZA 3ZCMA 1QHTA 3NAEA 4J2DA 2E4LA 1WNSA 3UIQA 1UWBA 4BACA 3SPYA 3V81A 3AO1A 3PX6A 4CEEA 4LD0A 4TSXA 3VQCA 4DQQA 4M3WA 3ASMA 1NK6A 2G8FA 4CESA 4MQ3A 1LAVA 1SUQA 4FLVA 2HHTA 5KGWA 5FRMA 3AVIA 3PUFA 3VQ8A 1SKRA 1TKZA 2ZE2A 2B6AA 3AA4A 3TAFA 3IS9A 1WSIA 5FROA 5C42A 1IKWA 1RBSA 3CFOA 4BWMA 3KLGA 1Z25A 1WN7A 3QEWA 4AHCA 2OPQA 3QLHA 4JS5A 3OS2A 1YVUA 1BISA 1J54A 4FJIA 4C8MA 4AHTA 3OS1A 4I2QA 3RWUA 1NKEA 1VSFA 4ELUA 4DSFA 5HRNA 4E1NA 2DTUA 1G15A 1IH7A 4CJTA 2OZSA 3DLHA 3OJSA 4H8KA 2D0BA 3OYDA 1L3UA 5J2PA 4QCLA 4O55A 4CJ5A 2HNZA 3MXIA 2G8UA 1GOCA 3CFPA 3IAYA 3O4QA 4C8OA 3TARA 1HPZA 4UQGA 2VG5A 4E3SA 3LALA 4FM0A 3CM5A 3V1OA 3D0PA 3K57A 1L3TA 3SI6A 1BI4A 4OKJA 3TAMA 3KK2A 4J2AA 2ZQBA 3AA3A 4N47A 3MEEA 4AHRA 3PX4A 3RMBA 1WSFA 3QIOA 1KFSA 2E6MA 1TKDA 3RRGA 5J2NA 2RKIA 1QSSA 2OZMA 3AO2A 3AO4A 4HCCA 3TAEA 1CXQA 1HJRA 5HRRA 3LANA 4JRPA 4B8CA 2QK9A 4KHSA 4OLAA 4FJ7A 4DTJA 2LSNA 3VQQA 4FXDA 1EETA 5D3GA 2QKBA 5DK5A 3LP3A 3NF9A 3T19A 3T1AA 4RW4A 3QETA 4HUFA 1KFDA 2IC3A 3HPHA 4RW8A 3VQ7A 3RR7A 1RBTA 3OYNA 3TWHA 1LW2A 3SQ1A 5SWMA 2FBVA 4LH4A 3VQEA 5KRTA 3AVMA 5EU7A 1VSHA 4CJWA 1HYZA 4CHQA 3OYKA 4DQRA 3T3FA 4DFMA 3RRHA 4F3TA 1JLAA 1DTTA 3L2QA 4M3TA 4B3OA 1ZBHA 1ZBFA 3V1RA 1RDCA 4J2EA 3OYMA 4CE9A 1C0MA 1KVCA 4IG0A 1S6PA 1ZBLA 5HLFA 1XC9A 5E41A 4OVLA 1K6YA 2KFNA 4CK2A 4DQPA 4AHSA 3K5LA 1I3AA 3DI6A 3G0ZA 3ZSVA 4Q0BA 4IFVA 2VG7A 3NDKA 3P83D 1S1XA 1BGXT 2R7YA 4E19A 1VSLA 2IAJA 3FFIA 2IGIA 4AILC 3HP9A 4OPJA 1RDDA 1RTIA 3VA0A 3ZT2A 1TL1A 1CXUA 3ALYA 4E89A 1TK8A 4DG1A 3MEDA 1WSJA 4CHPA 1HNIA 3NGZA 3S3NA 3SJJA 1S1UA 4M3YA 1TV6A 4CEFA 1N5YA 1FKPA 1VSKA 3LPTA 3HVTA 2VWJA 3NF7A 4FJMA 4OGCA 2IDOA 4JRQA 4HHTA 4CHZA 4CF1A 2YNIA 1BHLA 5I3UA 3QIPA 3OYAA 4Z4GA 1GOBA 1ASUA 2GBZA 4N41A 3SQ2A 1EX4A 2HNYA 4O0JA 3PV8A 4EZ9A 4CFDA 3DM2A 4E7KA 4KI6A 5FDLA 3HJFA 1HQUA 1LWCA 4FM1A 4BE0A 1RT3A 4CEDA 4OPKA 5DMRA 1Q9YA 3SV4A 4OLBA 2KW4A 1T05A 3DOLA 3NF8A 3TANA 3CYMA 1D5AA 4ZHRA 3IG1A 4OKEA 4CIGA 1BI4B 5T7BA 1LWFA 3KJVA 2G8HA 4CJUA 3DRRA 4BWJA 1S5JA 4DFPA 3EY1A 3PO4A 1BIZA 1C1AA 3NF6A 3U3YA 3K5OA 2B4JA 1HMVA 1NK0A 1SKWA 3ZT0A 4FJJA 2KQ2A 1RILA 3DRPA 3NE6A 4XIUA 1QTMA 4RW6A 3VQ6A 2XY8A 3KLIA 4CEZA 1C0TA 1TL3A 3QERA 4FJXA 3HPOA 4E7JA 1J5OA 2HW3A 2AJQA 4CK1A 3SNNA 2I5JA 3K2PA 2HB5A 3O3FA 1NJZA 2Z1GA 2Z1HA 4LSLA 1S1WA 3LP1A 2OA8A 3OVNA 4HUEA 5I42A 1NJWA 4CGIA 1RT6A 4FCYA 3KK1A 4KHQA 1S9EA 4FZZA 1VK0A 4PWDA 3L8BA 1HNVA 3ISNC 3P1GA 3SUNA 3VA3A 2X6SA 3H08A 4BE1A 3VQBA 4KV8A 3ZSQA 4F2RA 2HNDA 1RT2A 3AO3A 3I0SA 3OYCA 2NUBA 4BE2A 1KVBA 4DTPA 2XY5A 3AVBA 4I9LA 3U3GA 1Z26A 5K14A 3WNEA 2FBXA 3VQ4A 3HYFA 3AA5X 2FBTA 2OPRA 4CJEA 4F2SA 3V6DA 4DF8A 4PY5A 2Z1IA 3ZSZA 4B8AB 5CYMA 4CEBA 2X74A 1XWLA 4Z4IA 2ITGA 3M8SA 1KRPA 2HVIA 2GV9A 3CFRA 3OYBA 2P1JA 4FLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1OH8A 2NRRA 3VMFB 3V9WA 3ZSYA 2W41A 2YB5A 4WE1A 2JQTA 2YHAA 3NVKA 4E7HA 2Q3SA 3BF3A 1C1CA 4DR2K 1HUXA 4KI4A 4CBWA 4FJ8A 3KD1E 4K8ZA 4NO7A 4CJRA 1MWMA 3WQUA 2YHXA 4CHOA 2Z1JA 1CLQA 4BRFA 3QESA 3G6EN 1FPOA 1BCMA 4FVMA 3S41A 4M3ZA 4BVPA 1WBDA 3H3NO 3L2UA 5C10A 5HL7L 1KAYA 3A5NC 4XH4A 4BY9C 3R8EA 1XMHE 1O13A 4EP5A 3M3ZA 3BF1A 2YHBA 4M3RA 1BO5O 3LWMA 2NRZA 4HUGA 1XMOK 1TAUA 4H0XB 2JHAA 3S9HA 4JEPA 2YHYA 1Q9XA 1F21A 3L2WA 2QA4N 3OYLA 1IBKK 3CQXA 4JKGB 1YTAA 2OPPA 3CETA 3AVCA 4M42A 3OGLB 2RF2A 3TR8A 3S3MA 4DQIA 1WBBA 4NCBA 3HSTB 2E6LA 3CMAN 4EPHA 4BR2A 4JKAA 4FWQA 4KHPK 1W0HA 2YJFA 3KZBA 1K8KB 4OKKA 4CJPA 2HHWA 3J2PA 5SZTA 3PO5A 4RL5A 3LDOA 4CZMA 4CEQA 4M7XA 1NK9A 4JYAK 3KD5E 4LFAK 4DS4A 1UA1A 2JPNA 4H0TB 5J2QA 1B92A 2BDPA 4DU1A 3QINA 4I6MA 1RBUA 3N4PA 3OA9A 2UUCK 3KLEA 3MK6A 5KI6A 4Z4EA 1TK5A 1YJWN 3FZMA 4JK9A 4LF6K 2P9IA 4K43A 5HRPA 1BCOA 1I39A 3LD8A 3F5TA 4DR1K 2HD0A 2UUBK 3D7EO 4C8LA 4R5PA 1Q82O 1KD1O 3ZX3A 4DFKA 3A5MC 4B9VA 2QTDA 1U48A 1S3XA 3SUOA 4CJSA 4KHUA 2BGGA 4N5SA 4JLHA 2PYLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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