3SUQA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 300
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
300
sequence length
897
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 300
structure length 897
sequence length 897
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suqA03
4ID1A 4DU1A 4FK2A 4FJLA 4K8ZA 1JXEA 2Z1JA 4DTOA 4J2BA 3AVNA 3ZSRA 3ZSWA 2ZD1A 3LZJA 1CLQA 4AHUA 4JS4A 1X9MA 4CHQA 3PX6A 4ELUA 4FCYA 3SI6A 2YKNA 2IC3A 1LWCA 2OPPA 4C8NA 1BQNA 2F8SA 3HL8A 3NH2A 4KHYA 1BQMA 4CHOA 1UOCA 1WSFA 1SKSA 4DSKA 4J2EA 3KLGA 4KHQA 4BE1A 4Z4IA 4DTXA 3OYBA 2A1RA 2I5JA 4LSLA 1W0HA 2P5OA 4IDKA 3F9KA 2ATQA 4CF0A 4DQSA 3HVRA 5C25A 1D9FA 5HROA 3OYLA 1T7PA 3ZSYA 1RTHA 3AO1A 4DSIA 4NCBA 3NCIA 4Q0BA 4N47A 1XI1A 4FZXC 1U4BA 3AVKA 4FZZA 1S6QA 2OPQA 3LZIA 3QNNA 1Q9XA 1JXBA 3DOKA 3HP9A 4J2AA 1A5XA 1I39A 4ICLA 4BACA 4O0IA 4O5BA 1LV5A 2OZMA 3VQ4A 4B9LA 4B9MA 4FLXA 4CIEA 3HSTB 1N5YA 1REVA 4NCGA 1RDAA 3U3YA 4F3TA 4DS5A 1TL1A 1JLFA 3CM5A 4FLVA 2D5RA 3V9ZA 4E7JA 3I0SA 3AVIA 1C6VA 2D0AA 4NYFA 3QETA 3G10A 3DRSA 1ZBFA 3MEGA 5KGXA 3C95A 1U49A 4JLHA 3IAYA 1VSMA 1RT5A 2YNFA 1TKXA 3SQ0A 2DFFA 3HPGA 4KFBA 2LSNA 3EY1A 1U47A 1NJXA 5J1EA 2F8TA 3PX0A 3T19A 1NJYA 4FJ5A 4LH5A 3AO3A 4OGCA 4DG1A 3V81A 1Q9YA 4DTJA 1L3TA 4OKEA 3U3GA 1YTUA 2XY6A 2Z1GA 2HHWA 4MQ3A 3O4QA 3UIQA 3TWHA 4BDZA 4RW7A 3JYTA 3LAKA 4CJPA 4W5OA 1ZYQA 1D5AA 4R5PA 3ALYA 2HHSA 2XO7A 4PWDA 1NK4A 3KK3A 2RPIA 2KFZA 4DU4A 1JLAA 4OLAA 1FKPA 4Y1CA 3IRXA 3P83D 4KTQA 4OJRA 2BDPA 1KSPA 3SCXA 3MXMA 1WSJA 2BANA 5DMRA 4CFCA 1TKDA 1NOZA 3DI6A 2XY5A 4C8LA 1WAJA 4CHNA 3SPZA 3VQ9A 4CERA 1XHXA 4CGIA 3HVTA 4CF8A 5C42A 1RBVA 4KO0A 1X9WA 4AH9A 4Q5VA 4FLUA 2HHXA 3ZSXA 2HMIA 4H8KA 1RDDA 1RBUA 4FVMA 2E6MA 1RNHA 4CEFA 1JLQA 2G8KA 5HP1A 3C6UA 4DQIA 2E6LA 3I0RA 1NOYA 2Q3SA 3OJSA 4OKKA 3JSMA 4CGGA 3RRHA 2WOMA 4I9LA 4CESA 3O3FA 3ASMA 3NGIA 1X9SA 1EXQA 1HNIA 3OYMA 1JLEA 3SUQA 2X78A 3AO4A 1HQEA 2JGUA 1WLJA 3AVLA 4C8KA 3PO4A 3LAMA 3WNFA 4CJ4A 1KLNA 3VQEA 2HHTA 3E01A 3D0PA 3L3VA 2JLEA 4EP4A 4IBNA 3HXMA 1C0MA 3RTVA 1NKBA 4AHRA 3DLEA 1HJRA 2QK9A 1U45A 4N76A 2OA8A 2FBYA 3L2QA 1RCHA 4KKOA 3VA0A 4PUOA 1QS4A 3AA2A 1VSFA 2IAJA 1KLMA 4CHYA 3RR8A 2DFEA 3QIPA 3QLHA 3RMCA 3AVBA 2G8UA 1ASUA 3VQDA 5C24A 4KB0A 2QKBA 4B9UA 4GMJB 4YFUA 3SUNA 5FROA 4DLGA 2FBTA 4I2QA 4LSNA 4BDYA 4TSXA 1DTTA 3ITHA 1NK9A 1LAWA 3OVNA 4KHNA 4CJSA 3SUOA 3NF9A 4FXDA 4GW6A 3QERA 3HPOA 3TAFA 1S1VA 3P5JA 3FFIA 3V1QA 4FJ7A 4DLEA 4FK0A 3WNGA 3OYJA 4BE2A 1SL2A 2DTUA 1BISA 1KVBA 4FJXA 3U6FA 3ZT0A 5JS1A 4RW4A 1R0AA 3P1GA 5K14A 3OYGA 2G8FA 4FLZA 1Z25A 5CZ2A 1NK8A 4E1NA 1BIZA 4DMNA 4FJHA 3SJJA 1TVRA 4CJRA 3RRGA 3TABA 3CG7A 2Z1IA 4DQRA 1BL3A 3WNHA 1KVAA 1SL1A 4E7IA 4CEEA 4HUEA 3OYAA 1S5JA 4DTUA 3ZT4A 4FJGA 3NF7A 1RTJA 4CJVA 2IDOA 2KTQA 3DLGA 4OLBA 2X74A 1QQCA 3RMBA 3SPYA 1RBSA 1HYSA 1RDCA 3M8PA 2WONA 3RR7A 4B9VA 1BCMA 4XIUA 5FRNA 4KREA 3QIOA 3CFPA 3QINA 1L3SA 4M3UA 4M3YA 1VSEA 4IKFA 4FJNA 4Z0UA 4FM1A 2RN2A 4BWMA 3T1AA 3OJUA 2HHQA 4FW2A 4CFDA 3SV4A 2ETJA 1TV6A 4CHPA 4NCAA 4FM2A 3CQ8A 4DF8A 4HCCA 3DLBA 3QESA 1HYVA 4M41A 3QEWA 3OS2A 3SQ1A 1YT3A 1C1CA 4KRFA 3MXJA 4KHWA 5I42A 2ZE2A 2PYJA 4CEAA 1SL0A 2XHBA 4DS4A 4RW8A 1TAUA 5HLFA 5FDLA 1WNSA 4FLWA 3ULDA 2EHGA 3SYZA 3K5OA 3V1OA 1D9DA 1IH7A 3ZT2A 1I3AA 5J2MA 3TAGA 3KK1A 3CFRA 3B6PA 3TAEA 4FM0A 1MU2A 3KLIA 3AVHA 3CM6A 1VSKA 2OPSA 1IKYA 2Y1JA 4M42A 3DM2A 3HM9A 4HUFA 4DFMA 4KI4A 2RKIA 3DRPA 5KTQA 2EX3A 3RMDA 4KHUA 3M8SA 4AHVA 4ELTA 3MEDA 3OYDA 4AHCA 2NUBA 1C0TA 4Z4EA 4E1MA 4FLYA 4KHSA 3AVFA 3TI0A 1CZBA 1VRTA 2XY8A 2KQ2A 4CF9A 4F4KA 2D0BA 1VK0A 2YHBA 4O0JA 4JRQA 3HJFA 1BGXT 4OVLA 4W5NA 3NH1A 3OYKA 5HRRA 4KB1A 2BE2A 1EP4A 3K2PA 3CFOA 1CXUA 5E41A 4AILC 1UAXA 1IKVA 3MECA 1S9GA 2X6SA 1SUQA 1VSLA 1WSGA 1C1AA 1O1WA 3DOLA 4ELVA 3VN5A 4LY7A 3V9UA 3A2FA 2QKKA 1LAVA 3NAEA 1EX4A 4CJQA 4CJUA 1A5VA 4F3OA 1BHLA 4IG0A 1JLGA 4KTZA 4N5SA 3L2WA 4HUGA 4EZ9A 3AO5A 1ASVA 3AA5X 1JLBA 5T7BA 3OS1A 3DLHA 4C8OA 1WSEA 4FJ9A 1IKWA 4M3ZA 3TARA 4E19A 4CCHA 2XY7A 3V1RA 4O55A 4LD0A 1SKRA 5HBMA 5KI6A 1S6PA 4AHSA 3VQ7A 2B6AA 4E89A 4I2PA 4CIGA 1NK7A 1L5UA 3DRRA 4JRPA 3VQ5A 1UA0A 1UWBA 3RMAA 4DSLA 1B9DA 2GBZA 3D45A 4JS5A 3NGZA 4BE0A 1B9FA 4L8RB 4EP5A 1NK6A 3T3FA 1TK0A 3PX4A 3S3NA 1RT6A 1Q8IA 3WNEA 4KTWA 5J2NA 4RG8A 4B8CA 2HVHA 1NJWA 3NE6A 2VG5A 5KGWA 2YNGA 1J54A 4CGJA 3O3HA 2G8HA 3MAQA 3S3OA 1NKCA 4FZYA 3OYEA 4E7KA 4E3SA 3VQBA 3AA4A 4B08A 2W42A 3LDSA 1GOCA 3K59A 4FJ8A 1HPZA 1ZBUA 4CEBA 4GVMA 3KLEA 4OPKA 1S1UA 3BGRA 3TAMA 3KLHA 3KK2A 3V4IA 4Y1DA 4M3WA 3L2RA 3K5NA 4BWJA 1T05A 1WSIA 2ZQBA 1WN7A 3F73A 4IFVA 1QE1A 2HNYA 5J2QA 1KCFA 1S1XA 3ZSZA 5CYMA 4B9SA 1S9EA 1NKEA 4DQPA 2KFNA 3QEIA 1TAQA 1ASWA 1JKHA 2RF2A 4CJFA 4PQUA 1RT2A 4I9QA 4FYDA 1IO2A 3AVCA 2HNZA 3VA3A 4DF4A 4N56A 2PZSA 3OYHA 1RT1A 4E7LA 4CE9A 3ZT1A 1CZ9A 1LWEA 1Z26A 4G1QA 1JL2A 2O4GA 4FLTA 2KW4A 1LWFA 4HTUA 1HYZA 3DMJA 3ZSOA 3MXIA 1QTMA 3KD5E 1RT3A 4F2SA 3S9HA 1KVCA 2F96A 1F21A 2YKMA 3IG1A 3KKRA 4QAGA 3KJVA 1TK8A 2XRIA 3PO5A 4N41A 3TR8A 3V9XA 2VWKA 1IG9A 3I8DA 2G8VA 4DTMA 2IOCA 3MEEA 3V6DA 4CF2A 1HMVA 3QO9A 3DLRA 3BDPA 2G8IA 3V9SA 2QXFA 1QSLA 1FKOA 3OYCA 3ISNC 4DTNA 3HP6A 2DFHA 4FJIA 1XHZA 5CZ1A 3AA3A 4CF1A 4ZTJA 4DTSA 1TL3A 4UQGA 3LP0A 4DFKA 3NBPA 3CYMA 1B92A 1K6YA 3AVAA 3VQ8A 3SNNA 3LP2A 3ZT3A 4M3TA 1QSYA 1RDBA 1TKTA 4CJ5A 1N6QA 3ZSVA 4ZTFA 3HYFA 3L2UA 5J2PA 2FC0A 4FJJA 1RT4A 4CJLA 3L3UA 1J5OA 3QEVA 1GOAA 3QEXA 3AVGA 2AJQA 4Z4FA 4CEQA 3NHGA 1S1WA 2P5GA 2YHAA 4CFBA 1J9AA 3VQPA 1RILA 4CJWA 2ITGA 1W9HA 2YV0X 3O4NA 4F2RA 1YTAA 2A1SA 2E4LA 3C6TA 1S1TA 3OY9A 4IG3A 1WAFA 1ZBHA 4LH4A 1QSSA 3VQQA 4CHZA 2KZZA 1KFDA 3S3MA 5JS2A 4YNQA 4DTRA 3C94A 5HRPA 4W5TA 4Z4GA 4CJKA 1NJZA 3TAPA 1VSDA 3ZSQA 4IFYA 1L3VA 4DU3A 4HVJA 3HK2A 1CXQA 4O4GA 1VSIA 5HRSA 4B8AB 4FJKA 4CGFA 1G15A 2IGIA 4B3OA 4B9TA 4MFBA 3L2VA 2HVIA 3VQAA 2X6NA 1YVUA 4CK3A 2G8WA 3QNOA 3G0ZA 5D3GA 1J53A 3PUFA 4OPJA 4PA1A 2B4JA 3M8QA 3M8RA 1IKXA 3DLKA 3TAQA 1RBRA 5SZTA 3K58A 1HRHA 3EZ5A 2O4IA 2VG6A 1BI4B 4CFAA 4O44A 1ZBIA 3KD1E 3DYAA 3IS9A 3K57A 2P1JA 1VSJA 5HRNA 5DK5A 4W5RA 4CJTA 1ZBLA 2P51A 3K5MA 1ITGA 3LP3A 3RWUA 1NK5A 4HHTA 4CIFA 1SKWA 4QOZB 1T8EA 4KI6A 4CEDA 3HT3A 1RBTA 1BI4A 4DFPA 1EETA 3OYIA 1D8YA 2GV9A 2FBXA 1T03A 2PY5A 4H4MA 4E7HA 1L3UA 1KFSA 2HHVA 5CY4A 3HO1A 2B5JA 2DY4A 4W5QA 3OYNA 3ZCMA 4M3RA 4HCBA 5KRSA 4CEZA 4OKJA 4DTPA 1GOBA 1TK5A 4Z4HA 2R7YA 4M45A 3NFAA 3OYFA 4F8RA 4EZ6A 4FJMA 3KIOA 1VSHA 2BGGA 1X1PA 4ZHRA 3AVJA 1RTIA 4FK4A 4DWIA 4CJ3A 4BDPA 3HPHA 3VQ6A 1HNVA 1HQUA 2Y1IA 3PY8A 1TKZA 4PY5A 1XWLA 4KAZA 3LPTA 4CEOA 3KTQA 3VQCA 2HNDA 3LP1A 3SUPA 4NYNA 5KRTA 1FK9A 1WSHA 4E0DA 1DLOA 2OYQA 5EU7A 1JLCA 1BCOA 3THVA 3NDKA 4B9NA 2GUIA 2VG7A 2YNHA 3AVMA 1LW2A 3PV8A 1Y97A 2PYLA 2HW3A 2IS3A 3H08A 1JL1A 1C1BA 3QEPA 1DTQA 3O3GA 3EYZA 3NF6A 4J2DA 4CJEA 1LW0A 3OS0A 4ID5A 3SZ2A 4KPYA 3V9WA 1UA1A 4K8XA 3LALA 2VWJA 3LWLA 3NF8A 3LANA 4FW1A 4RW6A 3KLFA 1KRPA 4I7FA 4DFJA 1U04A 1RT7A 3LPUA 3KKSA 3TANA 4H4OA 4DQQA 1EKEA 4DSEA 4DSFA 4CECA 2OZSA 3B6OA 1XC9A 4DSJA 2FBVA 4QCLA 4CK2A 1QHTA 2KZMA 4WE1A 3SQ2A 4CGHA 2Z1HA 1C0UA 1A5WA 1BIUA 1SV5A 1FXXA 2HHUA 1VRUA 5CYQA 3L8BA 1NK0A 3AO2A 5SWMA 3NGYA 4CGDA 2YNIA 4RW9A 2OPRA 3AV9A 5FRMA 3NH0A 4AHTA 5I3UA 2D0CA 1KTQA 4M3XA 4Z4CA 3SQ4A 1TGOA 3SV3A 1RTDA 4C8MA 2HB5A 1U48A 3K5LA 4CK1A 3LWMA 4OGEA 4KV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1NK9A 2CGJA 1LAWA 3GDQA 5GIPA 3CJ9A 4V19S 3W0LA 2HF3A 4AM7A 1YJWN 1FZ9E 3QERA 3V1QA 3T69A 3E9PA 2DTUA 1BISA 4BC4A 3DXMA 3P1GA 4JKCA 5K14A 3OYGA 1R0AA 2G8FA 4FLZA 5CZ2A 3U8XA 5AQUA 1BIZA 5C2DA 4CJRA 1GLFO 3TABA 3CPEA 4BG8A 2Z1IA 4PHTX 4E7IA 3L2OB 4HUEA 2Q2RA 3OYAA 3ZT4A 4FJGA 2KTQA 3DLGA 4ISEA 3SPYA 1HYSA 5FRNA 2WONA 1MHYG 1L3SA 4M3YA 4Z0UA 4B9QA 1NGBA 3CI5A 4KH6A 3T1AA 1BA0A 4CHPA 5C15A 3CQ8A 4DF8A 1HYVA 3MXJA 4KHWA 2ZE2A 4CEAA 1SL0A 4DS4A 1HX1A 5HLFA 4FLWA 3V1OA 1IH7A 3ZT2A 1NGAA 1WOQA 3M1FA 3TAGA 1W7AA 3TAEA 4FM0A 1MU2A 2D1KA 4AKHA 1VSKA 5CR4A 4KI4A 1ATNA 2JHCA 4JV5K 1YITN 3MEDA 4AHCA 1N34K 1C0TA 4JI8K 4FLYA 3AY9A 5AZIB 3AVFA 1CZBA 4CF9A 4F4KA 4JRQA 1GLCG 1BGXT 4KB1A 5FPMA 1VSLA 1C1AA 2O8BA 4DV0K 3NAEA 4CJQA 1C0FA 1A5VA 1IJJA 4B1ZA 1BHLA 4CBXA 4HUGA 2P9IA 1ASVA 4C8OA 4DHYA 3TARA 4E19A 4NO7A 3FZHA 2Q36A 3F2KA 4HWIA 4LD0A 2FXUA 4YY3K 1SKRA 1S6PA 4E89A 1P22A 1L5UA 1FZ1E 5JICA 3VQ5A 1UA0A 1U2VA 3RMAA 1UWBA 1B9DA 2GBZA 3D45A 4K42A 3S41A 1JW2A 4DR7K 3FZFA 3SK3A 4XEIA 3E66A 5AQYA 4AKIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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