3SZPA

Full-length structure of the vibrio cholerae virulence activator, aphb, a member of the lttr protein family
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSNLTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio cholerae
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3szpA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3szpA02
4ZZDA 2EWNA 1ZH5A 4U7DA 2BEOA 3HTSB 3M9AA 5D4RA 5E1XA 4L9TA 2HYFA 2W24A 2DPDA 4KNYA 2XROA 1KU9A 3QU6A 3QOPA 1R22A 2QQAA 4EJOA 1U78A 2M1BA 3KLNA 1G6NA 4Y17A 3GFIA 2VT3A 2W57A 3OV8A 3O6BB 3E6DA 1XSVA 2FNPA 2ESHA 2P6TA 1TW2A 1FP2A 1F5TA 2Z99A 3QPTA 2MA3A 3GEZA 4H0EA 2A68F 4ZH4F 1YW9A 3K1PA 2IA1A 4RB0A 4CO8A 5BPIA 2QLZA 4NHJA 1GHCA 2IVMA 4LMYA 2MD5A 4UXNA 1ZREA 2ZBKA 1UB9A 4HQEA 2XAQA 4I2OA 2QBYB 2FXAA 1S7OA 2QENA 4RB3C 3RJPA 4YIFA 1JHFA 4A5NA 1UCRA 2O61A 2VC0A 2Y0MA 2LF7A 3ZMZA 3F22A 2KKOA 3ZQ7A 1R5GA 3JAMK 2MC3A 4XLNF 2W84A 1P4WA 2XVCA 3FMRA 4YFKF 3ELKA 2AXLA 4MEXF 3R0AA 1G3YA 5CYVA 4I98B 2NNNA 4BQAA 5HS8A 3CDHA 4WXCA 2DO7A 2UZKA 3V4GA 4BHCA 3R60A 4ZYGA 4HX7A 2BV6A 3WE3A 3K2ZA 1SAXA 2DLLA 2IT0A 1IUYA 2FE3A 1BI2A 1EH8A 2Q2EA 4G6DA 2DT5A 5CVIA 4L5JA 3F8NA 1ON1A 4WK8F 5CVJA 1S7AA 4GYIA 3BY6A 1RUNA 1K6OA 4HF1A 2P7CB 5KK1A 3RTRA 1ZGAA 4RAZA 3Q5FA 3WU1B 5HVQC 1LDDA 2Y48A 1K78A 2HOEA 2HQRA 5D8LB 5E1WA 1ZG1A 3JTGA 5FFXA 3B02A 2R7DA 3RYRA 3LAJA 2KIUA 3BJ6A 3CO6C 5HS9A 3WTWC 2D1HA 1T98A 4ESJA 2G7HA 3CUQA 3DFGA 3T0YA 2OA4A 3WTTC 4ETSA 2FRHA 3HUGA 4P55A 4AVPA 3DP7A 2ZJ2A 1MZBA 1Z91A 2EA2A 3TDZC 1J0RA 3N4MA 1W4MA 2KIMA 1YFHA 4OIQF 4IRIA 5HOOA 2H6CA 1G4DA 1YS7A 2ISZA 1T2KA 4KYWA 3RPUA 3KLOA 5E1ZB 1HW5A 3TDUC 5CVUA 3E6BA 2JPBA 5FD6A 4P5OA 3I53A 3QPHA 3FF5A 1EH7A 1XDUA 2GZWA 2YPRA 3L7WA 3HTUA 4EM2A 3VOEA 1E2XA 2K7LA 3G3ZA 1ZAOA 4M72A 3CUOA 2Z33A 1SD7A 1AWCA 2LNBA 3I0TA 2RGVA 2VN2A 1Y0UA 1B6AA 1LVAA 3HRTA 1RNLA 1JGSA 2ZCWA 5E8IA 5LEJA 1TLHB 3M1EA 3DPLC 3EDPA 2PJPA 2CG4A 2ESNA 3FXQA 2OQGA 3JTHA 5ILVA 4L9VA 4FX4A 3BP8A 1J75A 1I1GA 5D6EA 1ULYA 1R1VA 1L3LA 1MDMB 2FQ3A 1OYWA 1IAWA 3F72A 1QZZA 1Z6RA 1B1BA 4N0BA 3COAC 2JTVA 4EM1A 3L00A 3E5UA 1FYKA 2HEOA 2XKPA 1FP1D 4LG0B 4O3MA 4HX8A 3P9KA 3ZMTA 1ZARA 4KT5C 2R7FA 1FYLA 2EFPA 4NB5A 2CSOA 4RGSA 4U0WA 3LFKA 4ESBA 1TNSA 4YG2F 4UVCA 4UV9A 4A2UA 1UHWA 2E1NA 1ZRFA 2VBWA 3ECHA 1IN5A 2KIFA 1BOAA 4GCVA 2TDXA 1OR7A 3H3UA 2MLKA 1DUXC 4HDVA 1AOYA 2P5KA 4XLPF 2KRFA 4S05A 4F7ZA 1FLIA 3TOAA 1YLFA 4EMSA 1ZLJA 1HKTA 3SQNA 2H6BA 1T38A 1WQ2A 4Q48A 4WXHA 5LBQA 1BC7C 2V79A 3GLXA 3BPXA 1DDNA 2D1VA 3HHGA 2OBPA 2C6YA 4EJUA 2QBYA 4NQWA 2PMUA 2OAZA 4DNCA 1GXPA 3GX4X 3M8FA 5D4SA 2NRAC 4IPAA 5D6FA 5FB2A 1DPRA 1OMIA 2FU4A 1MJAA 1D3YA 4OIPF 1K7AA 1PUEE 4LGWA 4HBLA 4L9NA 3R6SA 2M8EA 5FLXZ 5DV5A 1J7KA 2MH9A 3PFIA 4M9SA 1REPC 1LEBA 1Q1HA 3IKTA 2ISYA 3FMSA 4ENMA 2MH2A 2CGPA 4QLCU 1D5VA 2Z5UA 2CWEA 4LLLA 2STWA 1DPUA 4ON0A 5CLSA 4OINF 4FT8A 3WGIA 2EFOA 4GYGA 3V7CA 1CGPA 2A5YB 4ZZLA 1F1ZA 1QO0D 2G9WA 2K4JA 3HYIA 2HXRA 4M71A 3DF8A 4KFCA 1IN4A 2XHKA 2M5WA 4IHTA 1XGSA 2EJRA 3IWFA 4PCQA 4U7BA 3DV8A 3LA7A 1JHHA 4KN7X 4AIKA 2FBHA 4L18B 5A2QK 3J80K 2GA2A 2VE9A 2H94A 4RB1A 4HZFA 1WSUA 1TQPA 2PFBA 3RKYA 2CQKA 2HZTA 2O3FA 5ICEA 2QWWA 5K5RA 5A2QZ 1IN6A 3J80Z 2QM3A 5LGTA 5ED4A 2XAFA 4KMUX 1D8KA 3KP7A 5DDGA 3PQJA 3R61A 1ZGJA 3W6KB 5LHIA 2XV4S 1U5TC 5IT3A 2PI0A 1SD6A 3CO7C 3HRUA 1YG2A 1P92A 3M7GA 1X3UA 4YIIA 4UVBA 3WGHA 1BM9A 2RVCA 5F64A 5J6XA 4M9ZA 4O5VA 2HDCA 1O3QA 1PP7U 3LA2A 2QUFA 4BXUA 4Q5SF 5LHGA 3J81K 2LF8A 4BH9A 4I0AA 1EH6A 1ODDA 1KQ0A 2HQNA 1S6LA 4CHUA 4KMFA 3J81Z 2L4AA 4BAYA 3SZTA 5JI6A 2QVOA 2E7XA 4N9IA 6PAXA 3HOTA 2WWYA 5E17F 2JRTA 3CTAA 3SXYA 3ZN1A 1MDMA 1O7FA 4IHSA 4Q47A 2DBBA 2PQ8A 1JXSA 3EUHA 3F8BA 2DPUA 4LLGF 4HLXA 2RNJA 3T8TA 3V8LA 1R23A 4GGGA 1UHMA 4LG0A 5HDKA 3GF2A 3CLOA 4MGRA 3OOPA 1RUOA 1HSTA 3LSTA 3ERED 1KQ8A 3F3XA 2XUBA 2O8XA 2ZNYA 5DCMB 2VBZA 2O0YA 1IN8A 4AWXB 4I7HA 2F2EA 3WG9A 2YX7A 3P9CA 4M6YA 3LWFA 2V6CA 1ZRCA 1OPCA 3L09A 1J59A 1KYZA 3HHHA 1IRGA 4ZYEA 1FWZA 3FX3A 1R00A 1S3JA 2D45A 4L0YB 4BYYA 2P6SA 2BE5F 3LAPA 2RKHA 1L0OC 2FMYA 2STTA 1IXCA 2PMHA 1O3RA 4LB5A 2PEXA 5LHHA 1P4XA 5DYMA 4R8HA 4IVNA 4B09A 3N97A 1LEAA 4CXFA 3R0JA 2RDPA 2ZO4A 3ZMDA 2G7UA 3MWMA 2P7VB 1KU7A 3FM5A 3TO9A 2HFHA 2WC2A 1LB2A 1U8RA 1J2XA 3C3WA 2ADUA 4WF2A 2JPCA 2FBIA 4UHTA 1ZRDA 1XMAA 3ZP5A 4GXOA 4GO1A 2Y75A 2DW4A 2WTEA 4EV0A 3KFWX 2YR2A 2J5PA 1H0MA 2M30A 2W85A 1XSXA 4QWQA 5F6FA 2HYGD 2COMA 2VT2A 4HAMA 4IF4A 1RI7A 2V1XA 3QU3A 1MKMA 3KZYA 3MAJA 4OU0A 2P5VA 2RV8A 4RAYA 5D8KB 4KIFA 3TQNA 1SFUA 3H3ZA 4R79A 2UWMA 4ENKA 5K1YA 3GZ6A 2F5EA 2DFIA 1QNTA 2L4MA 3SHFA 2HTSA 2HS5A 2PN6A 1XGOA 3GUDA 2GXGA 2DU9A 2IP2A 2Q8KA 3KP3A 2GQQA 4HA8A 3DXJF 3RPQA 4RGUA 2QQBA 1J5YA 1KGSA 4MQ9F 2ZXJA 3DPTA 1SMYF 4EJVA 4G8XA 3TO6A 1Z1DA 2XKOA 1GVJA 3I5UA 3EYIA 2NNYA 3WE2A 3PQKA 4AIHA 1FBSA 2J5OA 3GFMA 1LQ1A 1XDSA 2RQPA 5LLQA 1FYMA 2KJBA 2CW0F 4EVIA 1HW1A 1BBYA 3FHZA 5JHUA 1W7PD 5E8GA 4L9JA 2XAJA 5JR3A 5IT9K 4I02A 3Q9VA 4EQQA 1E17A 2Z3YA 2IW5A 4L0ZB 1MGTA 2E1CA 1YW8A 5LRSA 1K79A 2D2WA 5D5VB 3T8RA 2DQRA 4KA4A 1P2FA 4Y13A 5IT9Z 1XMKA 1TQMA 4KDPA 1I5ZA 4Y15A 1W7PB 1Z9CA 1U2WA 3HRSA 2FNAA 5L3EA 4CGZA 5K5OA 2GXBA 5BOXA 5ILUA 1YS6A 3BROA 2ELHA 1KU2A 3E97A 3IWZA 3LQQA 4ESFA 2HR3A 5FLXK 3SZPA 5DUIA 4P9FA 2YSRA 3NEUA 3MZYA 1XGNA 4IRGA 2LKPA 3V7RA 2EV6A 3WTVC 3BJAA 3KEOA 2QZ8A 3R4KA 1ZHFA 4JQFA 3GFLA 1HKSA 4PGHA 3RKWA 1ZYRF 4OIRF 1GXQA 4QBAA 3BPVA 4Q4ZF 1BIBA 3FZVA 2IA2A 4K2EA 5DCMA 3HSFA 4HX4A 2FMLA 5L3FA 3SFZA 4BHPA 1TNTA 2A6EF 1IF1A 2XASA 2YU3A 3F21A 1FY7A 2QYOA 1O7LA 3KP4A 1ZN2A 5E20A 3F8MA 3P7NA 4CICA 4LK0F 3HOSA 5EEHA 1H9GA 1U5TB 1XCVA 2A6HF 1HSJA 2QQ9A 2M45A 5HLGA 4XRFA 5J8CA 1H9TA 2V1UA 4PGGA 2NAZA 3VFZA 4E70A 3E6MA 4EJTA 2F5FA 2DQLA 3I64A 3WTSC 2A69F 4UVAA 2A3SA 3D0SA 3TO7A 1IN7A 3CJNA 2VBYA 3HFUA 1MJ9A 3CUQC 1BI0A 3K1MA 4P9UA 1TBXA 2DI3A 4M73A 3VODA 1FT9A 1PP8F 4HOBA 1D8JA 4OOIA 1ONVA 3QRFF 3GVAA 1W5TA 1TQIA 2ZFWA 4WX9A 2OU2A 4KN4X 3ECOA 2EV0A 2O03A 4HV5A 2OD5A 2Q0OA 3KCCA 1PDNC 2NS0A 4G94A 2ETHA 2DK8A 5BMZA 3RIRA 4A0ZA 4OMYA 3ABUA 1S8NA 4B8XA 4PZJA 1CF7B 1BJAA 4RGRA 4G7OF 3TOBA 3KE2A 2A61A 1IRFA 5FD5A 3BWGA 5TJJA 3V8KA 1HKQA 4UV8A 5H6RA 1I6XA 3FXRA 1R58A 3KP2A 4IJAA 1BC8C 4UNOA 1OYIA 1XB4A 4JK1X 5DD4A 5H6QA 3BDDA 5L3DA 5AIPA 3V8JA 1TW3A 5L3GA 5CVRA 1BIAA 2R3SA 2P8TA 5BPDA 3F8CA 1Z6TA 1FBQA 4BHBA 3QP6A 3ISPA 3I59B 4IXAA 3Q9SA 4FX0A 4LFUA 5JFRA 1LNWA 5FFZA 1V4RA 1R1UA 1QPMA 2BBYA 3I54A 2W25A 5ILSA 2H27A 1FZPB 5LEKA 4R1HA 5AIQA 4CZZA 5J8FA 4ENJA 1YYVA 4A6EA 1XGMA 3HIFA 3K0LA 1FC3A 1NHAA 1IW7F 4KIGA 4N9HA 4A0XA 1VTNC 2EFWA 1QBJA 3E5XA 1OKRA 3IRRA 3C18A 3GYHX 1WWXA 4EJWA 4EM0B 4WCGA 4BNCA 1SD4A 3ROUA 1G3SA 1JE8A 4M9XA 3J7AO 3MFKA 3DEUA 3ZMUA 2MBFA 4LJZF 3G73A 2OQRA 2L3DA 2EV5A 4KUMA 3GWZA 1W5SA 1KU3A 3F8FA 2CO5A 5E18F 3VB2A 1B9NA 3LQRA 3E6CC 2BGCA 2XGXA 2LDUA 1F4KA 3BZ6A 1TTYA 4YFXF 3BOQA 3L2CA 3IKVA 3C1DA 3IC7A 3RDIA 3JAMZ 1YO5C 4JVIA 3U2RA 3GW2A 1EV7A 3S2WA 3W6JB 2DK5A 1F9NA 2VE8A 3ZN0A 1V3FA 1W7PA 3ZMSA 4HV6A 4EGZA 3T5XA 5DUKA 4LK1F 2LSOA 3KP6A 2CYYA 1Z05A 5JVTA 4M74A 2H09A 1T0FA 2HGCA 3EYYA 4UUVA 1O57A 4HQMA 4I09A 3FMQA 1KQ9A 4G6QA 3IHUA 4MQVA 4YFNF 4HF0A 1R5HA 4HYEA 3WTUC 3MQ0A 2ZKZA 3HSEA 4CDGA 3RYPA 3LA3A 2GIVA 2WV0A 1T6SA 1FOKA 2FSWA 2UXXA 5DD8A 3WGGA 2VBXA 1XSDA 4DQ2A 1T39A 2PBIA 1LDJA 5EEGA 4D0PA 3GO5A 2FF4A 3F23A 2VOPA 2P4WA 1R36A 4A12A 2EA4A 2AS5F 4MTDA 3FXUA 2ZMEB 1B9MA 5FO5A 4ENNA 1BI1A 1XCBA 5L3BA 2MLGA 2B0LA 1QQIA 3GFJA 1U3EM 2Z9OA 3KEQA 5FGMA 3IL2A 2HTJA 1Z7UA 4U88A 1YW7A 3K1NA 2OZ6A 1ON2A 1FBUA 1HBXG 3FWEA 3RI4A 1U5TA 3E5QA 5BQTA 5DCFA 4P96A 5K5QA 5ICCA 2VONA 5D5XB 4HF2A 1DP7P 2DTRA 4G9YA 3DQVC 4EGYA 1HQCA 3ABTA 2ACJA 3T1BA 4HDUA 3REOA 5HS7A 1FSHA 5LGNA 2V9VA 2CFXA 4RB2C 5CVVA 3L9FA 5CJ9A 3I58A 1QGPA 3GZ5A 4M6XA 3WODF 3RKXA 2VODA 1SFEA 3JSOA 2XRNA 1I27A 2K02A 4MEYF 1S29A 3KZZA 5HLHA 3AAFA 2FEZA 4CYDA 3U9GA 3F6VA 3KETA 4A5MA 4ZYDA 1RIOH 4KICA 3TKYA 1FPQA 1SD5A 5H20A 1G3WA 1BN5A 3IRQA 3NQOA 3WTZA 2K27A 3V7SA 4Z2YA 1HW2A 3ZPLA 1CF7A 5DEQA 1R7JA 1IZ1A 5LGUA 5D5UB 4I0BA 5ICGA 2ZNZA 4JVCA 2PG4A 1SMTA 2VC1A 4I01A 2E7WA 1LJ9A 3BJOA 1FSEA 5LRRA 3MZHA 2KJCA 3TGNA 2IRFG 4OIOF 4O6JA 4TV7A 3QAHA 1U6GA 1IXRC 4MHGA 3EQLF 3M8EA 3NRVA 2L54A 3F6OA 2VOOA 1WRJA 4U0VA 4G7ZF 2HWVA 3WTYC 1MJBA 2EK5A 3VEPA 4LLNA 2XAGA 4RGXA 4KIBA 4L5IA 2V1DA 3I59A 1J9IA 2FOKA 3U1DA 1KYWA 2RN7A 3FM3A 4ASNA 3O2PE 3WU0A 1ZG5A 1MD0A 3D5LA 3H92A 2K86A 2O6GE 3ULQB 1WKMA 4HLYA 3QP5A 4AIJA 4RS8A 2L02A 5HDGA 2RC4A 4JBAA 1K78B 1B59A 2X0LA 4WXDA 4IRHA 1OYYA 3MEXA 5AONA 2EFQA 2PLYA 2FA5A 1G3TA 1KA8A 3C7JA 1SFXA 3K9TA 5ICFA 1IXSB 1XD7A 1B4AA 3E3VA 3EETA 3O3KA 1BI3A 4G7HF 4JVDA 3I71A 2HKOA 2GAUA 2DAOA 2F5CA 3B73A 4LD5A 5ERIA 3CUQB 1FNNA 2OZUA 1P6RA 4XBFA 1P4AA 3P9IA 5HLIA 3KP5A 2GA1A 1FX7A 2NYXA 2P5LC 2L01A 4OMZA 1UFMA 1O3SA 2IA0A 3WTXC 3JW4A 2UXNA 4U0YA 5F1RA 3HSRA 2EB7A 2YX4A 1YQAA 1I1SA 1YIOA 3MCZA 5D5WB 2A07F 4A0YA 2JSCA 5BS6A 1A04A 1USTA 5KVRA 2K4BA 4FHTA 4XSZF 5TRDA 1STZA 2VXZA 2JT1A 2BYVE 1ZLKA 4AD9A 3DKWA 4MNUA 1QZYA 1ZG3A 1YTYA 2FBKA 3K69A 4HW0A 3I4PA 5HDNA 2JZYA 1USSA 1WI9A 4LB6B 2IJLA 2F5DA 2IPQX 2XAHA 1C0WA 5L3CA 1HXDA 4PDKA 1R1TA 1XN7A 3HRMA 1O3TA 2M87A 3ZMVA 1RZ4A 4A6DA 4ZYHA 2X4HA 2ZMEA 4S04A 2GWRA 3GXOA 2EFNA 4MTEA 3JSPA 2HKXA 4WWCA 4XSXF 1LDKB 3ML6A 2XIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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