The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Human tRNA(Lys3)(UUU) Is Pre-Structured by Natural Modifications for Cognate and Wobble Codon Binding through Keto-Enol Tautomerism.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUA K; 2UU9 K; 4LF8 K; 4DR6 K; 3JAM O; 3T1Y K; 4B3R K; 4DV6 K; 4JI5 K; 1HR0 K; 4DV1 K; 4LF4 K; 1N36 K; 4JI2 K; 3J7A P; 4JI8 K; 4AQY K; 4LF5 K; 2UXB K; 4X65 K; 3J7Y P; 5LMU K; 4DV4 K; 4DV7 K; 5IT9 O; 4DUZ K; 4CVN E; 5IWA K; 4DV5 K; 4LFB K; 4B3T K; 4JYA K; 4DR3 K; 2UUB K; 2ZM6 K; 5AJ3 K; 2UXD K; 1N34 K; 1N33 K; 1XNR K; 4GKK K; 4GKJ K; 2VQE K; 2VQF K; 4DR1 K; 2E5L K; 4JI0 K; 4LF7 K; 1HNW K; 1XMQ K; 4KHP K; 4X62 K; 1XNQ K; 4DR4 K; 4JI7 K; 5FLX O; 1N32 K; 4X64 K; 1HNX K; 4JV5 K; 1IBM K; 4JI1 K; 1I94 K; 3T1H K; 4NXM K; 4V19 S; 1HNZ K; 1XMO K; 4K0K K; 5LL6 Z; 4LFA K; 5A2Q O; 4NXN K; 4YHH K; 5BR8 K; 4B3M K; 4YY3 K; 4DR2 K; 2UXC K; 4JI4 K; 4DR5 K; 3OTO K; 4X66 K; 4DV3 K; 4DUY K; 2HHH K; 1IBK K; 4OX9 K; 4DV2 K; 5LMN K; 4DR7 K; 3J80 O; 4DV0 K; 2UUC K; 4B3S K; 1J5E K; 4LF6 K; 4JI6 K; 2F4V K; 3J81 O; 1IBL K; 4LF9 K; 4LFC K; 4CW7 B; 4JI3 K; 1FJG K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FRM A; 2F7T A; 2IAJ A; 3SJH A; 4DTN A; 4O55 A; 3L2W A; 3MX2 A; 2PY5 A; 3MEC A; 5FRO A; 1T3V A; 4JKB A; 4JI5 K; 4KI4 A; 1N8R O; 3C7N A; 5KPT A; 1VSF A; 4DQR A; 4CJ3 A; 4IEE A; 1NGF A; 4NB4 A; 4RW4 A; 2W6K A; 4DTP A; 4JI8 K; 4NCG A; 4CEZ A; 1ZBH A; 3HP9 A; 1NWK A; 4WYB A; 3DYA A; 5AQU A; 4N56 A; 5HRS A; 2YNG A; 4BQZ A; 4J2E A; 3VOV A; 1SS6 A; 1NM1 A; 2A6A A; 4FLU A; 4YOY A; 4RCH A; 3UKU B; 1NG9 A; 1BHL A; 4DQQ A; 4DG1 A; 2UXD K; 4B3O A; 3M3Z A; 4CED A; 3O5B A; 1SQK A; 2ZWH A; 1M1K O; 4A62 A; 1C0U A; 3HTV A; 1QSS A; 3EKU A; 5LJW A; 3VMF B; 4PL8 A; 1T7P A; 1LAW A; 2E5L K; 2IC3 A; 3HSC A; 3RR8 A; 2BDP A; 4GMJ B; 1ASV A; 1Q82 O; 4BR2 A; 5AR0 A; 1LW0 A; 4BC4 A; 4DMN A; 3I8D A; 3TI0 A; 2QTD A; 3L2R A; 4OGE A; 2YHA A; 4V19 S; 4B1Y B; 4RW7 A; 4FJG A; 1ITG A; 1YXQ A; 1HNV A; 3RWU A; 1NGJ A; 3K5L A; 3ZSV A; 5AQP A; 5BR8 K; 4DQI A; 4NCB A; 4DR2 K; 2NRT A; 4K42 A; 1JLF A; 3AVC A; 4MO5 A; 3WXI A; 1ESV A; 5C15 A; 4BWM A; 4WQ5 C; 3L4I A; 1KSP A; 4DU4 A; 4KB1 A; 3HL8 A; 5GAD P; 2CGL A; 1S1U A; 3K5M A; 4FYD A; 4FVU A; 3RMC A; 1E4G T; 3AO1 A; 1HPM A; 3MCA B; 4KH6 A; 2V7Z A; 2FF3 B; 3ZET A; 4RW9 A; 1YUW A; 4H0P A; 5HBM A; 2QXF A; 1D4X A; 2QWP A; 4LF8 K; 3CCR N; 3VQ9 A; 3T1Y K; 4IO8 A; 5BRH A; 3LAK A; 3LP3 A; 3O3G A; 1JLA A; 1RDA A; 1IKV A; 3D45 A; 3QEX A; 2F8T A; 1K8K B; 2JWK A; 3NCI A; 3QML A; 1XUP O; 4H5V A; 3J7Y P; 4BG8 A; 4DV4 K; 3OYJ A; 3DI6 A; 1NK7 A; 1D9D A; 5KTQ A; 5HL7 L; 1DLO A; 4OKE A; 1Z26 A; 4W5R A; 2VG5 A; 3SQ1 A; 4E89 A; 3RRH A; 1NJZ A; 5FDL A; 5C24 A; 2ZD1 A; 3M8R A; 2KFN A; 3S3O A; 3E1Y A; 3THW A; 5CY4 A; 3J8A A; 4JKF A; 4IO9 L; 5AQQ A; 4CHZ A; 2YHY A; 3UE5 A; 3I56 N; 2G8H A; 3DJC A; 4M63 C; 3VER A; 3GL1 A; 3VQP A; 3RSE A; 4JI7 K; 2HF4 A; 3U4L A; 3ALY A; 4HCB A; 3CIP A; 1U48 A; 4FM2 A; 3SPY A; 2ZE2 A; 4ILG B; 3ZCM A; 4CBU A; 5FPD A; 3DRS A; 4HUE A; 3SV4 A; 2CH5 A; 4Z4I A; 3OVN A; 4DU1 A; 5LL6 Z; 1X1P A; 4DWI A; 2E1Y A; 5GAH P; 4DSL A; 2NRH A; 3UB5 A; 3ZT1 A; 4FWM A; 2A1S A; 3RMB A; 3U3Y A; 4O44 A; 4EAH D; 1SKR A; 3KWI A; 3PSI A; 1IBK K; 3QIP A; 3U8X A; 4KB0 A; 2GWJ A; 4YOW A; 4DV2 K; 4E7K A; 1KAX A; 3MWT A; 4O4G A; 3LWL A; 1ZBL A; 4FWP A; 1NJW A; 5E84 A; 1U45 A; 1NKE A; 1M90 O; 3PX4 A; 1KRP A; 1HKB A; 3LDS A; 3SYZ A; 4CF1 A; 2OA8 A; 3LDQ A; 3QB0 A; 1VQN N; 4AM7 A; 3O1W A; 1RBU A; 3DLG A; 1BL3 A; 2A42 A; 3DLK A; 3E66 A; 4FK0 A; 1Q8I A; 1IKY A; 2A5X A; 1B92 A; 5GIP A; 2KFZ A; 5J1E A; 4KAZ A; 3D0P A; 3OS0 A; 2X78 A; 3ITH A; 4AQY K; 3QER A; 1R0A A; 4FJI A; 3MN6 A; 3TAF A; 3O80 A; 5BPL A; 1VSK A; 3L2U A; 3ATU A; 5GAE P; 5I9E B; 4DV7 K; 4DUZ K; 1SAZ A; 1BG3 A; 3ZX0 A; 4FL9 A; 1TVR A; 1JL1 A; 3QNO A; 1D5A A; 4C8L A; 4BC2 A; 3VQ6 A; 4O5B A; 2GUP A; 3V9U A; 1BA1 A; 3C65 A; 4H5W A; 2XHB A; 1QQN A; 1NNE A; 3NFA A; 4DR1 K; 3HST B; 3CJ9 A; 4FOI A; 3CI5 A; 1VHX A; 3THV A; 3OYD A; 4MO4 A; 3QEP A; 3O4N A; 1KAY A; 1BQN A; 3LZI A; 4EHT A; 4NLB A; 1N32 K; 2O4I A; 1OH5 A; 2JGU A; 2QEX N; 1SKW A; 3A5N C; 3TWH A; 3EL2 A; 2Q31 A; 3AA2 A; 3CFR A; 4CJE A; 4CHY A; 4OVL A; 2XY5 A; 1W7A A; 3CFO A; 3OS2 A; 3HP6 A; 1VSE A; 2HBL A; 1X3N A; 4JI4 K; 5AFU H; 4F4K A; 4CJW A; 5DMR A; 3V1Q A; 2YCH A; 5AQG A; 2A1R A; 4M3X A; 3HT3 A; 3GDQ A; 4B9M A; 3MN5 A; 1WAF A; 4N76 A; 3LDL A; 4CFC A; 3O8M A; 4CIF A; 3P4I A; 4CJT A; 5AQS A; 4LD0 A; 3WXJ A; 2KW4 A; 4EFH A; 1NLV A; 1WSE A; 3DLE A; 4ILH A; 3KKS A; 4JI3 K; 1HMV A; 2OPP A; 1C0T A; 4FK4 A; 2IIR A; 2QWQ A; 3KLH A; 3K9J A; 1WN7 A; 4CIG A; 4DFK A; 4EZ9 A; 2P9U B; 3JAM O; 4KHN A; 3BZK A; 4F9O A; 4BR5 A; 4KH5 A; 4DSK A; 5BN9 A; 1L3T A; 3WQT A; 4M3W A; 5JS1 A; 2FBY A; 2O8E A; 3UKR B; 1RT6 A; 2QK9 A; 1V4S A; 1NGA A; 3A0I X; 3QNN A; 1J9A A; 4E1N A; 2A3Z A; 2YKN A; 3LP1 A; 3HPG A; 3U9D A; 4NO7 A; 3PIO L; 2B6A A; 3D2E B; 4CGF A; 3K9K A; 1IG8 A; 3AVM A; 2FSN A; 2E2O A; 2ASP A; 4PHT X; 4JYA K; 3TTC A; 2QWN A; 3OS1 A; 3OYE A; 3ZT4 A; 3JSM A; 3HM9 A; 1XC9 A; 2XO7 A; 3QEV A; 2O8C B; 4NCA A; 4BE1 A; 3TAR A; 3EKS A; 3O9U A; 2FXU A; 3BY5 A; 1T6D A; 4X62 K; 2HVI A; 1X9W A; 1NGC A; 2W41 A; 3ID8 A; 3ASM A; 3SMP A; 5CHI A; 1ZBS A; 2YV0 X; 3HJF A; 4O5F A; 3CJ7 A; 1XMO K; 3SQ0 A; 5EXW A; 3KK2 A; 3AVN A; 3SAG A; 4RWT A; 2VYP A; 2P5O A; 3C6H A; 3R3L A; 4I6M A; 2E1Z A; 5AZI A; 4CEB A; 4X66 K; 3D6R A; 2RHK A; 4BRD A; 3I8B A; 3I55 N; 2HOE A; 4FJL A; 1VQ6 N; 4CJ4 A; 4Z4G A; 3H45 C; 2H3G X; 1NGB A; 3T69 A; 4HHT A; 1U04 A; 2D5R A; 1T44 A; 2WON A; 3QIN A; 4DF4 A; 3J81 O; 2O8D B; 2FSK A; 4LF9 K; 1Z25 A; 1GOB A; 3BDP A; 4J8F A; 4DQ8 A; 3ULD A; 2I5J A; 1VSL A; 3SMS A; 1VSD A; 4MQ3 A; 2GWK A; 1S5J A; 3ENO A; 1ZBF A; 4M3T A; 4BRI A; 4CI6 A; 1JCG A; 2OTL N; 3ZT3 A; 2AP1 A; 5F2R A; 3EEQ A; 4MDB A; 3LDO A; 4B1V A; 1RGI A; 2GX9 A; 3V81 A; 2HVH A; 3L6Q A; 4CFA A; 1KVC A; 1EP4 A; 1NOZ A; 1LWE A; 4Q0B A; 4AHV A; 4AF1 A; 4CVN E; 2F9W A; 1UA0 A; 1L3S A; 2E6L A; 3CCL N; 5KQD A; 4PUO A; 4LFB K; 3VTI A; 3QIO A; 4FK2 A; 1N6Q A; 4JKD A; 4JKG A; 4YOT A; 1JXB A; 5J2M A; 2F96 A; 3F73 A; 1W9H A; 3NAE A; 4H5R A; 3CMA N; 3MEG A; 4CCH A; 3VA0 A; 1RT5 A; 4M45 A; 5M1N A; 3OYB A; 2DFE A; 1ATN A; 3A8Y A; 4CZJ A; 2QWL A; 3OBY A; 4A61 A; 3CCM N; 4KV8 A; 3RRG A; 1QSY A; 4JS4 A; 4CHN A; 3V6D A; 3V4I A; 3QFP A; 1BIU A; 1IBM K; 2HHX A; 4JI1 K; 1J6Z A; 1TAQ A; 1VQL N; 2UYT A; 2Q2R A; 3VQE A; 5CYQ A; 2BAN A; 4CZI A; 3WNH A; 1U2V B; 3A2F A; 3LP2 A; 2I7N A; 4C8O A; 3QFU A; 1LCU A; 5CYM A; 1TKZ A; 3DLB A; 3LP0 A; 4FZX C; 1WB9 A; 4KHQ A; 1QQM A; 4DUY K; 2QKB A; 4BDZ A; 4BRG A; 1KVB A; 1HQE A; 1ZBU A; 1JXE A; 3JYT A; 3HO1 A; 5F0X A; 4H5T A; 5AQF A; 3KKR A; 4C1N K; 2G8K A; 3EN9 A; 4Y1D A; 4AHR A; 4O8K A; 1IBL K; 3FFK B; 3HRG A; 1VSH A; 1GLJ O; 1VRT A; 3KZB A; 1I39 A; 4BRP A; 4KHW A; 1XI1 A; 1C0G A; 4XEI A; 4DTJ A; 1JCF A; 3SI6 A; 4KH4 A; 4B3R K; 3DLL L; 4BAC A; 4KKO A; 3ZSY A; 2HND A; 1DEJ A; 2IVP A; 5AQY A; 4E0D A; 4JHD B; 4CF2 A; 3BGR A; 3K5N A; 3NGI A; 3KIO A; 3KLG A; 1D8Y A; 3HOS A; 2DFF A; 4JD2 B; 4L8R B; 4X65 K; 2AJQ A; 3CHW A; 1KD1 O; 1VQM N; 4A5B A; 2PAV A; 3ZSQ A; 4CK2 A; 3TAE A; 4YOR A; 2YNF A; 5AQJ A; 1RIL A; 4XIU A; 4B8C A; 2D0A A; 1NKC A; 5AQI A; 5AQT A; 2GEL A; 1L3V A; 3SV3 A; 4OPA A; 2P9N A; 1E4F T; 2Z1G A; 1WLJ A; 4WCE L; 1VSI A; 2Q36 A; 2FF6 A; 1YF5 L; 3DXK B; 4Z94 A; 3MED A; 2P9K B; 5AQX A; 3LDN A; 3S41 A; 3CC7 N; 4BRC A; 2P9P A; 4DU3 A; 4E7H A; 1CXQ A; 4BY9 C; 3SCX A; 1GLA G; 3ZYY X; 3J7Z O; 1HNX K; 1B9D A; 3IUC A; 2P9L A; 3ULE A; 4JV5 K; 3CYM A; 4QAG A; 4QS8 A; 4W5O A; 4CF8 A; 3AO5 A; 1HQU A; 1Q18 A; 5DM7 L; 4B9Q A; 1X9S A; 2YJF A; 2O4G A; 1YIJ N; 3IKM A; 1JLG A; 3H3N O; 3RSE B; 1NMD A; 3AVL A; 4IG3 A; 3O6W A; 3E9O A; 4GNI A; 3OTO K; 1QVG M; 4IJN A; 3H3O B; 2ASO A; 4BGB A; 2VWJ A; 4CBX A; 2OAN A; 2RE2 A; 5LMN K; 1QHT A; 4B8A B; 1R59 O; 1NJY A; 1SL0 A; 1TYQ B; 3PO4 A; 4MDA A; 3AAR A; 3RMA A; 1BUP A; 2IVN A; 5BR9 A; 3KLE A; 3AY9 A; 3F9M A; 5SWM A; 4FJX A; 4FVM A; 4DSE A; 3QES A; 4HCC A; 4CF9 A; 3O9Q A; 2GBZ A; 4A2B A; 5EX5 A; 4CK3 A; 5CR4 A; 3DXM A; 4CJQ A; 1EWQ A; 2UUA K; 4UY8 O; 3CJA A; 2KTQ A; 3HBT A; 1TK8 A; 5HRO A; 1BDG A; 1BGX T; 2X74 A; 3QET A; 1VQ9 N; 1HR0 K; 3VEN A; 5CZ2 A; 2YJE A; 4FLW A; 2ITM A; 4CZE A; 2YHB A; 2CH6 A; 2XY7 A; 3PUF A; 4LH5 A; 2UXB K; 1EKE A; 1Z6R A; 2VWB A; 3FLC O; 1WNS A; 3L4Q A; 3I0S A; 3AGK A; 1RBT A; 3OYK A; 3LZJ A; 3VQ4 A; 3CG7 A; 3FE1 A; 4CFB A; 2G8I A; 2RN2 A; 3LPT A; 4BRF A; 4IFV A; 3NH1 A; 4CJL A; 4JKH A; 3F5T A; 1UAX A; 4CGI A; 5AZJ A; 3TSU A; 3NMU A; 4F3O A; 3EE9 A; 3VGK A; 3VQ7 A; 3HZ6 A; 4H0O A; 4GKK K; 1KTQ A; 4CZL A; 5EVZ A; 5EY4 A; 1S22 A; 1D9F A; 1YAG A; 5AQK A; 3N4Q A; 2P9S A; 4BDY A; 2WBN A; 3LAM A; 4DTU A; 1RCH A; 1T05 A; 4BDP A; 4FLV A; 3M8P A; 2D0O A; 4Z4E A; 1GLC G; 3QIC A; 4QOZ B; 3DAW A; 2JLE A; 1S9E A; 4ELU A; 3CCE N; 2KZZ A; 1TV6 A; 3OYG A; 1TAU A; 1WSF A; 3H46 O; 2YHW A; 4H8K A; 3N4P A; 4B9U A; 1NGH A; 4A59 A; 3HXM A; 4OX9 K; 4BRH A; 4FWK A; 3WXM B; 3SNN A; 4QCL A; 1XWL A; 5BRD A; 4DV0 K; 1RDW X; 3NH2 A; 4FM1 A; 1O13 A; 2RF2 A; 4FLT A; 2O8B B; 1WSG A; 5I42 A; 3UKU A; 3D2F B; 4KTQ A; 1HYZ A; 1OKJ A; 1DTT A; 1XHZ A; 1NGE A; 3VF4 A; 2WC9 A; 3O1B A; 3IAY A; 3CQY A; 5C2F A; 4FJM A; 3VQB A; 3AO4 A; 1HYS A; 2NZT A; 2BH1 A; 4M7Y A; 1BO5 O; 3NGY A; 3DWL A; 4I7F A; 2QWR A; 4U7B A; 1SUQ A; 4H5N A; 1LAV A; 4JI2 K; 2NLX A; 4W5Q A; 1BA0 A; 1LOT B; 5FPE A; 2P1J A; 2OZS A; 4CGG A; 3OJU A; 2VCP A; 4O0J A; 4AM6 A; 4WFB L; 4FJJ A; 2NRZ A; 3V9S A; 3ZEU B; 4JRQ A; 3A5O C; 4F2S A; 4FJK A; 4YOU A; 3QEI A; 1TK0 A; 2D4W A; 3LAL A; 4NYF A; 4WE1 A; 4H0T B; 3KVG A; 4C8M A; 4BWJ A; 4ELT A; 4HTL A; 4DFP A; 2CGK A; 4U67 L; 2KKZ A; 4YFU A; 2HBM A; 4IFE A; 1ASW A; 1BIS A; 2Y1I A; 1XNQ K; 2QKK A; 2Q0R A; 1NOY A; 4EZ6 A; 2EHG A; 4BRL A; 3KK3 A; 3T1H K; 2P9I B; 4LH4 A; 4F8R A; 1IO2 A; 2OPS A; 3TPQ A; 2FBT A; 2HHU A; 4CHO A; 5D3G A; 4LFA K; 3OYF A; 4CJK A; 4E7J A; 2DFH A; 3MMV A; 1K8K A; 5ADX A; 4DTX A; 2HF3 A; 3U3G A; 5BRE A; 3KD5 E; 1NBW A; 1YT3 A; 4K41 A; 3QBW A; 4KTW A; 4DV3 K; 2HHH K; 3MDQ A; 2VG6 A; 1SZ2 A; 5J2N A; 1HUX A; 3QBX A; 4CGJ A; 4YDU A; 3FZK A; 3HM8 A; 3K59 A; 3G4S N; 3FZL A; 2HHV A; 4RG8 A; 1DGK N; 3G0Z A; 1S6P A; 4CHP A; 3VTH A; 1YJN N; 4CW7 B; 4B9S A; 4JK7 A; 5LY3 A; 4M42 A; 3QEW A; 3KWG A; 2ZJQ L; 5T7B A; 3BF3 A; 3WEE B; 5GIN A; 1BU6 O; 1WUA A; 1J5O A; 4F3T A; 1WOQ A; 3KLI A; 5K14 A; 4DKW A; 3KD1 E; 1ILY A; 3MXI A; 3LL3 A; 1N36 K; 2YX6 A; 2O8F B; 3GG4 A; 3ZSW A; 3GBT A; 3EY1 A; 1RT4 A; 3B8A X; 3OYA A; 4E1M A; 4DS4 A; 4CJP A; 4HVJ A; 4NYN A; 5LMU K; 4FM0 A; 4IDH A; 1X9M A; 5IT9 O; 5IWA K; 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