The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
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| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GIP A; 3NMU A; 3PLA A; 3ID6 A; 2NNW A; 5GIN A; 5GIO A; 4BY9 C; 3NVK A; 3T7Z A; 3NVM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WCE L; 2P9I A; 2QWP A; 4BC4 A; 1S1T A; 4RW9 A; 1JXE A; 3EE8 A; 1J53 A; 2P5G A; 3TWH A; 3CCE N; 1JKH A; 3AVB A; 1VSK A; 1YXQ A; 3CCQ N; 4E19 A; 1RGI A; 2VQE K; 3I33 A; 4XIU A; 4CFB A; 3DLH A; 3WNH A; 4JV5 K; 4EFH A; 3EY1 A; 4B3M K; 4CFD A; 3BP8 A; 3P83 D; 4BRM A; 2E88 A; 2IIR A; 1HNZ K; 3B8A X; 3CYM A; 3AVJ A; 1CXQ A; 4DHY A; 4JI5 K; 2AP1 A; 3HPG A; 4H5T A; 3MX2 A; 2HBK A; 4FWQ A; 5JLH A; 3CCJ N; 4FOE A; 4IKF A; 3MAQ A; 5KQ8 A; 4KI4 A; 4FWM A; 5BRD A; 3F73 A; 4BGA A; 3QNO A; 3KZB A; 1KVA A; 3QIN A; 4M45 A; 3BZK A; 3UKR A; 1YJ9 N; 4FWN A; 3ZX2 A; 4DCH A; 3M8S A; 4BDZ A; 1LCU A; 3V9U A; 4C1N I; 4DTR A; 4FK0 A; 1C0G A; 4KB0 A; 1GOB A; 4FJN A; 3ZET B; 3WXK A; 3HK2 A; 3V1Q A; 4CHP A; 1J5E K; 2XRI A; 2PAV A; 4YOY A; 3CPE A; 1KAX A; 3GDQ A; 3VGK A; 1GLJ O; 4DV3 K; 4FJM A; 4DWI A; 4JI1 K; 4KHS A; 4IEI A; 1HX1 A; 1X9W A; 5DK5 A; 3TTF A; 4IOC L; 3CJB A; 5C2F A; 2UXC K; 2X78 A; 4F2R A; 4OPH A; 1RCH A; 1NGH A; 4FM2 A; 3R6M A; 3FE1 A; 1NK8 A; 1V4S A; 1NK6 A; 5KPR A; 3ITH A; 5EY4 A; 1RTH A; 1HYS A; 1WNS A; 3OJU A; 3VQD A; 4JAX A; 1Q9X A; 2Z1I A; 1GOA A; 4DR6 K; 3LZJ A; 4KHU A; 3WT0 A; 3QEW A; 1NGG A; 1U4B A; 1HKB A; 4F3O A; 4BAC A; 4YOW A; 2A40 A; 3E9O A; 4JRQ A; 2UXD K; 4HUE A; 4JKG B; 4EAH D; 3HBT A; 3T1H K; 3SQ2 A; 3IUC A; 1K6Y A; 3L3U A; 3IKM A; 3CQY A; 1S22 A; 3JXU A; 4YDU A; 4DG1 A; 3E9P A; 3ZSR A; 3SV4 A; 4B08 A; 4G1Q A; 3DM2 A; 3QET A; 1REV A; 3HXM A; 4CFC A; 4J2E A; 5KI6 A; 1LAV A; 1KSP A; 4MO4 A; 3J7A P; 4RCH A; 2D5R A; 1IG8 A; 4Z4I A; 3PLA A; 1Q18 A; 3O6W A; 2AJQ A; 1VQ4 N; 4DSF A; 3FFI A; 3HPO A; 2D0B A; 2WTU A; 1NMD A; 2PZS A; 4B9M A; 1XNQ K; 1QZ5 A; 2NRR A; 3OYA A; 3MEC A; 4O44 A; 1MWM A; 1HNX K; 2RHK A; 1FKO A; 2PYJ A; 1L3U A; 2NRV A; 4WQ4 A; 3ZCM A; 3V1O A; 3HL8 A; 4DQI A; 3CI5 A; 4E7L A; 3QEX A; 3TAG A; 4U67 L; 3KTQ A; 3LP2 A; 4LH4 A; 3ASM A; 3F9K A; 3K57 A; 4Z4H A; 4O5F A; 3K5M A; 2ASM A; 1J54 A; 3AV9 A; 1JXB A; 3K0S A; 3UKU A; 3QFU A; 4BE1 A; 3O9R A; 3T19 A; 4EZ6 A; 2G8K A; 3WXM B; 3LDL A; 3QIP A; 3CFR A; 4CEE A; 1YT3 A; 3UIQ A; 3DXK A; 4B3T K; 5BR8 K; 2WOM A; 1NGI A; 5C15 A; 5HP1 A; 2NRZ A; 3AA4 A; 5LMN K; 3ENO A; 1ITG A; 2ITM A; 1RBU A; 4QS9 A; 1ATS A; 2XO7 A; 3A5N C; 4DLE A; 3MK6 A; 5BRF A; 3O8M A; 3ZX0 A; 4JKH A; 3KD5 E; 4BR5 A; 3THX B; 2YJF A; 3AVC A; 4DR7 K; 4YOT A; 1CLQ A; 2DY4 A; 2P1J A; 1WAJ A; 3DMJ A; 3O4Q A; 3DAW A; 5AQO A; 4BRA A; 2IAJ A; 3SAG A; 2RN2 A; 3W0L A; 5J2P A; 3QES A; 2O8E B; 2QXL A; 1X9J A; 2W40 A; 5KTQ A; 4JD2 B; 3S41 A; 3CC2 N; 3U9Z A; 4FJJ A; 2GBZ A; 3A5M C; 1HPZ A; 4HVJ A; 1XMQ K; 3R1X A; 4XEI A; 4NXM K; 4DTX A; 2VG6 A; 5AQQ A; 3VQ4 A; 5BPM A; 3AO2 A; 1BO5 O; 4O5B A; 4BQZ A; 1YIJ N; 2JWK A; 4B1W B; 4CZM A; 1W2B M; 4DSI A; 4OPA A; 2HHU A; 3PIO L; 3WNE A; 3HP9 A; 4DTJ A; 1EET A; 4IEE A; 1VQ7 N; 3SQ4 A; 3A8Y A; 2PFU A; 3F9M A; 4BY9 C; 3AGR A; 1WSJ A; 3SZ2 A; 3NHG A; 3M3Z A; 5CYM A; 3SK3 A; 5A2Q O; 5IWA K; 3U4L A; 5I9E B; 3S9H A; 1RDU A; 2IVN A; 1MA9 B; 3W3D A; 2Q0R A; 4DSL A; 1DTT A; 1QQC A; 1EP4 A; 3LDP A; 3ZEU A; 2ZWH A; 2G8F A; 1RBV A; 4B1Y B; 3VER A; 3AVL A; 3C0B A; 4HWI A; 4FJ5 A; 5CYQ A; 4DSK A; 1O13 A; 4H0T B; 2O8C A; 4H0O A; 1IV0 A; 3PIP L; 4CZF A; 5AZJ A; 1VQO N; 2IOC A; 3H08 A; 2KFZ A; 1F21 A; 3AVH A; 4BRG A; 1XWL A; 1NKC A; 3I8D A; 1QVG M; 3MED A; 3PX4 A; 4B3O A; 3ULE A; 3DLE A; 4CZG A; 4K42 A; 3HOT A; 4JKD A; 4JK7 A; 4ELT A; 4GW6 A; 3N4P A; 3VQ8 A; 4BC5 A; 2ITG A; 3CCM N; 1NLV A; 5KGW A; 4WFN L; 3RMC A; 1NK9 A; 4M3U A; 3CJA A; 3K58 A; 4NXN K; 2WFB A; 4OGE A; 2HHQ A; 3R9P A; 4DQQ A; 1RT6 A; 1TVR A; 1QSY A; 1JCG A; 3EZW A; 5GIO A; 1Q9Y A; 3THY A; 3ZSO A; 2QWO A; 5J2N A; 3WEE B; 5M1Q A; 2NRT A; 2NRW A; 5AQT A; 3NE6 A; 5C12 A; 1SQK A; 4JYA K; 4IFE A; 3U8X A; 3HI0 A; 3LAL A; 1L3V A; 1GLF O; 3FZL A; 2OPS A; 4CEA A; 1YJN N; 3NGI A; 2BGG A; 3SYZ A; 4KBO A; 4J2B A; 4AH9 A; 3P38 A; 3KVG A; 3LM2 A; 4WQ5 A; 1SL1 A; 2YKM A; 4CBU A; 4DS4 A; 2YHY A; 3K5O A; 2E6M A; 1C1A A; 3T1Y K; 2YV0 X; 1V4T A; 3BZC A; 1S72 N; 4GV9 A; 4CGJ A; 4JI7 K; 2B6A A; 3O9T A; 2E1Z A; 1NK5 A; 1YVU A; 1GLL O; 5AZI B; 5AQY A; 4KB1 A; 5CZ2 A; 5LJV A; 5AQR A; 3C6U A; 3MN6 A; 2HF4 A; 3I0S A; 4XH4 A; 2CGK A; 1ZC6 A; 3O9Q A; 5FRM A; 1JLG A; 3IS9 A; 4BR2 A; 3OY9 A; 3BF3 A; 3I56 N; 4BRF A; 4ZTF A; 2PY5 A; 3VEX A; 3O1B A; 1SUQ A; 4EZ9 A; 3VQA A; 3O4N A; 2QXF A; 2Z1J A; 5CHI A; 1HPM A; 2NNW A; 4DKW A; 4DR3 K; 4EHU A; 4LF5 K; 3ZSQ A; 5HL7 L; 2QWQ A; 1C6V A; 3RMB A; 1S6P A; 1NJX A; 1L3S A; 5M1K A; 4DFJ A; 1FW6 A; 2V51 B; 1NOZ A; 5CR4 A; 4OJR A; 2YHX A; 4FVM A; 1U6Z A; 1C1C A; 1TV6 A; 3O3G A; 2KLA A; 1LWC A; 1D8Y A; 2RPI A; 1XUP O; 4GNI A; 3OYI A; 2HF3 A; 3C6T A; 4FM1 A; 4JN4 A; 4H0V B; 1Z26 A; 4E89 A; 4CFA A; 4B9Q A; 4CZJ A; 1P8Z A; 4A59 A; 5JVG L; 1D4X A; 1YJW N; 5C24 A; 4FJL A; 3VEW A; 1ASV A; 4HCB A; 3U3Y A; 4C8N A; 4CJW A; 4DV1 K; 5E41 A; 1W9H A; 3T3F A; 4Z4G A; 3K5L A; 2HW3 A; 1B92 A; 4JI4 K; 4YOR A; 1KVC A; 5GAH P; 2CH5 A; 3DXM B; 5BPN A; 2O8B A; 3QML A; 4M3W A; 1UWB A; 1TKZ A; 3O9U A; 3TI0 A; 1Q82 O; 4KRF A; 3VEO A; 5AQG A; 5AQN A; 3ZSW A; 3PSF A; 1IKV A; 3TU5 A; 1NKB A; 3DWL A; 1BA0 A; 5BRH A; 3NBP A; 4C1N K; 3UE5 A; 2KTQ A; 2P9S B; 2P9N B; 1U45 A; 1DEJ A; 3PO4 A; 2HNY A; 1A5W A; 1FJG K; 3ZSX A; 5M1N A; 2KFN A; 2OAN A; 2OCE A; 3P39 A; 4CHY A; 1RNH A; 4W5R A; 1N6Q A; 1XHZ A; 2W41 A; 2WC9 A; 1Z6R A; 1YTU A; 3DYA A; 4HTU A; 3LL3 A; 1FXX A; 1ZXO A; 5FPN A; 4DQ8 A; 1QTM A; 4J2D A; 1YF5 L; 4IO8 A; 4L3Q A; 4BDY A; 4PUO A; 1OH5 A; 1CZB A; 1U2V B; 1S3X A; 3KLF A; 2ZF5 O; 3RVC A; 2G8V A; 3DLL L; 1E3M A; 2E8A A; 1KD1 O; 4BRO A; 4NO7 A; 1VSL A; 1S9G A; 1VAZ A; 3OYM A; 3MN7 A; 4ID5 A; 3D2F B; 1U04 A; 4NCB A; 1T05 A; 2HHW A; 2IVO A; 1WUA A; 4A61 A; 2O8F B; 3E01 A; 3KK1 A; 3KJV A; 3CCS N; 2QWL A; 3E9L A; 4I6M B; 4LC9 B; 3NCI A; 1TAU A; 5E84 A; 1QQN A; 4FWS A; 4M3R A; 4N41 A; 4DQR A; 2VWJ A; 1XNR K; 3MEE A; 3EKS A; 2ZD1 A; 3V9W A; 4CJ7 A; 4H0X B; 3I0R A; 3ZT4 A; 3KKS A; 2FXU A; 3OVN A; 4LSL A; 3ID8 A; 1I3A A; 4JKF A; 1ATN A; 1NWK A; 2QEX N; 2HHT A; 4FOI A; 5M1F A; 4OKK A; 3VEY A; 2FBY A; 3AAQ A; 5HRO A; 4RG8 A; 5C25 A; 1IBK K; 2YI1 A; 1HR0 K; 3D7E O; 1WBB A; 1HYZ A; 3KK2 A; 1S6Q A; 3HYF A; 4B1Z A; 4AHT A; 1D9D A; 4U7B A; 1ASU A; 1T44 A; 3TPQ A; 4DF4 A; 4N47 A; 1LWF A; 4FWK A; 4FJI A; 3C94 A; 1ZYQ A; 4BRP A; 3QDK A; 1HQE A; 2NRH A; 4CGG A; 4CD3 A; 3KLI A; 3RMA A; 3R8E A; 3CJ7 A; 3VQ6 A; 4KH6 A; 2W42 A; 3O4W A; 2VGM A; 3AVA A; 1S1W A; 3KWG A; 4PKI A; 1TK0 A; 3Q7C A; 3VQC A; 2NLX A; 1C0U A; 2O8D A; 3LPU A; 4IG0 A; 2Z1H A; 3OYG A; 3CD6 N; 1RT7 A; 3L2V A; 3L8B A; 1GLA G; 3ZT2 A; 3FZH A; 4KV8 A; 2P9L A; 3V1R A; 5HLF A; 1VQL N; 4R79 A; 3VQ5 A; 2E6L A; 1BWF O; 3DRS A; 2ZE2 A; 4FK2 A; 2P9P B; 3NGY A; 4FWO A; 4A5B A; 4GKJ K; 4GVE A; 1OH6 A; 2P9U A; 3AVI A; 1MDU B; 4I9L A; 3VN5 A; 1GLC G; 3LP0 A; 1Z25 A; 2J4R A; 4BRQ A; 4CJF A; 5AJ3 K; 4ZTJ A; 3V9Z A; 1YI2 N; 2WON A; 2O4I A; 3LDN A; 1BIZ A; 1ILY A; 5F1X A; 3TAQ A; 5I3U A; 1OVY A; 4BRN A; 2RKI A; 1RT2 A; 2FC0 A; 4BC2 A; 1BQN A; 2CGL A; 2GEL A; 3CME N; 1YTA A; 1RDA A; 2P51 A; 4JHD A; 4FXD A; 3I8B A; 1C0M A; 2D1K A; 3NH2 A; 3K5N A; 3D0P A; 1YUW A; 2Q1N A; 3TAR A; 4OO1 J; 3SUQ A; 3FFK B; 1FK9 A; 2BAN A; 4BR0 A; 5JIC A; 2ZJR L; 4CJ3 A; 2QK9 A; 4KI6 A; 3BF1 A; 4H5V A; 2R7Y A; 4MDA A; 4LF7 K; 1JJ2 M; 1NGB A; 4BRC A; 3AA5 X; 2QTD A; 3FGU A; 1ZBI A; 4AHR A; 1JLE A; 3U9D A; 2O8E A; 4KAZ A; 1B9D A; 3D45 A; 3QLH A; 1IG9 A; 2G8U A; 4CF1 A; 3SI6 A; 4KKO A; 2VWK A; 3S3O A; 2VWB A; 2D0C A; 3TAN A; 2YKN A; 1DKG D; 1NU0 A; 4CEF A; 4CZE A; 4ISE A; 1NJY A; 4IDH A; 2UU9 K; 2ZQB A; 2IGI A; 1KCF A; 1SKS A; 4BRI A; 3MN9 A; 4EP5 A; 1JCE A; 5GIP A; 5D3G A; 3OS2 A; 5GAE P; 4JK9 A; 1NGD A; 3VMF B; 2ATQ A; 1K8K A; 2GUP A; 3L0Q A; 4PA1 A; 3L6Q A; 5B8H A; 1X3M A; 1E4G T; 3VTH A; 1Y97 A; 3CC7 N; 1WLJ A; 3H3O B; 3L3V A; 4OKJ A; 3L2W A; 1QS4 A; 4EIA A; 4CEC A; 3CCL N; 4IJA A; 1A5X A; 4CJS A; 5ADX A; 2KZM A; 1JCF A; 5BN8 A; 1VRT A; 3RSE A; 1BU6 O; 4DQS A; 3QIC A; 3VOV A; 5AQK A; 3L4Q A; 2OYQ A; 2GV9 A; 2Z1G A; 4CIG A; 1SKR A; 1KVB A; 3SJJ A; 4B8C A; 1N8R O; 4DR4 K; 2A1R A; 1U49 A; 4E3S A; 1W0H A; 4N76 A; 1SZ2 A; 4DTU A; 5DM7 L; 3TAM A; 3WNF A; 5KRT A; 5FRN A; 4CEB A; 3CJ9 A; 3C95 A; 4HUG A; 2F8S A; 3WQT A; 2Q36 A; 3ID6 A; 3TTD A; 1WOQ A; 5C0Y A; 3H45 C; 3QEI A; 5GAD P; 4RW4 A; 4E1N A; 2XY6 A; 3E66 A; 2YHB A; 4WYB A; 3O3F A; 3UKR B; 1OH7 A; 3J80 O; 5AFU A; 4IG3 A; 1XC9 A; 1JLA A; 3CM6 A; 3VA3 A; 4ISG A; 4KTW A; 3LAK A; 1SKW A; 3BUZ B; 2FSJ A; 4DQP A; 1BIS A; 5FLX O; 5AQH A; 3SAF A; 4CHO A; 3AO1 A; 1KRP A; 3IG1 A; 5EU7 A; 1N32 K; 3R3L A; 1RT3 A; 1GOC A; 3SUO A; 4CBW A; 4R5P A; 3DOL A; 3EL2 A; 4FWP A; 4JKC A; 2BE2 A; 3OYK A; 3HT3 A; 1N33 K; 2B5J A; 3ENB A; 4O0I A; 3OYL A; 4FLT A; 4NLC A; 3SAH A; 3SQ0 A; 2VCP A; 3CG7 A; 2D0O A; 4FW1 A; 3CFP A; 1QSS A; 4LF8 K; 1I94 K; 1BL3 A; 3RMD A; 3L4I A; 4CEO A; 2WUS A; 1S5J A; 4OPK A; 2XY5 A; 3MEG A; 2D0A A; 2E20 A; 2Q97 A; 2HMP A; 4NYN A; 2XY7 A; 3JS6 A; 1NOY A; 4F4K A; 3HTV A; 3VEN A; 2GEM A; 2HHH K; 3QNN A; 1BA1 A; 2Q0U A; 5GAG P; 1X1P A; 1NJZ A; 2GUI A; 4C8L A; 3C65 A; 2F9T A; 4Z4C A; 3TAB A; 3K59 A; 4YOV A; 2H3G X; 5J1E A; 1ATR A; 4CJT A; 4ELU A; 4DV0 K; 1BQM A; 2KHO A; 3AVG A; 2DTU A; 5AZI A; 4OGC A; 2HST A; 3NF7 A; 2YHA A; 1QSL A; 1HKC A; 4X62 K; 4W5N A; 3O08 A; 4NCG A; 3WXI A; 1IBM K; 3M8P A; 4CBX A; 4YOX A; 4FSV A; 1NK0 A; 3ISN C; 1CXU A; 4B1U B; 1LW2 A; 3H6E A; 3VET A; 1A5V A; 4DU1 A; 3MN5 A; 1HQU A; 3VGM A; 2JLE A; 1U47 A; 3SNN A; 4BC3 A; 5AR0 A; 3T69 A; 4QS8 A; 3DLR A; 5SZT A; 2OPR A; 3O80 A; 1TL3 A; 1QHA A; 5F2R A; 4DS5 A; 3AVN A; 4CE9 A; 3DRP A; 5C10 A; 4H8K A; 1KXP A; 4H4O A; 1KC8 O; 4FO0 A; 4KPY A; 4M42 A; 1XHX A; 3BY5 A; 4BRE A; 1KAY A; 5LJW A; 4B3R K; 4ZHR A; 4QOZ B; 1VSH A; 2KW4 A; 3EKU A; 4FW2 A; 4CZK A; 1QQO A; 5AQS A; 3KLG A; 4BE0 A; 3TAP A; 3TSQ A; 4DV7 K; 1TKD A; 3D6R A; 4DR5 K; 1NGE A; 3OYH A; 4B9T A; 1BCO A; 2NZT A; 2G8W A; 5J2Q A; 3DLG A; 3LAM A; 4CVN E; 3S3M A; 4JI0 K; 5KRS A; 4JI8 K; 3MWT A; 5E26 A; 1NKE A; 4RTF D; 4CEZ A; 4DV5 K; 2Y1I A; 4DTS A; 1RTJ A; 5AQJ A; 2ETJ A; 3DXM A; 3LWL A; 1JLQ A; 1OH8 A; 3UKU B; 4A5A A; 2W6K A; 3KK7 A; 1NNE A; 2BTF A; 3KWI A; 4G9Z A; 4F8R A; 4DTO A; 2UUA K; 4BR4 A; 3T1A A; 5HRP A; 3J8A A; 3OS0 A; 4KHN A; 2F4V K; 5MLC Q; 1GLD G; 1SV5 A; 2ASO A; 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