The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
155
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structure length |
155
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Chain Sequence |
MIIERLVGNLRDLNPLDFSVDYVDLEWFETRKKIARFKTRQGKDIAIRLKDAPKLGLSQGDILFKEEKEIIAVNILDSEVIHIQAKSVAEVAKICYEIGNRHAALYYGESQFEFKTPFEKPTLALLEKLGVQNRVLSSKLDSKERLTVSMPHSEP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Metal binding protein
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| molecule keywords |
Urease accessory protein ureE
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| publication title |
Crystallographic and X-ray absorption spectroscopic characterization of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+ and Zn2+ reveals a role for the disordered C-terminal arm in metal trafficking.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
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| total genus |
41
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| structure length |
155
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| sequence length |
155
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02814 | UreE_N | UreE urease accessory protein, N-terminal domain |
| A | PF05194 | UreE_C | UreE urease accessory protein, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | HSP40/DNAj peptide-binding domain | Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | UreE, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NY0 A; 3AGZ A; 2B26 A; 3TJ8 A; 3L9Z A; 3TJA A; 2HFV A; 3AGY A; 1GMW D; 2Q2G A; 3LZ8 A; 3AGX A; 1EAR A; 4J80 A; 1XAO A; 1GMU A; 2QLD A; 3NXZ A; 1GMV A; 3LA0 A; 3TJ9 A; 1GMW A; 1NLT A; 4L3K A; 3I38 A; 1C3G A; 1EB0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VIC A; 2DGU A; 3DLG B; 2N82 B; 2VJV A; 4U95 A; 2MQO A; 4JI1 F; 4OYI A; 3MM9 A; 1R8C A; 2DO0 A; 4B02 A; 4DPO A; 1K8A T; 2V50 A; 4LRD A; 3C46 A; 1GMU A; 1YRX A; 2GQC A; 3OD2 A; 3SDE B; 4TY8 B; 3C6U A; 3DN9 A; 2JFK A; 1RA7 A; 4KGM A; 4O4R A; 2NYI A; 1QVG R; 1H74 A; 4H54 A; 2CG8 A; 4ED7 A; 1XAO A; 2HNZ A; 1R8H A; 3JQM A; 3L7O A; 2ZBP A; 3OTE A; 2K3I A; 2ALZ A; 1CUL A; 3NY0 A; 3RG6 A; 4EI2 A; 1KP6 A; 3AD8 C; 1UVI A; 2WW8 A; 3V6H A; 3T9N A; 3VGV A; 3TAR A; 2XWY A; 3Q8S B; 1HKA A; 1YQH A; 2QTW A; 2AX0 A; 2J9D E; 2DEJ A; 4O3R A; 3H2L A; 2YXL A; 5EX0 A; 2VZ9 A; 3W8G A; 1X5P A; 4DL5 A; 3R1L A; 2ZBQ A; 1GK8 A; 2DRD A; 4M94 A; 4U9R A; 3LGN A; 3QRR A; 1VHI A; 1WF0 A; 4ED4 A; 5CZV A; 1D1U A; 3NS6 A; 4HI1 A; 3HVR A; 3IMQ J; 4KSE B; 3ZZ0 A; 3MCO A; 3M6V A; 3V6K A; 4L74 A; 1I6J A; 4WP9 A; 4DPX A; 4MK9 A; 2PMH A; 2IPO B; 3MR2 A; 1U02 A; 4KFB B; 4UW2 A; 1AW0 A; 1EKS A; 3AGZ A; 4J9V A; 5BYS A; 2OPR B; 3UCG A; 2B5J B; 2XSF A; 2CKW A; 4ZP9 A; 3H0P A; 5IS2 A; 4DSK A; 3A8J A; 1VYA A; 1CSJ A; 2ZUA A; 4RBT A; 3S01 A; 5HMX A; 2XTJ P; 3AJD A; 1FVS A; 4ECS A; 1ZS6 A; 2QC3 A; 1WWH A; 1KVJ A; 3R5B A; 3C6T B; 4LF9 J; 2HRT A; 2CQH A; 3JSY A; 3CD5 A; 1BQM B; 1NAQ A; 3NMR A; 4O3Q A; 2HAI A; 2Q3P A; 5J2P B; 3A13 A; 3D2W A; 2A6M A; 2DNH A; 1B0T A; 5L1L A; 2VPY B; 4KKO A; 2SXL A; 3GIJ A; 4EK2 A; 3RTV A; 4N77 A; 5C24 B; 3IAS 9; 3TUJ C; 2RB7 A; 2D1C A; 1R8P A; 4RPF A; 1JMT A; 2WZ1 A; 5I3U A; 2HQI A; 5D3G B; 3BGR A; 2ZBI A; 4DR5 F; 2UV8 A; 4KGK A; 1WC3 A; 2MDA A; 1G4C A; 3H4D A; 1FJE B; 1PYS B; 2R2T A; 2IYI A; 3W2W A; 1NK8 A; 2BQ3 A; 5BR8 J; 4NXM J; 4ITS A; 1FJ7 A; 2DXF A; 3PFE A; 4JI0 J; 1U26 A; 2ZM6 J; 1C1C B; 2IJR A; 2V4Q A; 4WU3 A; 1YDL A; 3JQK A; 1EP4 A; 5KG0 A; 2DNR A; 2V8P A; 2J0Q D; 3OXF A; 5GAG U; 4DV4 F; 4ECZ A; 3C6E C; 3GIR A; 4ECU A; 1HNI A; 4AD6 A; 4L73 A; 3KHG A; 1OY6 A; 3LQV A; 3PZP A; 2UXC J; 3OUY A; 2DHA A; 1PYT A; 1U0H A; 2DPI A; 5CD4 A; 3O6Q A; 4JYA J; 4A4J A; 2PDA A; 1LWF A; 3PIP Q; 1U7L A; 2HW3 A; 2WVC A; 2UUA F; 3I38 A; 1FK9 B; 1VS3 A; 5THW A; 5HQL A; 4NLD A; 2MGZ B; 3D1Q A; 4GVL A; 2JX2 A; 3QJJ A; 5F9L A; 2JH3 A; 5HO4 A; 1ZA1 B; 1U1Q A; 2ZFH A; 1OO0 B; 3TJ9 A; 5GMD A; 4IOB A; 4ZPB A; 1IQZ A; 2OSQ A; 1T03 A; 1R0B G; 4CM0 A; 5AT1 B; 4EBD A; 1TKD A; 1WJ9 A; 1JLQ B; 3DLK A; 3Q2S C; 5DM6 Q; 4IOC Q; 2E7X A; 1NDP A; 4DUT A; 2OML A; 5GAE U; 4CYU A; 5CHC B; 3F73 A; 2JEG A; 2ZDO A; 4YHH J; 1FNM A; 3WQP A; 3CC7 S; 3G86 A; 4C8M A; 4M5K A; 4NAS A; 2AJ2 A; 4OX9 J; 2FTR A; 4PG5 A; 2CVE A; 2QL5 B; 4Q43 A; 4JI8 J; 1RAC B; 4KC5 A; 2HHH J; 3THT A; 4HHU A; 1PAU B; 1FWK A; 5KFR A; 5A2Q Y; 1NH8 A; 2OD6 A; 1S97 A; 4J37 A; 2VC1 A; 3M2V A; 1V9O A; 2HGM A; 3CT9 A; 5C25 A; 4CH1 A; 3J81 Y; 2CPH A; 2J6S A; 2CQ0 A; 3DHX A; 4DFJ A; 3VHQ A; 1RKI A; 4YME A; 1NU4 A; 1G6B A; 2VFR A; 3KNA A; 4ZCL A; 3R7S B; 2KZZ A; 2FZK B; 3BF4 A; 2GVZ A; 5DQG A; 4FNH A; 5SZT A; 3WHI A; 1A9N B; 1FDB A; 1WDD A; 3DOK B; 2FVS A; 4WF9 Q; 4MIA A; 1P8G A; 4WFY A; 4F7V A; 2RJZ A; 1HD0 A; 2HSE B; 5CH7 B; 1FNO A; 4I6Y A; 3ISN C; 2NCK L; 1HBO B; 3PNI A; 1FTR A; 4F25 A; 1JB0 C; 4A8M P; 1U2R A; 3B78 A; 4W4M A; 3MMC A; 3IGV A; 1UVJ A; 3QIP A; 4G1P A; 1WTB A; 2CZ9 A; 4DR6 F; 1SL1 A; 3HVW A; 4ZMM A; 4K8R A; 2W9C A; 1Y7P A; 5HAT A; 1RZM A; 2DGT A; 1NDL A; 1HA1 A; 4PXB A; 2J0W A; 4A48 A; 3BGU A; 4IR9 A; 2O5D A; 1V3S A; 4TXS A; 2OFG X; 4XDC A; 1CQN A; 3DYA A; 1UP1 A; 2MB0 B; 4CTA A; 1AZS A; 3GFX A; 4L6V 3; 2MLY A; 3IC1 A; 5KFC A; 2C3U A; 3VV2 B; 2QMX A; 3BKU A; 4B08 A; 1FRL A; 2VKZ G; 4RW6 A; 2LLZ A; 1B3T A; 2UVW A; 3QT5 A; 1N6Q A; 1PJ5 A; 2JJ4 D; 4ETX A; 3OLB A; 1S6Q B; 2Y8Y A; 1SJF A; 2C1E B; 3CCW A; 2VQF J; 1LWE B; 4U7C A; 1HPZ B; 2UUB F; 4FZV A; 2CXE A; 1LW2 A; 3J80 Y; 3FRZ A; 3DI6 B; 1RJJ A; 2VG6 B; 2WBM A; 4IH6 A; 2N3O A; 2Y0S D; 3RBZ A; 4AYB D; 3E01 B; 3L95 X; 5ETN A; 1M5O C; 2IBO A; 1CJV A; 4X4S A; 2HZA A; 1TKX B; 1REV B; 4MKY A; 3ZTR A; 3LPE A; 3TA0 A; 4QR1 A; 3JSB A; 3DMJ A; 1IJF B; 2XMK A; 2UV8 G; 5IQ6 A; 4QYZ K; 5J2N B; 3DRX A; 1E6V A; 4WII A; 3NL0 A; 3THP A; 2WAQ D; 3D0I E; 1N5V A; 1CVJ A; 4KHM A; 2JLF A; 2UZA A; 4DL2 A; 1T9T A; 4ZLL A; 1RBL A; 1U1N A; 4DU8 A; 4FF3 A; 1NXI A; 3M32 A; 3GSI A; 1H73 A; 3G9C A; 1TEL A; 4NLV A; 3FVY A; 2B9W A; 4QZV B; 4OI4 A; 2IRY A; 2XSJ B; 4HT7 A; 4Q2M A; 4ZHR B; 4KHP J; 1U1M A; 1R31 A; 2ZC4 A; 4I7F A; 3T9Z A; 4R8U A; 3RBX A; 4ECY A; 1J27 A; 5GVQ A; 4F67 A; 2OI2 A; 3TUZ C; 1T7P A; 1X4D A; 1C0U A; 4WP8 A; 1OQ6 A; 1RTI A; 2OPP B; 2BAN A; 4UZC A; 3UD4 P; 2A2D A; 3GJS B; 1EET A; 1W25 A; 1RSC A; 2QLX A; 4Q45 A; 2XCP A; 1NHU A; 4DZD A; 4DBQ A; 3PYD A; 3OJS A; 3EPG A; 1WKJ A; 3EVO A; 2NR0 A; 5HP1 B; 2C2M B; 4LRE A; 1F6T A; 2HFN A; 2N4D A; 4DX6 A; 4RL1 A; 2EVZ A; 2JZ5 A; 2RS8 A; 2VD3 A; 4Y34 A; 1HQU A; 4JI2 F; 2YWF A; 2V8G A; 4X4R A; 4BCA A; 2C3Y A; 2FYX A; 2DNO A; 1QSL A; 2GMH A; 1XMO J; 1KSP A; 5FLX Y; 2BE7 D; 2WSF C; 4OJ1 A; 3UR0 A; 3EGN A; 2B4O A; 1MWQ A; 2DEI A; 5DQH A; 3I5C A; 4BHQ A; 2VON A; 1TKZ B; 1KN6 A; 2R9L A; 3FQK A; 4IO9 Q; 3HF5 A; 2HHU A; 5GME A; 1HLW A; 4ILM A; 3LUY A; 3L7P A; 3MI7 X; 1N5T A; 1UVM A; 3PKM A; 2CJA A; 4DUY J; 1HMV A; 1JLC A; 1C4A A; 2V9W A; 5HL7 Q; 2X1F A; 2A1B A; 1UEK A; 4FF4 A; 5HMY A; 2FHO B; 1I94 F; 3D68 A; 1FJG F; 1X4C A; 1YJR A; 2M2B A; 1CJK B; 1HR0 F; 4PYD A; 5KFK A; 2IAJ B; 3QAE A; 4IR1 A; 1OPZ A; 2B56 A; 2V4J A; 3VR1 A; 5EUH A; 1EJ7 L; 2V8H A; 3BDP A; 5AXM A; 4DV2 F; 3G6V A; 3M8P B; 2ZH2 A; 3MEE A; 4LIW A; 4LF8 F; 4LSL B; 1K73 T; 1VR6 A; 2QO3 A; 1JQG A; 3LP0 B; 5B0B A; 2GMJ A; 1EAR A; 2C2N A; 4Y2C A; 2QRR A; 2M5Y A; 3LW5 C; 4DSI A; 1X9M A; 1FX2 A; 4MIW A; 3TZX A; 4RUB A; 1J5O A; 3A4T A; 1Y00 A; 4C8Z A; 3K89 A; 1DFD A; 3F56 A; 1T02 A; 3GZ7 A; 1H98 A; 1WHY A; 1M1K T; 2HVE A; 1HBN B; 2PFD A; 1M5P C; 4LF5 F; 2WTF A; 4EGL A; 2GX8 A; 3N6M A; 2DNY A; 1X0P A; 5KOW A; 2OPQ A; 3UI3 A; 3OTD A; 4JI7 F; 2YKM B; 3Q8P B; 3A3P B; 1NUE A; 2RT3 A; 4K4S A; 1C0T A; 5CAA A; 3A3O B; 2KTQ A; 1FCA A; 1IKW B; 5M2P A; 3IWX A; 4KGV B; 3BRE A; 2CPI A; 2HYI B; 4DJB A; 2UP1 A; 2EFO A; 3NGS A; 2BE2 A; 2LQ8 A; 2DHS A; 2I6W A; 1VGY A; 2VBZ A; 3UR3 C; 3MM6 A; 1LXN A; 2LU1 A; 5CCM A; 4LBP A; 2E1C A; 1RT2 A; 5GAD I; 4W90 B; 3HFV A; 1N0U A; 2DNL A; 3VGT A; 1HNW F; 2B8P A; 4DG1 B; 3DRP B; 4URG A; 4RLE A; 1WEX A; 2VG7 A; 3IS9 A; 4KV8 B; 4GVB B; 4A8Q A; 1FNX H; 2QIF A; 5C7P A; 2Y1J A; 1LEO A; 3OV7 A; 2XHW A; 4F4Y A; 3OHA A; 4TNO A; 4OX6 A; 4LRB A; 4EWT A; 2IY5 B; 4R5P A; 3HI9 A; 1S1W B; 5KFY A; 3DDI A; 3M05 A; 3NGR A; 3W8P A; 4MK7 A; 2RHQ B; 1SL2 A; 3AAW B; 3POT B; 1U1P A; 1Q7L B; 4FXW A; 4KB7 A; 2DCL A; 2F5G A; 4DI6 A; 2Z2Z A; 4K4Z A; 4FXV A; 2D74 B; 3U7J A; 4RW7 B; 4Q44 A; 2WRM A; 3ZTO A; 1RT3 A; 3FCV A; 1T94 A; 3TOQ A; 2GQ2 A; 3S7R A; 3Q8R B; 4NRT A; 4LMZ A; 3TJ8 A; 3DLE A; 3FCH A; 4FKX A; 4FVC A; 1N5Q A; 2DIU A; 2Z56 B; 1LOU A; 2LQB A; 3FRY A; 1XJW B; 1KHV A; 1I94 J; 4MKB A; 2HGL A; 5F8J A; 3DGP B; 2HWT A; 4JBC A; 3W9H A; 3R27 A; 4YDX A; 3ZZP A; 4I2Q A; 4J9P A; 3BGO P; 3JTN A; 1X9W A; 4J9S A; 2Q6C A; 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2E7W A; 1CJT A; 1REG X; 2MKY A; 1RYS A; 1YHQ S; 4OJ3 A; 1ZTT A; 1AUS L; 2IJN A; 2KG0 A; 5D0G A; 3S6E A; 3P6Y C; 2YNH B; 4CT8 A; 1RWV B; 3P5B P; 2Q1L A; 4DV1 F; 2W8K A; 4KT0 C; 4MMO A; 4ZLJ A; 4M5H A; 1N5Y A; 1IKX B; 1N5S A; 3MM5 B; 4DN0 A; 4Y2I A; 4AL6 A; 1HWJ A; 5L1K A; 5T7L A; 5BXI A; 1YLX A; 3IXQ A; 3IWL A; 4HLB A; 1HWK A; 3EMT A; 2YWG A; 3RZA A; 1FKP B; 1XMB A; 3K8V A; 1KFS A; 5D4P A; 2W7A A; 1LK5 A; 2EFG A; 1QAI A; 4G6V B; 2F9J A; 2RUS A; 3IAM 9; 3DM2 A; 4LFB F; 2QA2 A; 1BUX A; 4A47 A; 1WHV A; 1D0E A; 4NZ6 A; 2UUC J; 4RWX A; 1N36 J; 2V6A A; 3UO0 A; 1VRU B; 2W2Q P; 3GJT B; 4HT5 A; 4PRF A; 1UZH A; 2LEA A; 4ZVS B; 4C8K A; 4DSL A; 1ZPW X; 4IOA Q; 1S1T A; 2ALY B; 4A8F A; 5M2U A; 1BHN A; 2L3M A; 2ZE2 A; 4XIU A; 4IFV A; 1NDK A; 5ETR A; 4DQI A; 2A6O A; 3CW2 C; 3A12 A; 2W9B A; 5KFE A; 3RGI A; 3K8W A; 2LEB A; 1TV6 A; 4PG8 A; 1UW4 A; 3D7S B; 1FA0 A; 4K4V A; 4LRF A; 2OUG A; 1NJX A; 1N52 B; 4JP8 A; 1OSD A; 1X31 C; 1FXR A; 3W2V B; 4LF6 J; 4N5S A; 2MQP A; 2F40 A; 2HHT A; 5IXU A; 2RS2 A; 1HNX F; 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