3TMQA

Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei in complex with d-arabinose-5-phosphate
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
MNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 94
structure length 280
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tmqA00
3MW7A 4LS2A 3EX6A 2ZFAA 1TTJA 3W6YA 4O12A 2CLLA 3GNDA 2ZZ4A 4QISA 3G1SA 4H3DA 1KBJA 4Z08A 3KFTA 1MZHA 4P61A 3EWBX 3TMLA 3TUUA 2WSYA 4X2RA 1FCUA 1OJXA 4ORIA 1QPNA 4UR7A 3G3DA 1GVQA 1XC4A 3W1UA 3SIZA 5F2IA 3FJ6A 3W70A 3NL6A 2E6AA 2Y7GA 4X3ZA 1SZFA 2DZPA 1B9BA 5DBTA 1C29A 3DFNA 2P10A 1RZMA 2RFGA 1FUYA 5D2XA 2C1HA 1SO5A 1TIMA 2FFCA 1Q6OA 4PCFA 1R2RA 4MFDA 3W1QA 3M5XA 1L9WA 4GE8A 4UTWA 1KM0A 1TPUA 4HPJA 1LZOA 3KXQA 1BWLA 3C2VA 3C52A 3BW2A 5AFDA 1WBJA 1PHQA 3G1FA 4XKYA 3H55A 4HNVA 2ZA3A 2Y7DA 4NQ1A 4PC8A 2V2CA 3G1XA 4JIPA 1Q45A 2WNZA 1W5MA 4IJBA 3TCEA 4CNPA 4JYEA 3N3MA 3WK1A 3W1AA 5HR6A 2Q3OA 4NJKA 1VYPX 2OCZA 3WK3A 3EXSA 3EX2A 1P5BA 5K2ZA 1L6YA 4NX5A 2W0UA 2DZTA 4O4WA 4O19A 4R34A 3DGRA 4LV4A 1LBLA 1W5PA 4LOCA 5I3HA 5EL1A 4ZQMA 4OV4A 2ZA1A 1TTQA 2C19A 2ZZ7A 2F84A 2NZLA 1A53A 3G1HA 4MZYA 5E1QA 3VI2A 1GVRA 3CWOX 4LS0A 3S5OA 4ALDA 1OG0A 1XUUA 3RK8A 3BARA 2FJKA 3G24A 3W86A 3W83A 1ZY9A 1EP3A 3O05A 4RJEA 2VXNA 4NXKA 3HBLA 1R47A 3TFXA 3TXZA 3WFAA 5AHEA 1GVSA 1ONRA 1WBHA 1ZNNA 2EAWA 5G2IA 1WOBA 1L6WA 1KFKA 5CSSA 2VENA 1KV5A 1ME9A 3STGA 6TIMA 3OVPA 1HFBA 3QQ0A 3HMJG 5AHIA 2OT1A 4O8RA 1YYAA 2CLEA 1DV7A 4J9JA 4LC8A 2R14A 1HO4A 4ZQCA 1ZAIA 1LRNA 1EX5A 2X30A 4O50A 4OQVA 3W22A 3W7KA 4B5NA 3TC6A 4N9BA 4BI6A 5BMXA 3INPA 2OJPA 4N6FA 4M6VA 2A1YA 2NWRA 1LLWA 8TIMA 5AYXA 4XWUA 1JUBA 3GX9A 3L9CA 1PE1A 4AH7A 1GG0A 3W7MA 1O95A 2I9EA 1QOPA 4IX0A 4FIQA 3TSBA 3QM3A 4QNEA 1OX6A 4HNNA 4CQAA 5HWMA 3HG4A 3PY2A 1WX0A 1SU5A 1KLYA 2YCEA 4UXDA 2GUUA 5AC6A 1V5XA 1WDWA 5DLCA 3LXCA 2O7SA 1ZHAA 4M7SA 1H61A 3GNNA 3O6YX 2NV1A 1JCYA 4XKYB 4NJGA 5D32A 3P84A 3BO9A 5F2LA 3FOKA 4JTGA 3PC0A 3PBUA 1F5ZA 1K8XA 4GNJA 2HTMA 3DFOA 1YPIA 3O1NA 4UTWC 2OX1A 1HTIA 5H91A 4DF0A 4UUIA 3TSMA 1BKSA 1JRBA 2VEMA 3TW6A 2V0TA 4Y6GA 2WOQA 1T0OA 1W5OA 4JS3A 3GDTA 1YLVA 2YYTA 1YDNA 3NQCA 4R7JA 1EWDA 1OX4B 1Q6RA 3BG5A 3DFPA 3FJLA 1P0NA 3LI0A 3TKFA 2E68A 3QZEA 3G1AA 3IIZA 3H54A 4DO5A 4ZQOA 2EHHA 3LCFA 3T7VA 1NSJA 1XM3A 1SFLA 2RDTA 3LRMA 4HSNA 2QDHA 2XN1A 3HQ1A 2CFFA 4TMCA 1TO3A 4M6PA 1JRCA 2ISSA 5KINA 1JQXA 4LUIA 4O0KA 1OABA 1JVNA 2Y7EA 1QO5A 3L66A 4PTNA 3KVLA 4RKAA 1DHPA 1DKWA 4KFPA 2H8XA 3FYPA 2R8WA 3TJXA 3LCLA 1A50A 1GOXA 4NX0A 4BFAA 3QRHA 1F6PA 3ABRA 3DFSA 1ML1A 1RPXA 3NM3A 2XN2A 3SGZA 3U8GA 3M1ZA 2Y63A 4NU7A 3ZR4A 5K9XA 4IOTA 3UWVA 3AJXA 1UCWA 4AEOA 2OMAA 1PVNA 4ZQNA 2AQWA 2WNNA 2X1TA 3N19B 4LNYA 1O5KA 5E0KA 3NPVA 2R94A 4IPJA 3LHVA 3G18A 4Z0SA 1PL9A 4O14A 4XUGA 3C0JA 2NX3A 3S5NA 3DFQA 4FEZA 3CWNA 3VNDA 2ISWA 1OX5A 3FKKA 5DELA 5AC7A 4K7VA 4EOUA 1QMLA 2H6RA 3EEGA 4PEKA 3M5VA 1UJPA 1TV5A 1XBZA 3ABQA 1ME8A 3FLUA 4MJMA 3L67A 1TTIA 5HWJA 2ZZ5A 5HJLA 3UXAA 4DPPA 3IRDA 5IBXA 3NL3A 3Q2DA 3CU2A 5BMWA 4DXVA 2QCEA 2V82A 4S2BA 1KFEA 3OBKA 4X22A 5FF3A 4AMAA 2ZDRA 3NG3A 1A5SA 4R53A 3DHFA 3HGJA 1G4TA 2CZEA 1GYLA 5F4WA 3W1RA 3BPWA 2J9ZA 1R46A 4O1AA 3LTPA 3KAOA 4EIVA 4UFIA 3NPWA 3RNDA 1YADA 3TAKA 4DF1A 1XDLA 1TYGA 1SW7A 2QCNA 3L2IA 3N9SA 2VC6A 1I45A 3IGSA 3TAOA 3LV5A 3UY7A 4E2BA 1ADOA 2YR1A 1KM1A 3L5LA 1G4PA 4GBUA 2XFWA 3G1YA 3LHTA 4JR5A 3DHDA 1N7KA 4I7UA 3E9AA 5KMYA 1OF8A 1MEWA 3LHZA 1Z48A 4JTSA 1FY6A 1IXQA 3E12A 3NPUA 1C9DA 5I3FA 5K3VA 4FX6M 5I3GA 4NZFA 1VQTA 4I9AA 5AYZA 5LNVA 1DJNA 3W7RA 2ZYFA 3SJ3A 3CM4A 4N9EA 4HSOA 3P7YA 1KLZA 3LTYA 1GVOA 4NNCA 3UYCA 4M7TA 4DF2A 3I7QA 3IVUA 3PG9A 1THFD 2B0MA 1AK5A 1W54A 1T96A 3E96A 3T4CA 3EX4A 3W1MA 1VYRA 4LY8A 3W7LA 3WK0A 1AW2A 3DENA 2FDSA 5A5WA 3MI3A 4K7YA 4PODA 2ZQ0A 1J5TA 4EWND 3O8AA 3THQA 2FPTA 4OHQA 3W75A 1IF2A 1NEYA 4CLMA 5CZTA 5D04C 6ALDA 3G22A 4JY8A 1PIIA 4LVDA 4HN4A 1ICQA 2ZA2A 4RCXA 5EPDA 4UMBA 3L65A 3RF9A 1DORA 4MOZA 3B0PA 5DXYA 1QPOA 4RZ6A 1OFRA 1CW2A 3F4NA 5SWUA 3LV6A 3HPXA 2J9YA 1N55A 2EPHA 3KRZA 3N34A 4CNNA 2V81A 3NO5A 1F7BA 4UTKA 4NJHA 1FQ0A 3C61A 2YDAA 3W88A 2TSYA 5T26A 3UWZA 3SSJA 2A7RA 3DI1A 5F2GA 2AGKA 2OZ0A 2GQ9A 1U5JA 2GJNA 3NA8A 2DORA 2ZZ1A 1TV7A 1H7RA 2YYUA 3B06A 4N2YA 4FO4A 1YTEA 1TV8A 3TC7A 4MLJA 2CU0A 1A5CA 1SZEA 1LBFA 3GKFA 1FX6A 3P60A 1W3NA 3U6WA 2GQ8A 3TQKA 4HNUA 5IM51 4K36A 3NVTA 2DZSA 3UWQA 4K37A 1SO3A 5HULA 1K02A 1D3HA 4CQ8A 3BK0A 4NZJA 4ADUA 3RMJA 3SI9A 2W79A 3PR2A 1VCGA 1MEIA 3CEPA 1EB3A 4NJIA 2QF7A 2YFOA 1EEPA 4YWIA 4WUIA 1LBMA 4N9DA 1KFCA 4MYXA 1C8VA 3EXTA 3UPWA 5BOOA 1KM6A 2ABBA 2X1SA 5D2WA 2Y85A 3C2OA 2ATMA 2BWGA 2B7PA 4Y90A 2NX9A 2OT0A 1PHWA 4GRSA 1LCOA 3EXRA 3I7SA 3TMQA 4POCA 1GG1A 2BTMA 2Y62A 1LOQA 1W3TA 2NUYA 3KOFA 3O06A 5LNWA 4JDBA 1HO1A 2ZZ3A 4U4MA 5CZSA 1XI3A 3ABOA 1I2PA 4LUJA 4RZ5A 5L9FA 3RU6A 2V2DA 1DL3A 3W9ZA 3GXNA 1B57A 4UNKA 1X1OA 3NQFA 4YCPA 1VHNA 2B7QA 4MZ1A 2FQIA 3SECA 1TMHA 3DAQA 3W7DA 3GKAA 1OFBA 3W7GA 3QW4B 3TFCA 4I7WA 2QKFA 1UB3A 1KTCA 3LX9A 4MVAA 2DU2A 4GJ1A 1S5WA 3MP5A 3F03K 1P4CA 2QJGA 5FF2A 1XL9A 5F1UA 1J2WA 1QDSA 1M5WA 5AHNA 3GAKA 1W3IA 4Q33A 1ALDA 1B4KA 1SR9A 4UFLA 1VPXA 1K7XA 4FNTA 4O57A 3C2RA 1L6SA 3NL5A 4WQ6A 1X7FA 4ONVA 5F2MA 1AL7A 3W71A 3WJSA 3W7OA 3PVFA 1KA9F 2ZRXA 3MHGA 5HWNA 1H50A 5AHLA 1SSGA 2HS6A 1TPDA 3S42A 3DZ1A 1ZJIA 1F6KA 5EY5A 1F2JA 3IGXA 1NAL1 5C54A 1YXCA 3NM1A 1UBSA 1Z42A 2CWNA 3PUOA 4UFHA 5HMSA 3G1DA 1A5AA 2A6NA 5FESA 3C6CA 3TH6A 1WXJA 4ZMGA 3A9IA 2R91A 4MZ8A 5LGZA 1X6UA 4IMFA 3NPXA 3NQ6A 4TU1A 1OFPA 1WA3A 5H2ZA 5D09A 1FDZA 4FIRA 2PRHA 2WV8A 4JICA 1PS9A 2J6XA 1VR6A 1H1YA 1VCVA 2ZTJA 4Y9AA 1EUAA 4TIMA 5DY3A 1VCFA 3QSTA 3ATZA 5FEWA 3TE9A 3TR2A 2QCFA 3QQ1A 3RLVA 3SZ8A 2QCCA 4WX2A 4GWEA 3LRKA 1OYCA 3B8DA 1KFBA 3LM7A 3PWAA 3GDMA 2B7OA 4CNOA 5F4SA 2E5CA 4BI5A 1DVJA 3GAYA 3JS3A 5D05A 3GZ3A 1MO0A 1W5NA 5D38A 1EP1A 4LU0A 4AF0A 2GVJA 3OHIA 4WOQA 3WJWA 4H4IA 5G1YA 3NZRA 1TTPA 2CLHA 1JCJA 3R2GA 3STFA 2P0OA 3S9YA 4E38A 5KSWA 1LRTA 3HIJA 1GJPA 4IQLA 3F1QA 3HO8A 4JTEA 3KVKA 2FIQA 3HPSA 1VS1A 4FX8A 4IX2A 3TV8A 4JX6A 1SO6A 4MIMA 4O53A 1CX9A 1MEHA 3CC1A 2CW6A 3LI1A 2YXGA 4ZVJA 4JTKA 4WXYA 1KW1A 3P74A 3GK0A 3TNOA 1IGSA 3QSRA 3IIPA 2VEKA 3NR0A 3W07A 5I3JA 3ABSA 1X1ZA 5CZJA 3VE9A 1QNVA 3BVJA 1ZALA 2O7QA 4UIOA 5D2VA 1ZCOA 2DP3A 3PAJA 3GVGA 1LRQA 1JQVA 4WXZA 3TX9A 3VCRA 2H3DA 3NNTA 2JKEA 1I8JA 1Z41A 1RQHA 1OYAA 3LLDA 3I68A 2Q3RA 4MKNA 5U7SA 1DOSA 2BZNA 2WQPA 1F73A 4L4LA 1FWSA 4LRSA 1PV8A 4GUJA 3WJZA 3GXPA 1KTBA 1SW0A 3PS7A 2JBMA 2E09A 3E0IA 3S1WA 4O18A 3JRKA 4PA8A 3GR8A 3PM6A 1EWEA 5LGXA 3NQDA 4DELA 4DPQA 2KZHA 1EP2A 4FF7A 3QYQA 3DBPA 3GDKA 2CLIA 1X8FA 3O15A 1B4EA 3S1UA 4BI7A 5EMUA 4EF9A 4AWUA 4RXFA 1NVMA 4JXCA 1LDCA 7TIMA 1QR7A 3N9RA 1S5TA 1MXSA 5D03A 2Z6JA 5GVJA 3NQMA 3LBMA 3BGGA 3EWUA 3M7WA 3A5FA 4L4MA 4Q4KA 4JTIA 3UPBA 2H90A 3IGUA 4JTJA 1EUNA 4RX0A 4WD0A 1R30A 1XBXA 3W84A 4ORMA 2C6QA 3LTSA 3NDOA 1DQXA 3VE7A 3K30A 3W7NA 1IIGA 2ZRWA 4A29A 2HS8A 3NZ1A 3P67A 1XBYA 1Z44A 3LBCA 5I3KA 2QUVA 1VZWA 4JYFA 3LERA 1KFLA 3PF3A 4DQWA 1HUVA 1XFBA 3PUEA 4IXXA 3EWWA 4IGHA 3MMTA 5EBUA 4LT9A 3NAVA 3ATYA 2A4AA 4WJEA 4Z1DA 3DKJA 3UZJA 5DBUA 5DY2A 2NWSA 2YSWA 3QF0A 4RK8A 2E6YA 3M9YA 3RFAA 3L0KA 5J5DA 1WAUA 1PCWA 3MO7A 2A2IA 3P62A 4OBTA 4NNBA 3W7IA 5HUOA 1AG1O 4UTMA 2GPTA 1RQBA 3FIGA 3QMSA 1P1XA 3GR7A 3W7CA 2YW4A 3BLEA 3NEVA 5K4XA 3CTLA 2QCLA 2QAPA 1TCDA 1WYIA 3KHJA 1XUZA 2WJZA 5EYWA 4JX5A 1OVDA 2DZUA 1KV8A 1QAPA 5BNKA 3W72A 1KM4A 3SR7A 3TSDA 3MP3A 2PE4A 2NX1A 1CI1A 4BK9A 1N8FA 1XBVA 2EF9A 3A22A 4MY1A 1O60A 5U4NA 1FDYA 3IV3A 4HKPA 2QUTA 3EWXA 1QOQA 3LCGA 4AWSA 3TU9A 5AOUA 1YTDA 1ME7A 1K7EA 3IIXA 1GWJA 1VH7A 1EA0A 5CGQA 4FNRA 3B04A 4Q32A 3R89A 1WV2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FRB A;  2PWD A;  1EX1 A;  4WSH A;  1TTJ A;  1TZ7 A;  3TP4 A;  4HNO A;  3GND A;  4LPC A;  2XM1 A;  1BRL B;  2KAU C;  4Z08 A;  1X6L A;  1EJR C;  1OJX A;  1QPN A;  3G3D A;  1XC4 A;  3W1U A;  1TA3 A;  3SIZ A;  5F2I A;  1S39 A;  3SUT A;  3FJ6 A;  3NTY A;  4R88 A;  3COT A;  2VCC A;  2Y7G A;  1AOD A;  1BGA A;  4X3Z A;  2VNC A;  2DZP A;  1B9B A;  4IJC A;  5DBT A;  1C29 A;  3VKK A;  4XIS A;  4KGJ A;  1S1P A;  2P10 A;  1RZM A;  4MJ2 A;  5I06 A;  4MNJ A;  3O0F A;  3UJR A;  1TIM A;  4PCF A;  2DUA A;  4QLL A;  4GE8 A;  4BEQ A;  1LZO A;  3QQW A;  1BWL A;  1WBJ A;  1PHQ A;  3G1F A;  4XZI A;  3H6O A;  4L6D A;  4NQ1 A;  5ENL A;  3NCO A;  4FR1 A;  5DT5 A;  3AXM A;  2V2C A;  4CNP A;  1W5M A;  3CNY A;  4GGH A;  4U3A A;  3W1A A;  5HR6 A;  3QGA C;  1P1M A;  1URO A;  1DXF A;  4GY0 A;  3EXS A;  1WZL A;  3WF4 A;  4NX5 A;  3VNL A;  4P7N A;  4O4W A;  2VZS A;  1E3Z A;  3CMF A;  1W5P A;  1GHR A;  4OV4 A;  1GOR A;  4NZ5 A;  3U7B A;  1E3X A;  2F84 A;  4RDY A;  5E1Q A;  3FXG A;  1ZJH A;  2X1I A;  3CWO X;  1QW8 A;  4IUG A; 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